年轻的皇帝朱由检，对任何事物的认识总是那么肤浅，处理时又显出绝对的自信和简单，从不考虑形势的变化及力量的消长。面对后金的骚扰袭击，其刚愎自用的性格，视皇帝权力为万能的意识表现得淋漓尽致。
一 辽东防线的再建
袁崇焕苦心建立起来的，且实践证明较为坚固的辽东防线，因其被迫致仕回家，又引起了朝廷个别大臣的不同意见，提出放弃锦州，防线内移的主张。身为蓟辽总督的阎鸣泰，也随之附和，上书侈谈锦州遐僻奥区，本来就不是扼要之地，以前讨论修筑已属失策。就是由于这一弹丸之地，几乎葬送了半壁江山。目前看来，虽侥幸无事，但仍岌岌可危。他还提出“今日锦州止可悬为虚著，慎弗狃为实著；止可设为活局，慎弗泥为死局。”具体负责锦州守御的尤世禄也说锦州城池受风雨摧剥，墙垣营舍崩坏，万万不能久居，乞请暂且移居杏山。奉命守御塔山的侯世禄，以其地低洼，又靠近高山，不是容易守御之所，最好移到别处。上至总领蓟辽重务的封疆大臣，下到城池的守御指挥官，都如出一辙地主张放弃锦州，认识不到塔山重要的战略地位，无不反映出武臣军事素质的低下和见解的浅薄。事实上，位于锦州与定远之间的塔山，是一个极为重要的军事要地，它的存在和作为防御之处，可以把两座城池紧紧地联系在一起，使之声息相通，防线更为坚固。若弃锦州，弃塔山，无异于向后金敞开大门，引狼入室。理所当然地遭到朝廷正直而有远见的大臣的否决。
皇帝的圣旨，兵部的态度，固然起到了阻止辽东将帅放弃锦州、塔山的行动，使宁锦防线的争论暂时平息。然而，在将帅的思想上并没有从根本上解决问题。暂时的平静，只是后金皇太极正在总结宁锦之役失利的教训，整顿内部，操练兵马，无意进击的结果。因此，严格地说，需要加强的薄弱环节所在多有。
朱由检即皇帝位后，在密切观察魏忠贤的动向，静以待变，一举将其铲除的同时，并没有忘记来自后金皇太极的威胁。他在登极的次月，平辽总兵毛文龙“奏不平五事，乞身求代”，朱由检对其激烈的言辞，不仅容忍不较，还下达敕谕说：“以文龙远戍孤悬，备尝艰苦，屡建捷效，心迹自明。东虏方殷，岂得乞身求代，还宜益奋义勇，多方牵制，以纾朕怀。”表明朱由检对“东虏”的警戒和对边将的重视。十一月，他又采纳了廷臣的推荐，起用袁崇焕，擢右都御史，视兵部添注左侍郎事。十二月，荫袁崇焕子锦衣卫指挥佥事。
崇祯元年（1628）二月，朱由检为加强辽东防线罢免王之臣，任命还未至京的袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史总督莉辽、登莱、天津等处军务，且将总督衙门移至关门。同年七月，袁崇焕奉召来到北京。其时，年为四十有五、正当血气方刚的袁崇焕，对政局的变化过于乐观，尤其是对阉党残余势力、蓟辽边防军事形势的估计又过于简单，似乎没有对其中的复杂性做过认真的深入的思考。所以，当朱由检在平台召见时，袁崇焕勇于冒险、自信、自负的性格所生发出来的重大责任感，以及再立新功的强烈愿望，与崇祯皇帝竭力扭转危局而成为中兴之主的渴求相吻合。前者喜出望外，后者优礼有加，情感的浓雾在君臣之间弥漫扩散，理智随之消减，暴露出来的是袁崇焕的轻率和朱由检的轻信。请看这次召见时两人的对话：朱由检慰问一番之后，即询问以什么办法平息后金的骚扰侵犯，收复辽东被侵之地。袁崇焕回答说：“收复辽东失地的策略在奏疏中说得具体明白。我受陛下眷顾，希望能赐予‘便宜’之权，预计五年，全辽可复。”朱由检极为高兴，说道：“只要辽东能够收复，奖赏，及至封伯封侯，我决不吝惜。若你努力从事，击退后金，解除其威胁，你的子孙也会受到恩惠和封赏。”其时，钱龙锡等四位阁臣在旁，异口同声地说：“崇焕肝胆意气，识见方略，种种可嘉，真是一位奇男子。”袁崇焕看到皇帝如是礼贤下士，慷慨大方，又有阁臣的夸奖，深感亲切和舒畅，急忙叩头感谢。
谈话至此，朱由检退殿休息，袁崇焕也回到住处。时任给事中的许誉卿问袁崇焕：“答应五年收复辽东，采取什么措施？人力、物力如何调集？其中的困难如何解决？”被情感主宰而显得十分轻率的袁崇焕随便地说：“看到皇帝为辽东战争焦心积虑，姑且许诺五年收复辽东，予以安慰。”许誉卿说：“皇帝英明果决，励精图治，怎么能随便答对。如果不能按期收复辽东，怪罪下来，你将如何是好？”这时，袁崇焕似乎才从感情的氛围中解脱出来，稍稍恢复了理智，自觉失言，比较冷静地对变化了的而且蕴藏着危机的时局和边防的军事形势重新考虑，尤其是从前任熊廷弼、孙承宗等人的悲惨结局，以及自己前次乞休归里的事件中，悟出了问题的严重和复杂。为了补救因轻率答对可能导致意想不到的恶果，在朱由检休息过后再次答对时，袁崇焕就着重提出了自己颇感难办的而又必须及时办理的诸多事务。他说：“收复辽东，本是不易完成的重任。既然皇上委任于我，我岂敢推辞？但是，在五年内，户部转军饷，工部给器械，吏部用人，兵部调兵选将，须里里外外，事事相应，复辽之事方可完成。”对此难题，朱由检件件许诺，并命令户、工、吏、兵四部大臣照袁崇焕的意见，从速办理。然而，袁崇焕并没有从中得到多少安慰。这是因为，口头的许诺与将其变成现实，其间有一个极为复杂的过程。一般地说，在正常情况下，皇帝的意旨通过至高无上的权力也难以全部实现，何况在皇帝新立、腐败的吏治还未得到全面整饬之时，其实现的就只能会更少。再加上当时的大臣官吏以欺瞒、谄媚、含沙射影、借古讽今的乖巧手法对付皇帝而躲避责任，熟悉于胸，运用起来亦驾轻就熟，非常自如。因此，他带着种种疑虑，把一切能够想到或可能出现的意外，几乎无一遗漏地向朱由检提出，特别是难以应付的激烈的党争，袁崇焕每念及此，都心有余悸。他说：“以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，难道无人忌能妒功？即使不以权力给臣制造障碍，也会以不同的意见扰乱臣的谋划。”朱由检特意站起来倾听，告谕道：“卿可放心，无须忧虑，我将亲自主持此事。”大学士刘鸿训等也请求收回曾赐给王之臣、满桂的尚方宝剑，改赐袁崇焕，令其便宜从事。朱由检毫不犹豫，满口答应。尽管如此，袁崇焕还是不放心，在其离京赴任前夕，又上书说：恢复之计，无外乎臣往年提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正著，战为奇著，和为旁着的策略。法在渐不在骤，在实不在虚。此臣与诸边臣所能为。“至用人之人，与为人用之人，皆至尊司其钥。何以任而勿贰，信而勿疑？盖驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多。诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。陛下爱臣知臣，臣何必过疑惧，但中有所危，不敢不告。”（《明史》卷259《袁崇焕传》）作为一位磊落飒爽的边臣大将，肩负重任，临战之前，又如此战战兢兢，如履薄冰的心态，个中甘苦，只有当事者自知，其结果亦可从中显出端倪。相反，初登帝位，一心渴求有所作为的朱由检，根本没有体察袁崇焕屡次上书的苦衷、复杂的时局和阉党余孽从中作祟所隐藏的危难，甚至竟然觉得袁崇焕奏疏所言，是多此一举。简单地认为，尽量满足其需求，辽东即可收复，四海苍生之困即可缓解。君臣间的口头承诺，在实践中如何变成事实，应该说是一个很大的未知数。从而表现出为臣的轻率和为君的轻信。
袁崇焕的赴任，尽管没有把朱由检的许诺看成是全部付诸实践的事实，但无疑从中得到莫大的宽慰。他于崇祯元年（1627）八月抵关，实施其五年收复辽东的壮举。
袁崇焕抵达辽东，下车伊始，就着手处理驻守宁远的川湖兵哗变之事。接着，又整饬防务，设兵布将，再建辽东防线。关外大将四五人，事多掣肘。袁崇焕赴任之前，定设二人，由朱梅镇守宁远，祖大寿仍驻守锦州。袁崇焕赴任之后，川湖兵哗变，总兵官朱梅随之解任。袁崇焕便请求将宁远、锦州合为一镇，祖大寿仍旧驻守锦州，加中军副将何可刚都督佥事，代替朱梅驻守宁远，而将驻守蓟镇的赵率教移至关门。这样，关内外只设两位大将。他在奏疏中极力称赞三人的军事才能，并且说道：“臣曾承诺五年复辽，专借此三人，当与臣相终始。届期不能复辽，臣将处斩三人，而身至法司处置。”朱由检表示同意，袁崇焕便留镇宁远。
为了事权归一，在毕自肃自杀之后，袁崇焕上书请求，停止巡抚的设置；待登莱巡抚孙国桢被罢时，又上书请求罢除不设。朱由检一一允准。接着，袁崇焕又安抚了因受插汉逼迫、遭灾欠收、不得温饱而萌发反叛的哈剌慎三十六家。至崇祯二年（1629）闰四月，以春秋两防的功绩，朱由检诏令，加袁崇焕太子太保，赐蟒衣、银币，荫锦衣千户。如此一来，袁崇焕得意之色，溢于言表；赴任前的疑惧，置之脑后，骄气随之滋生。对自己的地位和权力，有时作出不尽恰当的估计和认识。迷信权力，必然自信；过于自信，必然轻率，以至缺乏深思熟虑、权衡利弊得失的素质，正是其倔犟、自负性格特征上的不同侧面的显现。而在这一点上，与皇帝朱由检有着惊人的相似。诛杀毛文龙，就是一个最好的例证。
袁崇焕从辽东总的军事形势着眼，尤其是肩负“五年复辽”的重任，他不能不加强兵备，整饬将士，以增强战斗力。为此，袁崇焕纵观辽东各镇将帅，首先注意到的是开赴皮岛的平辽总兵官毛文龙，遂有袁崇焕诛杀毛文龙这样浓重的一笔，载入史册。
尽管袁崇焕为诛杀辖区之内飞扬跋扈的毛文龙感到一阵轻松和些许快意，但他终究受过系统的封建教育，也懂得诛杀一位边塞大将的法律程序，可以便宜行事以及尚方宝剑决不能对如此重大的生杀之事有任何万全的解释。因此，袁崇焕上书皇帝朱由检，竭力诉说事态的急迫和意外，不得不当机立断。但是，他还是在奏疏的末尾写道：“文龙，是一边塞大将，非臣可以擅自诛杀，谨待罪衙署，乞求处罚。”
崇祯皇帝朱由检号称果于用法，事事强调遵循祖宗之制，将混乱的朝政纳入正常轨道，而他对袁崇焕多少带有轻率、意气用事成分的不符合典制的举动，却采取了实用主义的态度。史书记载，朱由检初次得知毛文龙被杀，感到十分震惊。按其固有的处事习惯，必追究袁崇焕的罪责不可。转而觉得毛文龙已死，不得复生。加上正依靠袁崇焕完成“五年复辽”的壮举，非但不加责备，反而降旨安慰。紧接着罗列毛文龙罪过，张榜公布，传文四面八方；其潜伏京师的爪牙，则令有关衙门搜捕。以此安抚袁崇焕。忆起毛文龙上书乞身求代，崇祯皇帝朱由检的挽留和褒奖，其态度的转变何至如此迅速！富有才略的袁崇焕，并没有从中窥探出皇帝与边臣关系的冷漠，反而自鸣得意，再次上书指斥说：“毛文龙乃一匹夫，多行违法之事，以海外易为乱。其众合老稚四万七千，妄称十万，而且大多为百姓逃民；兵不足二万，妄设将领千数。”又请增饷，以防岛兵哗变；改四协为两协，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万两，饷米十三万六千石。朱由检尽管对兵马减少而军饷增加颇觉怀疑，因是袁崇焕乞请的缘故，还是特旨批准。然而使袁崇焕万万没有想到的是，给予如此支持和信任的皇帝，怎么会突然翻脸，致自己于死地！
二 皇太极进逼京师与袁崇焕冤死
袁崇焕在辽东，与赵率教、祖大寿、何可刚一起，制定兵制，配备将帅，切实操练，使辽东防线更为牢固，直接阻遏后金军的入侵。在一定程度上，辽东防线是后金皇太极的开拓进取的一大障碍。尤其是皇太极遭受宁锦之战的失败，深知袁崇焕绝非等闲之辈，心存畏惧，不敢轻举妄动。因此，他在逐步稳固内部、壮大实力的同时，无时无刻不在寻找缺口和薄弱环节，以成努尔哈赤的未竟之业。
而作为明王朝最高统治者的朱由检，对防御后金的入侵并没有总体的把握和全面的认识，只是简单地认为有督师袁崇焕在，就会万无一失，中兴大业，指日可待。盲目乐观的情绪就如迷雾一样笼罩在紫禁城上空。唯有袁崇焕抵达辽东，目睹两军对垒的军事现实之后，才渐渐变得理性，头脑较为清醒，他觉得后金兵从宁锦一线入关的可能性很小，即使进攻，凭借现在的防务和军力，完全可以击退。但自己曾许下诺言是恢复辽东，而不仅仅是抗击和防御。因此，自知兵力不及，便想出利用和议的手段，促使后金后撤，让出辽东。在没有取得朱由检和朝廷大臣完全同意的情况下，即付诸实施。更为可虑的是，若后金兵避实就虚，从防御薄弱之处入塞，同样会使和议受挫，影响宏图伟略的实现。他综观边塞防务，上书朱由检，将边塞防务较为薄弱之处，如蓟门等，当设重兵，峻防固御等情，一一诉说。这类积极而重要的奏疏，朱由检未能给予应有的重视，反以常例，交付阁部商议，拖延因循，没有及时付诸实践，相对薄弱的北方防线，依然如故，给皇太极以可乘之隙。
经过数次与袁崇焕的激战，皇太极付出了极大的代价；血与火的争斗，也使他聪明起来，根据变化着的军事形势采取相应的策略，即避实就虚，并作为入侵大明王朝的指导思想付诸实施。
崇祯二年（天聪三年，1629），皇太极在与袁崇焕以和议为题书信往来的同时，便决定避实就虚，入侵明朝，掠夺资财。于同年十月二十日颁布进军圣谕，当日深夜，联合蒙古科尔沁等部落，并以其为向导，避开宁远、锦州，统率大军由蒙古境开拔，抵达老河。再兵分三路：贝勒济尔哈朗、岳托率右翼四旗兵及右翼蒙古诸贝勒兵攻大安口；贝勒阿巴泰、阿济格率左翼四旗兵及左翼蒙古诸贝勒兵攻龙井关；皇太极与大贝勒代善等亲督大军攻洪山口。各路军进至遵化会合。由于山海关以西塞垣颓落，部伍废弛，面对后金兵的进攻，毫无抵御之力，参将张安德等败逃，张万春投降，后金兵几乎没有受到任何阻拦，长驱直入，于十一月初二日抵达遵化，离城五里扎营。山海关总兵官赵率教得知紧急军情，率兵马飞驰三昼夜，到达三屯营，却被总兵官朱国彦阻止，不许入城，赵率教不得已，率军西行，与后金兵相遇，奋力拒战，身中流矢而死，一军全被后金兵歼灭。后金兵乘胜攻遵化城，参将李槚、游击彭文炳、守备徐联芳战死。三屯营副总兵连夜逃跑，朱国彦十分愤怒，将逃跑将帅名单在城中张贴，又将家财散给众人，同妻子上吊自杀。待城破之后，巡抚王元雅及保定推官李献明等也自杀身死。
遵化陷落之前，败报踵至，朱由检即令京师戒严。十一月初一日，督师袁崇焕自宁远趋山海关，得知后金兵从蒙古入边，急忙赶到榛子岭调动兵马，命令保定巡抚解经传驰赴救援。而朱由检还在坐而论道，告谕兵部应该如此，不应当如彼，如隔靴搔痒，无济于事。待遵化败报送到，京师震动，人心惶惶。
袁崇焕出于对大明王朝的一片忠诚，得知京师危急，不经请示朝廷，即率祖大寿、何可刚入卫，于十一月初十日抵达蓟州。朱由检极为高兴，一面降旨称赞，一面发帑金犒将士，令尽统诸道援军，对袁崇焕的信任无以复加。而袁崇焕也为之感动，按照圣旨及其自身的军事才能，将诸路军马，一一布署：以原总兵朱梅、副总兵徐敷奏等守山海关，参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将邹忠武守丰润，游击蔡裕守玉田、昌平，总兵尤世威仍还镇护诸陵，宣府总兵侯世禄守三河，扼其西下，保定总兵曹鸣雷、辽东总兵祖大寿驻蓟州遏敌，保定总兵刘策还守密云。同时命游击钟宇、中军王应忠、李应元为右翼，继张弘谟而进；中军何可刚、游击靳国臣、赵国忠、孙志远、陈景荣、陈继盛、都司刘抚民为中权，继朱梅而进；祖大寿为后援，继何可刚而进。自率军居中应援。
与此同时，朱由检一片忙乱：阁臣推荐孙承宗，立即批准，令以少师兼太子太师、兵都尚书、中极殿大学士督理兵马，控御东陲，屯驻通州，起家陛见。庶吉士金声推荐草泽之士申甫，立即召见；申甫利口声称知兵，被特授都指挥佥事、副总兵，制造战车。兵部尚书王洽因迟报遵化陷落被逮捕入狱，申用懋升任兵部尚书，庶吉士刘之纶升任兵部右侍郎，协理戎政，给四万金募兵。就连推荐了申甫的金声，也被提升为御史，监申甫军，给七万金，造车募兵，定赏格以激励将士，等等。如此匆忙而脱离实际的升迁和处罚，究竟于紧急军情有何补益，的确是令人怀疑的。这又一次反映出朱由检的性格。
同年十一月十二日，后金兵攻陷石门驿。袁崇焕移营城外，后金二百余骑兵来战，听到大炮之声，纷纷退去，不再露面。次日，袁崇焕侦知后金兵潜越蓟州向西挺进，直逼京师，便紧跟其后追击。后金兵一路连陷玉田、三河、香河、顺义等县。十五日，袁崇焕昼夜兼程赶至河西务，准备抵达京师。副总兵周文郁建议：大军应该迎敌而趋，不宜入都。且敌在通州，我屯张湾，离通州十五里，就食于河西务。根据战事变化，敌易则战，敌坚则守。袁崇焕没有采纳，仍率军九千由间道急进，于十六日抵达左安门。当时京师戒严，不能立即入城，时至夜深，才驰奏后金兵将逼至城下。京师谣言四起，盛传袁崇焕召敌进京，生性多疑的朱由检不能不为之心动。尽管如此，但为了战事的需要，赐给袁崇焕玉带和彩币；令兵部尚书李邦华、右侍郎刘之纶料理守御事宜；由宣府总兵侯世禄、大同总兵满桂屯驻德胜门。十九日，后金兵至京城北土城关之东，皇太极率诸贝勒及护军环阅京城，招募逃窜的百姓，纵其入城，然后进兵关厢二里列营进击。侯世禄躲避不战，满桂率军独自迎击，李邦华督兵守城，令城上发大炮协助满桂，误伤满桂军，而满桂亦负伤，被抬进关将军庙休息。袁崇焕令都司戴承恩择地广渠门，祖大寿阵于南，王承胤等阵于西北，袁崇焕阵于西，准备迎击后金兵。日至午时，后金兵马由东南发起攻击，祖大寿等力战，后金兵退却，转而由西面发起攻击，挥刀厮杀，几乎伤及袁崇焕，由于材官袁升及时架格，幸未砍中。袁崇焕挥军合击，后金兵退至浑河，兵马多陷入河冰之中。皇太极轻骑巡视后说：“道路既隘且险，若我兵士死伤过大，虽胜无益。”于是决定停止进攻，徙营屯南海子。
东西军攻战稍息之时，朱由检才缓过一点儿气来，以帝王的尊严，下达诏书，申明法典，言辞十分严厉。诏令一下，产生了一定的威慑力，各路援军纷纷向京师集结，已经集结的将士根据督师的指令，不时向后金兵屯驻地南海子发动进攻，后金兵渐渐后撤。
十一月二十三日，朱由检在平台召见袁崇焕、满桂、黑云龙及兵部尚书申用懋等。袁崇焕内心深感不安，便将传达圣旨的中使留在营中，穿着青衣，戴着玄帽，去平台陛见。崇焕先称敌势强劲，非集全力难以抵御。由检表示同意，并授崇焕貂裘银盔甲。但当崇焕要求麾下将士入城休整时，由检断然拒绝，崇焕无可奈何，跪拜而出。此时此刻，崇焕心中的不安更加严重，很不理解皇上为什么不让将士入城休息？为什么对满桂和自己的态度如此不同？二十五日，怀着疑问再次请求如满桂将士入城休整之例，使麾下将士得以进城，并请辅臣出援。仍然不许。袁崇焕为此疑虑重重，更不知等待他的是更加严重的祸患。
原来，后金皇太极率军驻扎南海子时，曾俘虏了明朝的两位太监，一位叫杨春，一位叫王成德，职任大堤马房提督。皇太极令副将高鸿中、参将鲍承先等监视，并授以反间密计。高鸿中、鲍承先等奉命来到监押两位太监的处所，看到二位太监似睡非睡，便故作耳语说：今日撤兵，乃上计也，顷见单骑向敌，敌有二人来见上，谈了很长时间才离去。意为袁督师有密约，事可立就。当时，杨春并未熟睡，将高鸿中对鲍承先说的话记在心里。次日，高鸿中又故意放跑了杨春和王成德。杨春回到朝廷，扬言有重大军情要回奏皇上，朱由检立即召见，杨春便将听到的有关袁崇焕与皇太极勾结之情详细奏报，朱由检信而不疑。
十二月初一日，朱由检再次在平台召见袁崇焕、满桂、祖大寿等。当时袁崇焕正派遣副总兵张弘谟等进击后金兵，得知召见议饷，立即赶赴平台。待袁崇焕一到，朱由检就责问为什么杀毛文龙？援兵为何逗留？因事出突然，袁崇焕毫无思想准备，未能及时答对，朱由检即下令捆绑袁崇焕，交付锦衣卫狱囚禁。阁臣成基命在旁，见皇上如此处置袁崇焕，颇感不安，即叩头请求皇上慎重。朱由检说：慎重就是因循，有什么好处！成基命再次叩头说：“在此兵临城下的非常时期，应该慎审行事。”朱由检仍不省悟。便遣太监车天祥慰谕辽东将士，命满桂总理各路援兵，节制诸将；马世龙、祖大寿分理辽东兵马。祖大寿见此情景，十分畏惧，担心自己与崇焕一起被杀，便奔出平台，与何可刚率领辽东将：向东开拔，毁山海关，直抵宁远。朝野为之震动。
朱由检不但不听阁臣的规劝，一意孤行，而且再谕各营将帅，宣布袁崇焕罪状：“袁崇焕自任灭胡，今胡骑直犯都城，震惊宗社。夫关宁兵将，乃朕竭天下财力培养训成，远来入援。崇焕不能布置方略，退懦自保，致胡骑充斥，百姓残伤，言之不胜悼恨。今令总兵满桂总理关宁兵马，与祖大寿、黑云龙督率将士，同心杀敌。各路援兵，俱属提调。仍同马世龙、张弘谟等设奇邀堵，一切机宜，听便宜行事。”又告谕孙承宗说：“朕以东事付袁崇焕，乃胡骑逛逞，崇焕身任督师，不先行侦防，致深入内地。虽兼程赴援，又钳制将士，坐视淫掠，功罪难掩，暂时解任听勘。祖大寿及何可刚、张弘谟等，血战勇敢可嘉。前在平台面谕，已明令机有别乘，军有妙用。今乃轻信讹言，仓皇惊扰，亟宜憬省自效，或邀贼归路，或直捣巢穴。但奋勇图功，事平论叙。夫关宁兵将，乃朕竭天下财力培养训成，又卿旧日部曲，可速遣官宣布朕意，仍星驰抵关，便宜安辑。”（《国榷》卷90）朱由检如此指责袁崇焕，可谓欲加之罪，何患无辞！
祖大寿东奔，实出无奈。如何安抚祖大寿及辽东兵马，是当务之急。成基命深知袁崇焕曾营救祖大寿于死地，祖大寿为之感恩戴德。因而建议朱由检，在狱中取袁崇焕手书，遣都司贾登科前往招抚祖大寿，孙承宗亦令游击石柱国飞驰安抚辽东兵马。朱由检一一采纳。当祖大寿见到贾登科时，不无委屈地说：“赴援保卫京师，一片赤诚。无奈城上卫卒同声詈骂我们为贼，且投石击死数人；所遣逻卒，又被指为间谍而杀害。我不东奔，还待何时！”石柱国追及辽东兵马，将士持弓相向，痛哭流涕地说：“督师既被逮捕入狱，又用大炮击杀我兵。在万不得已之时，才返回辽东的。”石柱国又往前追大寿，大寿已经远去，才返回京师。孙承宗听取石柱国报告后，即上书朱由检说：“大寿危疑很重，又不肯受满桂节制，因讹言激众东奔，并非部下尽欲背叛。当大开生路，曲收众心。辽将多马世龙旧时部曲，我将动之以情告谕马世龙，其将士必解甲归。大寿不必为虑。”朱由检极为髙兴。孙承宗以密信谕祖大寿说：立即上书检讨东奔的过失，且表示立功赎督师罪，然后由我向皇帝解释。祖大寿依言而行。朱由检下达诏书，安慰一番，便命孙承宗移镇山海关。辽东将士得知孙承宗、马世龙前来，纷纷来归。祖大寿之妻左氏也以大义规劝，大寿才敛兵待命。因袁崇焕被逮入狱而引起的辽东将士的愤怒与不安，才稍稍平息。
明朝廷为加强防御和各军的协调，设文武经略，由梁廷栋、满桂充任，各赐尚方宝剑，分别营于西直门和安定门。
此时的皇太极，以静待机而动。在遣使持书与明朝议和的同时，且猎且行，得知其反间计奏效，袁崇焕被逮入狱，大喜若狂，以为是天赐良机，便挥兵趋良乡，攻克其城，知县党还醇等皆战死，分道攻固安，一战而下。又还军至卢沟桥，副总兵申甫、监军金声，仓促间招募的新兵数千人，多是市井无赖和游手好闲之徒，未加训练。就是这批新兵，驾驭申甫制造的所谓战车，守卫卢沟桥。后金兵绕出其后，驾驭战车的新兵惶惧不已，连战车也无法转动，遂被后金全部歼灭，申甫也在战斗中死去，后金兵乘胜抵达京师永定门外。满桂正屯驻在宣武门甕城内，称敌劲援寡，未可轻战。可是，朱由检令中使一再督催，满桂不得已，挥泪而出，与孙祖寿率五千人在永定门外二里许扎营，列栅置炮，以待后金兵。十七日黎明，后金兵发起进攻，自辰至酉，大小十余战，满桂身先士卒，骁勇无比，因众寡悬殊，明朝将士力不能支，节节败退。满桂箭创骤发，坠马而死；副将孙祖寿及参将周旗等三十余人战死；总兵官黑云龙、麻登云等被擒，投降后金。京师臣民为之惊惧不安。
后金各将帅以明朝将死兵败，争相请求皇太极下令攻城，皇太极颇有城府地笑着说：“城中都是一些无能之辈，要攻取城池，易如反掌。但是，百年之虫，死而不僵，仍有一定的实力，不是旦夕可以攻取的。即使攻陷，得之易，守之难。与其如此，不如简练兵马，以待天命吧。”于是，遣使致书崇祯皇帝朱由检，重申议和之意，然后解京师之围，向房山，谒金太祖陵，一路劫掠东去，攻陷遵化四城，振旅而归。
朱由检对皇太极议和的意向，根本不予考虑，仍以其天朝大国的姿态，发布诏令，处理政务。尤其是各路兵马败报频繁传来之时，既忧且恨，不临朝听政，只是传旨办理军饷，令百官献马。作为一位封建帝王，必须遇事冷静，处置妥当。否则，其后果不堪设想。朱由检在大敌当前，兵临城下之时，恰恰犯了失于冷静的错误。加上过于自负和轻信，使阉党余孽得以趁机而起，以售其奸。尤其是钱龙锡、韩（火广）、李标等先后被陷害攻击，不安其位而告老还乡，朝政被周延儒等人把持，朱由检自然而然地受其左右，虽想振作，但终难一展宏图。对近在眼前的后金兵的入侵和劫掠，也仅有招架之功而无还手之力。损失惨重的良乡之战、永平之战、遵化之战，就是最好的说明。
事态的发展并没有就此止步。以天朝大国自居，且又一心想成为中兴之主的朱由检，在他即皇帝位将近两年之际，就被“本我命夷”的后金皇太极，率兵入塞，长驱直入，如入无人之境，直逼京师，兵临城下，又不受阻拦地饱掠而去。朱由检无论如何也不愿意承认这个事实，更不愿为此承担责任。为维护其尊严及皇帝处理政务的无误，只有将一切罪责归之于袁崇焕，便是极好的办法。于是，在崇祯三年（1630）八月十六日，朱由检来到暖阁，先召辅臣成基命等人入见，但过了很长时间，才来到平台，召文武诸臣一起入见。朱由检告谕道：“袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋款，纵敌不战，散遣援兵，潜携喇嘛僧入城，卿等已知之。今法司将此罪案审理得如何？”诸臣顿首唯命。朱由检接着说：“依照《大明律》，将袁崇焕处以车裂分尸的磔刑。家属十六岁以上的处斩，十五岁以下的给功臣家为奴，其妻、子、兄、弟流放边远地方。其余的人不予追问。”辅臣顿首致谢。朱由检问诸臣：“你们还有什么话，如实道来。”辅臣说：“其罪死有余辜。”同时戒谕群臣：“洗心涤虑，毋仍前欺罔。”最后下达圣谕说：“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在郊，屯兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为？致庙社震惊，生灵涂炭，神人共愤。”遂命刑部侍郎涂国鼎监决，将袁崇焕磔于西市，结束了他叱咤风云的短暂人生。（《国榷》卷91）
有史料记载袁崇焕死得极其惨烈，受朝廷制造舆论影响的京师居民，对袁崇焕所谓的“召敌”、“献地议和”恨之入骨。袁崇焕被磔时，百姓争吃其肉，皮骨已尽，叫声不绝，闹腾了半天，才告平静。这哪是磔刑，简直是生吞活剥！目睹其惨状的夏复苏说：磔袁崇焕时，百姓用银一钱，买肉一块，吃一口必骂一声，时间不长，崇焕的肉就被卖得干干净净。朱由检作为明朝的末代皇帝，为了推卸罪责与发泄怒气，竟对袁崇焕这样一位有胆略、有才干、率师勤王的有功之臣如此残忍，不能不令人感到可叹可悲。更可悲的是封建朝廷统治下的百姓，深受朱由检的舆论蒙蔽，以致到难以自拔的地步。痛骂袁崇焕，食其肉，喝其血，表现得那么真诚。应该说在当时骂也有理，恨也有理。如果这些百姓中，有人能活得长久一些，得知袁崇焕所谓的“召敌”、“献地议和”，是清太宗皇太极施行的反间计，是无能而自负、轻信而蛮横的末代皇帝朱由检坠入彀中、冤杀了袁崇焕的真相后，该作何感想呢？是恨自己的无知，抑或恨皇帝的欺骗？还是因朱由检已经死去来不及追究他们痛骂袁崇焕、喝其血、食其肉的罪责而庆幸？
对任何事物，都需要经过一段时间、保持一段距离才能看得真切，或者说旁观者才能冷静地分析而得出较为符合实际的结论。就朱由检冤杀袁崇焕一事而言，《御定资治通鉴纲目三编·发明）评论说：“袁崇焕在边臣中尚有胆略，其率兵勤王实属有功无罪。庄烈始则甚喜其至，倚若长城。一闻杨太监之言，不审虚实，即下崇焕于狱，寻至磔死。是直不知用间愚敌为兵家作用，古今来被绐而偾厥事者，指不胜屈，未有若庄愍此举之甚者。至祖大寿拥众东走，追而不返，且出怨言，甚至将士以弓刀相向。此其叛迹显然，向非孙承宗调度有方，岂能敛兵待命，而转以优诏报之。崇焕非叛而坐以大逆，大寿实叛而褒以玺书。刑章颠倒，国法何存！岂惟不知将将之道，抑亦大失御下之方矣。”此论可谓一针见血，入木三分，道出了朱由检冤杀袁崇焕的严重过失。
三 明朝政局的破败与皇太极屡次入侵
已巳（崇祯二年）之变，给明朝的打击是沉重的。不仅暴露了布防空虚和兵力单薄的缺点，而且反映出朝政的破败。皇太极率兵进击和四出劫掠，更使明朝损兵折将，经济枯竭。尤其是朱由检冤杀袁崇焕，辽兵辽将人人自危，纷纷投奔后金以自保，对明廷说来，犹如霜雪并施。然而，享有至高无上权力的崇祯皇帝朱由检并没有以积极的态度从中吸取教训，反省自己的决策是否允当，反而嫁祸于边臣，以至于对文武百官心怀疑忌，信任宦官，给奸佞之徒以可乘之隙。温体仁的入阁及阉党余孽的死灰复燃，导致朝政日渐混乱和黑暗，朱由检被其左右而不自知。然而，事不止此，朝廷又行赋税加派，本来衣食无着的穷苦百姓，更为饥寒交迫，明朝的社会经济更加凋敝不堪，社会矛盾日趋激化。尽管任用枢臣孙承宗督师辽东，加强防御，重整边备，但仍于事无补，并未从根本上阻遏后金皇太极的再次入侵。
孙承宗督师关内外
孙承宗被朱由检召入京师，仍为阁臣、兵部尚书，督理山海关内外军事事务。趁后金皇太极饱掠撤军之机，收复遵化、永平、滦州、迁安四城，受到朝廷封爵进秩的奖赏。后孙承宗出关东巡，由前屯、宁远抵达松山、锦州；再由山海关历经石门、燕河、偏关三协十二道。最后由石塘路过平谷，途经盘山，进入蓟州而还京师。就其考察边防情向朱由检报告说：先任封疆大臣，精择八部大帅，分别战守，蓟镇备守，辽镇备战，合蓟辽战守，防御插汉，收复城池等。朱由检极为赞赏，并予采纳。于是开始修筑大凌河城。
本来，左屯、大凌河二城，孙承宗在以前出任督师时，已经设兵城守。后高第替代，尽撤戍守的兵士器械，右屯、大凌河二城便成为残垣断壁，破败不堪。至崇祯四年（1631）初，辽东巡抚丘禾嘉，准备复取广宁、义州、右屯三城。孙承宗说，广宁道途遥远，应当先据右屯，修筑大凌河城，渐次向前推进。遂即付诸实施，命总兵官祖大寿、副将何可刚率兵四千，驻守其地，调班军一万四千人修筑其城。此事原由兵部尚书梁廷栋主持，由于梁廷栋罢官，引起非议，认为大凌城荒远，不应当修筑，调班军赴蓟镇，并斥责巡抚、镇守，令其回奏。丘禾嘉畏惧，将戍守兵士全部撤回，只留一万名班军负责运送粮饷，戍守其地。孙承宗说：“兵未撤，敌至而战，是上策；依据现有粮饷，整饬严守，是中策；若撤兵以去，将空城让于疲备之敌，乃为下策也。”由于边臣与朝臣意见不合，致使孙承宗加强边备，布兵设防的计划，难以实现。
皇太极再次入侵
皇太极于崇祯三年（1630）五月率入侵的后金兵全部返回沈阳后，继续向明朝遣使议和。崇祯四年（1631）八月，皇太极得知祖大寿、何可刚率军修筑大凌河城，以为进击之机后，即发兵抵达大凌河城，掘壕树栅，四面合围；另遣一军截断锦州大道，城外堠台全部攻克占据。城中守军出战，皆被击败，退回城中。孙承宗、丘禾嘉得知，飞驰至锦州筹划应援之策。丘禾嘉亲率兵马与总兵官吴襄、宋伟合军赴援，在离松山三十里之处，与后金兵相遇，于长山与小凌河之间展开激战，丘禾嘉等战败，收军退回锦州，后金兵进击至锦州城下，许多明军坠落城壕而死。
在后来的交战中，太仆少卿张春与诸将张弘谟等三十三人被后金兵俘获，将士战死不计其数。祖大寿坚守大凌河城不敢轻易出城，外援断绝，至冬，大凌河城粮饷用尽，借食人马充饥。十月二十八日，后金趁机招谕祖大寿，祖大寿及诸将都表示愿意投降。只有何可刚反对。祖大寿令二人将何可刚掖出城外斩首，便与副将张存仁等投降后金。祖大寿说：“妻子在锦州，请放我回，设计引诱守将投降。”皇太极同意。祖大寿回到锦州之后，未有机会诱降。而丘禾嘉知道祖大寿已经投降后金，上书报告朝廷，朱由检置之不问。张春拒不投降，以绝食相抗而死。朱由检以其不失臣节，遥迁右副都御史，抚恤其家。其妻翟氏得知，自杀殉夫。
长山一战，大凌河城失守，明军损失惨重。朝廷诸臣，纷纷弹劾孙承宗及丘禾嘉筑城起隙。孙承宗见温体仁之辈不能辅佐大政，一味擅权谋私，加上皇帝朱由检猜忌多疑，便以年老为由，连续上书，乞请致仕回家。十一月，得到批准，乘坐驿站车马回到高阳。明朝的军力，由此一蹶不振，只有招架之功而没有还手之力了。
后金皇太极指挥军队，机动灵活，小仗大役，交替使用。因其力量相对弱小，就采取避实就虚的策略。经过一番筹划之后，皇太极又于崇祯七年（1634）五月，调集兵力，决定避开山海关，道经蒙古，兼取察哈尔，直抵宣府、大同。计议已定，即分两路，一路从上榆林口出发，一路从沙哈出发，西行进入蒙古。六月，后金各路兵马先后抵达长城附近。皇太极根据总体战略布置和所要攻击的城池，将七万精兵再分四路挺进。入大同、张家口。又焚龙门关，破怀来、保安，杀知州阎生斗。八月，后金兵在应昌集结。攻克代州后，皇太极重新布置兵力，分道出攻，东路至繁峙，中路至八角，西路至三岔。自率兵马攻大同，连战五日，吴襄兵败，尤世威令将帅祖宽竭力与战，后金兵退却，转攻西安堡，再下灵丘。其时沿边城堡多失守，远近震慑。闰八月，代王母杨太妃命宣大总督张宗衡、总兵曹文诏等与后金皇太极求和，皇太极布告以申讨之意，攻下宣府万全左卫后，即由拒墙堡出塞回沈阳。
朱由检面对皇太极的后金兵，不是激励将士奋勇进击，而是在辅臣的策划下，认为后金皇太极此次入口，仅仅是为贪图子女玉帛而来。便出一公开信，广为张贴，其口气、姿态仍然是天朝大国，盛气凌人。
皇太极即帝位与袭扰京畿
崇祯八年（天聪九年，1635），当多尔衮出征凯旋而献上元朝传国玉玺之后，就由诸贝勒与蒙古各部贝勒合议，为皇太极奉上皇帝尊号，皇太极没有答应，只是宣布撤除女真名号，统称为满洲。崇祯九年（天聪十年，1636）四月，满洲、蒙古诸贝勒、汉军都元帅、总兵官及文武大臣齐集盛京沈阳，举行隆重典礼，共上尊号，由多尔衮、土谢图济农巴达礼、孔有德，分别上满文表章、蒙文表章、汉文表章。皇太极受尊号为“宽温仁皇帝”。建国号为大清，立年号为崇德，仍以盛京沈阳为国都。同时追谥努尔哈赤为承天广运武皇帝，且依据汉族制度上庙号太祖。
同年五月，皇太极在分析了自己所处的环境，以及朝鲜暧昧态度，决定再次出兵袭击和侵扰明朝，遂命英勇善战的阿济格担此重任。六月，阿济格奉命率领十万八旗兵马，分三路于同月二十六日入喜峰口。巡关御史王肇坤拒战失败，退保昌平。阿济格纵兵进击，七月初，三路兵马在延庆会集。
崇祯皇帝朱由检得知大清兵入边袭扰，十分忧虑，照例宣布京师戒严，将廷臣召到平台，询问应急之策。廷臣无良谋善策，只是应付而已。朱由检根据以往清兵入侵的路线，估计其从山西而来，就分别派遣内臣李国辅守紫荆关，许进忠守倒马关，张元亨守龙泉关，崔良用守固关。当得知大清兵马由延庆入居庸关，围攻昌平时，又任命张元佐为兵部右侍郎，镇守昌平；遣司礼太监魏国征守卫天寿山，魏国征立即前往。数日后，朱由检对阁臣说：“内臣即日就道赴任，而侍郎三日未出，能怪我信任内臣吗？”在军情紧急时刻，朱由检不忘褒扬内臣，轻诋武将，可见其依靠内臣之心何其牢固。武将听得此言，岂能有效忠之心！
阿济格率领清兵虽然在攻击居庸关昌平北路时，受到大同总兵官王朴率领的援军的阻击，死千余人，失百余人，但仍继续挺进。同时将俘虏的明军释放，令其返回昌平，王肇坤开门收留。七月初五日，阿济格逐步深入掠西山。两天之后，又间道自天寿山后抵达昌平，挥兵攻城，原二千降兵为内应，昌平城为之陷落。王肇坤身中四箭两刀而死，总兵官巢丕昌投降。阿济格令清兵焚毁埋葬在天寿山的明熹宗陵墓。次日，阿济格率清兵进逼西山，攻巩华城。守将姜瑄以火炮轰击，清兵退却。阿济格见明军攻势甚猛，城守坚固，难于很快取胜，便计议南下，但又不甘心轻易退去，便学皇太极曾经施行过的反间计，给曾经投降而又逃回的明副总兵黑云龙写信，约为内应。目的在于借明朝之手杀死黑云龙。这次，崇祯皇帝朱由检似乎变得聪明了一些，看出了阿济格的真实用心，便召谕黑云龙说：“你不要担心，这是阿济格所施计谋，你可将计就计，诱其前来。”黑云龙奉命而出，在西山北隅设伏引诱清兵，斩获颇多。阿济格反间不成，反中其计，就率兵向南侵扰良乡。
七月初十日，昌平的叛兵进逼西直门，屯驻清河、沙河的清兵也随之出动，攻克宝坻。崇祯皇帝朱由检十分震惊，命文武大臣分守京师各城门。并令兵部传檄征山西、保定、大同等处兵马入援。曾被劾坐视不救的兵部尚书张凤翼，不得不自请总督各镇援兵出师，与宣大总督梁廷栋相掎角。朱由检批准，赐尚方宝剑，给万金，赏功牌五百；令监视关宁太监高起潜为总监，总兵祖大寿为提督，同山海总兵张时杰属高起潜，张第元监军；辽东巡抚方一藻守山海关。七月二十三日，朱由检得知阿济格攻克昌平，进击巩华城，似有归意后，即命兵部联络京军合剿。两天之后，已集五万京军驻扎琉璃河，王威率领的辽东兵及三屯营兵调往涿州，起用都督王承胤为总兵官，镇守居庸关。
当此之际，阿济格率领的清兵，仍然采用避实就虚的战术，下定兴、房山，克安肃，攻大城，战安州。入月，又克文安、永清，分兵攻漷县、遂安、雄县。不久，又从雄县奔赴鄚州口，刘泽清阻击，而转攻香河，进河西务，还涿州，克顺义。再绕到京东北，抵达怀柔、大安，攻陷西和，分兵屯密云、平谷，又返回雄县，向北侵掠袭扰。遍蹂赤县，攻陷城堡。九月初一日，从冷口出塞，饱掠而去。且斫柏树制牌，书写“各官免送”四字。
这次明朝受到清兵的袭扰，连陷十二城，先后五十六战，明军虽有些抵抗，但还是以失败而告终。果于重罚的朱由检，一反常态，没有像以前那样对统兵将领或贬或戮，却表现出了少有的宽容。越是如此，张凤翼、梁廷栋越感到自己的罪过深重，便先后饮药而死。后来，言官弹劾，刑部论罪，罢张凤翼官，处梁廷栋大辟之刑，因其已死，免于实施。与此同时，又大肆为宦官高起潜等叙守京功。计六奇在《明季北略》中叹息说：“朝廷虽乏人，奈何与刀锯之余共天下事哉！吾知忠臣良将之心，于是乎灰矣！”
两年之后的崇祯十一年（崇德三年，1638）九月，皇太极再命多尔衮约蒙古军大举进兵，与岳托分别从西协墙子岭、中协青山关侵入。墙子岭地势险峻，岳托挥兵蚁附而上，连续费时三昼夜才得越关而入。正在密云为监视太监邓希诏祝贺生日的总兵吴国俊急忙率兵至墙子岭与其激战，溃败退至密云。蓟辽总督吴阿衡醉意朦胧，得知清兵入塞，率兵往救，因事出仓促，调度失措，被清兵击毙。岳托在此等候从青山关而来的多尔衮。接着越迁安，逼丰润，乘胜南下。
同年十月初二日，朱由检宣布京师戒严，征调辽东前锋总兵祖大寿入援，留巡抚方一藻、朱国栋、陈祖苞分守；命宣大总督卢象升率总兵杨国柱、虎大威进易州出其左；移青州、登州、莱州、天津的兵马出其右；檄总兵刘泽清以山东兵马遏其前；高起潜为应援。
由于杨嗣昌、高起潜处处与卢象升作对，直接影响其攻击清兵计划的实施，难有建树。而杨嗣昌、高起潜又不时向皇帝进献谗言，致使朱由检准备以孙传庭代卢象升总督各路援兵。大学士薛国观、杨嗣昌当面劝说道：“临阵易帅，兵家大忌，不如留卢象升责其后效。”于是，令大学士刘宇亮督察各镇援兵，夺卢象升尚书衔，仍同高起潜戴罪夹剿。而清兵已连陷衡水、武邑、枣强、鸡泽、文安、霸州、阜城，围攻威县，至此，又攻下平乡、南和、沙河、元氏、赞皇、临城、高邑、献县。卢象升麾下兵也不足一万。而清兵分为三路，一路自易州趋真定，一路自新城趋河间，一路自涿州趋定兴。兵力极锐，难以阻挡。卢象升与清兵战于庆都，杀死百余人；总兵杨国柱、虎大威再与争战，杀伤相当。卢象升正着手谋划寻找可乘之隙，合兵夹击时，得到朱由检令其戴罪夹剿的圣旨，不得已，只好分兵援救真定，自己到保定决战。抵达藁城时，写信令赞画主事杨廷麟回真定，请求高起潜相援，高起潜不予理睬，竟走临清。卢象升率领的五千人，粮饷匮乏，无以为炊，哀呼无应。与清兵激战，壮烈牺牲。
卢象升战死，高起潜溃败，清兵分别攻陷昌平、宝坻、平谷、清河、良乡、玉田、蓟州、霸州、景州、赵州。又挥师自畿辅而西抵山西界，复东向进入山东。再分兵二道，一向高唐，一向济宁。崇祯十二年（崇德四年，1639）正月会合攻破济南城，四出攻取州县。三月，经迁安县，从青山口出关，返回沈阳。
此次清兵入塞，历时五个月，深入两千里，历经五十七战，攻陷七十余城，焚掠杀伤，不可胜数。
松锦之战
冀鲁被清兵袭扰，使明朝的经济和军力再次受到双重打击。朱由检遂派兵布将，加强防御。应该说，朱由检在辽东一线，诸如城池的修葺，兵士的增派，器械的配备，是持积极态度的。尤其是当后金兵占据大凌河城之后，锦州就失去了必要的屏障而独处最前线的前哨军事要地。在锦州与宁远之间，有松山、杏山、塔山，其间相离十余里或二十余里，扇形般排开，既是锦州的后盾，又是宁远的屏障。对明朝来说，如果能有效地守御，就会成为清兵入侵的重大障碍；同样，清兵要想顺利入关，只有冲破松锦和宁远，才是最佳路线。因而，明、清双方的最高统治才都在为这一战略要地的攻防进行着智力和军力的较量。
朱由检根据杨嗣昌的建议，任命洪承畴以兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务。崇祯十二年（1639）十月，洪承畴奉命出山海关，至中前所，将总监高起潜的私人，时任千总的刘某因虚冒粮饷，当众处斩，以肃军纪。高起潜无奈，口头不说，而心怀怨恨。洪承畴又推荐刘肇基、吴三桂，朱由检升迁吴三桂为都督，充任辽东总兵，团练宁远兵马，刘肇基为都督佥事，加强备御。
皇太极比起朱由检，更加慎重、细密，特别是他屡次派兵入边了解了明朝的虚实之后，即把消灭明朝，统治全国，作为自己的最高战略目标，并以此为题多次召集文武百官认真筹划，选择最佳时机、最佳策略和最佳地点作为突破口，挥师伐明，加速最高战略目标的实现。为此，他为了牵制明朝的兵力，在几次由蒙古南下，入扰明朝时，就派遣精骑在锦州附近发动过争战，只因是配合性战斗，无意进击攻陷锦州，但他已经感到锦州的防御是坚固的，不集中优势兵力，认真对待，难以达到预期目的。皇太极对群臣的议论，诸如挥兵直取明朝京师；先取锦州，再攻山海关；由海路取登州、莱州；从宣府、大同边塞攻入，南下攻陷北京，等等，都仔细倾听，在此基础上，使自己的思路逐步清晰、缜密。直到崇祯十三年（崇德五年，1640）皇太极觉得时机已经成熟，战略思想也渐渐明确：取燕京犹如砍伐大树，须先从两旁斫削，则大树自然倒伏，可称为“剪枝”的战略战术。于是，便决定以较长的时间，派兵往攻锦州，在相持中，消磨明朝军力、物力，同时壮大自己，再一举挥师进击。一旦攻下锦州，松山、杏山、塔山及宁远的守兵必然震惊。以胜利之师，战震惊之军，胜负不言自明。最后据山海关为己有，夺取明朝京师北京，可谓轻而易举，也可使进入北京之后长久立足，不受任何威胁。在这一思想指导下，如何具体付诸实施？皇太极的设想是：欲取山海关，必先攻取锦州、松山、杏山、塔山四城，而锦州首当其冲；若要首先攻取锦州，必须选择便于进击、轮换调兵、运送粮饷器械，即以进退自如的城堡作为屯兵之地。皇太极为此再次召集群臣商讨，他舍弃屯兵广宁之议，以过人的胆略果断地选择距锦州九十里的义州，派兵筑城、屯田，不时袭扰明朝的驻军，使其长期处于戒备状态。
皇太极选择义州作为据点，积极备战。在军马粮饷有所储备之后，即施行其围困锦州的战略，时而出击，时而退却，往来于义州与锦州之间。至崇祯十三年（1640）秋，攻克了锦州城西九台及小凌河西岸二台，便分兵两翼，围困锦州城，当时祖大寿坚守锦州，不敢轻易出击。不久，总督洪承畴率总兵曹变蛟、左光先、马科、吴三桂、刘肇基以马步兵五万驰援锦州，在黄土台与清兵激战，战败退还，清兵亦返回义州不出。洪承畴返回宁远后，以曹变蚊、左光先、马科所统领的兵马遭受挫创，令入关养精蓄锐，以便再战；刘肇基拙于调度，由王廷臣代理其任；又令左光先返回原镇，由白广恩代理；吴三桂、王廷臣率兵驻守关外，往来于松山、杏山之间，以示进取。又奏报朝廷，请求调旁近边军合关内外兵马十五万人备战守。还说师行粮从，必须有一年所需的刍粮，然后可议益兵。朱由检即令户部迅速筹措供给。
崇祯十四年（1641）正月，洪承畴率总兵吴三桂、王廷臣、曹变蛟、白广恩等至宁远。洪承畴亲至松山，察看形势，了解战守情状，感到兵将短少，不足以守御，即请调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、蓟镇总兵唐通，各拣练兵马赴援。三月，清兵自义州出发，再围锦州，毁堑填壕，声援断绝，祖大寿命诸军与清兵展开激战，清兵渐退；不久，复围锦州，攻陷东关，掘堑垒墙作久攻的准备。
皇太极见久围锦州不见成效，即召集群臣商议，在诸多议论中，唯有张存仁的建议切合实际。于是，改换统兵将帅，一反围城不严的弊端，将八旗兵开赴到距锦州城较近的地区安营扎寨，列阵围困。此举具有极大的威慑力，致使明廷急忙调兵遣将，指示洪承畴设法率兵前往解围，同时命令祖大寿率兵出入锦州、松山、杏山之间，会同洪承畴统领的兵马抵御清兵的围攻。然而，明兵部尚书陈新甲身居京师，不知锦州之围的紧急情状和清兵咄咄逼人的态势。洪承畴虽可奉命赴援，而祖大寿已难以出城一步了。
同年四月，洪承畴率兵进至松山、杏山之间，又移至松山城附近的石门，南北列阵：令吴三桂、王廷臣、杨国柱驻守石门之西；曹变蛟、白广恩、马科驻守石门之东；王朴驻兵东西石门之中，左右接应。清兵在乳峰山部署步兵，在东西石门屯兵二方，且设伏于松山周围待战。两军相接，展开激战。明军不避矢石，奋勇登山，放炮轰击。祖大寿在锦州城听到炮声，得知援兵到来，即率军出城，与援兵夹击清兵，清兵失利，向北退去。
此次与清兵激战，虽然取得了胜利，但锦州仍在清兵的围困之中。为此，崇祯帝朱由检于同年五月在中极殿召见兵部尚书陈新甲。陈新甲见洪承畴率兵出关之后，多次与清兵接战，负少胜多，有所斩获，以为奋勇进兵，速战速决，可获胜利。虽做如是想，但他深知与总督洪承畴的且战且守的持久之策相抵触。恰在此时，祖大寿的部卒从锦州逃出，报告锦州城内的粮饷足以支持半年，只是缺乏柴薪。并转达祖大寿的话：“应当以车营紧逼，不要轻易征战。”而洪承畴集兵数万待援。朱由检对此十分忧虑，询问陈新甲救解锦州之计。陈新甲以为事体重大，请求退去与阁臣及侍郎吴牲、总督傅宗龙商议，并遣官与洪承畴当面计议，然后由皇上裁夺。朱由检只好同意，命兵部职方郎中张若麒前往宁远。次月，陈新甲向朱由检奏报进兵计划，兵分出击：一出塔山，趋大胜堡，攻敌营之西北；一出杏山，抄锦昌，攻敌营之北；一出松山，渡小凌河，攻敌营之东；又以正兵主力出松山，攻敌营之南。朱由检命将这个进兵计划交付行营计议。洪承畴认为，当时虽统率八镇兵马，但只有白广恩、马科、吴三桂可以独当一面，敢于进击，其余五镇兵马可以配合作战。若分三将于三路，担心众寡悬殊，结果难料；若由五将辅佐相助，谁来担任先锋？兵分势弱，更难抵御。因此，他仍持前议，主张且战且守，反对急速进兵。于是上书朝廷，阐述战备说：巩固松、杏以资转运，而锦州防御坚固，未易撼动。若将清兵拖过今秋，不仅促其穷困，就是朝鲜，也随之穷困。此为可守而又可战之策。朱由检以为洪承畴言之有理，且十分稳当，又与锦州守将祖大寿的意见不谋而合，便表示赞同。然而，陈新甲却仍持速战之议，屡次向朱由检陈奏。加上张若麒呈报密奏，陈说速战的正确，并请求留在关外料理。当时清兵粮饷不给，每天骑兵只吃两餐，步兵只吃一餐，扬言入攻三协来掩饰其困境。陈新甲对此信以为真，便以刺激性的文字给洪承畴写信，令其速战。与此同时，他又在朱由检面前反复陈奏速战速决与且战且守的利弊，致使身居宫禁之内、不懂军事情势和用兵之道，且又想有所作为的朱由检，改变了对洪承畴方略的赞同，听信陈新甲之说，就密令洪承畴克期进兵。同时陈新甲推荐前绥德知县马绍愉为兵部职方主事，出关赞画。洪承畴先受激于陈新甲之言，后又有皇帝密敕，既不敢坚持原议，又不敢拖延，只好无可奈何地奉命而行。
明朝廷内部对解救锦州的意见如此分歧，直接影响了亲临前线总督的作战主动性和积极性，完全陷于被动状态之中。而皇太极却是认真地准备着与明军的决战，并将松山视为决战成败的关键，集中优势兵力，争取取得攻克松山的胜利。
洪承畴一切准备妥当，于同年七月二十六日在宁远誓师，二十七日自率六万兵马前行，二十八日抵达松山，后续兵马依次抵达，总共十三万余。洪承畴见清兵屯聚乳峰山之东，即传令诸军登乳峰山之西。又传令镇兵分别进击东西石门，干扰和分散清兵兵力，使其腹背受攻，于是立车营，四围树木栅为城。清兵得知，十分惊骇。洪承畴部署略定，便于八月二日令诸镇兵出战。宣府总兵杨国柱先行，列营未定，清兵四面呼降，杨国柱即挥师奋击格斗，身中流矢而死。清兵误入车营，大炮齐发，斩清兵一百三十人，杀固山、牛录二十余人。洪承畴遂令山西总兵李辅明代领杨国柱兵马，与马科等分营松山东、西、北三面，曹变蛟营于松山之北乳峰山之西，间到七营，环以长壕，自率兵据松山城，为久拒之计。与此同时，祖大寿分步兵三道突围，只突出二重，到第三重，被清兵阻止，与援军联络断绝，不得已再回锦州城。清兵屡次进攻乳峰山西侧的明军，均被击退，无功而返。初九日，王朴率军攻西石，被清兵击败，将士气沮。次日再战，清兵受挫，不敢复出，向沈阳请援。
皇太极得知松山之战不利，十分着急，以致忧愤吐血，于八月十五日带病亲率三千精骑，日夜兼程，十九日抵达松山，陈师于松山、杏山之间，截断明军的联系。
洪承畴得知皇太极扬言围困松山，以为是诈，略不为意，按兵不动。但总兵官曹变蛟见清兵列营，却颇为畏惧，处于两难境地：欲战则力不支，欲守则饷道已绝，唯一的出路就是突围。二十日，曹变蛟等八大将挥师进击清兵失利，清兵乘胜追至塔山，获其笔架山积粟而还。遂掘壕三道，每壕深八尺，宽一丈有余，人马不得过，阻断松山、杏山之间的通道，使明援军前与锦州后与宁远失去联系和粮饱的运输，孤立于深壕之中。当天夜间，曹变蛟撤其七营兵马移至松山附近扎营。二十一日，洪承畴见清兵掘壕围困，便激励将士：“我兵既出，亦利速战，解围在此一举。”可是诸将因粮饷困乏，打算先撤回宁远。傍晚时分，张若麒给洪承畴写信说：“松山之粮不足三日之食，清兵不但围困锦州，又复围困松山，各帅既有回宁远支粮之意，亦在情理之中，当予应允。”于是诸将各怀心态，议论不一，有的说明日出兵进击，有的说今日即可出战，有的说先回宁远，以图再举。洪承畴力排众议，立即传令王朴、白广恩、唐通等三镇兵马为左路，吴三桂、马科、李辅明等三镇兵马为右路，决战突围。而总兵王朴心存恐惧，先率兵逃遁，其他将帅纷纷仿效，逃遁犹恐不及，骑兵、步兵自相践踏，不战自乱，丢弃的弓箭盔甲不计其数。逃遁的明军望见火光，即以为是清兵，便急忙返回，又遇伏兵堵截斩杀，死伤累累。总兵曹变蛟、王廷臣突入松山，辽东巡抚丘民仰誓与洪承畴同守。洪承畴面临如此险恶形势，决定留三分之一的兵马守松山城，三分之二的兵马突围冲阵。至尖山石灰窑，与清兵相遇，奋力激战，清兵暂退，不久又合兵来战，致使明军不得再入松山城，只能移屯海岸，仅二百余人逃脱，其余明兵尽淹没于海潮之中。白广恩奔回松山，张若麒、马绍愉得一渔船，与诸监军逃回宁远。反奏报朝廷说洪承畴失计，借以自免。洪承畴困于松山，令白广恩同都司雷起鳌东走小凌河，袭击建州老营，走国王碑，历锦昌、大胜间，自清兵后进小红罗山，请兵解围。二十三日，李辅明四处奔逃终入宁远城；二十六日，吴三桂、王朴率残兵败卒自杏山向宁远退去，行至高桥，遇清兵阻击，死伤惨重，吴三桂、王朴仅以身免，奔入宁远。至此，锦州、松山被围，应援俱绝。皇太极及时移兵逼围松山，等待城中弹尽粮绝，不战自乱。
锦州之围未解，总督洪承畴与总兵曹变蛟、王廷臣，巡抚丘民仰，以及残兵败卒被围困在松山城中。崇祯皇帝朱由检为之震惊而忧虑。询问兵部尚书陈新甲，陈新甲一改规劝皇帝速战的急切心态，一心只想逃避罪责，很难提出救解锦州、松山之围的良谋善策。而朱由检只想如何保住锦州和松山，尤其是尚在重围中的总督洪承畴。在不真正了解锦州、松山危急的情况下，朱由检于九月初二日下达圣谕，命令洪承畴竭力固守；巡抚丘民仰伺机出战，冲出重围，急返宁远，保存七城。前者以守为战，后者以战为守。并命杨绳武为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督关蓟辽津通等处军务，以暂时代理身处重围的洪承畴。如此脱离战争实际的圣谕和任命，必然会变成一纸空文，很难使将帅付诸实践。何况松山惨败之后，损兵折将，丢盔卸甲，致使兵不用命，将无战心。加上锦州、松山、杏山置于清兵的重重围困之中，粮饷困乏，总督洪承畴插翅也不能离松山一步，丘民仰更难突围。而满朝文武，不以力行为尽职，而以题覆了事，敷衍塞责。救解松、锦急务，置若罔闻。朱由检见其圣谕未有反响，更无效果，便下旨严加斥责道：“围城望救甚切，已有屡旨剿援，乃至今未发一兵，未通一信，抚镇道将，料理何事！”十月，再命叶廷桂为兵部右侍郎兼右佥都御史，巡抚辽东宁锦。可是，朱由检得到的却是兵部会议御奴之策，大端以息兵为言。气急败坏，无以复加。恰于此时，皇太极见天将转寒，且粮饷转运艰难，想撤围而去，又担心松山之捷变为泡影，便借议和为名，保住既得的胜利，以等待时机向明朝进攻。懵懂的明廷文武大臣和无可奈何的皇帝朱由检，以为就此可以缓和一些紧迫的时局，又想保住面子，就暗中与皇太极往来了。
转眼到了崇祯十五年（1642）正月，杨绳武去世，代理总督的是范志完，虽身任总督之职，但却胆怯不敢前往救援洪承畴，唯有副将焦埏领命赴援，刚出山海关立即被清兵斩杀，转送粮饷的道路又全部断绝。洪承畴等固守松山，粮饷一天天有减无增，到了非饿死则杀死的地步。连张若麒也说锦州、松山长久被围，度日如年。对我兵之一鼓解围，望眼欲穿的洪承畴盼望援兵，而未见一兵一卒。曾组织几次突围，均告失败，只得坚守，与松山城共存亡。直到二月间，松山副将夏成德暗中派其子赴清营为人质，约定时日，献出城池。清兵如期攻松山城，夏成德为内应，一举将松山城攻破。丘民仰、曹变蛟、王廷臣，兵备道张斗、姚恭、王之祯，副将江翥、姚勋、朱文德等被斩杀；张若麒从海上乘渔船逃回宁远；洪承畴被俘，清兵令其跪，洪承畴不屈，说：“我是天朝大臣，岂能跪拜小邦王子！”后被械送沈阳。松山被毁如平地。坚守锦州的祖大寿，粮饷用尽，人吃人之事，亦相继发生，战守俱穷。又后得知松山已失，便向清兵将领投降，亦被送往沈阳。清兵既下松山、锦州，又乘胜攻下杏山、塔山。明朝的关外八镇，被清兵夺取其半，宁锦防线变得七零八落，失去原有的防御和抗击能力。
最具有戏剧性的是，洪承畴本已降清，可是身居宫禁的崇祯皇帝朱由检，根本听不到来自松山真实情况的报告，反以为洪承畴战殁疆场，予以悼念，且赐祭十六，在都城外建祠，亲自祭奠。直到后来得知洪承畴未死而降清，才予停止。这应该说是对自诩勤于政事、励精图治的崇祯皇帝朱由检极大的讽刺。
松山之败，连及锦州随之失陷，其中有总督洪承畴的自信而导致指挥失误的原因在。而对于有至高无上权力的崇祯皇帝朱由检说来，他既无用兵之才，又要屡发圣旨；不了解前线瞬息万变的军事情势，又自以为是地急此急彼，指东道西。历史地看，朱由检即皇帝位之后，皇太极一而再，再而三地率兵深入内地侵扰，并未引起足够的重视并从中看出皇太极的真实用心，即或有所警惕，也被皇太极忽进忽退、忽战忽和的行动而冲淡。此次皇太极经过充分准备的围攻锦州，且以义州为据点。而义州的军事战略地位的重要，巡抚方一藻早就上书论及，可是朱由检置之不理，兵部大臣亦不规谏。待皇太极集兵储粮，跃跃欲试而围困锦州之时，身为总督的洪承畴亲临松山一带，实地考察，提出持久之策，朱由检予以肯定；兵部尚书陈新甲反复进言，请求速战速决，加上张若麒的鼓动，朱由检亦改变以持久之策以致敌的态度，予以赞同，还事先令洪承畴限期出战。如此朝令夕改，出尔反尔的做法，再次暴露了朱由检的素质缺陷，而导致松山、锦州的惨败。从这个意义上说，朱由检难辞其咎。正如谈迁所说：“九塞之精锐，中国之粮刍，尽付一掷，竟莫能续御，而宗社以墟矣！”（《国榷》卷97）朱由检与皇太极的多次较量，此消彼长，明朝日益衰败，大清日益强大，朱由检只得无可奈何地借助议和以残喘时日。
四 明清议和与陈新甲丧命
古往今来，在两军对垒的过程中，无不以和谈为手段，借以赢得时间，加强战备，等待机会，给对方以沉重打击，取得战争的最后胜利。然而，议和时机的选择，颇有学问，关键在于双方实力的对比与相互怀有相同的愿望。否则，就有被逼求和之嫌，以致留下城下之盟的耻辱。
崇祯皇帝朱由检与后金（清）皇太极的对抗较量中，初有崇祯二年（1629）正月至十月间以袁崇焕为代表与皇太极的议和，得到宝贵的时间，修筑城池，整饬兵备，加强宁锦防线，使皇太极不敢由宁锦进逼，只得绕道蒙古入边侵扰。另外，还有崇祯五年（1632）正月皇太极与明宣府巡抚沈檠的议和；十一年（1638）兵部尚书杨嗣昌和辽东巡抚方一藻与皇太极的议和，等等。如果说，袁崇焕以议和为手段，达到了加强战备并给对方以威胁的目的的话，那么，沈檠、杨嗣昌、方一藻的议和，无论是时机的选择和实际效果，远不能与袁崇焕相比，而陷于被动。之所以如此被动的议和还能得到对方的响应，只不过是因为皇太极在入侵之后无心也无力保守攻陷的城池，而采取的应付手段罢了。不同时机，由不同的将帅提出的议和，明显地反映出双方力量对比在微妙地发生着变化。这一变化，当以袁崇焕被冤杀为标志，不仅失去了议和的有利时机，而且失去了对皇太极的威慑力。
皇太极指挥清兵重重围困锦州、松山，希图明军内乱而收兵不血刃之效。可是，时近天寒，围困锦州、松山的清兵的粮饷难以为继，导致唾手可得的战果化为乌有；准备撤围，又担心明兵从后追击。于是，在崇祯十四年（1641）十一月，派遣降丁入关与明朝议和。兵部尚书陈新甲听信张若麒之言，口头许诺。
崇祯皇帝朱由检最忌讳群臣百官建言议和，他周围的文武大臣亦囿于宋金和议的耻辱，绝口不谈议和之事，即使为了某种需要默许议和，而事后便诿过于人，以保持自己的尊严和所谓的气节。一些官员提出攘外必先安内，避免陷入两线作战与腹背受敌的困境，意为以议和安抚皇太极，集中兵力剿灭农民军解除内忧。这本是富有远见卓识之议，但遭到朱由检的断然拒绝，严旨切责，下令敢谈和者斩！朝中文武噤若寒蝉。
崇祯十五年（1642）正月，军事形势更加危重。兵部尚书陈新甲认为南北交困，只有议和才能暂时摆脱面临的困境。所以，当听到张若麒奏报皇太极有议和之意时，就以为可行。此时又辗转得知宁前道副使石凤台探知皇太极的议和意向，试探清兵守将，回答是肯定的。陈新甲便暗示石凤台将此事面奏皇上，崇祯皇帝勃然大怒，以私遣辱国之罪下令将其逮捕，投入刑部监狱。尽管如此，陈新甲唯一的出路，仍是遣使议和，并将此意私下告知傅宗龙。傅宗龙出都前夕，再告大学士谢升。谢升便对同僚说：“我年迈力竭，难有作为了。至于与皇太极议和，集中力量剿灭农民军，是现在唯一可行之策。”同僚均表赞同。于是嘱咐陈新甲在适当的时候将此意含蓄地转达皇上。当陈新甲依约而行时，崇祯皇帝朱由检的态度似有转还，一改怒容，担心地问道：“锦州被围约有半载，音讯全无，有什么办法能与其议和？”或许他也感到，事已至此，不议和难以缓解时艰，令陈新甲根据实际情况，便宜行事。接着，又询问阁臣，周延儒等闭口不言，唯有谢升回答道：“如果皇太极愿意议和，不失一种摆脱时艰的办法。”至此，朱由检才对议和一事下定了决心，表明了态度，令陈新甲秘密进行。陈新甲遂推荐主事马绍愉，加职方郎中衔，赐二品服，充任使者，前往议和。朱由检虽同意议和，但仍十分保密，外廷臣僚均不知晓。
兵部职方郎中马绍愉奉命，便于同年正月初七日带领参将李御兰、周维墉驰往宁远，先与清将取得联系。当清将请敕为信时，马绍愉急忙请命于朝，兵部奏报皇上。朱由检为保全其天朝大国皇帝的尊严，手诏往返数十次，皆告诫保守秘密，不要泄露。直到三月中旬，朱由检才以“谕兵部陈新甲”一道敕谕代之。敕谕称：“据卿部奏：辽沈有息兵休民之意，中朝未轻信者，亦因以前督抚各官未曾从实奏明。今卿部累次代陈，力保其出于真心。我国家开诚怀远，似亦不难听从，以仰体上天好生之仁，以复还我祖宗恩义联络之旧，今特与卿便宜行事，差官宣布，取有的确信音回奏。”
朱由检的敕书，是给兵部尚书陈新甲，而不直接与皇太极的大清通话，无非是玩弄卑视大清伎俩。对朱由检的心态，皇太极一眼识破，并对敕书中的傲慢言辞甚表愤怒，明确指出朱由检“执滞不通。自以天之子，鄙视他人，口出大言，不愿和好。”而大清本无意起兵，全系明廷逼迫所致，相信“有德者受命，无德者废弃”之理，愿意修好。皇太极以长篇敕谕交付诸王，令其传示明朝来使。马绍愉接到敕谕，即回京奏呈。（《清太宗实录》卷59）
朱由检得到马绍愉的奏报，寻思如何回答，是仍像以前那样，居高临下，抑或稍示谦恭，承认大清？颇费神思。然而，锦州、松山已陷，杏山、塔山危在旦夕，这一严酷的现实，又使朱由检不能对皇太极的敕书置之不理，只好决定继续遣使前往议和。四月中，马绍愉及兵部司务朱济之奉命起程，率领参将周维墉、鲁宗孔，以及僧人性容，游击王应宗，都司朱龙，守备乔国栋、张祚、赵荣祖、李国登、王有功、黄有才等九人，从役九十九人，于月末抵达宁远，即与清将联络。五月初一日，围守杏山、塔山的清将济尔哈朗、多尔衮派官奏报皇太极。皇太极立即派詹霸、叶成格、石图等前往晓谕迎接。初三日至塔山，初七日至清境，十四日至沈阳，皇太极命大臣到二十里外设宴。礼仪结束，马绍愉一行住于驿馆，并呈上朱由检的敕谕。这一敕谕仍是以给陈新甲为名，与上次敕谕无本质上的不同。
皇太极看到朱由检空洞无物的敕谕，心中的不快，不言自明。加上张存仁等上书恳请皇太极以战无不胜，攻无不克之师，成一统基业。具体分析明朝日益衰败之势提出了首广其地，次广其财的建议。皇太极对此当然心中有数，尤其是松山、锦州一战的胜利，再取杏山、塔山，明廷的关外防线已被摧毁，乘此进兵，胜算在握，当无问题。然而，皇太极的成熟与稳健，使他思考问题比群臣更深一层，比朱由检高出一筹。他明白地知道明廷的危机，也知道清将清兵在取得胜利后的士气极为饱满。尽管有此有利条件，但仍不能采纳文武百官的意见。这是因为，内部目前的稳定，是由于有明朝这一大敌才形成的；若一旦失去这一大敌，内部的稳定将随之瓦解。只有在取得一些胜利之时，加强内部的整顿以及周边势力的驯服，才有力量去进击，才会取得更大的胜利。因此，皇太极将朱由检的倨傲置之脑后，仍然利用议和之机，来达到自己的目的，使自己处于更加有利的地位。出于这种考虑，令礼官热情接待来使，并给予十分优厚的赏赐。最后，在马绍愉临走时，再命大臣送至十五里之外，并将他写给朱由检的长信，交马绍愉转呈。
皇太极给朱由检的长信，在追溯了后金（清）与明朝开战的历史渊源与演变，归咎于朝廷之后，又谈及清兵胜势，仍愿议和通好，就此提出了具体条件：“迩来我军每入尔境内外，辄克城陷阵，乘胜长驱，若图进取，亦复何难。然予仍愿和好者，特为亿兆生灵计耳。盖嗜杀者殃，好生者祥。应感之理，昭然不爽。若两国各能审度祸福，矜全亿兆，而诚心和好，则自前以后，宿怨尽释，彼此不必复言矣。至我两国尊卑之分，又何必较哉！古云‘情通则明，情蔽则暗’。若尔国使来，予令面见；予国使往，尔亦令面见。如此则情不壅蔽，而和事可久。若自视尊大，俾使臣不得面见，情词无由通达，则和事终败，徒贻国家之忧矣。夫岂拒绝使臣进见，遂足以示尊耶。至两国有吉凶大事，则当遣使交相庆吊。每岁贤国馈兼金万两，白金百万；我国馈人参千斤，貂皮千张。若我国满洲、蒙古、汉人及朝鲜人等，有逃叛至贵国者，当遣还我国；贵国人有逃叛至我国者，亦遣还贵国。以宁远双树堡中间土岭为贵国界，以塔山为我国界，以连山为适中之地，两国俱于此互市。自宁远双树堡土岭界北，至宁远北台，直抵山海关长城一带，若我国人有越入，及贵国人有越出者，俱加稽察，按律处分。或两国人有乘船捕鱼海中往来者，尔国自宁远双树堡土岭，沿海至黄城岛以西为界，我国于黄城岛以东为界。若两国有越境枉行者，亦俱察出处死。倘愿如书中所言，以成和好，则我两人，或亲誓天地，或各遣大臣代誓。尔速遣使赍和书及誓书以来，予亦遣使赍和书及誓书以往。若不愿和好，再勿遣使致书。其亿兆残废之孽，于予无与矣。”（《清太宗实录》卷61）最后通牒：“约九月不至则治兵。”（《国榷》卷98）
在马绍愉一行未从沈阳返回之前，明朝廷内外就为议和一事议论纷纷，起因是大学士谢升的一席话。一天，言官在朝房谒见谢升，谈及议和之事，谢升对给事中方士亮、倪仁祯等人说：“议和之事，诸君不必多言，皇上在奉天殿祈签，主意已定。”方士亮等听得此言，十分惊愕，退出朝房之后，首先上书，弹劾谢升“诈谤君父，泄露禁中机密”。倪仁祯与同官廖国遴等继之而起，指斥谢升“言行偏颇，无人臣之礼”。先后弹劾谢升的奏疏达数十封。朱由检异常愤怒，只得将谢升削籍了事。议和风波，因无实指而渐趋平息。不料，马绍愉返回京师，将议和文件呈送兵部尚书陈新甲，陈新甲看过之后随手放在几案之上，就急忙入朝视事。而家僮误以为塘报，即令抄传。群臣百官得此密件，为之哗然，言官纷纷上书弹劾陈新甲，朱由检极为恼火。本来，此事十分机密，且三令五申不得外泄，以便事成则分其功，事败则委之司马。可现在议论纷纷，实出意料之外。起初，朱由检将言官的奏疏压下不发，希望不了了之。但是过了一段时间，见舆论鼎沸，难以平息，才降严旨切责，令陈新甲自陈其过。而陈新甲觉得此事自始至终都是在皇帝指示下进行的，自己并没有在其中增添什么其他的内容。便有恃无恐，不但不承认有什么过失，反而表白自己的功劳。为了名誉、威严孜孜以求，且忧心如焚的朱由检，更加怒不可遏。究竟如何处置陈新甲，朱由检心中仍无稳妥之策，便再三询问阁臣周延儒。几上几下的周延儒深于世故，面对陈新甲遭言官弹劾，尤其是与此事紧紧联系在一起的皇上又喜怒无常，欲脱干系，因此对皇上的询问始终保持沉默，闭口不答。气得朱由检愤然而起，拂袖而去。此时，言官再次指斥陈新甲，并说“堂堂天朝，何至与东虔议和”！在舆论面前，朱由检便于七月二十九日，下令将陈新甲逮捕入狱。陈新甲入狱之初，仍心怀侥幸，以为仅仅是崇祯皇帝为掩人耳目，遮饰己过的权宜之计，便上书请求赦免，却遭到皇帝的断然拒绝。这时，陈新甲才恍然大悟，知道自己将充当替罪羊的角色，赶紧设法向朝廷内外官员行贿。给事中廖国遴、杨枝起到刑部侍郎徐石麒处说情营救，被徐石麒拒绝。起初闭口不言的周延儒，在其收受贿赂之后，也与阁臣陈演一起，竭力营救陈新甲，对皇帝说：“按照《大明律》的规定，只要敌方不兵临城下，是不能诛杀兵部尚书的。”朱由检说：“毁坏东北边塞防线暂且不谈，他作为兵部尚书，致使清兵入扰，我大明七位藩王受辱，难道不比兵临城下更为严重吗！”周延儒等无言以对。徐石麒说：“春秋之义，人臣无境外之交。作为兵部尚书的陈新甲，擅自与大清议和，不予奏请即频繁派遣使者，用张若麒以掣任事之肘，嗾石凤台以露挟疑之端。犯有和款辱国之罪。”朱由检见此说正合其心，即令覆奏，徐石麒及时奉命而行。九月二十二日，陈新甲的赦免之梦还未醒时，便被杀于西市。
如果说崇祯皇帝肯于担当，此事不难处置，即以其皇帝的威严，申述议和之由，风波定能平息。然而，既刚愎自用，又当断不断的朱由检，只考虑自己的面子，在关键时刻，诿过于人，出尔反尔的性格缺陷，得到了充分的暴露。结果，议和不成，徒失二位大臣。
由于明廷有此变故，对皇太极的议和条件，自然不予答复。直到十月十四日，皇太极命多罗饶余贝勒阿巴泰为奉命大将军，率清兵讨伐明朝，深入内地，历时七个月，计攻克三府、十八州、六十七县，共八十八城。俘获人口三十六万九千人、牲畜三十二万一千余头、黄金一万二千二百五十两、白银二百二十万五千二百七十余两、珍珠四千四百四十两、彩缎五万二千二百三十匹。明朝损失尤为惨重。
清兵入扰虽告一段落，而内地的农民起义军，声势浩大，向京师进发，朱由检及其大明王朝处在风雨飘摇之中，岌岌可危。但朱由检不忘皇太极的咄咄逼人之势，派吴三桂以总兵官驻守宁远，企图维持已经残破不全的辽东防线。一心想实现父皇努尔哈赤的夙愿，入主中原的皇太极，于崇祯十六年（1643）八月初九日晚突然死在清宁宫，留下了终生的遗憾。随之而来的是激烈的皇位争夺。结果，皇太极的年仅六岁的第九子福临即皇帝位，改元顺治。由皇叔多尔衮、济尔哈朗辅政，而多尔衮握有实权。
多尔衮坚定不移地遵照皇太极进取中原的战略，其首要目标，是驻守在宁远的吴三桂，武力进攻与游说劝降双管齐下，软硬兼施，吴三桂兵来将挡，拒绝劝降，继续尽忠报国，坚守宁远至山海关的防线。而当农民起义军逼近北京，明廷内部矛盾爆发，为是否调吴三桂入关而发生争论。朱由检念其有功，封平西伯，征调入关镇压农民起义。吴三桂对此次征调十分犹豫，不奉命不行，奉命又有不测，于是逡巡不前，当率兵至丰润时，北京已经被李自成率领农民起义军占据，便毅然率军返回山海关。李自成占据北京，形势十分严峻，既要稳定和巩固内部，又要防御清兵乘机入关。因此，同样将目光注意到拥有相当兵力而驻扎山海关的吴三桂，希望其站到农民起义军一边。于是清兵将帅与李自成都在千方百计地争取吴三桂，而吴三桂也为自己、为家人着想，一时拿不定主意，徘徊不定。犹如坐在屋脊之上，可以向东，也可以向西，关键是促使他向东或向西的决定因素为何物了。
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