张勋复辟时，孙中山即在上海号召护法，并与廖仲恺、朱执信等人南下广州。张勋复辟失败后，段祺瑞政府拒绝恢复《临时约法》，孙中山遂提出打倒假共和、建设真共和的口号，与西南滇桂军阀联合，举起护法旗帜，成立护法军政府。孙中山为大元帅，召集南下广州的国会议员150余人成立"非常国会"，与北京段祺瑞政府对立，力图恢复《临时约法》和旧国会，并令进军北伐。年底，段祺瑞一度辞国务总理职务。
本年1月，日本政府通过西原龟三在北京与曹汝霖等就交通银行第一次借款500万元达成协议签字，是为"西原借款"之始，以后日本政府又通过西原向段祺瑞政府多次借款，攫取了大量侵华利益。美日签订《兰辛一石井协定》，美国承认日本在中国有"特殊利益"，唆使日本在中国扩大侵略活动。毛泽东在长沙创办了第一所工人夜校。俄国十月革命取得伟大胜利，孙中山领导的中华革命党机关报——上海《国民日报>要闻版，以头条新闻予以报道和赞扬。
西原借款
西原借款是指日本寺内内阁时期（1916年10月9日一1918年9月28日）西原所经手的借款。在寺内内阁时期，日本与中国新签订的借款总额达3864.5万日元，"与寺内内阁成立前当时的对华借款总额12000万日元比，仅仅两年之间，就增加到三倍"。其中，"对中央政府借款2798.6万日元，对地方政府借款185.7万日元，对公司及私人借款880.2万日元"，对中央政府的借款占70％以上。而由西原直接经手或参与交涉签订的有八项，共14500万日元。除西原所经手者外，其他大宗借款有：善后借款三次垫款3000万日元、京畿水灾借款500万日元、军械借款3208万日元等。
西原龟三秉承寺内和大藏大臣胜田主计的意图，不通过日本驻华公使直接与段祺瑞北京政府交涉，谈判借款合同，并决定两国间很多重大问题，引起日本政府内部一部分人的不满。为此，寺内解释说："西原向中国政府当局提出的各项问题，决非西原个人向中国当局进行的交涉，其主旨都是我国政府所同意并想要实行的。"可见，"西原借款"及其活动，集中体现了寺内内阁对华的侵略方针和政策，是直接为寺内侵华政策服务的。
寺内内阁向段祺瑞北京政府提供贷款，与第一次世界大战爆发后世界政治形势的变化及日本经济的发展紧密相连。大战前，日本对外贸易连年入超，1913年日本对外负债总数达12.24亿日元。大战爆发后，欧洲各参战国忙于战争，民用工业生产瘫痪，国际航运停顿，而日本则成为军需物资的供应地。日本商品几乎未遇到竞争即进入国际市场，大大刺激了日本国内工业的发展。自1915年至1918年间，日本出口贸易急速增长，国际贸易顺差达28亿日元，成为拥有13.7亿日元的债权国家。日本银行的现金储备，1918年增至15.8亿日元。这是日本能够对华提供大量借款的经济背景。
对中国的大量借款是帝国主义国家在政治上、经济上控制和掠夺中国的一种重要手段。寺内内阁利用第一次世界大战给日本带来的有利时机，企图控制中国的财政、金融、交通等要害部门，掠夺中国的矿产资源，变中国为日本的原料供给地及商品市场。这是它对华政策的指导思想之一。胜田主计认为第一次世界大战结束后，国际间的经济战争必然很激烈，日本要想参加竞争，"必须从国外输入许多原料、并将其加工制成商品"，"若不如此，可以推想，十数年后，我国国民难以维持经济独立。是故，欲谋求我国经济独立的基础，当求诸地大物博的中国"。西原龟三认为，日本排斥列强在华利益，完全控制中国，对华政策应由"霸道主义"转为"王道主义"，中国人民就不会反对，"这样他们就会一致讴歌帝国，举国一致地主动听命于帝国"。因此，寺内内阁就要大量对华提供借款。但由于四国银行团垄断了对华政治借款的优先权利，日本横滨正金银行又是四国银行团的成员，日本若以政治借款的名义对华借款，必须与英、法、俄三国协商一致。为此，胜田主计主张采取经济借款形式，以避免与欧美各国在华势力产生矛盾和冲突。1917年1月20日，日本政府批准由兴业、台湾、朝鲜三家银行组成特别银行团，规定对华政治借款由横滨正金银行负责，"日本兴业银行、台湾银行及朝鲜银行共同应承中国经济借款"。
支持段祺瑞和皖系军阀，加强日皖勾结，是寺内内阁推行其侵华政策的重要手段。西原参与寺内内阁对华外交和侵略方针的制定，先后6次来华，代表寺内进行活动，与段祺瑞、徐树铮、靳云鹏、傅良佐、曹汝霖、陆宗舆、章宗祥等皖系军政要人和亲日派官僚关系密切，并干涉和操纵中国的内政。他是日皖勾结的直接牵线人物，"西原借款"是日皖勾结的产物。
年10月间，西原与胜田密议："深悉此时中国如能特派一适当的人前来日本表示敬意，并进一步磋商改善日中关系的具体办法，实在是最适机宜的事"，并表明以曹汝霖为特使最为适宜。他们将此意透露给中国驻日公使章宗祥。章宗祥电告段祺瑞："近日晤后藤（时任内务大臣），谓两国亲善，宜从经济联合人手，为疏通意见起见，最好由中国政界素有名望之人来日一游。"以段祺瑞为首的皖系军阀，虽然控制了北京政府，但深感自己的政权还不稳固。
当日本示意要改善日中关系时，段祺瑞立即予以响应。后因总统黎元洪及国会的反对，曹汝霖的赴日之行，未能实现。于是，寺内便于1916年12月中旬派西原龟三秘密前来北京，与段祺瑞政府直接洽谈。22日西原到京，23日就与曹汝霖、陆宗舆会谈。西原认为："此次会谈，接触到日中两国密切合作的根本问题，双方充分地交换了意见。"随后，西原又会见了段祺瑞及中国政界要人。为表示日本支持段的诚意，12月28日，西原与曹汝霖、陆宗舆草签第一次交通银行500万日元借款合同。这就是"西原借款"的开端。
西原回国后，段祺瑞急忙派他的亲信吴光新，拜访日驻华公使林权助及日本天津驻屯军司令官石光真臣等人，声述段祺瑞投靠日本的迫切愿望。1917年1月14日，吴光新在与林权助密谈时说："段曾拟真与日本合作。"1月15日吴拜会石光真臣时又说："（段）深知中日两国的亲善为当务之急"，希望日方予以帮助。日本与皖系军阀之间，一方积极引诱拉拢，一方急欲卖身投靠，双方终于勾结在一起了。
年2月至7月这一段时间里，在中国政治舞台上发生了两起重大政治事件：一是由于对德参战问题而引起的"府院之争"，二是张勋复辟，段祺瑞组织讨逆军打败张勋，第二次出任内阁总理，重执北京政府大权。在此期间，寺内内阁为怂恿中国对德参战和支持段祺瑞，曾两次派西原龟三来华，使日皖勾结进一步发展。
月20日，寺内内阁通过援段的对华方针，支持段祺瑞推行他的武力统一政策，形成日皖全面勾结。在此期间，日本以"西原借款"为中心，给予段祺瑞北京政府以各种名目的借款。除西原所经手者外，还有1917年8月28日签订的善后续借款第一次垫款1000万日元；1918年1月6日和7月5日又签订了第二次、第三次善后续借款各1000万日元；中国以地租和盐税剩余金作为借款担保。同时日本应段祺瑞的要求，同意给予军械援助，1917年12月30日，北京政府陆军部与日本泰平公司签订1800余万日元军械借款合同，加上1918年7月31日签订的第二次3242万余日元的军械借款合同，两次共购买日本军械计有：步枪12.5万支，子弹7550万粒，山炮316门，野炮228门等以及各种炮弹武器附件、配件等（最后结算为32081548日元）。1918年8月初，西原龟三又与曹汝霖商定，由日本供给2000万日元，作为编练"参战军"的经费，此后即于9月28日正式签订参战借款。
北京政府财政部所经手的电信、吉黑两省林矿、吉会铁路、满蒙四铁路、山东二铁路五笔为数共一亿日元的借款，其开支明细账表明：其中直接用于军费开支和购买军械之款，即占借款总数的35.3％；支付内债本利占34％（内债系指北京政府临时挪用或借用交通银行等用作军政开支之款），实际上这笔钱也多用作军费。上述两项合计即占借款总数的69.3％。至于归陆军部、参战军训练处直接掌管的军械借款和参战借款，则全部用于内战军费开支。曾任段祺瑞北京政府财政总长的曹汝霖，在他写的《民初外交回忆录》一文中说：当时军政开支"每月约需二千万元，而财政部可靠之收入，每月只余关余、盐余（海关、盐税抵押外债，每月付本息所余者）、烟酒税、印花税、所得税等等，合计不足一千二百万元尚短八百万元，则藉借款为弥补"。上述有关档案资料和当事人的记述均说明若无日本的支持，皖系军阀是无力向南方用兵的；而日本之所以如此积极支持段祺瑞打内战，则是为了向英、美势力比较集中的长江流域南方各省扩张侵略势力，妄图利用皖系军阀的"武力统一"，来达到它独占中国的侵略目的。
为了支持皖系军阀段祺瑞对南方的战争，日本于1918年4月30日，由西原经手以电信借款名义，给予段政府2000万日元借款。对于这笔借款，"彼此心照，不用于电信方面"，全部拨充皖系军阀发动内战的军费。
年5月29日，西原第六次来京，与交通总长兼署财政总长曹汝霖会谈。6月18日，签订吉会铁路1000万日元借款合同；8月2日，签订吉林、黑龙江森林金矿3000万日元借款合同。8月6日交换了三个文件：（1）国营制铁厂借款合同，制铁及铁矿砂供给合同及其附属文件；（2）退还庚子赔款及产业开发议定书；（3）关于中国铁路资本团的议定书。上述三个文件，作为曹汝霖、西原协定，拟成备忘录互换，言明待征得日本政府同意后，再签正式合同。双方还就整理税制和改革币制等问题，交换了意见。关于山东问题，段祺瑞北京政府同意：日在青岛和济南驻军，中日合办胶济铁路等。在9月24日双方互换照会时，驻日公使章宗祥竞在复照中说："中国政府对日本上列之提议，欣然同意。"这便成为日后日本在巴黎和会上坚持侵占山东的借口。日本提出的各项侵略要求，大部分得到满足。
年9月28日，中日双方正式签署吉林黑龙江森林金矿、满蒙四铁路、山东济顺高徐二铁路、参战等四项借款合同。至于制铁厂一亿日元借款，则由于寺内内阁倒台，而被搁置起来。
段祺瑞皖系军阀对日本所提出的种种侵略要求，都予以满足。只要日本给钱，给军火武器，支持他们扩张地盘，他们就肆无忌惮地出卖国家主权和民族利益。段祺瑞的卖国行为，远远超过了袁世凯。寺内正毅下台时曾夸耀其侵略中国的功绩说："本人在任期间，借与中国之款，三倍于从前之数，实际扶植日本在中国之权利，何止十倍于二十一条。"
"公民团"事件
总统黎元洪和国务总理段祺瑞在是否对德参战问题上发生激烈矛盾。黎担心参战权掌握在段手中，使段进一步加强对自己和国会的控制，因而在美国的支持下，反对参战。而段为了解决扩充军队的经费问题，企图从日本那里得到参战借款，因而在日本的支持下，极力主张参战。黎、段双方在是否参战问题上相持不下。
月3日，由段祺瑞主持的内阁会议通过了对德绝交案。但是，当段把该案交给黎批准时，黎借口国会尚未通过，拒绝在议案上签署。后在副总统冯国璋的调停下，黎勉强同意，3月8日，国会通过了对德绝交案。3月14日北京政府正式宣布对德绝交。
对德绝交后，随之是对德宣战问题。当时，举国上下反对对德宣战。但是段祺瑞为达到参战目的，决定孤注一掷。他利用自己在北洋军阀中的威望，在北京组织由各省督军组成的督军团，利用督军团向黎元洪和国会施压，企图迫使黎和国会同意对德宣战案。由于督军团和段多方对黎施加压力，黎被迫同意将宣战案提交国会讨论。
月10日，国会审议宣战案，段祺瑞怕国会不予通过，便指使其亲信组织"公民请愿团"、"陆海军人请愿团"、"五族公民请愿团"、"政学商界请愿团"、"北京学界请愿团"、"学军商界请愿团"、"北京市民请愿团"等，共约3000余人，由陆军部人员指挥。这些请愿"公民"都是由段的手下临时雇佣来的军警流氓、乞丐和失业游民等，其雇价自铜元七八枚到银元半元不等。他们手摇小旗，散发传单，声言必须当天通过对德宣战案，否则将对国会和议员采取激烈手段。他们向议员投以各种各样的"请愿书"和"警告"传单，如议员不接受，就被他们拉下车殴打，当场受到殴打的议员就有10余人。他们还派"公民代表"闯进会场，声称"倘不通过参战案，一个议员也别想出去"，出去则"打死无赦"。北京警察当局闻讯派人前来"维持秩序"，但并不驱散"公民团"，而是不准许被"保护"的议员们外出，"公民代表"则可自由出入。议员们强烈要求先解决这种情况，否则不开会讨论对德宣战案。段祺瑞见国会不愿讨论宣战案，也就无意派人驱散"公民团"。他说："人民到国会来进行和平请愿，不应当以武力强迫解散。如果这样做了，就会引起军民冲突和流血事故。因此，我们只能采取和平劝导的方法。"由于段的纵容，"公民团"包围国会从下午2点半一直持续到晚上9点，一些等得不耐烦的"公民"向国会院内投掷砖瓦，意在恫吓议员接受他们当晚通过对德宣战案的要求，不料一块石头击中日本记者，段害怕引起外交事件，这才命人把"公民团"驱散。
晚上9点半钟，国会开始开会，到10点半会议结束，被围困达10个小时之久的议员们从会场出来时，仍是在军警的层层保护之下鱼贯而出。他们找不到回家的车子。来时的马车或人力车有的被"公民"捣毁了，有的则溜之大吉。
"公民团"事件发生后，孙中山与段祺瑞内阁的农商总长谷钟秀立即联合通电，要求北京政府严惩肇事者。北京、上海等城市的学界、商界和南方各省的督军及省议会，纷纷通电响应。江苏督军冯国璋、江西督军李纯通电附和。为抗议皖系军人制造的"公民团"事件，国民党阁员谷钟秀、张耀曾、程璧光相继辞职，外交总长伍廷芳也潜离北京，使内阁仅剩一人。为了掩人耳目，段便耍了一套转移目标的把戏，指使人又以所谓京津各界公民联合请愿团的名义通电痛斥"政府当场指使警察、滥用职权，威迫‘公民’解散"，还有"公民"代表到地方检察厅控告北京警察总监吴炳湘蹂躏人权。这种倒打一耙的把戏，无异掩耳盗铃。
北洋八省独立事件
以黎元洪为首的总统府集团和以段祺瑞为首的国务院集团在对德参战问题上发生激烈矛盾。黎在美国支持下，反对参战，而段在日本的支持下力主参战。3月3日，由段主持的内阁会议通过了对德绝交案。随后，段又迫使国会通过对德绝交案。3月14日，北京政府正式宣布对德绝交。
对德绝交是为了对德宣战。段祺瑞为使参战案能在国会顺利通过，便于4月下旬在北京组织了以皖系军人为主的督军团，利用督军团向黎元洪和国会施加压力，迫使黎同意将对德宣战案提交国会讨论。5月10日，国会讨论对德宣战案，段祺瑞唯恐国会不予通过，指使其亲信组织所谓"公民请愿团"，包围国会、殴辱议员、要求当日必须通过对德宣战案。结果事与愿违，段的暴行激起议员公愤，会议作出暂不讨论宣战案的决议，内阁中非皖系阁员接连辞职。段祺瑞恼羞成怒，指使督军团逼迫黎元洪下令解散国会，黎并未照段意办理，还准备采取断然措施来对付段。正在这时，北京英文《京报》揭露了段以允许日本训练中国军队和控制兵工厂等为条件，向日本借款一亿日元的卖国行为，激起全国人民的愤慨，黎利用人民的反段情绪，在美国公使支持下，于5月23日下令免去段的国务总理职务，并即以伍廷芳代理。段祺瑞被免职后，愤然退居天津，并唆使北洋各省军阀宣布独立，脱离中央，以推倒黎元洪，解散国会。5月29日，安徽省长倪嗣冲，首先宣布独立。他通电宣称："群小揽权，扰乱政局。……政府几乎一空，宪法又系议院专制，自今日始，与中央脱离关系。"此前，奉天督军张作霖已通电要求解散国会及段复任，否则即与北京政府"断绝"关系。继皖、奉之后，河南督军赵倜、省长田文烈，浙江督军杨善德、省长齐耀珊，山东督军张怀芝，陕西督军陈树藩，直隶督军曹锟，黑龙江督军毕桂芳等纷纷宣布"独立"。
皖、奉等八省宣布"独立"后，段祺瑞的心腹徐树铮密电倪嗣冲说：皖、奉均已"独立"，天津"需有主持之人，方能与中外官长交接办事"。6月2日，"独立"各省便在天津设立"各省军务总参谋处"，徐世昌为大元帅，雷振春为总参谋长，宣布要另立"临时政府"和"临时议会"。当时，一些复辟派、帝制派、段党、研究系以及其他一些阴谋政客和投机分子纷纷投身"各省军务总参谋处"，它名义上是"独立"各省的联合军事机构，实则是"独立"各省所组织的变相的"临时政府"。它在成立宣言中宣称"此次用兵，专为黎氏一人"。至于驱逐总统以后，是拥段上台还是拥溥仪复辟，只字未提，把中国的政局搅得更加混乱。后来，当段祺瑞看到张勋企图借机拥溥仪复辟时，便在研究系首领熊希龄的策划下，决定利用张勋复辟，赶走黎元洪，再以讨伐复辟为名，重掌北京政权。于是，段于6月22日撤销了"各省军务总参谋处"，"独立"的各省相继宣布取消"独立"，"归附中央"，独立闹剧结束。
府院之争
段祺瑞，原名启瑞，字芝泉。安徽合肥人，故后来人们把以他为首的一派北洋军阀集团称为"皖系"。清末随袁世凯在天津小站编练新建陆军，受袁赏识，和冯国璋、王珍并称"北洋三杰"。北洋政府成立后，长期担任陆军总长，为袁世凯独裁统治效力。袁氏准备称帝之际，开始削弱他的兵权，段对此深表不满，公开抵制袁氏帝制活动。1916年6月袁死后，为避免北洋军阀分裂，拥黎元洪继任总统，段任国务总理。他以北洋正统派首领自居，凭借皖系军阀的实力，拉拢以梁启超等人为代表的研究系，依靠日本帝国主义支持，掌握北京政府的实权，把黎元洪视作傀儡；黎则以美国为靠山，拉拢国民党议员组成的商榷系，引国会为后援，与段祺瑞明争暗斗，酿成了"府院之争"。"府"即总统府，指黎元洪一派；"院"即国务院，指段祺瑞一派。这场斗争既反映了日本与美国两个帝国主义争夺中国的矛盾，也反映了研究系与国民党人的矛盾、国民党与皖系军阀的矛盾以及黎元洪和段祺瑞个人之间争权夺利的矛盾。斗争的焦点主要表现在制定宪法、府院权限和对德绝交与宣战三个问题上。
制宪问题上的斗争，主要是在国会中进步党研究系和国民党商榷系之间展开。1916年7月南方军务院撤销后，国民党和进步党双方都积极组织力量，力图由自己控制即将恢复的国会。8月底、9月初，国民党划分成以马君武、居正、田桐等中华革命党议员为骨干的"丙辰俱乐部"；谷钟秀、王正廷、吴景濂等国民党稳健派为主体的"客庐系"和孙洪伊、丁世峄、温世霖等激进派进步党人组成的"韬园系"。9月，这三派议员组成"宪法商榷会"（简称商榷系），是为国会中的第一大党。不久客庐系又分化成政学会和益友社，丙辰俱乐部与韬园系合组为"民友社"。进步党早于8月即分别结成"宪法研究会"和"宪法研究同志会"，9月合并成"宪法研究会"（简称"研究系"）。，在国会中是仅次于"商榷会"的第二大党。在当时国内政治斗争中，国民党人（商榷系）和南方地方势力支持黎元洪；进步党（研究系）和亲段的北洋督军支持段祺瑞，所以商榷系与研究系在制宪问题上的矛盾斗争直接反映着黎、段之间的矛盾斗争，在府院之争中占有重要地位。从9月下旬，国会开始审议宪法草案（即1913年制订的《天坛宪法草案》，这个草案因袁世凯解散议会而被搁置），双方争议最大、辩论最激烈的是省制（地方制度）是否列入宪法问题。研究系为加强段祺瑞的势力，主张加强中央集权，由中央任命各省省长，反对把省制列入宪法；商榷系则主张将省制定人宪法，省长民选，给地方一定的自治地位，目的在于反对北洋军阀集权，维持南方实力派的半独立地位，以使国民党得到生存和发展，反映资产阶级和南方各省实力派的利益。其次在国会体制问题上双方也存在严重分歧：国民党主张扩大国会权限，以抵制段祺瑞的独裁；研究系则主张缩小国会权力，改两院制为一院制，以迎合段祺瑞专制的需要。双方激烈辩论，互不相让。12月8日，众议院投票表决省制人宪问题时，竟至发生两派议员互相辱骂，以墨盒、椅子为武器大打出手的武斗闹剧。
府院权限之争是府院之争的又一重要内容，黎、段个人关系的恶化，首先表现在这个问题上。袁世凯死后，段祺瑞起用亲信徐树铮任国务院秘书长，当时府院权限不明确，加以徐树铮为人刚愎自用，飞扬跋扈，只知有总理，不知有总统，把黎元洪当作盖印工具，常把拟好的国务院命令，不加任何说明，照直呈请黎加盖总统印发布。黎稍加询问，徐即不耐烦，有时甚至言语顶撞，令黎元洪十分不快，也引起府方人员极大不满。8月下旬，府方秘书长丁世峄起草了一份《府院办事手续意见书》，提出总统可出席国务会议；总统对任免官吏不同意，得拒绝盖印等七项内容。段祺瑞坚决反对黎元洪插手国务院事务，遂称病不出，后经人劝解，方销假视事。最后，府、院双方对府、院权限议定了几项折衷办法：总统不出席国务会议，但会议议事日程须先期呈阅；会议记录随时呈阅；总统对国务会议所议事件认为不合者，得交回复议一次。此后，黎、段矛盾一度有所缓和。但段独揽政权的局面并元改变，所以府、院矛盾仍在继续发展。8、9月间，站在黎元洪一方的内务总长孙洪伊因职务权限被侵，与徐树铮发生激烈冲突。10月18日，院方在段祺瑞单衔副署的情况下，拟就免去孙洪伊职务的命令，黎元洪拒绝盖印，段遂以辞职相威胁，黎只好让步，提出令孙自己辞职；而孙坚拒辞职。国会中民友社议员也支持孙与段抗衡，并就免孙问题向内阁提出质问案；又向国会提出查办徐树铮"七大罪状"案，黎元洪只好请正在河南卫辉原籍休养的徐世昌进京调解，并试图顺势更换段内阁，即以徐世昌为国务总理，重组内阁。徐答应调停，而拒绝组阁。11月16日，徐世昌抵京，分别与黎、段会晤。最后，徐提出兼顾府、院双方威信的三点办法：（1）保持段内阁；（2）孙洪伊免职；（3）府秘书长丁世峄与院秘书长徐树铮同时去职。段勉强接受。20日，孙被解职。两天以后，徐树铮辞职。丁世峄本也提出辞职，但黎元洪以为，孙已被免职，院方以徐树铮辞职作交换条件，尚属合理，若再令丁世峄辞职，则未免不公，故此不准丁辞职。段祺瑞不能容忍，立即挑唆北洋系督军通电攻击丁世峄，令丁不安其位。1917年2月25日，黎被迫批准丁辞职。至此，此次府、院政潮以段祺瑞的胜利而告终。
黎元洪与段祺瑞之间的政争在1917年对德外交问题上达到白热化的程度。1917年春，第一次世界大战正在欧洲激烈进行。其间，日本借西方列强大战之际，加紧侵略中国；在西方列强中，只有尚未参战的美国有余力与日本在侵华问题上展开竞争。2月初美国宣布对德绝交后，企图拉中国步美国后尘。美驻华公使芮恩施连日拜谒黎元洪、段祺瑞，要求中国与美国采取一致行动。黎对美国素具好感，希望在外交上得到美国的支持，以与以日本为靠山的段祺瑞抗衡，所以欣然接受芮恩施的要求。段祺瑞也赞成与德国绝交，一则因为美使芮恩施极力宣扬如中国与美国采取一致行动，战后会获得巨大利益，使段颇为动心；再则段祺瑞通过驻日公使章宗祥探询日本政府态度，日本并无反对中国与德国绝交之意。故此，2月9日，北京政府就德国潜艇封锁公海一事向德国提出抗议。日本原来反对中国参战，但当获悉美国插手中国对德外交、企图左右中国政局的动向之后，立即转而积极支持中国参战，以同美国争夺对中国参战的控制权。段祺瑞也企图借参战之机，勾结日本，借款练军，扩充皖系实力，所以甘心听从日本摆布，特向日本保证今后对德问题均"与日本取同一之态度"。美国见掌握北京政府实权的段内阁完全按日本意旨行事，显与美国当初拉中国参战的意图相违背，于是又转而反对中国参战，并通知中国政府，在对德问题上不必与美国取一致态度。美国态度的转变又影响了黎元洪集团，黎一变而为对德绝交和宣战的反对者，段祺瑞则成为这一政策的积极推进者。黎、段在对德问题上的冲突，正是美、日两国不同政策的反映。3月3日，段祺瑞主持的国务会议通过对德绝交案，并拟就致驻日公使章宗祥的电稿，令章通告日本政府，中国即与德国绝交。4日，段率阁员至总统府，要黎在对德绝交咨文上盖印。黎认为事关重大，以还需慎重为辞，拒绝盖印。段愤怒离去，当晚即宣布辞职，离京赴津。黎本想乘段离京之机改组内阁，以徐世昌或王士珍出面组阁，但徐、王均坚拒不就。此时恰值副总统冯国璋来京磋商外交问题，黎即请冯出面调停。冯答应调停，但需黎接受不反对内阁确定的外交方针；对国务院拟发之命令不拒盖印；对内阁致各省及驻各国使节之训电不提异议（黎元洪曾反对发出3月3日国务会议拟就的致驻日公使章宗祥的电稿）等三项条件。黎无异言。6日，冯亲赴天津迎段返京。7日，段即到国务院办公。8日，段将经黎盖印之对德绝交咨文提交国会。10日、11日两天，参、众两院分别通过对政府外交政策信任案。14日，北京政府正式宣布对德绝交。
对德绝交实现后，参战问题又成为府、院和国会两派斗争的焦点。当时段祺瑞推行参战政策虽有梁启超的鼎力相助和精心策划，也得到蔡元培、王宠惠、胡汉民、汪大燮、熊希龄等人的有力支持，但仍遭到强大的社会舆论的反对。对德绝交前，孙中山曾电参、众两院，坚决反对参战。其他社会名流，如康有为、唐绍仪、谭人凤、马君武等均通电反对。各地工商界因害怕战争影响商业利益，纷纷致电北京政府，反对与德绝交和宣战。甚至各省军阀，包括皖系北洋军阀，也都因害怕调动他们的军队去欧洲而反对参战。在社会舆论的影响下，国会的态度也有变化。民友社本来就反对对德绝交，只因不占多数，所以国会通过了对德绝交案。商榷会大多数议员认为对德外交只能到绝交一步为止，不能再宣战。在这些反对参战的舆论中，段祺瑞最重视的是各省军阀的态度。为了统一北洋军阀的认识，段假借"军事会议"名义，召各省督军进京议论外交，以图将各省军阀由推行宣战政策的阻力，转变为助力；然后再以军阀势力恫吓国会，压迫总统，通过参战案。4月中下旬，各省督军或督军伐表陆续到京。段祺瑞向他们说明，所谓"对德宣战"，实际是"宣而不战"，不必各省出兵，而且能从外国借款练兵，加强实力。很快，北洋督军们转变了态度。25日，军事会议开幕，段的外交方针在北洋督军中获得压倒多数的支持。此次会议，后来即被称为"督军团"会议。5月1日，国务会议在督军团干预下通过了对德宣战案。段随即率阁员奔赴总统府，面请黎元洪核准。同日，日本公使林权助也登门"拜访"黎元洪，声称如国会否决参战案，政局将发生纷扰。3日，安徽省长倪嗣冲率督军团至总统府，要挟黎元洪核准参战案。在段祺瑞、督军团和日本公使的压力下，黎元洪于5月6日在参战案咨文上盖印，提交国会讨论。在国会，反对参战的力量占据优势，10日，国会全院委员会审查对德宣战案。皖系军阀效法当年袁世凯选举正式大总统之故伎，出钱收买地痞流氓，组织所谓"公民团"（有"五族公民请愿团"、"学界请愿团"、"陆海军人请愿团"、"政学商界请愿团"、"北京市民请愿团"等名目）数千人包围国会会场，沿街散发传单，要挟国会即日通过参战案，否则不许议员离开会场一步。有些国民党议员拒绝接受传单，竞遭到殴打。议员们极为愤慨，当即议决将全院委员会改为全体议员大会，请国务总理段祺瑞、内务总长范源濂、警察总监吴炳湘到会保护议员安全。后因"公民团"向会场抛掷砖头，误伤日本记者，吴炳湘才派马队将"公民团"驱散。"公民团"事件发生后，引起全国舆论大哗，孙中山、唐绍仪等及各界人士纷纷通电谴责，要求严惩肇事者，国民党阁员伍廷芳、谷钟秀、张耀曾、程璧光辞职。这届内阁包括国务总理段祺瑞在内，共9人，早有因其他原因去职者，也有长期请病假者，内阁中仅剩下段祺瑞一人。在国会，商榷系议员一致采取抵制段内阁的立场。19日，众议院议决："对德宣战案暂行缓议，俟内阁全体改组后再行讨论。"实际上已构成对内阁的不信任。段祺瑞不甘心失败，决心胁迫黎元洪解散国会。督军团也连开会议，商讨对策，并几次人总统府要挟黎元洪解散国会。黎元洪看到段祺瑞在内阁中已成光杆司令，又受到社会舆论的谴责，遂在美国"允为后盾"的情况F决定改组内阁。20日，他批准谷钟秀、张耀曾、程璧光三人辞职，却将外交总长伍廷芳的辞呈留住未发。23日，黎元洪发布了三道命令：（1）免去段祺瑞国务总理和陆军总长职务，特任外交总长伍廷芳暂代国务总理；（2）委派陆军部次长张士钰暂代陆军总长；（3）委派王士珍为京、津一带I临时警备总司令，江朝宗、陈光远为副司令，同时通电各省说明"迫不得已"罢免段祺瑞的理由。段接到免职令后即乘火车赴津，临行前发表致各省电，声称免职令未经他本人副署，将来"地方及国家因此发生何影响，概不能负责"。嗣后，段即赴津策动督军团解散国会，驱逐黎元洪，以致引发张勋复辟丑剧。
张勋复辟
张勋，字绍轩，江西奉新人。1884年在长沙投军当兵，辗转升迁，至1911年（清宣统三年）任江南提督。武昌起义时期，在南京残酷镇压响应起义的新军，又顽抗围攻南京的江、浙革命联军，失败后退守徐州，被清政府任为江苏巡抚兼署两江总督、南洋大臣。袁世凯窃国后，所部改称武卫前军，驻兖州，仍以清朝忠臣自命，时刻梦想推翻民国，复辟清室，禁止其部下剪发，被称为"辫军"，称他为"辫帅"。1913年积极参加镇压"二次革命"，被袁世凯提升为江苏都督，后转长江巡阅使，授定武上将军，武卫前军改称定武军，移驻徐州。1913年和1916年曾两次策动叛乱复辟，均未得逞。袁世凯洪宪帝制失败后，他从反面总结"教训"，认为袁氏错在不复辟清室而帝制自为，未免"辜负皇恩"，有失忠义，故此致败。因此他妄图复辟清室的活动不仅不加收敛，反而益形猖獗。从1916年6月至1917年1月，他连续召开了三次有北洋督军及清朝遗老遗少参加的徐州会议，一面大肆攻击国民党，干涉国会制宪；一面为复辟清室聚集力量。1917年春，当国务总理段祺瑞与继任总统黎元洪之间的政争因对德宣战问题进入高潮之际，段和黎争相拉拢张勋，以为己援。段企图借张之手，解散国会，推倒黎元洪；黎企图利用张与段在参战问题上的分歧（段祺瑞坚主对德宣战，而张勋却因复辟派依恃德国支持，反对对德宣战），借张之力，"昌言"反对参战，实现"倒阁去段"的宿愿；张勋则欲利用府院之争造成的混乱之机，达到他复辟清室的梦想。
年5月下旬，黎、段府院之争已到了不可开交的地步，原在北京参加军事会议的各省督军纷纷离京回任。其中拥段的急先锋、安徽省长倪嗣冲、山东督军张怀芝等20余人于21日晚乘火车奔赴徐州，鼓动张勋带头解散国会，驱逐黎元洪。于是，由张勋出面召开第四次徐州会议，段祺瑞的心腹党羽徐树铮也参加了会议。23日，黎元洪罢免国务总理段祺瑞职务。消息传来，倪嗣冲立即在会上借题发挥，顿足大骂，声称要"首先发难"，非推倒黎元洪不可。张怀芝随声附和，提议与会各省由京奉、津浦、京汉三路进攻北京。张勋则乘势表示，"保护北洋系，当另求善法"，他所谓的"善法"，即推倒现政府后，各省共同拥戴清帝复辟。徐树铮当场表示，段祺瑞虽然不能公开支持复辟，但只要解散国会，推倒黎元洪，其他一切在所不计。倪嗣冲、张怀芝等也都表示支持。于是，这次徐州会议议定了实行复辟的步骤：各省督军先各回本任，宣布独立，与中央脱离关系；而张勋则暂不参加，以便在黎元洪无计可施之时，出任"调人"，胁迫黎接受督军要求，解散国会；然后再迫黎下台，复辟清室。会后，由张勋倡首。与会者在一块黄绫子上签名为信，表示驱黎复辟的决心。24日，各督军自徐州各回本任，张勋则展开他即将出任"调人"的活动。张在黎元洪和段祺瑞之间，大耍两面派手法：在黎元洪罢免段祺瑞之前，他曾密电黎元洪，表示支持其罢免段祺瑞职务，谓："段氏不去，国家不安，总统应断，实所赞同"，并表示督军中"如有不遵明令袒段反抗者，勋当力为调解"。而在5月20日又发表公开通电，赞扬倪嗣冲、张怀芝等督军团关于解散国会的要求"词严义正，‘一秉大公"，表示"勋虽元似，敢不力持正义以盾诸公之后"。23日，即在黎免段发布的同一天，又密电黎元洪，谓"勋维持时局、尊重国会之意，与前毫无所异"。5月24日，他又致电黎元洪，一方面气势汹汹地斥责罢免段祺瑞未经国务总理副署，是中央"破坏法律"，并以北洋各省将"自由行动"相威胁；另一方面又说免段法令为总统府秘书厅"逾越职权，擅发通电"，似乎不是黎元洪的责任，要黎拿出"持平办法"，以免"激生他变"。这种两面手法，显然是为充当"调人"埋下伏笔。
黎元洪在罢免段祺瑞后，立即发生内阁危机。他先后恳请徐世昌、王士珍出组内阁，徐、王均坚不应召。黎百般无奈，于28日任命既与张勋关系密切、又与北洋军阀有渊源的前清官僚李经羲出组内阁，一以安定北洋派；二可拉拢张勋。李经羲，字仲仙，号悔庵。安徽合肥人。清末曾任云贵总督。1913年为政治会议议长，次年改任参政院参政。袁世凯称帝时，尊他为"嵩山四友"之一。此人与淮军有历史渊源，是淮军祖师李鸿章之侄，亦可算作淮军前辈，而北洋军出自淮军，所以与北洋派可谓有渊源。李经羲又与张勋私人关系极为密切，跟随张勋十余年、最受张勋宠信之谋士刘文揆是李经羲之侄婿，所以黎任用李，有讨好北洋派和张勋的双重作用，以为李出组内阁必使当时纷乱的政治局面趋于稳定。但是，就在同一天，奉天督军张作霖、安徽省长倪嗣冲发表通电，提出四项要求：修正宪法、解散国会、复段祺瑞职、释放政治犯。声称如不照办，"惟有断绝关系以谢天下"129日，倪嗣冲在蚌埠发表独立通电，宣布同中央脱离关系，叫嚷誓师北伐，并擅自扣留津浦路局火车50辆，以运兵北上。紧接着，奉天、山东、河南、浙江、山西、福建、陕西也纷纷宣布独立，一致提出解散国会、复段祺瑞职等项要求。张作霖更声称要出兵"直捣京师，惩彼奸人"。"奸人"，即指黎元洪。面对混乱的北京政局，直系军阀头目、身为副总统的冯国璋空喊"调停"，却无得力举措，实则采旁观态度。6月1日，连与段祺瑞有矛盾的直系军阀曹锟也宣布独立，冯国璋也向段派倾斜，致电黎元洪称，"惟有从解散国会人手"。黎元洪一筹莫展，只得连电李经羲入京组阁，但李也被北洋督军的气势所吓倒，躲在天津租界不敢出来。最后在黎元洪的一再敦请之下，声言必须张勋北来，与张偕同到京方肯就职。正在黎元洪走投无路之际，5月30日张勋致电黎元洪，提出担任调停的五项条件：（1）解散国会；（2）段公复职；（3）督军参议宪法；（4）摈斥群小（指为黎元洪信任的总统府军事幕僚处处长哈汉章及金永炎等人）；（5）大赦帝制党人（指洪宪帝制要犯）。谓黎若能接受这五项条件，则"勋可北上调停"。此电意在取悦于拥段派北洋督军。同日，张又密电黎元洪，对宪法和国会问题，表示了中立立场，且称对出席第四次徐州会议的督军"曾经力为排解"；在语气之间，对黎充满关心爱护，颇符合一位"调人"的身份。黎以为抓到了一根救命的稻草，能有张勋这样一位有兵有势的强人出面调停，是他摆脱政治困境的唯一办法。曾有人提醒黎元洪，张勋进京恐有复辟阴谋，但当时的事态发展已不容黎有其它选择。于是6月1日，特以大总统明令召张勋进京调停时局。
当北京政局混沌、杌隍不安之际，下野的段祺瑞正在天津积蓄力量，待机卷土重来。拥段的各省军阀、研究系、交通系、帝制派分子聚集在段祺瑞的门下，共同策划倒黎方策。6月2日，在天津成立"各省军务总参谋处"，以洪宪帝制要犯雷震春为总参谋。段还打算在天津成立临时政府，准备赶黎下台后，举徐世昌为大总统。但是这个计划很快又被放弃。一是由于美国反对。6月7日，美国向北京政府发出劝告："美国政府对中国发生的纷争，深表遗憾，诚挚的希望立即恢复平静与政治统一。""美国极为关心的是中国能维持一个统一的、负责的中央政府，而此刻诚挚的希望中国为自身及世界利益计，立即消除派系斗争。"二是由于张勋的反对。张勋是怕段祺瑞一旦建立了强大的皖系政府，即无法实现他的复辟清室的计划，故通电警告段祺瑞、徐世昌，"不得于通常名目之外，另立名目"。三是由于"各省军务总参谋处"内部意见分歧，难于统一。所以这个计划仅宣传了一个星期即宣告流产。
月7日，张勋率辫子军步、马、炮兵十营，约4300人从徐州启程北上，8日晨抵达天津，9日辫子军即进入北京，驻扎在天坛、先农坛一带，而张勋本人则在天津停留，目的一是等待黎元洪解散国会；二是探询段派人物及列强对复辟帝制的态度。由于当时日本认为清室复辟"目下尚非其时"，故支持段棋瑞建立统一政府，而不支持张勋。段祺瑞为利用张勋解散国会，驱黎下台，对其复辟企图未加可否；徐世昌则秉承日本意旨，在探询了日本的意图以后，力劝张勋万勿轻举妄动，张勋复辟的决心为之动摇。他打算先胁迫黎元洪解散国会，再扶植李经羲内阁以控制大局；复辟之事，观望一个时期再说。8日晚，张勋即对来天津迎接他的总统府秘书长夏寿康提出"解散国会"、"摈斥群小"等调停条件，限三日内（6月8日下午6时至11日下午6时）实现，否则不负调停责任，任各省军队自由行动。黎元洪不敢怠慢，当天即下令撤销军事幕僚处。而对于解散国会，一则黎怕担违法之名；二无人肯于副署解散国会的命令，因而颇为踌躇，但在张勋的武力威胁之下，亦无可如何，遂于次日拟好解散国会的命令，交代理国务总理伍廷芳副署。伍坚决拒绝，并说："余法学士也，余未见宪法许总统解散国会。余决不与闻此举，宁死不从！"张勋气势汹汹地致电伍廷芳，竟以命令口吻对伍说："务望立予副署，早布明文"，又威吓说："现在兵迫京畿，旦夕口（即）可横决。设以一人之梗议，致大局之全隳，责有专归，悔将何及！"伍廷芳不为所动，坚定地表示："约法无解散国会明文"，非全国一致赞同，不能"遽然从事"。还对人说："别人畏怕兵力，独我71岁之老头子不怕恫吓。"黎元洪无奈，再次敦促李经羲"即日进京就职"，副署解散国会的命令，而李以"我既未就职，更说不到副署"为词，躲闪不前。张勋大发雷霆，说是无人副署，即让黎元洪按戒严时期处理，以大元帅名义发布解散国会命令，无须副署。如果6月12日晚12时以前仍无解散命令发布，即回徐州，不负调停责任，13日起各省军队即可自由行动。总算把解散的时间推迟了一天。12日晚，黎元洪在公府连夜召开会议，有人提议，可以步军统领江朝宗代理国务总理，江本人也慨然允诺。黎元洪遂免去伍廷芳代理总理职务，改任步军统领江朝宗为代总理，副署解散国会的命令，并于13日凌晨（倒填为12日）发布。
日，张勋以胜利者的姿态，偕新任国务总理李经羲及帝制分子刘廷琛、胡嗣瑗、万绳械、张镇芳、雷震春等到京。黎元洪特开中华门，以黄土铺路，迎接张勋。张勋声势极为显赫，"恍若讨征成功之帝王"，道旁军警林立，由前门车站直抵公府，沿途军队不下万人，附随的汽车达百余辆。张勋进京后，一面通电各省，令其取消独立；一面求助于冯国璋帮助疏通各省军阀支持李经羲组织内阁。19日至22日，独立各省相继取消独立；天津"各省军务总参谋处"也于22日宣布撤销；24日李经羲宣布就职。复辟派的死硬分子刘廷琛、胡嗣瑗、万绳栻、张镇芳、雷震春等不满张勋中止复辟之举，骂他欺君卖友；并煽动栖息津、沪的清朝遗老密函张勋，谓现在"民国已无存立之理，自非复辟不能立国"，"称兵各督，已与乱党结不解之仇，非归命朝廷，依附义旗之下，无以自处"，逼其立即树起复辟旗帜。又蛊惑张勋说："公进有万全，退无一是；进有不世之功，退有不测之祸。孰得孰失，不待智者而决矣。""我公智深勇沉，乘时而动……七载以来，几经艰难困苦，始有此千载一时之会，虽天所相，实我公之精诚有以感之。万世瞻仰，在此一举。"6月27日晚，早已由维新派堕落为保皇党党魁的康有为带着预先拟好的伪诏十余道，并携同沈曾植、王乃徵等人秘密潜入北京，为张勋复辟推波助澜。康有为在民国建立以后，一直与清朝遗老遗少沆瀣一气，诽谤共和，鼓吹君主制。到北京后，眼见多年的梦想，就要变为现实，非常得意，途中特赋诗一首，诗云："廿载流离逐客悲，国门生入岂能知。长驱津浦有今日，大索长安忆昔时。朝市累更哀浩劫，天人合应会佳期。西山王气瞻葱郁，风起云飞歌有思。"在复辟派的鼓噪下，张勋决心不顾一切，发动复辟。28日晚，张勋与康有为、沈曾植、王乃徵、张镇芳、雷震春等在张勋私宅举行会议，决定了复辟计划。30日傍晚，张勋偕刘廷琛等潜人清宫，与溥仪的师傅陈宝琛举行御前会议，将复辟计划告知清室。会后，张勋到江西会馆听戏，同时飞调驻扎在天坛的辫子军和驻在南苑的第十二师（陈光远统率）人城，被步军统领江朝宗所阻。夜12时，张勋返回住所，召集京、津警备司令王士珍、江朝宗及京师警察总监吴炳湘、陈光远、李进才（第十三师师长）及康有为、梁鼎芬、刘廷琛等开会，当即宣布欲行复辟，继而厉声逼迫王士珍、江朝宗立开城门，放辫军人城。王、江面面相觑，不敢反抗，于是北京城门洞开，放辫军尽人。7月1日凌晨3时，张勋身着朝服，头戴红顶花翎，率领刘廷琛、康有为等50余人乘车进宫，早已做好准备的溥仪即在养心殿召见张勋等人，张勋率领众人匍匐在地，向溥仪行三跪九叩大礼，奏请复辟，说是"共和不合咱的国情，只有皇上复位，万民才能得救"。溥仪自谦了一番之后，表示接受"奉还大政"，立即"复位"的要求，宣布实行复辟。当天，一连下了由康有为事先拟好的《复辟诏》等19道伪谕，主要内容为：
下诏即位。宣布自即日起"临朝听政，收回大权，与民更始"，改民国六年（1917年）为"宣统九年"。（2）锡封张勋为忠勇亲王，黎元洪为一等公；并诡称黎元洪"奏请归还国政"。（3）恢复宣统初年官制，现任文武大小官员照常供职。（4）增设议政大臣，授张勋、王士珍、陈宝琛、梁敦彦、刘廷琛、袁大化、张镇芳为内阁议政大臣。（5）授各部尚书：任命梁敦彦、张镇芳、雷震春、朱家宝、王士珍分别为外务、度支、陆军、民政、参谋各部尚书。（6）授万绳栻、胡嗣瑗为内阁阁丞。（7）授徐世昌、康有为为弼德院正、副院长。（8）授总督和各省巡抚。总督仅设三人：张勋、冯国璋和陆荣廷分别为直隶、两江、两广总督。原各省督军改称巡抚。在复辟上谕中还宣布，对内完全恢复封建统治秩序，"以纲常名教为精神之宪法，以礼义廉耻收溃决之人心"。对外，宣布自1917年以前，凡与东、西各国正式签订的条约及已付债款合同，一律继续有效。当天，张勋还通电各省，攻击辛亥革命"创改共和，纲纪隳退，老成绝迹，暴民横恣"，宣称只有改行君主立宪，才能享数百年或数十年之"幸福"。同一天，张勋派梁鼎芬、王士珍等赴总统府逼迫黎元洪在"奏请归还大政"的奏折上签名盖印，黎严辞拒绝，表示："民国系国民共有之物"，"余不能私相授受"。并怒斥王士珍等："毫无心肝，背叛民国！，’遂于次日电请副总统冯国璋代理总统职务，重任段祺瑞为国务总理，率兵讨逆。继而在张勋逼迫下，驱车避入东交民巷日本使馆区，日本公使依据国际惯例，予以保护。自7月1日起，警察强迫北京居民悬挂龙旗。蜷缩于各地的封建遗老遗少，听到溥仪重新坐龙廷的消息后，像冬眠刚过的毒虫，从各个黑暗的角落里呼啸而出，弹冠相庆，称心快意。有的急忙从箱底里翻出密藏着的红顶花翎，有的到古衣铺里抢购古旧朝服马褂；有的到戏装店里定做以马尾制成的假发辫，个个穿戴整齐，沐猴而冠，招摇过市。"有识者则指于道旁曰：‘此某尚书也，此某侍郎也，某巡抚也……’"张勋的倒行逆施，遭到全国人民的强烈反对。孙中山在上海发表《讨逆宣言》，号召各省革命党人出师讨逆，并召集党人制定了"扫穴犁庭"的军事计划，决定派军舰三艘，星夜开往秦皇岛，迎黎元洪南下，在沪组织政府以反对复辟。在资产阶级革命派的推动下，全国各地掀起声讨张勋复辟的高潮。北京《国民公报》、《大中华》、《真共和》等十几家报纸一律停刊，表示抗议。上海《民国日报》发布《讨逆檄》，严正宣布张勋、康有为已成为民国叛逆，"再有言调和者，国民当以国贼视之"。其它各报连载《普天同愤录》，以大量版面发表各方面谴责复辟的通电。支持复辟的报纸只有康有为办的《国是报》，却因排字工人拒绝排印而停刊。天津、武汉等处报纸也都连连载文，口诛笔伐，痛斥张勋叛国复辟罪行。上海、两广、两湖等地区各阶层人士以及海外华人纷纷组织集会，成立团体，发表通电、公函，愤怒声讨复辟罪行，号召各界"投袂奋起，群策群力，共拯危亡"。在张勋的家乡江西，群众纷纷集会，指责张勋这具"怪胎"，给江西人民带来耻辱。在群众愤怒的谴责下，刘廷琛和万绳杭（亦为江西人）的家属都不能在家乡安身。各地反复辟斗争的广泛性和群众性，表明经过辛亥革命的洗礼，要求民主共和，反对封建专制，已成为不可抗拒的新潮流。
张勋复辟丑剧登场后，段祺瑞决心利用这一时机重新登台。7月3日段祺瑞向全国发表反复辟通电，并组成"讨逆军"。4日讨逆军在马厂誓师出发，辫军不堪一击，顷刻瓦解。张勋扶植的溥仪复辟仅12天即告流产。7月11日夜张勋在外国人保护下逃往荷兰使馆。1923年病死于天津。
段祺瑞"讨逆"
7月1日，复辟派头目张勋借"调停"继任总统黎元洪与国务总理段祺瑞政争（5月23日段祺瑞被黎免职）之机，悍然在北京城内挂起龙旗，拥清逊帝溥仪登极复辟。次日，黎元洪在张勋武力威胁之下，避人东郊民巷日本使馆区，临行前派人赴南京特委冯国璋代理总统职务；又派人赴天津，重任段祺瑞为国务总理，并命其兴师讨逆。
当年5月段祺瑞被黎元洪免职后，一直躲在天津筹集力量，准备驱走黎元洪，解散国会，以卷土重来，重掌政柄。他一面怂恿、支持皖、奉等八省北洋督军宣布独立，对黎元洪施加压力；一面于6月2日在天津成立"各省军务总参谋处"，将各省北洋军阀、研究系、交通系政客等拥段力量聚集门下，而以洪宪帝制要犯雷震春为总参谋。段还打算成立临时政府，拟赶黎下台后，举徐世昌为大总统，建立以段为核心、以共和为招牌的个人独裁政权。为创造最有利的时机，他表面上常常扬言，只要张勋复辟，他"必尽力扑灭"；暗地里皖系骨干、段的智囊徐树铮却竭力唆使万绳械（张勋的参谋长）在张左右鼓动复辟。徐树铮并出席了张勋在1917年5月下旬召开的策划复辟的第四次徐州会议，当场表示：段祺瑞虽然不能公开支持复辟，但只要达到解散国会和驱黎的目的，其他一切在所不计，默许了张勋的复辟计划；又在私下里对其同党说："张勋是复辟脑袋，先让他去做，我们机会就来了"，流露了利用张勋复辟以卷土重来的真意。7月2日，段祺瑞在天津得知张勋发动复辟、并接到黎元洪重任他为国务总理的命令后，立即召集左右商讨对策，决心利用这一有利时机，重新登台；同时因另立临时政府、举徐世昌为大总统的计划遭到美国等列强的反对，故此决定接受黎元洪的任命，就任国务总理，以达名正言顺便于号召之目的。当日晚，段率靳云鹏、张志潭、梁启超、汤化龙从天津赶赴马厂，策动驻马厂的第八师师长李长泰、驻廊房的第十六混成旅旅长冯玉祥及驻保定的第三师师长曹锟，联合所部组成"讨逆军"，于7月3日在天津马厂第八师司令部举行誓师，组成"讨逆军总司令部"，公举段祺瑞为讨逆军总司令，段芝贵为东路讨逆军司令，曹锟为西路讨逆军司令，段祺瑞自领第八师，任中路军司令。以梁启超、徐树铮、李长泰为讨逆军总部参赞。其他研究系政客汤化龙、交通系政客叶恭绰等均参加了总司令部，分任职务。当日，段祺瑞在马厂发表由梁启超起草的反对复辟的通电，电文指斥了张勋怀抱野心、妄图推翻共和国体的罪行，表明了反对复辟帝制的立场。如说："天祸中国，变乱相寻。张勋怀抱野心，假调停时局为名，阻兵京师，至七月一日遂有推翻国体之奇变。窃惟国体者，国之所以与立也，定之匪易。既定后而复图变置，其害之中于国家者，实不可胜言。""今日民智日开，民气日昌之世，而欲以一姓威严驯伏亿兆，尤为事理所万不能致。"但它不从共和制度优、专制制度劣方面立论，而仅认为国体"定之匪易"，"既定"而不可复改；"民国肇建"，不是中国人民长期奋斗的硕果，而是由于"前清明察世界大势，推诚逊让"；所以反对复辟，不是为保卫共和，而是由于"既已服劳于民国，不能坐视民国之颠覆分裂而不一援。且亦曾受恩于前朝，更不忍听前朝为匪人所利用，以陷于自灭。"——仍援不事二主、不做"贰臣"之封建观念。在这里，可以清楚地看到"先朝旧臣"的本色。同日，段祺瑞又以"讨逆军总司令"名义发布讨逆檄文。这个檄文除了从政治上讨伐张勋擅变国体以外，还交代了"讨逆军"的政策：仅孤立打击张勋一人，余者不咎，甚至为清室开脱罪责，说清室本不愿复辟，乃系受张勋强暴胁迫，故清室优待条件仍然有效。冯国璋也于3日在南京发表讨逆通电，指斥张勋借"调停"时局之机，"擅行复辟"的罪行，表示"誓扫妖氛"，"刻日兴师问罪，殄此元凶"。4日，冯、段又联合发表讨逆通电，列举张勋八大罪状，表示要"整率劲旅"、"犁扫贼巢"，使"国命重光"。而在所列八大罪状中，有三条是指责张勋"危害清室"之罪，并极力为清室开脱干系，表明军阀反复辟的不彻底性。
段祺瑞讨伐张勋复辟，得到了日本的大力支持。日本政府在大隈重信内阁时期曾纵容宗社党复辟清室，而自1916年10月寺内正毅上台后，改变方针，全力扶植段祺瑞，明确反对张勋复辟。寺内的心腹西原龟三于6、7月间一直潜伏于天津，为段出谋划策。继而又派出青木宣纯中将帮助段策划军事。从7月1日至6日，段祺瑞以各种名义向日本三菱洋行、大仓洋行和正金银行约取得300万元以上的贷款，充作讨逆军的军费。本来根据《辛丑条约》的规定，中国军队不能在天津周围20里以内采取军事行动，亦系经由日本公使向各国建议特许中国讨逆军在天津附近有行车及运输的自由，而得到各国同意的。
月5日，段祺瑞自马厂回到天津，宣布就总理职（暂以直隶督署为总理办公处），并开始指挥讨逆军事。根据7月3日马厂会议决定：讨逆军分东、西两路进行，西路由曹锟任司令，率第三、第二十师沿京汉路北上；东路由段芝贵任司令，督第八师和第十六混成旅集合于廊房，沿京、津路西进。5日凌晨，东路军第八师一部在廊房、万庄之间与辫军首次接战，辫军退往丰台，讨逆军追至黄村以北。同日，西路军第三师也乘火车北上，占领涿州、良乡，直抵芦沟桥。6日，东路军冯玉祥部参加战斗，与第八师合兵追击辫军至丰台以东。7日，东路军与辫军激战于丰台，西路军从后夹攻，陈光远第十二师也加入讨逆阵营，与西路军配合。辫军腹背受敌，四散逃命，原依附张勋的近畿第二旅倒戈，加入讨逆军。讨逆军乘胜占领丰台。同一天，由南苑航空学校组成的讨逆军航空队轰炸了城内辫军营地和清官，往清官投下的三枚炸弹，一枚落于乾清官水池，未爆炸；一枚落于养心殿前，炸坏殿前金缸；一枚落于某殿台阶上，当场炸死侍卫、太监、轿夫各一人，使辫军和清官内人人自危。同日，西路军又占领了协寨、跑马场等地。至此，北京城东南各要隘均为讨逆军控制。
自段祺瑞重新就任国务总理、宣布讨伐张勋后，原支持张勋的北洋军阀纷纷摇身一变，追随段祺瑞"讨逆"。故此，张勋发动复辟后听到的是来自全国各地的讨伐声，而得不到各省的响应。7月4日他曾致电参加徐州会议的各省军阀，要求他们实践前言，赞助复辟。当他得知段祺瑞组织讨逆司令部后，大为愤懑，怒气冲冲地向报界发表谈话，揭露徐世昌、段祺瑞乃破坏约法和国会、推翻总统黎元洪的主谋和祸首，根本"不配说维护共和"，又威胁说："芝泉（即段祺瑞）如果逼我急了，我即将徐又铮（即徐树铮）累次到徐州求我对于黄陂（即黎元洪）、对于国会种种计划，种种文件，一一宣布。"7月6日又致电北洋各省督军，揭露徐世昌、冯国璋等均曾参与复辟之谋，谓其"信使往还，均有可证"。但是，张勋的哀求与威胁均不能奏效，许多支持过复辟的军阀也都倒戈相向。张勋见大势已去，只得一面向伪清廷提出辞职，一面请求北京公使团出面"调停"。8日，伪清廷召开皇族会议，准张勋辞去议政大臣暨直隶总督兼北洋大臣职务，责成徐世昌组阁。徐来京前，由王士珍代理阁务。经徐世昌斡旋，讨逆军方面派出外交代表汪大燮、刘崇杰入城，与外国使团接洽，希冀外国使团促使张勋投降。段提出停战条件三款：（1）保留清室优待条件；（2）取消帝制；（3）解除张勋及部下武装，但保全张勋生命。张勋的答复是："第一同意；第二不同意；第三不解除武装。"9日，讨逆军已兵临城下，复辟派纷纷出逃，协助张勋复辟的第二十八师师长冯德麟在天津车站被捕，帝制派急先锋张镇芳、雷震春也于10日在丰台车站被查获，只有康有为化装逃跑。9日、10日，王士珍、江朝宗、吴炳湘等两次劝告张勋投降，张勋大骂参加徐州会议之人背信弃义，一口拒绝投降，而要求"调停"，拒绝解除武装，要求率辫军仍回徐州；并不以优待清室为满足，仍坚持实行君主立宪。张勋以为，现在的"讨逆者"正是他复辟当初的同盟者，他们虽然"讨逆"，未必没有"投鼠忌器"的顾虑，不一定能把他张勋怎么样，所以敢于死硬到底。
段祺瑞见劝降既不可能，决计攻城。11日晚荷兰公使代表外交团向讨逆军提出，攻城战争只能以12日上午4时至晚12时为限，大炮只允许放实弹一发。12日凌晨，讨逆军分三路向北京城内_的辫军发起总攻击。东路军第八师和十六混成旅自城南经永定门直取天坛，西路军第三师自城西占领彰仪门；中路军十一师、十二师占领朝阳门。辫军分两处设防：城外步兵6个营守天坛；城内4个营驻守辫军大本营——张勋私宅南河沿一带。天坛辫军稍加抵抗，迅即投降。南河沿辫军则负隅顽抗。上午10时，讨逆军仅发的一颗炮弹恰中张勋住宅，张在两个外国人的保护下逃进荷兰使馆，辫军缴械投降。至此，讨逆战争结束。讨逆战争从7月5日至12日，历时8天，实际上只经历了7月6日一7日和12日两次战事，辫军被打死者仅70余人，讨逆军战死20余人，可见战斗并不激烈。7月6日，冯国璋已在南京宣布就任代理大总统，同日下令将接替段祺瑞国务总理职务的李经羲免职，正式任命段祺瑞为国务总理。14日，段祺瑞以"再造共和"的功臣姿态回到北京。当日下午即到日本公使馆迎接黎元洪，黎于同日连发两道通电坚拒复任。次日，段祺瑞派人赴南京请冯国璋北上就代理大总统职，并于同日正式组成以段派官僚和研究系政客为主体的混合内阁。8月1日冯国璋到达北京。北京政府在冯、段合作的新体制下暂时趋于稳定。段内阁组成后，曾于7月17日下令严缉复辟祸首康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦等，均系手无寸铁之人，而与张勋同谋复辟之军阀，如倪嗣冲、张怀芝等均置之不问。对于张勋，向荷兰公使要求引渡，但引渡后并未追究。1918年秋，徐世昌就任大总统后，即将其特赦，并退还其全部财产。1921年被任命为热河林垦督办，未就职。1923年病死于天津。
护法运动
孙中山先生亲自主持制定的《中华民国临时约法》及据此召集的第一届国会（俗称旧国会），一向被公认为资产阶级共和国的象征。孙中山在被迫让出政权后，一直为维护约法和国会而进行着坚持不懈的斗争。当1917年5月，国务总理段祺瑞利用督军团压迫国会接受对德宣战案之际，孙中山即与章太炎、岑春煊、唐绍仪联名致电段祺瑞及参、众两院，要求他们遵守约法、尊重国会。段被继任总统黎元洪罢职后，唆使北洋督军叛变独立，以武力胁迫黎元洪解散国会，孙中山又连续通电（或单独、或联名）西南各省，呼吁拥护约法和国会，起兵讨伐北洋群逆。继而张勋公然毁弃约法，于6月13日胁迫黎元洪解散国会，7月1日，拥清室复辟，激起全国人民极大愤慨。3日，孙中山便在上海召集在沪陆海军及国民党要人讨论拥护共和、出师讨逆大计。决定在南方另行召集国会，组织临时政府。4日，孙中山致电参、众两院议员，号召议员南下护法，"以存正气，以振国纪"。当时控制广东的两广巡阅使陆荣廷为首的桂系军阀为借助护法声浪，确保两广地盘，反对段祺瑞的武力统一政策，并向湖南扩张势力，表示欢迎孙中山来粤护法。在张勋解散国会、督军团祸乱北方之际，两广宣布"自主"，表示拥护国会，以解散国会为非法，表示"不受非法内阁（指段祺瑞内阁）干涉"。7月6日，孙中山偕章太炎、朱执信、廖仲恺、陈炯明等率海琛、应瑞舰离沪南下，17日到达虎门，19日到达广州。在广东各界欢迎会上，孙中山发表演说，指出当今变乱，"实真共和与假共和之争"，认为"假共和之祸尤甚于真复辟"，只有打倒假共和，才能"得真共和之建设"。最早响应孙中山护法号召的是海军总长程璧光，他于7月4日发表讨贼檄文，痛斥张勋复辟。孙中山南下护法后，程即于21日与第一舰队司令林葆怿联名通电，提出拥护约法、恢复国会、惩办祸首三项主张，率第一舰队共十艘军舰，于8月5日到达黄埔，同行者有唐绍仪、汪精卫等。当时控制滇、黔两省的滇系军阀头目唐继尧正想向四川扩充势力，可是段祺瑞于8月6日派其内弟、皖系悍将吴光新率军入川，企图将四川控制在皖系手中。唐继尧为确保地盘，对抗段祺瑞的武力统一政策，并向四川扩充势力，于8月11日通电加入护法行列。积极响应孙中山护法号召的还有大批国会议员。由于段祺瑞打败张勋重新掌握政权后，拒绝恢复约法和国会，而采纳梁启超建议，准备另行召集"临时参议院"，重新制定国会组织法和选举法，选举新国会，以达到他取消国民党议员占优势的旧国会和废除《临时约法》的目的，从而引起旧国会议员的不满。他们响应孙中山择地另开国会的号召，纷纷南下赴粤。至8月中旬，到达广州的国会议员已达150余人。
月18日，孙中山在黄埔公园宴请国会议员，商讨召开国会问题。考虑到来粤议员不足法定人数，决定效法法国大革命前夕第三等级代表举行国民议会的先例，召开"国会非常会议"（俗称"非常国会"）。25日，非常国会开幕。29日，非常国会通过了《国会非常会议组织大纲》21条，规定国会非常会议由现任国会议员组成，以参、众两院议员联合形式议事；国会非常会议的期限直至内乱戡定、《临时约法》效力完全恢复之时为止；护法军政府的组织大纲由国会非常会议制定并宣布。31日通过《中华民国军政府组织大纲》13条，规定中华民国为勘定叛乱，恢复《临时约法》，特组织中华民国军政府；军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分别选举之；《临时约法》的效力完全恢复以前，中华民国之行政权由大元帅行使，大元帅对外代表中华民国；元帅协助大元帅筹商政务。军政府设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部；另设都督若干员，以赞助护法之各省督军任之。为了适应护法勘乱的战争需要，军政府没有采纳《临时约法》规定的内阁制，而采取中华革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案，实行军事、内政、外交合一的元首制，体现了孙中山为首的中华革命党人希望通过护法运动建立本党单独执政的资产阶级革命政权的意图。9月1日，非常国会选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷和唐继尧为元帅。10日，孙中山宣誓就职。在就职宣言中，他痛斥北京政府"权奸当道"，祸乱中华，废弃《临时约法》，解散国会等等罪行，表示在"艰难之际"，定"当荷戈援炮，为士卒先，与天下共击破坏共和者！"同日，非常国会通过了军政府各部总长名单，外交：伍廷芳；财政：唐绍仪；陆军：张开儒；海军：程璧光；内政：孙洪伊；交通：胡汉民；军政府参谋总长：李烈钧；大元帅府秘书长：章太炎。军政府的人事安排，体现了中华革命党人主动与西南实力派以及国民党稳健派合组护法军政府的愿望。但是陆荣廷与唐继尧等对军政府的组织原则和选举法都非常不满，因为他们所追求的是建立护国战争时期军务院那样的合议制政府，推陆荣廷为盟主，按各方实力排定座次，以实现他们称霸西南的野心。而军政府组织大纲却采取了元首制，树立了孙中山在护法政权中的领导地位，西南军阀反而成了配角，所以陆荣廷与唐继尧均不肯就元帅职。伍廷芳、唐绍仪、程璧光、李烈钧等国民党稳健派人士为求得与西南实力派的合作，也赞成合议制，故这四人也不肯就职。其他几位总长，除张开儒晚些时候就职外，也因各种原因未能就职，致使上述人事安排全部落空。于是孙中山任命了一批中华革命党的骨干和原同盟会或国民党的激进分子代理各项工作。这样，军政府实际上成为中华革命党力图领导护法运动的资产阶级政府，从而决定了它必遭西南军阀的反对而难以长期存在下去。
军政府的成立，标志着护法运动高潮的到来，也标志着南北对峙局面的形成。段祺瑞继承袁世凯武力统一中国的衣钵，决心以北洋武力镇压西南护法，挑起第二次南、北战争。其军事战略有两个重点：一是对湖南用兵以制两广，一是对四川用兵以制滇、黔。8月6日，段派出心腹大将傅良佐代替谭延闽为湖南督军；派吴光新为长江上游总司令兼四川查办使。9月9日傅良佐率军到湘后，即下令免除原同盟会会员、零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅的职务。18日，刘、林二人联名通电，宣告"自主"，与海军和西南护法各省一致行动。西南护法各省将湘督易人看作是北洋派进军西南的信号，桂系决定派出桂、粤联军80营援助湖南。10月3日孙中山正式下令讨伐段祺瑞等民国叛逆，护法战争拉开战幕。湘省护法军组成以程潜为首的湘南总司令部，粤、桂、湘三省护法军的总目标是会攻长沙。与此同时，段祺瑞也向北洋军下达了讨伐令，傅良佐任命第八师师长王汝贤为湘南司令、第二十师师长范国璋为副司令，分三路讨伐湘南。10月6日，北洋军和湘南护法军在湘潭西倪铺接战，护法战争正式爆发。南、北两军在湘南激战了一个多月之后，11月14日，王汝贤和范国璋（两人均为直系军阀）不愿为皖系卖命，径直通电议和，并将所部撤离衡山前线，20日护法军轻取长沙。段祺瑞对湘用兵以制两广的计划宣告失败，桂系控制了湖南。与湘、桂、粤护法军在湖南与北洋军交战的同时，唐继尧为首的滇系为对抗吴光新率领的人川北洋军，组成滇、黔联军，与孙中山派往四川的中华革命党组织的四川国民军（后改四川靖国军）相配合，与北洋军交战，于12月3日攻占重庆，赶走了段祺瑞新任命的四川督军周道刚和四川查办使吴光新。在其它各省，由中华革命党和国民党人领导组建的护法武装也相继而起，纷纷宣布与西南各省一致行动。规模较大的有湖北襄郧镇守使、鄂军第九师师长黎天才等组织的"湖北靖国军"，在襄阳宣布"自主"；前陕西警备军统领郭坚组织"陕西护法军"，在凤翔宣布"独立"。此外，在山东、河南、浙江、江苏、安徽、福建、甘肃，乃至东北等省区，都先后组织了"护法军"、"靖国军"，宣布"独立"或"自主"。护法战争的烽烟席卷了全国大部分省区。这种形势使孙中山非常振奋，他多次召集军事会议，制定了护法北伐的进兵战略：令桂、滇两军肃清湘、川北军，出师合击武汉，其他各路护法军、靖国军也与桂、滇军会师武汉，然后占领南京，大举北伐，会攻北京。
北洋军在湖南的失败是直、皖两系矛盾分裂的结果，同时又进一步激化了直、皖矛盾。直系首领、代总统冯国璋一直同皖系首领段祺瑞争夺北洋派正统地位及北京政府中央大权。护法战争打响后，冯企图借助西南军阀势力对抗皖系，因而暗中主和；且对皖系利用直系军队打头阵的部署深为不满，正因此，王汝贤、范国璋二将在前线擅自停战撤兵，打乱了皖系夺取湖南的战略部署。对此，段祺瑞极为恼火，愤而向冯国璋提出辞职。冯索性暗示号称"长江三督"的湖北督军王占元、江西督军陈光远、江苏督军李纯于18日发表联名通电，主张南、北双方罢兵休战，和平解决南、北问题。11月22日，冯免去段祺瑞国务总理职务，任王士珍为国务总理。段祺瑞内阁再次倒台，直、皖两系公开分裂。25日冯国璋颁布南、北停战令。直系北洋军阀的主和政策，在护法阵营内部引起不同的反响。孙中山始终坚持护法，反对南、北调和，他在11月18日发表对时局的声明中坚决表示："舍恢复约法及旧国会外，断无磋商余地。"以程潜为首的湘军将领则要求乘胜攻取岳阳，巩固护法军在湖南的胜利。然而以扩张实力和地盘为目的的桂、滇两系，在分别控制了湘、川两省后，便不顾孙中山护法运动的宗旨，很快和直系军阀实行妥协。陆荣廷在11月24日，即冯国璋颁布停战令的前一日，就表示赞成"长江三督"的主和通电，带头发起南、北停战。28日又授意广西督军谭浩明以湘粤桂联军总司令名义通令响应冯国璋的停战令，命护法军"前敌各军遵照办理"。滇系军阀对和战问题采取两面派手法，一方面慷慨陈词，表示坚决护法，以敷衍孙中山；一方面又与陆荣廷沆瀣一气，彼此呼应，下令驻川滇军停战。
直系的主和政策违背皖系与北洋督军武力统一全国的既定方针，引起皖系与北洋主战派的强烈不满。在段祺瑞及其心腹徐树铮的策动下，吉、黑、奉、直、鲁、晋、陕、豫、甘、新、皖、浙、闽13省督军代表分别于1917年12月2日和1918年1月5日，连续召开两次天津会议，强烈要求冯国璋明令讨伐西南。冯被迫让步，于1917年12月15日任命直隶督军曹锟、山东督军张怀芝分别为第一、二路军总司令南下伐湘。18日任命段祺瑞为参战督办，皖系干将段芝贵为陆军总长，让皖系重掌中央军事指挥大权。1918年1月10日，又以参谋部、陆军部名义下达局部讨伐令，令北洋军进攻湖北荆州和襄阳。1月14日，吴光新率北洋军攻占荆、襄。桂系与湘军看到直系屈从主战派，也向岳阳发动进攻。1月27日护法联军攻克岳阳，俘敌1300余人。如联军乘北洋军兵力集中荆、襄之机直捣武汉，将会使护法战争出现重大转机。但桂系以保守湘境为满足，按兵不动，并提出"北不攻岳，南不攻鄂"为议和条件，从而丧失攻取武汉、会师北伐的大好时机。南军夺取岳阳后，北洋主战派反扑气焰高涨，胁迫冯国璋于1月30日下达对整个西南的讨伐令，命曹锟、张怀芝和张敬尧"即行统率所部，分路进兵，痛予惩办"。2月中旬，各路北洋军约10万人分别向湘鄂、湘赣边界进军。3月18日，北洋军"后起之秀"、署理第三师师长吴佩孚率部攻占岳阳。22日，张敬尧率第七师占领平江，长沙门户洞开，驻守长沙的联军司令谭浩明于25日撤离长沙，退守衡阳。北军军事上的胜利，使主战派气势更盛。冯国璋惊慌失措，又连发主战令。时而主战，时而主和，章法大乱，引起主战、主和两派的不满。3月19日，即北洋军占领岳阳的第二天，以曹锟为首，包括"长江三督"在内的十五省、三特区督军联名通电，要求段祺瑞重组内阁。3月23日，冯国璋被迫重任段祺瑞为国务总理，段立即组织北洋军大举南攻，护法军在湖南战场接连失利。26日，吴佩孚占领长沙。北洋政府旋即任命张敬尧为湖南督军兼署省长，命吴佩孚等部分左、中、右三路向湘南进军，并企图攻入广东。湘粤联军在弃守岳阳后采取守势，4月下旬，大部分军队撤回广东。4月24日，吴佩孚率北军中路占领衡阳，湖南大部分地区沦于北洋军之手。进攻湖南的第一路总司令曹锟及其部下、署第三师师长吴佩孚本为直系军人，挥师南下后连克岳阳、长沙、衡阳，战功最大，而段祺瑞政府竟把湘督兼省长一职授予皖派嫡系张敬尧，使曹、吴大为不满，直、皖矛盾再度尖锐。吴佩孚秉承曹锟意旨，占领衡阳后即停步不前。5月底，曹锟擅自离开汉口，回师天津。桂系陆荣廷鉴于湖南、广东均有反桂势力，又见吴佩孚实力雄厚，难于击退，便决定同吴讲和，撤回部队，力保广东，以稳定两广局面。于是，6月15日直系与桂系代表签订停战协定，息战言和。8月，吴佩孚通电主和，公开攻击段祺瑞的武力统一政策"实亡国之政策"。直系将领纷纷响应。8月下旬段祺瑞被迫命令前线各军暂取守势。
桂、滇两系军阀不仅在护法战争中勾结直系罢兵议和，破坏孙中山护法宗旨，而且还拉拢国会中的政学会分子和国民党稳健派破坏护法军政府，排斥孙中山，企图攘夺护法运动的领导权。桂系首先驱逐拥护孙中山的广东省长朱庆澜，强行收回由朱交由军政府管辖的20营亲军，引起孙中山强烈不满。1917年底，接替陈炳焜为广东督军的莫荣新竞无理拘捕大元帅府亲军连、排长各一名及卫士60余人，并拒绝孙中山的保释，诬为土匪，加以杀害。孙中山极为愤慨，1918年1月3日，毅然登上军舰，令海军炮击设在观音山上的督军署。莫荣新被迫派人言和，对孙中山表示歉忱。时人称此事件为"炮教莫荣新"。此事表明了桂系军阀对抗军政府的嚣张气焰，也表现了孙中山的大无畏精神。紧接着，1918年1月，由桂系军阀发起，成立护法各省联合会议，试图使之成为与军政府抗衡的另一政权机关。2月，又由国民党稳健派人士出面，正式提出改组军政府的主张，并拟定《中华民国军政府组织大纲修正案》七条，其中心用意在于改大元帅单独首领制为若干总裁合议制，以排挤孙中山。4月10日，滇系军阀唐继尧率先通电西南各省支持这一主张，提出护法各省现宜遥戴黎元洪或冯国璋为大总统，推岑春煊为国务总理，至于孙中山，"则宜游历各国，办理外交"。5月4日，在政学系及益友社操纵下，不顾孙中山和中华革命党议员的坚决反对，非常国会竟强行通过了《修正军政府组织法案》。当日孙中山即向非常国会提出辞呈，并发表大元帅辞职通电。他在电文中回顾了护法以来的艰难历程，愤然指出："顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。"20日非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊7人为政务总裁，以岑春煊为主席总裁。改组后的军政府完全由桂、滇军阀及其附庸政学会所控制，护法成为空名。孙中山看透了西南实力派名为护法、实为争夺地盘的军阀面目，认识到依靠军阀不可能达到护法救国的目的，遂于次日离开广州，前往上海。护法运动宣告失败。
《蓝辛一石井协定》
第一次世界大战期间，日本的对华政策同美国在华利益发生矛盾。1917年9、10月间，日本特使石井菊次郎去美，同美国国务卿蓝辛谈判。石井要求蓝辛承认，日本与中国之间存在一种"特殊关系"，日本应在中国享有"特殊利益"，并对中国内部的发展具有"特殊权利和义务"。11月2日，蓝辛和石井菊次郎就有关中国问题签署了《日本和美国关于中国的换文》，一般称作《蓝辛一石井协定》。在换文中，"美国政府承认日本在中国，特别在中国之与日本属地接壤的部分，有特殊利益"。日本承认美国提出的对华"门户开放"和"在华工商业机会均等的原则"。《蓝辛一石井协定》（以下简称协定）是日美在华经过激烈争夺之后暂时妥协的产物，是日美为掠夺和宰割中国所进行的一笔政治交易。
第一次世界大战爆发后，日本乘机在华扩张殖民特权。它以恪守英日同盟为名，对德宣战，囊括了德国在山东省的全部侵略利益和特权；一年后，日本又向袁世凯北京政府提出"二十一条"侵略要求。由于欧洲列强正忙于战争，无暇东顾，使日本在远东成为实力雄厚的帝国主义国家。只有美国是在远东有力量和日本对抗的大国。1914年至1918年，欧洲列强对华输出普遍下降，日美两国却迅速上升，在中国输入总额中，日本所占比例由20.7％增至38.9％；美国由8.8％增至13％。日美为加强各自在华的垄断地位，排斥和打击对方，矛盾日益尖锐。如1914年，日本对德宣战，美国立即于8月21日照会日本政府："若在中国内地发生骚乱，为恢复其秩序，日本或其他诸国采取必要的措施时，希望日本政府在考虑此问题时，务必于其决定行动之前，和美国政府协商。"1915年日本向中国提出"二十一条"，美国于5月13日照会日本政府，声明："美国对于中日两国政府间已经缔结或行将缔结的任何协定或约定，凡有损美国及其在华公民的条约权利，或中华民国之政治或领土完整，或通称为门户开放政策的国际对华政策，一概不能承认。"这些都说明美国力图阻止或牵制日本在中国取得独占的特权。袁世凯为筹备帝制和对西南护国军作战，军政费用的开支庞大，使北京政府财政濒于崩溃，急需外国贷款。美国对华借款激增。1916年4月7日，北京政府与美国李希金逊公司签订500万美元借款合同；4、5月间，以整理山东、江苏境内运河为名，与美国广益公司签订600万美元借款合同；5月17日，交通部与美国裕中公司签订1000万美元借款合同；10月16日，北京政府向美国芝加哥大陆商业信托储蓄银行借款500万美元，以中国烟酒公卖为抵押，按合同规定，可再续借2500万美元。日本利用它在华实力地位及与皖系军阀的密切关系，竭力抵制和破坏美国在华的借款活动。如日本对中美签订的600万美元运河借款合同，即以侵犯日本在山东的权益为借口，抗议北京政府，使借款难以兑现。1916年12月，美国提出由日美合作承担这笔借款。经过谈判，日美双方于1917年3月9日，签订合作契约，规定运河借款（包括续借款）由两国分别承担。又如日本为破坏美国芝加哥大陆商业信托储蓄银行对北京政府借款，日本向中国提出：如停止与美国的借款交涉，日本将给予1000万日元借款，结果使美国对中国"续借美金2500万元"的计划成为泡影。1917年上半年日美两国在中国参战问题上发生矛盾，日本勾结段祺瑞，将亲美势力驱逐出北京政府，美国遭到失败。1917年4月，美国宣布对德参战，无暇与日本继续对抗，谋求与日本暂时妥协。因而有了《蓝辛一石井协定》的出笼。
年5月12日，蓝辛向日本驻美大使佐藤爱磨表示，希望日本派遣特使来美，就国际形势及远东问题会商。日本为缓和双方的关系，想在中国问题上与美国达成某些谅解。5月22日，日本内阁议决派遣特使赴美谈判。6月13日，派前外务大臣石井菊次郎为特使，随员中有海军中将竹下勇、陆军中将须贺野、外务省秘书永井松三等人。双方就日本人在美国的地位问题和协调日美两国在中国的行动问题进行谈判。6月15日，日驻美大使要求美国政府就1915年美国国务卿布赖安承认日本对中国有着特殊密切关系的声明，以适当方式重新加以确认，以消除日本人民对美国在华活动所产生的疑虑。日本意在试探美国现政府对布赖安声明的态度。7月6日，蓝辛在复照中指出：布赖安声明虽承认日本在与中国毗连地区有着特殊的密切关系，但绝不意味着美国同意日本对中国有"至高无上"的权力来扩充其在华的政治影响。
月23日，石井抵达华盛顿，9月6日与蓝辛开始谈判。蓝辛提议日、美就废除在中国的势力范围和保全中国领土完整以及机会均等诸问题发表宣言，企图排除日本在中国的独占优势。石井原打算以同意废除势力范围以换取美国承认日本在中国的特殊地位。日本政府因早已同俄国签订了互相确认两国在中国东三省和内蒙古地区的势力范围的第四次密约，因此不同意石井的方案，并指示石井说："放弃势力范围，影响甚大，所以不要涉及这个问题，而要只谋求其承认我之特殊地位。"美日双方经过谈判，1917年11月2日完成换文，分别于11月6日、7日在华盛顿、东京公布。日本政界把协定的签署看作是日本外交的一大胜利。美国向中国宣传说："这不仅对门户开放政策是一个重新的肯定，而且加进了不干涉中国主权与领土完整的原则。"《蓝辛一石井协定》一经公布，中国舆论哗然，一致遣责日、美帝国主义对中国领土主权的侵略行为。北京政府被迫于11月8日、12日分别照会日、美政府声明："中国仍保持向来之主义，中国政府不因他国文书互认有所拘束。"但这种做做样子的表态，对日、美帝国主义者来说，根本起不到任何效用。
《蓝辛一石井协定》是美国因参加第一次世界大战，无力在华与日本抗衡情况下的妥协产物。大战结柬后，美、日两国便展开更加激烈的争夺。双方在华的矛盾和斗争日益加深。1922年2月，日本修改"帝国国防方针"，把美国列为第一个假想敌国。1923年4月14日，日美换文废除了《蓝辛一石井协定》。
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