冯妙莲出身名门，原籍长乐信都（今河北冀县）。其曾祖父冯弘是北燕的第二任皇帝；祖父冯朗，封广平公。太兴二年（432年），冯氏投降北魏。妙莲的姑母是北魏时期著名的“封建改革家”文明太后，历文成、献文、孝文帝三朝，先后以皇太后和太皇太后身份两次临朝称制，执掌北魏朝廷大权达16年之久。冯妙莲的父亲冯熙是文明太后的哥哥，曾官居洛州刺史、侍中兼太师。
北魏皇兴五年（471年），18岁的献文帝拓跋弘宣布退位，把皇位让给儿子、年仅5岁的太子元宏，他就是著名的北魏孝文帝。因其年龄太小，他的祖母文明太后临朝称制。由于年龄太小，孝文帝当时未册立皇后。
孝文帝逐渐长大成人，已懂宠御女人。他第一个看中的，是后宫中一位林姓女子。林女的父亲和叔父均在乙浑叛乱中被杀，所以她自幼便进宫做了宫女。随着年龄的增长，林女越来越美丽动人，乌黑的秀发，白嫩的肌肤，弯弯的眉毛下一双水灵灵的眼睛顾盼传神。孝文帝宠爱异常，数次临幸。林女风情万种，便身怀有孕。太和六年（482年）竟为孝文帝生下一子，取名为元（拓跋）恂。孝文帝大喜，下诏大赦天下，对林氏则更加宠爱。
孝文帝是在文明太后的一手抚养下长大的，太后非常了解他仁慈宽厚的性格。为了使冯氏家族在朝廷中的地位经久不衰，永得皇家的荫庇祐护，冯太后决意以联姻的形式来保证她实现自己的设想。此事在太后心中已经反复考虑了很久，可以说孝文帝刚刚登基，他的婚事便已被安排好了。太后的兄长冯熙，妻妾众多，生了十几个女儿。太后准备在这些侄女中选出一位作为皇后。但是孝文帝已对林氏深爱不已，并且已经生子，太后怕孝文帝立林氏为后，打乱了她的计划，便对林氏严加防范，千方百计寻找机会和借口，以便除去这一心头之患。
北魏宫中旧制规定，为防母后乱政，立太子必杀其母。冯太后借此开始实施她的计划。一天，她把孝文帝叫到跟前，很严肃地对他说：“皇魏的宫规，你是清楚的，为防母后乱政，立太子先杀其母。如今林氏为你生了皇子，你该如何处置她，就不必我多说了吧？”孝文帝一听，知道太后是要他依宫规处死林氏，他既惊恐又难过，苦苦哀求太后说：“我自幼丧母，对失母之痛有切肤之体会，我不想让我的儿子像我一样，从小就失去母爱。况且，林氏性情温顺，通理贤达，深明大义，她决不会威胁皇权社稷的。我恳求太后饶她一死！”冯太后面沉似水，冷冷地瞥了一眼孝文帝：“求也无用，不是我想让她死，是祖上留下的国法家规不容她活！我想你不必为一个女人违背祖训家规。假如我今天答应了你，万一将来出了事，你叫我有何面目去见先帝？”孝文帝心痛欲裂，但仍继续分辩：“皇儿尚在襁褓之中，谁也无法预料到日后是否会有什么疾病灾祸，万一夭折，他的母亲岂不是白白送了性命吗？再说，我认为这条家规也该改一改，太残忍、太不近情理……”不等孝文帝说完，冯太后脸色已变，站起身来厉声喝道：“胡说！你是当今天子，别忘了身份！此事已定，勿要再说了！”说完拂袖而去。孝文帝生来孝顺，又受太后抚养，对太后从不敢忤逆。他虽当了13年皇帝，如今已经18岁了，仍未掌政，大权一直在太后手中。这件事他更无法坚持，只好流着眼泪屈从了。
林氏就这样做了封建专制和争权夺势的牺牲品，一个弱女子何以抗争！可怜她香消玉殒屈赴黄泉。林氏死后，冯太后立即在她的侄女中为孝文帝选娶后妃。
太和八年（484年）六月，魏都平城日丽风和，芳草萋萋。冯府后花园中，冯熙和他的儿子、驸马都尉冯诞等，正在园中大摆宴席，迎接冯太后和当今天子孝文帝元宏的驾临。因冯诞是孝文帝的妹夫，因而席间气氛亲切和谐。
冯太后此次携孝文帝回府省亲是有目的的。酒过三巡，茶过五味，主人冯熙便让侍女唤出自己13岁的女儿冯媛，并令其见驾陪宴。冯媛嫡出，其母是冯熙的正室夫人博陵公主。这是早被冯太后看中的，她一直想把冯媛召入宫中，许给孝文帝做皇后。
冯媛款款走过来，为孝文帝敬过酒，又悄悄地退到一边。孝文帝看了冯媛几眼，便把目光移到了别处，显然，这位端庄文静的少女，并未引起他的兴趣。一旁的冯太后将此情景看在眼里，她对身旁的冯诞使了个眼色，冯诞会意，转身向侍女悄声吩咐几句，侍女转身退出。不一会儿，从花园的旁门飘出一对妙龄少女，一色南朝汉人装饰。孝文帝只觉眼前一亮，因他从小就喜欢南朝汉人的文雅风尚，平时，他在皇都平城见到的多是鲜卑胡人装束的女子，窄袖高领，左衽短袄，外加灯笼裤。这种北方少数民族服饰虽便于骑马驰射，但看上去却没有飘逸的美感。眼前这对靓丽的少女，头盘飞云髻，斜插凤钗，云鬓轻挽，身着绸衫彩裙，外披浅色纱衣，更显风姿绰约，飘若仙女下凡。孝文帝不觉眼都看直了。冯太后见状非常高兴，轻轻地对孝文帝附耳说道：“皇上若是喜欢，随你挑选一位，我向太师说明，送进宫去。”孝文帝笑着点点头同意了。就在这一天，由冯太后做主，决定立嫡出且端淑有德的冯媛为皇后，但因其年纪太小，暂留冯府，几年后再娶。先将孝文帝喜欢的另一对少女送进宫去。
原来，这一对身着汉服的美丽少女也是冯熙的女儿，为冯熙的宠妾常氏所生，姐姐即冯妙莲，妹妹名冯珊。在博陵公主死后，常氏即代正室为冯熙操持家务。因她是南朝人，便按南朝汉人的风习打扮两个女儿。相比较而言，姐姐妙莲更加妩媚动人，且工于心计，懂得如何讨男人喜欢。妹妹冯珊文才较好，且颇有修养。
妙莲姐妹进宫后，常是一左一右围在孝文帝身边，燕语莺声，替他解闷消愁，孝文帝非常开心。可是不久，冯珊突然得了急症，不治而亡，孝文帝伤心了好些天。妹妹死了，冯妙莲更加体贴皇上，常别出心裁地将自己打扮得与众不同，以博得皇上欢心。她知道孝文帝爱读书著文，就请人给自己讲授一些文章书法知识。她聪慧机敏，一学就会，而且非常专心刻苦，所以时间不长，她就能在孝文帝面前露上一手，而且有关朝政、历史等问题，也能说上几句，言语间常用“子曰”、“诗云”等，并以此求教于孝文帝。每当孝文帝向其讲解，她便眨着大眼睛认真倾听，有时，还把自己写得不太熟练的字拿给孝文帝看。这些不能不令孝文帝对她刮目相看。
孝文帝喜欢吃鹅掌，爱听南朝的丝竹乐，冯妙莲便煞费苦心地为他组建一套专事演奏丝竹音乐的歌伎班子，还精心研究烹调鹅掌的方法，亲手做来给孝文帝品尝。总之，为了得到孝文帝的宠爱，冯妙莲可谓用尽了心机，因为她不甘心做嫔妃，而是一心想做皇后。
一晃三年过去了，冯妙莲久宠不衰，她在为皇后的宝座而竭尽努力。但是，她万没想到，不幸已经降临到她的头上。冯妙莲突然得了咯血病，竟然卧床不起了。虽然有御医精心治疗，孝文帝也常去探视关怀，但冯妙莲的病仍不见好转，反而越来越重。没办法，冯太后只好派人把妙莲送回冯府，住在家庙中，要她安心养病。临出宫前，孝文帝赶来相送，妙莲悲悲戚戚，伤心地流着眼泪，紧紧抓住皇上的手，哀声说道：“皇上，请别忘了我！臣妾本想服侍皇上一辈子，谁知命薄福浅，也许今后再也见不到皇上了。”孝文帝也很难过，安慰她说：“你不要过于伤悲，回去后好好养病，一定会治愈的。等你病好了，朕一定再接你回宫，决不食言，请你务必放心！”冯妙莲一边哽咽，一边点头，恋恋不舍地离开了生活三年的皇宫。
太和十四年（490年），冯太后病逝。孝文帝哀思过度，身体迅速消瘦。尽管冯太后在世时对他管教很严厉，但他宽仁重孝，坚持按照汉制大礼，服丧三年，严戒酒食女色，并在冯太后病死的太和殿旁筑草庐守孝。三年后，孝文帝服丧期满，太尉元丕等上表奏曰：“长秋未建，六宫无主”，请求孝文帝及早策立皇后。这时，孝文帝想起当年太后曾为他选定冯熙的女儿冯媛为皇后，便派人去冯府迎娶。太和十七年（493年）四月，冯媛正式入宫，被册立为皇后。
冯媛虽做了皇后，但她温雅通达，贤良有教，对待其他嫔妃总是温文有礼，从不摆皇后的架子，以势欺人，所以很受众人敬重。她不妒嫉，主张皇帝对后妃们不应有专宠，要一视同仁，深得孝文帝的赞赏。从此，六宫风气大正。作为一个女人，能够有如此坦荡的心胸，在嫉妒争宠的封建皇宫中，深明大义，豁达至此，实为难能可贵。只可惜，这种良好的风气没有维持多久，便被一个人给搅乱了，这个人就是二次进宫的冯妙莲。
孝文帝是一位鲜卑族的著名改革家，他仰慕中原文明，立志改变胡风胡俗。太和十七年（493年），他不顾守旧大臣们的反对，宣布着汉服、说汉话、兴汉礼，改自己姓氏“拓跋”为“元”，并将都城由偏远的平城南迁至中原文化名城古都洛阳。在迁都过程中，外戚冯熙和他的儿子冯诞先后病逝。到了新都洛阳，孝文帝便想起了在平城家庙中养病的冯妙莲。他知道，妙莲作为皇帝的嫔妃，是不可能再嫁人了。忆当初，自己曾亲口许诺，待她病愈后接她回宫。后来又逢太后丧事，转眼几年过去了，出宫时妙莲伤心的样子仍历历在目。于是，孝文帝便派一名叫做双三念的太监，带上自己的亲笔书信，前往平城探视冯妙莲。妙莲的消息很快回报给了孝文帝。听到她现在病已痊愈后，孝文帝非常高兴，立即再派宦官奉玺书去平城，将妙莲接到洛阳皇宫。是年为太和十九年（495年）。孝文帝万没想到，因他的痴情重信，给他的事业和生活造成了不可弥补的祸患。
冯妙莲二次进宫后，一心想的还是独得皇帝专宠，谋夺中宫，为此，她开始了与后妃之间的明争暗斗，原本井井有条的后宫，逐渐被搅得混乱不堪。孝文帝政治上虽是一代明君，但却没有摆脱美色的迷惑。他宠信冯妙莲，对她的淫乱所为毫无察觉。
孝文帝与妙莲分别数年之久，他万没想到大病未死的冯妙莲竟然出落得更加成熟美丽。进宫的当夜，孝文帝与冯妙莲重续旧好，百般柔情。宫灯下，妙莲淡扫娥眉，轻点绛唇，双目含情，羞涩中另有一番妩媚之态，看得孝文帝心荡神旌。久别重逢，旧情复燃，说不尽的相思，诉不完的爱意。两个人都陶醉了。在恩爱无限、情意缠绵中，度过了一个美好的夜晚。从此以后，妙莲得夜夜专宠，孝文帝很少光顾其他嫔妃了，就连皇后冯媛也被抛在一边。不久，孝文帝便立妙莲为昭仪，地位仅次于皇后。
然而，冯妙莲并未因此而满足，她一直在窥视着皇后的宝座。野心勃勃的冯妙莲知道要想进位中宫，就必须除掉两个宠敌，一是当今皇后、她的同父异母妹妹冯媛，另一个是已为孝文帝生育了两位皇子的高贵人。
她要先除掉皇后。但皇后端庄贤德，不好抓住什么把柄。然而，欲加之罪，何患无辞，冯妙莲开始制造皇后的谣言，以激起孝文帝的不满。冯妙莲深知孝文帝非常重视汉化政策，假若有人反对，一定会令他盛怒。于是，她在枕边大肆编排皇后的不是，说皇后坚决反对孝文帝改革后宫制度，对国家实行汉化也心怀怨恨，口出怨言。起初，孝文帝还将信将疑，没太在意。可冯妙莲几次三番在他耳边述说此事，而且编得有鼻子有眼，孝文帝便不由得心生疑忌了，并为此将皇后严厉训斥了一番。皇后感到既委屈又愤恨，她知道一定是冯妙莲在皇帝面前进了谗言，但却无法一下子洗清，只得默默地记在心里。
冯妙莲自二次进宫，晋升昭仪又得皇上专宠，自觉不可一世，越加骄横无礼。冯媛是皇后，可又是自己的妹妹，她根本不把冯媛放在眼里。皇后与众嫔妃相遇，其他人都依礼离位向皇后请安，可冯妙莲仅欠欠身而已。按内宫之礼，每月初一、十五皇后均要升内殿，接受众嫔妃参拜，冯妙莲则经常托病不去参拜。一次，皇后动了怒，命太监手持皇后金牌把冯妙莲召进中宫。见了面，皇后怒斥冯妙莲道：“宫内本来相安无事，一团和气，可自打你进宫之后，就生出许多是非来。你还常常不参加拜礼，目无皇后，该当何罪？”冯妙莲一点也不示弱，反唇相讥道，“你说我不遵家法？论冯家的法，我还是你姐姐呢？再说，我入宫比你早得多，要不是因病离宫几年，如今这皇后还说不定是谁呢！”皇后气得浑身发抖，命令左右：“给我动家法，教训这目中无人的贱货！”左右忙跪下劝解，因皇后素来宽厚待人，虽然动怒，还是饶了冯妙莲，平息了这场风波。冯妙莲从此则更加憎恨皇后，必欲除之而后快。于是她继续在帝后关系上大作文章，使出浑身的解数，玩弄各种手腕谗陷皇后。
一次，冯妙莲在孝文帝面前眉头紧蹙，眼含泪珠，一副受了委屈、欲言又止的样子。孝文帝再三追问，她才慢吞吞地说：“皇后骂我是狐媚子，说皇上不到别的嫔妃处去，都是我的罪过。”孝文帝听了，想起从前皇后一直主张不搞专宠，就相信冯妙莲说的不是假话，嘴里没说什么，心中却对皇后大为不满。妙莲仍不罢休，继续哭哭啼啼地说：“我对皇上是真心一片，请皇上念几年来的情意，让我留在皇上身边吧！”孝文帝有些莫名其妙，追问是何意思，冯妙莲说：
“皇后讨厌我，要把我赶出宫去。”孝文帝赶忙安慰道：“不会的，没有朕的旨意，谁也不能赶你走。”
皇宫中有个太监叫王遇，与冯妙莲关系很不一般。妙莲因病回家期间，极少有人前去探视，只有王遇不时带些礼品去冯府问候。妙莲对他很感激。这回再进皇宫，晋升昭仪之后，妙莲对王遇自然厚待。但孝文帝对此却一无所知。冯妙莲授意王遇，在皇帝跟前说皇后的坏话，造她的谣言。于是，王遇就以皇帝身边老臣的身份，向孝文帝编排诉说皇后的不是：妒嫉、骄横、打骂下人等等。孝文帝见这位老臣所言与冯昭仪的话基本一致，也就更加相信皇后妒嫉专横了。皇后有时怨怒之下，忍不住当着孝文帝的面训斥冯妙莲，孝文帝也就愈发气上加怒，声言要废除皇后。太和二十年（496年）秋七月，孝文帝因一件小事将皇后严厉斥责了一通，第二天就下诏将皇后冯媛废为庶人，贬入冷宫。后来，废后冯媛自请迁居瑶光寺，削发为尼，老死于庙堂。
冯妙莲击败了冯皇后，下一个攻击的目标是高贵人。高贵人也很漂亮，13岁入宫，为孝文帝生了两子一女。母以子贵，高氏育有两个皇子，在宫中的地位当然不算太低。冯妙莲深知，高氏虽不如自己那样受宠，但因自己无儿无女，要当皇后，高氏条件优于自己。因而，要想当皇后，还必须除掉高氏。
就在这时，太子元恂因私自离京回平城避暑，并杀死劝阻的大臣高道悦，被孝文帝废为庶人，赶出东宫。太和二十一年（497年）正月，孝文帝立13岁的元恪为太子。此时高氏不在京都洛阳，冯妙莲便想效法当年太后的做法，由她代行母职，抚养太子。她常常把小太子接进自己的宫中，百般疼爱。慢慢地，小太子真的喜欢这位昭仪娘娘了，把她当成了自己的母亲。但妙莲明白，这样下去绝非长久之计，要想真正成为母仪天下的皇后，必须剪除高氏。机会终于来了。这一天，孝文帝派人去代北行宫接高氏回洛阳。冯妙莲偷偷派人在途中共县（今河南辉县）设下埋伏，害死了高贵人。然后谎报高氏是得暴病而亡，哄骗了孝文帝。
太和二十一年（497年）七月，孝文帝下诏，定昭仪冯妙莲为皇后。她的愿望终于实现了。冯妙莲当了皇后，成了六宫之主，更加专横，整日在宫中颐指气使，众嫔妃宫女对她是又怕又恨，敢怒不敢言。皇后的位置满足了冯妙莲的权欲，却满足不了她的淫欲，为此，她不顾廉耻，荡淫宫闱。
太和二十一年（497年）八月，孝文帝率军南征攻打南齐，一去就是一年多。冯妙莲难忍寂寞，想起了自己昔日的情人。原来，冯妙莲生性淫荡，早在第一次进宫得病回家治养期间，便与一名叫高菩萨的男人搞在了一起。但此事孝文帝却一点都不知道。如今孝文帝率军征讨在外，她在宫中不免又想起了高菩萨，便偷偷派人送信联系。高菩萨见冯妙莲当了皇后还没忘旧情，简直是受宠若惊，急忙前去宫中幽会。他更没想到，冯妙莲通过一位叫双蒙的宦官牵线搭桥，竟然公开将他招到宫中做了执事。这样一来，两人便眉来眼去，旧情复燃，经常在一起鬼混。不久，前方传来消息，说孝文帝在南征驻地汝南得了重病。冯妙莲一听，胆子更大，与高菩萨在宫中公然淫乱，为所欲为，连众人的耳目也不避讳了。
冯妙莲为达到垂帘听政的目的，还与母亲常氏求托女巫，诅咒孝文帝快些病死。她派人杀牛宰羊，以祭祀天地、祈祷皇帝御体健康为名，实际上是以十分恶毒的话来诅骂皇帝，搞得宫中乌烟瘴气，众人敢怒而不敢言，唯有中常侍剧鹏实在看不过去，当着冯妙莲的面厉声斥责高菩萨是欺君犯上，罪该当诛。冯妙莲大怒，以其目无皇后为名，要人拿下治罪。剧鹏性情刚直暴烈，不甘受辱，撞阶而死。此后，宫中再也无人敢议论此事。
孝文帝南征染病，驻在汝南郡的悬瓠城。一天，屋外大雨滂沱，孝文帝突然接到左右禀报，彭城公主带着数名侍从，飞骑轻车赶到这里，说有要事定要面见皇上。孝文帝十分惊疑，公主冒雨不召而来，洛阳皇宫一定是出了事。
彭城公主是孝文帝最小的妹妹，先许配给南朝刘宋降人刘昶的儿子刘承绪。后来刘承绪病死，彭城公主便孀居在宫中。皇后冯妙莲的弟弟、北平公冯夙想与皇室联姻，看中彭城公主，托皇后冯妙莲做媒，孝文帝也同意了这门亲事。谁知彭城公主却死活不肯嫁与冯夙，此事便暂时搁了下来。这段时间，冯妙莲乘皇帝南征不在宫中，便以皇后的身份对公主施加压力，逼迫公主改嫁，并擅自择定了婚期。公主被逼无奈，只好带人冒雨赶往汝南，求哥哥孝文帝做主。
公主跪拜皇帝，哭着说：“我宁死不嫁冯夙！”孝文帝问妹妹：“你为何不愿嫁他呢？”公主回答：“冯夙品行不端，其母又出身微贱。”孝文帝听了脸一沉，不高兴地对妹妹说：“冯夙的同母姐姐可是当今皇后。”不提皇后还好，一提皇后，公主的气就更不打一处来了。她让孝文帝屏退左右，只留下皇弟元勰，一五一十地把她在宫中看到和听到的冯后丑行，全部告诉了孝文帝。孝文帝不敢相信，他一向宠信的皇后，平日里在他面前那样妩媚有情，怎么会背着他做出如此丑行。公主说：“陛下若不相信，可派人去查访。”孝文帝点点头，命公主及皇弟元勰暂不要向外人说出去，待调查清楚后，再做惩处。随后，他下令车驾赶回洛阳。
在洛阳皇宫，有人告知冯妙莲，公主已去了汝南。她料到事情不妙。公主去告御状，很可能将自己的丑行也一块说了。她又听说皇帝病已痊愈，更加惊恐万分。她赶紧把情人高菩萨送出宫去，又派心腹太监双蒙混在问候皇上的侍者中，以便对孝文帝察言观色，看他是否已经知道了此事。孝文帝不动声色，按惯例赏赐来使。双蒙回去报告给冯妙莲，冯妙莲的心稍稍安定了一些，她想着或是公主没敢告诉皇上，或是皇上知道后没有相信。皇后冯妙莲一边赏赐了左右，一边命令所有的宫人不得妄传谣言，违者处死。随后，她自己也做了充分准备，如果皇帝回宫讯问，就装出被人诬陷的样子，以便蒙混过关。
不久，孝文帝的车驾回到京师洛阳。第二天，孝文帝就令人将冯皇后宫中的小太监苏兴寿带进密室进行审讯。苏兴寿不敢隐瞒，将皇后冯妙莲与高菩萨私通淫乱的事全部招供。孝文帝怒气冲天，决心盘查到底，不能善罢甘休。孝文帝先令人将逃出宫的高菩萨和冯妙莲的心腹太监双蒙抓来，拷问出实情。当天深夜，便将双蒙和高菩萨捆在偏殿内。又命人去召皇后入宫。冯妙莲一进宫门，孝文帝就令人搜查了她的全身，怕她暗藏利刃。冯妙莲心虚害怕，一下子跪在孝文帝的御座前，不住叩头求饶。孝文帝命她起身，还赐座给她。随后，孝文帝传高菩萨前来，将已招供的罪状在冯妙莲面前又说了一遍。高菩萨刚一说完，孝文帝就紧盯着冯妙莲问道：“你可听明白了吗？做下如此丑事，你对得起朕吗？你今天当着朕的面必须说个明白！”
孝文帝的周围当时立有许多人，冯妙莲做出难以启齿状。孝文帝示意左右退去，只留下长秋卿白整在旁，让白整持刀对着皇后，以防不测。冯妙莲表示，有一个外人在场，她也不说。孝文帝命白整用绵子将耳朵塞住，并叫了几声，白整没有反应，说明他已听不见了。孝文帝又对冯妙莲说；“现在你可以说了！”
冯妙莲走到孝文帝身边，轻声说了起来。只见孝文帝一会儿点头，一会儿叹息，一会儿摇头，没有人能知道，那天晚上冯妙莲究竟对孝文帝说了些什么。之后，孝文帝召两个弟弟彭城王元勰和北海王元详进来。二人礼当回避，不敢进室。孝文帝说：“这贱人真把我气死了！以前她是你们的嫂嫂，现在已是陌路之人，你们无须再回避，只管进来。”说完，孝文帝命二王继续审问冯妙莲。
二王审问之后，向孝文帝建议将高菩萨秘密处死，将皇后冯妙莲幽禁于宫中，令其反省自尽。孝文帝一向孝敬文明冯太后，他怕前后废掉两个冯家皇后会丢了死去的太后的脸面。况且，如果冯妙莲的丑事张扬出去，也会使皇家蒙羞，就同意了弟弟们的意见。
冯妙莲被幽禁后，竟无丝毫认罪悔改之意，仍以皇后自居，并依然要求下人对她参拜。一次孝文帝因事派一宦官去查问她，妙莲竟然痛骂使臣：“我是皇后，有什么事自然会当面对皇上说，岂用你这奴才传话！”孝文帝得知大怒，命冯妙莲的母亲常氏入宫，让她亲手用鞭子抽笞她的女儿，鞭打数十下，直至冯妙莲鲜血淋淋。
太和二十三年（499年）四月，身在鄂北战场上的孝文帝又一次生病。回洛阳途中，行至鲁山附近，孝文帝的病情已很沉重。他将彭城王元勰召到身边，安排后事。说到冯妙莲时，他说：“后宫久悖阴德，自绝于天，怕她将来会重演吕后干政的故事，朕今立下遗诏，赐她自尽，待朕死后，由你们监督执行。然后必厚葬之，以掩冯门之大过。”说完此话，年仅33岁的孝文帝带着遗憾死去了。
孝文帝死后，即由北海王元详当面向冯妙莲宣读遗诏，长秋卿白整端来毒酒，在旁侍候。冯妙莲听完遗诏，惊恐万状，一边跑、一面大声叫喊：“不！不！我不想死！皇上仁慈，他不会让我死的！一定是你们要害我！”但是，木已成舟，她已无法再逃脱这一可悲的下场，元详和白整强行抓住冯妙莲，将毒酒灌进她的嘴里，这位曾经既美丽又狠毒、既聪明又泼悍、既权倾后宫又放荡不羁的风流皇后，28岁便一命呜呼。如若不是争宠夺爱，淫荡无德，又何至于此呢？
“莲”本圣洁，“出污泥而不染。”但孝文帝的宠后冯妙莲虽出身名门，长在大家，从小受着传统的封建名节礼教教育，但自入宫之后，不仅性妒心狠，而且淫荡无比，丑名远播宫廷内外。冯妙莲靠姿色而争宠，靠宠位而害人。冯妙莲的所作所为，之所以没有对北魏社会造成多大影响，主要还是因为孝文帝尚不失为一代明君，使冯妙莲的行为尚不敢过于肆无忌惮，并且后来在孝文帝对她的丑行有所察觉后，及时采取了防范措施，使她不能继续作恶，未得善终。但冯妙莲身为六宫之主、最高统治者的内眷，其言行举止，也足可为后人引以为戒！
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