1931年“九一八”之后半年，东北三省便全部沦陷，1932年2月5日日军占领哈尔滨时，萧红正和汪恩甲同居于东兴顺旅馆，旅馆庇护了她，她没有亲眼见到战争的面目，后来在《生死场》中写到日军的侵略行径，便只能以道听途说的方式侧面呈现。
1937年7月，萧红从北平回到上海一个多月后，“七七事变”爆发。29日，北平沦陷。蔓延的战火使男人们生出了打回东北老家去的希望，也撩拨起了萧红对家乡的思念，但除此之外，战争是遥远的，并未改变他们在上海的生活节奏。8月1日萧红的日记中还有“为着闲情逸致，在走廊上我抄着一些几年来写下来的一些诗一类的短句。而且抄着，而且读着，觉得很可笑，不相信这就是自己写下来的了”之类的句子。[234]
“八一三”前夜，平静被打破了，萧红和萧军位于上海吕班路256弄的家中突然迎来了日本友人池田幸子和她的小猫仔。从北四川路赶来的池田激动地告诉他们日本和中国要打仗了，就在五个钟头之后的凌晨四点。当晚，池田幸子就留在了二萧的住所，她和萧红睡在内室的大床上，萧军睡在外室的小床上，萧红辗转难眠，快到四点时依稀听到两声枪响，以为那就是开战了。第二天中午吃完饭，三个人坐在地板的凉席上乘凉，池田幸子的丈夫鹿地亘匆匆赶来，告诉他们真正开战是在当日上午，鹿地谈开战时的表情“非常快活，笑着，全身在轻松里边打着转”。萧红觉得他“像洗过羽毛的雀子似的振奋，因为他的眼光和嘴唇都像讲着与他不相干的，同时非常感到兴味的人一样”，这是1938年2月萧红在临汾写作的散文《记鹿地夫妇》中回忆的1937年8月13日当天的情形。她在文章中说当天吃晚饭时听到炮弹声响，四人极力保持平静。鹿地亘认为日本将会战败，“他把这战争并不看得怎样可怕，他说日本军阀早一天破坏早一天好”。但是，据胡风1937年8月13日的日记，他当日下午在二萧的住处见到过鹿地夫妇，鹿地还在稿纸上画图向他说明了中日军队对峙的形势，并力主战争不会发生，因为不相信中国政府有抗战的决心。[235]萧红和胡风对鹿地亘“八一三”当日言论的记载如此迥异，很有可能是因为萧红写作《记鹿地夫妇》一文时，鹿地亘已被打造为著名日籍反战人士，不相信中国政府有抗战决心之类的话，显然不宜实录。而事实上，“七七”事变后国民党政府已下定抗战决心，蒋介石在7月17日的演讲中称“我们希望和平而不求苟安，准备应战而绝不求战”，7月30日则宣布“现在我们唯有领导全国民众，举国一致，斗争到底”，8月11日他命令首批以德国武器装备的三个精锐师占领了除租界以外大上海界域以内的全部阵地，“八一三”次日国民党政府就发表了《自卫抗战声明书》，宣告“中国决不放弃领土之任何部分，遇有侵略，惟有实行天赋之自卫权以应之”，从此拉开了长达三个月的淞沪会战的序幕，直至那年11月12日上海沦陷。那场战役艰苦惨烈，代价高昂，约有三十万中国官兵伤亡，成千上万的平民遭到屠杀，上海除租界以外的大部分地区被损毁。
8月14日发生的历史上著名的“笕桥空战”，是中国空军与意图轰炸杭州笕桥机场的日军战机展开的激烈交战，中国空军在三十分钟内击落了日机三架，击伤一架，取得了抗击日军空中袭击第一战的胜利。当时居住在法租界的萧红，用《天空的点缀》一文记录下了她的见闻和感想：“我看见了，那飞机的翅子好像不是和平常的飞机的翅子一样——它们有大的也有小的——好像还带着轮子，飞得很慢，只在云彩的缝际出现了一下，云彩又赶上来把它遮没了。不，那不是一只，那是两只，以后又来了几只。它们都是银白色的，并且又都叫着呜呜的声音，它们每个都在叫着吗？”她对战局全无概念，空中的飞机是日本的还是中国的她也无法分辨，只是听邻居说这是去轰炸虹桥机场的，就胡思乱想“是日本打胜了吧！所以安闲地去炸中国的后方”，但很快又否定了这个念头，“中国，一定是中国占着一点胜利，日本遭了一些挫伤。假若是日本占着优势，他一定要冲过了中国的阵地而追上去，哪里有工夫用飞机来这边扩大战线呢？”个人在庞大无情的战争中渺小脆弱茫然无知如蝼蚁，窗外飞机一架接一架地飞过，萧红不知道它们飞向哪里，是否投下了炸弹，“我看不见，而且我也听不见，因为东北方面和西北方面炮弹都在开裂着。甚至于那炮弹真正从哪方面出发，因着回音的关系，我也说不定了”，更不知道战争会将她驱赶到哪里，她只是本能地反感，“看着这些东西，实在的我的胸口有些疼痛”。
相比之下，萧军对开战的感受就截然不同了，尤其“笕桥空战”的胜利给予了他以及和他一样来自东北的青年们收复故乡的希望。萧红在8月23日的散文《失眠之夜》中写她与萧军去拜访朋友，听到的都是同样的心声——打回满洲去。萧军还买来一张《东北富源图》挂在墙上，幻想战争胜利后，和萧红一人骑一头驴回家，先到姑姑家再到姐姐家，还要去沈家台赶集，吃那多年没有吃过的羊肉炖片粉……他没有留意到萧红的黯然，对她来说，在那块土地成为日本的之前，家就等于没有了。
到了9月，战争形势逐渐明朗，日军掌握了战场的主动权，中方非但收复东北无望，眼看上海也保不住了。友人四散，参军的参军回乡的回乡转移的转移，二萧也决定转移到武汉去。大约是9月28日，他们由梵皇渡车站出发，经苏嘉路转沪宁路，到南京后坐船前往汉口。[236]11月11日，上海失守。
次年2月底，萧红、萧军、聂绀弩、端木蕻良等人风尘仆仆地从武汉赶到临汾投奔民族革命大学还不到二十天，日军就逼近临汾，学校不得不撤离。二萧在去留问题上产生了无法调解的分歧，萧军坚决要留在临汾打游击，嘱萧红随丁玲的西北战地服务团转移，两人不欢而散，近六年的婚姻在隆隆炮声中匆忙解体。2月28日，临汾失守。
1938年4月下旬，萧红和端木蕻良从西安返回武汉，一个多月后，日军分五路夹击武汉，八年抗战中一次大规模战役——武汉会战打响。逃难的人潮向重庆、昆明等地涌去，8月初端木蕻良持仅有的一张船票先行入蜀，萧红留在频遭日机轰炸的武汉等待下一张船票，9月她买到去往重庆的船票，大腹便便地独自上路。10月25日武汉会战结束，武汉三镇全部沦陷。
陪都重庆也不是个适宜久留的地方，日军攻陷武汉后，又开始了对重庆的战略轰炸。1939年5月，山城的浓雾散去，3日和4日两天，日机从武汉起飞，连番轰炸重庆市区，萧红第一次直面战争的惨烈，作于6月19日的散文《放火者》中她详细描述了当时重庆街头的惨况：
“五三的中午日本飞机二十六架飞到重庆的上空，在人口最稠密的街道上投下燃烧弹和炸弹，那一天就有三条街起了带着硫磺气的火焰。”
“五四的那天，日本飞机又带了多量的炸弹，投到他们上次没有完全毁掉的街上和上次没可能毁掉的街道上。”
“大火的十天以后，那些断墙之下，瓦砾堆中仍冒着烟。人们走在街上用手帕掩着鼻子或者挂着口罩，因为有一种奇怪的气味满街散布着。那怪味并不十分浓厚，但随时都觉得吸得到。似乎每人都用过于细微的嗅觉存心嗅到那说不出的气味似的，就在十天以后发掘的人们，还在深厚的灰烬里寻出尸体来。”
废墟中挖出的无辜受难者的尸体令人触目惊心，萧红几乎能感同身受他们临死的痛苦和恐惧：
“大瓦砾场一个接着一个，前边是一群人在拉着断墙，这使人一看上去就要低了头。无论你心胸怎样宽大，但你的心不能不跳，因为那摆在你面前的是荒凉的，是横遭不测的，千百个母亲和小孩子是吼叫着的，哭号着的，他们嫩弱的生命在火里边挣扎着，生命和火在斗争。但最后生命给谋杀了。那曾经狂喊过的母亲的嘴，曾经乱舞过的父亲的胳膊，曾经发疯对着火的祖母的眼睛，曾经依偎在妈妈怀里吃乳的婴儿，这些最后都被火给杀死了。孩子和母亲，祖父和孙儿，猫和狗，都同他们凉台上的花盆一道倒在火里了。这倒下来的全家，他们没有一个是战斗员。”
5月12日，日军再次来袭，萧红和几个老头一起躲在公园石阶铁狮子附近，她看到“大批的飞机在头上飞过了，那里三架三架地集着小堆，这些小堆在空中横排着，飞得不算顶高，一共四十几架。高射炮一串一串的发着，红色和黄色的火球象一条长绳似的扯在公园的上空”。公园没有被击中，两个小时后，萧红和老头们离开了铁狮子。但25号日军第三次来袭时，公园终于被炸，铁狮子被炸得粉碎，“弹花飞溅时，那是混合着人的肢体，人的血，人的脑浆”的。那年12月，萧红居住的北碚也成了日机骚扰和轰炸的目标，她承受不起跑警报和担惊受怕的折磨，于是和端木蕻良商量离开重庆，1940年1月，他们到了香港。
在香港，萧红过了一小段抗战以来稀有的安稳日子，但在全民抗战的时刻离开重庆，也给了她不小的心理和舆论压力。她数次写信给友人表示想回内地，始终没有走成。1941年4月，史沫特莱告诉她日本人必将进攻香港和南洋，萧红想到新加坡去，[237]也没有走成。1941年底，香港时间12月8日，日军偷袭珍珠港，同时空袭港九，九龙上空警报声大作，卧病的萧红知道自己逃不了了，她拉住前来探望的柳亚子的手说：“我怕……我就要死。”[238]当晚，端木蕻良和骆宾基、于毅夫一起，用一张床单做成简易担架，从九龙渡海将萧红抬到了香港，安置在思豪酒店五层的套房内。12月18日晚日军和驻港英军隔海炮战，一颗炮弹落在思豪酒店六楼，次日一早萧红又被端木他们抬着匆忙离开。此后日军登陆香港，萧红被抬在担架上到处转移，最后住进了斯丹利街时代书店的书库。1941年12月25日，圣诞节的下午，港督宣布投降，香港沦陷。这是继1932年初哈尔滨沦陷后，萧红再一次见证一座城市在战争中的倾覆，炮火和恐惧中她的病情不断恶化，辗转数家医院后，于1942年1月22日上午去世。
如无数战争中无辜送命的人一样，萧红流离半个中国，终究没能逃过那个时代的宿命，她生前的友人周鲸文曾说：“萧红一生反抗日本侵略，写出了《生死场》。最终，还是日本的侵略断送这位热情似火、嫉恶如仇作家的生命。”[239]
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