元亡明兴，明军挥师北上，控制了漠南地区，设朵颜三卫，羁縻蒙古民众。随着蒙古左翼势力进入三卫地区，三卫瓦解，蒙古的政治中心也转移到了这里。不过在清的打击下，蒙古帝国最终落幕，清朝开始了在漠南长期的统治。
1 金朝统治
辽朝末年，赤峰地区在辽金的战火中失去了昔日的繁荣而渐趋萧条。金朝攻下了辽的上京和中京后，对两都仍以原名相称。金朝在自己统治的区域内“袭辽制，建五京，置十四总管府，是为十九路”。1138年，改辽上京为北京，以临潢府为北京路治所。1150年，又改北京为临潢府路，次年又将其罢废。1153年，金迁都燕京后，又将辽中京改称北京，升大定府为北京路治所，赤峰全境属于北京路管辖。
金代的赤峰地区，虽然不再是政治中心所在地，但它作为金朝北京的中心地区，在金朝的整个政治、军事生活中，仍然具有十分重要的地位和作用。辽代的上京和中京，终金一代，都是重要的政治、军事重镇，至今，在赤峰地区，到处都可以看到金代遗留下来的文化遗迹。
唐代兴起于漠北草原的蒙古族，辽代称之为阻卜。当时的阻卜已经很强大，它的活动区域与契丹本土的赤峰地区隔着大兴安岭，紧相为邻。终辽一代，蒙古时而臣服，时而攻迫，辽朝不得不花费极大的精力，来处理与蒙古的关系问题。辽亡金兴以后，蒙古的势力日益强大，给金朝的西北边境造成了严重的威胁。为了防御蒙古骑兵的袭击，金朝自世宗末年开始，直到章宗时期，用了六七十年的时间，耗费了巨大的人力和物力，在与蒙古交界的边境地区修筑了我国历史上最完备、最严密的军事防御工程，这便是金界壕，也被称为金长城。
金长城分布范围广阔，大体呈东北—西南走向，横跨北疆，主线有南、北两条。北线起于呼伦贝尔盟，向西延伸至苏联和蒙古人民共和国境内；南线在大兴安岭南麓，东起黑龙江莫力达瓦旗嫩江西岸，西南经今哲里木盟、赤峰、锡林郭勒盟、乌兰察布市，延至大青山下，总长约3800公里，全线分东北路、临潢路、西北路。今赤峰地处南线金长城临潢路段，金长城经由赤峰北部旗县，穿越赤峰15个乡镇（苏木），在赤峰境内长560公里。
金长城的修筑同战国、秦汉以及后来的明长城都有明显的不同，它不是选择高山绝顶，而是修筑在缓坡地带或台地之上，这大概是因为当时交战的双方都以骑兵为主，把长城建在较为低缓的地带，既可阻挡敌军的进攻，也便于自己展开形成运动兵力。金长城大体上分为壕墙、马面、戍堡和边城四部分，这四部分组成一个完整的防御体系。
金长城的修筑，使金朝减少了来自北边蒙古骑兵的压力，金得以抽出相当数量的边防部队南下进攻南宋。然而，如此浩大的工程，直接加重了赤峰以及北方人民的负担，从而加剧了内部社会矛盾。同时，由于有了长城的阻隔，金朝统治者从此以为万事大吉，高枕无忧，积极防御变成了消极防御。当蒙古大军席卷而来之时，这道高大坚固的长城竟然因守军毫无战斗力而一溃千里。1213年，成吉思汗率领蒙古大军突破了长城防线，进入黄河平原，金宣宗于1214年被迫迁都南京（今开封）。1215年，蒙古军占领了金国的中都（今北京）。1234年，蒙宋联军攻破蔡州城，在战火中即位的金朝皇帝完颜承麟死在了乱军之中，经历了10位帝王的金朝灭亡了。
2 元朝分封
元朝时，赤峰地区虽然失去了辽帝国时期政治中心的地位，但是赤峰地区对于蒙古帝国和元朝来说也是十分重要的。当时的西拉沐沦河和老哈河组成的两河流域的广大地区，对蒙古帝国来说不仅是其与金朝斗争的前哨，而且对于稳定蒙古帝国后方也具有重要作用。因此，成吉思汗将这里分封给弘吉剌部特薛禅家族，以此作为蒙古帝国的屏障；在明军攻下大都后，赤峰又见证了元顺帝狼狈不堪走向末路的历史。
弘吉剌部是蒙古部落中的一支，兴起于今呼伦贝尔盟额尔古纳河、根河流域。弘吉剌人自称其祖先是从“金壶”中出生的。蒙古帝国建立后，弘吉剌部生活的这一地区被分封给了成吉思汗的胞弟哈撒儿。弘吉剌部则迁居漠南，也就是今天的赤峰及其周边地区。
12世纪末，弘吉剌部首领特薛禅成为成吉思汗的岳父。因孛尔台（孛儿帖）同成吉思汗确立了婚姻关系，弘吉剌部因此拉近了与乞颜部的关系，这对弘吉剌部地位的提升是一个极大的帮助。早期的蒙古人分为尼鲁温蒙古（出身纯洁的蒙古人）和迭儿列斤蒙古（一般的蒙古人）。成吉思汗所在的乞颜·孛儿只斤部属于尼鲁温蒙古，而弘吉剌部属于迭儿列斤蒙古，因此弘吉剌部寻求通过结亲这种方式来同强大的乞颜部进行政治联合。成年后，成吉思汗成功迎娶了孛尔台，这是成吉思汗事业的转折点，孛尔台及其父亲对成吉思汗的帝国事业起到了非常重要的作用。几经辗转，弘吉剌部也正式归附成吉思汗。此后，弘吉剌部随同成吉思汗一起东征西讨，为蒙古帝国的建立，立下了汗马功劳。
五投下军是蒙古南下进攻金朝的重要武装力量，弘吉剌部就是其中重要的一支。“投下”源于蒙语“爱马”，在蒙古语中的意思是为贵族首领所属的军民，也可以理解为“部”。五投下组成的探马赤军骁勇善战，所向披靡。蒙古军队最初只有蒙古军和探马赤军两个兵种，蒙古军是蒙古大汗的直属部队，探马赤军则是跟随大汗作战的蒙古诸部联军。探马赤军无论从地位还是名望上讲都要远逊于蒙古军，他们在战争中处于从属地位，经常充当主力部队的先锋，为蒙古大军的开进扫清道路。然而作为攻金主力的五投下探马赤军的建立，改变了探马赤军在蒙古军队的地位。成吉思汗为了能够专一西征，将进攻金朝的任务交给了木华黎，在木华黎的率领下，探马赤军成为进攻金朝的主力部队，以卓越的战功赢得了特殊的地位和名望。蒙古帝国建立后，成吉思汗对家族成员和功臣进行了封赏，弘吉剌部作为后族自然得到了丰厚的赏赐。此时以按陈家族为首的弘吉剌部被分封到了今天的内蒙古自治区锡林郭勒东北部和赤峰市翁牛特旗、克什克腾旗、巴林左旗、巴林右旗等地方，这一带基本上是以西拉沐沦河和老哈河两河流域为中心的。除此之外，他们在中原地区也有自己的封地。虽然赤峰并不是蒙古族弘吉剌部的始兴之地，但却是弘吉剌人永远的家乡。
弘吉剌部除了拥有战无不胜的勇士，还拥有许多美丽的姑娘，她们为民族的发展和繁荣也做出了重要贡献。弘吉剌部与乞颜部通婚，可以一直追溯到蒙古部落时代。当年，成吉思汗的父亲也速该抢来的新娘就是弘吉剌部落的美女诃额仑，也就是说在也速该时期，两部的通婚就已开始。部落联盟时代，要达到部落间强强联合或实力弱小的部落希望得到强大部落的庇护，具有强烈政治色彩的联姻方式是经常被采用的，这也是部落联盟时代的主要联合方式之一。到窝阔台时期，这种姻亲关系得以维持和延续。元太宗九年（1237），窝阔台下诏：“弘吉剌氏生女世以为后，生男世尚公主。”从此，“黄金家族”与弘吉剌部结为世代姻亲关系。蒙哥汗、成宗、武宗、仁宗、泰定帝、文宗、宁宗、顺帝的皇后都为弘吉剌氏。百年中，这个家族走出了21位后妃、19位驸马。除孛尔台以外，最著名的就属世祖忽必烈昭睿顺圣察必皇后了。察必，也译作“车伯尔”，弘吉剌部按陈之女，她辅佐元世祖忽必烈统一中国，建立了千秋伟业。她劝忽必烈北上夺取汗位，为重要国事建言献策，抵制中原毁农田为牧场，还创制了独特的蒙古服饰。她是弘吉剌部人的骄傲，更是元朝一代名后。今天的赤峰市新区就有一处以“车伯尔”命名的公园，园内塑有她依偎战马的半身雕像。
弘吉剌部被分封到今天的赤峰地区后，为赤峰的开发和建设做出了重要贡献。为了更好地对封地进行管理，弘吉剌部被分封到赤峰地区后先后修建了应昌城和全宁城，将其分别作为自己的“夏宫”和“冬宫”。元成宗继位，封弘吉剌驸马蛮子台为济宁王，大德十一年（1307）六月，武宗继位，封弘吉剌部驸马琱多不剌为鲁王。此后，弘吉剌部凡被袭封为万户者皆加封或晋封为鲁王，所以应昌城与全宁城又被称为“鲁王城”。城镇的发展促进了手工业的发展和商业的出现，也促进了文化的发展与交流，在赤峰地区发展起来的蒙元文化，成为赤峰古代历史上的第四个文化高峰。
3 鲁王城府
达里诺尔湖地区水草丰美，资源丰富，靠近中原地区，商路便捷，是弘吉剌部修建城邑的首选之地。至元七年（1270），纳陈（按陈的儿子）之子斡罗臣与囊加真公主一起向朝廷请求在答儿海子（今内蒙古赤峰市克什克腾旗达里诺尔湖）建立城邑。建成后，元世祖赐名应昌府。最初的应昌城仅修建了城郭、府属、宫室等建筑。此后，应昌城的建筑规模逐步增大。至元二十二年（1285），元政府升应昌府为应昌路（路是元朝行政区划之一，相当于现在的省）。王府的宫殿、王傅府及相关建筑也建立起来。今天的应昌古城位于赤峰市克什克腾旗达里诺尔湖西南约2公里，早已荒废。古城平面为长方形，南北长约800米，东西宽650米，城墙尚存，是内蒙古自治区元代古城保存最完好的一个。城内东西门间有横街，南门内有长街一条，至城中部与横街相交。城市南部为坊市所在，西南部多为民居，北部是官署所在。应昌城是弘吉剌部政治、经济、文化的中心，城内建有众多佛寺庙宇。
元贞元年（1295），帖木儿弟济宁王蛮子台复尚囊家真公主后，向元成宗请求在应昌路东700里创建城邑，作为驻冬之地。成宗批准了请求，赐名全宁。至此，赤峰广袤的草原地区，巍然屹立起两座巨大的城池。500年后，清人赵玉丰赋诗赞道：“四面楼台公主第，万家灯火鲁王城。”大德元年（1297）全宁城上升为全宁路，故址即在今乌丹镇西门外古城。全宁城的修建是一个逐步完善的过程。城呈正方形，四面各有一个城门，城门上有城楼，砖瓦结构，城四角各有一个角楼，城墙四周有护城河，这是全宁城的第一次修建。第二次修建是在元文宗时，大公主祥哥剌吉扩建了全宁城。两次全宁城的修建，元政府都给予了大力支持。全宁城的建筑风格博采众长，别具特色：既有内府、内城、外城等级之别，又有议事、礼仪、管府、儒学院、监司等办事机构的寓所；既有大都、上都城宏伟的轮廓，又有江南汀州、苏州建筑的小巧细腻，成为“在京师者尤为杰观”的建筑。
鲁王城的兴建客观上促进了草原腹地农业和工商业的发展，草原文化在这一时期得到了繁荣和发展。游牧民族逐水草而居的生活习惯限制了自身文化的积淀，但是草原城市的兴建却恰恰弥补了这一不足。同辽金时期汉族和奚族为定居在赤峰兴建的城市不同，鲁王城是完全意义上的以游牧民族为主体建立的城市，是游牧文化成果的积淀。同时，游牧民族缺乏兴建城市的经验，必然需要大量汉族的工匠，汉族工匠又会把汉族文化带进草原腹地，所以在城市建立过程中，游牧文化和中原文明在这里相互交流碰撞，在增加草原文化内涵的同时也丰富了中原文化。
赤峰地区自古就是兵家必争之地，对于蒙古帝国来说其战略位置则尤为重要。弘吉剌部驻地位于上都与东道诸王之间，是元朝防御东道诸王的重要防线；同时弘吉剌部与岭北行省毗邻，是西道诸王东袭上都的最后一道关卡。因此，弘吉剌部是防御东、西诸王的战略要地。元朝建立后，为加强对投下的控制，元政府在应昌和全宁建立了与全国行政系统相应的统治机构，全宁、应昌相继升为府、路。元朝十万户之上者为上路，十万户之下者为下路，全宁和应昌均属下路，下路秩从三品，路设总管府，其官员主要有达鲁花赤、总管、同知等。达鲁花赤由蒙古人、色目人担任，总管、同知由汉人担任。应昌路的达鲁花赤或总管，由鲁王在弘吉剌的亲信中选拔，再由皇帝和中书省任命，这既是元政府加强地方行政管理的措施之一，也相应地加强了弘吉剌部对领地的行政管理。应昌城也由原来的弘吉剌部贵族居住地变成了元政府的地方行政机构。
今天的赤峰地区，在元代，除应昌路（今克什克腾旗）、全宁路（今翁牛特旗）外，还有上都路（今赤峰东北部）、大宁路（今宁城县）、宁昌路（今敖汉旗）、武平路（今敖汉旗）、泰宁路（今阿鲁科尔沁旗）。当然，其中应昌路、全宁路设置时间长久、管理规范、影响深远。然而，顺帝至元六年（1340）惠宗废黜卜答失里皇后，下诏“罢之应昌、全宁路，以拨鲁王马某沙王傅府”，虽又诏“应昌、全宁二路复立之”，但弘吉剌部的地位已下降，不复昔日的辉煌。
元顺帝末年，农民起义此起彼伏。1360年，红巾军的一支由“关先生”“破头潘”等率领，攻占了全宁路，焚烧了鲁王府。全宁城在修建、使用仅仅60多年后，便成了一片瓦砾，诗人赵玉丰感慨：“当年战垒巡刁斗，此日荒田拾破铛。落马河边重回首，满山禾黍自纵横。”1368年，朱元璋率领的明军攻占元大都，元朝宣告灭亡。
元中央政府不复存在，但势力残存。末代皇帝元顺帝妥懽帖睦尔，率领残部北逃至元上都，后来又北遁至应昌路，将都城迁到应昌，史称北元。元顺帝开始调集岭北等地的元军，以应昌路为中心，在应昌路东、西、南三面的察罕脑尔、骆驼山、开平一线，布阵迎击明军，有效地阻止了明朝军队的北进，为元朝残存力量的积聚赢得了喘息时间。依恃固若金汤的应昌城，妥懽帖睦尔应该振作起来，以图反攻，但“末帝”就是“末帝”，妥懽帖睦尔放松了应有的警惕，恶习大作。他在应昌城内大兴土木，修筑离宫，建造巨型龙舟，创淫乐之舞，以达里诺尔湖为天然屏障，终日沉浸在花天酒地、歌舞升平之中。据记载，元末著名的“十六天魔舞”就是由妥懽帖睦尔在这个时候创作出来的。1370年4月，元顺帝病逝，抛下了数代先人创建、经营的国家大业。太子爱猷识理达腊即位，称必力克图汗，是为元昭宗，建元宣光，国号仍称元，史称“北元”。1370年6月明将李文忠、右副将军冯定攻克应昌城，俘昭宗之子买的里八剌和一众妃嫔、大臣，并获得大批珠宝、图籍等。爱猷识理达腊率数十骑经庆州（今巴林右旗白塔子）逃往和林（今蒙古国哈剌和林）。应昌城也因此逐渐被废弃。
洪武七年（1374），李文忠进军全宁，杀死了鲁王，俘获了鲁王妃。鲁王的被斩，宣告了弘吉剌部在这一地区统治的终结。洪武十四年（1381），明将沐英等进军公主山长寨，俘获全宁弘吉剌四部以归。从此，弘吉剌部趋于衰落，退出历史舞台。
当蒙古人用手中的苏鲁锭击落金人的圆月弯刀的时候，大辽契丹这轮辉煌一时的太阳早已陨落于大漠深处不见踪影。如今，蒙古势力也不复辉煌，但是，蒙古族毕竟不是契丹族，格局要比契丹大得多。它在退出江南和中原地区后，仍然在草原上顽强地生存着，一直与明朝抗衡，而且由于其强大的文化力量，蒙古民族仍作为一个整体繁衍至今。
4 三卫拱边
朱元璋建立明朝后，虽然控制了中原政权，蒙古人逐渐退出了中原政治舞台，但是朱元璋在屡次较量中深知明军虽有能力将元军逐回蒙古草原，但却无力将其彻底歼灭，更无力统一蒙古。于是，自朱元璋起，朱氏政权对蒙古人就采取羁縻政策，对其进行招抚。所谓“羁縻”，“羁”就是用军事和政治的压力加以控制，“縻”就是以物质利益给予抚慰，实在招抚不成的，才动用武力。对辽东北部的纳哈出部，明朝到1387年才无奈出兵讨伐。纳哈出部拥兵数万，控制二三十万蒙古族人口，企图以此割据东北地区的西北部。明政府征发民夫20万人，将粮食运到松亭关、大宁（今宁城）、会州和富裕（今宁城境内）四处。次年，命冯胜为大将军，率军20万北上征伐纳哈出。同时，派纳哈出军的降将乃刺吾到纳哈出部，做最后的招抚工作。由于外有大军压境，内有乃刺吾劝降，纳哈出无路可走，接受招降。明朝便在纳哈出领地内设朵颜三卫。
“卫”是明朝的卫所制度。为了有效地进行统治，明初在京师和各地都设有卫、所，卫、所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖，都指挥使司下辖若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。5600名军人为一卫，1120人为一千户所，一般每卫设左、右、中、前、后5个千户所；120人为一个百户所，百户所设总旗2个（每总旗辖50人）、小旗10个（每小旗辖10人）。各卫所有事调发从征，无事则还归卫所。
1387年，明政府改大宁府为大宁卫，同年又在卫治所西60里处设新城卫。1389年，于大宁卫治所西120里处设富裕卫，当时的大宁、新城、富裕三卫均在今宁城县境，同属大宁行都司。同年，在元全宁城旧址设全宁卫，于应昌城旧址设应昌卫；在纳哈出旧地设泰宁、朵颜、福余三卫都指挥使司。因朵颜在三卫中最强大，所以以朵颜为首称。朵颜的蒙古语发音用汉语音译过来是“兀良哈”或“乌梁海”，因此朵颜三卫也叫兀良哈三卫，隶属大宁都司。泰宁卫是汉语地名，由元代泰宁路而得名，占据今赤峰市西拉沐沦河以北、查干沐沦河以东的地区，后来逐步演化成为翁牛特部，即诸王会聚之地。朵颜卫是因境内的额客朵颜温都儿山（又名多延温都儿山、朵颜山）得名。朵颜卫地处三卫的西边，在洮儿河、归流河上游的山区一带。福余卫在东边，以嫩江流域为中心，东自乌裕尔河流域，西至塔儿河流域。
朵颜三卫占据着今大兴安岭以东、赤峰地区和辽宁一部分地区，又是明初蒙古的三大部之一（其他两部是东蒙古鞑靼和西蒙古瓦剌），所处的地理位置极其重要。朱元璋实施屯种，设置九边，筑辽东边墙，封朱权为宁献王，驻守大宁（赤峰市宁城县西南黑城大明城），屏蔽三卫。
明太祖朱元璋死后，明朝统治集团内部发生了激烈的争夺皇权的斗争。就是在这次斗争中，朵颜三卫与明廷建立了特殊的关系。1399年，朵颜三卫帮助燕王朱棣挟持了宁王朱权，为朱棣扫清了后顾之忧，并在以后争夺皇位的斗争中发挥了巨大作用。然而朱棣并没有兑现曾经将大宁之地分给三卫做牧场的诺言，三卫因朱棣食言，与明廷摩擦不断。朱棣为了安抚三卫，对三卫采取了宽松的政策，每年给三卫牛具、种子、布帛，帮助发展农牧生产。明廷设置广宁、开原马市为三卫贸易提供方便，使三卫地区的经济得到了发展，并在辽东开辟了马市和木市，三卫可以与明朝“互市”，三卫的牧业经济和林业经济得到了发展。
蒙古诸王间的内部斗争加上明军持续不断的军事打击，导致蒙古本部分裂为西蒙古瓦剌和东蒙古鞑靼。三卫处于东、西蒙古势力与明王朝中间，自然是三股势力争夺的对象，而三卫恰恰又是各派中力量最为弱小的一个，因此只能在夹缝中艰难生存，左右摇摆，谁的力量大就倒向谁。15世纪20年代以后，鞑靼各部先后进入兀良哈三卫地区，迫使三卫逐渐南迁。三卫最终占据了西拉沐沦河以南的全宁，朵颜卫都督府也设置在了全宁（今红山水库西岸），整个赤峰北部为朵颜卫所控制。到1426年，三卫已经靠近边塞驻牧，自此以老哈河和西拉沐沦河两河流域为中心的整个赤峰地区几乎全部成为朵颜卫的游牧地。
因靠近边塞，朵颜卫不可避免地受到汉族经济文化的冲击，他们有的逐渐改变不植五谷、不种蔬菜的游牧习惯，不断从内地输入犁、铧、种子，开始从事农业生产或过着半农半牧的生活。这时期的朵颜地区，被誉为蒙古的谷仓，但大多数朵颜人还是保持着游牧的习性。
蒙古族势力南下之后，三卫之地一直是大汗及左翼的吞并目标。1480年，成吉思汗的嫡系子孙巴图孟克被推为可汗，称达延汗。达延汗统一了大漠南北。为了巩固统一，提高大汗的地位，达延汗重新划分了六个“万户”，将六万户分作左、右两翼，今赤峰地区属左翼兀良哈万户。1564年，达延汗之孙达赉逊汗率察哈尔数部东移至潢水（西拉沐沦河），进入赤峰地区，征服了兀良哈三卫而居其地。在察哈尔部占据兀良哈三卫时期，阿鲁科尔沁、巴林、克什克腾、翁牛特、敖汉、喀喇沁等部逐渐稳定，奠定了今赤峰市下属各旗县的基础。史书上多称这个时期生活在赤峰地区的蒙古各部为漠南蒙古。
继达赉逊汗之后，喀喇沁右翼之封建主巴雅苏勒（俺答汗所辖势力）又从开平徙至今赤峰巴力嘎苏台。与此同时，土默特万户之俺答汗，为实现收复朵颜山兀良哈人的目的，采取了联姻政策。朵颜兀良哈部与土默特、喀喇沁、察哈尔等部的联姻、交往，使朵颜部一分为三。与喀喇沁交往密切的那一部分兀良哈人就归了喀喇沁；与土默特交往密切的那一部分兀良哈人就归了土默特；与察哈尔交往密切的那一部分就归了察哈尔。这样，到了明末，兀良哈三卫的力量大大分解，最终被瓜分殆尽，势力消融。
明朝末年，今赤峰地区的西部是察哈尔部，东部是科尔沁部，南部是喀喇沁部和土默特左翼。察哈尔的林丹汗（达延汗的后代），尽管统一了蒙古诸部，但内部各封建主之间的矛盾却积重难返。就在这时，女真族再度崛起，经过近400年的发展，此时已演进为“满族”，勇猛无比，其首领努尔哈赤于1616年称汗，建立后金政权。后金建立后，努尔哈赤将斗争的矛头指向明朝，向明朝发起了进攻。林丹汗统治的区域恰好是明与后金的缓冲地带，林丹汗就成了双方都要争取的对象。最终，林丹汗选择与明朝共同抵御后金。科尔沁蒙古则与努尔哈赤订立盟约，共同对付林丹汗。当时林丹汗的察哈尔部占据今赤峰的北部地区（西拉沐沦河北），喀喇沁部占有老哈河中、上游地区。喀喇沁部因不堪忍受林丹汗的压迫，故此与后金联合，共同征讨林丹汗，切断其与明朝的联系。1628年和1632年，皇太极两次征伐林丹汗。林丹汗弃本土西奔青海，两年后病死于大草滩（今甘肃省民乐县东南）。1635年，后金军队继续追击林丹汗的余众，俘获林丹汗的儿子额哲，漠南蒙古诸部基本上都归附了后金。随着额哲将可汗印信交出，蒙古帝国的汗位至此断绝，蒙古帝国也不复存在了。清朝建立后，今赤峰地区完全处于其管辖之下。
5 昭、卓二盟
1644年，清朝入主中原，开始了长达268年的统治。蒙古对清廷而言，重要意义不言而喻。蒙古地区是满族贵族的后院，蒙古族部众是清廷最实在的政治同盟，蒙古勇士对清朝的建立功不可没。虽然蒙古地区被纳入清朝的版图，但蒙古的实力是不容小觑的，清朝实在是怕这位昔日的同盟有朝一日强大起来，因此，在入关前，清朝统治者就设置了蒙古衙门，管理蒙古地区事务。1638年，清廷改蒙古衙门为理藩院，负责处理全国各少数民族地区的事宜。清政府又设置了若干驻边将军，掌管边疆的军政。清政府为进一步控制蒙古，对蒙古各部、各旗的放牧、贸易、通婚、文化、交往都有严格规定。“分封以制其力”“南不封王、北不断亲”“崇释以制其生”是清对蒙古奉行的三大基本国策。
清政府在征服漠南蒙古后立即着手实行分而治之的盟旗制度。盟旗制度来源于清朝“蒙古八旗”制。“蒙古八旗”是由皇太极仿照“满洲八旗”，以过去的蒙古封建主领地鄂托克（otok，即地域集团）、爱马克（aimak，即血缘集团）等为基础而建。“满洲八旗”制度原则是“以旗统人，即以旗统兵”，是军政合一组织，又是“出则备战，入则务农”的兵民一体的社会组织形式，具有行政管理、军事征伐、组织生产的三项职能。1601年，努尔哈赤初建黄、白、红、蓝四旗，1615年又增建镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共为八旗，称“满洲八旗”。
漠南蒙古最早依附清朝，也就最早成为编旗的对象。努尔哈赤时期，将归附的漠南蒙古编入“满洲八旗”内，但随着依附的蒙古人口日渐增多，不得不采取新的统治方式。1635年，皇太极设“蒙古八旗”，这是清朝编旗的开始。旗，是蒙古各部基本的军政单元，既是蒙古封建主的世袭领地，也是清朝统治内蒙古地区的基本行政单位。每旗设札萨克（即旗长）一人，以管理旗内行政、司法、征税、官吏等事务。札萨克既是本旗的封建领主，可以世袭本旗的领地，又是清政府在内蒙古地区的地方行政机构长官，具有双重身份，起到上下联系的作用。
各旗相继建立后，相互之间难免会出现摩擦和矛盾，为了协调各旗之间的关系，盟便应运而生了。盟最初源于会盟，是北方游牧民族的传统习惯，每三年或一年一次。到了清代，盟已经变成了在清政府指定时间内召集各札萨克、颁布清朝法令、处理蒙古事务的一种形式。“盟”由若干个旗组成，每盟设盟长一人，副盟长一人。盟长起初由各札萨克在会盟时推选，后来改由清朝皇帝任命，这样便于清政府对盟长实行控制。盟长平时不能直接干预各旗事务，也无权发布政令。1751年前，盟长主要是会盟的召集人，事务由清廷派遣的大臣决定处理。随着清朝统治的稳定，清廷停派会盟大臣，会盟由各盟自己举行，给盟长颁发印信，其权力逐渐增大。
赤峰地区的蒙古各部分别在昭乌达和卓索图会盟，故分别成为昭乌达盟和卓索图盟。昭乌达，蒙古语，汉译为“百柳”。昭乌达盟统辖敖汉一旗、奈曼一旗、巴林二旗、扎鲁特二旗、阿鲁科尔沁一旗、翁牛特二旗、克什克腾一旗、喀尔喀左翼一旗。以上各旗除奈曼一旗和扎鲁特二旗，其他均属今赤峰地区。卓索图是蒙语“召苏勒图”的音译，意思是“驿站”。卓索图盟管辖的喀喇沁右旗（今喀喇沁）和喀喇沁中旗（今宁城）也属今赤峰地区。1947年内蒙古自治区成立时，卓索图盟并入昭乌达盟。
就这样，清政府把蒙古的广大地区，划分为许多小块，清廷就是通过盟旗制度，对内蒙古地区实行了有效的管理。后来内蒙古自治区的盟旗设置，就是在清代的基础上沿袭演变而来。
要想做到长治久安，始终将蒙古控制于麾下，清朝仅仅加强行政管理自然是不够的，拉拢联合也是必不可少的策略之一，联姻便能很好地达到这种政治目的。正是这保持了三个世纪的通婚，使得满族和蒙古族这两大尚武勇悍的民族能够长期和好，共同进步。封建社会的弱女子，对中原王朝与边疆民族的友好相处发挥了重要作用。满蒙联姻继承了中国历代王朝和亲的形式，用两族通婚结亲的方式来达到民族的联合与团结，更加突出以联姻促进联盟、用姻好巩固盟好的特点，使蒙古王公成为直接服务于清王朝的重要力量。
清王朝始终奉行“南不封王，北不断亲”的政策，其核心内容就是满蒙联姻。在清朝，皇帝本人和宗室大臣娶蒙古女子很普遍。蒙古上自亲王、郡主，下至台吉、塔布囊，各个阶层也与清皇室及贵族结亲。康熙皇帝以后，清王朝还形成了“内廷教养”的制度，即蒙古王公子弟中的部分成员自幼便入京，在宫中长大，成年后则被纳为额驸。被教养者在宫内和清朝的王子一起读书、生活，长期的耳濡目染，使其在精神面貌、生活习惯及思维方式等方面逐渐与清皇室子弟接近，双方的关系也因此极其密切，蒙古王公子弟成年后则会更忠心效力于清王朝。清朝还形成“备指额驸”制度，在科尔沁、巴林、喀喇沁、奈曼、翁牛特、土默特、敖汉等13旗的蒙古王公贵族子弟中，挑选年龄在12 ～15岁者作为“备指额驸”，然后送往北京教养。联姻的等级制度极为分明。清皇室公主（格格）的身份地位不同，额驸的等级则不同。如皇后所生之女，称固伦公主，其夫婿则为固伦额驸；皇妃所生之女，称和硕公主，其夫婿则为和硕额驸。
到了清朝中后期，清政府已经实现了对全部蒙古地区的统治。这种情况之下，蒙古王公们对于维护边疆稳定、巩固统一的作用也就相对削弱。清政府对蒙古王公的依赖越来越少，所以与蒙古王公的关系也在逐渐疏远。这表现在联姻上，就是满洲贵族选择蒙古额驸数量的锐减和地域、部族范围的缩小。“备指额驸”制度则将联姻的蒙古王公限定在了漠南蒙古东部7部13旗的范围，将漠西、漠北诸部王公及漠南蒙古其他部的王公们排除在外。
从清太宗皇太极到乾隆皇帝这段时期，先后有7位公主奉旨下嫁到赤峰地区。下嫁到赤峰的公主有：莽古济（清太祖努尔哈赤第三女），是第一位下嫁赤峰的公主；固伦端敏公主（皇太极的长女），年仅13岁便离开京师嫁给敖汉部蒙古郡王班弟；固伦长公主（俗称大公主，皇太极的第五女，名阿图），16岁时下嫁给巴林右旗札萨克色布腾郡王；固伦荣宪公主（康熙皇帝第三女），嫁给巴林右旗札萨克乌尔郡王；和硕端静公主（康熙皇帝第五女），嫁给喀喇沁右旗蒙古郡王噶勒藏；和硕温格公主（康熙皇帝第十三女），嫁给翁牛特右旗札萨克仓津多罗杜陵郡王；和硕和婉公主（乾隆皇帝第三女，俗称三公主），下嫁巴林右旗第七代多罗郡王璨沁之子德勒克。此外，下嫁的郡主数不胜数。
满族与蒙古族联姻，公主等女子们肩负清廷使命进入茫茫大漠和草原，给这里带来了内地比较先进的生产方式和生产技术，促进了当地经济的发展，出现了“农耕蕃殖、市肆殷阗”的景象。她们推动了满、蒙古、汉各民族间的文化交流，加深了各民族的了解和沟通，促进了民族之间的团结。作为清王朝统治政策的一部分，满族与蒙古族的联姻和其他政策一样，都是为统治阶级巩固自身统治服务的，但它所体现的以和平方式解决民族矛盾的思想和所蕴含的政治智慧，对于解决当今的民族问题，仍有值得思考和借鉴之处。
有清一代，清政府积极扶持藏传佛教，在赤峰地区推崇藏传佛教（即喇嘛教）格鲁派（别称“黄教”），广建喇嘛庙。据统计，当时赤峰地区共建喇嘛寺庙192座，其中，阿鲁科尔沁旗有23座，巴林左旗有14座，翁牛特旗有22座，敖汉旗有28座，喀喇沁右旗有16座，喀喇沁中旗（今宁城县）有61座。康熙四十五年（1706）康熙帝次女荣宪公主在今巴林右旗大板镇主持兴建了荟福寺。该寺初名巴尔斯（虎）庙，后改名荟福寺，今俗称东大庙。荟福寺现今仍保持原有规模，有大门、前殿、后殿、东西配殿及后东侧室等，以后殿最为完整，面阔、进深各5间，重檐歇山顶，殿内佛像、壁画俱存。殿前侧建有覆钵式塔2座，高4.5米。
6 乌兰布统之战
乌兰布统，汉译为红色的山地，俗称大红山，位于内蒙古赤峰克什克腾旗境内。南与河北围场著名的塞罕坝衔接，北与浑善达克沙漠相连。此山海拔1595米，南面陡峭如刀削，人不可逾越，北面坡势较缓。山的东、西两侧是连绵起伏的沙丘，长满了茂密的白桦、榆柳。山下是蜿蜒曲折、绕山而过的乌兰公河，深逾1米，人畜皆不易跨越。在起伏蜿蜒的漫丘大甸之内，有小湖小泊镶嵌其中，有狭小湍急的溪水穿行其间，更有一簇簇、一片片野生林木点缀其境。这里春、夏、秋、冬四季景观各异，如四幅画屏，尽展清新野风。这静谧的草原却曾因为一场战役而沸腾，从而闻名中外。
明末清初，蒙古分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。漠北蒙古又称喀尔喀蒙古，漠西蒙古又称厄鲁特蒙古。漠西蒙古分为准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部和土尔扈特部四部。由于准噶尔部的游牧地邻近伊犁河，水草茂盛，并且可以与中亚和内地通商，因此势力逐渐强大。1671年，厄鲁特蒙古的准噶尔部的统治权力落到了噶尔丹的手中。他为了实现称雄西北的野心，以武力征服了邻近的蒙古各部及其他少数民族。野心勃勃的沙俄采取威胁、利诱并举的手段，派遣使节，安抚和笼络厄鲁特蒙古王公贵族，企图使其背叛清朝，投向沙俄。噶尔丹顺势与沙俄勾结在一起，并在沙俄的策动下，于1688年春，统率3万（号称10万）骑兵越过杭爱山，悍然侵入喀尔喀蒙古地区，与沙俄在贝加尔湖东面的侵略行动密切配合，形成对中国北部边疆地区的钳形夹击。康熙皇帝不得不在与俄国的谈判中做出让步，签订了我国历史上第一个边境条约——《尼布楚条约》。清政府在解决了与俄国边界争端的同时，也使噶尔丹失去了俄国的支持。为了维持全国统一的局面和清朝的统治，康熙皇帝决定亲率大军迎战噶尔丹的军队。
康熙二十九年（1690）五月，噶尔丹从他占据的喀尔喀蒙古向南，率3万骑兵越过呼伦贝尔大草原，沿喀尔喀河南下。六月中旬，他进抵乌尔会河，初获小胜，闯入漠南蒙古东部地区。康熙帝听到噶尔丹挥军南下进入漠南蒙古地区的战讯后，积极布防，并下诏御驾亲征。他调集20万大军，分左、右两翼迎战噶尔丹。同时，他诏令敖汉等部驻防达里诺尔（今克什克腾旗达里湖），喀喇沁、巴林、阿鲁科尔沁等部皆率骑兵至克什克腾旗，从征参战。最初，他命裕亲王福全、恭亲王常宁分兵两路出古北口、喜峰口，北上迎击噶尔丹。尚书阿喇尼争功心切，不顾康熙帝的告诫，不等右路军和科尔沁兵到，自己率部抢先进击，结果战败。清军初战失利，噶尔丹率军越过乌珠穆沁至乌兰布统。康熙皇帝改变战术策略，将左、右两翼两军全部调集到乌兰布统周围地区，与当地苏努、阿喇尼、马哈思等部会合，以10万之众就地隐蔽迎敌。
噶尔丹进驻乌兰布统地区，乌兰布统进可攻，退可守，又有天然屏障乌兰公河横贯阵前，对噶尔丹十分有利。为了有效防御清军攻击，噶尔丹将万余匹骆驼缚蹄卧地，首尾相接，背负木箱，蒙以湿毡，环列为营，名为“驼城”。射手伏于“驼城”之内，依托箱垛，发射弓矢，伺机射杀清军，湿毛毡不易被枪弹击穿，组成了一道坚固的“人工堡垒”。八月一日黎明，清军发起总攻，被阻于噶尔丹的“驼城”之前，康熙帝的舅舅佟国刚阵亡，康熙帝极为悲痛，遂命厚葬，并下令刻石立碑。因佟国刚死在了乌兰布统草原的泡子河，所以当地人称之为“将军泡子”。如今，将军泡子已经成为乌兰布统草原上一处著名的景点。
八月二日，清军吸取前日失利的教训，用铁心炮、子母炮向敌阵猛烈轰击，清军骑兵乘势进击，“驼城”被摧毁，清军大败噶尔丹。战败以后，噶尔丹派人跟中路军统帅裕亲王福全假意“和谈”。福全被噶尔丹迷惑，没有乘胜围歼噶尔丹，噶尔丹率部众逃回昭莫多（今蒙古人民共和国乌兰巴托西南附近）。
康熙三十四年（1695），在沙俄策动下，噶尔丹再次大举进犯。第二年，康熙皇帝再次亲征，清军在昭莫多大败噶尔丹，噶尔丹全军覆没。此时的噶尔丹成了孤家寡人，再也无力纠集一支军队，而他求助于俄国信使，也杳无音信。1697年，噶尔丹万念俱灰，含恨服毒自杀于科布多。
乌兰布统之战中清军虽没有歼灭噶尔丹，但这次战役具有重大的战略意义和政治意义。它维护了清朝大一统的局面，斩断了沙俄企图伸向蒙古地区的侵略之手；打击了西北、西南边疆地方上层反动势力的分裂割据倾向，为清朝控制西藏地区打下了基础；同时也减少了北疆防务开支，有助于清朝财政经济状况的稳定。乌兰布统之战彻底挫伤了噶尔丹的锐气，使得康熙皇帝可以顺利解决漠北蒙古的问题。1691年，康熙皇帝主持了历史上著名的多伦诺尔会盟，实现了漠北蒙古设旗编佐，从此漠北蒙古地区并入大清国版图，北部边防得以巩固，漠南、漠北人民的生产与生活得以安定。
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