贝格尔舰就是其中的一艘小军舰，它的排水量为235吨，在装配方面是一艘三桅船，并且携带着六门炮，同那些老式的十炮两桅船是属于一个等级的，这类船的外号叫做“棺材”，因为遇到大风浪时它们容易沉没。尽管如此，在地球上风浪最大的地区，在斯托克斯和菲次·罗伊两舰长的指挥下，它完成了五年航行，没有发生过一次严重的意外伤害。
当1831年贝格尔舰再度被派出去航行的时候，它已经破烂不堪了，所以它需要重新修造。为了使这条船适于这次环球考察，英国对它进行了极其仔细的装备。贝格尔舰这次远航的主要任务是测绘南美洲东西两岸和附近岛屿的水文地图，另外还要进行环绕全球的时计测定工作。海军部再次任命菲次·罗伊为皇家远洋考察贝格尔舰的舰长兼总指挥官。
菲次·罗伊舰长得知老友亨斯洛教授把达尔文推荐给他，尽管亨斯洛一再向菲次·罗伊说明达尔文就是他要找的最合适的人选，但是菲次·罗伊并不了解达尔文的性格，再加上他的好友——剑桥大学三一学院研究员威廉·派奇·武德，给他写了一封热情洋溢的介绍信，信里又提到达尔文是一个民权党员，就更不得了了，因为菲次·罗伊本人是一个保守党，他想达尔文这个民权党员若在船上专断行事，那么船上肯定会经常闹事误事的。鉴于这两点考虑，菲次·罗伊写信给亨斯洛，婉言拒绝了达尔文这一人选。
当达尔文兴高采烈地从施鲁斯伯里赶到剑桥，准备告诉亨斯洛教授达尔文医生准许他参加贝格尔舰时，却得知菲次·罗伊婉拒他上舰。达尔文很是失望，但又于心不甘，经过了一个晚上和翌日上午的犹豫不决，达尔文决定亲自到伦敦去一趟，直接同菲次·罗伊舰长谈谈。
9月5日下午1时，达尔文动身去伦敦。
见到菲次·罗伊舰长，达尔文就被他吸引了。26岁的菲次·罗伊舰长很有绅士风度，他五官清秀，谈吐彬彬有礼。他不但是个能干的海员，而且具有地质学和气象学的专门知识。在两人的交谈中，达尔文感觉到菲次·罗伊舰长的非凡性格，他具有很多高尚的特征：忠于职守，极其慷慨，勇敢，坚决，有不屈不挠的精力，而且跟部下相处得很好，像亲密的朋友。达尔文对菲次·罗伊舰长非常满意。
可是，菲次·罗伊舰长对达尔文仍然心存芥蒂。菲次·罗伊是拉瓦特尔的热诚信徒，他相信能从外表判断出一个人的性格，因此，他十分注重面相学。跟达尔文初次相见，他紧紧盯住达尔文的鼻子不放，菲次·罗伊心里想：生有这样鼻子的人，一定是没有精力和决心的。我怎能带这样的一个人去经历五年的航海？
菲次·罗伊是一个心直口快的人，他直言道：“达尔文先生，虽然你渴求知识的愿望和分析问题的能力，令我对你刮目相看，可是我怀疑你有足够的精力和决心来胜任这次艰巨的航海任务。”
“尊敬的舰长先生，这句话还为时过早，您没有带我上船怎知道我没有精力和决心？亨斯洛教授是最了解我的，有关我的精力和决心您可以向他咨询。而且，我敢保证，以后我在船上的表现是不会让您失望的。请相信我！”达尔文诚恳地说。
“好吧，既然你表现得这么坚决，我姑且信你一回。不过，你能承担起船上的费用吗？海军部规定，参加航行的自然科学家，在生活费用和装备方面必须自理。”
“这个您不用担心，舰长先生，我父亲已经同意我去航海，他会承担起我的费用的。”
“好吧，既然你确定要参加航海，那你得至少准备五百英镑，每月30英镑，这都是起码的开支，”菲次·罗伊顿了顿，继续说，“另外，其他的装备你用得着的，你看着添置。不过，我可得提醒你，最好带一把猎枪什么的，我不敢保证贝格尔舰所到之处都像英国一样是文明之邦。”
“那么，这是说您同意我跟随您一起去航海了？”达尔文高兴地说。
“是的，兄弟，赶紧去准备吧！”
达尔文没想到此行会是如此顺利，他高兴地赶紧跟三姐苏曾写了一封信，把情况都告诉了她。然后开始准备用品，并且拟定了旅行计划。
当一切都准备妥当以后，达尔文给菲次·罗伊舰长写信说，“11月4日贝格尔起航的日子，将是我非常光荣的纪念日！到那时，我的第二次生命就要开始，它将是我此后生活的诞生日！”
10月底，达尔文到达德文港，他准备在那里先住着，以等待起航的日子。孰料，贝格尔舰油漆和装修船舱的工作仍在继续，而且连续几天的天气都不好，开船的日期一再延迟，达尔文感到很紧张，经常神经痛或者心跳过速，这让他很痛苦，但又不敢到医院诊治，他担心医生和舰长不准他去航行。
因此，达尔文想做一些事情分散一下注意力，不让神经过于紧张。于是，他到船上帮助舰长观测气象，记录气压数据，检查校正时计等仪器。闲暇时，他就在德文港边自己租住的小屋子里研读科学著作，学习气象、测定方位角和避雷等航海知识。
12月10日，达尔文热切盼望的一天终于来到了——贝格尔舰要起航了，这一年，达尔文22岁。
贝格尔舰在上午10时起锚，哥哥伊拉兹马斯也上船相送，手足之情，依依不舍，直到贝格尔舰驶出德文港的防波堤外，哥哥才换乘小划船告别。
海上的天气变幻莫测。夜间风浪大作，暴风巨浪猛扑，军舰好像鞠躬倒地一样，前后颠簸，整夜不止，达尔文感到十分痛苦，因为他一直晕船，晕个不停。达尔文在《旅行日记》里写道，“我骇得魂不附体，我从来没有经历过这样的夜晚。”
第二天上午，贝格尔舰被迫返回到原地德文港停泊。中午到达船坞时，达尔文才得以安稳地躺卧。上岸后，达尔文坐在海边的石头上休息，看着滚滚的海水，脑海里也是波涛滚滚，进行了激烈的思想斗争：“如此一晚都能让我痛苦不堪，那么未来的五年呢？岂不是更常见？前途磨难更多啊，想要克服是何等地艰难！”
达尔文垂头丧气地回到船上自己的卧室里，他看到自己写下的目标：“首先要去采集标本，观察它们，并且阅读我所能获得的一切有关自然史的各门知识。其次，还要研读法文、西班牙文、数学、少量经典著作以及《希腊圣经》；要随身携带一本英文作品，欣赏阅读。同时激励自己，要经常勤学苦练，不断改进，不能自暴自弃。”
达尔文坐在床头，回顾自己几个月以来经历的种种不易，他想，难道就这样放弃了吗？最后，坚毅的达尔文说服了自己，他在日记里写道，“如果能够实现考察世界的愿望，那么这是一个多么稀有而卓越的机会啊！要做好到海上去的思想准备，要彻底理解这是多么艰巨的事业。我从此立志以船为家，不顾艰险，向前迈进！”
12月21日，贝格尔舰重新起锚离开德文港，但是又遭到风暴，被迫返回。
12月27日，贝格尔舰于上午11时，终于开船，离开了英国，入海航行。
由于船小的缘故，船上的人都得挤在一块狭小的地方，以便腾出更多的空间。在贝格尔舰那样狭窄的房间中需要绝对整洁，这使得达尔文从此养成了有计划的工作习惯。
舰长菲次·罗伊的心地很好，但是他的脾气很坏。通常是在早晨起来时最坏，他用锐利的眼睛，总能检查出船上的一切过错，发现后便严厉地训斥一番。当下级军官在午前换班时，照例都要问一句，“今天早晨分配很热的咖啡了吗？”其实，他的意思是，“今天早晨舰长的火气大吗？”
菲次·罗伊舰长是一个严格的军官，还有些多疑，有时精神很消沉，这个人很难相处。但是，菲次·罗伊舰长对达尔文倒挺和气，因为他与达尔文同住一个房舱。
尽管如此，菲次·罗伊舰长却得到了军官们和水手们的充分尊敬。人们忍受了他偶然表示的严厉态度，因为船上的每一个人都知道，他做任何事情，首先想到的是自己的职责，为了全船的福利，他会牺牲掉自己任何东西。船上的每个人都相处得很好，没有发生过争吵的事情，因为舰长轮流斥责每一个人，使大家相安无事。
由于达尔文在舰长的房舱中吃饭，别人对他便有一种特别的尊敬之意，所以海军见习生们最初常称他为“长官”。不过，这并没有招致青年军官们的嫉妒，他们之间成为了亲密的朋友。
沙利文是达尔文最好最真实的朋友，他喜欢跟达尔文在一起，因为在他眼里，达尔文从来不发脾气，也不说任何人的坏话。沙利文非常佩服达尔文的精力和才干，他常同伙伴们一起称达尔文为“亲爱的哲学家”。
梅勒什也是达尔文的好朋友，他非常喜欢达尔文的好脾气，没有人说过一句攻击达尔文的话，他时常看到达尔文紧张地工作，没有时间争吵，即使伙伴们争吵了起来，达尔文总会设法并且成功地排解了纠纷。梅勒什时常跟随达尔文一起乘一个小船，去从事达尔文的科学旅行。
达尔文从开船以后就发生了头晕。尽管贝格尔舰很顺利地逃过了三次强烈的暴风，一次在英吉利海峡，一次在马德拉群岛，一次在非洲的海岸边，但是逃过之后，他们一行感到了风暴的后果——一片波涛汹涌的大海，起伏的巨浪长久而又连续不断，达尔文由于晕船而感到的痛苦远远超过了他以前的设想，他甚至因为晕船而粒米不进，除了饼干和葡萄干，他的胃再也不能承受任何别的食物了。
每次晕船的时候，达尔文只有平卧在吊床上，才能略微感到痛苦减轻了些，他在心里鼓励自己，“你越向敌人作斗争，它就会越快地投降。”
有时候，达尔文感到实在晕得不行了，就把洪保德的《南美旅行记》拿出来专心地阅读，这样转移注意力以后，他才会感到愉快一些。有一次，达尔文对菲次·罗伊舰长说：“洪保德对热带风景生动地描写，对晕船者是一剂良药。”
贝格尔舰在海上航行，把时间和流水一起都甩到后面，转眼就到了1832年的元旦。从元旦之日起，一连三天，达尔文晕船加剧，几乎昏厥。当贝格尔舰驶经马德拉群岛时，达尔文因呕吐得太厉害，甚至不能站起来看一看远处海岛的轮廓。达尔文想，是否能在赤道附近碰上一条回国的船，好逃离这痛苦的晕船的劫难。
1月6日，贝格尔舰终于到达加那利群岛海域。达尔文渴望了10个月之久的特纳里夫岛已经呈现在眼前了。这时，达尔文感到他的健康已经有了中等程度的恢复，他想象着那些生长在热带山谷中的新鲜水果将会给他带来十足的快乐，并且读着洪保德关于岛上壮丽景色的描写。
达尔文看到了洪保德书中描述的那个著名的活火山，它海拔3707米，是一个圆锥形的高峰，耸立在海面上，景色果然壮丽异常。
“伙计们，咱们下船吧，上岸去休息，看看风景！”一个司令员兴奋地大喊。
贝格尔舰准备靠岸时，菲次·罗伊舰长得知，因为当地流行霍乱，岛上的西班牙政府禁止贝格尔舰靠岸，必须进行12天严格的检疫手续才行。
舰长非常气愤，不愿耽搁时间，他立刻下令，“扯篷！”
于是，贝格尔舰调转船头，继续向南航行了。
达尔文对此十分懊丧，他凝望着白云围绕的峰峦，凝望着积雪的峰巅伸入湛蓝的天空，只好叹一口气，离开了这个长期想念着的心仪之地。
望着海水，垂头丧气的达尔文忽然眼中一亮，他立刻回到房舱中，做了一个4英尺长的布囊，然后又出来把它装置在船尾的海水中，作为捞网，捕捞到不少海生小动物。
在以后的几天里，达尔文就专心地采集和观察这些动物，虽然感到很疲倦，但是他却乐此不疲，因为这减少了他对特纳里夫岛的遗憾之苦。
1月16日，贝格尔舰初次到达热带地区的佛得角群岛中的主岛圣地亚哥岛。下午3时上岸。
达尔文在岸上感到兴奋无比，因为在海上颠簸的生活终于可以暂时结束了，他说，“今天是一个非常愉快的日子，很像一个瞎子突然双目复明了”。
达尔文兴奋得有点手足无措了。这是达尔文初次看到热带植物界的壮丽景象，真是千姿百态，瞬息万变，目不暇接。只见群鸟在林中飞翔穿越啁啾，蜂蝶在花畔展翅飞舞，到处是从未见过的新奇物种，达尔文看着它们但是无从辨认，更别说对它们命名了。
收集了一些奇异的植物和动物，达尔文想，“这些新的标本，拿给亨斯洛教授看，他一定会像我一样高兴的。”
1月17日，骄阳高照，贝格尔舰在海上自由地航行。最终，它在小火山岛桂尔岛岸边停了下来。
菲次·罗伊大声地说：“伙计们，别偷懒了，现在开始干活了！”说着，带头走下船，他们要开始进行附近海域的测量工作。
达尔文也走下了船，他要考察火山的地质。在火山岛附近，达尔文拿着地质锤，背着大包，一边走一边采集岩石和动植物标本。
圣地亚哥的地质地貌是动人而简单的：熔岩流流过的地方是一些白色的坚硬岩石，这些岩石是由近代贝类和珊瑚凝结而成的，所以这股熔岩流流经的地方是曾经的海床。
此时的太阳接近赤道，有灼人的温度，照在脸上火辣辣的，豆大的汗珠从达尔文的脸上滚落下来，滴在他脚下的土地上。可是，达尔文似乎并不介意，他非常开心，并且异常忙碌。
这种忙碌的工作对达尔文来说，是一种职责，又是极大的乐事，他没有偷闲过半个小时。在一个火山区域中进行地质调查，对达尔文来说是再愉快没有了，除了它本身有趣以外，它还可以把人带到最美丽、最幽静的地方去。他漫步在椰子树下，穿梭于香蕉树和咖啡树的丛林中，游走在无数特异的野花丛中，只有喜欢博物学的人才能享受到其中的乐趣。
不一会儿，他背上的大包就鼓起来了。今天的收获真丰富啊，有黑色的火山岩，结晶的石灰岩，还有叫不出名字的岩石，达尔文都分门别类的记录下来。
休息的时候，达尔文坐在树荫底下的大石头上，他掏出怀中的日记本和钢笔，写一会儿想一会儿。每当一件事物使他感到喜悦时，他总是把它们写在航海日记中。达尔文有一个难能可贵的精神，就是持之以恒，他写这种日记一直坚持到航海结束，总共写了26本以上，这些重要的原始资料，成为他以后写作和研究的基础。
达尔文摩挲着鼓鼓囊囊的背包，心里有说不出的喜悦，这喜悦是因为艰辛的付出得到了回报。他像看珍宝一样，一件一件地仔细观察。这时，他想到查理士·莱伊尔的《地质学原理》中的理论，如果能够标明每块岩石在地层中的次序，再把这些岩石同生物遗迹——化石或者贝壳层的分布情况结合起来，同现存的生物做比较，就可以断定那个地区的地质年代，也可以看出那个地区在近期有没有发生过上升或者下沉的运动。
达尔文走着走着就又回到岸边了，他发现岸边有几个水潭，因为海水刚刚退潮，这些水潭又重新积满了水。达尔文蹲在水潭边上往里望，隐隐约约地看见里面有色彩鲜艳的东西。
于是，达尔文拿出随身携带的网兜，伸向水潭里去打捞，令人欣喜的是他因此而采集到大量珍奇美丽的海生动物。
面对这些打捞起来的色彩斑斓的生物，达尔文说，“我时常好像是一头毛驴，站在两捆干草中间，不知道抓东还是抓西。”这时，许多念头涌现在他的脑海里，它们为什么会有这么多的颜色，为什么盛产在热带地区。可是，任凭他想破了脑袋，这些问题也没有任何答案。不过，就达尔文的性格来说，他是不会轻易放弃的，这些问题贯穿着他的一生，并最终在以后的著述中解答出来。
2月8日，菲次·罗伊的水域测量工作结束了，达尔文和他们一起重新上了船，贝格尔舰离开了佛得角群岛，达尔文站在甲板上，回身凝望这片美丽的天地，十分留恋，心中无限感慨：“我将永远也忘不了这里的景色！”
达尔文又恢复了在海上的孤独生活，望着湛蓝的海水，他想起了远方的亲人。于是，他走进房舱，提笔给父亲写了一封信。
在信中，达尔文简略地讲述了船上的生活，并且坚信，“这样一个观察世界的好机会，大概在100年中也不能碰到了。”
写完了这封信，达尔文把它交给一艘去南美洲的天琴号邮船。它会在回程时把信送到施鲁斯伯里。
然后，达尔文返回房舱，躺在吊床上，内心平静。他侧着头，看到海上的明月穿过窗户，将清辉洒在身上，达尔文在柔和的月光中思念着故乡思念着亲人。他看到大海在当空明月的映照下，也有星星点点的光，仿佛是另外一个天空。
迷迷糊糊中，达尔文听到房舱外面热闹的人声。原来是舰上人员在准备横渡赤道海面时的水裁判仪式，只听见舰长菲次·罗伊的声音通过扩音器传向四面八方。
达尔文下了吊床，他走到窗口，看到赤道海面上有一只小船。
菲次·罗伊向着小船大声喊：“对面船上是海神的使者吗？”
“是的，我们是海神的使者，传达海神的意志。”船上的人也用扩音器在喊。
“尊敬的海神使者，您对我们有什么指示？”
“您船上有从未经过赤道的人吗？”
“有，大约有32个。”
“海神的命令是，在过赤道航线时，这32个人必须经受海神祭的水裁判仪式。否则，触怒了海神，这些人就难保以后航行平安了。”
“谢谢您，海神老人！”菲次·罗伊舰长感激不已。
2月17日，一大早，达尔文就被粗鲁地拉起来，带到了一个黑暗闷热的舱内，这个仓里面已经装了很多人。
上午九时左右，菲次·罗伊舰长问：“都准备好了吗？”
“是的，舰长，海神海将已经准备好了，32个人也都在舱内候着呢。”
“好吧，那就开始吧，去把他们的眼睛都蒙起来。”舰长命令道。
“舰长，从谁开始呢？”
“嗯……这个……依大家之见如何？”舰长有些拿不定主意。
“要不，就查理开始吧，在这些人当中，查理是最受人尊敬的，他和您一起起居，他像一个哲学家一样说话和做事。”有人说。
“好吧，就查理最先，带查理。”菲次·罗伊说。
不一会儿，四个海将抬着达尔文的四肢，把他带到甲板上。达尔文双眼被黑布扎着，什么也看不见。
达尔文十分恐怖地说：“你们到底要干什么？”
没有人回答达尔文，他使劲动弹着四肢，说：“这些野蛮的规矩……”
还没等他说完，突然一大桶海水从他头顶上倒下，全身湿透，达尔文忍不住地打了数个寒噤，咸涩的海水呛得他连连剧烈地咳嗽。
然后，四位海将又把他摁在一块木板上，达尔文四仰八叉地朝天仰躺着。四位海将把柏油和颜料涂抹在他的双颊和嘴唇上，然后再用粗糙的铁环拼命地刮去，达尔文难受得脸部都扭曲了。
此时，假扮海神的人说：“从未穿过赤道线的朋友，马上就要穿过赤道了，你所遭受的是一个严肃的仪式，你要坚强，你要经历我的考验，这样我才能保证你以后不被海水吞没。”
说完，海神发出一声信号，达尔文忽然就被头脚倒立，他感觉到有人用绳子绑着他腰部，然后扑通一声，达尔文就被扔到海水里淹浸。达尔文在海水中，简直都无法呼吸，他拼命挣扎，手脚并用。
等海神看见达尔文似乎都没劲儿挣扎了，他才满意，下令把达尔文拉出来。这时，达尔文都快要窒息得丧命了。
然后，奄奄一息的达尔文被海将抬到一边去，该第二个人了。
达尔文看到，其他新海员所受到的折磨，似乎还要厉害几倍，甚至嘴里都塞满了柏油。
这种令达尔文无比厌恶的刮脸手术，像一个恶作剧一样，使达尔文感到比生一场大病还要难受，好几天都没恢复过来。躺在床上，达尔文心想，“罢了。罢了。为了能够顺利地到达南美洲，为了菲次·罗伊的尊严，这种折磨我就受了吧。”
这时，菲次·罗伊来到房舱内看望达尔文。他说：“查理，你还好吧？贝格尔快要到南美洲了。”
“没关系的，我能够受的了。倒是您，对我一直保持着和蔼的态度，并且极尽权内的一切力量来帮助我。”
“你的晕船症好些了没？经过这次仪式，兴许对你晕船的毛病会有好处！”
“但愿如此吧。我已经把海上看成是一个正常的安静的地方，好像在外面过了一段时间再回到家中一样。总之，我感觉一只船就像是一座舒适的房子，我所需要的东西里面全部都有。如果不是晕船，我想全世界的人都要来做水手了。哈哈……”达尔文爽朗地大笑。
菲次·罗伊体会不到，在当时达尔文的父亲所列出的重大危险中，没有一个能比上达尔文晕船痛苦的十分之一的。
2月20日，贝格尔舰到达巴西东北角纳塔尔港口以外的费尔南多德诺洛尼亚岛。在停泊前，舰长菲次·罗伊交代说：“这个小岛是巴西人囚禁充军犯人的地方。这里有强大的拍岸浪，登陆是极端困难的，所以，第二天就开船。每个人的工作只能计划用一天的时间来完成。”
整个白天，达尔文就用来在丛林中漫步，这是他初次在茂密的热带丛林中漫步。这一天达尔文过得非常有意义，整个岛都是一片森林，匍行植物把这个森林紧密地交织在一起，只有一条小径可以供人行走，那是早已经被人踏成的小径，所以想离开那条小径是非常困难的，整个森林显得人迹罕至。达尔文觉得所有这些人迹罕至的地点都是有趣的，特别是对一个博物学家和地质学家来说。
热带中最引人注目的是植物的新奇形态。椰子树与达尔文常见的欧洲树木不同，欧洲的树木没有那种优雅的明快的颜色。香蕉树和车前子同家里玻璃温室房里的完全一样，金合欢蓝色的叶子与众不同引人注意。当地美丽的柑橘树比葡萄牙种植的月桂树的颜色还要深，同时姿态也远远地美于月桂树。
同时，达尔文还观察了当地的跳蟹、3英尺高的蚁冢、各种飞鸟和无数奇花异草。那些都是让他无限欣喜的的东西，所以达尔文把他考察到的资料都写进了日记里。
夜间，贝格尔舰抛锚向南航行。
2月28日，贝格尔舰到达巴西的海港萨尔瓦多。它的航线是从这里沿着南美洲大陆的东海岸由北向南，绕过最南端的合恩角，然后再沿着西海岸北上，进行长期的水文观测。达尔文将会在这里度过三年左右的时间，有大量的机会来考察考察这块神秘的土地。
达尔文在此之前，完全不能够想象萨尔瓦多那样美丽的景色，它完全被一片茂密的森林拥抱着，在悬崖海岸上俯瞰着宽阔的静静的海水。房舍一律是白色的、高耸的。偶尔可见的修道院、柱廊和公共建筑点缀其间，使得整体划一的格局形成了一点变化。海湾中，停满了大船，南来北往的货物在此运转，各色的人种闪烁其间。总之，萨尔瓦多是巴西最美丽的风景之一。
虽然萨尔瓦多靠近赤道，但是天气并不至于热得讨厌，因为当时正值雨季，空气很潮湿。达尔文整天都在巴西森林中漫游，绿草如茵，满目都是珍奇的寄生植物。这位热爱自然的青年领会到从未经历的极度欢欣，也像这些热带生物一样，个人的热情正在不断地增长和繁荣着，他觉得这里的天气非常怡人，甚至渴望在这样一个安静的地方居住。
看到这里奇异壮丽的景色，达尔文想起了在剑桥大学阅读的洪保德的《南美旅行记》，此时再一次翻阅，越读越觉得钦佩作者。达尔文认为，洪保德卓越的描写文字，不论现在还是将来，永远都是独一无二的。不过，据达尔文亲眼目睹，南美的风景远远要比洪保德描写的还要漂亮，因为真情实景使他高兴得心慌意乱了。
达尔文还赶上了巴西的传统节日——狂欢节。三月四日这天，大街小巷热闹非凡，人们浓妆艳抹，大跳桑巴舞。贝格尔舰的海员们也被狂欢的气氛感染，他们走到人群中载歌载舞，试图尽情地玩乐，释放连日在海上累积的疲倦。
冷不丁的，达尔文身上被泼了一身水，他回头看，原来是喜欢搞恶作剧的威克姆军官，他正拿着大水球哈哈大笑。忽然，菲次·罗伊拿着大水瓢撒来，威克姆军官立刻全身也湿透了，刚才还哈哈大笑的他冷不丁地停止了笑声，变得狼狈不堪。等他意识到怎么回事的时候，他马上又往菲次·罗伊身上泼。所有的船员都由衣冠楚楚变成了狼狈不堪的落汤鸡。大家开心不已。
3月18日，贝格尔舰离开萨尔瓦多，向南沿岸航行，进行水深测量。在驶往下一站里约热内卢的途中，达尔文一刻都不曾停歇，白天他捕捉沿海的海生小生物，夜晚躺在甲板上，感受清风拂面的惬意。多天在夜间仰望星空，欣赏到蓝天异彩的星象，见到新奇的南十字座、发光的麦哲伦星云和巨大的南冕座。起风浪的日子，就专心在房舱里整理标本记录，也会写些日记心得。这样的生活使达尔文十分愉快。
4月1日，这一天是西方的传统节日——愚人节。在海上枯燥的生活中，海员们变着法子捉弄人，以此取乐。各种各样的笑话在贝格尔舰上上演，在那些聪明的把戏中，人们都变得憨态可掬。达尔文也会跟人们一块笑得前仰后合，哈哈不止。他想自己一定不要上那倒霉的当，所以他很是提防。
忽然，舱外有人喊：“呜哇，难道上帝特意在愚人节这天捉弄我们吗？快看，那是什么？”
另一个人马上用惊异的声音附和道：“哇塞，罕见啊！谁见过这一条五岛鲸背上还生一只手吗？”
“查理，查理肯定看过。查理，你快来啊！”这是急切的呼喊声。
达尔文在房舱内听到外面的对话，心中为之一震，“莫非他们说的是逆戟鲸？我只在书上读过，可从未见过啊！”
于是，他顾不上穿鞋，光着脚丫子，慌慌忙忙地跑出来，一边扒开人群一边跑一边急切地问：“哪里？哪里是逆戟鲸吗？快让我瞧瞧！”
两个作恶的人看到达尔文这副模样，禁不住哈哈大笑，斯托克斯军官说：“哈哈，我亲爱的老哲学家，你还是上当了不是？”
众人也跟着大笑不已，达尔文哭笑不得。
4月4日，贝格尔舰到达里约热内卢港口，这是巴西最大的海港，港口内窄外宽，外有岛屿屏蔽，是世界著名的天然深水良港。英国皇家海军在南美洲的基地就设在这里，港湾里随处可见英国皇家海军的小舰队。贝格尔舰准备在里约热内卢做长期停留，用几个月的时间测量附近海岸的水文情况。因此，达尔文在附近波托佛果村租了房子居住。
在这里，达尔文重拾旧好，又开始采集昆虫，让达尔文感到十分庆幸的是，他以前采集昆虫的经验使现在的工作非常顺手。在里约热内卢郊外的热带森林里，达尔文采集到了极多的品种，在他看来，一片森林，就好比是一座金矿，而这片森林简直是蕴藏丰富的金矿了，达尔文用捕虫网捕到龙蚤科昆虫，竟有5个新种，达尔文细细看着他们，说：“新奇的朋友，你们好啊！你们可是过去《分类学词典》中从未载出的啊！”
经过11个星期的紧张劳动，达尔文对里约热内卢的自然史，已经研究得相当详尽了，他对此很觉满意。在写给妹妹凯瑟琳的信中，达尔文说，“我经常到茂密的森林中去，我所体验到的愉快心情，真是无法用语言来描述。我已经采集到数量极大而且是前人从未记述过的动物。我将一直到老死，都不再缺乏那些研究和用来自娱的资料了。”
在巴西，大片的种植园是一个很特别的现象。农场主雇佣奴隶为他们劳动，奴隶是他们的私有财产，当地法律允许奴隶的自由买卖。
在巴西生活的这许多日子里，达尔文亲眼目睹了奴隶们水深火热的残酷生活。奴隶主通常是面容顽固狡猾、荒淫无耻、傲慢无礼，在达尔文房东的家里，房东就备有残酷的刑具，只要他看奴隶们不顺眼，那个奴隶就可能被夹断手指。
有一次，房东让他的一个奴隶给达尔文端水，那个奴隶是一个小男孩，因为他端的水不干净，就招来一顿恶打，达尔文连忙劝阻。被打的小奴隶哭都不敢哭一声，一副低眉顺目的模样。
达尔文再看看房东家里的其他奴隶，个个都小心谨慎，只要主人向他们瞪一眼，他们立刻吓得浑身发抖。更别说那些在庄园里劳作的奴隶了，他们的劳动成果不属于自己，而是属于庄园主的。有时候，他们因为犯了一点错误，轻则导致一天没有饭吃，重则招致一顿毒打。达尔文很同情奴隶们的悲惨遭遇，同时也强烈地憎恶保护奴隶买卖的法律。
有一天黄昏，达尔文陪同菲次·罗伊散步，经过一片香蕉园的时候，他们看见很多奴隶们还在里面辛苦地劳作，丝毫不敢抱怨辛劳和饥饿，监工的人拿着鞭子抽打那些手脚慢了的人，嘴里骂骂咧咧。
达尔文看不下去了，他愤愤不平地说了一句，“可恶的蠹虫！”
菲次·罗伊听了，不满地说，“达尔文先生，您什么意思？”
“那些奴隶主仗着自己的血统优势，欺压黑人奴隶，什么活都不干，无条件地拥有黑奴的所有劳动成果。而那些可怜的黑奴，他们的肤色不是成为奴隶的理由，他们应该都起来反抗，把权力争取过来，这样才能赢得自身和种族的解放。”
“你说他们不自由是吧？我们来实地确认一下。”
说着，菲次·罗伊就带领达尔文走进了香蕉园，碰巧看见庄园主也在那里。庄园主看见他们两人走过来，无比热情地准备过来拥抱行礼。
“菲次·罗伊，我的老朋友，航行还好吗？”
“雷诺，好久不见啊，但愿您的福祉能赐予我一些。”
“当然了，上帝会保佑你的，你一直都是个慷慨的好脾气的人。有什么事吗，老伙计？”
“我的朋友说，这些奴隶跟着您太不自由了！”菲次·罗伊说这话的时候，顺便把达尔文也介绍给了雷诺。
“哦，是吗？好吧，停下吧，大家注意力都朝我这里来，”雷诺转过身来朝着所有的奴隶们，见奴隶们都看着他的时候，他又说，“我问你们，你们要不要自由？”
所有的奴隶你看看我，我看看你，小声地说：“不，不要。”
“大声地告诉我的朋友们，你们要不要自由？”雷诺的声音如沉钟轰鸣。
“不要！”奴隶们又是齐声地答道。
“很好，干活去吧，时间到了自然会让你们吃饭的。”雷诺说着，把表偷偷地往后拨了一个小时。
达尔文看到了雷诺的小动作，他嘀咕道：“你是想让奴隶们多干一个小时。”
这时，菲次·罗伊对达尔文说：“听到了吗，哲学家，这些奴隶亲口说的，他们不想要自由！”
达尔文看见菲次·罗伊说这些话的时候，脸上充满了骄傲和得意的神色。达尔文知道菲次·罗伊是保守党，他拥护大英帝国神圣的奴隶制度。
达尔文反驳道：“话语权在你们手里，你们怎知奴隶们回答的是真心话？或许，这种回答是无数次毒打和训斥逼出来的！如果换做你们，你们愿意这样无休止无保障地劳动吗？更何况他们被折磨得连个动物都不如。我们自诩高贵，高喊自由、民主和博爱，可是对这些人却做一些惨无人道的事情，难道这就是基督教的博爱吗？”
达尔文一口气说了这么多，带着嘲笑的口气，胸口因为激动而起伏不平。
菲次·罗伊显然生气了，他勃然大怒，厉声对达尔文说：“达尔文先生，你的这种言论很不能让人忍受，即使我跟你是同一个国籍同一种肤色。现在，我不能再跟你一起生活下去了，你给我滚出去！”
说完，叫来一个大副，使劲儿地骂他，对他吹毛求疵，说一些鸡蛋里挑骨头的话，以此来发泄自己的怒气。
大副回去了以后，向大家说了自己无缘被骂。众人都问他为什么，他就把这个消息散布开了。大家也都赶过来安慰达尔文。
达尔文说：“我是来告别的，朋友们，舰长要把我赶下贝格尔舰。”
“别担心，舰长就是这种脾气，发完了就没事了，我们都习惯他这样了。”
“对啊，你以后跟我们在一起吃饭好了。”
“是的，跟我们在一块吧！”
达尔文接到了中级军官室全体馆员的邀请，请求达尔文跟随他们一同用餐，达尔文看着朋友们，心里是由衷的高兴，先前的忧愤都不见了。
果然，过了几个小时以后，一个菲次·罗伊房舱内的军官来了，他说：“尊敬的达尔文先生，菲次·罗伊舰长派我来向您表示歉意，他刚才的行为确实失态了，他想请求您的原谅，并且请求您回去继续同他住在一起。”
“哈哈，我说吧，菲次·罗伊一直都是一个有雅量的人，这不就表现出来了么？”
这场纠纷就这样平息下去了，后来两人相处的也跟从前一样好，但是在奴隶制度的问题上，谁也没有说服谁。达尔文并未放弃民权党的原则，菲次·罗伊依然是英王党员，依然对基督教国家的丑事——奴隶制度——漠不关心。
7月5日，贝格尔舰抛锚向南沿岸驶去，离开里约热内卢。由于在巴西陆地上生活太久，达尔文在船上第二次严重晕船。为了减轻痛苦，达尔文躺在吊床上，忽然他听见窗外有尾巴拍打水面的声音，马上跑到甲板上，看见有大群的原海豚，约几百条，都是体长15英尺，有的尾随在舰后，上蹿下跳，激起无数浪花；有的在前海面上左右穿梭，腾空跃起，形状奇特，壮观异常。远处还有几条抹香鲸，向空中喷射水柱，又有几条文鳐鱼在海面上飞掠。达尔文大为赞叹，看得出神，连晕船的痛苦都忘了。
过了两个月，贝格尔舰在布兰卡港附近停留。上岸后，达尔文惊奇地发现，这里有很多动物，于是他又恢复了打猎的嗜好。兀鹰、南美驼鸟、南美豚鼠、鹿和刺鼠等都成了达尔文的猎物。
有一次，在打猎途中，走到河口海岸边，考察队中的一个成员惊奇地冲达尔文喊：“达尔文先生，您快来帮我看，这些奇怪的东西是什么？”
达尔文应声下马，他看到疏松的砾岩层中，有白色的东西藏匿其中，他仔细地观察，突然兴奋地大叫：“啊哈，这些都是贝壳和巨型动物的骨化石，这还是我们第一次发现。”
于是，在第二天，达尔文就发动了考察队的所有成员来发掘这些骨化石，工作十分紧张，一连挖掘了三天才结束。达尔文因此采集到很多宝贵的古代动物的牙齿、下颚、头盖和大腿等骨化石，他细心地整理、研究，然后小心翼翼地包好。
过了些天，达尔文又回到以前的挖掘处转悠，他又意外地挖掘到巨兽下颚骨和一颗大齿。达尔文回想以前看的自然史书籍，他说：“这无疑是大懒兽的，过去只有在马德里的西班牙皇宫中藏有一个标本，现在我又发现了一颗。”
在布兰卡港外口海岸上，达尔文在附近海尔莫索山碰到了好运气：他又获得了几个保存良好的骨化石，它们属于两三种啮齿动物。
晚上，在日记本上，达尔文如实记录：“对我来说，在这两个月内，主要的快乐是自然史。凡是那些研究自然史的旅行记，都对我有极大的益处。我对自然史的热爱程度，在日益增长起来。我在骨化石方面碰到了异常惊人的好运气，有几种古代动物的躯体一定是很大的，是以前没有人发现的。”
这些整理工作完成以后，达尔文就把采集到的宝贵标本和骨化石等包扎装箱，连同信件一起托运回了国。在贝格尔舰起航的前几天，达尔文在附近采集标本和骑马旅行，观看当地风俗，过得非常惬意。
12月16日，贝格尔舰到达火地岛岸边，舰长准备在这里停留两个月，达尔文的任务依然是考察地质，采集动植物标本，记述土著居民的生活风俗。
菲次·罗伊一行人刚上岸，就看到一个一个的棚屋散列着，它们都是用树杈和枝叶搭就的。三三两两的人在岛上行走，他们都是很奇特的人，脸上涂着不同的颜料，头上戴着羽毛扎成的帽子，长发散披在两颊，赤身裸体，半披着羊驼毛。
这些火地岛人看着刚上岸的船员们，脸上露出恐慌的神色，都纷纷聚在一起。
有一个船员说：“他们非凡的气度像是一个个的魔鬼！哈哈。”
“他们像是未经过进化的原始人。”
菲次·罗伊说：“这些人愚昧无知，吃的东西是海生的动物，冬季没有食物的时候，甚至会杀死老弱妇女充饥。”
此情此景令达尔文感慨万千，他想：“这些野蛮人和有教育的人，实质上都是同样的创造物。”他转念一想，“但是，一个火地岛人和牛顿的才能相比是多么不同啊，他们这些人从哪里来的呢？自从世界被创造以来，他们是否也曾经停留在相同的状态中呢？”
此时，达尔文对人类的起源发生了种种疑问，同时也对上帝创造人类的教条有些怀疑。由于研究自然史的知识积累，达尔文认为，“自然界使习惯变成万能的东西，因而使火地岛人适应了当地的气候。”
在火地岛上，达尔文爬行上山，走进到茂密的原始山毛榉林中，经过两三天的努力，功夫不负有心人，他采集到了高山植物的花和昆虫。等达尔文钻出林子的时候，他全身都是被植物刮伤的印迹。
绕过南美洲最南端的合恩角时，气候很恶劣，裹挟着冰雹的暴风雨猛烈地扑来。达尔文在这里看到了两种不能飞行的海鸟：一种是企鹅，双翼如鳍，喜欢藏身在水中，游动如鱼；另一种是大雁，也即轮船鸟，双翼如桨，扑打着水面前进。这跟达尔文以前遇到的所有鸟类都不相同，大大地扩宽了他的眼界。
转眼时间就到了1833年，达尔文24岁了。这一年的时间，达尔文都在南美洲大陆，每到一地必定要考察当地的地质，采集动植物标本。达尔文还专门雇佣了一个仆人，他是贝格尔舰上的仆人兼提琴手西姆士·科恩顿，科恩顿负责协助凿取岩石和采集标本、抄写资料和记录等，因此达尔文有了更多的时间进行更重要的研究和著写工作，节约了不少时间和精力。
每到一处，当地的小孩子们都很惊奇地看着这个背着大包裹的人，胆大点的孩子会走到忙碌的达尔文身边，问：“请问您在地上找什么宝贝？”
达尔文和气地对他们说：“我对这里的鸟兽虫鱼都感到好奇。”
看到达尔文如此和善，有许多孩子敢同他搭话了，“这有什么好奇的，他们天天都在这里。我们能帮助您什么吗，奇怪的先生？”
“哈哈，如果你们找来的动物或者植物很奇特，而且被我相中的话，我会给你们报酬的，怎么样？”
孩子们听到有几文钱的收入，高兴地一哄而散。再回到达尔文身边的时候，他们每个人几乎都不会让达尔文失望，而且几乎每天都有新奇的创造物送来。
每次有了新发现，达尔文就很喜悦，但是这并不代表考察生活就是一帆风顺的，它很大的一部分是由艰苦和忧愁组成的。
1834年，在驶往圣湖利安港的途中，贝格尔舰三次触礁，有幸脱离危险。在岸上测量时，由于疲累口渴，两名船员都晕倒了，被别人背了回去。达尔文为了寻找淡水，跑到两个湖沼边去，结果只有白盐没有水，达尔文失望而归。在船上，菲次·罗伊舰长因为身背测量仪器和枪支，也疲累无力，唯独达尔文曾有过爬山的本领，较能坚持疲渴，但此后两天，也卧床发高烧。不过，大家能够生还，是一件值得庆幸的事。
如此这般，在海上航行的时候，缺粮断水是常有的事情，只有到下一个港口时才能充实物资。即使是在岸上，由于大风暴，回不了船上，只能在野外露宿，衣衫都湿透了，冻寒难受，饥肠辘辘，只得捕捉小鸟和海鸥，捡拾死鹰和海滩上的小鱼填腹。等挨到次日晚上风浪停息的时候，才获得船上投掷的罐头食品救济，但又过了一个冻寒不眠之夜。
尽管如此艰辛，这并没有阻止包括达尔文在内的所有船员勇敢的探索之旅。
1835年3月下旬，达尔文要向安第斯山进发了。经过艰难的攀登，达尔文和随从一行终于来到安第斯山脉4200多米高的地方。当他们从高地上看到一群积雪的山峰偶尔从乌云层中露面时，都不禁高兴地欢呼起来。
忽然，达尔文发现了贝壳化石，仆人科恩顿对此疑惑不解，他问：“达尔文先生，您说这些曾经在海底爬行的海底软体动物，怎么现在却上升到这样高的山上来了。”
达尔文忙得不亦乐乎，他说：“哈哈，你跟我一样惊奇。这是一项重要发现，它们是安第斯山脉逐渐上升的有力证据。”
科恩顿越来越迷惑不解了。
达尔文继续说：“世界上高山的年龄相差很大的，你别看安第斯山脉那样连绵不断，高耸入云，壁立万仞。但是，能在这里发现贝壳化石，我们就可以断定，它是山脉中最年轻的，那些巨大的山峰是被一次长时间的地震从海底挤出来的。”
说完，就继续向山顶攀登，空气更加稀薄了。由于气压不断降低，在不太高的温度下，水就烧开了，可是煮马铃薯，却一天一夜都煮不烂。
经过艰苦卓绝的努力，达尔文一行终于完成了南美洲西海岸的考察，这时菲次·罗伊的测量工作也接近尾声，他们准备在秋天的时候离开南美洲。对于下一个地点加拉帕戈斯，达尔文饶有兴致地充满期待，因为那里有火山，同时达尔文还预测在那里能碰见第三纪地层。经过南美洲的地质考察，达尔文现在已经变成了莱伊尔先生狂热的信徒，对于莱伊尔的地质学观点，达尔文深信不疑。这次南美洲的地质考察，使达尔文大大地发展了莱伊尔的部分观点，甚至在某些方面超过了它们。
1935年9月7日，贝格尔舰离开秘鲁海岸，朝向赤道线上的加拉帕戈斯群岛航行。
经过十几天的航行，贝格尔舰已经穿行在加拉帕戈斯群岛里了，虽然这个群岛位于赤道上，但是雨水极少，土地贫瘠，到处都是火山岩。群岛上布满了火山，大约有2000个大火山口，有的火山口正在喷着浓烟，岩浆流过的地方更是寸草不生，十分荒凉。在那干燥的低地上稀稀落落地长着一些灌木、小草和各种奇形怪状的岛屿，在这里的岛屿错综复杂，一不小心就会迷失方向，菲次·罗伊舰长吩咐开船一定要当心触角和掌握方向。
达尔文站在甲板上，看见这些岛屿的黑色熔岩上面，都被矮小无叶的灌木和矮树覆盖着，岛屿上有许多土丘和小山，热带的阳光中午晒在熔岩上，像火炉一般，所有的人顿时感到郁闷和酷热。
当贝格尔舰停靠到圣斯蒂芬港时，威克姆军官告诉达尔文：“你会在这里发现很多动物的，当心你一下船就会踩着一个。”
达尔文看见威克姆冲他做鬼脸，问：“我会踩着什么？”
谁知威克姆已经下船了，他头回过来冲达尔文大声说：“你会踩着一个大乌龟！哈哈哈。”
达尔文以为他在开一个玩笑，拿自己取乐，也就没有在意。
达尔文上岸后，果真发现了栖居在那里的海龟、陆龟、鲨鱼、蜥蜴、鹰和各种小鸟。这些动物都不怎么怕人，除了鲨鱼之外，它们都不躲避人。特别是那些巨大的行动蹒跚的龟类，它们大摇大摆地在陆地上行走，毫不惧怕人们，达尔文跟在它们后面，不过那些乌龟都太庞大了，达尔文想要抱起他们简直是不可能的。
达尔文好奇地问当地居民：“为什么岛上这么多的乌龟啊？”
居民多很淳朴，他们热心地回答达尔文的问题：“哈哈，你还不知道吧。加拉帕戈斯的意思就是海龟。”
“可这里都这么干燥，我看是陆龟才对啊！”
“陆龟也有，海龟上岸了就是陆龟了。”居民幽默地说。
“那这些海龟离开了海水怎么还可以活得这么久啊？”
“这你就不知道了吧？海龟固然是喜欢水的，但是我们这里一年只有几天才会下雨。海龟之所以能生活下去，因为它们能够爬行十二三公里的距离去寻找水源。一到水边就一头伸进水里，贪婪地喝个不停，直到喝够了才肯走。它们不但把肚子喝得鼓胀胀的，连膀胱和心囊里都贮满了水。”
正说着，达尔文就看见不远处一队海龟爬过，脸上是满足的表情，想必是刚喝饱了水。
突然，这个彪悍的当地人抡起刀子就杀死了一只龟，他说：“来吧，尝尝。当地的居民在干旱地区行走，口渴难忍的时候，就杀死一只海龟，喝掉它膀胱和心囊里的液体。”
出于好奇心，达尔文品尝了它的滋味，然后说：“稍微有点苦，但是很可口。不过，还是心囊里贮存的水滋味最美！”
“哈哈，你不知道用海龟肉炖的汤就更鲜美了，当地的居民都是以这些巨大的海龟为主要的肉食品的。走吧，我带你去尝尝。”说着，就邀请达尔文到他家里。
他一边走一边向达尔文说：“并不是每一种龟肉都好吃，我们基本上可以凭借龟背的形状来识别它是哪个岛上产的以及味道好不好。”
达尔文仔细地听他讲每个岛上海龟的不同形状和不同习性，他禁不住问道：“一群彼此离的很近的岛屿，地质构造和气候条件都相同，高度也差不多，为什么同一个物种在每个岛屿上会不一样呢？”
“这个你应该去问上帝！”那个人耸耸肩膀，表示不知。
当然达尔文并没有问上帝，他此时已经对上帝创造这些不同的海龟产生了怀疑。除了海龟之外，吸引他注意力的是那些鸟类。
达尔文在这里一共采集到26个类型的陆栖鸟类，除了一种是从美洲飞来的，其他25个类型都是这个群岛所特有的。他还发现，查理士岛上所有的鸟都属于一个种类——三环反舌鸟，阿尔贝马尔岛上所有的鸟都属于最小的一种反舌鸟，而詹姆士岛和查塔姆岛上所有的鸟都属于黑色反舌鸟。
他更为惊奇的是，同样是地雀属的鸟儿，在不同的岛屿上，鸟嘴的长短和粗细也都各不相同：又粗又大的是大嘴地雀，其次是勇敢地雀，又细又长的是舍契德雀，最后一种是小嘴地雀。
在船上的日子里，达尔文就看着这些采集来的地雀标本发呆，他的大脑在飞速地旋转，有一个问题始终萦绕不去：为什么会是这样，难道是上帝的杰作？
达尔文整理着以往搜集来的鸟类标本，翻看以往记下的鸟类特性，达尔文苦思冥想，最后他想到了说服自己的答案，他赶紧记在笔记本上：根据调查和反复思考，我认为加拉帕戈斯群岛上的生物是从南美洲迁徙过来的。它们有的乘风而来，有的随着浮木漂泊来的，有的是攀附在大鸟的脚上来的……不管有多少物种能够漂流过海，最终能够幸存下来的总是少数，所以加拉帕戈斯群岛上的生物种类不像其他地区那么繁多。这些新来的物种，在环境条件的长期影响下慢慢地产生了变异，就发展成了现在的状况，它们不过是南美洲鸟类的变种罢了。在远离大陆的小岛上，这类变种是在特殊的生活条件下形成的。因此，各个小岛上的鸟都具有它们在南美洲祖先的某些特征，而又不完全一样。
写完这些，达尔文合上笔记本，他为自己发现这一真理感到兴奋不已，同时又感到忧伤，因为没有人能够承认他的这一套真理。一旦他的这一说法散布出去，别人一定会认为他是疯子，是在向权威的上帝挑战。
在这个时期里，达尔文也收到亨斯洛教授和家里姐妹的来信。亨斯洛教授告知达尔文，说他托运回国的所有标本箱都收到了。妹妹苏曾告诉他塞治威克教授拜访过他家里。
的确，塞治威克教授在给施鲁斯伯里私立中学校长巴特勒博士的信中说：“现在，达尔文正在南美洲进行着令人钦佩的考察工作，已经把大批无价之宝托运回了祖国。他出国去探险旅行，对他来说，这是世界上最崇高的事业。以前大家惟恐他会变成一个游手好闲的人，但是现在，纵使上帝舍弃了他的生命，他也将在欧洲的自然科学家中，获得显赫的地位。”
看到不远万里漂洋过海送来的家信，达尔文紧紧地把它们抱在胸口，几年来的漂泊孤独之情涌上心口，他禁不住潸然泪下。此时，他对家是多么热烈的眷念啊，上至父亲，下至老保姆南希，都使他牵念。每当他想到下一个秋季就可以在施鲁斯伯里看到树叶飘落、听到知更鸟的歌声，思乡之苦就平息了些。在唱那只半伤感半愉快的曲子《甜蜜家园》时，所有的前尘往事都浮现在眼前，他多么渴望再度安静地生活，没有任何新奇事物在身边。没有任何人能够体会到达尔文这种心情，除非他周游世界达五年之久。
贝格尔舰离开加拉帕戈斯群岛以后，航行到塔希提岛和新西兰，又经过澳大利亚横渡印度洋，再绕过好望角，回到大西洋。历时5年的环球考察就要结束了，船上的每一个人都在思念英国，思念家乡，好像任何一个地方对他们都失去了吸引力。
贝格尔舰满载着胜利的豪情，向着英国德文港方向返航了。
1836年10月2日，贝格尔舰终于到达了久别的英国海岸线。当天夜晚，可怕的暴风雨再次疯狂地袭来，达尔文上岸后，拖着疲惫的身体，独自乘坐飞快的邮政马车，在黑暗中冒着风雨，连夜急速向家乡赶。
10月5日清晨，达尔文终于到达了家门口，当时全家正在用早餐。见到久别的亲人，大家都怔住了，等反应过来时，悲喜交加。
在众人眼里，眼前的达尔文跟五年以前的模样是大大不同了，他的脸被热带阳光晒成了深棕色，前面的头发有些稀疏了，这使得他高高隆起的前额更加高耸，眼角也出现了深浅不一的皱纹。航海归来，他已经27岁了，可他看起来比实际年龄还要老。
老达尔文医生抱住儿子，老泪纵横地说：“我亲爱的查理，你终于回来了。”
查理说：“是的，父亲。我已经离开您五年有余了。”
姐姐妹妹们也都过来，脸上喜忧参半，分别拥抱了达尔文。
二姐凯瑟琳擦掉脸庞上的泪珠，假意抱怨说：“你不是说十月底回来吗？提前也不通知一声，大家的表情都没有准备。”
老保姆南希端来了盘子，说：“查理少爷，用早点了。”
最小的妹妹凯瑟琳说：“查理，你很久没回来，家乡的变化可大了。吃晚饭以后，我们一起去逛逛。”
达尔文连连答应，沉浸在家的温馨当中。
见到故乡的山水，分外娇艳；园中果木，更加郁葱；家中亲人，愈益健壮；游子归来，神貌焕发；真是五载别情，一时诉不尽。大家都赞扬他五年探险成绩伟大，达尔文看家人都把他当做重要人物，不禁有些不好意思起来。
晚上回来，达尔文赶忙写了几封信，寄给舅舅乔赛亚·韦奇伍德、亨斯洛教授和菲次·罗伊等亲友，报告平安返家的喜讯，不日即可会面畅谈，并且感谢他们五年来经常的热情关怀、支援和鼓励。
十月的麦尔气候宜人，风景别致。乔赛亚的住宅窗明几净，十分幽静。乔赛亚坐在沙发上，一边看报纸一边等着外甥归来探访。与此相反的，达尔文最小的表姐埃玛显得有点心神不宁，坐立不安，在屋子里晃来晃去。乔赛亚斜睨了她一眼，脸上会意地笑了。
乔赛亚打趣道：“你怎么是一副心急如焚的样子？”
埃玛的大姐说：“她盼望着她的心上人今天向她求婚，哈哈。”
埃玛又羞又恼，跑到大姐身边，追着要打她。
正当姐妹们嬉闹的时候，院子里有人喊：“查理少爷来了。”
姐妹们闻言，连同乔赛亚一起走出客厅，迎接马车上的达尔文一家。
乔赛亚看着备受自己器重的外甥，上上下下地打量了一番，说：“我真不敢相信，当年那个稚嫩的小伙子已经历练成一个男子汉了。”
达尔文医生说：“是啊，你看他头部的形状都变了！”
埃玛也站在一旁不好意思地打量着他。
一行人簇拥着走向客厅里，喝茶、聊天、嬉闹，好不痛快。
乔赛亚舅舅说：“接下来你准备做什么？”
达尔文谦逊地说：“托运回国的很多标本箱还得整理，我想把它们分类，再和菲次·罗伊合写一本航海日记。最后，我还想拜见亨斯洛教授，请求他介绍我去拜访莱伊尔教授，您知道，我在环球考察途中遇到很多地质方面的问题需要同他探讨。”
乔赛亚舅舅打趣他：“难道您还要违抗父命，你父亲让你做牧师怎么办？”
老达尔文医生说：“哦，乔赛亚，不要把我说成了一个老顽固。塞治威克教授已经到我家里来过了，我们谈得很深入，我的思想观念也转变过来了。既然查理一心想向生物学方面发展，而且已经做得这么好了，我也就放手让他去做吧。”
达尔文动情地看着父亲，说：“谢谢您，父亲！我不会让您失望的。”
旁边的埃玛高兴地说：“好哦好哦，查理，你终于可以做自己喜欢做的事情了。”
乔赛亚舅舅知道女儿的心思，他通情达理地说：“埃玛，你陪查理出去玩玩，我跟你姑父还有事情要谈！”
埃玛得令，非常高兴地拉起查理，查理也很喜欢跟埃玛一块玩。青梅竹马的两人手拉着手走到后花园里去了。
两人绕着潺潺的河流漫步，小河边有花朵在静悄悄地开，埃玛和查理用温柔的语气倾心交谈。达尔文给埃玛讲述途中遇到的酸甜苦辣，埃玛用心地听，时而跟随达尔文一起高兴，时而悲伤，心疼得要掉下眼泪。
达尔文觉得跟埃玛一起很舒服很快乐，看着眼前这么可人的姑娘，他多么想跟她共度一生啊。可是转念一想，刚回到家乡，自己什么都没有，拿什么给自己心爱的姑娘，总不能还靠父亲养活两人吧。于是，屡次到嘴边的话，达尔文又把它咽下去了。
每每此刻，埃玛都是动情地看着自己心爱着的人，她多么想听到他嘴中蹦出的誓言，可是，每次都失望了。
不知不觉天就黄昏了，埃玛温柔地说：“回去吧，爸爸和姑父等着咱们吃饭呢！”
达尔文拉着埃玛的手，什么话都没说。此时，他已经很成熟了，他知道聪明的人就是知道什么时候该做什么事情的人。他握住心爱的姑娘的手，传递着无言的力量。
聚合中文网 阅读好时光 www.juhezwn.com
小提示:漏章、缺章、错字过多试试导航栏右上角的源