尽管一路多灾多难，霞客还是抓紧时间游览，做了大量的考察：
有一次，霞客探访穿山岩胜景。悬崖树丛倒垂，荆棘拥塞，只有像蛇一样的小道弯曲其间。他把雨伞和竹杖放置在岩缝里，全凭手脚之力下到岩底，复又回来取伞具。这时只见数十人执枪挟棒，呼噪一片。霞客不知何故，后来才弄明白，人们见他矫健如猴，以为是暗藏的盗匪呢。
游览灵景古寺时，见佛座下有唐碑一通，宋幢一柱，（通，碑的单位。幢，刻着佛号或经咒的石柱，单位称“柱”。）镌刻得十分古朴。霞客向僧人求纸，寺里只有黄色纸张。于是他在石板上磨墨，取出拓碑工具，用敲钟锤当拓锤，用自己的绑腿布做毛毡，碑、幢各拓了两件。
崇祯十一年（1638年）三月二十七日，霞客从广西北部南丹入黔（贵州），傍晚才换雇到一匹马，摸黑而行，生死全托付给坐骑了。天黑，路险，分不清是石头的影子，还是人的影子，和挑夫只能靠声音招呼伴行。
进了一个寨子，村民全都不敢开门。守候多时，才有一家人为他们开门。可是连铺地的茅草都没有，他们只好饿着肚子在光地上躺下歇息；不光住宿条件差，还经常受到惊吓。有一次，霞客他们冒雨赶路，突然有四个挎刀带剑的人从后面冲上来，两人到霞客伞下，一人到顾行伞下，一人到挑夫竹笠下，样子都很凶悍，似避雨，又似挟持，恶狠狠地盘问霞客他们去什么地方，又向霞客讨烟，霞客心想可能遇上歹徒了。谁知雨一停，就各走各的，并没有为难他们，算是有惊无险吧。
那时候，食盐很金贵，可以当钱用，有时用很少的盐就可以换到吃食。霞客用竹筒装盐，进贵州后，把一些钱也装在竹筒里。
离开贵阳不久，他游了白云山。传说当年明建文皇帝逃出南京，望着白云升起的山峰奔走，故名“白云山”。白云寺有一泉，不会干涸，也不会漫出来，因在一堵石凹之下，需跪地而舀，所以叫“跪勺泉”。还有一洞叫“流米洞”，洞旁有一小穴，说是当年米从中流出来供养建文帝。霞客笑着看了这个小洞一圈，发现泉水清冽，只是没有米。当晚霞客投宿在一户非常穷困的苗族人家，与猪畜同睡，更不要奢望能吃上米饭了。
也许为霞客当挑夫的王贵，早就盯住霞客的竹筒了。一觉醒来，王贵不见了，他偷了竹筒里的钱，溜掉了。对此霞客十分感慨，看上去很老实的一个人，怎么会干这种事呢？他无奈地摇摇头。一时又找不到挑夫，他只好把行李捆在一起，和顾行抬着继续赶路。远远就听到了白水河瀑布的水声，他忘记了劳累，继续前行。正是杜鹃花盛开的四月，漫山遍野如红云铺地，又有翠竹绿树相杂，霞客好水河流经黄果树地；形成瀑布。不欢喜。还在两里外，那轰轰水声，似乎正是以高歌欢迎霞客的到来。
循声望去，山崖上一条宽阔的光带，如白雪在空中翻腾奔涌，银亮闪闪，夺人眼目，但又看不到它的下截。翻过一个小山包，已经来到它的下流。霞客回头再看那瀑布，恨不得赶快跑到它的下面。路人告诉霞客，这就是白水河了。
随流半里，有大石桥南北横跨水上。激流从三个桥洞涌出，在溪底翻溅喷雪，如同一群白鹭在溪流上飞舞，“白水”之名就是这么来的。过了桥，随着流水西行，忽然感到山箐一下子收紧，接着听到如雷的水声。霞客也随之兴奋起来，他知道又要看到奇妙的景观了。
只见路的左边，一条溪水悬空而下，像万匹白绸在空中飘飞。那溪流上的石岩，有如被巨大的莲叶覆盖，中间透出三个门洞，流水就由叶上“漫顶而下”，像薄纱万幅纷纷飘落，砸得珠飞玉碎，飞沫腾涌起来，如烟雾飞空，那雄厉的气势，任凭用什么语言文字都无法描绘出来！
霞客说，他见过很多瀑布，但从来没有见过这样壮阔豪迈的。之后，他来到望水亭，又正好可以面对瀑布而拱手致礼。只是那奔腾喷薄之状，实在让人可望而不可即！
是啊，面对永远在变动中的壮美的黄果树大瀑布，霞客怎能不遐思缥缈，心潮澎湃呢？想到来路的万般艰辛，再想想前面的迢迢路程，他似乎从瀑布飞流获得了巨大的启迪和力量：即便前面是深渊，也要勇敢地跳下去！霞客面对瀑布“停憩久之”，心醉神怡，接着义无反顾地向前路走去、翠峰山与珠江源。
在关索岭，霞客寻访了关羽的儿子关索的遗迹马跑泉，并喝了泉水。关索随诸葛亮南征，曾在此开辟通道，当地建庙供奉他。在马跑泉近旁还有一泉，叫哑泉，人不能喝，喝了就成哑巴了。霞客不敢尝试，但觉得很奇怪：相隔不过数步，差异怎么这样大呢？
次日到了整洁的白基观，霞客在后殿磨墨展纸，记录连日来的游历。檀波和尚殷勤招待，时时送茶水、果点。下午，有大象从这里经过，两大两小，在寺前停候了很久。赶象人喝够了茶水，临走时，大象先是把后腿跪下，又跪前腿，赶象人登上象背后，大象才稳稳当当地站起来。接着，有马帮摇着哐啷哐啷的铃声走过。
当时霞客正兴味浓酣地写日记，写下“不（无）暇同往”。这“不暇同往”四个字，告诉我们，霞客离云南越来越近了。为什么这样说呢？这是因为，大象想必是越南、缅甸等地向中国京城的进贡品，自然是从云南方向来；马帮呢，应该是驮了云南普洱茶进京或是到湖广等地后，再驮着布匹、盐巴这些商货返回云南。霞客不是说“不暇同往”吗，“同往”何处？当然是同往云南了。是的，霞客离云南越来越近了，他在和云南接壤的盘县，已经吃到被云南一些地方称为壁虱菜，被贵州称为折耳根的鱼腥草了。
稍有遗憾的是，由于霞客最初的滇（云南）游日记散失，不能确切知道霞客入滇的具体时间和路线。据徐霞客研究专家朱惠荣教授考订，霞客由黔入滇的路线是：从盘县经亦资孔过火烧铺越小洞岭，再经明月所过滇南胜境关而入云南。
胜境关在云、贵两省交界处。明朝景泰四年（1453年）始建，是一座三开间牌楼的木构界坊。九级牌楼斗拱托起飞檐，正中书“滇南胜境”四个镏金大字，耀耀夺目。穿过牌坊的，是一条烙满马蹄印痕的斑驳的驿路，被两山相夹为一条陡曲的细线。
霞客此刻来到这里是何等兴奋！他振臂而呼：“壮哉，胜境关！”扑关而来。霞客在关亭小憩，喝杯热茶。他一定注意到牌坊中那两对分向滇黔两省的石狮了。面向贵州的，狮身郁绿，有一层绒乎乎的青苔；而面向云南的，狮身上沾染了黄土红尘，像披了一领红黄绣袍。霞客当然知道，这是因“雨师好黔，风伯喜滇，贵州多雨，云南多风”的缘故而以“天”为界。他当然也会注意到，两省的分界也就是山地之间一条南北流向的小溪，而小溪两侧，土色竞不相同：东面贵州，地为黑灰色；西面云南，山为赤黄色。
一溪之隔，以“地”为界，土色各异；如同一坊耸立，以“天”为界，“天限二方”。如果说，以“天”为界，还能从天气方面作解释，这种土色各异又作何解释呢？古人这种分疆划界的神奇方式，霞客是作了探究的吧？要不是他这一带的日记散失了，我们很可能会看到他作为地理学家的答案了。
在前往曲靖途中，常遇匪贼，也常听说豺狼伤人的事情。
有一次，他刚走不多远，一人突然跑来，说前面有盗匪，千万不要往前走了。不一会儿，这人的媳妇也赶来了，说了同样的话。霞客看看天色，刚过午，心想以前奔走在无人之境，都是豺狼盗贼之窝，即便是深夜都能幸免，这大白天的，这一带又人烟稠密，怎倒有贼人当道？于是反问他们：“既然有贼匪，你二人如何赶得来？”夫妇回答说：“贼人正在抢脱过路人的衣物，趁他们不注意，我们夫妇才绕道过来告诉你。”霞客怀疑他们是骗他，想叫他在他们家住宿，于是不予理会，仍然上山，晚宿石堡村。
此时天黑夜静，一地月光，能走过危险之地而安寝，霞客高兴不已，于是问主人：“听说白天山岭上有拦路劫匪，是真的吗？”主人说：“真有此事。我的邻居下午在山上砍柴，见几个贼人从山后跳出来，剥去三个人的衣服，砸碎了一个人的脑袋，就发生在您来之前不久。”霞客一听，深深地感谢特意来劝阻他的那对夫妇，而自己却对他们那样猜疑不信任，想来真是惭愧！
到曲靖（滇东重镇）后，霞客游访了翠峰山。翠峰山为曲靖名峰，在城西北，大树迷蒙，山峰笼翠，霞客称其为“秀拔为此中之冠”。
时值深秋，霜风细雨中，山中草树杂色斑斓，“标黄叠紫，错翠铺丹”，又是一番景致。翠峰山庙宇很多，有朝阳庵、护国寺、翠和宫、灵官庙、金龙庵，等等。其中，朝阳庵为刘九庵大师所开建。庵中碑记说，刘九庵为河南太康人，曾中进士，当过监察御史。嘉靖甲子年（1564年）出家当和尚，来到翠峰山始建朝阳庵。
官当得好好的，怎么要出家当和尚呢？传说，刘九庵当官时，有一次出巡考察，在案几上放了两个桃子，被老鼠偷吃了。他本来已经暗中看见了，又假装不知而问下人道：“你为何偷桃？”下人不承认。他又吓唬说：“这地方又没有别人来过，你不承认，那我就要动刑了！”下人怕挨打，就承认了。刘又问：“桃核呢？”下人胡乱拣来桃核自欺欺人。刘九庵看后慨然道：“天下事枉者多矣！”于是弃官为僧。霞客记下这个传说，也感慨了好久。
霞客离开翠峰山，继续他的游览和考察。一个重大的收获是，他发现了珠江的源头！
说到大江之源，总给人一种神秘、神圣，而且人迹罕至之感。珠江仅次于长江、黄河，是我国的第三条大江，而它的源头，则人人可到！
珠江上游即南盘江。霞客经勘考，写出《盘江考》一文，认为离曲靖不远的沾益县炎方乡一带的马雄山溶洞是南盘江源头，从而订正了《大明一统志》的误说。
这是一个朴素的溶洞，一个永远从岩缝，从钟乳的乳头滴淌着滢滢水泉的溶洞。不神秘，但却神圣。新中国成立后，经过许多专家反复考察、测量、印证，最后到了1985年，国家水利电力部珠江水利委员会正式确认徐霞客所说，定沾益马雄山东麓的这个溶洞为珠江正源，并立碑以记曰：“珠流南国，得天独厚，沃水千里，源出马雄。”溶洞潮湿，丰润，安详。镌刻在洞口上方的“珠江源”三个鲜红大字，倒映摇曳在一潭嫩绿柔蓝的池水里，人们仿佛从花瓣一样动人的水波上，看到了三百多年前的徐霞客的身影，而珠江——中国南部的第一条大河，就从这里出发了。人们不论是远从广州、港澳寻源而来，还是从昆明等地前来休闲度假，都极为方便。出曲靖北行40来分钟，鼻翼痒痒的，嗅到氤氲水汽，就到珠江源了。
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