护国战争虽然打倒了袁世凯，但并没有能够挽救革命，中国的政治形势也没有发生根本变化。这时，帝国主义各自寻找和扶持一部分军阀，充当自己的代理人，而北洋军阀中的各派系则努力寻求靠山，分别投靠各帝国主义，割据称雄。结果是北洋军阀中的另外一些实权派人物取袁世凯而代之，在中国继续实行独裁专制的反动统治。
1916年6月，根据有关规定和各方妥协的结果，副总统黎元洪继任大总统，段祺瑞任国务总理。在社会各界的压力下，宣布恢复《临时约法》，召集旧国会复会。条件是各省取消独立，南方撤销军务院。表面上又恢复到袁世凯解散国会前的局面。但是，广大人民群众并没有从反袁斗争的胜利中得到实际利益，从中央到地方的各级政权仍然掌握在大大小小的军阀手中。而这些军阀由于分别依附于不同的帝国主义，因而他们之间展开了大狗小狗、饱狗饿狗之间的互相厮打和斗争，从而造成了连年不断的军阀混战。
段祺瑞为代表的北洋军阀皖系的靠山是日本帝国主义，而黎元洪则以英、美帝国主义为背景。因而段祺瑞和黎元洪之间发生了尖锐的矛盾和斗争，即所谓“府（总统府）院（国务院）之争”。这个斗争在1917年初中国要不要参加第一次世界大战的问题上更加表面化和白热化。段祺瑞在日本帝国主义的唆使下积极主张参战，并组成以皖系军阀为主干的“督军团”，胁迫国会和黎元洪同意参战。而黎元洪在英美帝国主义的指使下，在北洋军阀的直系、副总统冯国璋的支持下拒绝参战。并下令免除段祺瑞国务总理兼陆军总长的职务。
段祺瑞不甘心失去权力，进行了一系列的阴谋活动，反对黎元洪，以致酿成了1917年7月1日至12日“辫帅”张勋拥护清朝末代皇帝溥仪复辟的丑剧。驱逐了黎元洪，解散了国会。这时，段祺瑞见黎元洪被逐，国会也被解散，加上全国舆论又反对复辟，便立即在日本支持下组成“讨逆军”，自任总司令，杀向北京，讨伐张勋。段祺瑞轰走张勋后，以“再造民国”的元勋自居，又一次任国务总理。大权在握，更加横行无忌，为所欲为。
段祺瑞政府在日本帝国主义的怂恿下，正式对德、奥宣战。实际上，他是借“参战”为名，扩充皖系实力，以达到发动内战，“屠戮异己”、“武力统一”的罪恶目的。为此，段政府向日本帝国主义大借外债。为了取得借款，把军火搞到手，段政府无所不用其极。从铁路、轮船、工厂、矿山、银行等各行各业征税，乃至一个城市、一个商场的收入都被他拿来作借款的担保或抵押，简直到了“当尽押绝”的地步。甚至1918年日本提出霸占我山东各项权利的要求时，段也无耻表示“欣然同意”。段祺瑞政府的卖国罪行连当时的日本内阁总理寺内正毅也说：“借与中国之款，三倍于从前之数。实际上扶植日本在中国之权利，何止十倍于二十一条。”在国内，段祺瑞政府拒绝恢复《临时约法》及国会，疯狂践踏民主，破坏共和，实行专制独裁统治。
段祺瑞政府的倒行逆施激起了全国人民的愤怒，一场反对北洋军阀的新斗争在酝酿中。孙中山先生站在资产阶级革命民主派的立场上，多次深刻地揭露段祺瑞政府卖国、专制的反动本质，并抱着恢复约法和国会的目的，举起“护法”旗帜，重新开展对北洋军阀的斗争。1917年7月17日，孙中山从上海到达广州。8月间，孙中山又在广州召集响应护法前来广州的原国会议员150多人参加的“非常国会”，决定成立军政府，并选举孙中山为大元帅，建立了与段祺瑞对立的南方政权。孙中山宣布段祺瑞等为民国叛逆，决定出师讨伐。从而开始了“护法战争”。
孙中山发起护法运动时，朱德正驻防四川泸州。他亲眼看到护国战争以后，袁世凯虽然死了，但北洋军阀的段祺瑞之流继承了袁世凯的衣钵，继续干着专制独裁和反人民的勾当，民主共和依然是一纸空文。他和他的同事们经常议论着这一切。他们满腔愤怒地斥责段祺瑞的反动统治，深切地关怀着国家的前途和命运。但是，能否改变这种现状，如何改变这种现状？他们又茫然不知所措。因此，当他们得知孙中山先生宣布“护法”，用“护法战争”反对北洋军阀反动统治的时候，使朱德和他的同事们又充满了信心和力量，决心再次举起反对北洋军阀的义旗，积极参加孙中山先生号召的“护法战争”。
为反对段祺瑞拒绝恢复《临时约法》及国会，云南组成“靖国军”，唐继尧自任滇、川、黔三省靖国联军总司令，发表通电，表示自己“矢志拥护共和”、“谋国家百世之安”、“誓除叛逆”。并将驻川滇军分别改编为靖国滇军第1军、第2军。顾品珍任第1军军长，赵又新任第2军军长。朱德任第2军第13旅旅长。
北京的北洋军阀政府历来视西南为心腹大患。云南宣布拥护护法，组织靖国军以后，北洋政府立即派遣吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，统帅重兵由鄂入川，进驻重庆，以策应川军，企图消灭云南靖国军，把四川置于他们的控制之下。战斗初期，形势于靖国滇军不利。威远、自流井、内江、叙府等地相继失守，靖国军纷纷撤向泸州。而熊克武率领的四川靖国军在重庆受吴克新的严重威胁，要求滇军支援。10月底，滇军将领在泸州开会，商量对策。决定由顾品珍率靖国滇军第1军顺流东下，赴重庆援熊驱吴，其余各军守泸州并准备反攻。
随后，受北洋军阀政府指使的川军分三路由富顺、隆昌、永川向泸州进攻，并有一部从纳溪向泸州牵制。朱德等4个旅及1个团奉命抵抗隆昌、永川方面之敌。双方激战于泸州附近的特林场、五峰顶、胡市地区。结果，滇军溃败，纷纷向长江南岸的纳溪溃退，秩序混乱，无法制止，红边军帽，丢落两侧。在过小市浮桥和长江浮桥时，均在敌人有效射程内，所以，落水死者甚多。而且沿途又有武装土匪拦路抢劫，致使部队眷属五内如焚，哭嚎连天，纷纷吁求朱旅长击溃追兵，驱逐土匪。朱德奉命率部队冒着敌人的密集火力，左冲右突，将追敌杀退。大队人马及眷属这才安全通过。退到纳溪后，部队进行了休息和整编，将原来的旅改编为3个混成团。朱德的第13旅改编为第2混成团，朱德任团长。
朱德的队伍在纳溪休整时，传来靖国滇军第1军赶走吴光新并攻克重庆的捷报，全军振奋，纷纷要求反攻泸州，再协同第1军攻取成都，完成护法靖国大业。朱德致电唐继尧，要他立即部署收复泸州，并告诉他“德率所部愿效前驱，即将子弹稍补克日动身”。
12月中旬，滇军发起反攻，很快攻下敌军阵地棉花坡，敌人退过长江回泸州，隔江固守。朱德奉命率部从长江下游泰安场渡江，攻泸州附近的五峰顶，其余各团也分路向泸州逼进。战斗一日，朱德所部已攻占五峰顶。各路大军看见五峰顶上烽火烟腾，知是朱德部占领五峰顶的信号。于是，各路大军奋勇前进，连夜用长竹扎成竹梯百余架，于次日拂晓由月亮岩之炮兵掩护乘竹梯登城，与敌肉搏。敌势不支，全部溃过小市浮桥，分别向隆昌、富顺方向退走。当敌人溃过小市浮桥时，朱德部从五峰顶上集中火力向通过浮桥之敌猛烈扫射，大获全胜。至此，泸州为靖国滇军第2军收复。
第2军克复泸州后，敌分两路退走。一路为刘存厚所部川军退向富顺，在高店铺、青山岭之间据险扼守，与滇军金汉鼎部对阵；一路以刘湘所部川军，退向隆昌，在距泸州60里的石洞铺据险死守，与追击之朱德部激战。但经朱、金两部分头击溃，泸州得以巩固。
据守青山岭之敌溃败后，大部分又集结在富顺，并在沱江东岸白塔山一带高地构筑工事，妄图依靠自流井的资源，再与靖国军作一次战斗。这时，滇军第2军军长赵又新由泸来前线，亲自指挥金、朱所部分路向沱江东岸之敌进攻，激战三昼夜，敌退过沱江，沿西岸凭江死守。这时，朱德部乃由邓景关绕渡沱江，向富顺县城进攻，金汉鼎部也由正面强渡沱江夹击。经一昼夜激战，敌弃富顺城而逃。靖国滇军占领富顺后，乘胜追击，再克自流井、叙府。
经过靖国滇军和靖国川军近半年的转战，四川的护法战争取得了一定的胜利。到1918年2月，川军推举熊克武为四川靖国军总司令，并协议分路向成都进攻，赶走北京北洋军阀政府任命的四川督军刘存厚。接着，各路大军向成都逼进。顾品珍率滇军第1军攻到隆昌与第2军会合，后又在第2军攻下自流井、叙府的同时，攻下内江、资中等地。熊克武部第5师和黔军也相继攻下安岳、遂宁、乐至。刘存厚弃成都逃往绵阳。熊克武部开进成都，川军请和。护法战争告一段落。
但是，革命在分崩离析，土崩瓦解。朱德后来在《自述》中说：“这次护法靖国军运动，具有充分的革命意义，一贯是反袁、反北洋军阀的。那时南北成了割据势力，军阀混战，七八年间，革命是消沉了——同时，因为革命未能按轨道走去，革命本身与军队就变成一种官僚军阀的割据与混战。而且革命只发展在南方，北方还是受压迫的。在南方也只是滇军支持。湖南失败了，湖北军垮了，四川混乱着，只靠云南做着革命的种子。”
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