有元一代，畏兀儿僧徒在朝廷的宗教活动中一直起着十分重要的作用，常受命为皇室告天祝寿，所以《元史》和《佛祖历代通载》中常见高昌僧做佛事的记载。
蒙古国时，治理西亚的大臣阔里吉思，是别十八里附近人。据志费尼说，他曾是一名佛教徒。佛教文化对察合台汗国的壬室也有影响，14世纪30年代的察合台兀鲁思汗中有名答儿麻失里者，其名可复原为Tarmashirin，应来自梵文，意为法吉祥。
迦鲁纳答思是元代最著名的翻译家之一。他也是畏兀儿人，“通天竺教及诸国语”。因为安藏的推荐，奉召入朝，受命给国师讲法。国师是吐蕃人，语言不通。忽必烈命迦鲁纳答思从国师学习教法和吐蕃的语言文字。不久皆通。他以“畏兀字译西天、西番经论，既成，进其书，帝命锓版，赐诸王大臣”。（《元史·迦鲁纳答思传》）
今藏德国编号为TM14号（U4759）的吐鲁番文书为一份佛经残件，其中有一篇是用头韵诗写成的题记，提到了一位名叫Karunadaz的人，就是迦鲁纳答思。该题记曰：“这项翻译最优秀作品的工作由迦鲁纳答思Sidu（释都？）圆满而无遗漏地实施并完成了。翻译地点在大都的精美奇妙的白塔（stupa）（stupa，梵语译音为窣堵波、苏婆或薮斗婆，意为宝塔。）寺中进行，时间吉祥的虎年，十干（sipqan）之壬（sim）年七月。”
这份文献表明，锓版印出的佛经不但分赐给汉地诸王大臣，就连当时已属察合台汗国的畏兀儿地区的贵族也得到赐书。这使人们联系起另一份出土于吐鲁番的蒙文佛经。该佛经题记中曰：“余受合罕之命，于鼠年（1330年，元文宗至顺元年）夏月第一月初一日，于大都白塔寺内刻印”此经，“印行千册以传众生”（黑尼士：《柏林之吐鲁番蒙古文收集品》（Mongolica der Berliner Turfan Sammlun）、《一份1312年的佛经印刷品残片》（I Ein buddhististisches Bruchkfmgment von Jahr 1312），载《德国科学院论集》（ADAW），1953年第3号，柏林，1954年7月）。这份蒙古文经卷也是刻印于大都，后来由元廷颁赐给高昌贵族的。
《庚申外史》记己卯年事载：“国初收江南归附，时瀛国公幼君也，入都自愿为僧白塔寺中。”可见元初大都已有白塔寺地名。上述畏兀儿文和蒙古文佛经跋文中所提到在大都译经、刻经的地点“白塔寺”，应即此地。可能就是今天北京西四附近的白塔寺。
元中期以后，畏兀儿地区虽然转归察合台汗国统治，但元廷与那里的官民仍然维持着密切的联系。高昌畏兀儿贵族如同汉地诸王大臣一样，受赐在大都译成翻刻的畏兀儿字、蒙古字佛经。高昌寺院内的“然灯续明”之费，也由汉地提供。
与察合台汗国相邻的河西，是元代畏兀儿佛教文化的另一个中心。元世祖至元年中，畏兀儿亦都护家族从哈密立撤至此处定居下来。斯坦因从我国敦煌劫走的文献中，有一本畏兀儿文诗集，今藏大英博物馆，编号Or 8218。诗集的尺寸为147×193毫米，以中国方式装帧，纸质白而薄，保存良好，没有一页破损。此写本以细笔写成，清晰易读。正字法也相当规则，除了t和d，z和s之间的互换外，没有其他字母变换。在第一首诗后，是一篇佛教哲理散文，题目为《悟性授本》，据文后题记云，是一位名叫法师（Vapshi）八哈石（Baqshi）的人的作品，也有可能写自大都。
斯坦因从敦煌劫走的文献中还有一件也是元代畏兀儿佛教文献。这是一份自藏文译为畏兀儿文的佛经。年代署元至正十年（1350年）六月四日，是一位来自Ush Lukchung的畏兀儿人，名萨里都通（Sarigh Tutung），奉西宁王速来蛮之子诸王阿速歹（Asutai）的令旨抄录的。
（三）伊斯兰教和其他宗教
10世纪以后，穆斯林文化逐渐从阿姆河以北地区，向忽阐河以东草原和葱岭以东传播。蒙古国时代，伊斯兰教在西北地区的流传已更为广泛。在后来的察合台汗国统治区内，至13世纪初，其西部，即阿姆河以北地区、哥疾宁一带和费尔干那盆地基本上属伊斯兰文化区，但亦有聂思脱里教的势力在活动。忽阐河以东草原和天山以南诸绿洲城镇的情况也相去不远。只有畏兀儿地区例外，佛教占据优势。蒙古入侵使伊斯兰教的发展受到打击，但并没有改变伊斯兰教向东传播的历史趋向。元末察合台汗国蒙古统治者接受伊斯兰教，使伊斯兰教迅速取代其他各种宗教，成为后来今新疆地区的主要宗教。
13世纪20年代，丘处机在畏兀儿西境的昌八里了解到，由此“西去无僧道，回纥但礼西方耳”。这里提到的“回纥”指西域回回人，就是说回纥只信奉伊斯兰教。伊斯兰教规定，做礼拜时须向天方所在的方向跪拜，故曰“回纥但礼西方耳”。丘处机进入哈剌鲁人的居地阿力麻里时，受到“铺速满国王”和蒙古达鲁花赤的迎接。铺速满，即波斯语musalman（意为“伊斯兰教徒”）的一种方言读法的音译，元代又音译为木速蛮等。当时阿力麻里的统治者是为屈出律所擒杀的哈剌鲁部首领斡扎儿之子昔黑那黑的斤（Siqnaq Tegin），时已随成吉思汗西征。丘处机遇到的这位“铺速满国王”，当为留镇故土的斡扎儿家族成员。
居于海押立的是另一支以阿儿思阑汗为首的哈剌鲁人。1211年，阿儿思阑汗入觐成吉思汗，哈剌鲁贵族马马一同前往。马马之孙哈只留为质子，后来成为元太宗的厨师黄溍：（《宣徽使太保定国忠亮公神道碑》，《黄金华集》卷24)。马马之孙哈只充任质子，证明他是阿儿思阑汗的同族近亲。马马之子名阿里，祖孙三代均使用伊斯兰教教名。只有赴麦加朝过圣的教徒才可称为哈只，足以说明海押立的哈剌鲁人上层已经伊斯兰化（参见杨志玖：《元代的几个答失蛮》，载《元史三论》，人民出版社1985年版，第220页）。鲁不鲁克曾在海押立看到过三所聂思脱里寺，那里是一个聂思脱里教徒与伊斯兰教徒杂居的地方。
据《元史·顺帝纪》记载，元明宗之妃、顺帝之母名迈来迪，罕禄鲁氏，即哈剌鲁人。《庚申外史》把她称为“回回女子”，足见迈来迪出自信奉伊斯兰教的哈剌鲁家族。居住在西辽故都虎思斡耳朵至赛阑之间的民族，在宋元时代被称为阿儿浑人。元初这一部分人已经基本上伊斯兰化（参见杨志玖：《元代的阿儿浑人》，载《元史三论》，人民出版社1985年版，第226—236页）。在虎思斡耳朵地区，信奉伊斯教的阿儿浑人与聂思脱里教徒混居。
天山以南的诸绿洲在蒙古入侵以前，业已基本上伊斯兰化。13世纪70年代马可·波罗沿南路入元时，在可失哈儿、忽炭、阇缠等地看到，占据优势的是伊斯兰教。
西北地区的佛教中心畏兀儿之地，除了流行聂思脱里教以外，伊斯兰教势力已经渗入进来。1209年巴而术阿而忒的斤亦都护遣往成吉思汗处表示归顺的使臣中，就有回回人乌马儿。13世纪中叶，鲁卜鲁克为朝见元宪宗蒙哥，途经畏兀儿之地时看到：“在所有他们（畏兀儿）的城镇中，都可以发现杂居有景教徒和萨剌森人（按：伊斯兰教徒）。”（《鲁卜鲁克游记》柔克义本，第141页）据志费尼记载，1251年，畏兀儿亦都护撒连地曾与一些贵族商议，打算乘别十八里的穆斯林们在聚礼日（星期五）到清真寺做礼拜时，将他们一网打尽。后因计划败露，未能实行。足见当时畏兀儿的政治中心别十八里已经有不少回回人。
中亚的蒙古人接受伊斯兰教经历了一个较长的历史过程。蒙古西征时及蒙古在中亚建立统治之初，曾大肆摧残当地的回回文化。有名望的学者和回回贵族，凡有反抗蒙古统治行为的，或为杀戮，或受凌辱。由于蒙古人强制推行蒙古法，回回人的风俗习惯受到无端干涉。所有这一切都激起了人民的强烈不满，受命出镇西域的察合台成为回回人民的诅咒对象。
许多回回贵族和知识分子投降蒙古，成为蒙古统治者的得力助手，例如花剌子模人牙剌瓦赤及其子麻速忽、讹答剌人哈巴失·阿迷的等。蒙古人人数不多，处于土著文明的包围之中。随着蒙古人入居西域时日渐久，受周围环境浸染影响，对伊斯兰文化的了解逐渐加深，开始有一些蒙古贵族接受伊斯兰教。合剌旭烈之子木八剌沙（Mubarak Shah）的名字在阿拉伯语和波斯语中意为“吉祥之王”，就体现出伊斯兰文化的影响。八剌汗在入侵伊利汗国失败以后，亦接受了伊斯兰教，并取教名黑牙术丁。这两位在13世纪的察合台兀鲁思汗，是察合台汗国蒙古人皈依伊斯兰教的先驱。
时间的推移使入居西域的蒙古人渐渐同化于当地民族。至14世纪20年代怯别汗在位时，察合台汗国的中心移到汗国的西部农耕文化占据优势的绿洲地区，蒙古统治者已经安于生活在定居穆斯林中。1331年答儿麻失里称汗后，居于汗国西部的蒙古人中有许多成了穆斯林。答儿麻失里顺应时势，改变兀鲁思汗往年例行东巡的作法，并下令改宗伊斯兰教，使察合台汗国西部的蒙古人中伊斯兰教比其他各教占了更大的优势。
合赞算端汗死后，察合台汗国陷于分裂。当时西部蒙古人已经接受了伊斯兰教。1348年，在朵豁剌惕氏支持下脱忽鲁帖木儿称东部汗。他在回回人的劝说下，热心地推行伊斯兰教，汗国东部16万蒙古人随之皈依伊斯兰教。这标志着察合台汗国蒙古人伊斯兰化的过程基本完成，并为伊斯兰教最终取代其他各教，成为西北地区的主要宗教奠定了基础。
从唐代开始，伊斯兰教即在留居中国沿海地区的波斯、阿拉伯商人中流行。但迄于两宋，其传播规模一直很有限。蒙元时代，中亚各族居民大批徙居内地，其中有相当部分是伊斯兰教徒。伊斯兰教就是在这个时期传播到全国各地的。
伊斯兰一词最早见于汉籍，似为金代，当时译称为移习览（《金史·粘割韩奴传》：“大定中，回纥移习览三人至西南招讨司贸易。”这三个西辽属民当为伊斯兰教徒。用移习览译写Islam，其音正合）。伊斯兰教徒，元代一般音译为木速鲁蛮或木速蛮（阿拉伯语Muslim（今译穆斯林）的波斯语形式Musalman的音译），汉文史籍经常称他们为回回人。回回起初是宋人对回鹘（回纥）的另一种称呼。宋辽金时代回纥和回回常专指中亚人，这主要是因为宋朝疆土局限于内地，宋人对西域的了解远逊于唐代。而西迁后的回鹘地处中西交通的要冲，所以宋人把途经回鹘入汉地贸易、操与回鹘人类似语言的西域人都视为回鹘人，统称为“回纥”，即回回。
在元代回回主要指伊斯兰教徒，但也包括其他西域人，如聂思脱里教徒等。犹太人有时被称为“术忽回回”，信奉东正教的阿速人被称为“绿睛回回”，吉普赛人被称为“罗里回回”等。到后来，甚至古希腊人、古罗马人都被称为“回回”。但在大多数场合下，还是指伊斯兰教徒，元代徙居中国各地的回回人，是今回族先民的主体。
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