乾隆一朝确实是把他祖父康熙与父亲雍正所建立的事业推到了高峰，成就了“康乾盛世”。他勤政爱民，勇于进取，蠲租免赋，严惩贪官，给人的印象是他营造了一个太平治世。然而官场的腐败恶习并没有能革除，国家经济问题更没有能妥善解决，因此民间疾苦仍多，民怨引起的动乱随时可见。有小规模的抗租抗粮事件，也有大规模的宗教或种族的反抗运动。这些民变不但耗费了庞大的国库帑金。死伤了众多的官兵吏役，同时民间生命财产损失更是无法估计，可见乾隆时期并不是一个和平安定的时代。尤有甚者，乾隆皇帝还对外国与边疆地区发动过十次大战争，即他自己所谓“十全武功”，这些战役的规模、伤亡、费钱、费力又不是各省地方的这些小动乱可比了，乾隆一朝也可以说是在刀光剑影、腥风血雨中走过来的。
所谓“十全武功”，按照乾隆自己说是：“十功者，平准噶尔二、定回部一、打金川为二，靖台湾为一，降缅甸、安南各一，即今之受廓尔喀降，合为十。”这是乾隆晚年讲的，算起来好像只有九次，事实上廓尔喀战役也有两次，因而共有十次。如果更仔细一点说，“十全武功”应该是指：
乾隆十二年至十四年（一七四七至一七四九）的大金川之役。
乾隆二十年（一七五五）平定准噶尔达瓦齐之役。
乾隆二十年至二十二年（一七五五至一七五七）平定准噶尔阿睦尔撒纳之役。
乾隆二十三年（一七五八）平定南疆大小和卓之役。
乾隆三十年至三十四年（一七六五至一七六九）平定缅甸之役。
乾隆三十六年至四十一年（一七七一至一七七六）再定大小金川之役。
乾隆五十一年至五十三年（一七八六至一七八八）平定台湾林爽文之役。
乾隆五十三年至五十四年（一七八八至一七八九）安南之役。
乾隆五十五年至五十七年（一七九○至一七九二）两征廓尔喀（今尼泊尔）之役。
从时间上看，这十次战役从乾隆十二年开始一直延续到乾隆五十七年，可以说几乎是与他统治岁月相始终的。
从战争的对象上看，有外国、有本国，有廓尔喀王，有藩属领袖，有蒙古大汗，有回部和卓，有金川土司，有台湾反清志士。
从实际作战时间上看，少则一年，多则三四年。若以大小金川来说，则此一战役也可以说或和或战、或有或无的前后长达近三十年。
将近半个世纪的连续战争，究竟是乾隆黩武，还是有其原因？先来看看乾隆自己的说法。
乾隆五十七年十月初三日，廓尔喀战争结束，八十二岁的皇帝亲身撰写了《十全记》记述他的“十全武功”，当时称为《御制十全记》，文字虽长，但值得一读：
昨准廓尔喀归降，命凯旋归师诗有“十全大武扬”之句，盖引而未发，兹特叙而记之。夫记者志也，虞书朕志先定乃在心，周礼春官掌邦国之志乃在事。……则予之十全武功，庶几有契于斯而志以记之乎。……前己酉（按指五十四年）廓尔喀之降，盖因彼扰藏边界，发偏师以问罪，而近遣鄂辉等未宣我武，巴志乃迁就完事，致彼弗惧，而去岁复来，以致大掠后藏，饱欲而归，使长此以往，彼将占藏地，吓众番，全蜀无宁岁矣。是以罪庸臣、选名将、励众军、筹粮饷。福康安等感激朕恩，弗辞劳苦，于去岁冬月即率索伦、四川降番等精兵，次第由西宁冒雪而进，今岁五月遂临贼境，收复藏边，攻克贼疆，履线险如平地，渡淄要若蹄涔，绕上袭下，埋根批吭，手足胼胝，有所弗恤，七战七胜，贼人丧胆。及兵临阳布，贼遂屡遣头人匍匐乞降，将军所檄事件无不谨从，而独不敢身诣军营，盖彼去岁曾诱藏之噶布伦丹津班珠尔等前去，故不敢出也。我武既扬，必期扫穴犁庭，不遣一介，亦非体上天好生之意，即使尽得其地，而西藏边外，又数千里之遥，所谓不可耕而守者，亦将付之他人，乃降旨允准班师，以蒇斯事。昔唐太宗之策颉利曰：示之必克，其和乃固。廓尔喀非颉利之比，番边殊长安之近，彼且乞命吁恩，准之不暇，又安敢言和乎？然今日之宣兵威，使贼固意求降归顺，实与唐太宗之论所有符合。……乃知守中国者，不可徒言偃武修文以自示弱也。彼偃武修文之不已，必致弃其故有而不能守，是亦不可不知耳。知进知退，易有明言，予实服膺弗敢忘，每于用武之际，更切深思，定于志而合于道，幸而五十七年之间，十全武功，岂非天贶。然天贶逾深，予惧益切，不敢言感，惟恐难承，兢兢惶惶，以俟天眷，为归政全人，夫复何言？
这篇志得意满的御制文，皇帝还谕令军机大臣等将它译成满、蒙、藏文，与汉文一起建盖碑亭，“以昭武功而垂久远”，似乎给人好大喜功的印象；不过他在文章中所说的“乃知守中国者，不可徒言偃武修文以自示弱也。彼偃武修文之不已，必致弃其故有而不能守，是亦不可不知耳”等语，倒也是值得吾人深思的。
先以大小金川来说，这些边境地区原来分设土司，各守疆界，互相牵制，作为羁縻，用以捍卫边陲的。不过到乾隆年间，大小金川虽接受清廷册封，但常常利用朝廷名号，恃强掠夺，声势日盛。乾隆皇帝认为大小金川近接成都，影响卫藏亦大，如果任他们不安住牧，侵略邻近地区，这不但对附近土司是骚扰，对清朝内地也是安全的威胁。为了安定边疆，乃有大小金川之征。
厄鲁特蒙古自清初以来就是清朝西疆的困扰，康熙、雍正时期都与他们兵戎相见过，每次当他们新换领袖后不久，都见再一次地向清朝兴兵。乾隆当政以后，适逢准噶尔“部落携离，人心涣散之候”，为了不坐失良机，乃有用兵之事，以完成他父祖的未竟事业，“收自古以来未收之地，臣自古以来未臣之民”。
新疆的回族同胞很多，乾隆时期以大小和卓木为回部头目，安抚回民，稳定边疆。可是大小和卓木竟乘清廷与准噶尔战争时，占据回部独立，起兵反抗清廷并杀害清廷派去的专使。乾隆认为大小和卓木“负恩反噬”，所以毅然决定加以讨伐。回疆平定，实际上也标示着西北边事的解决。
台湾林爽文之变，牵涉到秘密社会与反清复明活动的大问题，直接影响到清朝统治的存在，是大逆不道的行为，若不“痛加歼灭”，对皇朝的危害是可观可怕的。
缅甸、安南、廓尔喀都算是外国，但也都是中国的近邻。缅甸与云南接壤，安南也与中国的疆土毗邻，廓尔喀（尼泊尔）则位于西藏西南方，两地疆土犬牙相错，商务与宗教关系尤为密切。乾隆年间，这三国因自身发展而与中国发生纠纷，继而爆发战事。缅甸由于阿隆丕耶新王朝的建立，统一全境，势力大增，因而经常在滇缅边境上生事，乾隆为保卫边疆，遂有中缅之役。安南早为藩属，入清以后，仍按时朝贡。乾隆末年，安南阮氏兴起，推翻黎朝，恃强篡夺。清廷本着宗主国有保护属邦的义务，“义莫大于治乱持危，道莫隆于兴灭继绝”，乃派兵助黎氏执政。不料黎王怯懦无能，毫无振作，以致被阮氏兵力迫得弃印出走，而阮氏又向清廷“悔罪求降”，乾隆为“知进知退”，乃册封阮氏为安南王，以平息战事。廓尔喀则在乾隆末年因盐税银钱等事，先后两次派兵入西藏，肆行抢掠，严重影响到康雍时代在西藏的主权统治事业。乾隆皇帝为“绥靖边圉，保护藏卫”，乃有劳师动众之举。皇帝也说这是“不得已用兵之苦心”，难道是“穷兵黩武”吗？
乾隆皇帝在每一次大战役中都写下一些记事诗，现在只引几句反映他心境的佳句。如征大小金川时，他见军费耗支极多，官兵死伤亦众，最初很有退兵之意，曾有诗句云
功成万骨枯何益，壮志无须效贰师。
金川事件初定时，他想到官员、将领被他处死了一大堆，士兵死伤的更难计，他写了《回忆往事辄益惘然》诗：
六宫今日添新庆，翻惹无端意惘然。
他的不快、自责是溢于言表的。
第二次金川之役，皇帝也担心前线的军情，乾隆三十七年初春焦急等候战报时，他说：
节事七朝今日收，一弹指顷迅过眸。
都称火树银花快，谁识望云思雪愁。
只觉民艰那觉乐，知无仙分故无求。
迩来倍有关心者，贼境将临盼捷邮。
新春喜气，京城欢乐胜景对他都不是乐事，他只是每天在望云思雪的盼着早日能有胜利消息传来。到参将薛宗等人在战场殉职军报抵京后，皇帝更感慨地写下《自惭》诗，其中有：
夜不安眠昼问频，划筹军务复劳神。
自惭息事安民念，却类穷名黩武人。
以上只是大小金川的部分诗句，皇帝的感受、心绪是可以看出一些来的。
现代史家有人认为乾隆十全武功是保卫国家领土与主权，维护边疆安定与巩固才发动的；但也有人说是因他好大喜功所致。我们现在就比较深入地来看看十全武功吧。
二、大小金川之役
在四川西北部，有一条著名的河流叫大渡河，上游有两个支流，即大、小金川，因沿河诸山有金矿而得名。金川地区形势险要，交通极为不便，所谓“万山丛矗，中绕汹溪”。当地居住的是藏族，他们都在石碉之中，生活相当清苦。这一带地区在明朝属杂谷安抚司，清朝顺治七年（一六五○）小金川归附，康熙五年（一六六六）大金川也来附清，都仍为土司，像附近的杂谷、绰斯甲、瓦寺等土司一样，是清朝的“属番”，各土司的首领被清政府封为安抚使、宣抚使等职衔，通常简称为土司，他们定期向朝廷交纳贡赋，听从调遣，从征应役，不得相互掳掠侵占，否则要被朝廷革职问罪，遣兵征剿。
雍正元年（一七二三），清政府因莎罗奔随岳钟琪进兵西藏平乱有功，授为安抚司，是为大金川，而旧土司泽旺仍居小金川为土司。
莎罗奔当了大土司后，势力渐强，常常抢掠邻近土司的人畜，夺占土地，四川官员谕劝调解，毫不生效。乾隆十一年（一七四六），莎罗奔想兼并小金川，劫持泽旺印信。四川总督纪山下令申斥，并命“还泽旺于故地”。莎罗奔不但不理，反进一步出兵攻掠其他土司。纪山乃派军镇压，但又为莎罗奔所败。清廷得报后，命令“征苗有功”的云贵总督张广泗统兵进剿。
乾隆十二年三月命张广泗主持军务时，又拨饷百余万两，调兵三万，皇帝以为如此一举可以大功告成。张广泗军分两路进攻金川，一路由川西人攻河东，一路由川南入攻河西。但是金川与苗疆不同，山高路险，碉卡林立，藏民又恃险冒死抵抗，使得清军“阻险不前”，战事极不顺利。张广泗又请皇帝派调甘、陕、云、贵等地兵万人前来，并请从京中赶运火炮助战，乾隆都照准给予支援，可是战事仍无进展。皇帝派钦差大臣班第入川了解实情，班第对张广泗的报告很差，说他对“番情非所熟悉，士气积疲”，“闻将弁怯懦，兵心涣散”，建议皇帝起用“久办土番之事，向为番众信服”的岳钟琪出山剿贼。
皇帝考虑再三，最后决定派大学士讷亲经略四川军务。讷亲是乾隆的表叔、雍正指定的顾命大臣，皇帝即位、在削弱皇室亲贵旗权与打击旧朝重臣时都倚重过他，乾隆也坦白地说过“朕培养陶成一讷亲”、“自御极以来，第一受恩者无过于讷亲”。皇帝用讷亲督师也表示朝廷对金川事的重视，希望彻底消灭“川蛮”。为了尽快完成任务，皇帝又命被革职的岳钟琪为提督，随行协助讷亲。
讷亲以皇亲自居，一到前线，趾高气扬，下令“限三日克刮耳崖，将士有谏者，动以军法从事。三军震惧，极力攻击，多有损伤。讷自是慑服，不敢自出一令，每临战时，避于帐房中，遥为指示，人争笑之，故军威日损”。讷亲打了败仗，反过来依靠张广泗，张一方面轻视讷亲不知兵，另一方面对死对头岳钟琪又东山再起表示不满兼恐惧，结果他对讷亲阳奉阴违，“诸将无所禀承，率观望不前”。张广泅用的当地向导良尔吉竟是莎罗奔的卧底间谍，清军动静全被莎罗奔掌握，因此在乾隆十三年夏天的一次重大决战中，勇将任举等人阵亡，汉士兵死亡数千，另有因病遣返川内的，六个月内，四万多官兵竟减员八分之三，“士无斗志，战辄奔跑”，“兵老气竭，株数半载，无尺寸功”。讷亲、张广泗计尽策穷，只好筑碉株守，龟缩碉中，坐耗钱粮。
乾隆皇帝虽不断地降谕教诲、督促，斥责纳亲与张广泗，要他们重振军威，可是并无效果。后来皇帝知道张广泗桀骜不驯，跋扈骄横，御下寡恩，心胸狭窄，而讷亲又为依仗张广泗，“是以明知其非，曲为徇隐”，不敢向皇帝报告实情。皇帝一怒之下，将二人革职削爵，并在乾隆十三年底处斩了张广泗，命讷亲自尽。
此次金川的失利，固然与讷亲的胆小偷安、张广泗的指挥失宜、金川地险、番兵勇悍等等因素有关；但是乾隆是指挥全局的最高统帅，他的过分轻敌，任用长于政治但毫不知兵的讷亲以及盲信张广泗的才能等也不无关系，乾隆该负用人不当之责。皇帝杀讷亲等人之后，随即又任命大学士傅恒为经略，继续对金川用兵。傅恒又是皇亲，他姊姊是乾隆的皇后，二十四岁时就当上了军机大臣，后升为大学士，位居首辅。傅恒到达四川之后，调集精兵三万多人，采用岳钟琪的进兵方略，分兵两路进攻，连续攻打番碉，颇有斩获。正想在乾隆十四年春天大举进攻时，不料皇帝在是年正月至二月间，发出上谕二十道，命令傅恒撤兵停战。皇帝谕旨中所述的撤兵理由不外：一、金川道路奇险，进攻难以获全胜。二、军费过大，国力难支。三、补给运输，民力难堪。四、一切政务因金川事贻误甚多。他甚至引咎自责当初不该遣兵前往征讨。傅恒觉得军事行动已奏效，不想撤守。皇帝则在谕旨中说：“朕思蕞尔穷番，何足当我王师？经略大学士傅恒乃朝中第一宣力大臣，顾因荒徼小丑，久稽于外，即使擒渠扫穴，亦不足以偿其劳！”并且还赐诗给傅恒：“速归黄阁赞元功。”要傅恒赶快返京辅佐皇帝，显然傅恒将要被更授重任了。傅恒真是一位福将，正当他准备下令撤军时，岳钟琪已率军攻下了莎罗奔的老巢勒乌围，莎罗奔曾是岳钟琪的部下，便向岳钟琪请降了。岳钟琪更惊人地只亲率十三骑到莎罗奔营中谈判，示以诚信，莎罗奔等“稽首膜拜，衷甲持弓矢迎”，“请奉约束，顶佛经立誓”。历时三年，调兵六万，用银一千一百多万两的第一次金川之役于焉结束。
自此以后，大小金川仍属土司管理，莎罗奔也被赦免，仍为土司。不过当地土司之间，相互争斗，战乱时有所闻。乾隆中期大金川土司莎罗奔年老，由其侄郎卡主持土司事务。郎卡经常侵掠邻近土司。乾隆三十一年（一七六六），四川总督阿尔泰想从中调解，使郎卡与绰斯甲土司结亲，又准郎卡之女嫁予小金川泽旺之子僧格桑为妻。阿尔泰原以为这样可以缓和、增进他们之间的关系，没有想到他们却藉此联合了力量，从此不但更攻杀其他土司，甚至也公然与清政府的援军作战。乾隆得悉之后，指示阿尔泰实行以番攻番之策，希望用众土司之力打击大小金川。可是阿尔泰平庸无能，率军进剿时也在打箭炉停留半年不作战。皇帝大怒，革掉他大学士、总督之职，拿问治罪，后来赐他自尽，并下令由定边右副将军温福统军进剿。
乾隆给温福极为优越的条件，不但升他为大学士兼兵部尚书，拨发汉士兵七万人供他遣调，六七倍于小金川的番民，又为温福派去海兰察、哈国兴、阿桂等名将，更特别的是，皇帝又为他调运了各种新制大炮，付出三千万两白银，皇帝是想温福速战速决，建立功勋的。
温福率兵猛攻小金川，开始时颇为顺利，连夺关隘，小金川土司僧格桑逃往大金川。大金川见清兵来攻，“全力抗守，增垒设险，严密十倍于小金川”，清兵分六路进攻，但效果不佳。同时温福“为人刚愎，不广谘方略”，而且又学张广泗当年“以碉逼碉”的办法，兴建了碉卡近千座，让很多士兵住进碉卡，活动的战斗力反而不足了。乾隆三十八年夏，温福屯兵于大金川之东的木果木，“日与董提督天弼辈高宴”，“不亲督战”，“寒将士之心”。大金川此时见温福无出兵攻击意，乃主动出兵切断粮运道路，并猛攻木果木大营与各碉卡，温福战死，清兵大溃，据说清兵自相践踏，“过铁锁桥，人相拥挤，锁崩桥断，落水死者以千计”。军营米粮一万七千余石与大量银两、枪炮弹药都被大金川获得，这是乾隆执政三十八年第一次的惨重败仗。
皇帝得到战败消息之后，重新布置军事，命阿桂为定西将军，丰绅额、明亮为副将军，增调健锐营、火器营及各省兵增援，名额增加近十万之众，又拨发大量军费与弹药，决心非消灭金川势力不可。阿桂等于稍事休息整顿后，于三十九年正月开始进攻大金川。在“天时之多雨久雪，地势之万夫莫前，人心之同恶誓死”的“三难”下，阿桂沉着指挥，诸将用命，不久攻克了小金川，随即向“跬步皆山”的大金川挺进。大金川土司索诺木倚险设碉坚守，清军一碉一碉地争夺，至为艰苦，最后终于逼进到了大金川的根据地勒乌围。索诺木见形势紧急，他将小金川土司僧格桑鸩死，向清军献尸求降，阿桂不允，继续进攻。勒乌围“碉坚墙厚，西临大河，……有崖八层，层各立碉”，因此耗费了清军半年的时间，才逐渐进入核心地带，最后还是用重炮轰击大寨，始克竟全功。乾隆四十年中秋夜，清军攻破勒乌围，索诺木等又逃到刮耳崖，直到四十一年初，清军才大举包围刮耳崖，索诺木走投无路，乃带领祖父莎罗奔、喇嘛、家族、藏民二千多人出降。大小金川战役至此真正结束。
阿桂等的捷报传到京师，皇帝大喜，封阿桂为一等公，丰绅额为一等子爵，海兰察为一等侯爵，明安一等伯，其他将官也晋升官爵。乾隆四十二年四月十八日，莎罗奔、索诺木等人被押运京师，在午门前举行受俘礼，皇帝穿龙袍、御午门楼，一时铙歌大作，金鼓齐响，战犯押至行三跪九叩首礼，又置已死僧格桑的首领于地，礼成后各犯被押出天安门。莎罗奔、索诺木祖孙及金川首领多人被寸磔，又将索诺木与僧格桑二人脑袋枭示于市。
乾隆十四年第一次平定大金川，清廷前后动员了约八万名的兵员，军费耗掉约一千多万两。乾隆四十一年第二次大小金川之役，各路参战的满汉土屯兵丁约十万人，军费则花掉七千多万两，实在是劳民伤财、死伤惨重的事。据阿桂的报告，小金川番兵约七千名，大金川约八千名，总共只有一万五千人，何以让清廷花费那么多时间，耗损那么多钱财、人命才能平定呢？乾隆的用人不当，估计错误，相将不和、文武贪生等等都是原因。不过金川藏民的一些能以寡拒众因素也应该注意。据庄吉发教授从故宫旧档里查得资料，金川的“地险碉坚”是一个原因。地险是指“碉寨所踞地势危峻”，“跬步皆山，并无平地”，而金川藏人又“善于穴地藏躲，临阵之歼戮无多”，清军马兵无用武之地，步丁也不惯于在如此地形地区作战。碉不但坚而且数量特多，又是难以快速平乱的原因。据记载各路官兵攻克的碉寨不计其数，总督阿尔泰在负责征剿时就共克碉寨八百五十余座，大小石卡二百五十余座，焚毁寨落四百五十余间；总督桂林在乾隆三十六年十二月到第二年五月，共毁大小战碉二百余座，焚毁寨落八百五十余间；将军阿桂则前后毁大小战碉一千一百余座，焚烧寨落八千五百多间；将军明亮、丰绅额等人也有毁战碉数万座的纪录。可见金川一带，遍建战碉，不容易攻打。另外，藏番所用的武器本来只有原始的挡牌、两头尖摔棒、腰刀、长矛、鸟枪等物，后来从清军逃兵处获得大炮、劈山炮、母子炮等重武器，实力增强了很多。还有凡遇打仗，“各寨头人挨着门户每家派一人去出兵，就是十三四岁小孩也要派去充数，器械是各人家里自己带去，所需口粮，都是出兵人家自己预备先带着十五六天的粮食去”，可见土司不需为作战经费烦心。藏人敬奉喇嘛，而传闻喇嘛善咒语，可以呼风唤雨，也可以诅咒清军，这对金川藏民的士气大有鼓舞作用，弄得乾隆后来命阿桂也带着喇嘛随营听用，以求助顺。
大小金川及邻近地区平定后，为永绝后患，皇帝命于大小金川设镇安营，后来又把大小金川改设为阿尔古厅与美诺厅，不久又合两者为懋功厅，驻以同知，办理屯务，大小金川被改土归流了。金川自设厅后，保证了川藏交通，也发展了当地农业，不到十年，人丁日增，屯事日兴，原住民也各安耕作，“无异内地民人”，大小金川被内地化了。
三、两征准噶尔
明末清初，分布在天山南北、青藏、甘肃一带的蒙古部落称为卫拉特（又称厄鲁特）蒙古，即明朝的瓦刺，意思有“亲近者”、“联盟者”、“林中百姓”等不同解释。清初分为和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特四大部，其中准噶尔部的势力强大，与清廷关系也最差。康熙时代曾三次亲征准噶尔噶尔丹，雍正时也因准噶尔庇护青海逃入罗卜藏丹津而再启战端，最后以划界和谈结束。准噶尔蒙古始终是清朝北疆的一大隐忧，尤其在噶尔丹死后，准部由策妄阿喇布坦及其子噶尔丹策零继承汗位，团结卫拉特诸部，实力日见增长。乾隆即位后，因稳固自身统治地位与国家财力等问题，对准噶尔采议和固边的原则，签订了和约，但是在皇帝心中，这父祖未完成的事业他是有责任要达成的。
乾隆十年，准噶尔瘟疫流行，九月噶尔丹策零又因病去世，汗位继承发生了问题。本来噶尔丹策零生有三子，长子喇嘛达尔札系庶出，次子策妄多尔济“因母贵而嗣汗位”，年幼的三子策妄达什也被一些权贵所拥护，因此策妄多尔济虽继承而隐伏着斗争的危机。乾隆十五年，策妄多尔济终因肆意荒淫，诛杀过甚，被长兄喇嘛达尔札的人马所杀，喇嘛达尔札乃继立为汗。但准部贵族大策零敦多布等极为不满，拟立第三子策妄达什。他的计划不久曝光，喇嘛达尔札乃先发制人，杀死了三弟及支持者大策零敦多布等人。继承政争并没有因此结束，大策零敦多布之孙达瓦齐又与辉特部的台吉阿睦尔撒纳联合在一起，于乾隆十九年发动政变，杀死了喇嘛达尔札，达瓦齐于是登上了汗位。达瓦齐与阿睦尔撒纳之间也不是精诚合作，政变成功后双方又起矛盾，而且愈演愈烈，到乾隆十九年，两边的人马便在伊犁一带发生激战，阿睦尔撒纳大败，于是率领残部两万多人投降了清朝。
阿睦尔撒纳不是等闲的人物，他是和硕特部拉藏汗的孙子，准噶尔部策妄阿喇布坦的外孙，他的牲畜、牧场、属众都很多，是当时卫拉特蒙古王公中一个举足轻重的人物；但是他的野心也不小，他的投降清朝，实在令乾隆意外，乃派出专人带着赏赐礼物去迎接，并准备冬天再去承德避暑山庄亲自接待阿睦尔撒纳。乾隆十九年十一月十五日，避暑山庄陈设了全套卤簿，以隆重的典礼接见阿睦尔撒纳一行，封他为亲王并任命为北路参赞大臣，可谓相当厚待了。
乾隆皇帝早就把平定准噶尔的事看作是头等大事，现在准噶尔内讧将近十年，汗国实力严重削弱，是用兵的一大良机。阿睦尔撒纳又力陈“伊犁可取状”，请求尽速出兵，正合皇帝心意，也增强了皇帝平定准噶尔的决心。
乾隆二十年春，皇帝任命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军，由乌里雅苏台出北路；又命永常为定西将军，由巴里坤山西路，两路出兵会攻。清军出征之后，准噶尔军纷纷归降，甚至有些地方，“各部大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊”迎接清军，达瓦齐的准部兵土崩瓦解，几乎全无抵抗，清军便如此顺利地到达了伊犁。达瓦齐当时已无力阻止清军进入伊犁，便率领兵士一万多人退守格登山一带，驻营固守。清军分两路攻击，直捣营地，达瓦齐兵败奔逃，降者六千多人，包括雍正初年青海叛投准噶尔的罗卜藏丹津也一并擒获。达瓦齐则与少数随从逃窜到南疆。
南疆的回民本来就痛恨准噶尔的暴力统治，纷纷起来响应清军，当达瓦齐逃经乌什时，被当地回民领袖霍集斯擒获。霍集斯是用计佯装慰问，供应酒马给达瓦齐而将他逮捕的，后来达瓦齐被押送到清军营中，与罗卜藏丹津一并辗转再押送京师。至此，一征准噶尔之役顺利完成。
平定准噶尔后，乾隆满心欢喜，大封功臣，特别给阿睦尔撒纳封为双亲王，食双俸。用兵三月就有如此成就，实在不易。乾隆二十年五月，皇帝命在伊犁建“平定准噶尔勒铭伊犁之碑”以及“格登山碑”，记载战功。十月，达瓦齐等押解北京，又在午门举行献俘大典礼。皇帝认为达瓦齐虽有罪，终究是准噶尔台吉，特予赦免，并加恩封为亲王，配以宗室之女，赐第京师，希望减少准部的仇恨。同月，乾隆又下令在承德避暑山庄附近依西藏三摩耶式样，建造普宁寺，以志盛事。
乾隆在平定伊犁准部之后，为了西北边疆不再有强权割据，便采取“众建以分其力”的策略，把卫拉特四部“封为四汗，俾各管其属”。但是阿睦尔撒纳一心想作“四部总台吉，专制西域”，他是想作卫拉特总体汗王的，当然对乾隆的政策是不能赞同的。他虽被封为双亲王，食双俸，但这些都不能满足他的欲望。自从平定达瓦齐受封之后，他独断专行了，也任意杀掠了。他不穿清朝官服，不用清朝官印，暗中扩展势力，积极准备反清。
乾隆也看出了他的野心，想出了一个解决的办法，就是战胜准部之后，召见有功人员到避暑山庄来入觐，皇帝原想利用这个机会把他调离蒙古老巢，以消除后患。但是狡猾的阿睦尔撒纳看穿了朝廷的用意，早有应变方法。他先是一再迁延地上路，后来走到乌隆古河时又谎言“暂归治装”，终于从间道逃回塔尔巴哈台，公开与清廷对抗了。一时间，“伊犁诸喇嘛、宰桑劫掠军台，蜂起应之”。当时清军因准部已平，大部分撤回内地，在伊犁只有班第与鄂容安所领的五百名官兵办理善后，根本没有想到阿睦尔撒纳会突然反清，结果被叛兵杀害，而在乌鲁木齐的定西将军永常也不敢赴援，只好先退守巴里坤，天山南北顿时又变乱四起了。
在阿睦尔撒纳反清后不久，喀尔喀蒙古也追随叛乱。他们原与清廷关系很好，只是在这次征讨准部的行动中，清廷在喀尔喀地区征丁征马，骚扰很大，引起民众不满，高层权贵又因他们的活佛兄弟被清廷处死而感到疑惧与不安，因而参与阿睦尔撒纳的行列。喀尔喀部长青滚杂卜将“卡伦、台站兵丁尽行撤回”，使清政府北路台站几乎全部瘫痪，军情联络中断。
针对新发生的大变局，乾隆皇帝又制定新方案。他先任命了一批武将，如策楞为定西将军、达尔党阿为定边左副将军、玉保为参赞大臣等等；同时又调整了卫拉特四部汗位人选，这一切都有助于平定阿睦尔撒纳的叛乱。
乾隆见喀尔喀撤回站兵，乃命在额尔齐斯办理屯田的另一位喀尔喀亲王成衮札布带兵迅速镇压青滚杂卜，不久乱平，稳定了喀尔喀的局势。乾隆二十一年正月，各路官兵将抵伊犁时，阿睦尔撒纳怕被清军捕获，派人去清营地，诡称：阿睦尔撒纳已被台吉诺尔布擒获，现正在押送前来途中。参赞大臣玉保信以为真，立即驰报定西将军策楞，策楞也不审虚实，飞奏朝廷。乾隆帝以贼渠被擒，宣示中外，并封赏策楞等人，结果发现是一大骗局，而让阿睦尔撒纳轻易脱逃。皇帝大怒，降旨将策楞等拿解入京治罪，重新任命以达尔党阿为定西将军，兆惠为定边左副将军，继续往剿阿睦尔撒纳及其叛众。
乾隆二十二年，清廷命成衮札布、兆惠等分兵两路进剿，大军在前进过程中，随军的绿营兵丁留在适合农耕的地方屯垦，又召募了一批回民帮助种地，如此则一面解决了军粮供应问题，一面又截断了准部兵丁的退路，而适在此时，准噶尔地区“瘟疫流行，死亡相望”，因此官兵长驱直入，阿睦尔撒纳在清军进逼下，仓皇逃生，窜往哈萨克。清军派人到哈萨克部长阿布赍处说明政府缉捕阿睦尔撒纳的决心，希望他予以协助。阿布赍已向清廷“遣使入贡矽，当然答应照办。不过在同年六月阿睦尔撒纳逃亡至哈萨克时，发现他的马匹牲口被人分散，机警的阿睦尔撒纳觉得不妙，便将器械鞍马抛弃，轻装随着少数人渡过额尔齐斯河逃往俄国了。
乾隆皇帝对于阿睦尔撒纳的脱逃很是忧虑，他认为这个“游魂远窜，’将来必不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境”，“逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣”，尤其是阿睦尔撒纳逃入俄国，更是感到不安，因为“俄罗斯既收留叛贼，始未尝不欲抚而用之”，因而下令理藩院行文与俄国交涉。根据雍正年间订立的《布连斯奇条约》中议决的条文“彼此不允许留逃人”一款，强烈要求俄国引渡阿睦尔撒纳。俄国政府最初支吾推托，捏造谎言说阿睦尔撒纳已“落水身死”，实际上西伯利亚总督庇护了阿睦尔撒纳，把他“安置在托波尔斯克二十俄里外已经废弃的库杜斯克酒厂一所房子里”居住。后来阿睦尔撒纳患天花身亡，俄国见奇货已不可久居，又在清廷不断交涉下，便将阿睦尔撒纳的尸体送到恰克图，交给清廷官员验视。阿睦尔撒纳的死亡，也宣告了清廷第二次征讨准噶尔战争的结束。
准噶尔战事的胜利确实巩固了清朝西北边防，也巩固了多民族国家的统一，更巩固了乾隆皇帝的统治地位，对于西北地区与中原内地经济及文化的交流同样具有重要意义。只是清朝皇家对准噶尔族人有成见，认为他们是难制的敌人，因此在两次征剿战役中，使用了残酷的屠杀手段，到了“凡山陬水涯，可渔猎资生地，悉搜剔无遗”的程度，甚至对已归降的无辜民众，也悉数屠杀，使准噶尔人口大量减少，这是严重的错误。
四、统一回疆
现在新疆南部塔里木盆地周围，在明末清初，存在着一个信奉回教的汗国，早期称为喀什噶尔汗国，后来因首都迁到叶尔羌，又改称为叶尔羌汗国。由于居住在这个汗国内的人几乎都是回教信徒，清朝称该地为回疆。
这个回教的汗国，因为处于强大的准噶尔蒙古的周边，经常受准噶尔的侵凌。康熙十九年（一六八○），准部噶尔丹称霸时，就灭掉了叶尔羌汗国，利用一批傀儡回人首领为他治理回疆。噶尔丹被康熙消灭后，回部首领玛哈木特和卓木（“和卓木”，译言“圣裔”也）企图恢复伊斯兰汗国，却被噶尔丹的继承者策妄阿喇布坦派兵征服，并把玛哈木特俘送伊犁禁锢，玛哈木特的两个儿子，长名波罗尼都（又译称布拉尼敦）、次名霍集占，即所谓的大小和卓木，也被准部当作人质，在伊犁不得自由。另有不少回人也押运到伊犁，利用他们的农耕技术，为准部垦地输赋。
乾隆二十年（一七五五）清军一征准噶尔攻陷伊犁时，准噶尔汗达瓦齐被捕送北京，玛哈木特早已去世，他的二子乘机逃脱，率领部众向清军投诚，乾隆皇帝对他们的遭遇甚为同情，特别降谕说：“投诚之和卓木，原系叶尔羌、喀什噶尔回部之长，羁留为质，情甚可悯，着即令彼等前来入觐后，仍令复回回部。”可是不久发生了阿睦尔撒纳反叛事件，大小和卓木因而未能入京朝觐。不过皇帝还是派兵送大和卓木波罗尼都回叶尔羌，“使统其旧部”，留小和卓木霍集占于伊犁“掌回务”。清廷并分派官员赴回疆各城晓谕，招服回民归顺，天山南路各地回民都欣然接受。不料，此时却发生了大小和卓木的叛乱。
在阿睦尔撒纳反时，小和卓木霍集占就曾“率众迎逆”，暗中参加了叛乱，到阿睦尔撒纳逃亡俄国时，霍集占就从伊犁潜逃回叶尔羌，唆使其兄一同策划起事。
乾隆皇帝本想利用大小和卓木在宗教上的影响力去招服叶尔羌与喀什噶尔人民，从而安定回疆的；但是事与愿违。据回民事后对清朝官员说：大和卓木本来“欲安集回地人民，听候大皇帝谕旨，而霍集占不从”。霍集占对他哥哥说：“若听大皇帝谕旨，你我二人中必有一人唤至北京为质，当与禁锢何异？莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦率皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立。”波罗尼都受了他的蛊惑，决意反清了。他们随即“传示各城回目，整备鞍马、器械”，不久“叶尔羌、喀什噶尔、和阗所属之数十万回户皆从之起事。”
乾隆二十二年（一七五七）五月，清朝派出的招抚使阿敏道到南疆后，又被大小和卓木杀害，随从的一百多人也无一幸免，回部反清愈演愈烈。
乾隆皇帝闻讯后，一连颁降几道谕旨，其中可以看出他对回变的看法及计划。第一，他认为大小和卓木之乱必须予以征伐，进军时间可以稍后到明年。第二，目前准噶尔阿睦尔撒纳之乱尚未平，以擒获阿贼为先。第三，征讨回部较为容易，用兵不难。也就是因为皇帝轻估了回部的实力，使得日后出征的兵将吃了不少亏。
乾隆二十三年正月，准噶尔的乱事大体上已平定，皇帝着手对付回疆了。他先以回酋霍集占罪状宣谕回部各城，讲出用兵的原因，希望回人归顺，凡来归的“安居如旧”，助恶的则“悉行剿除”。随即任命雅尔哈善为靖逆将军，率满汉兵一万多人，由吐鲁番进攻库车。库车是通往回部的门户，而“其城依山岗，用柳条沙土密筑而成”，相当坚固，易守难攻。雅尔哈善是文人出身，历任知府、巡抚等官，自命儒将，实不知兵，他不认真指挥，不巡营垒，也不听诸将建言，以为回民不足一战。清军万余人攻库车，大炮齐发，一连两日，均未攻下。大小和卓木闻库车被困，乃亲率三千马兵由阿克苏赶来增援，结果却被清军击破，退入库车城中，清军大有一举尽灭大小和卓木之势。
霍集占等退保库车后，清军没有乘胜攻城，也不派兵巡查动静，雅尔哈善“坐守军营”，“略不设备”，致使霍集占等乘夜突围遁走。雅尔哈善后来以贻误军机罪被革职解京处死，另有将官多人也受到死刑的判决。
皇帝于是重新布局，任命纳穆泰为靖逆将军，三泰、富德、阿里衮、舒赫德为参赞大臣，又重用兆惠率军由天山北路往征南路，并且说：“办理回部，仍于兆惠是赖。”兆惠的心头压力由此可知了。更让兆惠感到责任重大的是，皇帝在二十三年七月间传谕兆惠说：“回人素称怯懦，近来屡经剿捕，畏我军威，乞降相续”、“如擒获霍集占，各城自然归附，兆惠即加意奋勉，以奏虏功。”好像回人胆小都怕清军，因此也没有拨发大量的兵丁与军费给兆惠，让他以优势去作战。
兆惠于八月间从伊犁出发，开始只有八百人，而且去南疆行程有千里之遥，道路又不完好，因此行军十分艰苦。所幸当时不少重要回城如阿克苏、乌什、和阗、沙雅尔等都先后归顺，也被清军取得。大小和卓木则分别据守喀什噶尔与叶尔羌，互为犄角，准备对清军负隅顽抗。
皇帝在京城听到回疆各城相继投降的消息，十分高兴，认为“霍集占不日就擒”、“大功即日告成”，还命令军机大臣等计划回疆平定后的善后事宜。不料此时，前线传来兆惠被困的不幸消息。
原来兆惠在十月间开始进攻叶尔羌时，霍集占已于叶尔羌城外坚壁清野。兆惠又掘壕筑垒，加强工事。而霍集占拥兵一万三千多人，实力不弱，兆惠所率领的清军仅三千人，可谓孤军深入。叶尔羌是南疆大城，周长十多里，四面有十二个城门，兆惠在城东的黑水河“自水草处，结营自固”，由于兵少，兆惠只能围攻城的一面，参战的清军约一千多人，先遭回军诱骗，再被回军大举包围。清军尝到败绩，只好且战且退，浮水还营，勇将高天喜、参赞大臣鄂实（鄂尔泰的次子）、都统三格等将官皆战死，兆惠也负伤。清军以残余兵力“据壕结寨”、“筑长围以相持”，回军则以万余之众包围，形势非常危急。回军又不断以炮轰、水淹、偷袭等方式攻击黑水营清军，兆惠则一面向中央求援，一面率军勇敢迎敌，艰苦地坚持了三个月之久。这便是著名的“黑水营”之役。
乾隆皇帝不愧是明君，他得悉兆惠被围之后，曾发表一篇长论，其中有：
……向来之轻视逆回，乃朕之误，又何忍以妄进轻敌为兆惠之责乎？……
皇帝如此引咎自责，不罪前线将帅，当然给了兆惠等人很大的激励。乾隆同时又从重奖赏了兆惠及一些回部首长，封公封王，并对阵亡死难者议典议恤或从优封赏，以安定军心。
兆惠等在黑水营的境状确实十分险恶，先后与回军接战五次，真是死里求生。霍集占后来在黑水营外筑一道长垒，想困死清军，不久后又在上游掘水淹灌清军大营。兆惠都设法予以解除破坏，只是“拒守日久，粮日乏，仅瘦驼赢马亦将尽”。这时虽有纳穆札尔与三泰的援军赶来，但人数不多，又被霍集占的三、四千大军围困，直到乾隆二十四年正月，参赞大臣阿里衮、舒赫德等领兵四千人到来，才与富德的一军会合，包围了霍集占的回军，在富德与兆惠两军内外夹攻下，霍集占的回军土崩瓦解，狼狈逃窜，黑水营之围遂解。
皇帝听到兆惠等脱险之后，十分欣喜，并作了几项重大决定：一、坚持征讨，痛斥“罢兵息事”之论与一些“怯懦无知之人”。二、纠正轻敌冒功之弊，大调兵丁两万人，战马三万匹，并充分准备粮草军费。三、重用回部降人，分别封赏他们，鼓励他们从征效力。
乾隆二十四年六月，在兵多粮足的优势下，兆惠与富德两位将军分别率领大军出发。兆惠攻大和卓木波罗尼都防守的喀什噶尔，富德则负责进剿叶尔羌的霍集占。在清军逼进之际，大小和卓木竟将喀什噶尔与叶尔羌两地回民迁移，焚城砍树，携带兵马眷属弃城往巴达克山逃去。有部分不愿随和卓木逃亡的回民，他们分别从喀什噶尔与叶尔羌写信给清朝将军，表明他们愿意投诚，并请清军速来援救。兆惠等一面将军情上报朝廷，一面接受回民的归顺。皇帝收到前线军报之后，给兆惠等指示说：挑选精兵数千，每人给马三匹，足备口粮，紧急追袭二和卓木，“总以务获逆贼兄弟，始可告成功”。至于一般回民应恩威并用，施以离间，敌必自溃。巴达克山首领亦令献送大小和卓木，“违则诛剿”。兆惠等遵照皇帝命令行事，果然收到良好效果，清军先大事招降，来归的回民很多，使得大小和卓木只有旧部四、五百人随行逃入巴达克山。清军加紧追杀，在巴达克山界伊西洱库尔两岸又歼灭了不少回军。霍集占兄弟后来被巴达克山汗素勒坦沙杀死，并将两人首级献送给了清军。至此，大小和卓木之乱正式平定。
乾隆鉴于准噶尔与回部一再叛乱，现在既然都被平服，也应该想个彻底解决的善后办法。以前的称汗称王显然有弊，就是仿照喀尔喀、科尔沁的盟族制度将来也可能有问题。为了全盘改革，乾隆决定建立新的军事管辖制度，将天山南北路直接隶属于中央。在天山以北原卫拉特蒙古地区设一总管伊犁等处将军（简称伊犁将军），总管全疆（包括回疆）军政财经一切事务，下设都统、副都统、参赞大臣、领队大臣、办事大臣、总管等官，分驻各地。南疆的所有大臣也直接受伊犁将军节制。这种军府制的实行，不但进一步加强了新疆地区与清朝中央的关系，也增强了清政府对西北地区的统治与边防。假若我们更深一层地来看，天山南北路的平定至少有以下几点值得注意的事：
第一，乾隆完成了他祖、父（康熙、雍正）两朝“筹办未竟之事”，彻底清除了喀尔喀蒙古生存与青、藏不安的祸根。第二，在军府制的管理下，大力推行屯田政策，并对原住民轻徭薄赋，以致人丁增多，生产发展，改变了全疆以往人烟少、劳力严重不足现象，对当地农工商业的发展大有裨益。第三，内地与新疆的交往增繁，在文化经济方面起了推进作用，在种族融合方面也起了正面的作用。
清朝大学者魏源曾说：乾隆平定准、回之后，从前“烽火逼近畿”的西北边乱，如今“中外一家，老死不见兵革”了。新疆除官田之外，余地听民人自耕，农桑阡陌徭赋如内地。内地土满人满，而西域地大物博，“牛、羊、麦、面、蔬、瓜之贱，浇植贸易之利，金矿、铜矿之旺，徭役赋税之简，外番茶马布缎互市之利，又皆什佰内地。边民服贾牵牛出关，至则辟汉莱，长子孙，百无一反，是天留未辟之鸿荒，以为盛世消息尾闾者也”。
他的赞语应该算是中肯的。
五、四征缅甸
缅甸是亚洲中南半岛上面积很大、人口很多的国家，在中国史书里，汉朝称它为掸国，唐称骠国，宋称蒲甘，元称缅国，明朝才称作缅甸。缅甸与中国是山水相连的邻国，交往也多。元世祖时曾派兵征缅，明代则没宣慰使司羁縻之。清顺治十八年（一六六一），吴三桂等因追捕明桂王永历帝曾统军入缅，缅王后缚献永历帝送清军，吴三桂等后即班师，没有责令缅甸朝贡。
乾隆初年，云贵总督张允随奏请听从内地人民出边开矿。不久有云南石屏州人吴尚贤在缅境开采有成，事业大旺，且得卡瓦部长蚌筑信任，获利甚丰。张允随亦委任吴尚贤为该地矿场首长。吴尚贤与当地首领关系良好，为保护矿场继续经营，便游说蚌筑以厂课纳贡，向中国内属。乾隆十一年（一七四六），卡瓦矿地课银便解送到云南省城，并进呈缅文禀书一纸，请求归诚纳贡。张允随也立即上奏说：
滇省永、顺东南徼外，有蛮名卡瓦，其地茂隆山厂，因内地民人吴尚贤赴彼开采，矿砂大旺，该酋长愿照内地矿例，抽课作贡。
乾隆皇帝后批示“应如该督所请办理”，缅甸一小部的入贡就由此开始了。
吴尚贤劝说蚌筑入贡成功后，他又想游说缅甸国王向清廷入贡。当时缅甸国内局势混乱，土司多有叛乱的，国王奔达拉很想藉着中国的力量来稳固他的统治权，乃同意吴尚贤的建议，因此在乾隆十五年七月，吴尚贤就向云南巡抚禀报称：
缅甸国王奔达拉情愿称臣纳贡，永作外藩。……彼国大臣一员、头目四人，象奴夷众数十人出境过江，于四月已抵边界，请代奏。
云南巡抚图尔炳阿立即将吴尚贤的禀文与缅甸国王的贡表一起呈送中央，向乾隆报告。皇帝得报后，相当高兴，同意缅王请求，并派官员伴送缅使来京。乾隆十六年六月，皇帝在太和殿接受缅使朝贺，赐以筵宴赏物，缅使一行于十月返抵云南。
中缅正在建立朝贡关系之时，缅甸内部突然发生大动乱，缅王奔达拉先被得楞部酋长杀害，而另一木梳部长瓮藉牙则乘势起兵，统一了大部长缅甸，只有少数如贵家（一称桂家）部等与他对抗。贵家是明末随桂王逃亡缅甸的一些贵族后代，他们据波龙等处采银矿，自成一部。贵家的首领宫里雁后来被瓮藉牙击败，窜居到云南边境。瓮藉牙的次子懵驳相继统一缅甸各部，成了国王，他为扩展势力，派兵扰掠云南普洱府一带的土司，使清朝云南边境时受侵凌，很不安定。
吴尚贤本来是个“无籍细民”，自从开矿富有，又为朝贡关系牵线成功后，变得胆大妄为起来，颇为云贵疆吏所不喜。总督硕色就说他“言貌举动粗野无知，终非安分之人”。随缅使入京后，在归途又因“望泽未遂，时怀怅怏”。不久在硕色等人搜证下，认为他“侵肥人己”，“乖张僭越”、“霸占别人产业”等罪，将他拘禁，吴尚贤最后“在监病故”。
乾隆三十年（一七六五）十月，缅兵在九龙江一带骚扰，云贵总督刘藻即调兵防御，主动出击。由于军队缺乏训练，三路兵丁均告败绩，尤其何琼诏部，行军征伐途中竟将兵器捆载行装，将弁徒手散行，以致惨遭缅兵痛击，全军不战自溃。但是三路总兵刘德成竟谎报战绩，刘藻又不作调查，为邀功立即进呈皇帝，声称破缅军大营七座，并将在普洱府迎战缅兵等语。皇帝后来发现刘藻所奏的情况不实，而常以书生之见，办事错谬极多，官兵忽调忽撤，全无纪律，于是降旨将刘藻革职，留滇效力，所有因调兵不合定例糜费的银两，全由刘藻补赔。刘藻见缅事难办，又多次被皇帝降旨责斥，心绪大坏，寝食难安，乃于乾隆三十一年三月初三日夜在公馆内自刎，留书：“君恩难报，臣罪万死，快请常巡抚……”。刘藻死后，皇帝命杨应琚继任云贵总督。杨总督运气不错，他刚到昆明时，正值缅甸境内瘴疠大作，缅军渐次从边界退却。清军也乘机攻取了孟艮、整欠、车里等地，随着普洱边外地区的平定，杨应琚派出官兵正经界、集流亡、厘户口、定赋税，使地方恢复安定。皇帝知道这些事实之后，非常高兴，下令加恩边地土司豁免钱粮，以表示优恤之意。
杨应琚已完成了分内工作，但是不久之后他竟误听腾越副将赵宏榜的煽惑，以为缅甸首领势力孤单，容易征服，决定兴兵征缅。尽管不少属下官员劝告“边衅不可轻开”，但他却不予采信，并向皇帝奏报缅甸可攻取，并说有些土司怨缅王残刻，情愿归附。皇帝以为“杨应琚久任封疆，夙称历练，筹办一切事宜，必不至于轻率喜事，其言自属可信”。不过乾隆也带着几分保留地说：“倘必须劳师筹饷，或致举动张皇，转非慎重边徼之道。”指示杨应琚“务须详审熟筹，其于妥善，以定进止”。杨应琚显然没有经过长时间的“详审熟筹”，他接到皇帝的谕旨后，便向皇帝保证似地说：他断不敢邀功，但也“不敢坐失事机，不敢轻举妄动”。乾隆觉得很稳重实在，特别传旨嘉奖了他。
杨应琚得到皇帝允准后，便开始了他的军事行动，先派人传说缅方，说他已调集精兵五十万，大炮一千门，随时可以发动战争，缅甸各土邦，不降的即予征讨，他想以此来震慑缅人。清军入缅境顺利地进据蛮暮、新街等地，但不久缅甸国王集军数万人反攻，而清军仅有三千人应战，副将赵宏榜先在新街失利，大败退兵，响应清军的土司也随之人云南境内避难。杨应琚得前线兵败报告后，痰疾发作，他向皇帝报告了病情，但没有真实陈述战况。皇帝还关心他的身体，调两广总督杨廷璋去云南暂带军务，并派杨应琚长子江苏按察使杨重英去云南探视父病并为监军，分担他父亲的事务。皇帝又让乾清门侍卫、大学士傅恒之子福灵安带着御赐的十香返魂丹、活络丹等大内珍品与御医去云南为杨应琚治病，皇帝对他的关怀重视，可谓无以复加。当然乾隆也暗中命福灵安在当地了解军情，回京时据实详报。
不久，杨应琚病愈，调集士卒一万四千余名，分路出击，不幸在楞木、宛顶等地均遭败绩，并受重大损失。杨应琚却向皇帝谎称大捷，杀缅兵近万人，并说缅甸有兵头来营，恳请罢兵归降。他想以与缅甸议和来弥补此前的一切谎报。他并向皇帝表示缅人“愿效臣服，似可宥其前愆，酌予自新之路”。然而乾隆在不久后即接到福灵安等人的奏报，知道缅甸乞降、前线胜仗、杀敌万人等等，都是虚妄不实之语。绿营兵多畏缩不前，而杨应琚驭下姑息，不察虚实，实属欺罔。乾隆了解实情后，大为生气，下令革杨应琚大学士与云贵总督职务，逮捕人京，廷讯后命令他自尽。其他云贵一带有关于杨应琚一同造假欺罔的官员，都逮治论死。这是乾隆朝第二次征缅之役的大概情形。
乾隆三十二年三月，皇帝重新任命满族名将明瑞为云贵总督，决心与缅甸作战。他在一份谕旨里说：
蛮暮、新街等处既已纳降，并遵定制剃发，即成内地版图，皆为中国版宇，两处附降人民，即同内地人民，自当加意保护。木邦、整欠、整卖等处，前此恳请内附，并请我兵保护，焉能还与缅甸，听其欺凌！
皇帝还特别强调说：
……缅匪侵扰内地，则必当歼渠扫穴，以中国威，岂可遽尔中止？且我国家正当全盛之时，准夷、回部皆悉底定，何有此区区缅甸而不加剪灭乎！
由此可见，前两次清军攻缅，多因总督邀功，尤其是杨应琚抵达云南履新时，普洱边外事态已经平静，可以不必用兵，若能善自清理疆界，亦能保卫边疆。但他冒昧喜功，又缺乏对缅甸的认识，致遭败绩，自身亦致凶终。此次皇帝任命明瑞督师，完全出于主动，大有一雪前耻之意。
明瑞于三十二年五月抵达云南，除了解军事情况并调整部分官员外，八月间他拟定好了三路出兵计划，一路由他亲自率领，向木邦前进；一路由都统额尔景额带兵，攻向猛密；另一路由领队大臣观音保指挥，作为互为声援的中军。不过在出发的前夕，明瑞又把观音保一路划入他自己的一路，简化为两路出兵。九月二十四日明瑞等统兵出征，天下大雨，三昼夜不绝，人马都在泥潦中渡过，“饥且冷，多疾病，糗粮而尽失”，真不是好兆头。十月十八日明瑞一行抵木邦，缅兵早已弃城而去，明瑞派珠鲁讷带五千兵留守，令杨应琚长子杨重英等人管印务粮饷，明瑞则率兵深入，希望能直捣缅甸国都，打败缅王。
明瑞乘胜渡锡箔江至蛮结，该地缅兵两万，立木为栅，栅外有深壕，又“列象阵为伏兵”，木栅共有十六座，相互为应，“不但山势峻险，兼深林密箐，并无可通之路”。明瑞英勇督战，“身先陷阵”，右眼遭敌枪伤，“几殒”，“犹指挥不少挫”，终于连破栅垒，杀敌二千多人，缅兵逃散，是为蛮结之捷。但是经此战役，随行将官观音保等认为不宜再深入，因兵疲粮乏，不如先回木邦，“整旅再进”。明瑞不从，反责诸将怕死，于是继续进兵，不料在前往目的地阿瓦途中，向导无人，迷失道路，明瑞一军到了人疲马乏、水土不服、“势不能进”的境地，而北路军额尔景额的情形又一无所知，面临危急状态。
额尔景额一路进兵到猛密北面的老官屯时，被缅军所困，他也因“幽恚”而死，他的军队九千人于是就由额勒登额统领。
乾隆三十三年初，军情发生不利的变化，缅甸攻占锡箔，又打进木邦，参赞大臣珠鲁讷自尽，数千绿营兵或逃或死，杨重英被俘。云南巡抚鄂宁七次檄令驻守旱塔的额勒登额援救木邦，正如要他出兵支援明瑞一样，他却全无反应，甚至后来还退兵入内土司地区，以保安全。明瑞至此与内地联系完全隔绝，只得孤军奋斗。二月初七日，明瑞率军行至猛腊地方，缅兵数万人截断去路，他下令在山顶扎营七处，迎战四面来攻的缅军。此时额勒登额仅离明瑞二百多里，竟不听皇帝谕令派兵来援。明瑞等在人伤粮缺的情形下，仍拚命拒敌，直到初十日，见形势大坏，乃率将领与巴鲁图侍卫数十人及亲兵数百殿后，命诸军乘夜退去。后来扎拉丰阿阵亡，观音保以遗矢刺喉自尽。明瑞身负重伤，竭力疾行二十多里，至小猛育，“乃从容下马，手截辫发，授家人使归报，自缢于树下，家人木叶掩其尸而去”。由于明瑞等将领视死如归，掩护了突围的兵士，总兵哈国兴、长清及不少满汉兵丁，才能突出重围，安抵宛顶。第三次征缅之役也就这样以惨败收场。
皇帝对明瑞的死非常难过，也感到自己有责任。他说过：“若在额尔景额病故时，即令阿里衮前往统师，即不能进取阿瓦，亦必能应援明瑞。”因此皇帝对按兵不动的额勒登额痛恨万分，后来乾隆下令将锁拿来京的额勒登额凌迟处死，其父云代与其亲叔弟侄等都照大逆缘坐律拟斩立决，谭五格也因为不出兵被处斩，由此也可以看出皇帝对明瑞之死的震悼之情。
乾隆三十三年二月二十八日，皇帝降谕授大学士傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，舒赫德为参赞大臣，增兵增粮，再征缅甸。
在筹集兵马粮草期间，舒赫德等人曾以山多路远，缅人熟悉地形以及缅甸未敢侵犯内地种种理由，上书建议息兵，派人招降缅甸。皇帝严饬“荒唐无耻，可鄙可怪”，并将他革去尚书与参赞大臣职务，改赴新疆乌什任办事大臣。另外，在三十三年六月初，缅甸有使者来书谈和，强调以往都是“土司从中播弄，兴兵战争”，希望能准许他们“循古礼，赐贡往来，永息干戈”。乾隆也认为缅甸人“甚属狡猾，殊难凭信”，因而不予接受。
乾隆三十四年二月十八日，皇帝赐御用甲胄给傅恒，举行隆重出征典礼。二十一日傅恒离京，三月二十四日抵昆明，七月间即兵分三四路出击，准备直捣阿瓦，生擒缅王。傅恒进军后，因缅甸正值秋收时节，无兵应战，傅恒行军千里，兵不血刃；但一路多雨路滑，驮马倒毙的很多，兵士食宿不易，傅恒只好先收兵而回。十月间再发兵与阿桂等会合，结果在伊洛瓦底河与缅军分别发生水陆两军大战，阿里衮、阿桂等在两岸矢铳齐发，骑兵劲旅冲人，缅兵大溃。哈国兴在水上又大败缅甸水师，“杀溺数千人，河水发赤”。这是傅恒征缅初期的所谓清军三路皆捷。
可是自伊洛瓦底胜利后不久，傅恒与阿里衮都染上时疫病倒，直捣阿瓦的计划无法执行。将领们会商结果，认为应先进攻老官屯，作为基地。不料老官屯依坡临河，形势险要，清军以火炮猛轰多日，竟不能攻破。后来阿桂以战舰截断缅兵粮道，缅人才遣使乞和。当时清兵中患病的很多，阿里衮也在十一月间病故，傅恒也卧病不起，只好上书皇帝准备接受议和。
乾隆在接到傅恒奏摺，知道三万清军“仅存一万三干余兵丁，领队大臣亦多患病”，而阿里衮已死，皇帝决定允降罢兵。
经过中缅双方初步谈判、议定：缅甸对清朝称臣纳贡，交回侵占土司之地；清朝则以木邦、蛮暮、猛养等地人口交还缅甸。傅恒乃带兵回京，阿桂留云南办理善后。
乾隆三十五年三月，傅恒在天津行宫朝见了皇帝，七月中因病重逝世。阿桂在云南谈判也不如预期的顺利，因为据西方史书记述，当初进行议和只是缅甸前线领兵官的主意，并未事先禀报国王，所以在清军撤退后，“缅王异常愤怒，而将缅甸所执的一份和约撕毁，并命参加议和将领家眷俱在阿瓦宫廷西门头顶着清军经略傅恒赠送的礼物，跪了三天三夜”。缅甸并未如约来朝贡称臣，而且后来也指责清朝失信，没有将土司归还，于是生出很多纠纷。交涉朝贡的事一直到二十年后才得到解决，那是因为缅甸新王即位，国内连年用兵，国力耗损极大；又与暹罗作战，并遭败绩；其后暹罗又朝贡中国，缅甸受威胁更大，乃于乾隆五十三年（一七八八）遣使呈金叶表文人贡，奠定中缅封贡关系基础。乾隆五十五年，缅甸再正式遣使来华为皇帝庆贺八旬万寿，并请求敕赏封号。乾隆帝以缅甸既已纳贡称藩，位列属国，因而正式敕封猛陨为缅甸国王，并赐印，定十年一贡，至此云南边界才无缅患。
乾隆十全武功中的中缅之战，实在有值得人省思的地方。战争历时四年，征讨前后四次，动员几十万官兵，花费白银一千三百多万两，而死伤的官兵为数惊人，最后却是毫无成果地收场。本来只是边界土司间的纠纷，缅甸也没有进犯中国之意，却因边臣的冒进喜功，皇帝的决策误谬，以致损兵折将，弄得国家颜面无光。若非金川乱事再起，乾隆可能还不肯罢兵，中缅两国的民间灾难也可能还会更为深重。惟一令人欣慰的事，是一位英国史家所说的：“由于乾隆皇帝外交政策的成功，缅甸十年一贡，结果使得英国在兼并缅甸的过程中，遭遇了极大的障碍。”
六、台湾林爽文之役
台湾自康熙二十二年（一六八三）归附清朝之后，一度严禁大陆人民偷渡入台，雍正时始逐渐开放，乾隆中期以降，入垦的人因禁令废除而日增，台湾也因此得到进一步开发。由大陆渡海入台的人，以闽、粤两省的人为主，而且多来自漳、泉、潮、惠等地。这些移民历尽千辛万苦，在台湾求得生存，成家立业。为保护得来不易的财产与一己的生命，大家常以同宗、同乡血缘与地缘关系，相互集合，形成力量，彼此扶持帮助。
乾隆以后，秘密社会势力也在台湾传布开来，特别是天地会常号召会众：“入了此会，大家帮助，不受人欺负。”因此当时在台湾各地有不少集团，互相为维护利益而发生械斗。有闽粤人之间的械斗，有漳泉人之间的械斗，也有帮会之间的械斗等等。官员对他们不是不予置问，就是派人晓谕，将就了事，因此械斗成了一项乱源。台湾又因远隔重洋，人民与中央的关系真是天高皇帝远，在台的官员因腐化而贪赃枉法，对居民常常压迫与剥削，使得民不聊生，因而屡见有百姓铤而走险的民变事件，乾隆五十一年（一七八六）发生的林爽文揭竿起事反清斗争，就是其中规模特大的一次。
林爽文原是福建省漳州府平和县人，生于乾隆二十二年，十七岁时随父移居台湾彰化大里卡弋，早年赶车度日，后来曾充衙门捕役。他为人豪爽，素喜交游，人脉可谓很广。当时天地会正在台湾各地秘密传布，乾隆四十八年有位严烟（又称严若海或庄烟）藉买布为名来台传授天地会，第二年林爽文结识了他，并参加为会众。他们在大里杙山内车轮埔饮酒结拜，很多人一同约誓，有难同当，有事相助。于是他们武断一方，地方官甚至也不敢过问。
乾隆五十一年秋天，林爽文等天地会势力日益强大，官府派人前往拘捕，不肖“衙役等从中勒索，无论好人歹人，纷纷乱拿，以致各村庄俱被滋扰”。衙役们甚至宣称：“如敢违抗，即烧庄剿洗。”人民逼得无法忍耐，终于又演出“官逼民反”的事件了。同年十一月二十五日，林爽文、刘升等二百多人首先起事，两天后参加的高达两千多人，前来剿捕的清军被他们全部歼灭，事情发展至此，民军只得进一步对抗地方官兵了。二十八日夜，林爽文等率众攻打彰化县城，由于城是栽木为墙，守兵又少，因而不堪一击。知府孙景燧、同知长庚等大小官员多人被杀。民军“抢夺仓库器械”，“开狱放囚”，事态变得更严重起来。
刘升等又率众攻破大墩（今台中市），到处张贴告示安民，俱写“大盟主刘”字样。由于会党兄弟多不服刘升领导，后来在彰化城中建立政权时，大家公推林爽文为盟主，因他“人爽快、有义气”的缘故。二十九日，林爽文以县衙门为盟主大元帅府，竖立旗号，初书“天运”年号，后改称“顺天”。彰化攻取后，民军为数更多，林爽文下令不准损坏居民财物，规定“失一赔二，焚茅赔瓦”，军纪相当严明，据说当时民军“所过之处，香案叠叠，唧唧相迎”。为进一步巩固政权，林爽文分兵往攻鹿仔、淡水（今新竹）、诸罗（今嘉义），声势极大，全台震动。十二月初六日，民军攻下诸罗，杀死代理知县董启埏等官员。各地人民响应，斗六门、南投等地不久也被林爽文军攻占，台南府城面临严重威胁，而此时南路的庄大田也率众起兵。庄大田与林爽文是同乡，也是天地会众，居住在南部凤山，以侠义闻名，所以一时拥戴他的人民也很多。他与林爽文系莫逆之交，大家曾歃血盟誓过，他自称南路辅国大元帅。庄大田起兵后很快就攻下凤山，知县汤大绅等被杀，不久与林爽文合力由南北夹攻府城，海防同知杨廷理兼知府，力御来攻民军，稳住局势。
同年十二月底，闽浙总督常青呈报台湾乱象，并向皇帝报告他已经急派水师提督黄仕简领兵二千由鹿耳门飞渡进剿，又命陆路提督任承恩领标兵一千二百名入台，口气非常慌张。乾隆看了他的奏报后，批评常青“看尔等俱属张皇失措”，并说“台湾常有此等事，此次何至尔等如此张皇恐惧”、“岂有因一匪犯，使合省及邻疆皆怀恐惧之理？”可见皇帝当时把林爽文之事看成一般械斗。他不了解台湾实情，如当地民风好斗，而且人民痛恨官吏的贪婪，藐视兵丁的实力，而林爽文已集众十万，打下了半个台湾，他还以为杀鸡焉用牛刀，派如此多官兵赴台，真是“张皇失措”之举。
常青派到台湾的水陆兵丁，抵台后没有发生平乱的作用。海坛镇总兵郝壮猷虽一度打败民军收复凤山，但不过二十天他又被庄大田部猛攻下，死伤惨重地失掉了凤山，逃回府城。福建陆路提督任承恩由鹿港登陆，见林爽文兵势强大，不敢出战，龟缩在鹿港，一筹莫展。水师提督黄仕简则株守府城，毫无作为。可以说清军都被民军切断，并被包围之中。
皇帝后来知道了台湾的危急情形，一边下令闽浙总督常青为将军人台，以福州将军恒瑞、提督蓝元枚为参赞，率领所属满汉军队由常青统领，一边命令将失地遁逃的郝壮猷就地正法，将拥兵观望的黄仕简、任承恩革职下狱。
常青于五十二年三月抵台，担任钦差大将军，到十一月初福康安领兵征台取代他为止，历时八个月，这期间他不但没有完成任务，反而使情势更为恶化。常青出生于官宦之家，父亲安图当过江西巡抚。他从一个郡王府的长史，一路升官到闽浙总督。他根本不是将才，而且庸懦无能；但他善于钻营，特别是搭上了当时被皇帝宠信的和珅，所以他官运亨通。这次遇上林爽文之变，令他愁苦万分。
常青抵台后不久，庄大田部下庄锡舍率众投降了清军，一度使府城的处境转好；但是为时不久，林爽文与庄大田两路大军会合，猛攻府城，使清军重创。五月下旬，常青曾有一次带兵出城迎战，结果大败。有人说常青骇怕到“手不能举鞭”，在军中大喊：“贼砍老子头矣！”不敢再战，即速逃回府城，只作被动的防守。后来林爽文分兵北上，围攻诸罗，台湾总兵官柴大纪负隅顽抗，多次派人请常青援救，常青也几次派兵试去救援，但却遭民军击败。当时整个台湾只有沿海及府城仍在清军之手，柴大纪被困在诸罗，常青则株守府城，不敢离城一步。
林爽文深知诸罗的重要，曾经几次发动围攻，甚至用“中藏枪炮”的大车“击城北堞”，并以火箭射雉楼，又断绝粮道，但是始终攻城不下。常青在府城更是焦急恐惧，来台半年以上，一事无成，既不能解府城与诸罗之围，又不能削平民变，为了将来不受严重处分，乃向和珅求救，据说“密札哀求和相，请以他将往代”。和珅可能在皇帝面前说了情，当常青上奏请“派一大员，到台湾督办军需”时，皇帝也觉得常青既不舍南趋北，“岂在台湾坐老即能了事乎？”常青年老，“留于军营，亦属无益”，因而有改派钦差到台湾的事了。
乾隆五十二年六月，皇帝以福康安为将军，领侍卫内大臣海兰察为参赞大臣，率领在京的满洲强勇侍卫一百多人赶赴台湾，代替常青。同时下令抽调四川、贵州、湖广军队数万人速赴福建沿海，待命渡海人台。至此，为镇压林爽文变乱，清廷已征调了七省大军十万多人，军费更是可观。福康安是孝贤皇后的侄儿，傅恒的儿子，曾参加第二次征金川之役，多次率军攻下险碉，军功卓著；其后为皇帝重用，历官盛京将军、云贵总督、内务府大臣、军机大臣。乾隆四十九年的甘肃回民田五事变他又去平定，升任协办大学士，留任陕甘总督。
除了增派大军备福康安作征台之用外，皇帝又为征台军筹集大量银米，命令户部“于邻近福建各省拨银三百万两，迅速解往闽省备用”。其后不少洋商、盐商又响应皇帝，分别捐银三百多万两。江南、四川、湖广等省又派办米粮一百多万石，供应台湾军粮与救灾之用。福康安在兵员粮饷方面确实是很充足了。
不仅如此，皇帝还降谕给他两项重要的指示，这对福康安在台取得战胜结果是非常有关系的。一是皇帝叫他设法招抚良民，嘉奖（也许说得贴切一点是利用吧！）“义民”。所谓“义民”，就是拥护清朝反对林爽文等人的在台百姓。原来移民到台湾的广东人与福建泉州人，他们都与福建漳州人因多年争利益而交恶，林爽文起事时，粤民与泉民多不支持，后来有少数参加反清的也多半是被协从的。康熙时朱一贵之“乱”，清廷就利用了台湾族群的矛盾而收到很好的效果，乾隆也特别交代福康安要联络这些“义民”，增强自己的力量。另一项指示是他命令福康安登陆后，不忙去救府城，应先去捣毁林爽文的住家一带老巢，因为起事人的家属还居住在大里杙，林爽文与他的部下一定会分兵救家乡家人，如此一来，诸罗之围必解。即使林爽文等不返家救援，福康安可以毁大里杙后再攻包围诸罗的民军，林爽文兵丁见“巢穴已倾，自可不战而溃”。不过在福康安抵达福建将渡台时，皇帝发现诸罗情势实在危急，又改变了计划，谕令福康安“就此时情形而论，自先以援救诸罗为要”，并且还说：台湾府城，现有常青防守，虽不能进攻，尚可御敌，即使府城竟至失陷，亦不难收复。意思是福康安在援救诸罗后，用兵有自己的空间，不一定非救府城不可，因而大大减少了福康安的压力。
乾隆五十二年十月二十九日，福康安率大军抵鹿港；十一月初四日，海兰察等与民军大战于八卦山，大败爽文军。由于清军为数众多，装备也精良，加上用金钱与官位来诱惑“义民”，福康安大军很是顺利，在占领彰化八卦山后，南下先攻苍仔顶，再打牛稠山（今嘉义县），势如破竹地逼近诸罗。福康安与海兰察分兵攻打，林爽文领军“阻溪自固，在山梁屯扎，见官兵将至，四面围裹，不下万余”。清军后来“抢上山梁”，民军不敌，纷纷逃窜，福康安等遂进入诸罗，解除了五个月的诸罗之围。
福康安是十一月初八日打进诸罗的，他还不知道在五天之前皇帝已将诸罗县名改为嘉义了。据清宫档案所记，乾隆认为“城内义民帮同官兵，奋力守御，保护无虞，该处民人，急公向义，众志成城，应锡嘉名，以旌斯邑”。十一月初二日军机大臣们遵旨更定诸罗县名，拟出“嘉忠”、“怀义”、“靖海”、“安顺”四个名称，请皇帝选取。乾隆则在“嘉忠”与“怀义”两个名字中，各取一字而定名为“嘉义”，取嘉奖义民之意。第二天，正式颁谕，将诸罗县改为嘉义县。
林爽文在嘉义战败后，便逃往大里栈。清军追击，先在丁台庄（今台中县）发生战斗，互有死伤。爽文后又携带家人走集集（今南投境内），十二月初五日，清军又迫集集，爽文不守，逃到小半天（今南投境内），窜埔里社山中。福康安派兵入山追捕，并檄令原住民帮助搜索，直到第二年正月初五日，林爽文逃到老衢崎（今苗栗县）时，才被人捉到，献给了清军。
林爽文的被捕，还有一段插曲。据台湾本地的方志说：他逃到苗栗后，自知性命难保，乃到朋友高振家，对他说“吾使若富且贵”，高振后来就把他“缚之以献”清军。不过在福康安向皇帝的报告中，则称：因为清军不熟路径，又不认识林爽文，所以找了义民作眼目。正月初五日在老衢崎地方，义民首领高振发现了林爽文，随即告知清军侍卫翁果尔海等三十多人，一同围捕，拿获后解送京城的。高振后来赏戴蓝翎，并授干总职衔。林爽文等则被装入木笼，渡海押解北京，经大学士、军机大臣会审后，按律凌迟处死，枭首示众。
福康安平定北路之后，又挥兵南下，向庄大田发动猛烈攻击。庄大田先据大武垅（嘉义东南一带），经过激战，民军不敌，乃退保琅峤（今屏东县）。二月初，清军分水陆两路攻琅峤，庄大田拒战失败被擒，后被磔杀于府城。林爽文反清之役，至此才完全被平息。
福康安建立了“三月平台”的大功之后，又着手处理善后问题，他修建了城池，添设了戍兵，赈济了灾民，并举办屯田，给从征的几千名原住民各四十多亩田地，要他们协助官兵，防守隘口，缉捕逃犯。福康安又与福建巡抚徐嗣曾根据皇帝指示，妥拟了稽查台湾积弊善后事宜章程十六条，计为：
一、各营操演宜设法稽查以核勤惰；
二、水师兵丁宜按期出洋巡哨；
三、严总兵巡查之例以肃营制；
四、兵丁贸易离营等弊宜严行禁止：
五、禁革旗牌、伴当、内丁、管班四项目兵丁以杜包差之弊；
六、换防成兵宜分交水陆提督互相点验；
七、清查海口城厢各炮位；
八、严禁抢夺械斗以靖地方；
九、清查户口以别良奸；
十、严禁私造器械旗帜；
十一、严惩赌博恶习；
十二、大员轮查台湾文武官员出具考语；
十三、准台湾道员专摺奏事；
十四、开八里坌海口以便商民；
十五、严查各港口私渡船只；
十六、修治道路与船只以便传递邮报。
这些善后事宜的实施，使得清廷能更进一步有效地管理与统治台湾。
七、秋后算账
台湾林爽文之役，自乾隆五十一年十一月二十七日起事，至乾隆五十三年二月初五日庄大田等被捕而平定南北两路，前后历时一年又三个月。在历次战斗中，民军死伤的很多，无法统计。清军方面据福康安的报告，自乾隆五十一年十一月至五十二年十月，阵亡官弁计一百四十一员，满汉兵丁共为四千零九十五人。福康安来台主持军务后，直到平息事变的三个多月中，战事中死亡的汉屯官弁兵丁共四百七十八人。另据户部开列的资料，说四川抽调征台的屯土弁兵共伤亡二千八百七十八名。清廷为平台花费的军费也是一笔大数字，因此在平台之后，除了妥拟善后事宜章程外，还做了一些赏罚的事宜，现在把这笔“秋后算账”分两方面来简略说明。
除了福康安、海兰察这些功臣得到封赏以及死难官兵得到抚恤外，皇帝很重视台湾当地“义民”的奖赏。他曾在谕旨中说：“如系务农经商生理者，即酌免交纳赋税。若系首先倡义绅衿，未有顶带者，即开列名单，奏明酌予职衔，以示优异。”福康安上奏称在南路东港上游，有粤民一百余庄，誓不相从庄大田，并同心选出壮丁八千多人，由举人曾中立等领导，堵御天地会民军，请皇帝嘉奖。乾隆亲自写“褒忠”二字匾额，并赏给曾中立同知职衔。另有教授罗前萨也因管理义民有功，也赏给同知职衔。其他刘绳祖、涂超秀、黄衮、周敦纪四人，俱赏戴蓝翎。在北路彰化一地，杨振文与曾大源在林爽文起事时，拒绝入伙，弃家逃到泉州，后随福康安征台，在鹿港一带招募义民并参战，经福康安奏请赏戴花翎，曾大源因系举人，后来还以同知实缺补用。还有嘉义的黄奠邦、郑天球、王得禄，淡水（新竹）的王松、高振、叶培英等人，都以翎顶加身，荣宗耀祖了。
林爽文起事期间，台湾米价飞涨，高到平时三倍，即一石卖价三两银之外。皇帝了解实情之后，先下令蠲免乾隆五十二及五十三年两年钱粮，让人民得到经济实惠。同时又因兵乱农村无法正常耕种，严重缺粮，先从内地运米来台救急，广为平粜，以减市价。皇帝又下令给难民赈济银与修屋费二十四万多两，以便人民安身。
附从林爽文起事的人当然也会受罚。现在举三个例子说明：
第一，在变乱中参加林爽文民军的，不论是漳州人还是泉州人，事后都受到迁徙内地的处分。有人被骗人大陆清军内当兵，藉以约束，这批人如阮和等约有九十多人，因后来叛林爽文投清，他们有罪又有功，所以贷其一死，但不能再住台湾。另外有一批人如李祖生等一百多人，情节较重，被发往湖南、贵州、广西烟瘴地区，交与地方官严加管束。还有在作战中被清军俘获的很多人，则被充军到黑龙江等处，分给满洲兵丁为奴，以防止他们逃回原籍。清廷如此措施，据说是怕他们留在台湾滋生事端。
第二，参加林爽文乱事死亡及迁徙内地的人，他们所有的田产被政府充公，另行作分拨之用，或为渡台防守兵丁的补贴。林爽文与其他要犯的祖坟，不论在台湾的或是在内地的，都给刨挖，以示惩罚。
第三，林案要犯的子孙，十五岁以上的处死，十五岁以下则送到北京内务府施行阉割手术，充当太监，以备宫廷洒扫之用，前后分三批解送，共有三十七名幼童，其中年龄仅四五岁者达六七人，极为凄惨。
在林爽文之役“秋后算账”事件中，最令人感伤的可能是柴大纪的被处死。一般说来，柴大纪死守诸罗的功劳很大，而且连皇帝也激赏并嘉奖过他，何以最后得到如此不幸下场呢？此事值得一述。
柴大纪是浙江江山县人，乾隆二十八年由武进士拣选为守备，分发福建试用。三十六年至四十三年，历任水师守备、游击、参将等官，后升湖南水师副将。四十六年升为福建海坛镇总兵。从资历上看，柴大纪是科班正途出身，一路升迁平顺。乾隆四十八年，原任台湾镇总兵孙猛患病，因水师无人可调，闽浙总督富勒浑奏请将柴大纪调到台湾，署理总兵，皇帝却降旨令柴大纪为正式的总兵官，这是他人台的经历大概。
台湾因地处海外，一般地方官视台湾官位为肥缺，不以冒险渡海为畏途，不少人反而以获得美缺为喜，因为来台任官后可以任意侵渔肥己，大获赀财。柴大纪多年服务军旅，绿营恶习沾染仍多，来台后的操守大有问题；不过自林爽文起事后，他的表现应该是不错的。
乾隆五十一年动乱开始后，柴大纪先领兵保卫府城台南，立下功劳。后来领兵收复诸罗，并在乾隆五十二年间死守诸罗，虽经林爽文先后十次猛攻，始终坚守，也阻止了林爽文全力攻打府城的计划。设若柴大纪在诸罗战败，民军必可挥兵南下，没有后顾之忧地与庄大田会合，府城也会被攻陷，林爽文据有全台即能成为事实，清军要想恢复也会更为困难。因此诸罗保卫战是具有重要性的。
皇帝对柴大纪守诸罗的战功也是肯定的。乾隆五十二年五月十六日，皇帝就降谕褒扬其战功，命交兵部议叙，并赏给大荷包一对、小荷包两对，赞扬他“始终奋勉出力”。六月十六日，又颁谕旨说柴大纪“实属奋勉可嘉”，“着即补授福建陆路提督”，这次不是空口赞美，而是给柴大纪升了官。七月中又下令“授柴为参赞大臣及壮健巴图鲁名号”。“巴图鲁”是满族语baturu的音译，意为“勇士”，这是满族有大功者才能获得的称号，有清以来，汉人武将得此殊荣的不多。诸罗后来改名嘉义，虽然因了义民参与守城之战，事实上也与柴大纪的义气有关，因为皇帝看到各方情报，知道诸罗缺粮、缺兵、缺武器，柴大纪能死守几个月，实属不易，因此皇帝曾在八月二十七日传谕给柴大纪，不必拘泥于城存与存、城亡与亡的旧思想，如果实在支持不了，可以“将贼匪乘势剿杀，突围而去”，意思是叫柴大纪可以弃城而走，政府将来不会怪罪的。可是柴大纪却拒绝了皇帝的好意，写了奏摺向皇上表示愿与人民共守危城。柴大纪提出两大理由不能突围弃城：一是“若一旦弃之而去，则城池营盘大炮均为贼匪所据，恐贼势益张，盐水港、笨港两路之兵，均难驻守”；二是“城厢内外居住百姓，及各庄避难入城者，共有四万余人。……实不忍将此数万生灵，尽付逆贼毒手！”皇帝阅览了柴大纪的报告，被他的“忠肝义胆”感动得“为之坠泪”，认定他是“以国事民生为重”的忠义之臣，“古之名将，何以加之！”因而给他重赏，擢封为一等伯爵，世袭罔替；并且命令浙江巡抚拨银一万两，赏给柴大纪的家属，“用示朕轸念勋劳锡爵酬庸之至意。”
柴大纪有如此难得构际遇，应该前程似锦，一片大好了。可是就在此时，钦差将军福康安等人向皇帝参奏他了，说诸罗城被围数月未失的原因是“众民一心奋勇。柴大纪人本诡诈，甚染绿营习气，不可倚任”，所奏守城、打仗各情，多非事实。皇帝看了福康安的奏报，最初很不以为然，认为福康安“过事苛求”，于是写了一份满文的谕旨给在台湾的福康安，晓谕开导，并为柴大纪剖辩，甚至还指点出福康安或因柴大纪“屡经恩旨褒嘉，或稍涉自满，在福康安前礼节或有不谨，致为福康安憎，遂尔直揭其短乎？”皇帝并且还婉转地对福康安说：
朕于柴大纪、蔡攀龙二人，并非先有成见，不过念其守城打仗，勤苦出力，曲加轸念。福康安非他人可比，尤需仰体朕心，略短取长，方得公忠体国之道。况柴大纪已加恩封以伯爵，蔡攀龙业经超升总督，福康安所奏各情形，并无确据，岂可转没其功，遽加以无名之罪耶！
皇帝既如此相信柴大纪，此参案本应该就此了结；但是这年底，有位工部侍郎名叫德成的，他自浙江返京，皇帝召见他时问起柴大纪平日的官声名誉如何，德成回皇帝说：风闻柴大纪“纵恣自大，且居官贪渎，较之地方文职尤甚，并将台湾所辖守兵，私令渡回内地，贸易牟利，驻守之兵，所存无几”。皇帝听了这番话之后，突然改变了态度，他想到台湾驻军为数本来不少，就因为柴大纪“私令渡回内地”，才让林爽文之乱蔓延滋扰开来，于是下令叫福康安与闽浙总督李侍尧查明柴大纪的罪行，拿问治罪。乾隆五十三年正月二十三日，皇帝正式下令将柴大纪革职拿问。七月间柴大纪被认定有罪处斩了。
柴大纪被杀之后，两百多年来不少人认为是一大冤案。同时代人满洲贵族礼亲王后代昭裢就说：
……大纪以功高，与福康安抗行宾主礼，康安衔之，遂密奏其人奸诈难信。会侍郎德成自海上监修城垣归，复媒孽大纪之短。上信其言，遂以前贪纵事，逮大纪及永福入，先后正法。
道光时代的大学者魏源也说：
初，福康安之解诸罗围也，柴大纪出迎，自以参赞、伯爵，不执櫜（犍）之仪，福康安即劾其前后奏报不实。
民国初年修《清史稿》，书中的《柴大纪传》也写着：
……福康安师至，嘉义围解，大纪出迎，自以功高拜爵赏，又在围城中，倥偬不具櫜櫜礼，福康安衔之，遂劾大纪诡诈，深染绿营习气，不可倚任……侍郎德成自浙江奉使还，受福康安使，讦大纪。上命福康安、李侍尧、徐嗣曾按治……军机大臣覆谳，大纪诉冤告，并言德成有意周内，迫嘉义民证其罪，下廷讯，大纪犹力辩。……
清史大家萧一山先生认为：
福康安之解诸罗围也，城中市民皆赢饥无人色，见福至，无不欷歔啜泣，喜其来而悲其晚也。
惟大纪出迎，自以参赞、伯爵，不执鞬之仪，福康安恨之，密奏大纪奸诈难信，前后奏报不实。……大纪逮至京，命军机大臣会同大学士九卿覆讯，大纪再三称冤。弘历廷讯，大纪始引咎，仍微诉其枉。清廷谓其狡辩取死，依福康安所拟正法。时议以大纪之死也，不知引咎，昧帅臣之体，与张广泗不服讷亲之劾，而负气大廷者何异？……
近人周远廉教授则称：
为什么皇上对柴大纪的态度会发生这样一百八十度的大转变，把他由钦封的忠臣名将贬为奸佞小人？是乾隆洞察秋毫识破柴大纪伪装面目，还是听信谗言误杀栋梁之臣？从历史事实看，从乾隆有关柴大纪数十道谕旨看，柴大纪确实不是有罪当戮，而系含冤去世。
以上诸家的看法大都从皇帝谕旨中因柴大纪“屡经恩旨褒嘉，或稍涉自满，在福康安前礼节或有不谨，致为福康安所憎”这些话引申而来，事实上福康安在调查柴大纪之后所述的罪状才是真的重要，如“纵容兵丁出钱替役、离伍贸易，包庇娼赌”，以及柴大纪本人营私网利，巡查婪索天价，海口得受陋规，公然受贿徇私，林爽文起事时“退缩府城，以致贼匪蔓延猖獗”，这些罪行是犯了“统兵将帅玩视军务故意迁延贻误军机”大罪，按律是“拟斩立决”的，也因此福康安才请皇帝将柴大纪“即行正法”。
福康安指陈的各项罪名是不是都是真实呢？据柴大纪后来在北京受审时的口供，我们可以了解一部分是确有其事的，一部分则是柴大纪矢口否认，认为是罗织的罪名。例如他到台湾之后，按照旧规，在巡阅南北两路各营时，接受“折送酒席银两”，前后四次，共得番银一万二千元。在“拨补各营外委”时，他又收过不少人番银“各七八十元及一百余元不等”。还有巡查经过厅县所收盘费银两，“共得过番银七千三百余元”。“又每年受营员生日节礼番银三千七百余元，亦是有的”。显然柴大纪对贪婪得赃是供认不讳的，只是这类收受银两都是惯例的居多，从前多任总兵都取得这些银两的。
至于“废弛营伍，全不认真操演，纵令兵丁在外包庇娼赌，贩卖私盐”等等，为什么柴大纪“不行查办”？柴大纪在供词中有：“台湾营伍废弛，我不能实力整顿，随时操演，以致兵丁在外包庇娼赌，原是向来有的”。总之，这些都是多年来的老问题。
对于彰化玩误军机的指控，柴大纪辩称他因回府城添兵，不料彰化与诸罗两城失陷如此之快。后来诸罗收复，他因军力不足，只有“在县城死守，以待大兵”。他不认为他犯有贻误军机的大罪。另外他指德成在台湾有意罗织罪款，图谋陷害。军机大臣等原本判了他监候免斩，但他在皇帝亲自审问时，给皇帝的印象是他想“将德成扳陷，希冀脱罪，奸巧之极，实属可恶”，因而激怒了皇上，改判他“即行处斩，以为辜恩昧良，狡诈退缩者戒”。
柴大纪的贪渎，罪应处死；但他的战功也不应抹灭。萧一山先生说他“不知引咎，昧帅臣之体，与张广泗不服讷亲之劾，而负气大廷者何异”，极有道理，因为乾隆是专制独裁君主，大臣只应向他求饶服贴才能生存得宠，辩论是不能得到真理的。柴大纪确与张广泗一样，毕竟还是个正直而又负气的“武夫”！
八、台湾赤嵌楼边的平台纪事碑
平定台湾林爽文之乱既然被列为十全武功之一，好大喜功的皇帝当然会为自己美言一些功绩了。史官们以文字写记在国家官书里，乾隆自己也留下不少诗篇歌颂自己的决策与成就。但这些还是不够，他在乾隆五十三年三月十一日，降谕军机大臣说：
……此次剿捕台湾逆匪，军书筹笔，宵旰焦劳，一切紧要机宜，朕思所及，随事指示。福康安等禀承方略，擘划周妥，仰赖上苍眷佑，于三月之间，生擒二逆首，全郡贼氛，扫荡无遗。现在大功告蒇，所有办理此事颠末，曾亲制纪事语二篇，及平定台湾功臣像赞序一篇，备述用兵机要及赏功罚罪诸大端，而一本于敬天勤民、孜孜不怠之一心，宜勒之贞珉，以昭彰瘅。着将御制文三篇，用清、汉字书写，发交福康安、李侍尧，于台湾府及厦门二处，建碑碣三座，照依尺丈，慎选石工，妥为镌刻，俾岩疆海徼，成喻朕勤政爱民、明慎用兵之意。
这道谕旨就是现存台南赤崁楼边那些满汉文大石碑的由来。
同年八月间，乾隆皇帝又降谕旨说：
前因台湾贼匪剿捕完竣，但该处民情剽悍，虽经此一番惩创，恐事过即忘，不足令其怵目儆心，常思安份，特令于台湾建立福康安、海兰察等生
祠，俾民人望而生惕。……福康安、海兰察等带兵渡台剿贼，固属有功，而李侍尧在泉州、厦门一带，办理军需，始终无误；徐嗣曾前赴台湾，帮办善后一切，亦属妥协，……着准一体列入。俟生祠建竣后，将御制功臣生祠纪事诗一首，缮写清、汉字发往，一并刊泐碑旁，以示朕优奖勤劳至意。
这是福康安等人生祠里刊勒满汉文纪事碑的由来。后来又加上平定台湾告成热河文庙碑文一件，兼写满汉文，而福康安等生祠诗碑字少，合刻一块，因此当时台湾的一组石刻碑共五种，计为：
一、御制平定台湾告成热河文庙碑
二、御制平定台湾二十功臣像赞序碑
三、御制生擒林爽文纪事语碑
四、御制生擒庄大田纪事语碑
五、命建福康安等功臣生祠志事诗碑
前四种各刻满汉文一块，共八块，第五种因两种文字刻在一起，所以总共为九块。
五种碑文的内容文字很多，不能尽录，大体说来，生擒林、庄纪事与功臣像赞三篇主要是表达他大皇帝的思想、战略、方针及某些行事作风，当然对他用兵主旨、调度有功、指挥得宜、终能平台等事语多溢美。平心而论，在平台的军事行动期间，皇帝确实是备极辛劳地筹划、指挥，基本上是有功劳的；但是，他初期的严重错误判断，用人不当、派兵过少以及事后处死柴大纪等事，都是败笔，他在以上石碑的文字中就轻描淡写，甚至刻意辩护了。如“林爽文始事之际，一总兵率千余兵灭之而有余，及其蔓延猖獗，全郡骚动，不得不发劲兵命重臣，则予迟速论所云未能速而失于迟，予之过也。然而果迟乎？则何以成功？盖迟在任事之外臣，而速在筹划之予心，故虽迟而终能成以速，非夸言也，盖纪其实而已”。另外他又以命李侍尧代常青，常青代黄仕简，蓝元枚代任承恩而保住了府城，后来又命福康安等救诸罗，都是“未迟”的具体成绩，这一切说法不外为他在初乱时的错误作辩护而已。功臣像赞文强调他对台湾用兵全是为海疆人民生命的关系，他有不得已的情由，绝不是穷兵黩武。他因为爱民薄赋，明慎用兵，才得天助而能胜利。当然他也赞美了满洲兵的天下无敌，而绿营兵已经是无用不堪，特别缺少能领兵的将领。至于福康安等人生祠纪事诗，则有建祠理由如“三月成功速且奇，纪勋合与建生祠”以及皇帝希望“台地恒期乐民业，海湾不复动王师”等语。
皇帝既然御制了碑文，也降谕地方官建碑造祠，福建省大吏当然只有遵旨赶办。根据现存的史料，我们大约了解部分当日的情形。首先是选用石材的事。厦门因在大陆沿海，而福建省也有很好的山石可以造碑。可是台湾地区平地不产巨石，而且石质不好，坚致程度不够，所以后来只好转往内地求材，最后决定仿照厦门的方式，在泉州府同安县属的金门列屿与漳州府属的龙溪县港尾等地，开凿山石，以作建碑之用。这批石材既是采自深山邃谷，运输出来当然很是困难。当年没有直升机或起重机等设备，只凭人力作业，真是费钱费力，而且困难重重。据说负责人员为了开凿这批石碑材料，事先做了不少准备工作，因为石料是先由内山开凿出来，运到山边，再由山边运到厦门港口，然后装船再运到台湾的加工所在，这当中动员的人力相当可观。据官员们事后报告说：计在开山掘土时用了泥匠三百九十六工；打石匠三百六十四工；运土扒土夫四百九十八名；旱运四十里用运工匠四百八十六工；沿途搭架泥匠一千零三十工；搬运架夫帮运下山拆架等工九百八十二名。工作之艰苦，工程之浩大，由此可见一斑。从厦门采得运往台湾的石块原料，有长六丈二尺四寸的，重量约为一万六百零八斤。
这批石材运到台湾之后，当时的台湾道万钟杰与台湾知府杨廷理立即督同台湾与嘉义两县官员，一面负责赶紧建造，一面又陆续从大陆购买其他木料等物，作为盖屋之用，到乾隆五十六年才完工，前后费时三载。据有关的资料记述，台湾府城的碑亭与生祠建在府学之南：
筑砌台基，前建头门一座，中建方亭一座，竖碑四通，恭勒御制平定台湾告成热河文庙暨二十功臣像赞序共清、汉文四道；左建六角亭一座，竖碑二通，恭勒御制生擒林爽文纪事清、汉文二道；右建六角亭一座，竖碑二通，恭勒御制生擒庄大田纪事清、汉文二通。碑亭之后，接建功臣生祠头门一座，两边游廊两所，后建正祠一座，两旁厢房二所。祠前另建六角亭一座，竖碑一通，恭勒御制命建功臣生祠志事诗清、汉文合刻一道。周围概筑花墙，外面统砌砖墙，以资卫护。
嘉义地方的生祠与府城生祠的式样差不多，在县城内：
适中处所，筑砌台基，前建功臣祠头门一座，内两边游廊二所，后建正祠一座，厢房二所，祠前另建六角亭一座，竖碑一通，恭勒御制命建功臣生祠志事诗清、汉文合刻一道，周围俱筑花墙，外面统砌砖墙卫护。
以上两处的工程，在府城的共费工程费二万二千四百六十六两白银，嘉义部分因只建生祠，花费较少，计白银七千五百十八两左右。两项工程总共用了两万九千九百八十四两。
从以上的文字记述，我们可以看出：在当时这应该算是一项大工程了，花了三年的时间，动用了近三万两国帑，不须说，碑亭与生祠都应是壮丽的建筑。可惜由于日后的天灾人祸，这些建筑都已经不复存在，我们只能从上引文字中想像其式样与规模了。所幸九块石碑还大体完好地尚存人间，也算是不幸中的大幸事。
最有趣的是，这笔工程在经费报销上还发生了一段插益，地方官与中央主管机关争讼了两年多，最后还得乾隆亲自裁决才算了案。残存的史料大约为我们钩考出了当时报销争论的所在：主要的是中央主管机关工部认为两地工程费花掉近三万两，“与则例未尽符合”，不准报销。乾隆五十六年十月十七日，闽浙总督觉罗伍拉纳与巡抚浦森又合奏请求准“于存剩军需截存台湾府库银内动给”，皇帝没有同意，工部则坚持石料报价太高，而“生祠应与别项房屋无异，何得亦用石柱，致滋糜费”。其他匠夫、运脚等费，也有浮报之处，问题似乎不止一端。福建布政使伊辙布虽然一再解释开凿大石碑与开采一般小石块不同，不能一律计丈论价。运送费用也因山路崎岖，倍增开支，这是常情，也是事实。至于生祠为什么要用石柱，而不用一般房屋的木柱，伊辙布也说明了原因，他说“台湾不产木植，购备巨料，工价昂贵；兼生祠在碑亭之后，碑亭已用石柱，生祠自应一律办理，庶期坚固经久，以重钦工”。这些解释有的言之成理，有的甚为牵强。不过地方官总是希望中央能准许报销，特别是争取到皇帝的同情，了结此案。可是工部在再三调查审算之后，向皇帝呈上了一份决定性的建议，其中有：
一、碑身十块用银应减少三千一百四十八两三钱八分。
二、生祠石柱费用浮报，三十六根亦应减银五百七十二两四厘。三、其余石料、砖瓦、匠夫等项，应共减银九百六十六两三钱四分七厘。
总计以上三项，应共减银四千六百八十六两七钱三分一厘，实准报销两万五千二百九十八两一钱五分六厘。
工部的核算也许苛刻了一些，但地方官浮报却是常见的，尤其觉罗伍拉纳与浦森是大贪官，后来因其他贪案被处死，皇帝在工部的报告上批了“依议册并发”，核减的银两由地方官设法弥补了。
碑亭与生祠花了那么多经费建造，而且承办官员一再强调“坚固经久，以重钦工”，可是这些工程显然造得不好，甚至是减料偷工，因为不到五十年，在道光年间，有人就见到府城里的碑亭与生祠都已成“亭圮碑存”的残破景象了，“外三门及围墙已尽圮，前层渗陋剥落，雕镂细工，修补尤难”。
乾隆以后，清朝进入中衰期，特别是鸦片战争给海疆带来危机，国家多难，台湾的碑亭与生祠当然变为不足重视的建筑，更谈不上动用巨款来维修了。中日甲午战争以后，台湾割让给了日本，在日据期间，为了造建马路，日本官员把原先竖立在府城学府南边的碑亭与生祠里的大石碑九块，一齐搬运到大南门内城之中，建造碑林。生祠（在现今南门路邮局一带）也因扩建工程而铲平了。第二次世界大战以后，台湾光复，约在公元一九六一年左右，这些御制大石碑才被台南市当局安置到赤崁楼边的今址，供人观赏凭吊。至于嘉义地方的一块生祠纪事诗碑，现在仍放在中山公园之中。
林爽文事件后台湾建造的一组满汉文大石碑，虽然饱经风霜，石质也部分斑驳，但在当今世界各地，除韩国汉城近郊的三田渡大石碑以及北京、承德的一些石碑之外，恐怕像这样的金石遗珍也不多见了。我们应该重视这批珍宝，好好的维护它们才对。
九、安南和战略述
现在的越南在乾隆以前称为安南，与中国广西、云南两省相邻，在秦汉时代即与中国有广泛的交往。明朝时，安南国王黎氏定期向中国朝贡；到十六世纪中期，安南发生政变，黎王被权臣莫登庸推翻，从东京（河内）逃往保清华。后来黎氏后代黎维潭得旧臣支持，打败了莫登庸而重掌政权。为了酬庸旧臣，新任黎王就以旧臣郑检与阮璜为左右辅政，但不久郑检排挤了阮璜而自兼左辅政，掌握国家大权，国王仅有虚名。阮璜被逼走到顺化之后，积极发展，人称广南王，居富贵城，与郑检对抗。
清廷入主中国以后，顺治十七年（一六六○），安南国王黎维祺奉表贡方物，与清朝建立了封贡关系。乾隆中期，郑森杀害了安南国世子，夺取金印，谋篡王位，并与广南王的臣僚阮岳、阮惠勾结，合攻广南王阮福淳及其权臣张福峦（因其人专恣暴虐，人称为“张秦桧”），阮福淳因战败南奔，广南政权一时垮台，阮惠因势力坐大，自称秦德王。乾隆五十一年（一七八六），阮惠攻黎王都城，杀死窃权的郑氏族人，自己执掌王国大权。第二年黎王维瑞病逝，其孙黎维祁继立，阮惠因不得人望，先以水陆两路军将王宫珍宝运到广南根据地，不久后又重新攻打黎城，黎维祁乃出走，隐居在民间，当时安南可谓南北混乱，民不聊生。
乾隆五十三年六月十七日，广西巡抚孙永清上奏皇帝，报告安南政局变乱情形，并说黎维祁出奔，其臣阮辉宿、黎炯保护王母、王子等逃到了中国边境，求救人隘，经官员盘问后，已将阮辉宿等男女老幼六十二人收受入隘，拨给房屋，令其居住。皇帝接到孙永清的奏报之后，随即下达谕旨，给予指示：一、安南去年失国印，目前又有王室人员“求救入投”，应尽速查明真相办理。二、孙永清从未参与战事，此事应由两广总督孙士毅速赴广西调查。三、安南原系阮家天下，后为黎氏占夺，现在阮氏如为恢复旧业，亦可从而安抚。如非此阮氏所有，现强行篡夺，则不能置之不问，否则有失宗主国之体统。军机大臣与孙士毅等查明后，提出对策。四、对来投的王室等人，“优给廪膳，勿使失所”。五、设法寻找国王与遗臣，查明上报。
六月二十六日，孙士毅的奏报抵京，谈到阮辉宿向他报称：阮氏只据东京黎城与牧马、谅山等少数城市，而阮惠之兄阮岳“一味犷悍，并无法令”，不得人心，黎王若能乘隙而动，“即可一举成擒”。皇帝认为“人心又戴旧足恃，尚可徐图恢复，办理尚易”，传谕孙士毅令阮辉宿回国告知黎维祁招集义兵，力图恢复，“目前天朝已派调大兵”协助，如阮岳“负固不服”，清军将“四路会剿”。不久之后，清政府以总督名义发布责斥阮氏的檄文，希望安南臣民支持黎氏，恢复王室。
皇帝虽一再强调“兴灭继绝”、“字小存亡”，但并未正式下令用兵。孙士毅除了利用阮辉宿的谈话表示黎氏还得到大多数人民的支持外，他又向皇帝报告：斥阮檄文在安南各地发布后，阮岳、阮惠兄弟都“畏惧逃遁”，阮惠部下将领也有“即知外逆效顺”的，言外之意，如若出兵，胜利是可以预期的。皇帝受了他的鼓励，也认为“阮岳等亦无须多兵剿办”，派广西提督许世亨及总兵一二员带兵数千汉口可，最多让孙士毅再准备几千兵丁，在边境关隘驻札，“声言续发”，壮壮声势。
阮惠见清军将至，乃向孙士毅请入贡，说明黎维祁生死不明，请清朝让故王黎维真的儿子维小宝主国事，并迎其母妃回国。清廷认为阮惠是狡猾缓师，而且想立维槿为傀儡，下令要孙士毅严斥阮惠，不接受他的朝贡，同时决定用兵，兵分三路向安南进发：一、由广东钦州出海，过乌雷山到安南海东府。二、由云南蒙自县莲花滩陆路到安南的洮江。三、由广西镇南关直往安南。同年十月，孙士毅与许世亨率两广兵一万人出镇南关，直捣王京，以二千兵丁驻谅山为声援。云南提督乌大经则调集大军八千取道开化厅之马白关，入安南界。由于清军军威旺盛，又有土兵义勇随行，因而阮氏的隘兵都闻风逃散。阮氏最后只好靠天然地形的三江之险，即寿昌江、市球江、富良江（红河）抵御清军。
乾隆五十三年十一月十三日，孙士毅部属兵抵寿昌江与阮惠兵交战，阮惠军败，退守南岸，挤断浮桥，清军在大雾中不知浮桥已断，带头兵丁有二十多人落水，所幸后攀援竹筏登岸。清军后砍竹编筏，始能渡过寿昌江，继续南下，后在三异与柱石交界处与阮军交战，阮军于山坡竖红、白、黑等色旗帜，擂鼓进攻。十四日晨阮军败退，清军俘阮军七十九名。其后清军又分两路进击，抵达市球江边。
市球江江面较宽，阮惠在南岸坡岭上屯兵，并于沿江一带竖立竹木栅栏。十一月十五日阮惠军列炮猛轰北岸清军，清军仰攻困难，多有死伤，战争延至第二日，孙士毅乃命分兵乘夜于二十里外地方暗渡。十七日，清军分两路夹击阮惠军，并突袭阮惠市球江大营，火光四作，阮惠不辨清军多寡，不知暗渡兵来，全军溃散。清廷据报，是役阮惠军积尸江岸与漂流江面的至少千人，被生擒的有五百多名。十一月十九日晨，清军抵达富良江北岸，阮惠在江心以大小船施放枪炮，孙士毅军则于远处觅小船乘夜到江心夺取大船，轮番载渡两千余人过江，分头进攻。二十日清军全数过江，阮军向南方溃逃。原本清军在作战时以割取已死敌人首级与俘虏耳朵记数，以作论功行赏依据的，孙士毅以为“追杀敌人间不容发”，“不令于剿杀吃紧时割取，致滋延误”，令兵士继续乘胜追击。乾隆皇帝为此事还称赞他说：“所见是，不料汝读书人具此识见，以手加额庆得一好大臣，较之定安南尤为快也。”
十一月二十日，清军收复黎城，当天深夜黎维祁也由躲藏的乡村赶回王城，与孙士毅见面。乾隆皇帝在孙士毅出兵时就命令他克复黎城后，若黎维祁出面，即传旨册封他为安南国王，因此孙士毅当即宣谕这项册封命令。黎维祁以“陵寝尚陷贼境，未获展拜”，恳请暂缓册封。孙士毅认为不应该以“私情渎请”，仍决定二十二日宣读册文，进行加封。清廷因为安南动乱经年，元气大伤，遣使入贡若按规定又必费时费钱，不如早日册封，以安定民心，而且清军在外过久，也怕遭遇不测，所以皇帝交代孙士毅速办册封之事。
孙士毅等此次行军征讨，不到一月即恢复黎城，也办好了册封安南国王的封典，皇帝非常高兴，乃降旨封孙士毅为一等谋勇公，赏戴红宝石帽顶。许世亨为一等子爵，其余文武官员也有被赏赐的。正在京城与前线都欢庆战争胜利之时，孙士毅却从安南传来不幸的战败消息。
原来黎维祁恢复王位之后，为了报复，大肆诛戮，很失人心。据史料记述：“帝（黎维祁）性褊刻，宗室女有嫁贼将有孕者，命刳之；又刖其皇叔三人，投于宫市，人情稍稍离贰。”当年除夕，安南王家母眷从广西边境回返黎城时，见黎维祁行动乖戾，母后都忍不住提出警告：“我辛苦请得援兵来，国家能经几番恩仇破坏，亡无日矣！”母后甚至号泣不肯入宫。孙士毅也阻止过黎维祁诛杀臣民，要他“务须宽大，收拾人心”。另外一个影响人心的事是“连年荒歉”，而“清兵在京者，肆行抄掠，民益厌之”。加上阮惠败后南下，兵力并未损失太大，他只是暂避锋头，俟机再起。
清朝中央也以为孙士毅的任务已经完成，可以撤军回粤，不宜再穷追深入，否则有可能被阻滞在异域，转致欲罢不能。孙士毅本系文官，对军事了解不多，他以为用兵不到一月，阮惠被打得节节败退，好像清军所向无敌，因而有了轻敌之心，而且又想功上加功，彻底消灭阮惠，他就有继续作战之念，不照朝廷的意思班师了。甚至在同年十二月间，皇帝给他降谕多件，一再说明恢复安南黎朝的任务已完成，可以撤军。因为安南地小，又多瘴气，易染疾病，运粮又难，加上黎维祁懦怯无能，“天心已有厌弃黎氏之象”，朝廷不应该再花费巨大人力物力，从事这种“揆之天时地利人事实有不值”之事。然而孙士毅却迟迟不撤兵，以致遭到乾隆五十四年新春惨败的结局。
孙士毅不但不撤兵回国，同时也没有乘胜追击阮惠，只在黎城迤南一带派兵防守。阮惠知道清军“悬军黎城”后，乃“倾巢出击”，并先派人于五十三年除夕来诈降，孙士毅信以为真。第二天是五十四年元旦，“军中置酒张乐”，欢乐地庆祝新年，哨兵来报阮惠军过江来犯。黎维祁向孙士毅“哀恳，只好絮母逃至内地，求大皇帝赏饭一碗，以全性命，断断不愿再做安南王”，经孙士毅开示大义，才“含泪而去”。孙士毅随即与许世亨仓皇备战，然而阮惠来兵人多势强，猛烈进攻，又用象载大炮冲阵，清军不敌，“黑夜自相蹂躏”，伤亡极重。孙士毅向皇帝报告说：“黎维祁闻阮贼亲至，心胆俱裂，即手抱幼儿，随同伊母逃过富良江，不及携带其妻，百姓见此情状，俱慌张乱窜。”安南人则记载首先弃城的是孙士毅，“帝亦匹马与士毅偕北……命黄益晓等驰归内殿护太后、元子济河”。孙士毅不但“身先士卒”地弃城北逃，而在渡富良江时为怕阮惠军队来追，他下令砍断浮桥，使得在浮桥南岸的许世亨与清军一万多人因桥断而无法渡江，最后被阮军歼灭，只有少数人当了阮军的俘虏。被俘虏的清军中有一个名叫张会元的，他后来因和谈而被放回，据他事后供称：
此次奉派带兵在黎城南门外十里扎营，正月初五日寅时与贼打仗，杀死贼匪多人，直至未时，贼众愈杀愈多，将官兵冲散。会元带兵冲杀至江边，见浮桥已断，不能过江，彼时尚有兵百余名。
会元声言与其束手待毙，莫若拚命杀进黎城，多杀贼人，死亦瞑目。众兵闻言，各各奋勇，随回身一路冲杀，直至黎城，被贼四面围袭，会元在马上咽喉偏右及左肋被贼长矛戮伤，昏晕坠马，颈下又被刀伤一处，不省人事。
这是士兵亲身经历的遭遇，而孙士毅却向皇帝报告：“在北岸候至一日，毫无提镇等消息……因所带官兵只有数百名，势难前后受敌，只得率同庆成等三员回抵市球江。”显然孙士毅是在扯谎。
这一仗，清兵阵亡与失踪的五六千人，一说万余人，包括提督许世亨、总兵尚维异、张朝龙等官几十人阵亡。孙士毅一路逃命入镇南关，“尽焚弃关外粮、械、火药数十万”，黎维祁携母逃抵云南。云南乌大经一路人马则几无损失地“整旅进关”，算是大幸。
孙士毅因贪功轻敌，迁延不遵旨撤兵，理应被严惩才对；但是当他返回广西后，上奏承认自己“调度乖方以致兵败”，请旨革职治罪时，皇帝在他的奏摺上批了：“何出此言”。后来孙士毅又上奏愿赔补这次用兵所动用的几十万两帑银，乾隆也批写了“何至如此”。皇帝认为黎氏立国已久，政令废弛，气数已尽，为天所厌弃，不是孙士毅调度乖方所致，所以后来仅撤回以前封他的公爵及所赏红宝石帽顶，另外同意了孙士毅第二次请罚的四万两补损两广营房装备费用。皇帝不但没有重罚孙士毅，不久之后还调他回京，出任兵部尚书，真是“天威莫测”。孙士毅何以不受罚呢？我个人有两点想法：
一、他与傅恒、福康安父子二人的关系不差。乾隆三十四年大学士傅恒征缅甸时，他以侍读之衔随军，“典章奏”，帮傅恒处理文移奏报。五十二年福康安被任命赴台平林爽文乱，他又驻守潮州，遣兵助剿，备办粮草器械。傅恒父子前后都算是以完成任务收场，孙士毅对他们不无襄助之功。这次孙士毅自黎城惨败回到镇南关，福康安正好赶到该地，后来福康安向皇帝上奏说孙士毅“此次提兵出关，三战三捷，读书人能如此实心肩任，一往无前，此心可对皇上，可对天地”。福康安是乾隆最爱发妻的内侄，他能让皇帝改变主意杀掉柴大纪，当然他也是有能力帮孙士毅大忙的，况且皇帝正要重用福康安代替孙士毅来收拾安南的残局呢。
二、孙士毅在军机处当过章京，又在内阁任侍读学士，历官中外三十多年，对皇帝的脾气作风与官场积习都很了解，他败归之后，立即向皇帝表示“痛哭流涕、伏地叩头，恭谢圣主天恩，自言调度乖方，贻误军律，致烦圣心，实属罪该万死”。乾隆是个集权专制君主，大臣只要向他认错、恳求，总是会有较好的结果。如果像张广泗、柴大纪这些人力争公理，死不认错，下场都很可怕。孙士毅又是“典章奏”的能手，把自己的丧师溃逃以文字修饰、淡化，而以“调度乖方，贻误军律”作罪状，当然罪行就轻了。战后他被召回京时，曾“待漏宫门外”，就为了送皇帝一个“大如雀卵”明珠雕琢成的鼻烟壶，连和珅见了都赞不绝口的稀世珍宝。他的这些作为都是合皇帝胃口的，能不得到善待吗？
乾隆五十四年正月二十六日，皇帝下令福康安为两广总督，并有意停止对阮惠的用兵，说阮惠不过安南一土目，“得其地不足守，得其民不足臣”，不值得去大动干戈。皇帝指示福康安说：“若阮惠等闻风畏惧，到关服罪乞降……不可遽行允准，使其诚心畏罪输服，吁请再三，方可相机办理，以完此局。”
在阮惠方面，因为当时他的兄长阮岳正与南方暹罗作战，而他自己原只是广南王的一个臣僚，现在能打败清军，但旧广南王家及臣属对他并不支持，而黎朝上下又视他如仇敌，所以他若想成为安南新国王，就必须得到清朝册封认可，否则存在都是问题，因此他灵活地运用了外交手段，忍辱负重地一再向清朝恳请入贡。乾隆五十四年正月他击败清军后，即差人赍表叩关，“情愿投诚纳贡”，当时孙士毅还在署理总督，即遵旨将表文退回，不予理睬。乾隆后来又提出一些条件，如阮惠必先将俘虏的清军全部送还，缚送杀害许世亨等将领的安南官兵到中国接受处分，为死难清军立祠纪念等等。同年二月初九日，阮惠二度遣使乞降请封，又不得所请。二月二十二日，阮惠三度到关呈进表文，说明已将杀害清将之凶手查出，而俘虏送归清方的先后四次共近七百名，完全遵照清方要求办理。三月十六日福康安驰抵镇南关，当时阮惠第四次使节已至，十九日福康安接受阮惠亲侄阮光显的表文，愿为中国藩属。阮光显并请求进京觐见皇帝，并声称杀害许世亨等人之安南兵已被正法。福康安见其诚心悔罪，乃不复深究，只命令安南须建祠春秋虔祭许世亨等，另外阮惠得罪天朝，并未肉袒求降，双方又议定来年乾隆八旬万寿时，阮惠应亲自到清廷祝寿，输诚纳款。
清朝官书里一直称阮岳、阮惠等人，但是阮惠派人来乞降的表文里则自称为阮光平。后来清代中央从福康安的奏报中才弄清楚，据阮光显称：他的父亲名阮光华，兄弟四人，光华居长，二弟阮光岳即阮岳或阮文岳；三弟阮光平，即阮文惠或阮惠；四弟阮光泰，可能就是阮文吕或阮吕。因此清代官书接受安南表文后也改称阮惠为阮光平了。
乾隆皇帝早想结束这场战争，阮光平又是如此恭顺，当然允准册封他为安南新国王了。在皇帝看来，安南自唐朝以后，由曲、矫、吴、丁、李、陈、黎、莫各家相继为王，黎维祁又再弃其国，是气数已尽，上天既厌黎氏，他也不敢再坚持了。黎维祁后来被编入汉军旗，住中国，不准回安南，也解除了阮光平的忧虑。
乾隆五十五年，阮光平率团至京祝嘏，乾隆特别赐宴于热河避暑山庄，坐次排在亲王与郡王之间，也算给他光宠了。乾隆又赐给他御制诗章、冠带袍马、金玉器玩等物。阮光平后以安南缔造方殷，国事不能久旷，所以在祝寿行礼后，即请旨归国。
《清史稿》中记载此事时说：“五十五年，阮光平来朝祝厘……其实光平使其弟冒名来，光平未敢亲到也。”安南的《大南实录》也记：“初，惠既败清兵，又称为阮光平，求封于清，清帝许之，复要以为入觐，惠以其甥范公治貌类己，使之代。”阮光平不敢来中国也有可能，因为当时安南局势不稳，旧阮广南王阮福映在暹罗想恢复失土，黎维祁又有谣传要返国执政，清廷让他进京祝寿或为骗局，在如此情势之下，阮光平以替身来华也并非无稽之谈。
乾隆朝征安南之役，不少学者认为是一次错误的征伐，不过以封贡关系的宗主国来说也是应尽的责任。孙士毅兵败之后，皇帝改剿为和的决策相当高明，而且很快实现了允贡、封王，恢复两国的宗主与藩属关系，同时使商业与文化得以正常交流，中国边境得到安宁，应该可以视为是乾隆的一项成就。
十、廓尔喀之征与西藏的安定
乾隆五十三年（一七八八）六月，廓尔喀军攻人西藏，皇帝得到驻藏大臣庆麟的急报后，随即颁降谕旨，调兵遣将，前往迎战。皇帝出兵的原因是廓尔喀与西藏聂拉木、济咙、宗喀这三处地方接壤，廓尔喀既然派兵来侵略西藏的这三个地方，理应派兵去堵截擒拿。
清廷为什么要管这件事呢？原来从康熙末年清军平定准噶尔侵藏势力后，改组了西藏地方政府，由西藏贵族执政管理西藏事务。雍正年间派驻藏大臣辅助达赖喇嘛，但在驻藏大臣尚未抵达时，西藏贵族间发生争夺权力的斗争，拥护清朝中央的康济鼐被杀，反清的阿尔巴布等人又进兵攻打管理后藏政务的颇罗鼐，颇罗鼐奋勇抵抗，平定了乱事。后来清军入藏，驻藏大臣也到了拉萨，为奖赏颇罗鼐，晋封他为郡王，接替康济鼐管理西藏。由于驻藏大臣的设立，加强了对西藏的有效管理，加上颇罗鼐的“恪尽忠诚”，使西藏度过了二十多年的平安岁月。
乾隆十二年（一七四七），颇罗鼐病逝，其次子珠尔墨特那木札勒承袭郡王爵位，但这位新王想独揽治藏大权，又与达赖喇嘛发生冲突；对驻藏大臣经常冒犯，甚至进行武装攻击。珠尔墨特那木札勒不但派人杀害他在后藏管事的兄长，并暗中勾结准噶尔部为外援。清廷忍无可忍，乃密令新任驻藏大臣傅清将他“相机擒戮”，以除后患。傅清等后来于乾隆十五年十一月召请珠尔墨特来议事，及时砍杀了珠尔墨特及其随从。不料他的党羽随即来围攻驻藏大臣衙门，枪炮齐发，烈焰焚楼，两位驻藏大臣傅清与拉布敦就在这场乱事中殉职。七世达赖喇嘛闻讯，召集僧倡与藏人攻击叛众，四川方面也派兵入藏，叛众闻讯乃溃散，因此清军尚未抵拉萨，乱事即已平定。
从这次事件中，清廷深感西藏贵族权力过大是乱源，于是对西藏政府进行了一项大改革：废除了西藏郡王的封授，政府由噶隆（亦称噶伦）四人管事，但“噶隆事务，不可一人专办”，噶隆也不能“于私宅办事”，不能私自补放第巴的官员，各寺院的喇嘛缺出也不能私自选派等等，都需要与达赖喇嘛、驻藏大臣请示遵行，这就是所谓的《西藏善后章程》。清政府为了有效实行以上改革，决定在西藏长期驻军一千五百人，“令提督大员弹压，三年一换”。如此一来，虽以西藏贵族为噶隆治理藏地，但噶隆权力大受限制，而驻藏大臣的权力大为提升，也可以说加强了清廷对西藏的管辖，西藏政局也因此稳定了近四十年，直到廓尔喀入侵时才再起动乱。
廓尔喀原是尼泊尔的一个部落，位于首都加德满都西北。乾隆三十四年（一七六九），部长博赤纳喇乘尼泊尔内讧，举兵征服各部，迁都加德满都，建立新王朝。廓尔喀地当印度与西藏之间的往来通道，因在西藏西南，疆土犬牙相错，故与西藏的宗教、商务关系都很密切。据当时人的叙述，博赤纳喇死后，传位其子西噶布尔达尔巴克，约在乾隆四十年左右，西噶布尔达尔巴克又传位年仅四岁的王子喇特纳巴都尔，由于年幼，由叔父巴都尔萨野摄政。幼主所住的房子俱系“西洋式房屋”，廓尔喀兵丁所有的武器多有鸟枪、藤牌、刀矛，但也有“自来火枪”，正如缅甸的情形一样，这些“自来火枪”都是来自欧洲英、法两国的新式武器。
廓尔喀进兵西藏的原因，不少清朝史书都说是六世班禅死后其兄弟争产所致，六世班禅于乾隆四十五年七月到热河觐见乾隆，但不幸于十一月初二日患天花死于北京，百日诵经之后，皇帝命班禅之兄仲巴呼图克图护送灵榇回藏。据说当时皇帝对六世班禅极为尊敬，不但在他生前造了承德的“须弥福寿之庙”作为班禅的行宫，他死后又赏赐了“金银不下几十万金，此外宝冠、念珠、晶玉之钵、镂金之袈裟、瓷器、彩帛、珍珠等，不可胜计”。这笔巨额财产都被班禅之兄仲巴呼图克图所占有，而班禅的另一位兄弟沙玛尔巴是红教活佛，受长兄黄教首领排斥，“未能分润”。沙玛尔巴极为不满，乃投奔廓尔喀，唆使廓尔喀人入侵西藏。这一兄弟不和争产确是一个原因，但是更重要的却是双方在商务交往上发生了问题。
冯明珠教授从故宫档案中发现，一个当时的西藏本地人说：“闻系前藏人不用巴勒布新钱，又因彼地乏盐，常有人来藏买食，被藏民将不堪之盐售给，故此不和兴兵。”又有人说：“向来藏里与廓尔喀相好，交通贸易，一切买卖，俱用廓尔喀银钱，后来廓尔喀因新铸银钱，比旧钱成色较好，要把新钱一个当两个使用，藏内人不肯依他。又因藏内向来将食盐易换廓尔喀粳米，廓尔喀人以藏内的盐有搀杂土的，说藏人买卖不公道，所以两下不和的。”另外藏人向廓尔喀商人增收高额货物入口税，因而引起廓尔喀不满。这些商务上的纠纷，廓尔喀小王曾写信给西藏的噶隆与驻藏大臣，驻藏大臣“因不认得廓尔喀的字，就没有给他回字”。廓尔喀就因为这些原因出兵占领了后藏的聂拉木、济咙、绒辖、宗喀等地。
乾隆皇帝接到驻藏大臣庆麟的奏报后，立即派出成都将军鄂辉、四川提督成德等率兵进藏，征剿廓尔喀来军，另遣熟悉西藏事情并会说藏语的御前侍卫、理藩院的侍郎巴忠也速往西藏，主持用兵诸事。乾隆五十四年正月中旬，鄂辉、成德二人带兵到了廓尔喀与西藏的边界，发现被廓尔喀攻占的宗喀已无敌军，碉寨也经破坏，几乎成了一座荒山。绒辖一地也不见廓尔喀军踪迹。清军抵藏后可以说未经战斗即长驱直人，收复了失地，后来才发现西藏与廓尔喀方面早已私下议和，许银赎地，廓尔喀因而自动地撤了军。
巴忠于乾隆五十四年二月底到达济咙军营与鄂辉、成德会合，当他们了解西藏方面与廓尔喀已私下议和之后，大家意见略有不同。“成德原说带兵前来，自然该与廓尔喀打仗，使他害怕，方不敢再至边界滋事，如何即与说合。后来成德因见事已说定，不能与巴忠执拗，只得随同办理”和议了。这也是不少人以为“巴忠自恃近臣，不复为鄂、成所统属，自遣番人与廓尔喀议和”的。事实上，西藏因为兵丁懦怯成性，不能作战，无法抵御廓尔喀的来侵，包括达赖喇嘛在内的政教领袖们都赞成与廓尔喀谈和，花钱消灾。据达赖喇嘛属下亲信、也是负责与廓尔喀谈和的丹津班珠尔事后称述：
……我与四月内也就前往济咙，住在邦杏地方，同巴勒丹敦珠布见了沙玛尔巴（按即死去的六世班禅之弟），他说如今要廓尔喀退还地方，每年须给廓尔喀一千个元宝。……我当时没有依允，后来沙玛尔巴再三说合，达赖喇嘛叔叔阿古拉前曾寄信叫我酌量办理，我因廓尔喀不肯退还地方，唐古特人又怯懦，巴大人在胁噶尔又连次写信催我完结，我与巴勒丹敦珠布商量，想要速完此事，就讲定了三百个元宝，沙玛尔巴就写了合同，用了图书。……那时庆大人、雅大人都已革职，我就一面禀知达赖喇嘛，一面就向穆大人、张大人禀过，两位大人说你们与廓尔喀照旧相好，这合同上的事，你们怎么办，我们也不能管了。我因没有带得银子，若得藏内去取，又路远赶不上，当下就向札布伦布在宗喀做买卖的人凑了三百个元宝给付完事。
可见西藏人向廓尔喀许银赎地是“众人商量”的事；不过巴忠的催促，穆、张两位驻藏大臣的默许也是促成和议的原因，清廷这些大臣对此次事件的办理不善是显然的事实。
乾隆皇帝知道西藏喇嘛与廓尔喀私自议和之后，降旨痛斥庆麟、鄂辉等人，表示反对许钱赎地之议。因为一般喇嘛与执政的噶隆能擅自操纵如此重大之事，则达赖喇嘛与驻藏大臣的地位与权力必然会降低。红教的沙玛尔巴既能在议和中扮演如此重要角色，则黄教势力必受侵压，红教也可能由此兴起。皇帝的这些考虑并非无因，所以降旨给在藏的清朝官员，警告他们“使知远大之图，勿狃目前小利”。可是巴忠等人则以为一年付三百个元宝，是西藏政府的事，不要朝廷负担；西藏地形气候不适清军作战，而廓尔喀又表示要向清朝进贡，这样解决问题似乎也是很好，所以他隐瞒了真相，甚至编造了谎言，强调廓尔喀进贡的事，并请皇帝封授廓尔喀国王王爵，王叔公爵。巴忠迁就议和后就赶回北京，清朝初征廓尔喀之役也宣告结束。
乾隆五十六年（一七九一）六月底，廓尔喀兵又越过边界，与藏兵发生冲突，再度占领了聂拉木，并诱捕了当年谈判人丹津班珠尔等人作人质，廓藏问题因而再起。
廓尔喀第二次侵犯西藏的主要原因有二：一是西藏答应每年支付的三百个元宝约银千两爽约未能付清；二是红教沙玛尔巴想夺得后藏寺庙珍宝而唆使所致。廓尔喀军占领聂拉木、济咙等地后，又进攻班禅所住的札什伦布，烧杀掳掠，后藏大乱。廓兵还扬言要攻打前藏，驻藏大臣保泰与雅满泰“心慌胆落”，准备把达赖与班禅“移至泰宁”，更加造成人心不安，乾隆责骂他们简直是“开门揖盗”，下令将他们撤职。另外，皇帝在八月二十三日看到西藏来的报告，知道廓尔喀二度兴兵来犯，他披阅之后，将报告交与巴忠阅看。第二天巴忠就在军机大臣面前表示此事他有责任，希望给他或革或降职务的处罚，“赶赴藏地效力赎罪”。皇帝没有处罚巴忠，也没有派他去西藏，只命鄂辉带兵前往，巴忠可能见前事已败露，当晚就投河自杀了。乾隆知道巴忠等人作了丧权辱国之事，而廓尔喀又再度起兵侵藏，不但侵犯了宗教圣地，又威胁到中国的领土主权，为了“安边境而摄远夷”，皇帝决定以大军来永杜后患了。
同年九月的上旬，皇帝谕示两广总督、协办大学士福康安入京，面授方略，领大兵征剿廓尔喀。除了又派猛将海兰察、奎林等协助福康安办理军务外，皇帝还为他制定了作战方针：为捣穴擒渠，福康安可率五六千劲旅进剿。攻陷其首都后，廓尔喀自必瓦解。如国王“心怀摄伏”，悔罪乞降，也可以允其所请，订立条约之后再班师回朝，不必消灭其国。
福康安于九月二十九日自京城启程，十二月二十四日经过星宿海，一路相当艰苦，“冬令处处凝冰，远近高下，竟无路径”，“乱石纵横，与冰块相间层积，马足倾滑，行走维艰”。二十八日过巴颜哈拉，地势更高，“人行寸步，气喘头目眩晕，肌肤浮肿”，连福康安正值年富力强之人，也不免“冒寒患病”，“略形困顿”。高山反应，又值严冬，延误了福康安一行的行程，直到乾隆五十七年正月二十日，他们才驰抵前藏，稍事安顿后即驰往后藏，准备向廓尔喀进剿。
廓尔喀在福康安未入藏前就先写了书信呈寄清朝文武大臣，说明纯因西藏不履行约定付银才进兵的，绝非有意与清廷为敌，愿意遵奉清廷训谕，罢兵息争。福康安抵藏后，因为皇帝态度强硬，决心坚定，所以他三月间檄谕廓尔喀，义正词严地告知廓尔喀：西藏为中国版图，廓尔喀为天朝属邦，属邦竟进犯天朝边界，攸关体统，必须声罪征讨。
福康安、海兰察等统兵奋战，到乾隆五十七年五月已尽复西藏失地，廓尔喀兵全部撤回本境。福康安领兵六千进入廓尔喀，企图直取其首都阳布（加德满都），然而沿途山高路险，“无平地可搭营”，有的地方“路逼仄，不能驻足”，福康安等“皆露宿崖下，实甚劳苦”，“士卒皆穿履，跣足行石子上，多刺伤，又为蚂蟥啃啮，两足肿烂”，清军可谓狼狈不堪。到七月初旬，据称已深入七百多里，离首都阳布只有几十里之遥。不过清军在集木集一带大山重叠之中，与廓尔喀军发生过激战，福康安等最后虽克复两重大山木城四座，但伤亡损失也很惨重，尤其热锁桥一战，福康安“甚骄满”，“贼乘间入，遂败”。尽管清军因轻敌小挫，但廓尔喀在大军压境下深恐国都不保，而邻国锡金、不丹又俟机协助清军，国王喇特纳巴都尔就遣使印度，请求孟加拉英国东印度公司以武力支援。当时英国正想发展与中国的商务关系，以西藏为中国主权所在，不愿加以援助。
廓尔喀见外援不应，强邻窥伺，乃决定转向中国请罪求和。国王先把俘虏的丹津班珠尔与汉军、喇嘛共四人释放回藏，并向福康安呈送禀帖。福康安开出议和条件，如国王或王叔应亲自来营叩头认罪，红教活佛沙玛尔巴若已死亡亦应将其尸体送来呈验，廓尔喀所抢去札什伦布寺金银宝物必须全数交还等等。七月十七日，廓方呈送札什伦布寺财物、沙玛尔巴骨骸及其眷属，另当初许银赎地合同也一并交出，重申愿意遣使纳贡，呈表乞降。皇帝本来就想适可而止，乘胜收兵，八月二十二日看到福康安的奏摺与廓尔喀的降表，立即降谕允许降顺，“赦其前罪”，令福康安班师回朝，并封赏有功文武大臣，从而结束了十全武功中的最后一役——廓尔喀之役。
清朝乘战胜余威，在大军未撤时，在西藏进行了一项积极改革藏政的计划，从当年十月起，福康安与八世达赖、七世班禅等共同筹议西藏善后章程，经前后会商共提出一百多条款项，第二年经中央修订为二十九条，正式颁行，这就是著名的《钦定西藏善后章程》，这个《章程》乃成为日后清朝对西藏管理的最高法律。其中最重要的部分约有：
一、规定“驻藏大臣督办藏内事务，应与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”，自噶隆以下，所有西藏政教官员，均为驻藏大臣之属员，“事无大小，均禀驻藏大臣办理”。
二、规定前后藏的噶隆（行政官）、代本（又称戴埠，是率领五百人的军官）、商卓巴特（掌管大活佛仓库的僧官）以下大小官员，凡有缺出，“统归驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选”。
三、规定达赖、班禅和各地黄教活佛呼图克图转世，必须在驻藏大臣的监视下，采取金瓶抽签（金奔巴瓶制）来决定，不再由巫师作法决定。
四、规定建立西藏地方常备兵三千名，以保卫西藏，巩固国防。
五、一切外交交涉方面事务，“俱由驻藏大臣主持”。
六、西藏地方政府的财政收支，也“统归驻藏大臣稽查总核”，并准铸造银币。
单从以上几项就可以了解：《钦定西藏善后章程》明确地规定了清朝中央拥有管辖西藏的政治、军事、经济、外交等各种最高权力，达赖与班禅只是当地的宗教领袖，驻藏大臣的权力进一步大为提高，这对清朝西南与西北边区的安定，对多元民族国家的统一与发展，都有重大的作用。
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