几天后，马在卫生部一位领导的陪同下，到了皮研所筹备办公室。那位部领导向戴正启所长介绍马时，说：“这是马大夫，他是皮肤病专家，专门来参加你们的筹建工作的，将来他就是你们所的高级顾问。”戴正启抬头一看，来人是马，当即和马会心地笑了起来，又对他说：“马大夫您好，您怎么来了，您还记得我们在延安见过面吗？”戴所长伸出手，热情地欢迎马来皮研所工作。
在筹建皮研所的过程中，马常对周围同志说的一句话就是：“三个臭皮匠，顶个诸葛亮嘛！”马当时除了要参加一些专业会议，还常要跟有关的同志们一起研究和确定皮研所具体的工作任务、方向和发展规划。而且他还经常参与皮研所的科室设置、人员配备、设备购置等具体建设方案的讨论。马对周围的人说：“皮研所是我们新中国自己建的，我们要尽可能把它建成一个具有国内先进水平的科研机构。”
1953年底，马以卫生部顾问身份到协和医院的皮肤科，审核该院负责的有关皮研所的筹备项目。别看马平日里跟人都是有说有笑的，但工作起来却从来都是一丝不苟。他对筹备组提出的有关设备和器材药品的规划，都要刨根问底，从数量到质量也都要认真地逐项审核。
1954年，中国皮肤病研究所正式成立。马和戴正启等同志在共同研究后，首先制定了在全国范围内消灭性病的计划。据卫生部当时掌握的可靠资料显示，由于性病的流行，全国边远地区的五十多个少数民族聚集区，都不同程度地出现了人口锐减的情况。为了治疗少数民族地区的性病，马在皮肤病研究所成立后，每年都要带着医疗小组到少数民族地区，特别是到内蒙古和一些最偏僻的山区，去消灭性病，而且每次走都差不多要两三个月。马当时所带领的医疗小组，每个小组大概有二十人左右。
卫生部当时有几个苏联专家坚持要采用青霉素和砒、铋联合使用的长期治疗方案。马认为长期治疗的方案并不符合中国的国情，中国国土幅员辽阔，而病人分布得较为分散，加之医疗人员少、医药本身也并不充足，如果采用长期治疗的方法，无异于打一场很难取胜的消耗战。虽然从表面上看，病人是在天天用药，但实际上如果使用药量较小，就决定了药品对病毒的杀伤力较弱，而且时间长了病毒还会产生抗药性。所以马和国内一些有名的专家如胡传揆等，都主张让病人使用“大剂量青霉素的十日疗法”，以便能够充分地集中药力，实现突击治疗。
为了向卫生部提供有力的科学依据，证明“大剂量青霉素十日疗法”的可靠性。马和皮研所的同志们制定了完备的下乡计划，并划分小组，确定各组下乡的基本路线、具体地点。还编写了讲义、教材、图谱等文字资料，以便到各地进行普查时，能够更好地宣传性病的危害，并在向群众传授防病知识的同时，迅速在当地培训一批防病的业务骨干。
从1954年起，马带领着医疗小组先后走访了内蒙古、甘肃、青海等少数民族聚居的农牧区，为前两年曾用过“十日疗法”的患者进行复查。为了能够复查到每一个病人，他们常会为走访某一个曾经在两年前用过“十日疗法”的病人，跑上长达十几小时甚至几十小时的路程。
某些地区水质不好，无法保证血清试验的可靠性，马便教大家就地取材，做成了简单的沙滤缸，以保证实验用水。又如检查梅毒螺旋体需要用电子显微镜，但医疗小组去的这些地区，很多根本就还没有通电。马便带着同志们自己动手改造显微镜，采用干电池作为显微镜的电源，以保证复查诊断的准确性。
马带领医疗小组去的那些地方，在五十年代时，都是些生活非常艰苦的地区。尽管马有胃溃疡，牙也不太好，但行动时，他跟小组里的其他人一样，一起骑毛驴、乘小船、住土炕、吃粗粮。每到一处，他还会跟同志们一起装车、卸车，不少时候还会替女同志扛扛行李。
马最了不起的一点，是他的工作方法特别好。每到一个地方，马总要先听听这个县领导的汇报，让当地的地方领导干部感到受重视。另外再把县里的赤脚医生组织成一个训练班，着手在当地培养医生。马对我说：“我们必须这样做，妹子，你知道吗，我们就这二十个人，力量有限，就算累死了、忙死了，在一个县能干什么呢？何况这二十个人不都是医生和护士，现在我们有了当地领导帮我们做后勤，组织培训当地的医生加入我们，我们的力量不就更大了吗？”
当时边远地区许多群众都不肯抽血配合检查。尤其是一些牧民，别看他们常站在科研组的蒙古包或帐篷门口，探着脑袋不断地向里面看，一听说要做抽血检查，他们所有人便都会笑嘻嘻地跑开。每当出现这种情况之时，马常会走出蒙古包或帐篷，向他们“表演抽血”。牧民们看马在抽完血后，仍旧是一派精神焕发的样子，才放心的一个个伸出了胳臂，让护士们给他们做抽血检查。
在少数民族地区工作，马始终强调要尊重少数民族的风俗习惯。医疗队在内蒙古、新疆、青海、甘肃等地区开展工作时，常会遇到牧民用当地的仪式欢迎医疗队。比如在部分少数民族地区，当地居民会以全羊来招待他们，再将羊肝切片，夹在煮了以后的羊尾巴油中，就像三明治一样。然后当地的姑娘们跪着围成一圈，亲手将食物放到他们嘴里，以此来欢迎他们心中尊贵的客人。不少年轻同志，尤其是年轻的女同志，吃不下这些东西。很多护士是南方人，闻着膻味，实在受不了。每当这种情况发生，马就会说：“给我吧，给我吧。”这么一个欢迎会下来，马往往肚子要疼两天。
马和皮研所其他同志在经过四五年的调研之后，终于不但从科学理论上，更以临床的数据证明了在我国采用“青霉素十日疗法”治疗性病是行之有效的。在完成该治疗方法的论证后，他们开始在全国范围内大规模应用该种方法治疗性病。
记得马曾经治疗过一个很有意思的牧民女患者。当马第一次带着医疗队来到草原的时候，这名女患者来做检查。她哭着跟马说她想要孩子，但是一直怀不上。马给她做了血检，发现她患有梅毒，于是便给她做了治疗。结果几年后，马来草原复查的时候，这名女患者又哭着跑来了。她对马说，她在治好病后，几年内连续生了五个孩子。现在孩子太多，她养不起了，她不想再生了。后来在马的建议下，这名女牧民又做了结扎手术。
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