《秘书监志》卷7还著录了《麻塔合正灾福正义》一书。“麻塔合正”，应为“麻合塔止”之讹。“麻合塔止”（阿拉伯语Mugta；），意为“必需”。这部书的全名可能是《占卜必读》。“灾福正义”，是元代此书名称的意译。《秘书监志》卷7著录的另一种阴阳学书籍是《密阿辨认风水》。“密阿”乃其原书阿拉伯文书名Mir'at的元代汉语音译，译云“镜子”，这是一部有名的著作，全名为Mir'at al Ghaib，此言“幽玄宝鉴”，“辨认风水”是此书名的元代汉语意译，这是一部讲占卜凶吉的书，元秘书监存此书2卷（部）。
《回回天文书》在元时为宫廷所藏，未有汉译。元亡后落入明太祖手中。洪武十五年（1382年）朱元璋下令附元的回回人与汉族文人合作，将它译成汉文，次年刊印成书。这是探究回回阴阳学的极重要资料。明代汉族文人阅此书后，感到“今观西域《天文书》，与中国所传殊途同归。则知圣理精微之妙，充塞宇宙，岂华夷而有间乎”（《回回天文书》，《译天文书序》上册，前言，第2b-3a页）？
其内容分为四类：第一类，总说题目；第二类，断说世事吉凶；第三类，说人命运并流年；第四类，说一切选择。详细分目如下：
第一类，凡二十三门：
第一门，说撰此书为始之由；第二门，说七曜性情；第三门，说七曜吉凶；第四门，说七曜所属阴阳；第五门，说七曜所属昼夜；第六门，说各星离太阳远近；第七门，说五星东出西入；第八门，说杂星性情；第九门，说十二宫分为三等；第十门，说十二宫分阴阳昼夜；第十一门，说十二宫分性情；第十二门，说十二宫分度数相照；第十三门，说七曜所属宫分；第十四门，说七曜庙旺宫分度数；第十五门，说三合宫分主星；第十六门，说每宫分度数分属五星；第十七门，说每宫分为三分；第十八门，说各星宫度分位；第十九门，说七曜相照；第二十门，说各星气力；第二十一门，说命宫等十二分位；第二十二门，说福德等箭；第二十三门，说各宫度主星强旺。
第二类，凡十二门，断说世事吉凶：
第一门，总论题目；第二门，论上下等第应验；第三门，说灾祸征战之事；第四门，说天灾疾病；第五门，说天时寒热风雨；第六门，说阴雨湿润；第七门，说天地显象之事；第八门，断说天象；第九门，说物价贵贱；第十门，说日月交食；第十一门，说土木二星同度相缠；第十二门，说世运。
第三类，凡二十门，说人命运并流年：
第一门，总论题目；第二门，说人生受胎未生之前事；第三门，说安命宫度备细；第四门，说人幼年时皆有星辰照管；第五门，说人生相禀气；第六门，说人寿短长；第七门，说人内外病症；第八门，说人生智识；第九门，说人风证病患；第十门，论人父母；第十一门，论兄弟姐妹；第十二门，说财帛福禄；第十三门，说人生何艺立身；第十四门，说婚姻；第十五门，说男女；第十六门，说朋友并仇人；第十七门，说迁移；第十八门，说人寿终缘故；第十九门，说人生每一星主几年；第二十门，说流年并小限。
第四类，凡三门，说一切选择：
第一门，总论选择；第二门，细分选择条件；第三门，总结推用此书之理。
此书中所记风俗如今在我国回族中已经不再保存，但值得我国研究回回古代风俗的学者注意。例如第二类第三门《说灾祸征战之事》中，作者说：“先看交年命宫并四季命宫，坐何宫分。若火、土二星相冲，或二弦照，则有灾祸征战之事。若此二星在四柱宫，则其事尤大且急。”
又如同类第九门《说物价贵贱》中提出：“凡物价贵贱，看各月朔望要命主星”，在此基础上“若宫分是土局，主一切五谷之类；若宫分是水局，主一切水中出产之物；若宫分是火局，主一切矿中所产之物；若宫分是风，则干系奴仆、六畜之类”等等。
汉人婚姻论生辰八字，回回人亦有类似风俗。本书第三类第十四门《说婚姻》中写道：“凡论人婚姻，男看第七宫，并宫主星；又看金星，又看婚姻箭，并箭主星。女亦看第七宫，并宫主星；又看太阳；又看婚姻箭，并箭主星。已上各星，看何星张旺有力，与命宫，并命宫主星。相照，主婚姻事成，夫妇各睦。若已上各星与命宫，并命宫主星恶照者，婚姻亦成，但夫妇不和。若已上各星与命宫，并命宫主星不相照者，婚姻事难成。”此外，书中还谈到“与有名望之家结婚”、“与豪富之家结婚”，以及“与贫贱之家结婚”的种种预兆星象。
刘智《天方性理》所列参考书目中亦有数种与回回阴阳学有关的图书，例如第31种《密理·特尔比而》，应为阿拉伯文书名Kamil al Ta'bir（解释大全）之清代汉语音译。其中“密理”（Kamil），意为“完全”；“特尔比而”（Ta'bir），此言“解释”。刘智意译为《解梦大全》，可能是逝于回历阴历约600年（公历1203年）的阿布·法道勒（Abu'l Fadl Hu.b.Ibrahim b.Muh.al Tiflisi）的作品。这应是一部讲解梦境与现实和未来之间关系的作品，即我们通常所说之“圆梦”。
《天方性理》所列参考书目第24种《额合目·克瓦乞不》，应为阿拉伯文Ahkam al Kawakib之清代汉语音译，意为“诸星决断”。其中“额合目”，即《秘书监志》卷7所载“阿堪决断诸般灾福”中之“阿堪”，意为“决断”；“克瓦乞卜”（Kawakib）为阿拉伯语Kukib（星）之复数。刘智意译为《天经情性》，可能与“阿堪决断诸般灾福”是同一部书，应是一部根据星历现象来判断灾福、预言未来的著作。
（三）回回医药学
回回自然科学是中国穆斯林世俗文化中一个重要的组成部分。中古时代中国科学技术中的外来因素除印度科学以外，最重要的便是穆斯林科学。其中的回回医药学就是中外文化交流长河中的一条支流。
先秦时代，我国中原地区就与周边邻族及西域、海外部落发生联系。及至西汉，张骞凿空西域，开始了中外交通蓬勃发展的时期。此后，外族、外国的物种出产，源源不断地输入中国，番药的品种和功效也渐渐为中国人民所熟悉。
唐、宋时代泛海东来的大食、波斯番客可能已经把回回医药学带入中国。只是这些番客当时大部分还是以移民的身份在华居住，他们的各种图籍当然也主要在这些移民圈子内流传，外人知之无多。伊斯兰医药学知识大规模传入中国是在蒙、元时代。由于成吉思汗及其子孙的武力征服，蒙古统治地域向西达到地中海东岸。元人形容“适千里如在户庭，之万里如出邻家”，西域回回地区与中原汉地的往来空前密切起来。
大批随蒙古统治者入华的回回人带来了各种书籍。元政府也着力收集各民族的图书文献，回回医书药典也在搜罗范围之内。元王士点《秘书监志》卷7录有回回图籍名称数十种计六百余部，其中有一部名《忒毕医经》，元秘书监存此书13部（卷）。“忒毕”，乃阿拉伯文书名Tibb之元代汉语音译，意为“医学”。“医经”，是元代此书名称的意译。
回回人大量入华后，西域奇医名药随之而来。许有壬曾指出，唐虽一统天下，但对远方诸部只能一时怀柔，不能一家。所以“异方物产，有不得悉者已”。而元朝“开辟以来，幅员之广”，旷古所无。“东极三韩，南尽交趾，药贡不虚岁。西逾于阗，北逾阴山，不知名几万重，驿传往来，不异内地。非前代虚名羁縻，而异方物产邈不可知者”。他还说“此西北之药，治疾皆良。而西域医术号精，药产实繁。朝廷设官司之，广惠司是也。”（《至正集》卷31《大元本草序》）
伊斯兰医药学知识的大规模传入中国，使中土人民的眼界大开，原有的《本草》类著作不完善的缺陷暴露无遗。忽必烈接受过汉族和回回医师的治疗，服用过回回药物，并向汉族医生们打听询问过《本草》收药的情况，曾对旧《本草》“中土且遗阙多，又略无四方之药”（《牧庵集》卷29《南京路医学教授李君墓志铭》）表示不满。忽必烈在了解了旧《本草》收药不全的缺陷后，下诏征天下名医增广《本草》，其主要目的之一是要把西域药物也补入《本草》。据苏天爵记载，当时名医韩麟等人奉诏入宫，世祖忽必烈“各询其人所能。出示西域异药，使辨其为何药也。公（按韩麟）食其味，独前对曰：‘此与中国某药侔’”（《滋溪文稿》卷22《太医院使韩公行状》。以上见高华《忽必烈修〈本草〉》，载南京大学《元史及北方民族史研究集刊》，1986年，第10辑）。韩麟等人在忽必烈宫内所从事的，实际上是中西药物的异同辨析工作。
广惠司不但是元政府中执掌“修制御用回回药物及和剂”的机构，即所谓“广惠司者，回回之为医者隶焉”（陶宗仪：《南村辕耕录》卷9《奇疾》，中华书局标点本，第109页）；还负责治疗“诸宿卫士及在京孤寒者”（《元史·百官志》）。至元七年（1271年），开始置提举2员；元世祖忽必烈末年，以在大都、上都各设“回回药物院”，其职守是“掌回回药事”。后来，这两个机构并入广惠司。
除了在朝廷奉职的回回医官外，元代还有不少西域人在汉地民间行医。王沂的《老胡卖药歌》惟妙惟肖地描绘道：“西域贾胡年八十，一生技能人不及。神农百草旧知名，久客江南是乡邑。朝来街北暮街东，闻掷铜铃竞来集。”“金丝膏药熬较好，伤折近人人苦多。川船南通有新药，海上奇方效如昨。”（《伊滨集》，载《四库珍本初集》卷5）王沂所歌的这位坐摊卖药的“老胡”早年曾是一位西域贾商，他贾贩些什么，是否贩运药物，我们不得而知。但从该诗歌可知，他医术独精，世人所不及，在江南行医已久。元末文人丁鹤年的曾祖元初入华经商，他们家族到丁鹤年这一代虽然已经汉化很深，而丁鹤年本人仍然“于导引方药之术，靡不旁习”。入明以后，他曾在四明（今宁波）卖药（戴良：《高士传》，《九灵山房集》，四部丛刊初编本，卷19），其景况大约与王沂诗歌中所提到的那位“老胡”有几分相似。
在中国穆斯林医药学著作中最著名的是《回回药方》。全书原为36卷，今大部分亡佚，仅残存4册，存（北京图书馆善本部，被定为明抄本。抄录笔迹前后不一，估计由不同人合作抄录而成。此书以汉文为主，夹杂着阿拉伯文和波斯文（多为汉文番药名称的原文）。抄录者显然学过波斯文或阿拉伯文，笔法纯熟。但阿拉伯文和波斯文部分错误很多，可见这部《回回药方》不是原始写本，而是一部经过几道反复过录以后的抄本。抄录者阿拉伯文或波斯文程度不是很高，有些明显错误的字形也未能更正。
残存4册中的第一册为《目录下》，载第19卷至第36卷目录；第二册为卷12《众风门》；第三册为卷30《杂证门下》；第四册为卷34《金疮门、折伤门、针灸门、汤火所伤门、棒疮门、治人齿所伤门》。根据这些存书，我们可复原全书目录部分的一半强：
目录上（此部分亡佚）。
目录下，本部分今存，共计58页。
卷12众风门。此卷今存。计有本卷目录4页，正文63页。分类子目为：左瘫右痪口眼歪斜类、疏风顺气类、风湿筋搐类、肠风类、风魔类、胡想类、风癞癜类、众风杂治类。
卷19咳嗽门。
卷20胸膈门。
卷21肠风肚腹门。
卷22泻痢门。
卷23呕吐门、痞证门、秘证门、劳瘵门、补益门。
卷24众热门、众冷门。
卷25众气门、众血门、时气斑疹门、疟疾门。
卷26身体门。
卷27黄病门、蠹证门、积聚门。
卷28脚气门、脱肛痔漏门、毂道门。
卷29杂证门上。
卷30杂证门下。此卷今存。共计有本卷目录3页，正文63页。
卷31妇人众疾门、小儿众疾门。
卷33众疮肿毒门、疮癣门。
卷34金疮门、折伤门、针灸门、汤火所伤门、棒疮门、治人齿所伤门，此卷今存。共计有本卷目录3页，正文49页。
卷35众虫兽伤门、众毒门、辟虫门。
卷36修合药饵门、修合诸马准门、众香煎门、活物治病门、众花果菜治病门。
全书估计原来有40册左右，2000余页，共达150余万字，真是一部科学巨著，可惜今存者仅原书规模的1/10。
《回回药方》不是一部由中国穆斯林药物学家独立写成的著作，而是一部翻译作品。它的原本是什么，目前尚不清楚。从书中出现的外文名称和汉文译名分析，它的原本应是一部阿拉伯文医书。不过这并不意味着《回回药方》是直接从一部阿拉伯文医药书译成汉文的。这部阿拉伯文医药书首先被译成，或改写成波斯文，然后再由波斯文重译为汉文。
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