§§§第一节 平定三藩之乱
康熙除灭了鳌拜之后，内部侵夺皇权的势力终于消灭了，但大清国内存在着不安定因素。三藩就是构成了对皇权严重威胁，尾大不掉势力难以遏制。
所谓“三藩”，是指镇守福建的定南王耿精忠、镇守云南的平西王吴三桂和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清朝建立初期，他们都仗着拥有自己强大的武装力量各自割据称霸一方。
这三藩之中“功最高，兵最强”非平西王吴三桂莫属。吴三桂出身于辽东将门望族，其父吴襄自幼习武，善于骑射。吴襄耳闻目睹了明朝在天启二年（一六二二年）如何丢失广宁，辽东经略熊延弼如何被传首九边，辽东巡抚王化贞如何下狱而死。崇祯十七年（一六四四年）正月，吴襄奉旨调进北京，娶了祖大寿的妹妹为妻。祖大寿是世居辽东的望族，吴襄成为祖大寿的妹夫，吴三桂成了祖大寿的外甥。祖、吴两家的联姻，使吴襄、吴三桂父子找到了坚强的靠山，也使祖氏家族的势力更加壮大。吴三桂在父亲吴襄和舅舅祖大寿等的教诲和影响下，即学文，又学武，不到二十岁就考中武举，从此跟随父亲吴襄和舅舅祖大寿，开始了他的军旅生涯。最终为清廷埋葬南明政权与镇压农民军余部，立下了汗马功劳，受到朝廷的奖赏，并加封为亲王。康熙元年（一六二二年）辅政大臣加封吴三桂为亲王时还向礼部下了一道谕旨：
平西王吴三桂镇守秦、蜀，绥辑滇、黔，抚顺剿逆，茂著勋劳。伪永历朱由榔，以明室遗孽，煽集党羽，妄称尊号，窃据一隅，历年以来，屡烦王师征剿，疆圉弗宁。今王奉命统领满汉大兵，出边进讨，于顺治十八年十二月内进抵缅甸，擒伪永历及其眷属，又降伪巩昌王白文选，并伪官全军。此皆王殚忠奋力，运筹谋略，调动有方，遂使国威远播，逆孽荡平，功莫大焉。宜加殊礼，以示眷酬，著晋封亲王，应行事宜，尔部察例具奏。（《清圣祖实录》，卷六，二十二页。）
吴三桂平日里大量储备招兵买马，大量地储备将帅，在校场上操练士兵，使得麾下“四方精兵猛将，多归其部下”。他共拥有五十三佐领，计甲兵一万零六百人，其藩下丁口有五万三千之众。看着自己的军事量日益庞大，吴三桂的胆子也跟着壮了起来。飞扬跋扈地不听从朝廷的约束，所谓的将在外军令有所不受，这样给满清政府带来了巨大的威胁。
三藩都在拼命地扩充自己的势力，各自拥有强大的军事力量。他们都是手握重兵之人，又扼守在各个要塞，万一他们有所行动，定会让朝廷措手不及。许旭在《闽中纪略》中记载：“时王府额兵有万余，而旗下蓄养甚众。府中男子年十四岁，悉给弓矢，督骑射，鸣剑之心，已非一日。”吴三桂之佐领吴国贵，“其所部将卒，正甲一名，副甲五六人不等，皆以年二十以外，四十五以内者充之。”这类由藩王直接掌握的军队，构成了藩王的核心力量。另外三藩还拥有庞大的绿旗兵和投诚兵。定南王耿精忠、平南王尚之信就各有绿旗兵六七千，而平西王吴三桂兵力更是雄厚，绿旗兵丁复屯数万之众。而且随着战事发展，兵员还在进一步的扩大中。三藩不仅拥有并操纵着军权，还具有管理地方的行政权。像吴三桂甚至还操纵着云贵地方官员的调动与升迁大权。在经济上，三藩也更是竭尽搜刮之能事，肆意豪夺。而且他们囤积粮草，养了这么多军士，所消耗的俸禄兵饷开支浩大，给清政府带来了沉重的负担。加上三藩借此横征暴敛，使得“村落凋零，民苗困惫。”三藩的倒行逆施，给大清王朝带来了许多不安定的因素。随着农民军余部与南明政权的覆灭，三藩与清廷的对抗性矛盾就日益凸显出来，一场内乱之战就不可避免要发生了。
康熙十二年三月，平南王尚可喜上奏朝廷请求告老回到辽东老家颐养天年。但是请求讲他的儿子尚之继续留守在广东，这件事情便成了是否撤藩的导火索。在电视剧里，我们也可看到朝堂之上无不激烈讨论此事：
金銮殿上，康熙皇帝看着位列两班的文武官员，问到：“此次尚可喜上奏请求归老，但留其子继续镇守广东，各位爱卿对此事有何看法？”
“启奏皇上！臣以为，三藩势力日益扩大，其行径也愈发猖狂，若成大势，必将一发不可收拾！”
“皇上！老臣以为，三藩为我们大清基业的功臣，让他们继续镇守在各个要塞，以保我大清千秋万代！”
大臣们各抒己见，争论之声不绝于耳。
“各位爱卿说言，各有各的理，如若无其他事，先行退朝，待到明日再决议！”。
其实康熙皇帝目睹三藩日益形成的尾大不掉的气焰，鉴于历代藩镇势强力大引发的内乱而危及国家存亡的历史教训，他不得不对此引起高度警惕与重视。《清圣祖实录》中记载有他自己说过的话：“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤。……朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑会，曾书而悬之宫中柱上。”
朝廷一些官员也早就提出要削除三藩权力。康熙六年（一六六七年）四月，据《清史稿》中记载，王熙就认为三藩势力的日益强盛，必将对清廷构成威胁，请求裁兵减饷。他特别指出：“宇内甫平定，而三藩各拥重兵，吴三桂尤强，擅署置吏，寖骄蹇，萌异志，子应熊以尚主，居京师，多聚奸人，散多钱交能四方。”此外，御史郝浴、杨素蕴、甘肃庆阳知府傅弘烈等人，也先后向朝廷密陈三藩尤其是吴三桂专擅不法的奏疏。只是因为清廷当时尚需利用三藩来维护辖区的统治秩序，且慑于三藩的气焰，竟将弹劾三藩的官吏一一治以重罚。直到四辅臣执政时期，才逐步削弱三藩职权。
康熙皇帝亲政后，他认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，所以为了牵制三藩的势力，决定下令撤掉“三藩”。
康熙十二年的十一月，平西王吴三桂在云南发生了叛乱。在第二年派兵攻打了湖南，使得湖南的常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地被攻陷。并且四处派人去散布檄文，煽动其他地方官员。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等纷纷经受不住煽风点火，表示自己要背叛清廷，自己起义。最后镇守在福建的靖南王耿精忠也叛变了。
在短短几个月之间，云南，贵州，湖南，福建，四川，广西等六个大省，一一沦陷。吴三桂率领的队伍，攻占了六省后，山西提督王辅臣和仍然镇守在广东的尚之信也按耐不住了，也表示要加入到吴三桂为首的反清队伍中，战乱从原先的六省又扩大到了陕西，广东，江西，陕西和甘肃等省份。
叛乱的消息很快就传到了京城，这让康熙皇帝措手不及，他万万没有料想到造成了如此严重的局面。当时年纪尚轻的康熙皇帝，临危不乱，更加坚定了要撤销“三藩”。但他意识到，以目前的形势要撤销“三藩”，必须让镇守在广东的尚之信和镇守在福建的耿精忠调转枪头来协助自己。
康熙皇帝一个人在御书房微微地蹙着眉头，苦思冥想。若要其他两藩协助自己一齐打击吴三桂，最好的方法就是让他们保留自己的藩地与爵位。他即刻下旨停止撤销尚、耿二藩，这样就把主要的矛头就对准了吴三桂。那些被八旗兵所攻破的城池，百姓生灵涂炭，康熙皇帝意识到残害百姓、掳掠妇女这样败坏了军纪的部队将大失民心。所以他召集了众将士，重申了部队严明的纪律并且下令将已经掳掠来的妇女放回家中，与自己的丈夫团聚。
康熙十五年十月，镇守在福建的耿精忠最终还是抵不过清军的攻击，被迫投降，次年尚之信也投降。广东、福建和江西三省在他们的投降后都先后收复。康熙十七年八月，吴三桂去世，他的那些老部下把吴三桂的孙子吴世璠扶上了平西王的位置，退居到了云贵边界。在此之后，朝廷派出的清军先后收复了湖南、广西和四川等省，好一直到康熙十八年，清军终于攻破了昆明，吴世璠自杀，云南贵州也因此收复。
三藩之乱历时八年，终于得以平息，年轻的康熙皇帝又一次经受了严峻的考验。
§§§第二节 收复台湾
台湾自古以来就是中国的领土。清朝初年，顺治十八年（一六六一年）十二月，郑成功率军攻占台湾，结束了荷兰侵略者在台湾三十八年的统治。台湾为郑氏所据有。郑氏政权将台湾作为根据地，再加上金门、厦门两岛为要塞，继续与清廷对抗，使清政府在东南沿海地区极不稳定。台湾问题亦成了康熙的一块极大的心病。
为了收复台湾，从康熙元年（一六六二年）到康熙二十年（一六八一年），清廷对郑氏，以抚为主，双方先后有12次的谈判。康熙初年，朝廷派出官员同郑经代表会谈，谋求统一。但郑经提出：照朝鲜例，不剃发，称臣纳贡（江日升《台湾外纪》卷六），谈判不成。由于清政府缺乏坚强的军事实力，郑氏没有诚意，结果失败。在此期间，清政府曾经采用经济封锁手段，促其归附，也未能如愿。
康熙二年（一六六三年）发动军事攻势，攻占金门、厦门。郑经往铜山。康熙三年（1664四），清军攻铜山。郑经不敌，退到台湾。
康熙五年（一六六六年）四月，清廷又以武力首次进攻台岛。施琅率水师自铜山出发，不料至清水洋面时遇上了台风，众多船只倾覆，只好调棹退回，以天时不利告终。 此次攻台官兵，都是招降来的郑氏旧部，今半途收军，清廷怀疑他们顾念旧性，不愿致死效命，更担心他们与台湾暗通，后患无穷。于是中止了进攻台湾的计划，施琅等郑氏投降将领或调往内地，或划入八旗。
康熙作出重大让步：台湾回归后仍由郑氏管理，郑氏坚持独立为国，谈判破裂
康熙帝继续作和平统一台湾的努力。康熙六年（一六六七年）初夏，福建总兵孔元章渡海到台湾，向郑经提出，只要能接受招抚，纳款称臣，朝廷即行开放粤闽浙沿海，与台湾通商，供给所需各物。此前，清廷对台湾实行海上封锁，使台湾货运不通，经济萧条。但这次，郑经以“和议之策不可久，先王之志不可坠”为理由，更果断地提出台湾独立主张：“台湾远在海外……除非如先前所议，许照朝鲜例，以外国之礼见待，互市通好，各不相犯。”福建总兵孔元章肯定不能答应郑经的无理要求，只得无果而返。康熙答复亦相当明确：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。”
两年后，康熙八年（一六六九年）六月，此时康熙皇帝已清除了权臣鳌拜，亲自主持朝政，不再有捉肘之忧。康熙遂令刑部尚书明珠和兵部侍郎蔡毓荣前往福建泉州与福建军政长官会商招抚郑经办法。在分管兵部的东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，加上分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫施琅的真知灼见，打动了朝中大臣。明珠等人如此磋商后，奏请朝廷，拟派善以辞令的兴化知府慕天颜出使台湾，并请求康熙帝颁发诏书。康熙帝欣然准允，给郑经御书诏书，这是以往历次招抚中所没有的，足见康熙对和平统一台湾的重视程度。
明珠持皇帝诏书到台湾，同郑经谈判，不想，郑经不接诏书，只派官员谈判。清朝要求郑经：剃发归命，自当藩封，永为柱石。郑经仍坚持以前主张。明珠见郑经没有诚意，中止谈判，回到北京。
康熙八年（一六六九年）七月初，慕天颜又肩负起此重要使命，这次他不仅携皇帝诏书，还带了明珠给郑经的信件来到台湾安平镇王城，郑经表面上很客气，以礼接见，但当慕天颜让他接诏书时，他以“今日台湾，于版图之外另辟乾坤，并非清廷臣下”为由拒绝接诏。而对于明珠的信，郑经接受了，当场开拆阅览。
明珠在信中转达了康熙皇帝的良苦用心，悉心开导郑经：
阁下浮沉海外，聊且一时，不令有识之士为惋惜耶？圣天子恻然，念海滨之民漂流海屿，近者十余年，远者二十余载，骨肉多残，生死茫然，均在覆载之中，孰非光复之责？闽之黄童白叟，大都阁下桑梓之父老子弟，而忍其长期相离散耶？切盼闽下诚能幡然归命，使海隅变乐土，流离复其故乡……
郑经读完明珠信说：“两岸息兵已有三四载，长此下去，相得益彰，何必深求相逼？”
慕天颜规劝道：“朝廷频频招抚，为求海内外一统，两相化干戈为玉帛，使天下炎 黄子孙共享安宁。阁下削发归顺后，自当封藩，为国柱石，但勿以为朝廷少楼船兵甲。”
郑经根本听不进任何建议回敬慕天颜道：“本王岂不能战？因念及生灵涂炭，故远居海上，前后招抚，只差‘削发’两字，先王遗志，不可更改。”
历经十余天谈判，未有进展，双方商定，台湾派人去福建，与明珠直接会谈。郑经于是指派刑官柯平，礼官叶亨，随慕天颜同去泉州。临行时还郑重交代说：“务必坚守按朝鲜例，不登岸，不削发。”
明珠将台湾来使的要求奏请康熙定夺。康熙从两岸统一大业出发，亦作了坚持原则前提下的重大让步，诏示明珠云：“援朝鲜例入员，不剃发登岸，不便允从。朝鲜原属 外国，郑经及台湾军民乃中国之人，台湾系中国之地，如不行削发登岸，归顺何以为据？郑经若留恋台湾，遵制削发，受朝廷封赏，早可任从其便，由其居住台湾，管理台湾之地。”
对于康熙帝的诏示，柯平与叶亨不敢擅作答复，遂与慕天颜一起回台湾禀报郑经，慕天颜转达了康熙的旨意，强调说：“阁下遁迹荒居，决不可与外国相比。”
可郑经强词夺理，俱不听从。慕天颜回大陆时，郑经还托其带信给明珠，强硬地拒绝了康熙帝所作的让步。
就当时的实力而论，清政府是占有绝对优势的，但为了避免同室操戈，民命相残，康熙帝耐心地多次主动派员去台作招抚的谈判。每次都是因为郑经的反对，致使和谈一次又一次地宣告破裂。即使在郑经趁“三藩之乱”与吴三桂、耿精忠联络，反攻福建，占领厦门、漳州、泉州、潮州、惠州之际，康熙仍不改招抚初衷，只是将郑军逐回台湾。
三藩之乱期间，郑经支持福建的耿精忠叛清，并趁乱进攻大陆。
吴三桂叛乱后，亦派使者去台湾，约郑经出动水师直取金陵，或北攻天津，以威胁清王朝；耿精忠也遣说客入台，要郑经发兵响应。郑经认定这是不可错过的反攻大陆的大好时机，于是，在康熙十三年（一六七四年）初春，亲率大将冯锡范等渡海西征，既不攻金陵，也不打天津，而是打回反清复明的起兵之地福建。其时，耿精忠正在闽北与清军摆开战场撕杀，郑经乘虚而入，就这样，占领了漳州、泉州、厦门、兴化等地。耿精忠以为郑经夺了自己的地盘，屡次交涉要求归还，郑经不从，双方于是反目成仇。
耿精忠前有清军进攻，后方又为郑经所占，进退无路。次年秋，清廷康亲王杰书带领大批援军赶到，耿精忠在走投无路之下，重又投降了清廷。康熙帝令他与杰书合兵一处，驱逐郑经，立功赎罪。郑经终因寡不敌众，节节败退，所占之地悉数丢失，只得退守厦门、金门两处。
虽然郑经趁“三藩之乱”如此进攻，康熙皇帝仍将他区别于三藩，指示杰书：“对郑经宜用抚。”
杰书遵旨，第一次派佥事道朱麟、庄庆祚去厦门劝降。可是，郑经知吴三桂、尚可喜尚未被平定，清军无暇顾及台湾，也缺乏可以渡过台湾海峡的水师，口出狂言：“不按朝鲜例，断不从议，我师枕戈待旦，欲向中原而共逐鹿，光复旧业。”和议未果。
康熙十六年（一六七七年），杰书再一次派兴化知府卞永誉、泉州知府张仲举，会同福建绅士黄志美、 吴公鸿等，重去劝降郑经。为求东南沿海安宁，以便清军集中力量对付吴三桂，杰书在未奏请康熙帝的情况下，不提削发登岸，只要求郑军退出金门、厦门，撤回台湾，两相息兵。郑经得寸进尺，要清廷让出漳州、泉州、惠州、潮州四个府，及福建沿海诸岛，并供给军饷，作为罢兵的条件。另外还凭借海洋之险与强劲舟师，攻占了海战要地海澄。
杰书奏报朝廷，康熙帝决定暂且把郑经搁在一边，继续分化招抚郑经的部属，削弱其力量，为最终统一台湾奠定基础，并书降旨云：“郑经虽无降意，其附逆兵民有革心向化者，康亲王仍宜招抚。”
为使这一战略方针付诸切实执行，康熙亲自遴选人才，于康熙十六年五月擢升屡立战功的姚启圣为福建总督，按察使吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督总兵官，并郑重叮嘱：“此计非一日即能见效，须花费数年，尔等认真去做，功到自然成，收益不可限量。”为平定郑氏政权的割据势力做了人事上的大力准备。
姚启圣等遵圣旨走马上任后，添置炮台，严密封锁，断绝郑军粮饷。同时也展开了全面的招抚活动，采用了一系列与上不同的举措：一改前任怀疑郑氏集团中人在闽亲友附逆而肆意株连的政策，公告周知，勿以莫须有加害无辜，即使以前确曾附逆资逆的，只要洗心革面，忠于朝廷者，非但不予追究，技勇出众者还可给予任用，委以参将、游击、都司、守备等职。姚启圣还在漳州设立“招贤馆”，接纳台湾反正文武官员及军士，文官按原衔申报补官，武官一律保留原职。军士愿入伍者，即可编列领饷，要求归农者送回原籍安置，先前投城后逃去今又复来者，一视同仁，照样优待。派精干人员打入郑军内部，暗中联络鼓动郑军官兵弃暗投明。郑经不顾自身力量，趁“三藩之乱”反攻大陆，不但未获成功，反而损兵折将，财源枯竭，不得已而暴索横征，又裁减军饷，引起军民不满乃至反抗。
清朝在东南沿海实行海禁政策，沿海居民迁徙，不许下海。这是一把双刃剑，虽然限制并打击了郑经集团，但是同样不利于大陆沿海居民。
台岛军心民心皆不稳，士气涣散，纷纷起义降清，至康熙十九年（一六八零年）的两三年间，降清者多达13万人。
清军趁机出击，进攻盘据在厦门等地的郑军，连战连胜，海澄、厦门、金台等地很快得以收复。郑经丢失了全部外岛后，带着千余人狼狈地逃回台湾。台湾沿海岛屿重又回到清廷手中。
郑经被逐出福建沿海后，姚启圣奏请趁胜追击，攻取台湾，然而，福建水师提督万正色却不愿意，理由是：缺乏足以跨海东征的精锐水师，澎湖列岛又在郑经手中，进舶无所， 粮运不济，不可轻易进取。大臣们中也多数以水师兵力，军需接济等困难，主张暂缓攻台。
康熙充分听取臣下奏议后，下诏：“暂停进兵，令总督、巡抚等招抚贼寇，如有进取机宜，仍令明晰具奏。” 从这道诏令可知，康熙还是一心要和平统一，也不放弃武力解决，且辅之于行动：严饧万正色训练水师，从浙江、湖广地选调战船百艘，洋炮20门充实福建水师，令姚启圣安定地方，囤积军粮，以供战用。
郑经逃回台湾后，因连年征战劳累，加之丢城失地，损兵折将，心情抑郁，身体每况日下，康熙二十年（一六八一年）正月二十七日，郑经暴病归阴，按其生前安排，应由郑克塽继任延平郡王位。早在康熙平定三藩不久，割据台湾的郑氏家族发生内讧。起因是一六六二年郑成功病逝后，其子郑经立。一六八一年，郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子克塽继承延平王位。不少文武大臣跟着在这场权力斗争中遭殃，郑氏集团复又出现了严重混乱。由此争权引发的内讧耗尽了郑氏政权的内力，驱走了一批精熟水战的将军、都督、总兵等，并流失了大并不是的船舰器械装备，军事力量大大削弱。
康熙二十年（一六八一年），正是乘郑经病卒、其子郑克塽年幼初立和台湾本土出现内讧之际，清总督姚启圣认为这正是“天亡海逆之时也”，即与喇哈达及水陆各镇总兵秘商，联名向康熙上奏：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴……台湾孤悬海外，处处皆险，统师远剿，时地难测，非臣等年敢擅定也。”康熙见奏，即下诏旨，令姚启圣等“宜乘机规定澎湖、台湾”，并训谕总督、巡抚、提督、将军等福建前线大员务必“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆， 毋误事机。”大帝决定发兵统一台湾在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。七月，康熙下诏“以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取澎湖、台湾”。
但是此令一出，谁任水师提督直接指挥此次海战，又让康熙犯了难。因为原师提督万正色早在康熙十九年（一六八零年）四月就主张“沿海设戍，以因疆隅”，提出在海澄、厦门、浯屿、金门等滨海要冲之地遣兵三万，设镇分防，不时巡缉，即边海可安。持“台湾断不可取”的主张，若让此人继续担任水师提督，此次艰巨海战，取胜是不可能的。于是，康熙断然任命谙熟军事、才干优长、极富海战经验、海贼甚畏的施琅为水师提督。并下过指令给议政王大臣等：“原任右都督施琅，系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地理，海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子太保，前往福建，到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，剋期统领舟师，进取澎湖、台湾，其万正色改为陆路提督。”施琅上任离京时，康熙即赐食并配鞍马一匹，还赐言：“尔至地方，当与文武各官同心协办，以靖海疆，海氛一日不靖，则民生一日不宁，当相机进取，以副朕委任之意。”（《康熙起居注》）施琅上任后，督造战船，训练水师，选拔将才，以全副精力准备征台。他主张以战逼和的方针，采取避免在台湾本岛作战，先取澎湖，逼降台湾的战略。
康熙二十二年（一六八三年）初即有不少澎湖军民归降朝廷。六月十四日（一六八三年七月八日）施琅率兵两万余人，乘战船二百余艘直逼澎湖。为便于指挥作战，每一艘战船的风帆上都写上了主将的名字。郑克塽则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，率二百多艘战舰和近两万人的军队迎战。六月二十二日，施琅率清军强攻澎湖本岛，将水师兵分三路，以总兵陈蟒和董义为左右翼，各率战舰五十艘，分别进攻鸡笼屿和牛心湾，以作牵制；施琅自率战舰百余艘为中路直攻娘妈宫（今澎湖本岛西北角）。施郑两军展开激战，历时七昼夜。施琅右眼负伤，游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进“（《清史稿》）卷二百六十一·兰理传）。清军奋勇大战，击毁郑军战舰一百九十艘，歼灭郑军主力一万二千余人，浮尸遍海，迫使郑军四千二百余人投降。澎湖大战，郑军大败。郑军主帅刘国轩见大势已去，狼狈地只带剩下战船三十一艘，残军数百人，狼狈逃回台湾本岛。台湾内部震动，刘国轩力主投降，康熙大帝乘胜降旨招降。七月十五日，台湾地方当局派人献上地图名册和投降书。八月十三日，施琅率清军登陆台湾岛。
澎湖战败，郑克塽等亦极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。八百名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”（阮锡《海上见闻录》）。郑氏已无抵抗能力，于七月二十七日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。郑氏人众都得已妥善安置。台湾遂告统一。
削平割据后，对台湾的管辖问题提至议事日程，不少大臣认为台湾乃弹丸之地，孤悬海外，宜迁其人，弃其地。但姚启圣、施琅等人坚决反对弃台。施琅因此还上疏康熙，直陈台湾地势地位，认为台是江、浙、闽、粤之左护要地，加上台湾人口密集，发迁徙令必至民众不满。另如不守台，又恐对之垂涎三尺的荷兰人卷土重来。康熙得此切实之陈言，断然决定留守台湾。
康熙二十三年（一六八四年），清廷在台湾始设一府即台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，置巡道一员分辖，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千，分为二营，每营各设游守千名左右官员。康熙任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵官，在杨文魁上任时，康熙还特意面谕：台湾远在海隅，新经底定，彼处新附兵丁，以及土人黑人种类不一，你到任之后，务期抚辑有方，宜用威者慑之以威，宜用恩者怀之以恩，总在兵民两便，使海外晏安……台湾以海洋为利薮，海舶商贩必多，尔须严饬，不得因以为利，致生事端。”自此，台湾结束了由郑成功起历经郑氏家族三代为期二十余年的偏安局面。在清朝中央政府的统一管理下，百官到任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，台湾正式隶属于清朝政府管辖之下，康熙大帝终于实现了台湾与祖国大陆统一的盛世。台湾与大陆的关系亦更加密切，促进了台湾的开发，同时巩固了大清的海防。
§§§第三节 抵抗沙俄 刻不容缓
东北地区，本是大清的“龙兴之地”，皇太极时，即完成了松花江、黑龙江两江流域的统一，使之最入大清版图。而在清军入关定都北京后，广大的东北地区的满洲八旗将士家口和仆人大多从龙入关，广大的东北地区有土无人，成了不设防之地，给了沙皇俄国入侵以可乘之机。抵抗沙俄，刻不容缓！
沙皇俄国本是欧洲的一个国家，与中国并不接壤。但是自明朝万历十年（1582年），沙俄的哥萨克骑兵开始越过乌拉尔山进入了亚洲地区。五年后，他们建立了一座叫做“托博尔斯克”的城堡。成为了沙皇俄国在西伯利亚的扩张基地。明崇祯十六年，当明朝与皇太极统帅的八旗军队，在山海关外激战的时候，沙皇俄国的一直带有侦察小股部队，首次进入了黑龙江流域。顺治六年（一六五零年），沙皇俄国派出了一支七十人的部队，占领了清朝的雅克萨城。八年后，沙皇俄国的军队更是进一步占领了清朝设防空虚的尼布楚城。沙皇多次遣使来华，要求建立外交和通商关系，但因俄国侵占中国领土等问题而遭到清政府拒绝。
康熙二十年（一六八一年），历时八年的“三藩之乱”全部平定。从这时候起，康熙就着手全面加强东北边防，储备粮食，建筑仓库，增加运输船和战舰，设立驿站系统，开辟沟通辽河、松花江和黑龙江的交通干线，并在瑷珲、呼玛尔和额苏里等地建立木城，置兵屯守，以防止沙俄的进一步入侵进行军事上的反击准备。在此期间，康熙皇帝还派官到雅克萨，通过外交谈判手段与俄方交涉，但没有结果。
康熙二十一年（一六八二年） 春天，康熙皇帝还亲自出巡东北，视察盛京和吉林乌喇等地的军事防务，做好抗击沙俄侵略军的充分准备。
康熙二十四年（一六八五年）四月二十八日，康熙帝下令都统彭春、副都统郎坦、黑龙江将军萨布素、建义侯林兴珠等，统领满、蒙、汉、达斡尔人组成的军队两千余人，分水陆两路军进取雅克萨城。
康熙二十四年（一六八五年）五月三十日，清军自瑷珲出发，七月二十四日抵雅克萨城下，当即向俄将托尔布津发出分别用满、蒙、俄三种文字书写的通牒，命令他们立即从雅克萨城撤走。俄将托尔布津不从。七月二十六日清晨，俄军发起进攻。他们从上游乘筏赶到雅克萨增援，持兵器来犯，中国士兵“直跃上筏”，把他们全部歼灭。当晚清军开始攻城，一面“于城南进兵，设挡牌土垄，施放弓弩”，一面“潜进红衣炮于城北攻之”，并“于两翼设神威将军炮夹攻”。同时，彭春、郎谈等还在城东南江面密布战船，以防敌人从水上逃走。经过彻夜激战，沙俄侵略军死伤累累，力竭势穷。七月二十七日清晨，郎谈又下令在“城下三面积柴，将焚城”。托尔布津走投无路，出城到清营乞降。托尔布津撤出雅克萨城退到了尼布楚。
原本在当地各族部民的帮助下收复了雅克萨，可是雅克萨收复后，清军焚毁堡垒后没有派兵驻守即撤出了雅克萨城，退到了瑷珲等地。
俄军撤到尼布楚后，派人前来侦察雅克萨城，获悉清军已全部撤走。同年六月，托尔布津带领七百余人，携带大炮和弹药重新窜回雅克萨城。他们重建被毁的雅克萨城，四周围以方形土墙围住，宽四俄丈，高一俄丈半，上面架设大炮，城堡中修盖了火药库、军需仓库和粮仓。城外挖壕，壕外竖栅，直到江边。俄军的这一背信弃义的行为引起清廷的极度愤慨。康熙二十五年（一六八六年）三月，康熙皇帝命令清军再次讨伐。
康熙二十五年五月二十八日，黑龙江将军萨布素等率军两千余人，分水陆两路，又一次重重包围雅克萨城，再次发动自卫反击战，勒令沙俄侵略军投降，但托尔布津不答理。清军考虑到沙俄侵略者必死守雅克萨，等待援兵，且考虑隆冬结冰后，舰船行动、马匹粮秣等都会引发不便，于是在清军在城外“掘长堑，立土垒以围之”，断绝城中水源。俄军多次想冲出城外，企图夺围，都被清军逐回。清军又用大炮猛攻敌堡，致敌以重创。这一年九月，托尔布津被清军炮弹击中腿部毙命，改由杯敦代行指挥，继续顽固抵抗。不久，严冬来临，俄军困守孤城，饥寒交迫，加之坏血病流行，死者遍地。到一六八七年初，826名俄军仅仅剩下150人，到春天又减至66人，再也无力抵抗。当时还很贫弱的沙俄一时无力大规模用兵，不得不接受清朝提出的和平建议，决定同清政府谈判。康熙接受了俄国的议和请求。
康熙二十七年（一六八八年）五月，康熙皇帝派遣索额图前往外蒙古同沙俄谈判，沙俄暗中驱使噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，因溃卒弥漫山谷，使团无法行进。经奏准，使团回京，并告俄方。由于当时出现了蒙古噶尔丹的这次严重威胁，康熙皇帝希望与沙俄迅速缔结和约，又指示可以把尼布楚让给俄国。
康熙二十八年（一六八九年）四月，索额图再次前往尼布楚，俄国则派出以戈洛文为首的使团，经过激烈谈判，索额图按照康熙帝旨意，做出一定让步，中俄双方代表于七月二十四日（九月七日）在平等基础上进行谈判，签订了《尼布楚条约》。划定了中俄东段边界。沙俄同意把侵入雅克萨的军队撤回本国，清朝同意把尼布楚一带原属中国的地方让给俄国。在准备谈判过程中，康熙皇帝曾指示中国的代表坚持收回包括尼布楚在内的被沙俄侵占的全部中国领土，说：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯。”（《清圣祖实录》）清军在雅克萨之战中取得胜利，迫使沙俄政府同意通过谈判解决两国边界问题。当然我们不能说《尼布楚条约》是中国用武力强加给俄国的不平等条约。因为第一，它是双方通过平等谈判，中国作了让步才签订的；第二，当时在沙俄占领的尼布楚城下谈判，根本不存在中国武力的威胁；第三，条约的内容基本上反映了两国政府的主张，并符合双方的利益。
根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定；此外雅克萨地方俄人所建城堡须尽行拆毁；以后双方不得收纳对方逃亡人口，拿获后即遣返；双方进行贸易互市；两国永敦邦谊等。
雅克萨之战清军之所以取胜，首先是因为战争是正义的，得到了军民特别是边疆地区各族人民的热烈拥护和积极支持。其次是清军从长期的斗争中逐步掌握了边境斗争的经验，采取了有效措施，作了较充分的准备。第三是实行了军政兼施的指导方针， 在以武力为后盾的基础上，先对侵略者严辞警告，警告无效后，才发兵反击。反击时采取先扫外围，然后水陆并进、三面包围、一面堵截、断其外援的战法，迫使侵略军困守孤城而一举攻克之。
《尼布楚条约》亦是中国历史上第一个同外国签订的平等条约。此后，俄国多次派遣使节和商队来到北京，清政府还在北京建立了俄罗斯馆供俄人居住。这是中国人民在辽阔的东北边界为保卫边防而进行的长期反复斗争的一次振奋人心的胜利，它挫败了沙俄妄想跨越外兴安岭侵略我国黑龙江流域的企图，遏制了几十年来沙俄对中国的侵略，使清朝东北边境在以后一百七十余年的时间里基本上得到安宁。这亦是康熙帝独立自主外交的一次决定性的胜利。
自《尼布楚条约》签订后，康熙对俄国仍然高度保持警惕，在额尔古纳河、格尔必齐河及外兴安岭等边界处设立卡伦，派兵轮番驻守，不断加强清朝政府北部边疆的防御能力。
§§§第四节 剿灭噶尔丹 稳定西北局势
康熙在位年间，可谓是大事不断，仿佛大事难事特别垂青于这位有着雄才大略的愈战愈勇的皇帝。康熙八岁登基，生母去世，十六岁铲除专权的鳌拜集团，二十岁开始平三藩之乱、历时八年才得以平定，接着又是收复台湾，驱走东北的沙俄侵略者。
好不容易刚驱赶东北的沙俄侵略者，西北又有狼嚎叫着在一步一步逼近。
这匹狼就是噶尔丹，他就是当年准噶尔部首领巴图尔珲台吉（公元1635～1653年在位）的第六子。史书记载，噶尔丹的出生及少年时代充满了传奇色彩：“生而神异，有大志，好立奇功，父母欲立之为洪（珲）台吉”，但他后来却又“髡发为僧”去了西藏。据蒙古文文献记载，公元一六三五年，西藏黄教赴准噶尔的首领温萨活佛曾向巴图尔珲台吉的妻子玉姆夫人许诺，死后将会在她的怀里转世。在温萨活佛圆寂后的第二年，玉姆夫人正巧生下了噶尔丹。这更为噶尔丹的出生蒙上了一层神秘的面纱。在噶尔丹十三岁（一说九岁）时，被认定为西藏温萨活佛的转世，于是被迎请到了西藏。他先是在札什伦布寺拜四世班禅为师，后到拉萨在达赖喇嘛门下学经。由于他禀性聪颖，很得五世达赖的赏识。五世达赖想交他精心培植为一个德高望重的活佛：“达赖喇嘛之徒遍西域，特重嘎尔旦，所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。
但是，在一六七零年，在争夺准噶尔汗位的斗争中，噶尔丹的哥哥僧格（公元一六五三年～一六七零年在位）遭到异母兄弟车臣台吉和卓特巴巴图尔的杀害。死讯传到西藏，达赖喇嘛立即准许噶尔丹还俗，并支持他返回准噶尔掌权，以在卫拉特蒙古中扩大黄教。一年后，噶尔丹自西藏返回准噶尔，并率领僧格旧部与车臣台吉和卓特巴巴图尔联军在阿尔泰山地区展开激战，车臣兵败被杀，卓特巴巴图尔携幼弟达哩及残部逃亡青海，其后裔后来成为青海蒙古的绰罗斯北中旗。
噶尔丹虽然出身喇嘛，却极具军事才干。凡遇战事，他战略战术得当，指挥果断，无所畏惧，身先士卒，奋力拼杀；所以每战必胜，自己则“身不着一矢”，由此树立了崇高威信。他还俗的目的不仅仅是为僧格报仇，更在于缔造一个如成吉思汗时期那样的不依附于任何政治势力的统一蒙古帝国。因此，噶尔丹在掌握准噶尔的统治权后接受了臣僚提出的“近攻计”，对卫拉特诸部和邻近部族发动了一系列征服战争，不断壮大实力。因此厄鲁特蒙古的准噶尔部，到噶尔丹为汗时期，就更加强盛起来，势力亦更加强大了。噶尔丹不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹还运用外交手段与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于康熙二十七年（一六八八年）春率三万精兵东进，对喀尔喀蒙古发动了突然袭击。噶尔丹这次发动东侵喀尔喀的战争，正是受到沙俄暗中驱使的，沙俄还通过贸易给了噶尔丹大量火器的支援。不久中俄战争爆发，因此还曾干扰中俄尼布楚谈判，直接影响到中俄边界的划定，让清廷对俄做了让步，损失不少领土以抑换取沙俄不支持噶尔丹，噶尔丹暂时退兵。
康熙二十九年（一六九零年）五月噶尔丹在沙俄的支持下，自科布多起兵，向内蒙古大举进攻，于六月直抵距京师350公里的乌兰布通。康熙皇帝了解到噶尔丹无意和解，便决定亲征噶尔丹。康熙分兵两路，左路由抚远大将军硕裕亲王福全统率，出古北口；右路由安北大将军硕恭亲王常宁率领，出喜峰口。康熙自己则亲自率大国舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠等人及士兵在后面压阵。右路军先遇敌，打了败仗，噶尔丹长驱直入进入了离北京只有七百里地的乌兰布通。而康熙此时水土不服，不得不因染病而回銮，但康熙帝之福生左路军部署严密，准备充分，清军战术得当，取得了乌兰布通之战的胜利。但因福全中了噶尔丹的缓兵之计（噶尔丹见清军力量强大，当时即派喇嘛来清营求和，而自己则带残兵逃至漠河），坐失战机，这一次没能达到全歼噶尔丹势力的目的，让噶尔丹逃跑了。噶尔丹逃跑后，表面向清廷表示屈服，而暗地里却招兵买马、煽动叛乱，还扬言向沙俄政府借到了六万鸟枪兵。根本不接受康熙想与他订立盟约的召见。康熙帝认为：“噶尔丹穷凶极恶，不可留于人世，一刻尚存，即为生民之不利，务必剿除”。 康熙遂决定第二次亲征噶尔丹。
康熙三十五年九月十九日（一六九六年十月四日），康熙帝再度出塞率军从京城出发前往呼和浩特，开始第二次亲征噶尔丹。出发前他多次听说噶尔丹生计艰危、难以存活的消息，因而这一次以招降作为制伏噶尔丹的重要手段。康熙在出征的第二天驻跸南口时，就亲自修订招降噶尔丹书，印三百份，沿途广为散发并派人送给噶尔丹。招降书这样写道：
今朕躬复统军而出，各处亦调兵为备。尔等既失妻子、马畜、什物，无衣无食，穷困已极，更无所之，天时渐寒，死在旦夕。朕不忍视尔属众、妻子仳离寒冻而死，特降敕招抚。尔等果悔前愆，能来归命，朕不分异同，无不豢养，俾得其所。尔属下众人亦得见其妻子，各安其生。朕断不念尔等后作之孽。倘犹迷而不从，试熟筹尔等长久之策，有能收纳汝等而活之乎？尔等已无所归，各当来降，朕必使尔等富贵，咸得其所，毋疑毋惧，特谕。
然而康熙帝信即使如此有诚意，但噶尔丹不会轻易相信。但这封语气真切、措辞严密的招降书对于身临困境的噶尔丹属众却颇具有感召力：“若数遣人招抚，则噶尔丹虽不即降，其部落必自溃散，众归附于我矣”。
这一年的九月二十三日，在沙城堡康熙帝得知副都统祖良壁于喀尔喀西部的翁金河击败噶尔丹侄子丹济拉抢粮兵队后，说：“噶尔丹穷蹙已极，虽不即征讨，亦必殒灭”。二十六日，驻跸下堡时，收到喀尔喀多罗贝勒根敦代青招抚噶尔丹属下60户，斩杀40余人，又招抚进贡噶尔丹之乌梁哈人160户的捷报，兴奋地说：“噶尔丹灭亡当必甚速，事已底定”。
正当形势十分有利于清军进剿噶尔丹时，康熙帝却主张停止进剿，认为噶尔丹迁徙至波罗乌纳罕、空根渣巴哈等地过冬，而这些地方距卡伦有四十余日之程，清军断不能到达噶尔丹所居之地，并强调：“此时，惟有遣其来降之人接踵前往招抚余众，令其散尽为上计耳”。由此可知，他还是把希望寄托于招降上，无意主动进剿。
十月十三日（11月7日），康熙帝一行浩浩荡荡进入呼和浩特。呼和浩特副都统阿迪率官兵、市民及喇嘛迎接。康熙帝游览了陀音库图克图庙、西勒图库图克图庙和默尔根绰尔济喇嘛庙等著名黄教寺院。康熙帝在呼和浩特驻跸11天，集中精力部署有关军政事宜：一、筹备粮草。责成于成龙、王国昌等官员给驻守在汛界的大将军费扬古军队运送粮食。遂于成龙出骆驼40峰，李鈵、喀拜各30峰，王国昌、喻成龙、辛保、范承烈各25峰，用于驮运粮食；二、增调兵力。命令内大臣吴巴什率500名察哈尔兵，携带两个月糇粮赴费扬古处以充实前线兵力；三、堵截噶尔丹。康熙帝认为：“噶尔丹窘迫已极，必亡命走哈密，继而逃往西藏”，因此命令清军严防哈密一带各口以捉拿噶尔丹。昭莫多之战后，一等侍卫阿南达仅率250兵布防哈密一线诸口数月，所携口粮早已用尽，他请求朝廷急拨兵丁、粮草。康熙帝命令西安将军博济率2000兵赴阿南达处布防。同时从肃州调集绿旗兵2000人到额济内、昆都伦等处驻防。这样，哈密以北各口防务显著加强，部署兵力约达5000人。
从以上军事部署中不难看出，康熙帝全力封锁噶尔丹逃往西藏的所有路口，并在边境沿线严密布防，以待噶尔丹前来时即行剿灭。由于清军越严防死守，噶尔丹越因无机可乘而不敢前来防线。实际上，康熙帝在被动的等待中失去了及时追灭噶尔丹的有利时机。
康熙帝坚信噶尔丹窘迫已极，必会来投诚。从喀尔喀各地探哨归来之诸王、贝勒、台吉等向康熙帝奏言：
我等在军前知之甚详。噶尔丹信息今已急迫。噶尔丹所居之地原系我等所居，极其寒洌。所食者虽无，犹可食人马之肉，至衣服无有，一夕遭遇极寒，惟有冻毙而已。
康熙帝觉得趁此机会频繁遣人招降尤为必要。十月二十一日，使厄鲁特俘虏曼济携带康熙帝致噶尔丹招降书遣回准噶尔部。这次招降书着重强调要遣回愿归之厄鲁特俘虏、降人，不愿归者使其各得生养，皆富贵之，以宽容和优待吸引厄鲁特部众。并敦促：“噶尔丹博硕克图汗、丹济拉等可领余众，作速来降，朕必令尔家富身荣，各遂生养”；二十六日，遣和硕扎萨克图亲王之长史马尼图等赍敕前往噶尔丹侄子阿喇布坦和丹津俄木布处进行劝降。敕曰：
尔阿喇卜滩、丹津鄂木布前虽附噶尔丹，然皆非昌乱之人。今投附之人皆云，尔等与噶尔丹分析各居。朕嘉尔犹知天道，能自振拨怜。尔之马畜等物被掳，衣食已绝。特遣和硕扎萨克图亲王之长史马尼图、多罗郡王昆都伦博硕克图之乌勒木济、多罗郡王墨尔根济农之阿玉西，又尔属下之喇嘛罗卜藏班珠儿亦愿招安尔等，今同持谕前往。敕书一到，著即率尔部落来降。前此依附噶尔丹博硕克图汗之咎概不介意，必待尔以富贵显荣，尔之部落亦使各得生业，妻子完聚，从容度日。丹巴哈什哈等朕尚怜恤，使之富贵，况尔等乎！
特意强调如果噶尔丹不前来投降，必追灭之，而阿喇布坦、丹津鄂木布若离开噶尔丹投奔与清朝尚有往来的准噶尔部另一首领策妄阿喇布坦就不予深究，二者之间栖身苟免则断不姑容，必行剿灭。康熙帝通过不断遣返厄鲁特俘虏、降人，分化噶尔丹属众，使他们陆续归附清朝。
十一月底，噶尔丹亲信大寨桑吴尔占扎布之母齐布冈查被遣回来劝降噶尔丹。吴母在昭莫多之战被俘，因身份特殊而受到皇太后的设宴招待，其他内大臣也纷纷设宴压惊。康熙帝亲自接见她并赐给佛尊、黄袍、凉帽、数珠、小刀，使老太太受宠若惊，深感皇恩浩荡。康熙帝令她回准噶尔部劝降噶尔丹及诸寨桑。她愉快地接受这一重要使命踏上归途，到达噶尔丹驻地后，依仗自己身份大赞清朝富足强大、康熙对厄鲁特俘虏的宽厚优待，劝说道：“皇上之英明、国之富饶，言之莫尽。倘无命则已，有命则皆享安逸耳。”并指责、劝说噶尔丹：“由于你的罪过，致使众生灵四散，遭受苦难。你若知错而去寻圣主，便可使众人幸福矣”。噶尔丹十分尴尬：“这些都是我之过也。”但噶尔丹没有接受母亲的劝说。吴尔占扎布母亲的安全归来及其对清朝的由衷赞美，使众寨桑惊叹不已，说：“圣主如此贤明，使敌国离散之母子、夫妻团聚，恩养投去的厄鲁特人”。可见他们对清朝的好感油然而生。
继吴尔占扎布母亲之后，康熙帝又把昭莫多之战中被俘的厄鲁特人曼济放归准噶尔部。曼济也给噶尔丹带来了许多新的消息：康熙帝在呼和浩特一带行猎；清军不断加强沿边布防；丹巴哈什哈、查干席达尔哈什哈、沙克珠木等投附清朝之厄鲁特贵族均被擢为内大臣并住北京；很多厄鲁特人投附清朝后被妥善安置等等。噶尔丹听完这些对他无一利的消息，沉默寡言。众寨桑的心理防线则开始动摇，诺颜格隆说：“仁圣太平皇帝断断宽宥我等而恩养之，可信乎？”在回归人员的不断影响下，很多人认为投奔清朝才不失为一条生路，都决然离开噶尔丹投奔清朝。康熙帝的招降措施初见成效。
康熙帝驻跸呼和浩特期间，工作也是夜以继日，他致皇太子信中说：“此数日，自早至夜，分无有暇”。上述事宜在北京也可以办理，那么为什么动用众多人马，耗费巨额粮草，亲临塞外呢？其中有两个原因值得注意：一、呼和浩特不仅为塞外名城、交通枢纽，更重要的是它与噶尔丹的距离比北京近得多，所以康熙帝驻跸呼和浩特办理剿灭噶尔丹事宜实属方便，“朕来归化城者，一则巡阅地方且近厄鲁特降人，相机调度”；二、康熙帝率兵出塞，对噶尔丹属众能起到威慑作用。困境中的很多厄鲁特人无疑感到与其让清军前来剿灭，倒不如先去投附，他们纷纷前来投诚，与康熙帝出塞不无关系。
完成部署后，康熙帝离开呼和浩特前往鄂尔多斯，一边等待噶尔丹的消息，一边在土默特、鄂尔多斯地区打猎消遣。不久，康熙帝的军政措施出现反应，严密封锁使噶尔丹处境更加窘迫，属众对他失去信心，转而投奔清朝，清朝劝降之使纷之沓来，加剧了属众的奔逃。大寨桑土谢图诺尔布带领属下八十人投奔清朝，这在众寨桑中引起轩然大波，他是自昭莫多之战后准噶尔部投附清朝的最大人物。
此时，噶尔丹面临两大难题：一、属众奔逃不止，力量日益减弱；二、康熙随时直驱而来攻灭自己。于是他采取兼顾二者的应付办法，即诈降。通过诈降，一方面蒙骗属众，制止奔逃，以保存力量；另一方面欺骗清军，阻止前来，以求脱身之法。十月十二日，噶尔丹从驻地通齐尔，派遣寨桑格垒沽英出使清朝实施诈降。十一月十七日，使者一行来到边地后，费扬古派人送往康熙帝驻地。十一月二十五日，格垒沽英到达康熙帝在鄂尔多斯的行猎营地胡思泰，递交噶尔丹致康熙帝书。此书只简单回顾了准、清、藏、喀尔喀之间历史关系，对解决眼前清准关系没有提出任何具体建议。然格垒沽英同康熙帝的谈话内容却极为具体、生动。康熙帝致皇太后的信中详细描述自己与格垒沽英的谈话：
其言，土谢图诺尔布投附之后，噶尔丹已知自己败坏终结，召丹济拉等众寨桑议时，众言眼下俱知我等穷困异常，必败无疑，故我国为首寨桑屡屡逃亡内附，下边人等也无一日不往逃者。今若不往圣主投附，当往何处耶？若有地方收容养育我等而可图一事，我等将随汝而往，否则不相随也。噶尔丹无奈而遣我来。临行前，噶尔丹、丹济拉摒其左右而使我入内面谈。他言，我所行之事，由始有误，而致今日。尔到彼处，应视其大臣之情形，若其有养育我等形状，吾将前往投附矣。吾屡做使臣，故教之于彼等是否言语答对稍硬或稍谦等后，噶尔丹、丹济拉曰，吾等无投身之处，只求保全性命耳，如何能出微小不逊之词耶？尔将遵旨而行，勿出不逊之词。退出后，丹济拉单独嘱我曰，此次出使，关系我残留之微少厄鲁特之生死。尔将勉之慎之。又阿巴寨桑、车凌奔寨桑握手曰，速去速回，吾等侯尔消息，也将往寻圣主也。尔之妻子吾等予以关照。当问格垒沽英在彼何以为食？
言，在萨克萨图古里克等地野兽丰富，吾之众人若获得野兽，当食兽肉，野兽无获，杀马而食。现已鸟枪药尽而以捕兽器打牲。地苦寒，常有冻馁者。吾行时已到十月十二日，现当有许多死者矣。我们厄鲁特多难，生命不息，持至今日矣。言罢泪出。噶尔丹对众人言，天下之人不尽相同，太平皇帝乃不寻常之人，其恩惠居然达于敌国矣，我当携国人，一同前往归顺圣主。言罢叹息不止。观此情由，其归附之情非常真切。臣窃思，仰赖天恩，大业得以完成矣！
可见，噶尔丹精心策划的一场骗局，经格垒沽英精彩表演，居然初获成功，使康熙帝坚信噶尔丹欲降是真。作为使臣格垒沽英出色地完成了噶尔丹交给的使命，达到了欺骗康熙的目的。然而格垒沽英在鄂尔多斯受到康熙帝的亲切接见和细致关照，被康熙帝的热情和宽厚深深感染，投归了清朝，还表示愿意回去说服噶尔丹投归清朝。
清军前线统帅大将军费扬古则用敏锐的眼光识破了噶尔丹投降骗局。他于十一月二十六日，向康熙帝发来密折分析噶尔丹诈降之状曰：
噶尔丹原乃奸穵之人，见不能保护伊所余之数人，遣格垒沽英都喇勒等二十五人，以遣使为名，蛊惑伊之属下，暂且安抚人心。格垒沽英都喇勒等返回后，胡乱编造种种谎言，安定人心，以求脱身远遁隐匿，不可料定。既然如此，将噶尔丹所遣之格垒沽英都喇勒等带入，暂停遣返，使噶尔丹以下之厄鲁特人惊惶猜疑。并建议：“必精选马匹，交付干练之人，进剿噶尔丹。
然而，康熙帝不仅没有采纳费扬古的正确意见，反而压服费扬古，统一君臣意见，并于十二月二日（十二月二十五日），遣回格垒沽英，限噶尔丹七十天内亲自来降，否则“朕啮雪往讨，断不中止”。放弃进剿的康熙帝在格垒沽英起程后也踏上归途，于十二月二十日（一六九七年一月十二日）回到北京。康熙帝第二次亲征虽然没有达到消灭噶尔丹的目的，但一系列军政部署并没有因他回师而发生变化，清朝对噶尔丹的封锁依然严密；招降、瓦解措施日见成效。因此前来投诚之厄鲁特人络绎不绝，到康熙三十六年（一六九七年）二月中旬时，噶尔丹部众已逃散殆尽，其身边不足一千人，噶尔丹也丢弃佛像、经卷，仅率二十余骑逃脱。这一次，噶尔丹精锐丧失殆尽，集团也土崩瓦解，可谓危在旦夕。康熙帝要他归降，但噶尔丹不甘心失败，继续不断制造各种麻烦，于是就又有了康熙的第三次亲征。
康熙三十六年（一六九七年），康熙帝又带兵渡过黄河亲征到达克鲁伦河北岸的托诺山。在天山脚下的天山寺，还留下了一段流传千古的故事。
据说，康熙身上带着一份从来秘不示人的“皇舆全览图”，这是一份在当时世界上居第一流水平的军事地图，凭借这份地图，康熙运筹帷幄，百战百胜。但是尽管如此，遇上西北凶险的黄沙扑面的大风天气，康熙的北伐大军还是迷了路。天近黄昏，抚远大将军费扬古忽然发现，风沙渐渐平息，一座金碧辉煌的喇嘛寺奇迹般地立在前面山谷中。他决定请圣驾在寺中下榻，休息一夜，第二天一早再行军。康熙同意了费扬古的禀告，传旨命大军就地安营扎寨，自己四处巡查，待将士们立帐安营，支锅垒灶，吃罢了晚饭，才来到天山寺前。
这时，天色已晚，寺庙内外灯火通明，费扬古和一群迎驾的喇嘛，正规规矩矩地站在寺前恭候大驾的到来。领头的喇嘛手捧一条“浪翠”献给康熙。康熙谦和地接了过来，命侍卫取出一条丝带，还赠喇嘛，互换了祝福吉祥如意的哈达。并吩咐侍卫们说：“朕下榻寺庙，任何人不得入寺骚扰，更不得影响喇嘛敬佛诵经，违旨者，依法论处。”说罢，在费扬古将军的护卫下，步入寺庙。
天山寺寺内殿阁错落，正檐宇脊纵横，飞殿殿门大敞，里面可见一座巨大的镀金佛像，像前供品罗列，香烟缭绕。一个身披黄袈裟、手持禅杖的大喇嘛，立于殿前。见康熙到来，大喇嘛猛地抬起头来，斜视康熙，两眼射出可怕的凶光。直视了好一会儿，他才低眉垂首，向康熙施礼，将康熙带到西殿，自己告退走了。大喇嘛刚一退出西屋，费扬古就对康熙说：“万岁，我看那番僧不是什么好东西，他竟敢斜视万岁，国法难容，真想一刀砍了他！”康熙手轻轻一挥说：“万万不可鲁莽行事，边陲番僧，不识礼法，亦不得苛求！”费扬古“喳喳”应诺。
康熙盥洗用膳后，费扬古又随侍他去正殿拜佛。众喇嘛正分四列趺坐诵经，就在康熙拜佛时，费扬古发现有微尘从殿梁之上悠悠飘落，心中一惊。暗自向上窥视，却又不见有何动静。再看众喇嘛中，已没有那个傲慢的大喇嘛了。费扬古心知不正常，便抽身出殿，身子轻轻一纵，跳到正殿屋檐上。他伏身殿脊，借着星光，四下察看，见一黑影，从东配殿跃到万福堂的房顶上。费扬古哪敢怠慢，急忙跳下地去，溜着墙根儿，轻移脚步，紧紧跟到万福堂窗下。这时只听一声咳嗽，就见那个大喇嘛手挂念珠快速地走出了堂门，那堂上黑影也轻轻落下，两人一晃便不见了。
费扬古感到十分蹊跷，又轻轻溜回东配殿窗下，向里一看，不看则罢，一看吓了他一大跳，他发现那大喇嘛又到了东配殿中。正巧这时，传来一咚咚咚的脚步声，费扬古连忙闪过一边紧盯着里面的动静。原来是一个手端茶盘的小喇嘛走了过来，盘中放着两只杯子。小喇嘛把茶端进东配殿，放在大喇嘛面前的桌上，就听大喇嘛悄声说：“去吧，外面有什么风声，速来报我，如有差池，小心你的脑袋！”小喇嘛把小嘴儿一噘，哭丧着脸应了一声，走出来了。费扬古悄悄跟定小喇嘛，走到偏僻黑暗处，利落地抓住了他，将刀背卡在他的脖颈上，厉声轻喝：“不许吱声！”就把小喇嘛像提小鸡儿似的，拎到后院西北角的墙角旮旯处，逼问说：“说实话，为什么一人喝茶，要送两个茶杯？那个人是谁？”
小喇嘛吓得哆哆嗦嗦的，半天说不出话来。这时，天上一道流星晃过，借着这道闪烁的星光，小喇嘛忽然认出来，这位拿刀的人，原来就是白天跟在皇上身边的大将军。他又惊又喜地说：“将军请放手，我告诉您是怎么回事。刚才坐在东配殿里的虽然只有一个人，其实殿东夹壁墙里，还有一个人！”
“谁？”
“是俄人派来的刺客！”
“刺客？他要刺杀什么人？”
“要杀皇帝！”听到这里，费扬古大吃一惊。小喇嘛急忙又说道：“实话告诉将军吧，我们寺的大喇嘛，是噶尔丹的养的一条狗，名叫突米契列儿。三天前，噶尔丹率兵来到天山寺，杀死了我师傅，留下这两个贼人，一明一暗，明的冒充大喇嘛，暗的藏在夹壁墙中，单等夜静更深，杀死皇上，举火为号，引来噶尔丹伏兵，将清军一举歼灭。将军如能杀死贼人，为我师傅报仇，全寺的喇嘛都会感恩不尽啊！”费扬古见小喇嘛眼中闪着泪花，言词恳切，便知他说的是真话。嘱咐他不要惊慌，以免打草惊蛇。
扬古不动声色地回到正殿，伺候康熙回西殿安睡。康熙就寝前，费扬古高声说道：“万岁爷早点歇着吧，奴才也睡觉去了。”说罢，用脚跺踏了几下地，制造了自己已走的假相。随后一转身，藏在了康熙睡榻后。康熙自己也当他真的走了，也并没在意，灭了灯，睡了。大约到了三更时分，只听“咯吱”一声，西殿东墙上倏地开了一道暗门，一个黑影从暗门中跳了出来，悄悄逼近康熙榻前。费扬古见那黑影跟前带着一道寒光，知是凶器，“嗖”地一下从榻后跃出，手起刀落，黑影还未醒过味来早已人头落地。屋中的惨叫声，早惊动了门口的侍卫，康熙也被惊醒了，举灯看时，被费扬古杀死的刺客果真是个黄头发蓝眼睛的大个子俄人。
这时，假大喇嘛也赶来了，一看刺客被杀，假作不知，装出一副咬牙切齿，痛恨贼人的样子。费扬古二话没说，上去就是一刀，把假大喇嘛突米契列儿也给砍了。康熙不知就里，见费扬古擅自杀死大喇嘛，还大动肝火，怒气冲冲地说：“费扬古，你的胆子也太大了，竟敢公然违抗朕的旨意，杀死住持，该当何罪？”费扬古赶快跪下，把事情原委讲了一遍，又找证人小喇嘛，康熙仍不相信，问道：“如果真大喇嘛被杀，那他的遗体现在何处？”小喇嘛忙说：“现在金佛像座龛下面。”“领朕看来。”小喇嘛引康熙到正殿，费扬古奋起神力，抬起佛龛，里面果然现出大喇嘛的遗体来。这时，众喇嘛也都闻讯赶来，个个痛哭流涕，感谢大清皇帝为寺院除了一害。康熙这才转怒为喜，表彰了费扬古的功绩，当即决定，将计就计，击鼓为令，纵火为号，引诱噶尔丹之军入清兵包围圈中，一举而歼之。
费扬古领旨传令，三军依计而行。噶尔丹见天山寺内火起，以为康熙已被俄人所刺，发兵前来。果然中了埋伏，几乎全军覆没，噶尔丹看着身旁都是士兵的尸体，派出去求和的使者回来告诉他，康熙皇帝已经不相信他的花招了。他挥手将使者逐出，马上像被人抽了筋骨一般瘫软在地，再也不能动弹。过了半晌，能蠕动了，又猛地跳了起来，乱蹦狂笑不止，完全成了一个疯子。本来噶尔丹已经衰弱不堪了，哪里经得起如此折腾，不久就跌倒了。等他再抬起头时，那一双鼓起的金鱼眼睛直瞪瞪盯着康熙所在的东南方向，冒出愈来愈恐惧的光，他双手在肮脏玻烂的羊裘里乱摸一阵，终于摸出一包羊皮包裹的乌黑药末，抖抖索索倒进一只银碗里面，端到嘴边，冲着东南方向哀鸣道：“我……死后也一定要索你……魂灵……”说罢，一狠心将那碗中黑药倒进口中，噶尔丹在众叛亲离下就这样服毒断送了自家性命。康熙帝第三次北征噶尔丹，就这样胜利地结束了。
从康熙三次亲征，我们不仅可以看到康熙的勇敢与治国之勤奋，也更清楚地认识到康熙当时的战略意图和部署，领略康熙作为一名军事家的伟大的一面。历时八年，噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
§§§第五节 用兵西藏，平藏之乱
康熙平藏时已近晚年，他虽不能御驾亲征，但任命皇十四子允禵为抚远大将军，统帅西北诸军平叛，实现了朝廷直接控制西藏地方政权。
噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，仍然野心勃勃，完全仿效噶尔丹，一心想吞并新疆与青海诸部。康熙三十七年，他以种种借口进攻哈萨克头克汗，占领了哈萨克所属的东南部。康熙三十九年，他又进攻噶什喀尔，夺取了新疆南部。康熙五十六年，他还派兵侵入西藏，在西藏大行屠杀，抢劫财物，毁坏非黄教寺院五百多所。拉藏汗奏书朝廷请求援助。
对清廷来说，准噶尔始终是心腹之患。清廷接到奏报后，即于康熙帝五十七年（一七一八年）五月，派侍卫色楞统率大军入藏，征剿准噶尔部。
康熙晚年对西藏问题也倾注了许多心血。清兵入关以前，蒙古势力就已进入西藏。为了孤立策妄阿拉布坦，康熙积极联合青海蒙古王公。凡是归顺朝廷的，都加官进爵，很多地方官员都纷纷归顺。
明朝崇祯年间，西藏内部黄、白两派喇嘛教斗争激烈。黄教领袖五世达赖和四世班禅派人去青海，请求在那里游牧的蒙古和硕特部顾实汗支援。顾实汗率领兵骑进入西藏，肃清了白教势力，从此便留在拉萨。这样，蒙古和硕特部和达赖喇嘛、班禅喇嘛便一直共同掌管着西藏的政教大权，清朝政府统一全国以后，很注意团结达赖和班禅两位黄教活佛。顺治九年，福临邀请五世达赖喇嘛来到京城，盛情款待，册封五世达赖为“天下所有释教首领达赖喇嘛”。从此，历世达赖喇嘛都必须经过中央政府册封，并成为一项制度。康熙五十二年，康熙皇帝康熙又册封五世班禅喇嘛为“班禅额尔德尼”，也规定以后历世斑禅都必须经过中央政府册封。
康熙帝册封五世班禅谕旨
达赖和班禅喇嘛并不亲自处理西藏政事，在达赖喇嘛之下设有第巴一职，总理全藏政务，西藏百姓称第巴作藏王。康熙年间，第巴桑结是一位很有野心，也很有能力的藏人。他修建拉萨布达拉宫，整理藏医、藏历，对西藏文化建设有过一定贡献。桑结不满意蒙古和硕特部长期占领西藏，干涉西藏事务。当时和硕特部首领已经是顾实汗的孙子拉藏汗了。拉藏汗效忠清朝，同清朝中央政府保持频繁的联系。桑结便转而采取反清立场。在准噶尔叛乱期间，桑结勾结噶尔丹，反对清朝政府，阴谋自立。康熙廿一年，五世达赖罗桑嘉措在拉萨布达拉宫圆寂，桑结为了控制局势，秘不发丧。时隔十四年以后，康熙三十五年，康熙亲征噶尔丹时，才从俘虏的西藏人口中知道此事。康熙异常震怒，致书桑结，严词责问。桑结迫不得已，才承认此事，并向清朝政府请罪。
康熙三十六年九月，第巴桑结为五世达赖罗桑嘉措治丧，并且宣布五世达赖的转世灵童已经找到。按照西藏制度，尚未即位的达赖或班禅，都要认请对方担任教师。新的达赖已在札什伦布寺接受五世班禅罗桑益喜的教育。桑结请求清朝政府承认和册封六世达赖。达赖在西藏人民和蒙古贵族中享有至高无上的威望。康熙考虑当时清朝对西藏的统治还很薄弱，便同意了桑结的请求：敕封六世达赖。这年藏历的燃灯节（十月），六世达赖仓央嘉措被迎到了布达拉宫，正式坐床（登位）。六世达赖仓央嘉措实际上是桑结手中的一个傀儡，和硕特部拉藏汗不愿承认，双方的矛盾日益尖锐。
六世达赖仓央嘉措是一位才华出众、聪明颖悟的诗人，但却算不上虔诚的佛教徒。藏文史料描绘他：“身穿绸缎衣衫，手戴戒指，头蓄长发，终日醉心于歌舞游宴。仓央嘉措厌倦布达拉宫里的清教徒生活，一心追求放荡、自由的爱情。他甚至捧着僧帽僧服，跪在札什伦布寺外面，请求他的师父五世斑禅罗桑益喜让他还俗入世。仓央嘉措这种惊世骇俗的举动，给和硕特部拉藏汗造成口实，拉藏汗报告康熙皇帝，断定新达赖不是真正五世达赖转世，否定他的合法性。拉藏汗还在民间散布流言，说第巴桑结是五世达赖的私生子，借此打击桑结在西藏的威望。两人的仇恨愈结愈深，终于在康熙四十四年爆发了一场军事冲突，结果第巴桑结被迫退位。康熙四十四年，双方再度发生战争，桑结手下十三万藏兵被蒙古和硕特骑兵打败，桑结遇害。杀死桑结的才旺甲茂是拉藏汗的妻子，桑结旧日的情人。
蒙古和硕特部拉藏汗再次控制整个西藏，康熙本来就倾向拉藏汗，于是嘉奖了他。康熙命令将六世达赖仓央嘉措解往北京听候处置。康熙四十五年五月，仓央嘉措在拉萨成千上万僧俗百姓依依不舍的相送下，离开了西藏，在途经青海湖畔时，这位年仅二十四岁的西藏杰出的诗人，终于被拉藏汗手下的人杀害了。不过，关于他的死，在西藏流传着许多种不同的说法。
西藏在和硕特部重新控制下的时间并不太长，因为蒙古准噶尔部策旺阿拉布坦一直窥伺着这块土地。为了笼络拉藏汗，策旺阿拉布坦娶了拉藏汗的姐姐为妻，又招了拉藏汗的儿子丹衷为婿。然而，康熙五十五年冬天，策旺阿拉布坦出其不意，命令他的弟弟大策凌敦多布，领着精兵六千，翻过闻南雪山，到达西藏。准噶尔的骑兵部队攻占了拉萨，包围了布达拉宫，杀死了拉藏汗夫妻。
策旺阿拉布坦给西藏人民带来了灾难，同时，对清王朝也构成严重的威胁，眼看西部边陲分裂割据的烽火再次腾起。康熙这时已经年过花甲，亲征和出巡都是可望而不可及的事情了，然而他认识到事态的严重。康熙五十六年，康熙任命富宁安为西讨靖逆将军，从新疆巴里坤进攻乌鲁木齐，动摇策旺阿拉布坦的后方。康熙五十七年，康熙诏令西安将军额伦特、侍卫色伦，从青海西宁出兵西藏。但准噶尔兵佯败佯退，诱其深入；色伦有勇无谋，轻敌冒进，不知敌情，不适气候，遭遇伏兵，突围不成，相持月余，弹尽粮绝，于九月中全军覆没，色伦等阵亡。这次因轻敌又失败，为清军再次进藏，提供教训。
两次败北，给晚年的康熙打击很大。朝廷中有人提出退兵西藏的主张。康熙虽然已经进入老暮之年，但励精图治的精神并没有减退。为了维护国家统一，安定西藏地方，康熙五十七年，康熙任命皇十四子允禵为抚远大将军，驻军西宁，统帅西北诸军，待命进藏平叛。同时提升年羹尧为四川总督，驻军成都，以备接应。准备就绪以后，康熙五十九年（一七二零年）正月，康熙帝不顾一些人的反对，毅然决定：派皇十四子胤祯为抚远大将军，统率三路兵马，动员号称三十六万之众，进军青海，指向西藏，希望一举解决西藏问题。又着派川军护军统帅噶尔弼，自打箭炉出兵，由四川进攻西藏；着派西宁清军都统延信，自西宁出兵，由青海进攻西藏，迅速合围夹击大策凌敦多布统领的蒙古骑卒。清军兵锋强盛，川军中一位年轻的汉族将领岳钟琪，在战斗中表现得十分英勇顽强，他率领不多的绿营兵，从打箭炉打到巴塘，又从巴塘进兵察木多，最后直抵拉萨，准噶尔军势大衰，加上藏人对准部残虐的不满，策妄阿拉布坦所遣将领策零敦多布等力竭势穷、丧魂失魄，率领残军从原道狼狈逃回伊犁，西藏重新控制在清军手中。
《清圣祖实录》卷二九一记载当时拉萨僧俗欢迎清军到来的场景：“男女老幼，襁负来迎。见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器 ”。此后，清政府分兵驻藏，并任命康济鼐和颇罗鼐二人分理前后藏事务。
康熙五十九年九月十五日，清军都统延信遵照康熙旨意，代表清朝中央政府，在拉萨布达拉宫，齐集满汉大臣、蒙古各部首领、西藏众喇嘛、贵族等，为七世达赖举行坐床大典仪式，册封其为“宏法觉众第七世达赖喇嘛”。七世达赖坐床这天，拉萨风和日丽，象征着西藏社会秩序又暂时获得了安宁。
接着，清廷对西藏进行了军政制度改革。在拉萨留下三千人的军队驻守。同时还在西藏通往准噶尔的各条要道上设置卡伦，每年夏季组织藏军巡逻。康熙六十年，清廷还在西藏设置了几名噶伦，即政务官员，共同执政，避免了权力过度集中，并对足忠于朝廷的官员授予官衔。同年九月，清廷在拉萨御制碑文，书写自清太宗以来西藏与大清的亲密关系，揭露策妄阿拉布坦的罪行，阐明朝廷驻兵西藏是为了保障人民安危。就这样，大清朝建立了由朝廷直接控制的西藏地方政权。
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