迄今为止，在日本尚未发现过直立人或手斧的痕迹，因此，日本肯定不是人类的发源地。但人类活动的足迹至少可追溯到公元前3万年左右。一般认为，熊袭人和虾夷人是日本最早的居民，但今日的日本人的祖先并不是熊袭人和虾夷人，他们是从亚洲北部和东南亚来到日本后融合而成的。大约从公元前五六千年至公元前2世纪，是日本的绳纹文化繁荣的时期，已发现了有关文化的遗址1万余处，以手制绳纹式黑陶而出名。从公元前1世纪到公元2世纪，一种新的文化即弥生文化取代了绳纹文化，那是一种用陶轮制成的褐色陶器为代表的文化。前者以东部为中心，而后者以西部为中心，说明日本文化有了普遍的进步。这时不仅出现了以水稻为主的农业，还发现了与祭祀有关的青铜器和玉制殉葬品，说明氏族贵族已拥了某些特权，原始社会趋于瓦解。
这个时期，一种类似于酋邦的国家开始在日本各地形成。据《汉书》记载，仅九州就有百余个国家，但并没有脱离部落或部落联盟的性质。1784年发现的“汉委奴国王”金印，是57年汉光武帝给位于福冈附近的倭奴国的赐物，证明了《汉书》的记载。到3世纪，按《三国志》记载，日本国家的数目已减少到30个，说明互相兼并和权力集中趋势加强。而位于九州的邪马台国应是其中最大者，这个国家统治着20多个部落，拥有7000多户居民，女王卑弥呼身边有上千奴婢服侍，死时殉葬奴隶在100个以上，社会分为王、大人、下户和生口等不同等级。3世纪后期，以本州中部地区为中心，形成了另一个国家——大和。它的创始人是传说中的神武天皇。这个国家仍以某一个大氏族为核心组成，因此国王还保留氏族酋长的痕迹而称“氏上”，但它由于受到“氏神”即天神的监护而拥有至高无上的权力。国民是按“部”即行业或地域组织起来的，分为服部（纺织）、陶部（制陶）、鹈饲部（渔工）、弓削部（制弓）等，它具有打破原来的血缘关系的作用。但部民没有人身自由，虽不能任意处死但可以转让，带有普遍奴隶制的特点。这个国家真正的奴隶称“臣”，约占总人口的5%，但主要供家内使用。日本似乎不存在典型意义上的奴隶制，因为普遍的奴隶制阻碍了典型的奴隶制的发展。大和建立后，实力逐步增强，并把势力扩张到各地，到5世纪已基本统一了日本，且天皇制一经形成就基本连续下来。邪马台国和大和国的建立，是日本国家形成的标志。
国家虽然产生了，但国家体制并不完善，实权为苏我氏掌握。豪族世袭、土地兼并、奴役部民，严重阻碍社会的发展。在这种情况下，一些皇室贵族和受中国文化影响的留学生，决心进行改革以确定新的体制。603年，圣德太子首先颁布十二官阶制，以提高大和君主的权力并抑制豪族世袭制，604年又发布十七条政令，把君臣关系比作天地关系，并把538年就传入的佛教定为国教。645年，在三韩朝贡仪式上，苏我氏为中大兄皇子和中臣镰足所杀。政变次日，孝德天皇即位，中大兄皇子以太子身份掌实权，定年号为大化。在孝德天皇646年改革诏书中宣布：此后土地和人民均将收归国有，部民因而也成为公民；每4年重新按人口班给口分田，男子得二段（1段约1.5市亩），女子2/3段，奴婢为良民的1/3，受田者应承担相应的租庸调。改革行政机构，在全国设中央、国、郡三级政府，而在中央设神斝官和太政官，又在太政官下设八个省（即部门）。全国的数目虽有变动，824年定为66国2岛（壹岐、对马）。此外，还废除官位世袭，实行征兵制，等等。大化革新由于触动了旧贵族的利益，引起了他们的强烈的不满与反对，以致发动了所谓“壬申之乱”，但被大海人皇子击败。673年大海人即位为天武天皇，701年又制定《大宝律令》17卷，将大化革新的成果以法律形式加以确立。只可惜《大宝律令》大部分已散佚。710年，按大化革新时的决定，迁都奈良。
大化革新有的并不成功，如征兵制就是如此。但中央集权体制的建立，对于完善日本国的国家体制是重要的，这个时期不仅完成了全国的统一，连日本国的国名也是在这个时期确定下来的。这个国名（Hinomato）是大和与日之国的结合，其意为日出之国。但这个时期最重要的结果，是由于班田制的实行使班田农民成为日本主要劳动者，在这种制度下田地是国家所有的（公有的），农民以口为单位向国家领有土地并以户为单位耕种，从而完成了土地制度封建化的过程，它有些类似于中国的井田制。佛教之传入日本，原是借助了中国这个桥梁，输入日本的佛经都是中文译本，因此佛教成了传播先进的中国文化和艺术的工具，而佛教的国教化更是维护中央集权的重要条件。但是，佛教不仅是一种信仰体系，它同时也是一个强大组织，随着佛教在日本的国教化，不仅寺庙越建越多（仅奈良就有48座），民间组织和宗教组织也难于分开，这就为僧人干政开辟了道路，以致发生764年道镜和尚被任命为太政大臣、770年又图谋篡夺王位的事件，最后竟迫使天皇下令于784年迁都平安京，以割断京城与奈良寺庙的关系。不仅如此，这时在日本社会、经济和政治领域中，也发生了一系列深刻的变化。
首先是土地制度的变化。当初，奈良政权为了鼓励垦荒，曾宣布开垦者可传三世而后收归国有，开熟荒者则可以占领一世，即所谓“三世一身法”。可后来为防止被垦地复荒，又于743年宣布垦田永作私有，不再收回。在这种情况下，许多贵族和寺庙开始大量驱使奴隶和依附民垦荒，以致利用多种手段兼并农民土地，而贫困破产的农民也不断把土地“寄进”于贵族名下，使贵族私有土地迅速发展和扩大，国家控制的土地日渐减少，班田制推行困难重重。班田的重新分配最初定为6年，以后改为12年、20年以至50年一次，到9世纪末不得不完全废止。据记载，743年圣武天皇下令，新开荒地不再纳入口分田，允许垦荒者永远拥有其田，844年进行了最后一次土地重分，“公田”的概念从此不再存在。不得已，政府只好设立所谓“敕旨田”、“公营田”等，租佃给农民或征发徭丁耕作，以维持国家财政。一方面是班田制的破坏，另一方面便是庄园的兴起。庄园的兴起，其实质是土地私有的发展，与国家的豁免政策有关。本来，寺庙和神社早已享有对土地的某些豁免待遇，宫廷贵族也早在某些财产上享有豁免待遇。后来这种豁免又扩及某些人的粮食税，进而扩大到地租及其他项目。由于豁免，也就剥夺了地方政府和司法部门对土地的监督，而土地一旦免除了租税也就完全由公田变为私田，这就是庄园的起源。不仅如此，土地私有后，田产还可以通过各种办法加以扩大，如土地买卖、非法兼并都变得不可避免。据估计，至13世纪，全国庄园数已达5000个，其中大庄园约几百个。950年前后，奈良的东大寺的庄园散布于23国，总面积在14000英亩以上。石清水八幡宫神社在6国共拥有34个庄园。1150年，藤原赖长在19国里有20个庄园。由于许多庄主并不住在庄园，只能依靠庄官管理土地、收租和招募劳动人手，庄民也有了某些权利而成为名主。这就形成了三个等级：领家、庄官、名主。
庄园私有，面积扩大，庄园主为了维护其统辖权，开始蓄养私人武装力量，以后逐渐形成以地方家族为核心的封建军事贵族，这就使日本历史上兴起了一个新的集团——武士。这时，由于皇室衰落，大贵族藤原氏专擅朝政，并随意废立天皇，统治阶级内部的斗争日益激烈，于是在平安时代末期形成了两大政治势力：关东源氏和关西平氏。而武士作为地方武装力量就成了必争的对象，其地位日显重要。1180—1185年间，源氏和平氏进行的长达五年的军阀战争，实际上就是两大武士集团争夺权力的战争，它以平氏的失败而告终。但取胜的源氏，却不急于进入宫廷去掌握大权，而是首先建立军事力量和个人组织，乃于1192年在镰仓建立幕府即司令部，自称征夷大将军，名义上仍尊重天皇的统治，实际上成为独立于天皇之外的新政府，而把天皇变成他们的傀儡。更重要的是，当时作为源氏领袖的源赖朝，以镰仓幕府为中心不断扩张自己的权力。1185年，他获得总追捕使（武警首领）头衔，1190年接任总守护（各国总的武装首领）和总地头（武装的土地总管）头衔，1192年正式获得将军称号，从而使其权力合法化。1221年退位的后鸟羽天皇企图以武力打击镰仓，但却遭到幕府的镇压，从而使幕府的权力最终确立。这样，镰仓幕府就不仅是地方权力机构，同时也是一个国家行政机构，而且具有军事和行政的双重权力。因此，镰仓幕府的建立，对日本历史而言已构成了一个新的时代的标志——军事封建贵族专政。
最初，幕府主要有三个机构：（1）侍所，（2）政所，（3）问注所，分管军事、行政和司法。1199年源赖朝死后，由遗孀北条政子（1157—1225）和娘家男性掌权，又在1225年增设国务院（评定众），来管理幕府本身的事务。而为使这种管理规范化，北条氏又于1232年制定法典《贞永式目》，明令宗教机构和朝廷的土地所有者的利益必须保护，武士贵族必须恪守庄园法规并尊重上级，并阐明守护和地头及幕府的职能，成为日本历史上第一部成文法典。从武士掌权的过程来看，一般认为可以把这个过程分为三个时代：（1）镰仓时代（1185—1333），这是幕府及封建武士与京都皇家势均力敌的时期；（2）足利时代（1338—1573），此时武士逐步接管政府中皇家制度的残余部分，并取消了宫廷的大多数所有权；（3）德川时代（1603—1867），武士阶级成为国家的统治者，也更加依赖政府的非封建措施。
幕府和武士专政时代，是以统一和分散、公家与私家、文官与武士的对立为特征的。但这从经济和文化发展的角度看并非全是消极因素，反而有助于多元经济和文化的形成。它也打破了土地国有的观念和班田制的做法，实现了土地私有化。地方割据助长了地区利益和地方经济的扩张，使区域交换成为必要。在天皇制衰微、国内混乱之际，忽必烈对日本的三次远征（1274、1281、1283），大大刺激了日本的造船业和航海能力。幕府和武士实权的扩张，使没有实权的公家满足于财富和荣誉而垄断了高层文化，形成日本传统文学艺术的两个重要特点：“苦涩”和“闲寂”。所有这些，都大大加速了独特的日本民族性格和文化的形成。
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