捻军起义战争是中国近代史上规模仅决于太平天国革命战争的一次农民起义战争。它前后历时十六年，战场遍及安徽、河南，山东、江苏、河北、陕西、湖北，山西等省。由于捻军纵横驰骋于中原大地，与太平军南北呼应，顽强地打击清王朝的反动统治，牵制了大量清军，因而有力地支援了太平军的革命斗争。不仅如此，捻军还与太平军有着密切的组织关系。在它接受太平天国的领导以前，以后和太平天国失败后，三个不同阶段各有其不同的情形和特点。为此，本章基本上按上述三个阶段来叙述捻军起义战争的发展过程。
捻军的兴起（1852年11月～1855年8月）
十九世纪初，在安徽、河南、山东、江苏、湖北等省的某些地区就有捻党的活动，而以安徽北部的亳州（今亳县）、雉河集（今涡阳）、蒙城、宿州（今宿县）、颍州（今阜阳）和河南东部的永城等地尤为活跃。当地的一些贫苦农民和无业游民，为饥寒所迫，自发地结成一个个分散隐蔽的集团，进行反抗封建压迫，寻求生活出路的斗争。在皖北一带的方言中，称一部分，一支、一股为“一捻”，因而习惯地把这种分散活动的小集团称为“捻子”。
皖北河流纵横交错，具有较好的运输和灌溉条件。但长期以来，特别是第一次鸦片战争以后，由于清政府和地方官吏日益腐败，水利失修，河床淤塞，每周大雨，便洪水横溢，泛滥成灾。1841年至1844年间，黄河连续三次决口，洪水经涡河奔腾下泻，使亳州、蒙城一带几度成为泽国，不少人流离失所，生活无着。1851年和1852年，又是久雨成灾，以致饿殍遍野，甚至出现以死人肉充饥等惨不忍睹的景象。然而，当地的官吏不但不采取抢险灾、休养生息等措施，反而勾结豪绅、地主，强迫农民照旧完粮纳税，并通过放高利贷、兼并土地等手段，敲骨吸髓地盘剥农民。苛捐杂税多达数十种，连耕畜，农具、树木、房屋、家禽，以至婚丧嫁娶等都要纳税。官府横征暴敛，凶狠异常，“差役横行，甲于他省”。
残酷的压迫与剥削，迫使皖北广大劳动人民进一步地起而反抗。许多城镇的农民和失业的手工业者、船夫、码头工人以及被裁撤的兵勇，纷纷结捻而起，开展“打粮”、“吃大户”、抗粮抗差和杀富济贫的斗争。由于皖北的亳州、雉河集、蒙城、寿州（今寿县）、宿州以及河南的永城、夏邑处于安徽、河南、江苏三省交界，属于“三不管”的地方，统治力量比较薄弱，这就为捻党的活动提供了客观有利条件，此外，皖北一带有不少人结捻进行贩盐活动，组织了不少保运私盐的武装集团，和盐巡作斗争。这些集团经常往返于皖北各地，甚至远及河南、山东、江苏三省，与那里的人民发生联系，对当地的捻党起义起了推动作用。
1851至1852年，太平天国在广西起义并向两湖胜利进军，影响所及，使北方捻党活动更趋活跃。“河南之归（归德府，冶今商丘）、陈（陈州府，冶今淮阳）、南（南阳府，冶今南阳市）、汝（汝宁府，治今汝南），光（光州，治今潢川），江苏之徐（徐州府，治今徐州市），山东之兖（兖州府，冶今兖州），沂沂州府，治（今临沂）、曹（曹州府，洽今菏泽），所在有之。而安徽之凤（凤阳府，冶今凤阳西），颍（颖州府，冶今阜阳），泗（泗州，治今泗县）为甚，凤、颍所辖蒙、亳、寿为尤”。当时，比较著名的捻党起义武装有：河南南阳的乔建德和李大，李二部；安徽合肥的高四八和寿州的程六麻子部等。在豫皖交界处，有张乐行、龚得树（龚得）等于1852年11月以雉河集为中心聚众起义，而与张乐行有联系的永城冯金标、亳州朱洪占、蒙城胡元众、寿州刘洪立、宿州李殿元等十八人也各自率众起义，号称“十八铺”，并推张乐行为其总首领。此后，捻党起义武装多以“捻军”称之。
1853年夏，太平天国北伐军先后占领凤阳，蒙城、亳州、进而占领豫东重镇归德府。当时，安徽、河南和江苏北部又有一批捻党举旗起义，和蒙亳地区的起义武装一起配合太平军作战。其中比较大股的有：永城的苏添福部和李月部，夏邑的王贯三、宋喜元部，固始的任二皮、刘疙瘩部，阜阳的李士林郎，霍丘、固始边界的李昭寿、薛之元部，俩山的雷六部等。此外，山东的曹县、城武（今成武）、菏泽、嘉祥、郓城等地捻党也都爆发了起义。这些起义武装，有的参加了太平军，有的给太平军当向导，有的单独攻城夺地。从此，揭开了轰轰烈烈的捻军反清战争的序幕。
当时，捻军的斗争还处于初始阶段，其活动的主要目的仍然是为了解决生活问题，缺乏明确的政治纲领和远大的战略目标。各支捻军即使在同一地区，也互不统属，分别由“趟主”（首领）带领，各自独立行动。“居则为民，出则为捻”，处于半农半军状态。另外，不少地区的捻军，有的为时不久即被清军镇压（如雷六等部），有的叛变投敌（如李士林等部），有的时降时反（如李昭寿、薛之无等部），而豫皖交界的张乐行，龚得树、苏添福等领导的捻军，则逐渐发展成为坚持反清斗争的主力。
转战皖豫边，与太平军南北呼应（1855年9月～1857年2月）
一、雉河集会盟
1853年初，清廷命工部恃郎吕贤基督办安徽团练，给事中袁甲三为帮办。同时，起用前广西巡抚周天爵为安徽巡抚，带兵千余分驻宿州、颍州。因兵力不足，安徽清军对捻军基本上采取守势。10月，周天爵病死于颍州，旋由袁甲三负责安徽军务。袁手中兵力很少，便加紧筹办团练，驻守临淮关一带。河南方面，巡抚陆应谷拥有的兵力也很少，临时调集的数千清军，在商丘宋家集破太平天国北伐军打得溃不成军。10月，陆应谷被清政府撤职，遗缺由山东按察使英桂继任。英桂接任后，既要防止进至湖北的太平军北上，又要镇压豫北的“联庄会”军，也无法集中兵力攻捻。这就给豫皖边捻军的发展提供了有利条件。
1854年3月，太平天国北伐援军由皖北进入豫东，张乐行、苏添福等部捻军配合太平军攻克永城县城，受到当地人民热烈欢迎。太平军北上后，负责办理归、陈二府团练的太康知县祝塏纠集豫东各县团练，进攻苏添福的家乡永城苏平楼，并乘机侵入亳州境内，烧杀抢掠。当地人民极为愤慨，纷纷参加捻军，保卫家园，一举打败了祝塏的团练和永城的地主武装“老牛会”，继又进攻蒙城等地的地主武装，于是捻军的声势日益壮大。1855年初，龚得树率领亳州捻牢进入河南夏邑，与当地捻军王贯三部联合作战。这些行动，取得了两方面的成果：一是有力地打击了地主武装；二是使一些捻军领袖通过战争实践逐渐认识到了联合起来的必要性。
1855年秋，豫皖边的捻军首领齐集亳州的雉河集，举行了著名的“雉河集会盟”。会上，公推张乐行为盟主，并决定建立五旗军制，推举了各色旗的总首领：黄旗由张乐行自兼，白旗龚得树，红旗侯土维，黑旗苏添福，蓝旗韩奇峰（又称韩老万）。五旗之外，还有各种锁边旗和八卦旗、花旗、绿旗等。会后，张乐行发布告示，痛斥泥政府地方官吏“视民如仇”，残酷搜刮民脂反膏，阐明起义的目的是为了“救我残黎，除奸诛暴，以减公愤”，并宣布“禁止抢掠，严缉奸淫”，“贫民衣粮，不准扒运”。此外，还制定了行军作战条例十九条，以严明军纪。
难河集会盟，对捻军的发展具有重要的意义。通过会盟、多少改变了一部分捻军互不从属，各自为战的局面，为进行较大规模的作战提供了条件。由于制定了不侵犯群众利益的纪律，得到了群众的拥护，有利于依靠群众坚持斗争。但这时的捻军没有固定的编制，大旗之下的小旗，人数自几十人至数百人不等。旗中的成员也不固定，这次跟这一旗出战，下次可以跟另一旗出战，内部组织很松散。特别是各旗捻军基本上是按地域和宗族、亲戚关系结合起来的，因而彼此之间有很大的排外性，严重影响了在组织上和作战行动上的集中统一。在武器装备上，仍然十分简陋，除少量鸟枪、土炮外，主要是刀矛等冶兵器，加之各旗捻军并非脱产的专门武装，缺乏必要的训练，因而战斗力不强。由于皖北地势平坦，适于战马驰骋，所以捻军一开始就有少量骑兵。作战时，往往步兵在正面冲阵，骑兵从两翼包抄。这种作战形式，当对付装备较差、数量不多的清军和团练乡勇时，尚能奏效。
二、积极进攻守备薄弱之敌
雉河集会盟后，捻军很快发展到五六万人，斗志更加高昂。而这时皖北、豫东的清军兵力仍较薄弱。在豫东，只增加了道员张维翰率领的清军一千八百余人，在皖北，除原周天爵，袁甲三所部二三千人外，其余为颍州知府陆希湜、亳州知州绣纶率领的少量清军和团练乡勇。张乐行、龚得树，苏添福等捻军首领便乘此有利时机，发起进攻作战。
1855年9月27日，张乐行、苏添福等率三万余人首先打败陆希湜部于庙集，继败张维翰部于亳州东面的泥台店。随后，挥师北入河南，攻破夏邑，并西攻马牧集（今虞城），乘胜进围归德府城。正在进剿豫北“联庄会”的河南巡抚英桂急忙派遣驻陈州的道员王建泰等率部往援。张乐行等闻汛后，即转旗南返，于11月7日攻占安徽蒙城。
捻军四处出击，引起了清廷的不安。当时安徽巡抚福济和江南提督和春所部清军正被皖南的太平军所牵制，无力北顾。清廷遂提升曹州总兵武隆额为湖南提督，令其从山东南下，统辖总兵兴庆，道员张维翰、游击武全等所部清军数千人和地方团练，对付十倍之众的捻军。这时，捻军正集结重兵围攻亳州，河南按察使余炳焘率乡团万余人，于12月7日乘虚袭占了捻军根据地雉河集。张乐行等随即撤围亳州，率部沿涡河南下，旋又拆向东北，在麻种集打败由徐州来援之清军兴庆部，进而围攻河南永城，迫使余炳焘乡团撤出雉河集而驰援豫东。张乐行等主动从永城撤围，于17日与武隆额部和乡团战于麻种集，首先将乡团击溃，进而包围武隆额部。激战约四小时，武隆额部大溃，军火尽齐，经马牧集向归德城逃跑。捻军乘胜攻占夏邑，再围归德府城。清政府斥贵武隆额“恇怯无能”，将其撤职，命英桂急赴归德，督办豫、皖、苏三省剿捻事宜。同时，命江北大营派遣侍卫伊兴额、协领德昌率马队五百名取道滁州（今安徽滁县）入豫，命总兵朱连泰统带兖州、徐州清军千余人进驻亳州，均归英桂调遣。英桂还调南阳总兵邱联恩部及都司保英部约三千人驰援归德，使豫皖边的清军总兵力增至万余人。张乐行等得悉清军援兵纷纷赶至，便率部返回雉河集。
1856年3月，张乐行等集中四五万人，再次分路进攻豫东清军，分别击败参将成龄，道员张维翰等部，并包围归德城。这时，归德城内清军甚少，英桂惶恐不安。但捻军未能乘此有利时机，一面加紧围城，一面待机攻歼前来解围的清军，也没有抽调兵力分别攻歼豫东溃败的清军和地方团练，而是又一次撤回雉河集，使豫东清军获得了喘息整顿的机会。
张乐行等返回雉河集不久，又率部南下作战。4月15日，配合宿、怀、凤地区的捻军仟乾、夏白部围攻涡河与淮河交汇处的怀远城。该城由总兵郑魁士部千余人及乡勇驻守。捻军轮番攻击，一度由城西南方向冲进城内，焚毁清军营盘，重伤郑魁士，击毙参将以下多人。后因蒙城等地的清军赶来增援，捻军便从城内退出。这次作战虽未最后攻占怀远城，却取得了重创清军的胜利。不久，捻军主力北返雉河集。
三、雉河集争夺战
1856年3月下旬，清政府令袁甲三随同英桂剿办河南捻军，后又“屡降严旨”，令豫军进攻雉河集。英桂认为：“雉河周围三四百里皆贼党屯踞，须渐坎疏通，免为所袭”。据此，他确定了分进合击、稳步前进的作战方针。其部署是：以袁甲三、邱联恩等部为主力，从亳州以北向东南进攻，以傅振邦、伊兴额等部从永城、宿州向西南进攻，夹击雉河集。由于捻军事先缺乏防御作战的准备，因而一开始就陷入了被动不利的地位。
4月25日，清军傅振邦部四千余人和伊兴额马队千余人，从宿州向永城东四十里的茴村发动进攻（步队从两翼包抄，马队从正面进攻），捻军六千余人迎战。激战数小时，捻军损失二千余人，向南败退。初战失利后，张乐行命韩奇峰，苏添福等部三四万人进至宿州西北的濉溪口（今滩溪）和永城苗村桥一线阻击清军。4月30日，清军以傅振邦，伊兴额郎奔袭濉溪口北面的丁家楼，捻军损失二千余人。接着，苗村桥方向的捻军也被清军击溃。其后，清军又乘胜占领了宿州的铁佛寺，临涣集等捻军据点。
当宿州方向的清军向南推进时，英桂命亳北方向的清军同时发起进攻。5月13日，邱联恩等部与捻军战于亳北之界沟获胜；22日再战于界沟南面的小柰集，又获胜；接着于5月31日与驻亳州的袁甲三等部会合，然后沿涡河向东南进攻。6月8日，捻军二三万人在亳州东南的翟村寺地区阻击袁甲三、邱联恩等部清军。激战半日，被清军击败。其后，捻军主力又在翟村寺东南四十里的白龙王庙一带沿涡河两岸列阵阻敌。张乐行，韩奇峰率黄，蓝两旗在涡河北岸，龚得树、王贯三率白、黑两旗在涡河南岸，掘壕立栅，用车辆树木堵塞路口，冀图阻止清军的进攻。袁甲三派出马队抄袭捻军后路。捻军腹背受敌，不得不再次撤退。清军乘胜推进，于6月19日攻占雉河集。
雉河集失守后，张乐行、龚得树，苏添福等捻军首领，为了调动敌人，毅然率部南下，于7月16日乘虚袭占了淮河流域的商业重镇三河尖（颍上西），获得了大量物资，补充了大批人员，士气复振。英桂害怕捻军西占河南的固始、光山，即移营陈州，就近调度，并令邱联恩部由雉河集移驻固始，袁甲三移驻颍州。河南的一些地方武装也纷纷向豫东南集中，准备拦截捻军西进。张乐行等乘清军南调，蒙亳一带守备空虚之际，便以船只满载大批胜利品沿准河东行，在汪家集登岸后，经蒙城向雉河集挺进，于8月24日重返雉河集，处决了当地反动地主豪绅与乡团头目，为死难的将士和群众报仇雪恨。
捻军北返后，袁甲三、邱联恩等随即率部尾追，再次向雉河集进攻。9月10日，在亳州西面的十八里铺作战中，捻军黑旗首领王贯三不幸牺牲，部众伤亡二千余人，余部退往雉河集。张乐行等仍然冀图用外线出击的办法调动敌人，解雉河集之围。于是将捻军分为两路，一路东攻江苏的萧县、徐州，一路西攻太和等地。由于没有攻克要地和痛歼敌人，未能达到调动敌人的目的。11月28日，雉河集再次为清军攻占。张乐行等率捻军主力东撤，经曹市集退守监涣集。清军崇安等部追及，与捻军隔浍河对峙。崇安以连日进展顺利，疏于戒备。11月30日夜，龚得树率勇敢善战的敢死队，分四路袭击崇安军营。清军仓促应战，慌乱溃逃，西窜二百余里，退往亳州城。但是，捻军后来在庙集、尹家沟、赵旗屯等地的作战中接连失利，无法扭转被动局面。有鉴于此，张乐行，龚得树、苏添福等除留部分捻军在皖北坚持斗争外，率领主力再次南下淮河流域，于1857年2月中旬重占三河尖等地。此后，捻军开始了与太平军联合作战的新时期。
捻军从雉河集会盟到再次南下淮河流域，在一年半的时间内，随着参战清军的兵力由少变多，经历了由进攻作战转入防御作战的变化。在进攻作战期间，由于清军兵力薄弱，捻军“进退绰如，纵横跌宕；所向无前”，处于主劫有利的地位，部队也迅速发展到十余万人。但这一时期的作战，除给少数清军和地主武装以歼灭性打击外，多数打的是击溃战，清军的有生力量没有受到重大损失，团练乡勇反而有所发展。在整个淮北地区，出现了捻军占领区与地主武装所控制的圩寨犬牙交错的局面，一些实力不大的捻军圩寨，不断遭到清军和地主武装的围攻。捻军的数量虽然迅速扩大，但组织程度和战斗力基本上没有多大改变和提高，战术上也没有多大改进，只注意击溃敌人而不注意追歼溃敌。这些，都给后来雉河集的防御作战带来了困难。在防御作战中，只有张乐行、龚得树、苏添福等几支捻军主力从正面阻击清军，其余分散的各支捻军只顾据寨自保，极少配合作战。当时，在永城、夏邑、亳州、蒙城、宿州地区有许多旗色不同，人数不等的捻军，如果他们积极主动地从侧后袭击和牵制清军，势必使敌分散兵力，顾此失彼，即使集中了兵力，也因有后顾之忧，不敢放开手脚向雉河集推进。张乐行、龚得树、苏添福等在未能阻止清军进攻的情况下，没有与清军死拚硬打，而是跳出包围圈，进攻三河尖等清军必救之地，从而调动了敌人，保存了有生力量。这是捻军初期作战中的成功之处。
接受太平天国领导，与太平军并肩战斗（1857年3月～1864年11月）
一、主力南下淮南与太平军联合作战
张乐行、龚得树等捻军首领鉴于在淮北屡战失利，南下三河尖后仍然受到清军的沉重压力，迫切希望取得太平军的支持和帮助。而太平天国继1856年内讧之后，石达开又率部出走，太平军的力量受到很大削弱，也迫切需要团结友军，共同对敌，因此，洪秀全决定实行联合捻军的方针，使其“能掌北门锁钥”，成为“南国之屏藩”。正是这种共同需要，促成了两支农民起义军的联合。
在捻军第一次占领三河尖时，双方曾商谈过联合作战问题，因敌人进逼，捻军很快回师北上，故未能实现。1857年3月初，捻军自三河尖南围霍丘。在击败道员金光箸所率八百清军后，即由龚得树、苏添福率部南下迎接太平军。这时，太平军陈玉成、李秀成部在解桐城之围后，乘胜占领了舒城、霍山、六安，便北上会合捻军。两军在霍丘、六安交界处胜利会师。经过协商，捻军以“听封而不能听调用”为条件，接受太平天国的领导。张乐行被封为征北主将，其他捻军将领也各有封号，部队蓄发易帜，但仍然保持原有的领导系统和制度。为适应联合作战的需要，双方互派代表，随时联络会商。
（一）转战三河尖、正阳关
两军会师后，太平军和捻军各有十万左右，士气旺盛，军威大振，立即在淮河沿岸发起攻城作战。太平军薛之元等部和捻军张乐行部围攻河南固始城，太平军陈玉成部和捻军韩奇峰等部于3月11日攻占霍丘东北的正阳关，13日东进包围寿州城，太平军李秀成，李昭寿部和捻军龚得树、苏添福部于3月18日占领霍丘城，后又北渡淮河，围攻颍上城。
清廷得悉捻军南下后，曾多次谕令豫、皖清军扼要堵截，防止其与太平军会合。在此前后，清廷还调整了攻捻前线的统兵将领，加强进攻起义军的力量：察哈尔都统西凌阿被召回北京；崇安被革去总兵职务；因围攻北伐太平军不力而被革职的胜保，又被授予副都统街，并署理河北镇总兵，帮办攻捻事宜。此外，还命山西汾州营参将保衡，直隶密云都司马翰忠率部开赴安徽亳州，听候调遣；命徐州副都统德勒格尔率领马队南下怀远；命英桂将在湖北遗撤的陕甘官兵截留河南，参加攻捻。胜保抵达亳州后，即与英桂、袁甲三等会商，确定了首先防止捻军主力重返雉河集，“再行相机节节进剿”的作战方针。据此，由责甲三督饬总兵朱连泰部约三千人及亳州地方团练于亳州一带，透剿留驻淮北的捻军；胜保以颍州为基地，率马步三千余人进攻南下的捻军，另有王庭兰，金光箸等部约二千人其统辖，在淮河流域配合作战，负责三省剿捻事宜的英桂率河南清军千余人驻太和等地，策应胜保部，并保护清军后方粮道。
胜保因兵力过单，一再奏请清廷调兵支援。清廷责备他“由亳至颖，尚未与贼见仗，而调将请兵纷纷不已，驻守颍州，不思急挫贼锋”，命令他“赶紧进兵，不得再有耽延”。胜保只得硬着头皮率部南下。当时，太平军和捻军正三路出击，强攻坚城，以致力量分散，绐了胜保以可乘之机。胜保于3月中旬南下后，首先集中兵力解固始之围。张乐行、薛之元等部因连日围攻固始不下，又见清军援兵赶至，便于3月下旬撤回三河尖。围攻寿州的陈玉成、韩奇峰部遭到金光箸部清军顽抗，也主动撤围（韩奇峰部退守正阳关，陈玉成部回守六安）。李秀成、龚得树等部于22日包围颍上后，虽几次轰塌城墙，但始终未能攻进城内。而胜保在解固始之围后，便率部回救颍上。在此情况下，李、龚所部也于5月3日撤至淮河南岸。至此，捻军和太平军第一次联合作战，未能取得理想的战果，即告结束。
捻军和太平军联合后出现的一个新情况，就是捻军在淮河流域的作战常常受到太平军长江中游战场形势的影响。由于安徽战场上的太平军既要抵御从湖北东进的湘军，又要牵制天京外围的清军，经常流动作战，而捻军基本上战斗在淮河流域一带，因而出现了捻军与太平军时而联合作战，时而单独作战的情况。为了阻击从湖北东进的湘军和鄂军，陈玉成于5月12日率数万太平军和部分捻军进入鄂东地区作战（9月中旬才折回皖境，驻太湖、潜山一带）。李秀成部则驻六安、霍山一带，随时准备东进，对付天京外围之敌。于是，在淮河沿岸独立作战的捻军，便采取守势，收缩兵力，挖壕筑垒，集中力量防守三河尖、正阳关、霍丘等据点。
太平军离开淮河沿岸后，胜保乘机向捻军发动进攻，第一个目标就是三河尖。三河尖周围河渠纵横，捻军跨河而阵，清军步骑兵不易展开，难于强攻。胜保便实行围困战法，控制通向三河尖的水陆通道，强令居民提前割麦，并在出产硝磺的地区设卡稽查，严禁出境，以断绝捻军的粮弹接济，同时，实行政治攻势，瓦解捻军士气。捻军坚守了六十余日，终因粮弹不济，于6月16日撤出三河尖，沿淮河东下正阳关。其后，由韩奇峰率部驻守正阳关，张乐行、龚得树则率部转移至霍丘。
胜保占领三河尖后，决定集中兵力先攻正阳关，得手后再攻霍丘。为防止正阳关，霍丘捻军西进固始，他命总兵邱联恩等会同王庭兰和固始知县张曜等扼守固始东部地区，自率步马数千人进攻正阳关，并令金光箸由寿州率炮船西进，配合进攻。金光箸见清军云集，有恃无恐，竟于6月25日首先攻关，结果遭到捻军伏击，兵败溃散。金光箸因坐船被捻军炮火击中，落水淹毙。这一仗打击了清军的气焰，使胜保所部不敢接近正阳关。8月，连降骤雨，河水猛涨，关外的捻军据点先后被清军攻占，关内粮食缺乏，形势危急，韩奇峰派人向霍丘求援。张乐行，龚得树率部往援正阳关，胜保趁霍丘城内捻军兵力空虚，派人收买了守城头目张金桂，旋于8月29日将该城占领。这时，扼守正阳关的捻军粮食已尽，只得杀马充饥，加之瘟疫流行，军民饥病而死者日增，处境异常困难。后李秀成从六安派出的援军五六千人赶到，击败关外清军，于10月12日接应关内捻军冲出重围，沿淠河南下，撤至六安。
（二）控制淮河中游
由于驻守镇江的太平军遭到围攻，天京外围形势吃紧，李秀成部于1857年10月中旬由六安，舒城一带东进救援。张乐行等率捻军一部配合太平军打通进军道路，待太平军绕过庐州（今安徽合肥市）以后，便又返回六安。11月，龚得树率部击败安徽布政使李孟群部清军，占领独山镇。李孟群率部反扑，占领霍山。后驻潜山、太湖的陈玉成部太平军前来支援，李部慌忙退走。
这时，捻军中的地域观念和宗派观念抬头，领导集团内部发生了意见分歧。蓝旗旗主刘永敬、刘天台等主张返回淮北家乡；张乐行、龚得树等则主张继续留在淮南，配合太平军作战。前一补意见对于联合抗清的人局显然是不利的。但张乐行、龚得树在处理内部分歧时，采取了错娱的做法，竟于12月间将刘永敬、刘天台杀害，致使矛盾激化。不久，蓝旗首领刘天福、刘天祥、刘天月等率部由六安返回淮北，其他旗首如任乾，陆连科等也率部陆续北返宿州地区。从此，捻军便分别在淮南淮北两个战场作战。
1858年2月，太平军陈玉成部联合捻军韩奇峰等部约五万人再次围攻固始。守城团练顽强抵抗，胜保和李孟群也分别率部前往解围。捻军和太平军依托土垒，一面挖地道炸城，一面阻击援军。但战斗持续了两个多月，未能破城和击退援军。不久，湖北的清军又开始向东进攻，太平军和捻军遂于4月6日从固始撤围，返回六安。胜保和袁甲三分别率部由固始、正阳关向六安方向集中，伙同李孟群部围攻六安。这时，陈玉成部已向湖北进军，无力东顾，李秀成部正在皖东一带与清军鏖战，也无法西援。5月24日夜，六安捻军正同清军激战时，早被胜保收买的捻军头目许原如、杨邦本等伦开城门，清军蜂拥而入，张乐行、龚得树等率守军勇猛拚杀，突围出城。
六安失守后，张乐行、龚得树等乘淮河沿岸清军兵力空虚，沿淠河北上，渡过淮河。6月2日，在先行到达淮北的捻军配合下，一举攻占淮河北岸要地怀远城，全歼守军数百名。这时，集结在徐州以南，怀远以北的捻军有苏添福、李允、李大喜、张隆、任乾、陆连科等部约八万余人。他们以怀远为基地，沿淮河东进，在当地捻军张隆等部配合下，于6月14日攻克临淮关，道员黄元吉所部清军千余人突围西逃。15日，捻军攻占凤阳府县两墟，三千余名团练作鸟兽散。
捻军攻占怀远、凤阳后，切断了清军的水上交通，并使淮河南北两岸的抗清力量联接了起来，成为淮北清军南下的重大障碍。于是，太平军得以专力打击天京东西两面的清军，捻军也更便于与太平军配合作战，战略上处于此较有利的地位。
1858年9月，龚得树率部分捻军南下，协同太平军贝如孝部围攻定远城，牵制了部分清军，配合陈玉成、李秀成部太平军取得了击破江北大营的胜利。
1859年3月，陈玉成部在庐州西面的官亭击溃李孟群部清军后，乘胜东进，于同年夏先后攻占安徽天长、盱眙，进攻滁州、来安，迫使钦差大臣胜保所部退守盱胎东北的蒋坝，切断了驻定远的安徽巡抚翁同书与胜保部的联系。捻军龚得树部万余人遂由怀远南下，配合太平军吴如孝部再次围攻定远。定远的东西粮道分别被捻军和太平军切断，翁同书在“官军久已绝食，兵勇皆啖草根充饥”，“待援不至，待饷不来”的情况下，于7月17日弃城逃往寿州，所部纷纷溃散。捻军占领定远后，进一步扩大了淮南的控制地区，与庐州太平军的辖区联成了一片；同时打击了捻军内部在李昭寿、薛之元叛变后出现的投降暗流，逼使曾想献山风阳和临淮关降清的张隆重又换上捻军的旗帜，不敢公开投敌，暂时稳定了内部。
（三）重返淮北
捻军控制淮河中游，切断了安徽清军的粮饷通道，加上淮北的捻军四出活动，引起了清廷的震惊。1859年10月底，清廷命袁甲三署理钦差大臣，接替胜保督办安徽军务，并告以“怀远一城居凤、颖之交，久为贼踞，亟宜迅图攻克，与翁同书下军合而为一，以便进攻淮南，兼顾北路”。与此同时，胜保趁捻军主力集中于淮南，淮河北岸的怀远守军力量减弱之机，督令副都统穆腾阿和总兵滕家胜等率清兵三千余人乘机进攻怀远。从定远、庐州派出的捻军和太平军援军被阻于淮河以南。张乐行在外援无望的情况下，为保存实力，于11月8日退出怀远，率部南渡淮河，退守临淮关和定远。清军占领怀远后，立即沂向临淮，在北岸扎营。胜保亦折回距临淮关三十余里的张家沟大营，以便就近督攻临淮，后又进至距临淮关十五里的三汊沟驻扎。12月4日，袁甲三到达胜保大营，接署钦差大臣职务，并将大营移往张家沟。袁甲三迅速集结兵力，并将苗沛霖练勇八千人调往临淮，总兵力由三千余人猛墙至一万余人。1860年1月上旬，袁甲三乘捻军配台陈玉成部太平军在潜山、太湖一带与湘军作战之际，督水师炮船和马步队进攻临淮关，连日发炮轰击，将关内炮台击毁。守关捻军与清军激战两昼夜，伤亡甚众，被迫于1月10日南撤定远。
1860年1月下旬，清廷对攻捻部署又作了调整：革去胜保钦差大臣的职务，调往河南，督办该省攻剿事宜，以副都统关保为其帮办；命云南提督傅振邦督办徐、宿一带攻剿事宜，以总兵田在田为帮办，袁甲三仍署理钦差大臣，督办皖省军务，除巡抚翁同书仍为帮办外，加派副都统穆腾阿帮办军务。
袁甲三在占领临淮关后，又督军围攻风阳。张乐行率部往援，在凤阳南梁家冈遭苗沛霖团练和穆腾阿马队袭击，损失五六千人，被迫后退。2月13日，守卫凤阳县城的捻军首领张隆被袁甲三部总兵张得胜所诱擒。次日，守卫府城的首领邓政明为求活命，缴出全部枪炮马匹，并将十四名拒不投降的捻军将领捆送敌营杀害，致使凤阳府，县两城相继丢失。
清军攻占怀远、临淮、凤阳三城后，打通了淮河的航道，隔断了淮北捻军和淮南捻军及太平军的联系，张乐行、龚得树等在淮南只据有定远一个孤立据点，处于十分不利的境地。5月16日，袁甲三派兵夜袭定远，毁城外营垒九座。6月1日，龚得树率捻军一部出敌不意攻占定远以东的来安，企图调动袁军，但未达目的。定远捻军只得坚守待援。8月初，清军对定远形成合围。后太平军陈玉成部和吴如孝部分别从天长、庐州来援，捻军白旗旗主孙葵心也由河南固始率万余人赶来支援，夹击袁甲三部。袁见捻军和太平军势众，害怕造成“全军坐困，终成溃裂”的危险局面，便慌忙将所部清军从定远撤退至淮河北岸。可惜太平军和捻军没有乘胜追击，将其歼灭。
定远解围后，捻军和太平军转攻凤阳、寿州，均未奏效。随后，龚得树、孙葵心率数万人随陈玉成部南下，谋解安庆之围。12月10日，太平军和捻军与敌大战于桐城西南之挂车河一带，孙葵心不幸牺牲。1861年3月，龚得树也在湖北罗田松子关中炮身亡。孙葵心在脱离张乐行领导期间，曾企图降清，但未成事实。后来转战河南、山东，屡败清军；返回淮南后，重与太平军协同作战，最后把鲜血洒在太平天国的战场上。龚得树是捻军中仅决于张乐行的重要首领，不仅作战勇敢，“所领黑旗队枭猛耐战，势与张落刑（乐行）相埒”，而且较有政治头脑，是坚持与太平军联，合作战的核心人物，他的牺牲，是捻军的重大损失。
1861年9月安庆失守后，陈玉成率部退守庐州，旋又遭清军围困。捻军在定远的孤立据点也难于长期坚守下去。而当时淮北捻军的力量还相当强大，河北、山东等省人民起义此伏彼起，陈玉成为了“广招兵马，早复皖城”，再援天京，先派太平军马融和部北上，继派捻军首领张乐行等率部北渡淮河，后又派扶王陈得才、遵王赖文光，启王梁成富、祜王蓝成春等率部向西北远征。张乐行和苏添福等将定远据点移交给太平军后，于12月间率全部人马返回淮北颖上地区。至此，捻军和太平军在淮河沿岸的联合作战宣告结束。
二、淮北捻军向河南、苏北、山东出击
张乐行、龚得树等率捻军主力于1857年春南下与太平军联合作战后，淮北只有少数捻军就地坚持斗争。1858年初，蓝旗等捻军从六安返回淮北，兵力骤增，声势复振。以后，各旗捻军进一步挖壕筑垒，依托圩寨，抗击清军和团练的进攻，并经常伺机袭击清军据点，使当时负责江苏、安徽、山东三省“剿匪”事宜的袁甲三发出了“兵疲粮尽，势处万难”的哀叹。同年底，袁甲三向清廷建议由河南，山东出兵南下，与皖北清军联合攻剿淮北捻军。清廷表示同意，令新任河南巡抚恒福，山东巡抚崇恩“各就本境防军遴员统率，并力进剿，捣捻巢穴，以保北路完善之区”。1859年初，袁甲三进一步提出豫军由亳州东进，山东军由永城南进，本部诸军由宿州西南进的分进合击计划。清廷令崇恩、恒福将要隘严为布置（防止捻军绕袭其后），即行发兵合剿。崇恩对此提出异议，他认为出境远征，有三不可胜，一是捻军众清军寡，地广数百里，难于合围，二是捻军以逸待劳，清军进攻则守垒不出，清军退却则伺机出击，三是如果清军日久不克，则饷缺兵哗，必为捻军所乘。清廷坚持原案，催促山东、河南迅即出兵合剿，但议未果行，淮北捻军便开始分道出击了。
（一）北舞渡、马埠、野猪冈歼灭战
1859年3月上旬，捻军二三万人在孙葵心，刘添福等率领下，集中于太和王市集，佯称西攻河南禹州（今禹县）。正驻鹿邑的总兵邱联恩（统率豫军六千余人）立即派兵防守豫皖交界的沈丘（今沈丘城）。3月14日，捻军突然进至河南商丘南面，次日分三路出击：一路进据商丘。宁陵交界的观音堂，一路西攻睢州城（今睢县）；一路由沟香集进占宁陵县城。21日，三路联合攻下睢州城，全歼知州王联升所率乡团，继又分兵西攻杞县。邱联恩急率三千余人赴援，与捻军战于睢州东南的张公堡。捻军失利，于23日退出睢州，经太康东北的杨庙西进吕潭一带。3月25日，捻军南下围攻西华城。26日，邱部追至，捻军又撤围西走，一部驻郾城东南的五沟营，主力驻舞阳以北的北舞渡。邱联恩命参将穆特布率部分清军往击五沟营捻军，自率三千人于3月29日赶到北舞渡。捻军早在该地沿沙河两岸设防，步队配置在吃虎桥附近，马队分扎两翼，操刀持矛，严阵以待。是日下午，邱联恩将步马分为三队，向吃虎桥进攻。捻军步队坚决抗击，两翼骑兵突起，将邱部紧紧包围。黄昏发起总攻，捻军将士们呼啸猛冲，刀劈矛刺，将被称为“邱老虎”的邱联恩杀死于吃虎桥头。邱的部将二十余人同时毙命，三千人马大部被歼，少数逃往许州（今许昌市）。捻军携带大批胜利品，经西华，商水，项城等地返回淮北。
1860年春，捻军首领孙葵心，刘天祥，王怀义等率淮北捻军三四万人，分两路再次向河南出击。一路经夏邑，虞城到达山东单县地区后，又西入豫境，进至禹州，密县等地，另一路经鹿邑、柘城进击太康，通许，直指开封。胜保和新任河南巡抚庆廉匆忙布置城守。4月7日，捻军与胜保部在离开封二十五里的白酒店遭遇，作战失利，折向陈留。当捻军二三万人由尉氏、鄢陵、扶沟等地东返时，其先头部队于5月4日在柘城、太康交界的马埠（今马铺）与奉命拦截的总兵王凤祥。副将王庆长等所部三千余人遭遇，被迫后退十余里。此时后队人马赶到，使整顿队伍，进行反击。敌军大部被歼，王凤祥、王庆长等被杀，于是，捻军胜利重返淮北。清廷责胜保“剿贼下力，畏葸无能”，将其调回北京，改由巡抚庆廉督办河南军务，副都统关保仍为帮办。
庆廉督办河南军务后，鉴于在防豫军不满四千，其余皆系练勇，加上关保两营，总计不过一万数千人，而张乐行、龚得树、孙葵心、王怀义、姜台凌等各部捻军不下数十股，每股各有数万人不等，宿、亳、蒙、怀、庐、寿一带及豫省边界所在皆有，便向清廷提出由豫军与酸甲三、傅振邦部清军合力攻剿，并由苗沛霖部练勇驻扎萧县、永城边境，“力扼西北，进剿东南”的作战方针，得到清廷的批准。但就在这一方针提出不久，捻军又一次越过豫军防线，向河南大举出击。
1860年8月，蒙亳地区大雨成灾，捻军粮食供应发生困难，而河南秋收在望。捻军首领刘玉渊、雷彦、宋喜元、苏添才等便率四万余人，由亳州再次挺进河南。8月21日，捻军进攻薛庙清军大营，关保由鹿邑派兵往援。捻军立即绕攻鹿邑东关，迫使清军回顾城防，后在五里庙与敌军交战，杀游击罗忠保等多人。9月15日，捻军兵临陈州城下，因清军防守较严，便直薄周家口镇（今商水）。后因清军来援，南下商水（今旧商水）、上蔡、汝阳（今汝南）等地。庆廉命总兵承惠率八千余人追击，并令游击孙之友部为后援。但孙部为雷彦所率捻军牵制，无法前进。9月20日，承惠部进抵汝阳城南三十五里的野猪冈。捻军事先在此布阵，清军多次进攻，均被击退。激战间，一部分捻军迂回至大石桥，切断了清军的退路，正面的捻军又将清军分割为二，展开白刃格斗。结果，承惠等十余名清军将佐及大部士卒被歼，捻军再次取得了重大胜利。在北京的胜保后来哀叹：“野猪冈之役，全军遇伏，精锐胥亡，元气遂不可复。”清廷因无正规军可派，只得命河南团练大臣毛昶熙等整顿和加强河南乡团。
（二）袭占苏北重镇清江浦
1860年2月，捻军首领李大喜、魏希之、张宗禹等率步队二万余人、马队万余人，在江苏萧县宝安山集中后，佯攻砀山，摆出北进山东的架势，忽又挥戈东进，在徐州越过黄河故道，经邳州（今邳县北邳城）再长驱南下，于18日占领桃源（今泗阳南），然后直趋苏北的政治中心和商业重镇清江浦（今清江市）。当时，河道总督庚长，漕运总督联英等正置酒观戏，昼夜不辍，闻捻军将至，才仓皇派兵堵御。2月21日，捻军击败都司德兴部清军三百人，乘胜进抵清江浦，庚长等逃往淮安。清廷闻清江浦失守，急忙调兵往攻。捻军在获得大量钱粮物资后，于3月5日撤离清江浦，返回淮北。
（三）进军山东，三败僧军
捻军在出击河南、苏北同时，还不断深入山东境内，打击清军。1860年9月下旬，张敏行、姜台凌等率四万余人由宿州北进至山东峄县（今峄城）、兰山（今临沂）等地。10月下旬，捻军又进至山东鱼台、金乡、巨野等地，26日直逼济宁城。旋又分兵三路：一路经汶上北进东平的戴庙，又经梁山南下占领巨野，后由定陶、曹县返回淮北，一路经滋阳（今兖州）北占宁阳，进围泰安不克，由大汶口南下曲阜等地；一路东北经泗水，转至新泰，攻占蒙阴，复由沂水、莒州（今莒县），日照南下至赣榆、郯城地区。三路捻军在获得大量粮食牲畜后，胜利返回淮北。
清廷害怕捻军由山东进入直隶，危及京畿安全，便于1860午11月5日，即第二次鸦片战争结束不久，命科尔沁亲王僧格林沁（仍任钦差大臣）统带清军一万余人（内马队三千五百人、步队二千人、绿营兵五千人），由直隶开赴山东剿捻，命文渊阁大学士瑞麟以侍郎衔帮办军务。清廷规定滑军的任务是，“前往剿办北路各匪，先由河间一带，次及山东、河南，权其缓急，以次进剿”。12月17日，僧格林沁率部进驻济宁。
僧格林沁率部南下山东后，袁甲三曾向他指出，“河南之兵名为万余，多系新募，宿、徐之兵本不满万，近因饷缺，大加裁汰，所存无多，山东之兵又不能越境会剿，此贼所以到处窜突，如入无入之境也。”并向僧建议：“以山东兵为中路，由曹、单直趋虞、夏，以河南兵为右翼，以徐、宿兵为左翼，声势联络，互相策应。步步为营，与民寨相犄角，逐渐而进，不求速效。”僧格林沁没有采纳袁的建议。他急功近利，孤军在山东境内作战，因而屡战屡败。
僧军进驻山东不久，亳东捻军四万余人（其中马队万余）在刘玉渊等率领下，又一次进入山东，经鱼台、金乡北上。僧格林沁急忙率骑兵二千余人前往追击，于12月25日由嘉祥驰赴巨野。时值大雪，军行甚疲。26日，僧军在巨野东南的羊山集与捻军接战，僧格林沁率主力从东面进攻，瑞麟率部从西南进攻。捻军分路抵御，首先将僧格林沁部击退，进而包围瑞麟郎，将副都统格绷额等击毙。瑞麟突围逃到离金山二百余里的汶上。僧格林沁溜回济宁后，参劾瑞麟突围后。不在巨野扎营，复越过嘉祥、济宁退至汶上，……以致后路官兵涣散，实属怯懦无能”。清廷革去瑞麟侍郧职衔，饬令回旗，改由镶蓝旗蒙古都统西凌阿、工部右侍郎国瑞帮办僧格林沁军务，并将原先革职的副都统伊兴额和徐州镇总兵滕家胜的步骑三千人交僧调遣。不久，清廷又将陕西巡抚谭廷襄补授山东巡抚，令其带领步骑兵一千五百名增援山东。
僧格林沁在羊山集战败后，下令从河南的考城（今兰考东北）至山东鱼台的南阳湖长四百七十余里地段，浚壕筑垒，由曹、单、菏、城四县民团分段扼守，郓、巨、济、金、嘉、鱼六县民团闻警协守，企图遏阻捻军北上。但捻军向山东的进攻并来因此受阻。1861年1月底，捻军首领赵浩然、张敏行、李成等率黑、蓝、白三旗四万余人，由砀山、虞城进入山东，接着分兵两路：一路伺曹县南部游动，一路进入巨野东南六十余里的羊山集。2月2日，僧格林沁及副都统舒通额分率骑兵包抄羊山南麓的捻军，捻军即北上嘉祥之纸坊，又南下至金乡以西，城武以东地区，后又北上菏泽东北之关李家庄，筑垒布阵，准备抗击追击的清军。2月20日，僧格林沁不顾部队连日奔驰和饥疲不堪，下令分南、北、中三路进攻。捻军以逸待劳，步队居中，马队从两旁抄袭，号角四起，奋勇迎战。清军南路的黑龙江马队及陕甘步队首先溃退，接着中、北两路也纷纷败逃。此战，捻军歼灭清军近千人，缴获枪炮马匹甚多。
僧军败讯接连传到京城，清廷斥责僧格林沁。“奔驰数日，率饥疲之卒，当方张之寇，后路既无援兵，左右亦少策应，以致为贼所乘，勇往虽有余，惜尚未能持重也”，并告诫他“总不宜轻进，再蹈覆辙”。同时，命袁甲三委派得力将领与田在田、伊兴额等“合力兜剿，牵制后路”，使捻军“有所顾忌，不敢径行北趋”。但是，捻军很快又深入山东腹地，迫使僧格林沁不得不再次率部迎战。同年3月，数万捻军突入曹、巨、郓境，挥戈北上，由东平之戴家庙、安山等处渡过运河。僧格林沁令副都统伊兴额及徐州镇总兵滕家胜率二千余人追击。捻军在汶上、东平之间的杨柳集利用村落布置伏兵，待机歼敌。3月17日，先在卧虎山与清军接仗，佯装败退，待清军迫至杨柳集时，捻军伏兵四起，将敌人层层围裹。伊兴额、滕家胜几次突围，均未得逞，终被捻军斩杀，僧军伤亡惨重，溃不成军。
捻军在不到三个月的时间里，三败僧格林沁军，狠狠打击了僧军的嚣张气焰。此后，捻军利用“甚雨泥淖，高禾蔽野”的有利条件，与敌人周旋，使其“疲于奔救，刍粮不继，士马疲羸”。僧格林沁无可奈何地对其部下说：“不能再与野战，惟当严固直北藩篱。”便命西凌阿回军济宁，力扼北路，自统全军扼东平之安山，凭河而守。于是，捻军在山东的活动区域日益扩大，一度进逼省城济南，山东巡抚谭廷襄龟缩城内不敢出战。捻军又转至胶州半岛，到达福山、烟台沿海地区。外国侵略者以军火接济清军，英、法海军还在烟台地区参与了屠杀捻军的勾当。
淮北捻军挺进河南，苏北、山东，推动了当地人民的武装起义，使上述地区先后爆发了捻党首领陈大喜领导的汝宁起义，郜永清领导的商丘金楼寨白莲教起义，苏皖边的幅军起义，菏泽地区的长枪会起义，曲阜、邹县、泗水等地的文贤教起义，鲁西的白莲敬起义（其中宋景诗的黑旗军发展最快）。这些起义武装和淮北捻军互相配合，给清军和地方统治机构以沉重打击，客观上支持和配合了淮南的捻军和太平军。但是，由于淮北捻军向外出击的主要目的是为了获取生活资料，虽然歼灭了相当数量的敌人，但主要是击退敌人的追击和堵截，没有有计划地寻歼更多的敌人。特别是由于一再外出作战，致使淮北的基地反而有所缩小。在这期间，一些重要捻军首领如宋喜元、任乾，陆连科、李大喜等的圩寨，相继被清军和苗沛霖团练攻占，任乾、陆连科、李大喜等先后牺牲，这就给尔后进行的保卫淮北基地的作战造成很大困难。
三、退出淮北，与西北太平军并肩战斗
1861年底，张乐行率领捻军自定远返回淮北后，进驻颍上，次年（同治元年）1月中旬开始，与太平军马融和部，原在颍州的捻军姜台凌部以及苗沛霖的团练共同围攻颍州城，将安徽布政使贾臻困于城中。不久，胜保（1861年春曾奉命驰赴直隶、山东，督办防剿事宜）奉命由豫入皖，以解颍州之围，苗沛霖又接受招抚，配合清军袭击捻军和太平军。捻军、太平军在腹背受敌的情况下，于4月中旬撤离颖州，退入太和境内。5月中旬，陈玉成撤守庐州，率太平军三千余人北走寿州时，被苗沛霖诱捕，解送颍州胜保军营。尚在淮北的张乐行、马融和率此凶讯，率部往救，因被清军击败，未能成功。后清廷得悉陈得才、赖文光等率领的西北太平军已兼程向南进发，前来搭救，遂于6月4日将陈玉成杀害于河南延津县。陈玉成牺牲后，马融和率部西走河南，投奔西北太平军；张乐行则率部返回雉河集，同其他捻军一起，与夹攻淮北的清军展开了一场血战。
（一）雉河集失守，余部退出淮北
庐州失守，陈玉成牺牲，太平军在皖南的根据地丧失殆尽，使淮北捻军的处境更加困难。不久，僧格林沁率马步数千南下，并于1862年6月26日攻占了河南商丘县马牧筑以南的金楼寨，镇压了白莲教起义军。原来对付皖南太平军的李续宜、袁甲三等部也转旗北上，协同僧军以及豫，苏、鲁清军共同对付淮北的捻军。
8月2日，清廷向科尔沁亲王僧格林沁、湖广总督官文、安徽巡抚李续宜、湖北巡抚严树森、河南巡抚郑元善、河南团练大臣毛昶熙、署漕运总督吴棠等文武将领发出了大举进攻淮北捻军的谕令。其具体部署是：僧格林沁部马步两万余人和李续宜部湘军万余人，南北对进，夹攻雉河集；袁甲三因病歼缺后，其所部二万人由李续宜派员统领，从怀远向北进攻，吴棠扼守江苏清河、淮安，并由僧格林沁拨兵若干，并力扫荡邳州，宿迁、海州（今连云港市西南）。沭阳一带；由僧格林沁派员接统总兵田在田所部，防守南北要冲徐州、宿州地区；郑元善出新蔡，毛昶熙出归德，配合备军向东进攻；官文、严树森派兵深入豫境，由正阳、息县援应；皖、豫等省的团练，分别协同各路清军进攻。
8月20日，清廷把各路攻捻清军统交僧格林沁调遣，不但令其统辖山东、河南军务，而且授权调遣直隶、山西和蒙、亳、徐、宿的防宾，节制直隶，山东、河南、山西各省督抚提镇以下各官，集军政大权于一身。鉴于僧军以往多次失利的教洲，清廷告诫僧格林沁“务宣逐渐进取，步步为营，不可孤军深入”。
张乐行等捻军首领在清军发动大规模的进攻面前，未能避实就虚，把捻军主力转移到山东或河南，结合当地农民起义军，袭击清军的后方，或攻敌必救之地，以调动和分敝敌人，而是“悉其五旗首，集众二十万，陈雉河”，依托圩察打防御战，使自己处于被动挨打的不利地位。
10月18日，僧格林沁由河南夏邑移大营于黄仲集（今商丘南），随即分兵向亳州以北的庐庙、邢大庄发起攻击。捻军首领李廷彦率部抗击，因寡不敌众，坚守了十余天，庐庙、邢大庄先后失守。李廷彦被诱捕杀害。接着，僧格林沁命翼长全顺、承先、苏克金、恒龄和总兵常山保等率部南下，分别占领了丁花园、王路口、颜集、五马沟、岳楼、高阁、八里庄等圩寨。清军占领亳北地区之后，僧格林沁又于11月初督师进攻亳东地区。黑旗首领苏添福在刘集率部坚守圩寨，抗击清军。清军发炮猛攻，寨内房屋多被炸塌，苏添福于11月6日率部退守蒋集。20日，马村桥捻军来援，遭国瑞部清军阻击，随后，张乐行也由庙集率部驰援，27日在下张桥遭到清军翼长舒通额、苏克金部骑兵袭击，败退涡河南岸。以后，张乐行等部捻军又多次往援蒋集，均为清军所败。12月20日，捻军首领陈万辐突围南走，其弟率部投降清军。1863年1月底，僧军攻占涡河南岸的韩楼，2月23日又攻占马村桥，苏添才率捻军余部退守雉河集。
一系列战斗的失利和圩寨的丢失，引起捻军队伍中某些动摇分子的叛变投敌。在僧军进攻亳北时，黑旗首领宋喜元等投敌叛变，并无耻地带领清军攻打捻军。2月26日，僧军包围张家瓦房，赵浩然又率部投降。随后，宿州、蒙城的一些捻军首领也纷纷投敌。接连数次率部进军大半个山东的捻军首领刘天祥，也向宿州知州英翰屈膝投降，充当清军鹰犬。但是，绝大多数捻军将领和战士，没有被僧军的猖狂进攻所吓倒，仍奋不顾身地与清军展开圩寨争夺战。
这时，苗沛霖根据僧格林沁“剿捻立功”的指令，从背后袭击捻军，占领了一些捻军圩寨，进而配合僧军向雉河集推进。
张乐行在清军重兵围攻的艰危情况下，为了分散敌人的兵力，命张宗禹率部突围，由太和、颍州入豫东南与陈大喜等部会合，自己则率部东走宿州，拟北上与早已进入山东、苏北一带的李成、任化邦（又名任柱）等部会合，因在符离集遭清军阻拦，便又折回雉河集。
3月16日，僧格林沁移大营于亳州涡河北岸的庙集，随即命舒通额、苏克金等部向捻军发起进攻，于19日占领尹家沟、雉河集。张乐行等率部南走。20日，张村堡（今利辛西北）一战，捻军死亡将士一千余人。21日，再次失利，又伤亡二千余人，韩四万、刘玉渊、苏添福、苏添才等被俘遇害。3月23日夜，张乐行仅率二十余人逃至蒙城、宿州交界的西洋集，为叛徒李家英等出卖，不幸被捕，押往僧格林沁军营。不久，张乐行及其子张喜、义子王琬儿等被清军杀害。姜台凌、孙葵文等向清军乞降，结果仍被处死。
捻军在这次防御作战中，由于实行消极防御，结果受到了严重的挫折，不仅丧失了蒙、亳基地，而且张乐行等许多捻军重要首领以及将士二万多人英勇牺牲。蒙亳一带的捻军圩寨几乎全被摧毁，当地人民惨遭祸殃。雉河集到处是断壁残垣，一片凄凉景象。但是，捻军并没有被完全消灭，突围出去的张宗禹，任化邦等部以流动作战方式，继续坚持斗争。
（二）转战豫、鲁，调动打击清军
张宗禹、李成、任化邦等部捻军从蒙亳地区突围之后，分别转战于河南、山东等地，结合当地农民起义军，积极打击清军。
张宗禹等部捻军与豫东南捻军陈大喜部会合，活动于新蔡、汝阳、息县、罗山、光山一带。新任河南巡抚张之万命总兵张曜、余际昌率军追剿。1863年4月初，张宗禹、陈大喜率部进入湖北，总兵余际昌率豫军五千余人越境追击。捻军经麻城、罗田、蕲水（今浠水）进至蕲州、广济（今蕲春东南）一带。后由于湖北清军竭力堵截，而余际昌部豫军已撤回河南，捻军途回军北上，于5月中旬复入河南，由光山、罗山、息县等地渡过淮河，5月26日在正阳县方案设伏，重创跟踪追击的豫军，毙余际昌及游击以下官弁三十九人，使该部清军死伤过半。这一胜利，大大鼓舞了捻军士气，增强了坚持斗争的信心。
李成、任化邦等部捻军在山东幅军、敎军等农民起义武装的配合和支援下，活动于兰山、费县、沂水、蒙阴、泗水等地，并进入曲阜、泰安，逼近省城济南。山东巡抚潭廷襄惶恐不安，忙向清廷告急：“东境外匪与内匪交讧，实属弗遑兼顾”，“贼边马已至汶、宁，湖路可达东平，山路可逼省会，事机危迫”。当时活动于鲁西堂邑、冠县、馆陶（冶今馆陶东北）、临清、高唐等地的宋景诗黑旗军，也威胁着清廷畿辅重地。这就迫使清廷不得不急调僧格林沁军由淮北返回山东。僧军转回山东后，在新任山东巡抚阎敬铭率领的防军配合下，疯狂地镇压各支农民超义军，使淄川的刘德培起义军，邹县、泗水，曲阜交界的文贤教军，以及末景诗黑旗军都遭到重大损失。宋景诗在刘贯庄战败后，便参加了捻军。
当僧军于4月底北返山东后，蒙亳地区转入地下的捻军又纷起活动，开展各种形式的抗清斗争。与此同时，苗沛霖再次叛清，于5月初占领颍上、怀远、寿州，围攻蒙城。不久，张宗禹、陈大喜等亦率军从豫南经颍州回到雉河集，惩办了出卖捻军领袖，为虎作伥的叛徒，并夺取了敌人的粮台，打击了敌人的嚣张气焰，鼓舞了当地人民的斗志，不少人踊跃参军。
蒙亳一带捻军的重斩活跃以及苗练的再次反清，使正在围攻太平天国首都天京的曾国藩颇有后顾之忧，急忙上奏清廷，请求僧军再次南下进攻淮北。1863年11月9日，僧格林沁遵旨由直隶大名率军南下，经河南许州于11月下旬进抵安徽蒙亳地区，设大营于高炉筑（今涡阳东南）。
张宗禹等得知僧军再次南下，即主动撤离雉河集，西走河南。僧军占领雉河集、西洋集一带后，便于12月6日向正在围攻蒙城的苗练发起进攻。在僧军和蒙城清军的夹击下，苗练四处败逃，苗沛霖在乱军中被杀。以剿捻起家、作恶多端的苗练武装从此烟滑云散，清军在重占蒙亳地区后，大肆平毁圩寨，收缴武器。为加强对这一地区的控制，滴廷把雉河筑改为涡阳县，在县北的龙山镇驻扎一营清军，以防捻军再起。随后，僧军奉命进入河南，追击捻军。
（三）与西北太平军并肩作战，突破重围
张宗禹等率军西走河南后，准备进入陕西与西北太平军会合。这时，由扶王陈得才统率的西北太平军为解天京之围，正在东返途中。1864年4月下旬，陈部在河南西南部的浙川、内乡等地先后与捻军张宗禹、陈大喜、任化邦等部会师，众达数十万，随即分四路向东南进发。清廷为阻止西北太平军和捻军援救天京，令僧格林沁的马队及鄂军，豫军、皖军竭力拦击。不久，聚集于鄂、豫、皖交界地区的清军不下十万人。
太平军和捻军在东进过程中给了拦截的清军以应有的打击，但本身也受到一定损失。当得知太平天囤的首都天京于7月19日失陷之后，“人心离散”，士气大挫，尽管后来在河南的罗山、光山和湖北的蕲水等地几次击败清军，但这些局部胜利并未改变被清军围遍堵截的不利局面。11月5日，安徽霍山黑石渡一战，太平军和捻军损失惨重。接着，马融和等屈膝投敌，蓝成春被俘遇害，陈得才服毒自杀。其后，赖文光、邱远才等部太平军和张宗禹、任化邦、陈大喜等部捻军先后进入河南，经过合编和整顿，迎着险恶的局势，再接再厉地进行艰苦卓绝的斗争。
1857年到1864年，是捻军反清战争的关键时期。由于实行了与太平军联合作战的正确方针，张乐行、龚得树等部捻军主力得以控制淮河中游，镇守淮河腹地；淮北捻军的积极出击，也牵制了相当的清军，从而使淮南战场保持相对稳定，陈玉成，李秀成部得以在湖北和天京外围的往返征战中不致有后顾之忧。这些都是具有很大战略意义的。
这一时期，由于清军在安徽以及河南、山东、江苏等省的兵力比较薄弱，而捻军数量众多、占地较广，这就为捻军进一步壮大自己和扩大占领区提供了客观有利条件。1859年秋，河东河道总督黄赞汤，河南巡抚瑛檗、前山东巡抚崇恩在给浦廷的奏折巾指出：“皖捻滋事以来，窜扰河南、江南、山东三省，蔓延愈广，裹胁愈多，而攻剿数年，迄难扑灭者，则以官军兵分力弱，不足制其命而捣其巢也。”进而指出：“近日定远不守，捻、粤联为一片，南抵安庆、舒、桐，北通滕、峄、曹、单，东界徐、宿、青、阳，西邻归、陈、光、固，纵横千余里之内，实已民贼不分，而翁同书一军仅保寿州，胜保一军扼扎蒋坝，岌岌乎无驻师之地，徒恃傅振邦，关保两军，以区区之师，当数十股凶悍之众，前后左右，纷至沓来，虽毕力进攻，亦岂能制贼死命？”这些描述说明了当时捻军确实处于非常有利的地位。但是，为什么时隔不久，捻军在淮南战场和淮北战场的作战均遭失利，最后不得不撤离蒙亳基地，突围他走呢？从作战指导方面考察，主要有以下原因：
一是雉河集会盟后，实际上没有建立起真正集中统一的领导和作战指挥。捻军主力南下六安后，张乐行，龚得树对内部的意见分歧处理不当，更增加了各股捻军的离心倾向，以致难于集中兵力对付进攻之敌，给了清军以各个击破的机会。
二是不重视歼灭清军的有生力量。淮南捻军在淮河中游占领几个城市后，便分兵守点，消极防御，不注意在流动作战中歼灭敌人，结果所占据点反被数量虽少但能集中兵力作战的清军各个攻占。淮北捻军热衷于向外出击以获取生活资料，丧失了更多地歼灭清军的有利时机，特别是没有把侧重点放在消灭盘踞淮北的清军上面，使自己有个稳固的后方，以致当僧军南下向雉河集等地大举进攻时，处于非常不利的被动境地。
三是在大军压境的情况下，蒙亳地区的各支捻军仍然据寨自保，各自为战，没有统一的防御部署和作战指挥，最后终于被清军各个攻破。张乐行等退守雉河集后，企图以武器装备低劣、内部组织很不严密的捻军与清军打堂堂正正的阵地战，而不是及时跳出清军的包围圈，这是很大的失策。后来，在节节失利的情况下，决定一些部队突围出走，才保存了一部分有生力冕，得以继续坚持斗争。
与太平军余部合编，继续坚持反清战争（1864年12月～1868年8月）
一、高楼寨歼灭战
（一）捻军和太平军余部的改编
天京陷落以后，全国革命形势走向低潮。在这危难之际，捻军和太平军余部，没有被清军的血腥镇压所吓倒，而是不畏艰难险阻，继续进行不屈不挠的斗争，成为继太平军之后的抗清主力军。
1864年11月下旬，遵王赖文光和淮王邱远才两部太平军二三千人，于鄂北地区与张宗禹、任化邦、陈大喜、牛宏升、李允、张禹爵等部捻军二三万人会合，扶王陈得才余部及其他一些被打散的太平军，捻军将士，也陆续前往集中。接着，他们在豫，鄂边境进行了合并和改编，组成了一支集中统一的新捻军。捻军首领张宗禹、任化邦等“誓同生死，万苦不辞”，并共推赖文光为最高领袖，赖亦毅然负起领导责任，“以期复国于指日”。赖文光沿用太平天国的年号和封号，称张宗禹为梁王，任化邦为鲁王，李允为魏王、牛宏升为荆王、张禹爵为幼沃王。军队沿用捻军的编制，仍以五色旗区分，下分大旗小旗。但也作了一些变动，如将一些小旗改编成营，在任化邦率领的部队中，就有内五营和外五营的建制。
通过整编，提高了郎队的军政素质，有利于继续坚持斗争。在政治上，明确以复兴太平天国为斗争目标，在领导上，加强了集中统一，隶属关系明确了，组织较前严密了，在军事上，根据捻军骑兵较多和北方地势平坦等特点，决定“易步为骑”，增加骑兵，减少步兵，在步兵中也增加马，骡，驴等牲口，加强了部队的机动能力，在作战方式上，随着骑兵的增加，发展了快速流动，盘旋打圈以疲敌，声东击西以误敌，设伏围裹以歼敌等灵活的战术，成为一支“善战善走”的部队，但是这次改编，没有解决部队主要行动方向和建立革命基地等重大问题，这对于以后的作战影响很大。
清军方面，自黑石渡之战后，某些将领滋长骄傲情绪，认为太平军，捻军已是“屡败之众”，只要“僧格林沁就近调度，必能就地殄除”。同时，派系矛盾突出，特别是曾国藩，李鸿章的湘、淮军与僧格林沁的满蒙旗兵之间，表现尤为明显。就在黑石渡作战之前，僧格林沁连吃败仗，日益暴露出这位王爷的无能。清廷为了支撑这支“王牌”军队，调两江总督曾国藩及其湘军前往湖北东郎参战。曾国藩却以“大帅三人（按：指曾国藩，僧格林沁，官文）屯驻四百里内，恐群盗轻朝廷”为由，拒不应命，只愿派部分湘军归官文调遣。黑石渡之战后，清廷又下令抽调部分湘，淮军（湘军刘连捷部和淮军刘铭传部）给僧格林沁，以加强攻捻兵力。曾国藩、李鸿章都以种种借口拖延部队的调动。而盲目自大的僧格林沁，则认为所调之湘、准军“守则有余，战则不足”，拒绝湘，淮军的支援，仍然妄想独吞攻捻的“胜利果实”。清军之间的这种矛盾，对于捻军来说，无疑是十分有利的。
（二）邓州、鲁山大败僧军
12月初，僧格林沁亲督翼长恒龄、成保及副都统常星阿等部进抵湖北枣阳，旋即西进。12月7日，赖文光等督军败僧军于襄阳，然后挥军北上，进入河南邓州（今邓县）境。赖文光，张宗禹等选择邓州西南的唐坡，挖壕筑垒，部署兵力，准备迎击僧军。12日，僧军分左、中、右三路发动进攻。捻军将士首先打败僧军右路步队，然后从侧后抄袭敌人的中、左两路，大败僧军。僧格林沁退入邓州城。捻军与太平军余部合编后接连取得胜利，士气复振。
12月13日、14日，捻军围攻邓州城未下，便北攻南阳府（今南阳市），旋又西趋镇平，复北经南召至鲁山。僧格林沁率部取道郏县，于1865年1月6日进抵宝丰，堵截捻军北上山西，西进陕西。1月中旬，捻军与僧军交战失利，由鲁山西走。僧格林沁恐其北上洛阳，率部经汝州（今临汝）前往洛阳堵截。后探知捻军集聚于嵩县西北一带，便于1月下旬由洛阳取道宜阳，进至永宁（今洛宁）东面的韩城镇。捻军随即经伊阳（今汝阳）折而往南，返回鲁山。僧格林沁便督队由韩城镇经宝丰县的大营镇奔向鲁山。这时，捻军已在离鲁山十余里的地方布好阵势，待机歼敌。1月28日，僧格林沁命恒龄率骑兵在左，常星阿部居中，成保部在右，同时向捻军阵地冲锋。捻军佯败，将敌军诱过滍水（今沙河），然后回军猛击，并以马队从后抄袭。僧军大恐，营总富克精阿，精色布库等率部先逃。捻军乘势奋勇杀敌，先后毙敌翼长恒龄、营总保青、副都统舒伦保、营总常顺等多人。僧格林沁在总兵陈国瑞援救下，才幸免于死。
僧格林沁在鲁山大败之后，气急败坏，暴跳如雷，将首先败退的富克精阿、精色布库等在军前处决，借以镇慑所部。他决心猛追捻军，寻机报复。
（三）盘旋打圈，疲惫僧军
鉴于清军防守严密，捻军只得放弃入陕计划，决定在河南境内与僧军继续周旋，伺机歼敌。
鲁山获胜后，捻军经叶县北走襄城，禹州，复经长葛，新郑，转入尉氏县境。捻军游骑四出，边马直抵河南首府开封城下，城内清军一日数惊，附近各州县官吏慌作一团。1865年2月11日，跟踪尾随的僧军到达尉氏县城，捻军已南下下鄢陵。僧军先头部队三千余人孤军冒进，当追至鄢陵县北阎寨坡时，捻军得知追军兵力单薄，便以少数部队诱敌，大队回马力战，将其击溃。2月13日，僧格林沁率大队赶到，亦为捻军所败。僧军连战皆败，损兵折将，不得不在鄢陵休整，仅派出部分兵力跟踪捻军。2月中下旬，捻军由临颍，郾城南下，攻西平，围汝阳，僧格林沁只得于3月5日亲督马队南下。捻军见僧军追来，便挥军南下，进攻信阳州城南关，待敌军到达信阳时，又举旗北上，经确山、遂平、西平到达郾城，然后攻扶沟，入睢州境。3月29日，捻军自河南考城进入山东境内。
两个月来，僧格林沁尾随捻军之后穷追不舍，从豫西、豫中，豫东、豫南一直追到山东，行程数千里，所部被拖得精疲力竭，“将士死亡者数百，军中多怨言”。他自己也“寝食俱废，恒解鞍小憩道左，引火酒两巨觥，辄上马逐贼”，清廷曾告诫僧格林沁“未可一意跟追”。老奸巨猾的曾国藩看出了这样追击的危险性，指出：“兵法忌之，必蹶上将。”但僧格林沁刚愎自用，并未从失败中汲取教训。
（四）高楼寨全歼僧军
1865年4月初，捻军进入山东后，经曹县、定陶、城武、嘉祥、汶上、宁阳进入曲阜。时僧军仍紧追不舍，山东巡抚阎敬铭也派布政使丁宝桢率本省防军进入兖州，妄图夹击捻军。为了继续疲惫敌军，捻军北趋宁阳、东平。途中击败总兵范正坦部后，继续北上东阿（今东阿南）、平阴、肥城，威胁省城济南。僧恪林沁率军追至东平，丁宝桢部则进抵泰安北面的张夏镇。捻军见敌有备，便南下宁阳，兖州、邹县、滕县、峄县，旋经兰山、郯城进入江苏的赣榆、海州、沭阳。5月3日，又由邳州返回山东郯城，西走峄县，在临城（今枣庄市西薛城）附近击败丁宝桢部后，北上宁阳、汶上。5月10日由汶上以西的袁家口渡过运河，进至范县（今河南范县东）南面的罗家楼、濮州（今河南濮城）东南的箕山一带，最后进至邪城西北的黄河水套地区。
黄河水套是1855年（咸丰五年）黄河在河南省考城县属的铜瓦厢决口以后，在濮州、范县以南和邪城西北一带形成的一个河汊众多的地地区。捻军进入该地区后，荫蔽在那里的许多被清军击败的山东各地起义军的失散人员，纷纷参军，使捻军人数又众达数万。而这时僧军已被捻军拖得疲惫不堪，僧格林沁本人也因“辄数十日不离鞍马，手疲不能举缰索，以布带束腕系肩上驭马”。就在这种情况下，捻军与当地起义人民一起，在菏泽的高楼寨一带，布下了歼灭俏军的天罗地网。
从菏泽县城到黄河南岸（约四五十里）有一条经吴家店、高楼案的大道。高楼寨北面，有许多道防堵黄河泛滥的河堰，河堰上下柳林密布，捻军主力就埋伏在高楼寨以北的村庄，河堰和柳林中。1865年5月17日，僧格林沁率军追至菏泽之西、高楼寨之南的解元集地区。捻军派山少数部队迎战，且战且走，诱使僧军步步向高楼寨地区深入。18日中午，僧军进至高楼寨，顿时号角齐鸣，声雳原野，埋伏在那里的捻军将士们奋勇出击，挺矛持刀，袒臂鏖战。僧格林沁分兵三路：翼长诺林丕勒、副都统托伦布等率左翼马队，总兵陈国瑞、何建鳖各领本部步队，是为西路；副都统成保、乌尔图那逊等领右翼马队，总兵郭宝昌率本部步队，是为东路；副都统常星阿、温德勒克西等各领马队，是为中路。捻军亦分三路迎战。西路鏖战二小时左右，捻军稍却。适中路捻军将常星阿部清军击溃，立即支援西路捻军向敌人发起反击，将西路清军歼灭。与此同时，东路捻军亦将敌军击溃。在后督队的僧格林沁只得率残部退入高楼寨南面的一个荒圩。捻军乘胜追击，立将该圩团团围住，并在圩外挖掘长壕，防止敌人突围。当夜三更，僧格林沁率少数随从冒死冲出，当落荒逃至菏泽西北十五里的吴家店时，被一青年捻军战士砍死在麦田中。
高楼寨之战，捻军全歼僧格林沁的蒙古马队，使清军的精锐骑兵损失殆尽。副都统成保奏称：“我军失利后，马步兵勇收集无多”。曾国藩也说：两年来僧军屡挫，捻军“夺官马至五千余匹之多，自此不可复制”。薛福成在《科尔沁忠亲王死事略》中称：“陈国瑞所部步队四千覆溃几尽，国瑞仅以身免，……总兵何建鳌、内阁学士全顺，皆死于阵。”这次作战，是捻军在抗清斗争中取得的一次重大的胜利，也是运用运动战取胜的一个典型的战例。捻军发挥快速流动作战的特长，牵着僧军盘旋打圈，使其精疲力竭，同时伺机反击，消耗敌之兵力，挫伤其士气，最后在地形和群众条件都对捻军有利的地区，一举全歼穷追之敌。僧军方面，由于僧格林沁盲目轻敌，一味穷追，后方供给不继，部队饥疲交加，士气日益低落，加上得不到豫、鲁清军的有效配合，遂为捻军提供了打歼灭战的有利条件。
二、粉碎曾国藩“以静制动”的攻捻方略
（一）曾国藩“以静制动”的攻捻方略
僧格林沁军覆灭后，清廷深恐捻军渡过黄河，北攻直隶，威胁京畿，从1865年5月下旬开始，进行了一系列新的部署：命两江总督曾国藩携带钦差大臣关防，统领所部各军，前赴山东，于北面驻扎“督剿”，继又令其督办山东、河南、直隶三省军务，所有三省旗绿各营及地方文武员弁，均归节制；命直隶总督刘长佑驻军大名一带，扼守黄河天险；催调提督刘铭传所部淮军迅速北上，“力固畿南门户”；命三口通商大臣崇厚率领经英国人训练的天津洋枪队，进驻景州（今河北景县），堵截捻军；命署两江总督李鸿章于所部各军内拨派精锐若干，由上海乘轮船前往天津，增援直隶，命醇郡王突环统领京城旗绿各营，“密筹布置”，守卫北京。
曾国藩在接到清廷的命令后，一方面故作姿态，力辞节制直隶、山东，河南三省之命，并以种种理由拒绝迅速北上，以免仓促上阵，重蹈僧格林沁全军被歼的覆辙；另方面积极进行作战准备，并向清廷提出了新的攻捻方略。他认为捻军骑多步少，行动迅速，“飘忽靡常”，因而主张重点设防，“以静制动”，即所谓“各练有定之兵，乃足以制无定之贼”。后来他又一再重申采取这种攻捻方略的必要性，声称“细观贼情，已成流寇行径，若贼流而官兵与之俱流，则节节尾追，著著落后。……虽终岁奔波，终无大损于贼”。强调要在捻军“必经之途，驻扎重兵”，“变尾追之局，为拦头之师，以有定之兵，制无定之寇”。据此，曾国藩提出如下具体方案：由他坐镇徐州，负责捻军经常出没的四省十三府州（即安徽庐州、凤阳、颖州、泗州，河南归德，陈州，山东兖州、沂州、曹州、济宁，江苏淮安、徐州、海州）的攻剿事宜，四省的其它地区则由各省巡抚负责。四省分别以临淮、周家口、济宁、徐州为“老营”，驻扎重兵，多锗粮草弹药，以为重镇。他认为这样一来，就可做到“一省有急，三省往援。其援军之粮药，即取给于受援之地，庶几往来神速，呼吸相通”，“四省有首尾相应之象，而诸军无疲于奔命之虞”。
曾国藩煞费苦心制定的攻捻方略，其用心非常狠毒，但是，这一方略并不能解决地广兵少的矛盾。且不说捻军可以避开这十三府州的重点设防区，即使在上述重点设防区内，捻军依然可以在乡村纵横驰骋，摧毁地主民团的圩寨，并伺机伏击由城市出援的清军。此外，清军重兵集中于主要城市，广大地区的兵力就相对薄弱了，加上奉调北上的湘军、淮军与各省防军之间矛盾重重，使捻军仍有继续流动作战的条件。
1865年6月18日，因镇压太平天国“有功”而被封为“一等毅勇侯”的曾国藩，在清廷的一再催促下，离开金陵，沿运河北上，踏上了镇压捻军的反革命征途。
（二）捻军继续流动作战
高楼寨之战后，山东清军兵力空虚，仅有丁宝帧所部三千人扼守济宁，“能守而不能战”，而捻军新胜，士气大振，兵强马壮，“纵横自便”。如果捻军此时不失时机地挥军北上，不但济南指日可下，而且可以更加沉重地打击清军，开创新的局面。但是，当时由于捻军首领们对尔后的进军方向“争言不决”，有的主张“先陷济南”，有的主张“北趋直隶”，有的主张“渡黄由豫入陕”，以致在近半个月的时间里，数万部队徘徊于黄河以南、运河以西的菏泽、曹县、城武、定陶、郓城、巨野、濮州、范县、金乡、济宁地区，虽然队伍有所发展壮大，但较长时间无所作为，失去了乘胜进攻的良好时机。及至得悉“京师有备”，自知难以渡河北上，赖文光等才于6月1日率部自汶上袁家口等处渡过运河东进。由于此时济宁，济南等地清军防守已经加强，捻军随即回到运河以西的嘉祥。这时，张宗禹已率部南下安徽，赖文光，任化邦等便接踵南下，谋与张宗禹等会合，恢复蒙亳一带的捻军基地。
张宗禹、赖文光等部捻军先后返回蒙亳地区后。即向当地清军发起进攻，相继占领了一些乐镇和圩寨。6月18日，捻军攻占高炉集，切断驻涡阳（即雉河筑）的安徽布政使英翰所部的粮道。6月21日，捻军三四万人乘胜进围涡阳城。这时，奉调开往徐州的总兵易开俊部清军三千人已行抵蒙城，曾国藩也于6月30日到达江苏清江浦。英翰接连消援于曾国藩，曾即命提督黄翼升率所部水师由高良涧（今江苏洪泽县）入洪泽湖，沿淮河西上，命总兵周盛波等部由徐州赴宿州以援蒙亳，命提督刘铭传部自济宁驰回徐州“以拯皖北之危”，自率部分湘军进驻临淮关。接着，漕运总督吴棠命总兵姚广武率部由濉溪口、临涣集出发，河南巡抚吴昌寿命总兵张曜、宋庆两部豫军由商丘出发，安徽巡抚乔松年命总兵张得胜、副都统克蒙额等部皖军由颍上、太和出发，驰援被困于涡阳的皖军，对捻军形成包围态势。捻军久攻涡阳不下，粮药将尽，在各路清军步步逼近的情况下，不得不于7月25日撤围，西走河南。
捻军分南北两路深入豫境：北路由张宗禹等率领，经商丘、柘城、太康，扶沟、鄢陵、许州、襄城、郏县、宝丰、鲁山，南走南阳府，南路由赖文光等率领，经沈丘、淮宁、周家口、西华、临颍、郾城，复折往东南，趋西平、上蔡等地。
曾国藩在捻军分两路进入河南后，仍坚持其专办十三府州攻剿事宜的方针，他认为张宗禹一路已进入豫西，“万难追及”，而赖文光一路进入陈州，属于十三府州，便派刘铭传等部跟踪追击。9月23日，曾国藩自临淮移营徐州。其时，赖文光一路捻军已由河南新蔡进入安徽阜阳县西部的瓦店集、迎仙集一带，刘铭传等部淮军以及豫军、皖军等正从周家口、徐州、颍州、固始等地压来，妄图多面夹击，一举消灭捻军。10月1日，凹张寨一战，捻军失利，赖文光及时率军撤出，由周家口北趋西华、太康、睢州，从考城入山东，活动于曹县、定陶、郓城，菏泽等地。
曾国藩唯恐捻军进入山东半岛富蔗地区，便一面命驻防济宁的潘鼎新部淮军扼守运河，一面命总兵张树珊的步队，副都统色尔固善的马队以及徐州的清军北上山东，跟踪捻军；并从苏南调总兵杨鼎勋、郭松林等部进驻宿迁、徐州，以为后援；还命刘铭传、周盛波两部淮军分别进驻周家口、归德，防备捻军南下。清廷对曾国藩在山东围堵赖文光部的部署虽感满意，但对进入豫西的张宗禹部却忧心忡仲，认为该路捻军“不西趋秦境，必北扰晋疆”，而曾国藩所率清军多在东路，实有鞭长莫及之势。为此，拟命李鸿章率总兵杨鼎勋等部驰赴河洛一带，进剿张宗禹部，兼顾山西、陕西门户。接着，又令正在赣南镇压太平军余部的鲍超所部湘军赶赴豫南。曾国藩深知，如果李鸿章督师豫西，必然从东路将淮军调走，使他失去依恃，于是上奏清廷，建议暂勿令李鸿章赴河洛。清廷采纳了他的意见。
就在反动派频繁调兵之际，赖文光等已率捻军由山东进入江苏丰县、沛县、砀山、徐州一带，取得粮食和兵员补充后，又西进河南，于11月底与从鲁山、宝丰东进的张宗禹所率捻军会师于扶沟，随即西趋襄城、叶县、舞阳一带。
（三）曾国藩“以静制动”方略的彻底失败
捻军不断深入河南流动作战，而湘、淮军一般只守据点，不积极攻剿，使新任河南巡抚吴昌寿兵饷两绌，一筹莫展。他在给清廷的奏报中，一方面诉说“豫省军务种种棘手，势处万难”，另方面对曾国藩名为督办三省军务，实仅株守十三府州之地，表示不满。12月14日，清廷谕令曾国藩。统筹全局，前往应援”，并告诫他“未可株守一隅，致误事机”。与此同时，曾国藩也因捻军主力全部进入河南，不得不对其攻捻方略进行一些改变，表示“不复拘泥十三府州之说”。他一面坚持仍在济宁、徐州，临淮、周家口四处驻扎重兵，以备“迎头截击”，一面令李昭庆部淮军万余人奔赴河南，与原驻周家口的刘铭传部淮军万余人“同作两支游兵，仿照僧格林沁之法”，与捻军“纵横追逐，使之不得休息”。曾国藩还准备将其大营由徐州移往周家口。
在曾国藩尚未变更部署以前，捻军即已分路疾驰南下：赖文光等率部自临颖、郾城走西平、遂平、确山、正阳、罗山、光州；张宗禹等率部自襄城、叶县走裕州（今方城）、唐县（今唐河）、邓州。1866年1月，捻军各部先后进入湖北，赖文光一路在麻城、黄州（今黄冈）一带活动，张宗禹一路在襄阳、枣阳一带活动。1月18日，赖文光，任化邦郎乘清军提督成大吉部哗变之机，发起进攻，成大吉仅率少数清兵从麻城逃往滠口。捻军遂占黄陂筹地，威胁武汉。2月18日，捻军又于黄陂东南的街埠一带大败清军，毙总兵粱汉胜等多人。
捻军在鄂东连打两次胜仗，湖广总督宫文急忙消求援兵。曾国藩命总兵喻俊明等率水师驰赴武汉，令刘铭传率所部淮军由周家口驰赴湖北黄州，令浙江提督鲍超率所部湘军进驻豫、鄂交界地区，听候调遣。当援鄂清军刚到湖北，捻军又甩掉敌人北上，经河南进入山东。4月11日，张宗禹郎在安兴寨（今菏泽东北）击败总兵杨飞熊部八营清军，13日，又在龙堌集（今巨野西南）大败总兵王心安部八营清军，20日，在郓城西北的柳条圈又败潘鼎新所部淮军。26日，赖文光部也到达郓城境内，两支捻军重又汇合。
4月29日至5月7日，捻军三次抢渡黄河，运河均未成功，遂又分兵两支南下：张宗禹等率部走河南虞城、宁陵，归德等地；赖文光等率部南进江苏丰县、砀山，邳州、宿迁等地。6月15日，两支捻军在徐州汇合，旋又分开。张宗禹部由丰县、砀山走河南虞城，宁陵、睢州、杞县，又南下太康、陈州，从周家口渡过沙河，由郾城西进：赖文光部走安徽宿州、怀远，渡过涡河趋凤台、太和，然后入河南境内。捻军一直在曾国藩所圈定的重点防区内往返穿插，流动游击，使其“以静制动”的方略彻底失败。
（四）曾国藩“聚兵防河”计划的完全破产
“以静制动”的方略破产后，曾国藩于1866年夏又提出了“聚兵队河”的方略，企图以此遏阻捻军的流动，经与直隶总督刘长佑、山东巡抚阎敬铭面商，确定了运河、黄河的设防部署：在运河防线上，从济宁长沟到山东、江苏之交的韩庄，由潘鼎新部防守，韩庄以下山场鼎勋部驻防；长沟以上至黄河由山东军防守。在黄河防线上，范县豆腐店以西至东明、长垣由直隶军防守，豆腐店以东的张秋、东阿一带由山东军防守。捻军渡过沙河进入豫西南后，曾国藩又设沙河、贾鲁河防线。沙河地段：从周家口到槐店（今沈丘）由刘铭传部防守，槐店到正阳关申乔松年部皖军防守，正阳关以下系淮河，曾国藩派水师和皖军防守。贾鲁河地段：从周家口到朱仙镇由潘鼎新、张树珊部防守；从朱仙镇北四十里到开封，又北三十里到黄河南岸，没有河流，由李鹤年的豫军构筑堤墙防守。这样，就形成了一个跨鲁、豫、皖三省的三角形防线。此外，为了攻守结合，又命鲍超、刘秉璋、杨鼎勋、刘松山、张诗日所部为“游击之师”，跟踪追击捻军。
曾国藩“聚兵防河”的主要目的，先则企图阻止捻军进入山东、江苏，在捻军渡过沙河以后，则企图将其局限于豫西南的多山地区，使之不能发挥骑兵的优势，然后集中兵力聚而歼之。显然，这种设防漏洞仍然很多。首先，由于清军内部存在着派系矛盾，曾国藩难于做到统一指挥，特别是经常受到淮军头目李鸿章的掣肘。其次，曾国藩的“防河”战线太长，势必造成兵力分散，处处防守薄弱。此外，还有不少人对曾国藩的防捻计划持反对意见，认为“宜于速剿，不必为防河之谋”。
就在曾国藩紧张地部署河防时，捻军发觉了清军的诡计。9月中旬，赖、张两支捻军在河南禹州、许州一带会师，侦知朱仙镇以北堤墙尚未筑成，随即经尉氏、中牟北上，决定跳出河防圈。9月24日，捻军先示形于开封以北的黑埋，佯作抢渡黄河的态势，然后急速南下进至开封南的芦花冈，乘皮击溃豫军，再次突入山东境内。
沙河、贾鲁河防线被捻军突破后，曾国藩自称“闻信之余，实深焦愤”，不得不承认防线太长，兵力不足，称“防守沙河、贾鲁河，本系策之至拙者”，但又声称“无奈马队远不如贼，……专恃步队追剿，断不能制流寇，不得已乃出于防河之下策”。不管曾国藩如何巧于言词，事实是由他主持攻剿捻军一年零五个月，“毫无成效”。为此，清廷决定换马，12月7日，改任李鸿章为钦差大臣，节制湘淮各军，专办剿捻军务。曾国藩则回任两江总督。
三、东捻军转战湖北
（一）捻军分为东西两支
捻军冲破沙河、贾鲁河防线，进入山东菏泽、曹县、巨野、金乡一带地区后，于10月上旬抢渡运河未成。这时，淮军潘鼎新部已进抵济宁，刘铭传部进入城武、巨野，刘秉璋、刘松山、张树珊等部也先后到达山东，进入运河防区，对捻军实施包围，捻军随即回军西向，于10月13日进入豫东地区。
两年以来，捻军纵横驰骋于苏、鲁、豫、皖、鄂数省，取得了歼灭僧格林沁和粉碎曾国藩“以静制动”的攻捻方略等一系列胜利。但是，由于长期不停顿地流动作战，没有一个可以立脚的基地，部队得不到休整，粮食、弹药的补充十分困难，同时又得不到任何友军的支援，战略上的被动态势日益明显。捻军领袖赖文光等深感“独立难支，孤军难立”，试图改变这一不利态势，遂决定将捻军一分为二，由张宗禹、张禹爵、邱远才等率部分捻军西进陕甘，联络那里的回民起义军，“以为犄角之势”，是为西捻军；由赖文光、任化邦、李允等率部分捻军留在中原地区，与敌周旋，是为东捻军。
（二）东捻军转至湖北与李鸿章的攻捻方略
1866年10月下旬，东捻军三万余人在赖文光，任化邦，李允等率领下，由河南中牟返回山东，拟攻破运河防线，进入较为富庶的运河东部地区，以扩充兵员和筹集粮垧，后因在郓城东北的袁家口、开河、安山等处几次抢渡均未成功，而淮军刘铭传、潘鼎新等部又已跟踪返回山东，为避免遭敌围攻，便南下江苏丰县、沛县等地。不久，复入山东，再次进攻运河防线，又没有成功。其后，赖文光、任化邦等遂放弃进入运河东部地区的计划，决定向湖北转移，拟渡过汉水，进占荆州、宜昌，然后主力入川，并留一支部队于湖北以为声援，以一支部队入陕西与西捻军取得联络。“倘各路皆不得手，……则共档案中”，联合回民起义军，在陕西建立基地。这一计划，得到东捻军广大将士的拥护。1866年12月初，东捻军由山东进入河南，下旬进入湖北。
清军方面，李鸿章鉴于曾国藩所确定扼守的“贾鲁河、沙河地段太长，人力难齐，终办不成”的教训，提出了将捻军“蹙之于山深水复之处，齐地以诱其入，然后各省之军合力三四面围困”的“扼地兜剿”方略，并准备采用“离间”、“招抚”等伎俩，妄图从内郎瓦解捻军。
1867年1月，李鸿章调集共部不下十万部队，分“堵击之师”和“兜击之师”，在河南、湖北集中。共部署是：在北部，命李昭庆部二十余营驻河南信阳，扼捻军北上的通道；在西部，命鲍超三十二营由南阳移驻襄阳，豫军总兵宋庆十营、副将蒋东才六营扼守枣阳，荆州将军巴扬阿统领提督蓝斯明、水师总兵左光培扼守汉水沿线；在东部，命新任安徽巡抚英翰、总兵张得胜等率皖军分扎六安、霍山一带；在南部，由湖广总督官文驻守武昌，彭玉麟统领水师驻守黄州。上述各部清军均为“堵击之师”。李鸿章又命刘铭传、刘秉璋、周盛波、张树珊等部淮军共三十余营，由豫东南分道入鄂，和新任湖北巡抚曾国荃统领的郭松林、彭毓橘、伍维寿、熊登武等部湘军共三十余营，组成“兜击之师”。李鸿章等妄图一举治灭捻军于鄂东地区。
（三）罗家集、杨家河两败敌军主力
东捻军进入鄂东北不久，即由麻城南下黄陂，接着进至滠口，威胁武昌。随后，折而向西，连克云梦、应城，进攻德安府（今安陆），旋又经宋河镇入京山，南占天门县。提督郭松林率领九营湘军尾追而来，捻军采取兜圈子的战术疲惫敌军。郭松林不顾士卒疲劳，紧迫不舍。1867年1月11日，郭松林分兵三路向钟祥东面的罗家集进攻，捻军的步马队早已设伏以待。待敌发起攻击时，捻军首领任化邦率部正面接战，李允统领马队从两侧包抄，赖文光率部袭敌后路，将清军四面包围。激战半日，歼灭清军二千余人。郭松林身中七枪，被捻军生擒，因伤重不能行走，被弃掷路旁，幸免于死。
罗家集胜利后，东捻军在钟祥与旧口之间结筏抢渡汉水未遂，便东走应城、云梦。淮军周盛波、张树珊等部在后尾追，捻军仍采用打圈战术，伺机歼敌。1月26日，捻军在德安府杨家河东岸屯扎，淮军总兵张树珊所部六营孤军追来，渡河进击。捻军佯装败退，张树珊恃勇轻进，被捻军分割包围。激战至深夜，捻军阵斩张树珊及副将刘登朝、郭有容等数百人，使李鸿章的淮军受到一次沉重的打击。
（四）尹漋河先胜后败
东捻军两败敌军之后，士气高昂，声威大振。为了实现西进川陕的战略目标，先后在旧口、丰乐河、流水沟及王家集、霸王山等处抢渡汉水，但均为清军所阻，被迫回到旧口地区。
就在东捻军抢渡汉水的半个月中，清军各部已分别向旧口方向集中，准备围歼东捻军于旧口地区。其部署是：湘军彭毓橘、谭仁芳、熊登武、刘维桢等部驻九里冈、永兴、皂市、天门一带，屏蔽东路，豫军蒋东才等部驻茅茨畈，扼守北路；淮军刘秉璋、周盛波等部扼守京山，李昭庆部由信阳移驻宋河镇；以淮军主力刘铭传部万余人由北而南，湘军主力鲍超部二万六千余人自西向东，夹击捻军。赖文光等见清军米势迅猛，便率军逗守尹漋河（今永隆河）一带，准备与清军决战。
2月19日拂晓，刘铭传为了争功，自行改变与鲍超军共同进攻的计划，提前由下洋港向尹渡河抢先发动进攻。他见捻军扎营于司马河（今天门河）对岸，便留二三营兵力护卫后路辎重，以十七营兵力渡河攻击。捻军以步队正面阻击敌军，以千余马队向北绕袭敌军后路。刘铭传恐后路兵单，辎重难保，便抽出步队三营、马队二营加强后路，自率十二营兵力分三路进攻。捻军亦分三路迎击：任化邦敌左路，牛喜敌右路，赖文光、李允敌中路。任化邦率部全力围攻刘盛藻的左路军，“刘盛藻鏖战多时，渐不能支”。刘铭传恐左路有失，忙从中路抽出黄桂兰、张士元、李锡增三营兵力往援。在捻军的锐利攻势下，刘盛藻部过河溃逃，李锡增则中枪丧命。接着，任化邦率部转援牛喜部，将右路淮军一举消灭，击毙总兵唐殿魁、记名总兵田履安、副将吴维章等。捻军左右两路取胜后，任化邦、牛喜便率部与赖文光、李允部一起围攻刘铭传亲自督率的中路军。捻军将士挥刀斩杀，淮军一败涂地，退至司马河彼岸。刘铭传失魂落魄，与其部将、幕僚“俱脱冠服坐地待死”。
可是，正当捻军追过司马河，即将歼灭刘铭传所部淮军时，鲍超率所部湘军从旧口由西向东侧击杨家洚捻军侧背。杨家洚与尹漋河同在司马河东岸，相隔十余里。赖文光在鲍军进入杨家洚后，没有仔细侦察敌情，便仓促率领中军步队向的军冲锋。但鲍军阵势严整，左、中、右三路，每路八九营兵力，分主攻和策应，稳扎稳打，步步前进。激战两小时，捻军中军步队受挫，虽有马队驰前接应，但后路又为的军马队截断，于是军心动摇，阵势大乱，由胜转败。又因连日下雨，河港水深，道路泥泞，捻军慌不择路，阵亡和溺死者近万人。杨家洚、尹漋河等处数百村庄据点，全被鲍军占领。
尹漋河之战，虽然歼灭了刘铭传所部淮军半数以上，但东捻军自己也遭到惨重损失，伤亡万余人，被俘近万人，损失马匹数千和辎重无数，不但元气大伤，而且使西进的计划受挫。尹漋河之战最后遭到失败，首先是由于东捻军在取得罗家集、杨家河两次胜利后，产生了骄傲轻敌情绪，对于在武器装备上占很大优势的敌军没有予以足够重视，以致在与刘铭传部作战时，竟没有派出相当数量的部队，对近在旧口的鲍超部进行警戒，特别是当鲍部来袭时，赖文光等不作周密部署，仓促反击，结果受挫。其次，捻军在作战不利的情况下，缺乏坚韧顽强的意志，稍遇挫折，就撤离战场。此外，尹漋河一带河汊纵横，使捻军骑兵的活动受到限制。鲍超说：这次“擒斩溺毙之多，则由彼之先失地利耳”。
（五）被迫放弃入川计划
东捻军在尹漋河战败后，余部即北上河南，从唐县、桐柏东走信阳、罗山、光山，然后经湖北麻城，黄冈、蕲水、蕲州、广济，进入安徽西南边境，因遇淮军刘秉璋、周盛波部阻击，又折回湖北蕲州一带。这时，湘军彭毓橘部驻扎于蕲水。3月23日，东捻军由兰溪、董家河一带沿浠水河北上时，彭毓橘亲率湘军十三营由六神港至溪潭坳堵截，捻军将其击败，阵毙总兵彭光友，并乘胜包围六神港，取得了击毙彭毓橘以下营哨各宫三十余名和歼敌三千余人的胜利。
之后，东捻军又西经孝感、应城、京山等地抵达汉水东岸，在旧口至岳口一带筹船结筏，希图西渡汉水，为清军炮船所阻，未获成功。后经钟祥北上枣阳、随州（今随县），5月初进入河南桐柏、信阳境，因遭淮军周盛波、刘铭传部截击，由平靖关折回湖北应山，旋又东走黄安。5月14日，捻军在黄安的王家冈设伏，大败刚从河南光州赶到麻城的淮军杨鼎勋部，杀总兵张遵道。接着，捻军再次进至汉水东岸，由于刘铭传和鲍超部相继追来，不得不放弃西渡仅水进入四川的计划，经枣阳北上，拟从河南西进入陕，与西捻军会合。
四、东捻军在山东被围及其最后失败
（一）进军山东半岛
1867年5月下旬，东捻军进入河南新野、邓州、镇平、内乡一带，还来不及休整补充，淮军刘铭传等部就从枣阳、襄阳跟踪追来，豫军宋庆部和淮军周盛波等部也分别由南阳、唐县前来堵截。而当时捻军内部对于行动方向问题意见不一。赖文光、任化邦等本主张进军西北，但从山东郓城、梁山地区参军的将士认为山东连年丰收，粮食充裕，而陕西连年战乱，粮食缺乏，极力主张东进山东。赖文光、任化邦等为了尽快摆脱敌人的包围，同时，“恐西路山多，难于翻越”，也就改变主意，采纳了东进山东半岛的意见。
6月上旬，东捻军由考城进入山东曹县，疾趋郓城，甩掉尾追之敌，于6月12日晚直逼运河，以一部强攻沈口，吸引附近各段守河清军驰援；以另一部袭击由山东军防守的此较薄弱的戴家庙一带防线，于坎日黎明突破。当时天旱水浅，捻军全部三四万人涉水过河，进入运河东部地区。
东捻军进入山东腹地后，日行百余里，忽尔忽西。新任山东巡抚丁宝桢虽僭军尾迫，只能望尘兴叹。6月19日，东捻华东走章丘，后经邹平、寿光等地进入胶东半岛，6月底兵锋直指烟台。道员潘霨勾结英法侵略者联合防守烟台，通商大臣崇厚则从天津派出洋枪队渡海增援。
胶东半岛虽然比较富庶，但捻军进入这三面濒海的地区，易被清军包围，而东捻军首领们虑不及此，最终招致失败。
（二）李鸿章坚持“扼地兜剿”方针
东捻军突入山东后，清廷令李鸿章从河荫移营山东，“择要驻扎，居中调度”。李鸿章根据刘铭传、潘鼎新等将捻军。挤入登（州）、莱（州）海隅，趁势围逼”的建议，立即奏称：“断不敢谓蹙贼海隅之议遂有把握，但与其任令长驱各省，流毒无穷，似不若诱令盘旋偏隅，得办且办”。6月20日，李鸿章抵达济宁，随即以刘铭传部由济宁、泰安、莱芜径趋青州（今益都）为中路，以潘鼎新部由潍县（今潍坊市）、昌邑赴莱州（今掖县）为北路，以总兵董凤高、沈宏富马步十五营由郯城，兰山进莒州为南路，“三路兜截而前，欲逼（捻军）入登、莱绝地，会合（山）东军相机扼堵”，“扼之于胶莱河一带，使其不能复出”。不久，李鸿章又声称：“欲灭此贼，计惟有觅地兜围之一法”，“与其驰逐终年”，“不如弃一隅以诱之”，“与其往复运东”，“不如专弃登、莱以扼之”。他决定“先固守局而后进兵”。其具体部署是：以运河为外圈，胶莱河为内圈，进行布防。决定调皖、豫，鄂、苏和直隶的清军，分段防守运河，在西岸修筑长墙，并以邮分兵力就东岸旧墙修缮炮台，“犄角护守”。鉴于胶莱河是扼捻军西突的咽喉，决定配以重兵，以一营守三里，在近三百里的地段上，共部署兵力近百营，由淮军主力刘铭传、潘鼎新、董凤高、沈宏富、王永胜等部及豫军宋庆等部和丁宝桢的山东军划段防守，并筑长墙壕沟于河西。同时，以黄河为北部防线，由崇厚和刘长佑负责防守；以江苏北部的六塘河为南部防线，由漕运总督张之万和由浙江北援的部队共同防守。此外，另派部队跟踪追剿。
（三）东捻军突破胶莱河防线
1867年7月中旬，东捻军正在福山、宁海（今牟平县）一带就粮，得知清军在胶莱河西岸修墙筑垒，分段扼守，才急忙回军西向。7月31日，赖文光、任化邦率军自即墨向胶莱河南部的麻湾口发起攻击，但未能突破，只得转兵北上。8月6日，又向淮军潘鼎新部驻防地段的新河突击，仍未成功。后侦知胶莱河北段入海处沙滩无兵驻守，而潍河北段自下营至海口一段只有已革山东军总兵王心安部二千余人驻防，且“营垒初成，河墙未筑”，便于8月19日集中兵力从这一地段的海神庙等处发动进攻，歼灭了王心安所部清军，进入潍县、昌乐，然后由安丘、临朐疾驰南走。李鸿章费尽心机策划的“扼守胶莱之策”，成为画饼。清廷大为震惊，将李鸿章、潘鼎新交部议处，丁宝桢革职留任。
胶莱河防线被捻军突破后，李鸿章将防守胶莱河的各部清军调至运河防线，并将大哲由济南（8月下旬由济宁抵济南）移至台庄（今台儿庄），居中调度。当时，多数清军将领对防守运河丧失信心，特别是丁宝桢表示坚决反对，他说：“今胶防隳守，运河之防非独无补于事，抑恐有碍大局”。曾国藩也悲观地说：“胶莱三百余里尚难堵御，沿运千有余里更觉毫无把握。”清廷则明确指出“河防不可恃”。李鸿章面临朝野的谴责和攻讦，仍然认为扼守运河虽没有十分把握，但舍此别无良策。他在9月19日的奏折中说：捻军“正急欲出运”，“若先撤运防，是示贼以弱也。守运各军早夜修防，尚无疲倦，较穷年追逐者劳逸饥饱略殊。忽令守，又忽令不守，是使军心惶惑也。”“今使罢运防而另有制贼之法，臣必速罢，若更无可制贼，似不若得守且守，能战即战，尽人力以待事机。”李鸿章继续加固河防，后来还组织了三支各拥有万人以上的“游击之师”，紧追捻军。
（四）东捻军的最后失败
东捻军虽然突破了胶莱河防线，但仍局处于运河与胶莱河之间，由于地域狭小，无从发挥流动作战的长处，粮食也日益缺乏。赖文光、任化邦等为摆脱遭十余万清军拦阻追击的不利局面，决心跳出敌人的包围圈，但缺乏明确的方向，行动慌乱。先是由莒州、日照南下江苏赣榆、沭阳等地，企图抢渡运河和六塘河。由于清兵防守严密，进军受挫，遂于10月初复入山东，并派人由间道入陕，向西捻军求援。11月初，东捻军突至章丘，准备北渡战河，又被清军水师所阻。在寒冷缺粮的情况下，东捻军只得东走乐安（今广饶）、寿光、潍县就粮，刘铭传部淮军尾随其后。11月12日，东捻军在潍县松树山仓促应战，结果大败，损失惨重。赖文光、任化邦等只得率军南下江苏，拟再次抢渡运河和六塘河。11月19日，当刘铭传部尾追至赣榆时，捻军再坎进行反击。由于淮军绕袭后路，捻军复大败。鲁王任化邦被叛徒潘贵升枪杀，使东捻军元气大伤。任化邦是捻军重要首领之一，英勇善战，尤其擅长指挥骑兵作战，他与赖文光一起，勇谋结合，带领捻军屡败湘淮军，为敌人所畏惧。他的牺牲，是东捻军的重大损失。
赖文光在任化邦牺牲后，率部折回山东，继续战斗，企图突破清军的围困，但因连遭失利，力量大减，加上饥寒交迫，人困马乏，士气日益低落。12月，当赖文光率军北上，徘徊于寿光、昌邑、潍县避敌就粮时，刘铭传、郭松林、潘鼎新等部又相继追来，东捻军屡战屡败。12月24日，东捻军在寿光的北洋河与弥河之间的滨海地带与清军背水决战，结果惨败，伤亡近二万人，被俘近万人，精锐丧失殆尽，首王范汝增等壮烈牺牲。之后，赖文光率余部四五千人由昌乐南下诸城，日照，走江苏赣橡、宿迁。12月31门，在抢渡运河失败后，即转兵东向，前队于次日皮由沭阳城南张家湾突破了六塘河防线，进入清江浦境内，但后队未及渡河即被清军歼灭。渡过六塘河的捻军由于不断遭到清军堵击，减员愈来愈多。1868年1月5日，余部千余人在扬州东北的瓦窑铺被道员吴毓兰部淮军击败，赖文光不幸被俘。至此，东捻军最后失败。赖文光在太平天国失败后，领导捻军继续坚持反清战争，作出了重大贡献。被俘后，他严词拒绝敌人的劝降，英勇不屈，就义于扬州城外，表现出崇高的革命气节，不愧为农民革命军的一个杰出领袖。
五、西捻军转战陕西
（一）灞桥大捷
1866年10月捻军分为东、西两军后，西捻军约有三万余人（一说五六万人），以“前进甘陕，连结回众”，建立新基地为目标，在张宗禹、邱远才、张禹爵等率领下，由豫东经许州、洛阳，陕州（今三门峡市西）、阌乡（今灵宝西北），于11月9日进入陕西华阴县境。
自1862年西北太平军和滇川农民起义军入陕后，有力地支援了当地回族人民的大起义。之后，由于西北太平军援救天京离陕，而清廷又抽调多隆阿、刘蓉等部入陕，回民起义军遂遭到镇压，余部退入甘肃，与当地回民起义军一起坚持反清战争。西捻军的入陕，大大鼓舞了陕甘回民起义军，他们纷纷在甘肃的宁州（今宁县）、泾州（今泾川）等东部地区袭击清军，配合西捻军在陕西的作战。这时，署理陕西巡抚刘蓉正率一万四千余名湘军在陕甘交界处堵击回民起义军。当他得悉捻军入陕后，感到形势严重，忙向清廷告急说：“西回东捻，两路同窜，欲防则无迎击之旅，欲剿则无守隘之兵”，请求速派援兵。
清廷在西捻军入陕前，已改命左宗棠为陕甘总督、乔松年为陕西巡抚，西捻军入陕后，又命鲍超率所部湘军人关追击。可是，左宗棠借口筹备粮饷，停兵湖北，踌躇不前；鲍超则通过曾国藩转奏清廷，沥陈入陕有“米粮之难办”、“饷银之难解”等等困难，要求“俟马队练成，陕省米粮转运等事布置周妥，再行入关”。鲍超所部湘军虽然战斗力较强，但抢掠成性，西北地瘠民贫，自然难于满足其掳掠的欲望。清延只得改令提督刘松山部湘军替代。清军援兵不能很快入陕，为西捻军的作战提供了有利条件。
西捻军进人陕西华阴后，立即西进华州（今华县）、渭南。刘蓉不得将清军东调，对付捻军。11月14日，提督刘厚基率兵三千余人由渭南东进，在赤水镇与捻军遭遇，一触即溃，败退渭南。25日，知府唐炯指挥湘军各营，分兵三路再次发动进攻。捻军设伏于华州敷水东面的树林里，又大败湘军，斩杀七八百人。
西捻军初战获胜后，便于12月中旬乘胜西进，14日前锋进抵西安东面的灞桥镇。清军回顾省城，捻军却又折向东南，接连占领蓝田县属的泄湖、蓝桥等地。为了调动西安清军，后又佯趋商州（今商县）、雒南（今洛南）。清军果然东向追击，西捻军遂又北走渭南，并处造东攻潼关的声势。当湘军北上堵截时，捻军又迅速西进，摆出攻打西安的架势，并在灞桥十里坡左右村庄设下伏兵，布好口袋，等待敌军的到来。
1867年1月23日，当疲惫不堪的湘军追至临潼东北的新丰镇时，捻军派少数部队与敌接触，且战且退，把敌军诱至十里坡。待记名提督杨得胜、总兵萧德扬、提督刘厚基、道员黄鼎等部敌军相继闯进伏击圈后，捻军诱敌部队立即回马反击，埋伏在十里坡左右的马队同时出击，左右包抄，将湘军四面包围。时值风雪交加，湘军士卒冻饿，无心作战，枪炮又被雨雪沾湿，影响点放。捻军勇猛冲杀，展开白刃格斗，不到半天时间，阵斩总兵萧德扬，提督杨得胜、萧集山、萧长清、布政使街候补道萧德纲等湘军将领，歼灭敌军三千余人，收降数千人，取得了入陕以来的一次大胜仗。这是捻军运用流动战术，先诱敌眼追，拖垮敌人，然后设下埋伏，出敌不意地围歼敌人的又一成功战例。
（二）捻军、回军联合作战
灞桥之战后，清廷将刘蓉“革职回籍”，命新任陕甘总督左宗棠督办陕甘军务，并催促总兵刘松山部湘军和郭宝昌部皖军兼程入陕。当时，西捻军已乘胜进入西安东门外的三府洼、西门外的火神庙、南门外的小雁塔、北门外的红庙，包围了陕西省城。与此同时，甘肃东部的陕甘回民起义军亦东进陕西，与西捻军声势联络。巡抚乔松年依托西安高厚的城墙固守待援。2月初，湘军刘松山，李祥和部及淮军张锡嵘等部到达西安郊外。2月10日，西捻军向敌发起进攻，激战数小时，阵斩张锡嵘，但最后为刘松山部湘军所败，退守秦渡镇、花园铺、梁家桥一带据点。西捻军围攻西安月余，未能攻克，打援又遭失利，遂撤离西安，沿渭河南岸西走，3月24日在郧县以西渡过渭河，进入扶风、岐山交界处的益店，与由凤翔东来的回民军取得联系。
西捻军和回民军共同拟定了作战计划：捻军东攻同州（今大荔）、朝邑，回民军进攻西安。但正当捻、回军准备分路东进之际，总兵郭宝昌部皖军已从三原向咸阳西进，刘松山等部亦已渡过渭河，向捻军、回军逼近。4月19日，临平镇（今乾县西南）一战，捻、回军失利，被迫改变原定作战计划，一同经三原、富平向蒲城、同州前进。5月初，两军扎营于同州北的许庄一带，横亘二十余里。刘松山率部赶来，捻、回两军将其包围，杀死副将胡理明等多人，毙伤清兵甚众。5月下旬，捻、回军又挥师西进，从兴平南渡渭河，再次进攻西安。清军紧闭城门，固守待援。5月27日，刘松山、郭宝昌等部援兵赶到，捻军在西安城南的山门口、木塔寨等处作战失利，损失较大。张宗禹遂率军东走蓝田，继又转战于临潼、渭南、华州一带。
西捻军与回民军取得联系后，由于有着共同的反清目标，因此能够互相配合作战，对于清王朝在陕西的统治造成了严重的威胁。但是，由于阶级的局限性，尤其是民族、宗教信仰等不同，在政治上未能建立起巩固的联盟，在军事上也没有统一的指挥机构，处于时离时合的状态，没有达到捻军与太平军那种程度的联合。
（三）左宗棠进攻捻、回军的方略与部署
1867年2月22日，清廷授陕甘总督左宗棠为钦差大臣，专办陕甘军务，以按察使刘典为帮办。左宗棠在清廷的一再催促下，率楚军近二万人，从6月中旬开始，分三路陆续入陕：左宗棠亲率一万一千人由樊城北上，西入演关，以防西捻军东返河南；刘典率军三千余人由樊城进荆紫关，经商州进入蓝田，阻拦西捻军南下湖北；提督高连升率军四千由樊城溯汉水西上，于蜀河口登陆，防止西捻军由陕入川。早在入陕之前，左宗棠就确定了进攻捻、回军的方略。他认为“以用兵次第论，非先捻后回不可，非先秦后陇不可”。从左宗棠的入陕兵力有限，西北地瘠民贫，粮饷运输补给困难，捻军、回军又缺乏紧密联系等情况来看，左宗棠的上述作战方略，是此较符合客观实际的。
7月19日，左宗棠抵达潼关，所部诸军也先后入陕，即以主要兵力对付西捻军，以部分兵力对付回民起义军。其具体部署如下：以先期入陕的刘松山所部老湘军、郭宝昌所部皖军，刘厚基所部湘军和高连升所部楚军共二万一千余人，为“剿捻之师”（高连升部为回民起义军所牵制），以帮办刘典所部楚军和黄鼎所部川军共八千余人驻陕甘边界，为“剿回之师”；其余楚军万余人，分驻凤翔、宜君、华州、华阴、渭南、临潼等地，策应各军，为“兼讨回捻之师”。左宗棠企图割断回民起义军和西捻军的联系，把西捻军围困在渭河北岸的泾、洛两水之间，将其歼灭后，再向回民起义军进攻。
（四）西捻军转移陕北
左宗棠率军入陕后，在陕清军兵力增至约四万人，装备有洋枪洋炮。西捻军虽有数万之众，但除老弱妇孺外，能战之兵只有万余人，在数量和武器装备上都居于劣势。当时，西捻军正盘旋于蒲城、富平、三原、泾阳一带。这一地区南有渭水，西有泾水（今泾河），东有洛水（今洛河）、黄河，出面则是山区，很不利于捻军骑兵的纵横驰骋。为了摆脱左宗棠所部各军的包围，西捻军决定向陕北转移。
10月上旬，左宗棠与刘典、刘松山、李祥和、郭宝昌、高连升等进一步“商议方略”，策划将捻军消灭于泾水、洛水之间的具体部署。西捻军见各路敌军日逼，便于10月24日由蒲城东南一带北上白水，以马队猛攻渭北山区的清军，突破包围圈后，向中部（今黄陵）、洛川进军，进入陕北地区，使左宗棠的围歼计划顿成泡影。
陕北高原塬、梁、峁、沟、壑相间，人民生活十分贫闲。西捻军进入这一地区，作战和补给都遇到不少困难，但毕竟摆脱了敌人的围攻，加之当地清军力量此较薄弱，便于休整。其次，陕北是回汉农民起义军主要活动地区，可以得到他们的帮助和支援。再次，即将进入初冬季节，黄河冰冻，一旦左宗棠的重兵追来，可以渡河入晋。所以，在当时的形势下，捻军北上陕北，对于保存自己和尔后的行动，还是比较有利的。
西捻军进入陕北后，甘肃东部和南部的回民起义军仍积极向东发展，配合作战。10月底，西捻军一部进攻州（今富县）不克，北攻甘泉。11月上旬，一部进占安塞，主力活动于宜川、延长之间。刘松山，郭宝昌“亟思催队紧追”，便率部由中部东渡洛水，向宜川进发。11月14日，回民起义军在中部大贤村截击尚未渡洛的刘松山部后队，杀其部将李祥和。11月17日，西捻军北占延川，进向清涧，接着于22日配合回民起义军占领绥德州（今绥德）。
西捻军在陕西的活动，促进了这一地区革命形势的高涨。12月3日，左宗棠在奏折中惊恐地说：“捻自南而北千有余里，回自西而东亦千有余里”，“现在局势艰危，州县城池叠陷”。可是，就在这时，张宗禹收到了被困于山东的东捻军求援的急信。为了实践“誓同生死，万苦不辞”的誓言，张宗禹等决定立刻离开陕北，去援救自己的战友。
六、西捻军的覆没
（一）挺进直隶
张宗禹等原拟率军南出潼关，由河南转赴山东援救东捻军。后来又决定进军河北，威胁京畿，把清军吸引到自己周围，以达援救东捻军的目的。这个类似围魏救赵的计划，在当时来说，还是可取的。可惜东捻军很快失败了，结果西捻军非但未达目的，反使自己陷入清军的重重包围之中而不能自拔。
1867年12月上旬，张宗禹率西捻军二万余人由绥德急速南下，于17日进到宜川境内的黄河西岸。当晚，张禹爵率五百人为先锋，张宗禹率大队随后，乘北风大作之际，在宜川东面壶口一带履冰抢渡黄河成功，乘胜占领了山西吉州（今吉县）、乡宁，接着南下河津，围攻稷山县城。
这时，刘松山、郭宝昌等部清军已渡河跟踪追击。为了迷惑和摆脱敌人，张宗禹等决定率捻军北上，佯作进攻太原之势，便于12月24日撤稷山之围，由绛州（今新绛）北进临汾、洪洞。当刘松山、郭宝昌等部清军亦跟踪北上时，西捻军突然转兵南下，途经曲沃、绛县，于1868年1月初越过中条山，进至河南济源城下。河南巡抚李鹤章急忙调兵驰援，并从山东迅速调回张曜、宋庆两部豫军。张宗禹立即率军经修武、新乡、汤阴、临漳，于1月27日渡过漳河，进入直隶境内。接着，经磁州（今磁县），鸡泽、隆平（今隆尧），新河北上，于2月1日在束鹿所属的周家庄渡过滹沱河，复经定州（今定县）、望都北进至保定、满城一带。
西捻军突然出现在直隶南部，使清廷慌了手脚，连下谕旨，调兵遣将，防卫京师，于是各地“勤王”之师接踵赶来。山东巡抚丁宝桢率军进入直隶雄县一带，河南巡抚李鹤年率军抵磁州。已从陕西出潼关进入山西南部的左宗棠也率部于2月15日抵达直隶获鹿，接着，扎大营于定州。清廷仍任命他为前线总指挥。李鸿章因未能总揽攻捻大权，心怀不满，借口休整，行动稍缓，经清廷严诏催促，才命潘鼎新、周盛传，周盛波、善庆、郭松林、杨鼎勋等部先后进入直隶景州、安平。此外，安徽清军也进入直隶，三口通商大臣崇厚率洋枪队布防天津；直隶总督官文中部率部往援保定；连警卫上圆明园的马队也调往涿州（今涿县）防剿。集结在直隶中部、南部的清军共约十余万人。为了弥合左宗棠与李鸿章间的矛盾，清廷于2月底命恭亲王奕为大将军，左宗棠、李鸿章为参赞大臣。各路统兵大臣及督抚等均归恭亲王节制，以一事权。
西捻军的行动确实调动了清军，但也使自己陷入了孤军作战的困难局面。2月5日，西捻军于满城为道员余承恩部所败，东南走祁州（今安国）、饶阳。2月中下旬，西捻军在饶阳、献县一带活动时，即陷入了湘军刘松山、郭松林部，淮军杨鼎勋部，皖军郭宝昌，程文炳郎，豫军张矅、宋庆等部的包围之中。3月16日，捻军因连日奔驰，疲惫不堪，疏于戒备，结果在饶阳东北一带遭清军袭击，部队伤亡很大，特别是邱远才、张禹爵两员为敌人所害怕的战将同时牺牲，使士气大受影响。
（二）转战豫鲁
为了摆脱敌人重兵围困，张宗禹率军南走，于3月18日从晋州（今晋县）西南的桃园、相古村等处渡过滹沱河，后经宁晋、新河、巨鹿，于3月23日在成安渡过漳河，进入河南，然后经滑县、新乡、获嘉进至清化镇（今博爱）。在这里，捻军进行了短暂的休整，把步兵全部改为骑兵，使部队行动更加迅速，同时，伐竹为矛补充军械物资。
这时，淮军已赶到豫北，李鸿章正想北依太行山，南据黄河，实施其围困计划，幸好张宗禹等已经察觉到“怀、卫一带，阻山（太行山）面河（黄河），地势至狭，恐被围困”，很快离开清化镇，东出延津平原。4月1日，在封丘大败湘军刘松山部、皖军郭宝昌部，重伤郭宝昌，毙记名提督周盈瑞。4月12日，又与潘鼎新、杨鼎勋、郭松林等部战于滑县，杀淮军提督陈振邦，副将刘正同等。之后，经浚县，内黄、直隶清丰，南乐之交进入山东莘县。活动于东昌府（治今聊城）一带的沧州下洼，高家口盐民起义军数千人，在其首领高岩率领下，参加了捻军，并充当向导，引导西捻军于4月17日从东昌府南李海务渡过运河。4月下旬，经德州、沧州，兵锋指向天津。
西捻军临近天津后，恭亲王奕即命三口通商大臣崇厚率洋枪队加强防卫，命绥远城将军定安，副都统富和，提督郑魁士各率所部增援天津，命侍郎恩承，副都统玉亮所部赶赴武清（今杨村）设防；并无耻地指使崇厚通知英国，法国炮船协同防守天津。
西捻军在独流镇、杨柳青等处用船搭桥抢渡运河，因遭洋枪队密集炮火封锁，无法前进，遂于4月末南下山东就食。
（三）最后覆没
西捻军进入山东海丰（今无棣）、阳信、武定（今惠民）地区后，虽然便于解决粮饷问题，但从地形上看，这一地区东濒大海，南有黄河，西有运河，易被敌人围困。当时张宗禹等早已得到东捻军失败的消息，在这种情况下，应该及时率部跳出清军重兵集结的直鲁边区，向敌人守备比较薄弱而又适于骑兵作战的地区转移。张宗禹等之所以虑不及此，除了急于解决部队的粮食问题外，主要是轻敌思想作怪。他们认为清军虽“千里连营”，但指挥不统一，等到“秋高马健”时，只要振臂一呼。就可突破清军的的河防。正是在这种思想支配下，没有及早突围，脱离险境，结果造成全军覆没的悲惨结局。
这时，清军务部十余万人，先后到达运河东部的直鲁地区。清廷命李鸿章为前线总指挥，调度各军。李鸿章按照其“设长围以困之”的“就地圈制”计划，作了如下部署：北面，将沧州以南的捷地坝挖开，运河水入捷地减河，并沿河兴筑长墙，由崇厚洋枪队和潘鼎新部防守，阻扼捻军再次北上威胁津京，西面，于张秋一带引黄河水入运河，并沿运河赶筑长墙，由河北、山东、安徽等省清牢分段负责，附近州县的民团协防，又调总兵丁长春部水师炮船进驻德州，加强水而巡逻，严密防守；南面，封锁黄河各渡口，将船只一律调至南岸，由山东地方官吏带队把守；东面，严禁渔船下海，防止西捻军渡海而走。同时，调战斗力较强的湘淮军为“游击之师”跟踪追击。
5月中旬，张宗禹由于不知沧州捷地坝已被挖开，且有重兵把守等情，仍然企图强渡捷地减河北上，结果受阻而返。下旬，张宗禹又率军抢渡临清、东昌等处运河，仍为驻防清军所败。为了摆脱追军和出敌不意，捻军东进海丰。5月29日，疾驰至直隶东光的下口镇再次抢渡运河，由于丁长春部水师及该处清军把守严密，仍然无隙可乘，不得已又南返山东。
西捻军被围困在方圆六七百里的地区内，忽而北上，忽而南下，几次抢渡均遭失败。虽然把清军拖得疲累不堪，甚至李鸿章、左宗棠等也因未能完成清廷下达的一个月内消灭捻军的任务而被“交部议处”，但整个形势对西捻军愈来愈不利。由于连续下雨，河水猛涨，道路泥泞，使以骑兵见长的捻军行动更加困难，而清军的炮船却更便于行驶，配合步队围攻捻军。同时，李鸿章又实行“缩地围扎”的方针，把捻军压缩在马颊河以南、徒骇河以北的高唐、商河、惠民等地的狭长地带，并进一步施展“招抚”伎俩，加上当地地主豪绅实行坚壁清野，强迫村民搬入堡寨，使捻军的食宿发生困难。在艰难困苦的环境下，捻军士气日益低落，以致接连发生投敌事件。
7月16日，西捻军在直隶吴桥（今吴桥东）遭周盛波、周盛传部伏击，伤亡千余人。26日，与郭松林，潘鼎新部战于山东商河东北的沙河锁，被杀被俘三四千人，张宗禹也中弹受伤。31日，在济阳玉林镇、鸿福寺与豫军张曜、宋庆部和淮军潘鼎新部发生激战，因地处黄河弯曲部，骑兵行动不便，结果又遭惨败，将士阵亡六七千人，损失马匹上万，辎重丢弃殆尽，张宗禹率余部突围。威雳一时的西捻军，至此已成强驽之末。
8月4日，张宗禹率领余部在德州的桑园、二屯、老君堂等处抢渡运河，均未成功。8月15日，在东昌的李海务口再次抢渡，又被清军所阻，退往茌平西南广平镇。8月16日，在向东北方向转移途中，与刘铭传，郭松林、潘鼎新，袁保恒、张曜、宋庆等部遭遇。经过激战，张宗禹的爱子张葵儿、兄张宗道、弟张宗先等数千捻军将士全部英勇牺牲。太平天国灭亡后，领导捻军坚持抗清斗争达四年之久，被称为“沉静好谋”的新捻军重要首领张宗禹，率领十八骑突围而出，来到徒骇河边，“穿秫凫水，不知所终”。
西捻军在徒驻河边的覆没，标志着捻军起义战争的最后失败。
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