长期以来，野心勃勃的唐继尧对四川这块“肥肉”垂涎欲滴，早就想把它纳入自己的统治之下，使自己成为独霸川、滇、黔三省的“西南王”。当孙中山揭起“护法”旗帜以后，唐继尧觉得这是他壮大势力、扩充地盘、割据称雄，充当“西南王”的大好时机。于是，他竭力利用孙中山先生的声望，打着拥护孙中山护法的旗号，并利用原护国滇军广大官兵对北洋军阀反动统治的不满和反抗情绪，把自己的野心隐藏起来，借“护法”之名组成了云南“靖国军”。而贵州督军刘显示则因贵州地瘠民贫，也想宰割四川一隅之地以养兵，所以也甘心充当唐继尧争霸四川的追随者。
从清王朝覆灭到袁世凯毙命，四川境内逐渐形成了分属不同派系和集团的军阀势力，但这些军阀却有一个共同的想法，就是都想把四川置于自己的控制之下，不让其他军阀来染指。因此，当唐继尧、刘显示来分割四川的时候，四川的大小军阀便采用新的组合去抵制。在护法战争期间，曾拥护护法并组成靖国川军，和靖国滇军合作赶跑刘存厚，当上了四川督军的熊克武，这时便联络和收买四川地方军阀，组成四川军阀联盟，反对滇军和黔军。同时，还以各种手段收买和挑拨滇军去攻击黔军，以后，又挑拨黔军去攻击滇军。当然，四川军阀联盟中的大小军阀也是同床异梦，各有自己的野心和打算。
在上述错综复杂的矛盾中，便开始了川、滇、黔军阀之间的“三角战争”以及四川境内各派军阀之间的长期混战。
朱德曾满腔热情地响应孙中山的号召，积极地参加了护法战争。但随着战争进程的推移，各派大小军阀的野心以及他们之间的矛盾也日益暴露和发展。朱德也逐渐地看清了唐继尧、熊克武等人只不过是一些挂羊头、卖狗肉的骗子，是假“护法”之名，行争权夺利之实的野心家。他还亲眼看见有相当一批人曾高喊“护法”、“拥护孙中山”的口号，但在金钱、官位、享受的诱惑下妥协了，沉沦了，腐化了，变成了拥兵自重的大、小军阀。朱德称这些人是“给这回头一浪打回去了”。他内心里充满了怀疑和失望，用他自己的话来说：“虽然为支持革命而战，而革命不知到哪里去了。”同时，他的思想还充满了矛盾。本来，护法运动是孙中山号召的，他的目的是打倒北洋军阀，挽救共和国，这是自己乐意参加的。但唐继尧等野心家假“护法”之名，行军阀混战之实，却是自己坚决反对的。但是，自己作为一个军人，又不能不服从唐继尧的命令和指挥。护法战争开始时的热情和自信逐渐被彷徨、苦闷所代替。在以后的一段时间里，他一方面不得不违心地、被迫地执行唐继尧的命令，身不由己地卷入了军阀混战之中。但另一方面，他又尽可能地利用一切机会反对军阀混战。
在护法战争中，靖国滇军虽然在军事上取得了一些胜利，但部队伤亡很大，士气不高，兵源和弹饷的补充都遇到不少困难。究竟是长驻四川，还是撤回云南，这是滇军广大官兵十分关心的问题。1918年初，滇军攻下自流井后，部队疲惫不堪，身上也长满了虱子。这时，朱德提议，在自流井好好休息一下，把虱子收拾收拾，然后计议一下今后怎么办。大家都很赞成。几天之后，由朱德、金汉鼎出面召集第2军骨干开会。讨论今后怎么办的问题。朱德在会上多次发言，指出：天天打仗不是个办法，老百姓太苦了，作为军人也不能这样盲目地打下去，不要看我们打胜仗的时候多，时间长了，总会打败仗的。与其到失败的时候再退兵，不如趁现在把部队撤回云南去。他进而提出了“撤回部队，还政于民，川滇和解”的主张，在当时，能这样公开提出停止军阀混战，减轻人民痛苦是难能可贵的。从而得到广大滇军将领和部属的拥护。
自自流井会议后，与会的一部分将领合照了一张集体像。朱德颇有感触地题了一首诗，嘱咐部下杨如轩印在照片上。诗是这样的：“百战余生者，群才可撑天，从征凭两两，大将剩三三。”署名是“蜀北武夫”。诗中的“两两”系指滇军第1、第2两军。“三三”系指合照者朱德、金汉鼎及参谋长、团长共9人。因朱德是川北人，故署名“蜀北武夫”。对于这首诗，当时有人觉得“低沉”、“消极”，因而在印照片时没有印上。朱德却很认真地看待这首诗。他把底片拿来，加上题诗派人去重印，印好后，每人分送一张。朱德在这首诗中已经有很多感慨，“百战余生”、“剩三三”都反映了他的厌战情绪，这和他在自流井会议上提出的12字方针的精神是一致的。
根据自流井会议的精神，1918年2月26日，靖国军滇军第2军的3个混成团团长朱德、金汉鼎、周宗濓从自流井联名打电报给唐继尧，要求趁川军求和之机息战回滇。电报首先指出滇军自靖国护法以来“迭遭挫折，饷械则损失甚巨，军威扫地，为滇军从来所未有”，“新编人员已减十分之五，兼之弹药告罄，补充困难”。如若再战，“则我弹尽援绝之师何以御之尔，时大局前途奚堪设想。”并明确指出：“种种论断似无再战之必要。”应趁川军求和之机，“允其所请”，“速调回滇”，否则，“将来误事不知依于胡底”，“若再迟缓，……恐贻人以侵略之口实。”一心想当“西南王”的军阀唐继尧对于朱德等人的电报和建议不但置之不理，反而变本加厉地把魔掌伸向四川，以便把四川完全控制在自己手中。
1918年，唐继尧为了充实战斗力，实现自己的野心，把靖国滇军的4个旅改称混成旅，每旅配有炮兵1个连，重机枪1个连。朱德被任命为第3混成旅旅长。不久，唐继尧打着“北伐”的旗号，从昆明出驻毕节。9月中旬，他又带着所谓
“北伐方案十四条”威风凛凛地到了重庆。9月下旬，唐继尧在重庆召集了有滇黔军旅长以上将领和熊克武部高级军政人员及重庆工商学绅各界知名人士的会议。会上，唐继尧打着“北伐”的幌子，要求四川督军熊克武将四川兵工厂和厘税交给靖国联军总部，在重庆设置机构管理，以作北伐军械弹和军饷之补充。当场要熊克武签字同意。熊克武慑于四川人民的压力和他自己的切身利益，未予答应。会议无结果而散。唐继尧怏怏回滇。经过泸州时，又召集滇军团长以上军官会议，要求大家积极整训部队，服从命令，准备倒熊。唐继尧回到云南后，积极进行倒熊的各种活动。四川的熊克武也积极做迎战的准备。
1920年2月，熊克武为消除川、滇、黔内部的纷争，特约滇军顾品珍和黔军袁祖铭师长到简阳石经寺开会。会上，熊克武分析了形势，表明了态度。他指出：“号称义军的朋友们和旧川军皆不可靠，反而会破坏三省团结，不能问鼎中原，甚至会引起各省内部的混乱。一旦中原有事，三省就会无力过问。承认如真实会同三省大举北伐。四川愿尽一切力量，担负所需军实，而且愿听唐的指挥。”对唐继尧假“北伐”之名，利用四川民军（也称义军）和依附北洋军阀的旧川军的倒熊阴谋作了揭露和否定。
石经寺会议之后，熊克武和顾品珍将上述内容联名打电报给唐继尧。唐给顾的回电中说：“军人以服从为天职，以后行动，切记慎重。否则临敌易将，事非得已。”表明了唐继尧蓄意挑起川滇军阀混战的顽固态度。顾品珍获电后，从资中赶到泸州，向滇军赵又新军长汇报了石经寺会议的内容，并召第3、第4混成旅长朱德、金汉鼎征询意见。朱、金均同意石经寺会议的主张，坚决反对唐继尧的倒熊战争。于是，拟了一个电报联名向唐继尧陈述。电报大意说：“熊克武主持川政，颇孚人望”。接着列举了熊克武治川的几条措施和取得的成就。要求唐继尧“监察”，“免致滇军陷于孤立，后患堪虞”。明确地表示反对唐继尧倒熊、独霸四川的军阀行径。电报发出后杳无音信。
1920年3月，唐继尧认为倒熊时机已经成熟，遂于21日发出“马”电免去熊克武的四川靖国军总司令职。从此，正式开始了川、滇、黔三省军阀在四川境内的大混战。
在川滇军阀的混战中，朱德受到了特别辱骂，川军将领恶毒攻击他，一个四川人反而带着滇军来攻打四川，这简直是四川的“叛徒”。尽管这些造谣诬蔑并不能损害朱德什么。但是，目击这几年间革命，失败，再革命，再失败，而最终还是陷入了军阀混战的漩涡中，朱德内心里在隐隐作痛。
1920年8月，西南三省的军阀混战已经持续数月之久。这时，滇军混成旅旅长朱德、金汉鼎及其各团营连排官佐联名致电唐继尧，揭露唐继尧“年来行为乖戾与众异，欲护法其名，而一切设施无一不显为背驰。”接着，列举大量事实揭露唐继尧心目中根本没有国会，也没有法律，而只有独裁。电报指出：“为大局计，为西南计，为吾滇计，为公自身计，实有不能不请我公暂避贤路”，实际是逼唐继尧下台滚蛋。接着，电报从大局、西南、云南以及唐继尧本人各方面详细地阐明了唐继尧必须“暂避”的理由。指出唐继尧的军阀行径只能“更攘争端，将于自治前途大生障碍”，于大局不利。还指出唐继尧“年来对桂则修怨务深，对川则搏击为志，近来诸省对公怨毒之深，至有谓庆父不去鲁难未己者，处心积虑，已见一斑”，为各省“深恶痛绝”，这对西南联合极为不利。还指出唐继尧多年来，置云南人民生死于不顾，“专戾自咨，语语拒人致无商榷余地”，为云南人民所痛恨。因此，“公之去留之关系于吾滇前途至深”。
朱德、金汉鼎领衔的这份电报还用“特急”形式发给云南省长、省议会并云南各局、各卫戍区，再由他们分令各旅、团、营长，各商会，三迤总会，各道尹，各知县事，各厅局，各县参议两会，各法团，各学校，各报馆知晓。但唐继尧利令智昏，充耳不闻，继续进行与川军的混战。战争从3月一直打到年底，几经反复。结果，滇黔军溃败，不得不退出四川。
西南原本是护国讨袁战争的策源地，在护法运动中更是国民党人寄予厚望的重镇，现在却成了帝国主义支持下的军阀混战的角力场，人民群众生活在水深火热之中。1961年朱德在《党诞生前的政治情况》一诗中记述了当时的情景：“辛亥革命已十年，清朝余孽继当权。列强勾结诸军阀，掠夺人民更不堪。”
朱德亲眼看到了田园荒芜、生灵涂炭的悲惨情景，心情十分沉重。他经常想：当初自己下决心投笔从戎，是想找到一条挽救祖国，解放人民的道路。但近几年来，特别是护法靖国以来军阀混战的事实，证明这条道路也只是一场幻梦，他越来越怀疑这条道路对于祖国和人民的解放事业究竟有多大价值。而且，朱德还从他多年的征战实践中逐步地认识到战争并没有结束，新的、更大规模的军阀混战必将发生。中国的出路究竟在哪里呢？1961年纪念辛亥革命50周年时，朱德回忆说：“由于辛亥革命及其以后的讨袁战争、护国战争、护法战争的失败，孙中山先生和一切仍然忠于中国革命事业的人们，包括我自己在内都陷入了一种怀疑和苦闷的状态。在黑暗中摸索而找不到真正的出路。”他参加了在川滇召开的多次会议，决定回师云南，打倒唐继尧政权。
恰在朱德徘徊歧路之际，俄国爆发了十月革命，并给中国送来了马克思列宁主义。中国也爆发了五四运动，马列主义在中国得到了广泛的传播。远在西南的朱德也日益受到它的影响。他经常和他的好朋友孙炳文一起学习和研究这些新潮流、新思想，讨论中国的政治形势及个人的前途。他们看到，战争并没有能够拯救祖国，解放人民。相反，却使全国陷入了无休止的军阀混战，自己也被迫卷入其中。他们认为，像现在这样的军事生活不是自己应走的道路。他们还决定在走上新的道路之前，先研究一下外国的政治思想和制度，看看外国是怎样维护他们的独立的。为此，他们商定到俄国或德国去学习。
在四川泸州、叙府的军旅生涯中，朱德主要的收获是思想上的进步。他经常阅读《新青年》，还有达尔文的《进化论》、卢梭的《民约论》以及其他一些进步书刊。这些新思潮如同拨开乌云的阳光，一下带来新的觉悟，新的希望，新的方向。
朱德天天生活在官场，但他厌恶官场生活，他认识到“单单吃饭不做工，就是社会寄生虫，只有实行不做工没饭吃那种革命制度，才能真正摆脱开人剥削人的罪恶制度”。
朱德虽然是旧军队的一个旅长，但他却是一个具有新思想的人，最深的爱与最深的恨使他更加爱憎分明，革命的思想在心中萌芽，酝酿，为他即将向前的一次飞跃在做准备。少年朱德就是一个追求新世界的人，现在他依然是一个追求新世界的人。这个新世界把他的人生和国家、民族的命运联系在一起。
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