广西与越南交界地方，素有“三关百隘”之称。当时广西南宁府属之土忠州迁隆峒有2隘、在太平府属之土思州有4隘11卡、在思陵土州有14隘4卡、在宁明州有12隘、在明江厅上石西土州有7隘1卡、在凭祥土州有7隘1关、在上下冻土州有3隘9卡、在龙州厅有2关1峒12隘2卡、在上龙土巡检司有12隘1卡、在安平土州有10隘2洲1峒、镇安府属的下雷土州有5隘4卡、在湖润寨巡检司有1隘3卡、在归顺州有8隘9卡2汛2峒、在小镇安厅有7隘6卡3村等村卡隘，与越南接壤。广西入越要道共164处，袤长1800余里。
越南古代原在中国版图之内，但叛服不常，到宋朝才完全独立。在越南丁氏王朝立国之初，就向中国政府表示，愿为中国的藩属国，从此开始中越之间长达900余年的封建宗藩关系。以后，虽然中越之间也有矛盾甚至战争，但宗藩关系基本维持下来。
中越宗藩关系主要表现在册封和朝贡二事上：
所谓册封，即藩属国越南政府的每一位新君主即位，都需要得到宗主国中国政府的认可和册封，才算取得合法的地位。清朝取代明朝之始，越南黎氏王朝就主动送回明政府所赐敕印，要求清政府给予新的册封，由康熙帝改封为安南国王。乾隆年间，阮光平推翻黎氏王朝，建立旧阮王朝，仍须由清政府赐封为安南国王。嘉庆年间，阮福映建立新阮王朝，仍援旧例向清政府请封，嘉庆帝封他为越南国王，越南的得名自此起。以后历任越南国王都向中国请封，才算取得合法的地位。在中法战争前夕，虽然越南政府已被法国殖民者所控制，但越南新王继位后仍循例向中国请求册封。
所谓朝贡，是藩属国越南还须定期向宗主国中国朝贡。在清初，越南对中国是3年1贡；乾隆五十一年后改为2年1贡，4年2贡；后又恢复为3年1贡，光绪初年又改为4年1贡。由于广西近边动乱不已，贡道堵塞，从1853年起，越南一度停贡，直到1869年才恢复向中国派遣贡使。到中法战争前夕，越南曾于1869年、1872年、1875年、1877年、1881年5次朝贡中国。按规定，越南贡使往返北京须取道广西。
在中越宗藩关系中，由于宗主国中国控制了藩属国越南的册封大权，还要对方定期朝贡、觐见，因此，它们之间的关系是封建等级制度在国与国关系中的反映。藩属国越南的统治者则需要得到宗主国中国的册封，才能在臣民面前取得合法地位；当藩属国越南受到内部或外部的敌人侵扰时，宗主国中国有义务给予援救，所谓“夫小国之恃大国，以其能救患恤灾”，所以，藩属国越南的君主也要依靠宗主国中国的帮助来确立和维持自己的统治地位。因此，中越封建宗藩关系能够长期存在，与两国统治者的切身利益有关，并非单靠暴力来维持。
吴亚终等广西反清武装，原来就活动在广西与越南交界的太平、南宁、镇安三府，在战败的时候，就会沿着众多的边疆通道进入清军势力不到、而军事力量十分薄弱的越南，并很快就蔓延到越南的通檇、文渊、洛阳等处，等待时机重新打回中国，中越两国边疆被搅扰得动荡不安。
原为吴亚终部下将领的刘永福在光绪七年回国省墓时，曾与人谈过越南军队制度的情况称：“军兵如统督黄佐炎部兵数万，皆本国人三丁抽一应付，有事应敌，无事屯田，终岁未尝训练。平时剿办土匪，尚称得力，如与法人接仗，难保万全。”实际上，越南军队的战斗力很低，并不能制服这些入越的广西反清武装，反而屡战屡败，丢城失地。同治七年二月，吴亚终等部袭破高平省城，执布政使阮文伟；三月，扰谅山，败领兵官阮文亥；六月，于诃护社毙北宁按察使尊室旙，副管奇潘文延；七月，于谅山省结山屯杀署参知充参赞阮肋、领充副提督阮日成，虏统督范芝香。
被吴亚终等部打得焦头烂额，束手无策的越南政府，只得向中国政府告急请援。关于此事，越南史书只写成是北圻地方官向广西官府请援，如嗣德二十一年（同治七年）春正月，“兵部请由北督兼知谅平范芝香量派太次弁兵往谅山截剿，仍咨广西提督夹攻，庶得一举清夷。”越南政府于二月指示范芝香：“可邀清国官兵速会剿收复”。四月，“仍谕令统督范芝香咨会清国官兵协剿”。五月，“股匪扰谅山，命谅山省臣咨请广西太平府会剿。”
但是，中国方面的记载，却证实出面向中国告急请援的是越南政府。如徐延旭在《越南世系沿革》一书中指出：同治七年春，越南国王“咨乞广西巡抚苏凤文代奏，请兵援救。上命提督冯子材率三十营共一万二千一百八十员名进攻。”清政府在四月批复苏凤文、冯子材等关于追剿入越农民军的奏折时，就指示他们可与越南官军合作，“知会谅山夷官两面夹击，迅扫边氛。”广西遵旨派出总兵谢继贵率兵援越，越南史书记载越南政府在经济上补贴清军称：“清国会剿营弁（兵四千余）进至我谅山邱常处，命范芝香前往迎接，照清国体例摘赏：清国铜钱一文抵我当四铜钱一文，哨长每名给清国铜钱一百文，兵丁三十文，米各一升半。兵勇毙一名，给银十两，重伤三两，中伤二两，轻伤一两。
谕曰：能速完一日好一日，减一兵省一费，我兵勇择其精壮者，速进同剿。”
帮助越南政府剿灭这些活动在中越边境的入越反清武装，也有助于广西边疆的安全，所以，就在冯子材刚刚肃清广西边境的时候，同治七年七月，苏凤文就已要求他“相机越境攻剿”撤退到越南的吴亚终部，越南谅平官员也来禀请援。但冯子材考虑得更多，他根据广西军队的兵力饷械情况，详细分析援越作战所将面临的困难：“惟查中外交涉，地属边荒，类皆深山密箐，鸟道羊肠，师行粮随，所宜先计。且夷地辽阔，此击彼窜，夷屡被贼困，心寒胆怯，未能堵御，我军进剿，必无底止，尚须熟筹胜算，方能进兵。”桂军援越追剿，只能战胜而不能打败，这就需要有越南政府的支持和协作，并且在粮食供应和运输力量方面给予保证；而清政府也要保证饷项才成；最后是追剿的范围不能太宽，否则兵力难以兼顾。冯子材并提出“查逆匪窜扰夷疆土，若不剿除，终为边患。惟攘外必先清内，”要肃清广西边境才能考虑越境攻剿事。
等到肃清镇安的军事结束后，苏凤文根据冯子材的上述考虑上奏，提出援越追剿的方略称：由提臣亲督劲旅，奋力疾捣，征兵所至之处，预约夷兵夹攻。但“料各股匪不过中外交界一二百里为逋逃渊薮，忽入忽出，牵制我师，逞其乘隙骚扰之谋。”因此，“目下似可以二百里为跟剿之限，如其窜越二百里外，去边愈远，兵力恐疲，再当审时度势，奏称办理。”但被清政府十月二十日的上谕驳回：“（昊亚终等）一日不平，非特内地不能安堵，即越南边境被扰，朝廷一视同仁，亦岂能置之不顾。着苏凤文会商冯子材，督饬官军，会合夷兵，迅图进剿，务将此股贼匪悉数歼除，不得以贼去稍远，停兵不进，敷衍目前，致成不了之局。”加上这时越南政府也要求中国派兵援越助剿，于是清政府在十月三十日再次下旨：“逆匪吴亚终勾结越南降匪谢静川等凭险抗拒，势甚披猖。前谕苏凤文等迅督官军会合夷兵夹剿，剋期殄灭。兹览越南国王咨文，是其待援情形，实为迫切。该国久列藩封，恭顺有加，乃任内地匪党扰及边隅，何以副朝廷怀柔远人之意？……即著苏凤文，冯子材等添募劲旅，分道并进，越境疾攻，会同越南夷兵两面夹攻，迅歼丑类，以靖边疆，不得以越境险远，置之不问，为越南所笑。”即清政府否定了冯子材关于入越追剿要有一定范围的思想，认为应该不计路途远近，凡是吴亚终部占据的越南地方都要肃清。
越南史书记称：“先是，清地股匪吴鲲（一名亚终）窜入高谅滋扰，我国具文由广西抚臣递达清国大皇帝，乃命提督冯子材统率三十一营出关会剿。”为了保证援越桂军的饷需，清政府还“著户部赶紧筹议，于广西附近省分有可协拨之处，指定实数，按月拨银二万两，如数解粤兑收，以济军用，不准推诿延宕。一俟越南军务告竣，即行停止。”
正当冯子材遵旨部署派总兵谢继贵、副将刘玉成、吴天兴、唐元芳等将各率所部分四路援越追剿时，吴亚终却由越南窜回凭祥、安德、归顺等处，冯子材于是调回谢继贵所部抵挡，并及时添加都司陈朝纲、游击黄兴仁两部协同作战。经过同治八年正、二两个月的战斗，援越清军初战告捷，冯子材奏报清政府：“臣等查那排、枯株、凌念、大岭等岩寨，皆属越南，久为游匪盘踞，党众巢坚，凶悍著名。夷兵怯弱，不能及时剿办，为吴逆亚终窜入勾结，故而大肆鸱张。兹各军分投进剿，将四处匪巢一同攻克，收复数十村寨，军威大震，贼胆已寒，乘胜疾攻，可期事半功倍。”期间，苏凤文又调守备卢殿清所率原驻浔梧两府的安勇一营赴前敌，“经臣子材查验，其属雄壮得力，正在攻剿吃紧，当即派往前敌，以收臂助。”
越南史书记称：嗣德二十二年（同治八年）春三月，“清国提督冯子材抵境，商将兵会剿。”又载：“清国提督冯子材，出关攻破枯株、凌念，来书言会捣通檇，进图木马，进攻驱驴、板大，直取艽、洛。帝命武仲平、阮轩等将兵会之。”《清史稿.冯子材传》称：“九年，出镇南关。”将冯子材入越追剿的时间推迟了一年，不符合事实。
关于清军入越同吴亚终作战的情况，冯子材不断地向清政府报告：谢继贵、刘玉成合军攻通檇、木马；吴天兴与党敏宣督军进图艽封，陈朝纲、黄兴仁所部为各路接应，并添兵出扎，以抒大军后顾。“越南木马地方，为高平夷省要镇，该处土匪勾引逆首吴亚终，分踞木马、高平，意欲并力死守。经冯子材派令总兵谢继贵等，督带兵勇分路进攻，四月二十三日以后，官军节节追剿，先后将马腹隘等处贼垒平毁，杀毙贼匪多名，克复高平夷省，”并交还给越南政府。六月又奏：吴亚终率党窜扰越南，蔓延通檇、文渊、洛阳等处，经该抚等饬令总兵谢继贵会合副将刘玉成等分投进剿，歼贼甚多，并将贼垒烧毁二十余座，克复通携。谢继贵遂取道高村等处，进规木马，副将吴天兴一军由板锡乘胜前进，攻克板在村。其文渊匪众又经都司陈朝纲捣平，贼党由驱驴来援者，官军约同降勇、夷兵渡河夹攻，贼势披靡，余匪夺路而逸。该逆复下窜龙州，冯子材令刘玉成等军取道彬桥（今属龙州县）迭夺贼垒，由那锦、横坡等处分路图攻，将艽葑、洛阳各屯次第克复，该逆退守木马。在进攻木马城时，冯子材又发挥他重视热兵器的特点，“臣子材先因越南多险隘，为贼所据，攻之甚难，派弁赴广东借出车轮炸炮，委补用知州蔡达卿等采买铜斤，募匠照式铸造，共成炸炮十尊，运至军营，用以攻坚，无往不利。迭克寨卡多处，兹复运炮向城轰打，闻城中呼号奔腾。”《冯子材传》也记载称：乃进攻高平省城，先破木马镇，用萃军新铸之车轮炸炮十尊轰城，破之。
七月二十一日，冯子材由龙州亲赴越南谅山一带，居中调度。越南史书记称：秋八月，“清国提督冯子材分兵截太原、山西、宣光，五营往大慈、平川，三营往周市、买市，七营往安朗、永祥，七营往山都、雷贞。又借银五千两整办军中行帐，武仲平以闻。乃谕令武仲平邀子材移节北宁，督各道兵进剿。陆岸股匪黄简、陈晚率党千余，向冯提督军门请降，谕武仲平随宜处置，立商冯帅饬回免碍。冯提督抵谅山，来书言招讨兼施，已降愿从军者，月给米一方，银二两；愿回贯者，给米一方，钱二缗，米钱由我取给，银令河内、南定诸客商捐助之。帝因命摘银一万五千两，交武仲平犒师。”据此可知，冯子材的入越追剿并非只知一味杀戮，而是“良莠有别”，只诛戮首恶人物，而一般的胁从人员，则允许其投降，并带回国内安置。冯子材婉辞越南政府所赠银两，后来，他将处理此事的经过咨报苏凤文称：“上年克复高平等夷省，准越南国王咨开：大军越境远征，甚形劳悴，地主馈赆，情礼宜然，现饬军次武仲平具银一万五千两，敬递辕门，聊备犒师之需，统祈鉴收。随据夷官武仲平等往复馈送，情词恳切，业经婉为辞却，未受丝毫，仍即照筹赏需犒从征兵勇。事关中外交涉，相应补请奏明。”
冯子材还报告军队在援越过程中，越南政府协助解决后勤运输困难称：“各营兵勇前因冒暑遄征，多有疲病，暂在高平整理营务，侦察贼情，并因粮米缺乏，派员会商夷官采办。旋据夷官武仲平等呈复：帮同各路办运接济。”而据越南官员介绍从高平到太原的情况称：“自高平至太原，崎岖千里，有行程竟日无人烟村落者，附近粮米极少，大军所莅，深虞缺食。”冯子材随派干员会商各路夷官，多方设法采办，妥为转运。越南史书记载越南政府协助清军的情形称：秋九月，冯子材从谅山进兵至太原，路过北宁：“清国提督冯子材抵北宁，于城内住歇，乃提兵往太。”越南政府还借机要求清军前往宣光追剿：“清国统领唐元芳抵山西，诸股匪投首二千余，次省臣陶致、阮轩、阮伯仪等熟察现情，商留二营与原派六营剿办，余邀清官进住宣光防剿。”当时越南称一省的行政主官为“省臣”，军事主官为“次臣”。所谓“次省臣”即指当地的军事和行政官员的总称。越南政府并发给清兵寒衣：“命祭清兵诸营阵亡将士一坛，又支库项给寒衣：本地南缎蓝、绿、赤各六匹，平绉蓝、绿各十匹，雪白葩绉纱十五匹，雪白葩紬五十匹，雪白帛一百匹，赠给提督、统领、裨将制办寒服，又支银六千两给各营兵勇自办寒服。”
其间援越清军还和越南官民发生了一些不愉快的事情。越南史书记称：秋八月，“清营兵至槟榔屯，北宁拨运夫粮不及，清官以米尽军饥责我，武仲平以闻。帝怒，护督裴俊、董运阮炳各坐革留，钦关阮文丰、统督陶致各坐降留。因谕诸次省臣曰：目下清兵取次进发，不日抵到，夫饷一款，尔所在省臣专为料理。凡所到皆先具供给，要充我兵亦然，东隅之失，不可追桑榆之功。在今日，饷专责之省，兵专责之次，既兼本道，则道内各住兵皆其统也。如宁太道则太之大慈、周、买，北之陆岸、金英、多福，何处有匪，非皆尔段寿统乎？山、兴、宣道则山之永祥、山阳、三阳、安朗，宣之平歌、沙阳、苔关，兴之夹边，何处有匪，非为尔陶致统乎？要皆自办，酌与清国营弁分兵，一从下而上，一从旁而截，必须谙详地利方可。”
接下来，清军先后攻破太原省的大慈、买市，吴亚终余部连连溃退入左洲、左良等处，最后在古览地方负隅自固。冯子材督饬各军进攻，生擒吴亚终眷属及逆目谢八等多名。这时才知道早在四月的北宁之战中，吴亚终已中弹受伤，在九月死去，于是起获吴亚终尸首并各逆一并枭示。越南史书记称：先是冯帅自谅山越北宁，赴太原提剿，拔大慈，围左洲，其将佐谢继贵、关松志、党敏宣、刘玉成、唐元芳、吴天兴、杨安龙、萧鋆贾勇赴敌，一月间大小数十战，俘逆鲲亲属二十余人，（鲲于去年四月北宁之役中飞弹，至九月死在太原念光地分之那宥寨）斩一千九百余馘，降者万计。
吴亚终余部及越南难民见大势已去，纷纷向清兵投降。徐延旭所撰《越南世系沿革》记称：“会首吴鲲于北宁城伤于铳，惧被擒，饮孔雀血死。其部下正恐怖间，而大兵适至，于是争来乞降，遂分隶诸将。”冯子材也曾奏报进剿越南高平省时：“因贼粮缺乏，胁从之众陆续逃出，每起二三百人至营乞抚，臣子材委员查点，给资遣散回籍，先后共遣二千余人，贼势渐穷，匪党携贰，当经悬赏购线，嗾令反戈，共擒昊亚终来献，如果办理顺手，立可蒇功而节劳费。”等到进援越南山西、太原等省时，投降的更多。越南史书记称：冬十月，山、太诸匪党相率向清国营官、军门投降，凡一万余人。令三次臣照据现情，会商紧办以及事机，复令武仲平商提督冯子材遍饬诸降匪尽还原掠我民人产。十一月，清兵进剿到河阳，越南史书记称：冬十一月，清国营兵分剿河阳匪党，命陶致等指引会剿。清政府则指示冯子材：“此次收降人众，冯子材拟旋师之日，尽数带回内地，办理尚属得宜。惟人数既多，则编插非易，着该提督随时给票，分起遣送回籍。苏凤文即饬各该州、县妥为安插，严加约束，毋令滋生事端。”冯子材遵旨，“随分饬各统带官，领发川资路票，派委弁勇，将降众分起追缴军械，陆续押送回籍。”
其中，援越清军还和越南政府在遣回降众问题上发生了一些不愉快。越南史书记称：“清国提督冯子材自太原回北宁留歇，延僧设醮超度从征阵亡诸将士，订日回师。我以国书留之，内叙何均昌、刘永福、苏四、邓志雄、黄英未尽剿灭，尚多为梗。子材责以山次臣不即商报，故择吉入关，不便留。俟段寿、武仲平以闻，命善词固留，早清边匪，子材乃听之。”
《冯宫保事绩纪实》记载这段战事称：同治八年四月二十一日，攻克艽封、洛阳屯。五月十二日，克复木马夷省，并扫荡谅山等处，所向克捷。七月二十一日，自龙州起程，进扎北宁、太原等处，督剿太原、山西、宣光各省贼匪。九月二十八日，在那宥地方，将吴逆全股悉数斩擒扑灭净尽。另股贼党或剿或抚，越地一律肃清。
冯子材直到十二月才奏报荡平吴逆全股，越南各省肃清。这时，苏凤文上奏清政府，大力表彰冯子材在这两次援越作战的功劳和退还越南政府银两的得体：“臣查冯子材督军越南，转战数千里，履险触瘴，深入不毛。冒锋镝之危，染疫病之苦，惟仗忠勇，卒平巨寇，肃清越南之高平、谅山、北宁、太原、宣光等省，收复艽葑、洛阳、木马、通檇、安边、河阳，及陷贼之左洲、永祥、大慈等郡邑村寨不下百余处。纪律严明，夷情悦服，该国王诚心感佩，馈赆申忱，冯子材坚辞不受，实有大臣体度，足以倾动远人，而副圣主怀柔之至意。”清政府则以广西荡平逆匪，边境肃清，予提督冯子材议叙。对于亲督大军，跋山涉水追剿逾半年之久的冯子材来说，这种奖励似乎是太薄了。
但战事只是告一段落，并未结束。
在《留军越南剿捕叛匪折》中，冯子材向清政府奏称：在收缴降众军械的过程中，副将吴天兴派营总陈信监缴军械，“讵降人中有梁添锡，曾充匪目，首鼠两端，心存观望。陈信催之甚力，梁添锡愈怀疑惧，骗哄其同党数百人，于十一月初一乘夜复叛。陈信带勇剿捕，该叛匪拼死拒斗，伤毙勇丁数名，陈信愤极，扑入贼中，亦受多伤殒命。众匪窜向太原，赚入斯立夷寨盘踞，逼胁瑶民，勾结土匪，众至二千余人。”越南史书亦记称：冬十一月，降匪梁易反戈，杀死营兵至百余，率党别往山阳扰掠，命赞理阮有恬前往盘捡，仍商冯帅派往诸矿严防。股匪袭破（太原）青鸟屯，掳提督阮有伸，土目马建兴救脱之。（辰匪扰从化府辖，有伸带同副领兵黎文仕、督兵陈文美往驻青鸟。探闻近处有匪聚，有伸即分屯委文仕往剿。梁易曾夺得清派昊统领号旗号衣，乃冒用之，自称吴统领经过，官军以为真，开门纳之。匪发炮混刺，督兵陈文美被毙，有伸被掳，文仕不知屯已为匪赚据，返至屯，亦为匪所败。建兴前为匪胁从，见匪将有伸拘监，欲解脱之，乘间以谋告，令且静候数日，建兴率土丁六十余乘夜袭匪屯，梁易被伤走，乃使人护有伸回次，准有伸降四级，文仕二级，均留。）命段寿商清派刘玉成、关松志驻均太各道兜剿。嗣建兴出首，准免罪，再赏银钱，又普赏土丁钱一百缗。又载：清国提督冯子材移节于宣光城，会讨梁天锡即梁易、黄英匪党。梁天锡既降，寻反戈，与黄英合为宣光之梗，乃增调营弁会讨之。帝谓：用兵贵速，而军行粮随，亦最紧要，令总统武仲平、赞襄阮文祥，赞冯帅迅移宣城。其宣次夫饷，委山兴宣总督阮伯仪、统督陶致等协筹及办。迨会宣营弁（灵湖驻次）粮药不继，帅以为言，仲平以闻。帝遂夺致、伯仪职，发次效赎。以河内署抚陈评代伯仪护督，以仲平兼知山兴宣征饷诸事务，仍与祥再赞冯帅必进，冯帅从之，至是乃决进会讨焉。
于是战火重起，冯子材派副将吴天兴、刘玉成、侯武云，游击党敏宣四路追击梁添锡。入越广西反清武装的另一个头目黄崇英率领的队伍，原来占据着越南的河阳地区，清兵追剿昊亚终时，他怕被波及，假装投降越南政府，这时也重新起事。冯子材奏称：“黄崇英等匪夙踞河阳、保胜境内，先于吴逆窜扰之时，经越南夷官招降，引为己助。黄逆阳奉阴违，渐至潜通该处白苗，仍肆滋扰，国王咨请加兵。臣子材当派总兵关松志带勇往剿，并饬副将侯武云等互相策应，乘机疾捣，以除痈患。”越南史书记称：嗣德二十二年（同治八年）冬十一月，冯提督委统领党敏宣转回山西，剿清梁匪，再往河阳会办，命陶致督同宣次预备粮饷。清国统领侯武云进剿河杨逸匪，黄英窜入河扬，与苗匪顺主串通，赞襄枚贵、按察阮清亮以闻。
这次追剿比前次更加困难，作战本身倒不是问题，因为梁添锡、黄崇英等人的军事素质当然不如吴亚终，而且降而后叛，士气低落，武器装备也不齐全，只是依靠越南复杂的地形来躲藏和抵抗。而清军则由于冯子材亲临前敌指挥，遇到什么困难问题，一经冯子材决策，马上便会想出克敌妙计。在历次奏折中，就多次提到冯子材在前敌指挥作战的情况：早在事发伊始，冯子材就随军驰驻宣光指挥。当清军进攻对方坚固防守的柯柴隘时，“子材驰抵行间，查察情形，极宜数道并进，协力猛攻，使贼兼顾不遑，庶几收功迅速。当派副将刘玉成、参将唐元芳，督同都司李扬才、刘扬，千总陈朝德，把总周炳林，率刚左、常胜、捷字、猛左、镇柳左五营，往攻柯柴隘，直捣河阳、安边之前；游击党敏宣、黄兴仁督率镇柳右、得右及德字前后等营，进攻板蒸隘，以捣河阳安边之左；副将吴天兴督率强右、英左、刚右等营进攻白马隘，以捣河阳安边之右；副将侯武云督守备覃东义等，率勇左、猛右、锋左等营，抄击猛发贼垒，以堵安边、河阳后路。臣子材亲督参将陈秀成等，带领亲军、洋枪劲队并提标弁兵，往来策应。（同治九年）四月二十三日黎明，发号同时进攻，四路官军星驰电掣而前，该匪凭险拒守，自辰至午，屡扑贼隘，皆未得手。臣子材以迭次攻险破隘，多以炸炮、火箭制胜夷地。利用火攻，派弁飞运炸炮、火箭等具，分投各营，严催攻剿。刘玉成即亲架炸炮，轰倒隘墙数尺，唐元芳乘缺口督劲勇先登，刘玉成催军继进，立将柯柴隘平毁。匪众纷纷乱窜，我军四路追杀，伏尸枕籍。”
初战取胜后，“时已薄暮，臣子材传令乘胜迅逼贼巢，不得收队。当即带领亲军，督同党敏宣、黄兴仁各营，进捣河阳，饬刘玉成、吴天兴等军合图安边。”于当晚同时攻下两地。五月初四日，清军进攻对方的最后阵地，“各营督队往攻，贼势不支，于初五日乘曙色苍茫，拼命冲出，四散狂奔，我军四面掩杀，毙贼多名，窜匿深林岩谷者，搜获殆尽，全股荡平。”经审问俘虏，“佥供逆匪梁添锡前被官兵追抵大沔河，中炮落水而殁，黄崇英则由小沔河溃出。”从这些描述中，我们可以看到冯子材的亲临前敌指挥，对于取得作战的胜利起了多么重要的作用。越南史书记称：嗣德二十三年（同治九年）夏五月：“初，冯帅移节宣城，黄英分党据巴山（谅山接宣光地界，可达安边、河杨）六屯，是山高阻，匪党凭险伏射不出，统领刘玉成等协与赞襄枚贵，多放柴草，连踏五屯，斩获无算。武仲平等因递送附赏银一千三百两，冯帅不受。曰：贵国出此，恐诸军眄泽，反缓边功。帝以其有心，令紧商剿办。冯帅乃自宣城转往渭川（三月），安河（四月），诸军败匪于那蓬、山柳、中芑等处，南兵焚积聚，北兵捣巢穴，尽拔安边、河杨，梁天锡死，黄英内窜，长驱入大小沔，宣路清夷。”再次清除了扰乱中越边疆社会秩序的一个祸患。
这次追剿的困难主要在于征途的跋涉上。冯子材后来回忆行军时的艰辛称：“宣光等处上通云南边境，距镇南关外二千余里，臣子材上年追贼前进，潜行一月有余方抵其地。一路崇山峻岭，瘴雾迷空，水土最为恶劣，每遇深溪断涧，桥筏俱无，转运艰难，士多枵腹，饥病者十居七八。”
此外，就是沿途粮食供应困难，冯子材当时就奏称：“大军原驻北宁，距安边、河阳二十日程，山路崎岖，古木蓊蓊，重溪断涧，四出横流，有日行数十里，即须涉水数十处者，艰险万状。粮运尤难，商之越南夷官就近购办，率多呼应不灵，军营时时缺食，不能枵腹遄征。嗣经该国王饬调谅平总统武仲平前来料理，匝月始有头绪。”广西当局曾设想从国内运粮前往供给，但“龙州至彼二千余里，均系越南辖境，土匪甚多，防不胜防。”以至冯子材后来在奏捷时，也不忘把这些困难写上：“此次官军深入夷地，转战千里，冒暑触瘴，力疾冲锋，遇粮运不前，亦忍饥杀贼，艰险不避，辛苦备尝。”
关于清军战胜后凯撤的情况，越南史书记称：嗣德二十三年（同治九年）夏六月：辰诸逸匪尚未尽平，但冯帅畏其险瘴，未克河杨，已回奏清帝，言远出助剿有八难：河杨距关二千余里，穷兵讨捕，丛林险阻，大潦纵横，骑步相持，进退失便，难一也。水土恶劣，雨露毒湿，疾疫弃损，十常七八，难二也。空垒大举，追无留屯，逐垒追杀，师乏继援，难三也。千里馈粮，樵苏后爨，旷日烦费，馈运不给，难四也。丑类繁多，南兵积弱，至则走险，还则为寇，难五也。兽困犹斗，一有挫失，损重亵威，难六也。雉窜穷岨，非滇则苗，兵连不休，弹磨岁月，难七也。宿兵不毛，坐自疲弊，难八也。请还师内地以固边圉，而宣、太余匪交我国自行攻剿。至是，既拔河杨，会雨潦难进，遂移书凯撤。
临离越南回国前，冯子材还在谅山设坛祭奠总兵关松志等阵亡将士，越南史书记称：嗣德二十三年（同治九年）夏六月：冯帅乃还军谅山，设坛醮祭物故诸营弁，计兵物故者十之二三。至是班师入关，冯帅统三十一营，每营二三百人，数不满万。去年三月出关，是年六月回轺。我支米十一万一千六百六十三方，每方扣银三钱五分四厘零，值银合共三万九千五百五十九两，计所扣银欠二千五百七两零，我国移书停扣。诸病弁兵陆续起回，至七八等月方清。兵勇病者，令月给四缗，故者十五缗；队长病者六缗，故者二十缗；率队病者八缗，故者三十缗，病者每月白米各一方，并给医药。此次移书停扣，冯帅不听，以银还之。这里提到援越桂军的牺牲数字约为二三千人，约占总兵力的十分之二三，代价不为不大。后来，广西当局向清政府请求给发所欠越南米价脚费。同治十年正月二十一日有旨：“越南应领米价脚费，自应给归款，虽据越南国王咨称不敢具领，然此系该国应领之款，着苏凤文等饬令太平知府知照该国，将前寄北库银三万八千余两，仍截存夷库，以示体恤。”
越南政府还为援越清军凯旋举行了隆重的欢送仪式。越南史书记称：帝初尝轸念清国营兵为国安边，数令总统武仲平等优款，又出使部巡回镶玉如意一柄（如清使部巡回）及我新铸金剑二把，赠之提督冯子材，皆不之受。总镇关松志病卒，阮文祥充钦命致賵，赠白金二百两，送沈琦、白豆蔻、清又桂、银三千两于诸营，令仲平建招忠祠于谅城之外，祀清国诸营阵亡将校，令阁臣作祭文，春秋致祭。山、北二省分设祭坛，山省祭典，宣清官清兵各一坛，我宫兵各一坛，运饷夫一坛；北省祭谅、平、宁、太、海、安次阵亡将士。又亲制诗三首，题扇赠冯帅，颁诸偏佐以金银小镜、盝盏、扇帕品项。又令文臣作纪功碑，记以彰显歆动之。
《冯宫保事绩纪实》记载这这段战事称：正凯撤间，讵匪党梁添锡不愿随入内地，阴放降众反戈背叛，窜入宣光夷省之安边、河阳地方，以为巢穴，并勾结夷匪为其援助。公怒，即留幕府人等住扎谅山，令提督谢继贵，总兵关松志、刘玉成，副将唐元芳、吴大兴等，共部雄师二十营，亲自带往，疾驰剿办。
查越南地面，本号炎邦，时直夏令伏天，尤为炎热，兼以蛮烟瘴雨，回异寻常，鸟道羊腸，更称险峻，较之马伏波、诸葛亮所征交趾，其艰苦似为倍之。将士劝公驻扎北宁，以候捷音，毋庸亲往。公曰：此虏受吾之恩，待以不死，又令管带所部自为一营，应如何感奋先驱，竭力报效。乃受抚未几，不图狼子野心，既不驯伏，敢挚党类背我而逃，人之无良莫甚于此！今彼远窜边境，勾结犬羊，以为我无奈彼何，得以逍遥法外。且彼处水土恶劣，将士前往用命，而我一人居宁省，心何以安？我计已决，尔等不必苦劝，即日整队直进，务将丑类悉数歼除，毋贻后患。将士闻公之言，莫不感泣奋迅，愿效驰驱。
于是整队而前，所过夷地，严戒卒伍，秋毫不犯。夷官夷民，欢声载地，各派夫役，挑运粮米，士马腾饱，并无匿乏。九年四月二十日，攻克安边、河阳，擒斩梁逆及其余党，夷地始再肃清，捷报到省，无不欣悦。七月初七日，遵奉谕旨，凯撤入关，旅抵龙州，遂将各营兵勇分别撤留，办理各府善后。又念各营将士从征异域，历尽辛劳，其生入玉关者，自当酌量功勋，奏请奖叙；至于阵亡病故各弁勇，虽有恤典可及，惟是殁于异乡，魂兮谁归，情殊堪悯，随于龙州建立昭忠一祠，以妥忠魂。诸事既定，始回柳州提督本任。十月十六日，准广西抚部院苏来咨，以荡平昊逆巨股，出关千里，历著辛劳，奏奉上谕：交部从优议叙。嗣经部议，给与军功加一级。十一月二十八日，准广西抚部院苏咨官军由起凯撒入关一折，于本年闰十月十六日内阁奉上谕：冯前已赏给骑都尉世职，著加恩再赏一云骑尉世职，以示优奖，钦此。公以一切劳绩，皆赖将士用命，已受天恩，业经高厚，即欲具折奏辞，各将弁苦劝乃止。
《冯宫保事绩纪实》的作者都启模是同治十年才入冯子材幕的，所以这次入越援剿他并没有参与，上面所述一切皆得自传闻，因此有些说法并不准确。如据前面所引资料，“梁添锡前被官兵追抵大沔河，中炮落水而殁，”清军并未搜获其尸首，因而，这里说“擒斩梁逆”的说法就不符合事实了。
冯子材因此役所获“骑都尉兼一云骑尉”世职，虽比“骑都尉”世职高了一等，为二十七等爵中的倒数第四等，但待遇相同。冯子材上折谢恩称：
伏念臣弩骀下质，樗栋庸材；定乱无方，缘知识之浅陋；安边有志，愧韬略之未娴。承乏师干，谬膺阃寄，效驰驱于粤峤，徒奋鹰扬；备奔走于夷疆，弥形鸿拙。兹幸坚巢就拔，逆目骈诛，皆我皇上福威远播，训诲时颁；兼之接济无虚，士卒则因之踊跃；运筹有助，饷糈则赖以充盈；敢云调度有方，实觉悚惶无地。
前以丹阳告克，曾叨世代之荣；今复紫诰重申，仍及子孙之赐。自揣纤毫末建，屡邀异数频加；再四思维，愈深抱歉，惟有益加策励，殚竭血诚，靖烽火以奠边氓，扫搀枪而清善后；冀答高深于万一，藉纾谨念于九重。
在入越追剿过程中，援越清军和越南地方政府发生了一些不愉快的事情。越南史书记称：嗣德二十三年（同治九年）春三月：“清派把总刘步高擅入寿昌县衙哄扰，知县谭慎礼饬缚之，遂惹事。（辰该派往河内铺失盗，县受究未能发，该即直入县衙索哄，县员与吏目阮伯专捆缚之。）该即自作伤托祸，委人驰报冯提督。省臣委布政陈文系、领兵阮严就处，不能分解。及得冯提来文，祈将县员究治。省臣颇为县员回护，冯帅达书朝廷，词多不满，欲占上风。如指省臣为同恶相济，立拟咨回广西，叙我薄待之意。帝曰：清弁为我办贼，凡事不甚关碍，宜委曲妥料，非惟冀早安民，亦合恭顺之意。该省县臣不能善处，致此惹事，甚是失礼。即以内阁侍郎潘廷评充钦差，带同科道丁文彬、刑司员外阮绩往查之。慎礼准革锁待究，阮文丰权督、陈评署抚、陈文系布政、武堂按察，亦先行革留，并交严议。仍谕廷评查办事清，即遍往山、兴、宣、宁、太、高、谅等辖，访察情形回奏。嗣案准慎礼杖徒，该派所失赃，先发库帑给还，仍据县员监赔，省臣各降留有差。”我们知道，冯子材在镇江时，手下爱将杨青山到熟悉的商家闲坐，就被冯子材惩处，现在把总刘步高擅自到越南的县衙闹事，情节应该比杨青山严重，冯子材怎么会包庇他，甚至不惜去文责备越南政府，并以撤兵相威胁，这完全不符合冯子材办事的风格。再说此时与他不和的苏凤文尚在位，他能不有所顾虑吗？这件事不见中方记载，不知事实真相如何？
后来，清政府也听到关于类似事件的报告，于同治十年二月十五日有旨：“苏凤文奏：据越南国王来咨，都司马云标递到冯子材照会，内称该都司前往河内购买玉桂等项银两被抢，欲往清化追究，札令派兵护送。该都司又欲往河内、海阳等省，行径甚为诡谲。并接到广东阳江镇照会，内叙派李得安等前往该国拿犯。又古之人二名，伪造札文，捏称前往清查军情，恳请究办等语。都司马云标与盗削桂皮之张禄交通，欲往该国买桂；又以银两被抢为词，意图诈索，情殊可恶，马云标着即行革职拿问。古之人实在系何姓名，伪托清查军情，意欲何为，有无伙党，亦应彻底根究。马云标、古之人均着交苏凤文、李福泰严行审讯，从重惩办。张禄亟应饬拿务获，与李四一并讯究。冯子材曾否给予马云标照会，着该提督严切根究，以期水落石出，毋稍含糊。”但查究的情况如何，冯子材和这些人和事件究竟有无关系，就不得而知了。不过，我们应该看到，由于冯子材所率的三十多营桂军，多是他临时接手指挥的部队，不可否认，其中军纪败坏的现象应该也是有的，后来刘长佑曾提到：“访闻关外有兵贼不分之谣，越南上下不无违言。”但出现这种现象有着其历史原因，也不能全怪冯子材。
谁知冯子材刚刚率军凯撤入关，黄崇英、苏国汉等部东山再起，卷土重来，又在中越边境起事。同治九年八月，太原按察使阮辉猷、领兵官阮克威进剿失利。九月，黄崇英等部大败宣光剿使枚贵，重占河阳、安边等地。邓志雄等袭踞高平省城，掳杀按察使黄造。十月，苏国汉等夜袭谅山，杀领兵官黎文也、统督段寿。闰十月，邓志雄大败越南官军，掳太原布政使武范启、通化知府武辉班、领兵官武维、副领兵官阮文武。十一月，越南官军于山西立石县败挫，副提督邓文亥阵亡，副领兵官范文雾被掳。十二月，邓志雄在太原大败越官尊室说，毙领兵官阮有芳。越南史书记称：到嗣德二十四年（同治十年）二月，“复有浪匪自清地新来与苏、邓之散伙合，处处蚊聚，北谅驿路不通，太原、海安诸地边报日至。”情势日趋严重，智穷力蹙的北圻统督黄佐炎只得再次请求向中国告急求援，越南政府“乃命廷臣修书咨之”。
清政府看到“越南贼匪袭踞念台等处，攻破木马、仓城及谅山夷省，其贪班、上巴、通携、高平地方，复有聚匪窥思陵等处”的报告，于同治九年十一月初九日有旨，怀疑冯子材等前次的报捷是否有假：“吴亚终一股，甫据苏凤文、冯子材奏报全数荡平，越南地方安敉，何以该处又有此巨股肆扰，恐仍系吴亚终余党暗长潜滋，该抚等因前报肃清，此次遂托名于越南匪徒，粉饰入告。着苏凤文、冯子材确切查明，据实具奏，不准稍涉回护。……冯子材本系办理越南军务，尤不能置身事外，若以中国窜匪诿为该国本有之贼，听其蹂躏，殊非矜恤小邦之意。着苏凤文、冯子材悉心商酌，设法剿洗，不得稍存诿卸。”
对于清政府关于剿灭吴亚终部的捷报是否有假的责备，广西的回复是：“越南国王咨称：吴逆余党尚有苏帼汉、邓志雄、曾亚治、黄英、刘咏复等，现于该国沿边扰掠等语。臣查苏帼汉、邓志雄、刘咏复，皆系越南早年招抚种地，授以官职，今复起而为乱。曾亚治则系越南积匪，俱非吴亚终之党，前经臣缕晰陈奏在案。至黄英一名，从前昊亚终逆伙内并无此匪名目，现据各处禀报越南贼情，亦未有黄英之名。”又奏：“上年越南招抚苏帼汉时，给与重资，并议月给口粮。匪徒利其资助，转引党类，附近大小股匪如劳允升、刘五、陈四、李三、彭三、邓建新、王贵、庞二、何三、韦二、谢六等十余股，均系上年越南原咨所无，近时始行聚集者。”但广西当局为了消除边疆隐患，仍准备遵旨，出动16营军队，由冯子材率领二次援越追剿。
其实，广西当局在这里是和清政府打马虎眼，越南政府所谓的黄英即是黄崇英，原为昊亚终手下的得力将领。延陵国失败后，他率领所部溃退到越南，脱离吴亚终独树一帜。在清军追剿吴亚终过程中，同治七年八月，黄崇英曾向越南政府乞降，越南政府虽然怀疑他并非真心实意，但为了减少追剿的麻烦，仍然答应安插他，却要他出兵助剿昊亚终，黄崇英没有答应，越南政府认为他并非真心归顺，严饬兵勇随机剿办。当时黄崇英占踞河阳地区，手下有兵数千人，他的几个兄弟也分别率数千人占踞其他地方，吴亚终死后，他成为广西入越反清武装最大的一股势力。他同时还不断招集和联络其余陆续败退入越的吴亚终残部，形成一股与越南政府对抗的割据势力，严重威胁两国边疆的安全，从而成为中越两国政府共同追剿的对象。但等到冯子材率军进抵边境时，黄崇英已被越南官军和黑旗军刘永福所部联合打败，退回宣光等地去了，冯子材遂把援越追剿的目标转向近边的几股。
但大军刚要出发，先是接到越南国王来咨称：袭踞谅山的苏帼汉已受招抚，所以请清军暂缓入越，“祈派出得力官员前来，会同下国省臣查明，愿回籍者遣回籍，愿留居者另由下国随地安插。其余宣光、太原、高平诸股匪，如或真心归顺造册，一律散遣；其执迷不肯就抚者，再由委员协同商拟覆办，以合事机。”而越南谅山次省参赞阮辉玘、护抚梁归正也来禀，称谅山省无米粮供应清军：谅山次省目下饷运不继，敝仓贮米已尽，节经寻买民间，所得亦属无几，军疲食匮，十分紧急。因此也只要求冯子材“赐委统领一二大员，管将五六营兵，迅赴驱驴铺为之援剿”。越南史书则记载越南政府改变要中国大军援越主意的原因，是不愿意承担援越清军的运输责任称：嗣德二十四年（同治十年）春三月，“兹清兵之来至十六营之多，抬运甚属劳费。拟应遵依前书，祈派出太平府员，带将弁二三员，兵勇二三千速来会剿，抬运由他白办，何日驿通运接，另即赔还。冯帅道兵请仍于龙州、凭祥住扎，俟有大会痛剿，另覆以合事机。
帝善之，命速复文，略叙：曩因匪逆窜入高平、谅山边地滋事，钦蒙大国准派冯提督董戎助剿。该匪虽已殒毙，而该党苏国汉、邓挽、黄英、刘永福、曾亚治等，或叛或逸，尚繁有徒。自冯提督移节入关，该等袭取高平、谅山省城，本国派兵剿截，未能收复。嗣而苏、邓二匪投首，乞纳还炮械城池，本国权宜招抚，量行遣插。惟此党处置未了，他党越境潜来，日滋月蔓，将无止期。经奉国书，呈祈派出得力官员，或委太平府正堂徐，带将勇干将弁二三员，精兵二三千，紧来会同诸次省臣拟办。或不得已，必须震之以威，则有贵派将勇会剿，庶得早舒边民之苦。
这书想未抵到，兹接冯提督所统大兵已临境上，诚仰见大国轸念藩封，而大人曲为照顾，无所不用其至。惟本国边地久为匪徒蹂躇，高谅民夫经被凋散，在处拨夫输饷，为势定难。况牧马省城苏四现当真心乞抚，而复草芟禽狝之想，亦天朝之所不忍。兹祈大兵且于上国龙州、凭祥等稳住扎，遥为调度。倘该匪畏慑归顺，仍由太平府正堂筹拟遣插，或敢狃旧违抗，另由冯提督紧行痛剿。至如善后章程，已录交沿边各省遵办矣。又令黄佐炎紧饬各次省臣，何系我能独办者，即行早办。何系俟清官接抵，亦必会办，务合事机。谅山就抚首民，亦饬会清国太平府官确查分别插遣。”
冯子材根据越南政府的这些要求改变了行程，先清剿广西边境，派总兵刘玉成率7营驰往太平，参将陈朝纲率3营赴镇安，自己则率6营到宣化（今南宁），顺道剿办当地的动乱。于二月二十五、六日剿灭宣化的覃必坦、程可珍等股，而隆安罗金盛一股聚党千余人，最为强悍，所踞地势尤极险阻。冯子材亲自督率军队，用了5天时间，“各村贼巢攻克，阵斩贼首罗金盛，并歼擒匪党多名。”《冯宫保事绩纪实》则记载了关于这次作战的细节称：适值隆安、宣化、迁隆土匪周平瑞、李卜瑗、罗金盛、覃必坦等滋扰各属，综计贼众不下万余。公思内患不除，必梗饷道，非计之善。遂立即分兵，先由镇郡出境，攻克木马省城，以分贼势；一面亲督征防水陆官军，搜除内莽。时贼首周平瑞所踞岩陇最称严固，署左江兵备道王达材密相谓曰：“周逆已踞险要，我公往剿，非六阅月不能成功。有此一阻，恐越贼大势已成，必难得手，奈何？”公曰：“此不足虑，以吾屈指，速则三日，迟不过六日，其巢必破，何用六月？”为王观察笑而不信。三月初十日，登舟上驶，直抵龙安，及破周逆山岩，实仅三日。是月内，并捣平宣化之覃王、剥榄及隆安之峒造各贼巢，擒斩首逆覃必坦、罗金盛等，后路一律肃清。
与此同时，守备周炳林、外委麦凤标等，与越南官员梁俊秀于二十七日夜克复牧马即高平省城。越南史书记载清军和越军协同作战，收复高平省情形：嗣德二十四年（同治十年）春三月，“领高平按察使邓惟贞，与差员韦三（冯帅差员）收复高城。辰阮璠（高平新藩）、阮文慎（旧藩）住兵鄱阳，惟贞率贪班兵韦三密谋袭攻高城。三委人装作役夫入城，填塞大炮火门，乘夜围攻。惟贞与副领兵官张文班、管募梁俊秀、帮办陈光仲等率兵接到，匪党潜开后门走脱，遂复高城，即以朱旗奏捷。”
这时，清政府看到桂军援越追剿确实困难重重，人力物力的耗费太大，也改变了态度，二月二十五日有旨：“俟克得木马高平后，知照该国自行攻剿，如该国兵力单弱，仍当协助，以绥藩服。”即广西军队援越追剿到近边的高平省为止，其他剿事由越南政府自行解决。冯子材这时则考虑追剿应以越军为主，清军只起协助作用：“彼国陪臣意见各殊，剿抚迄无定议，且人多庸懦，不能振作有为，而兵力尤不足恃，以致匪徒日聚日多，蔓延彼国数省。我军此次协同克复木马，派拔内地营勇代防，亦复可暂而不可久。臣等往返函商，俟各军到防后，约会越南先将边界各匪分别剿抚清厘，一面分军扼札近边要地，察看该国剿办情形，随时应援协助。”
在三月间，广西当局又接到越南谅山次省参赞阮辉玘等，“以各股匪徒踞扰彼国，力不能制，饷道为之不通，迫切异常，禀请应援而来。”冯子材于是率大军于四月初先后抵达龙州。并于二十六日率总兵刘玉成的镇柳4营、副将陈得贵的选字3营、参将陈朝纲的勇猛2营共9营军队出关，分道进剿。
这时，冯子材的对手，是以各率领二千余人盘踞在长庆府一带的邓建新及盘踞在新街府一带的赵雄才为首，合共有五六千人，“大小贼巢绵亘数百里，截断北宁、谅山粮道。惟劳允才不甘从逆，暗约贼目梁志新、王成宋等千余人，同作内应，潜遣人叩营乞抚。”冯子材于二十九日指挥清军由谅山的驱驴拔营，分兵三路进攻，“通计两日一夜，克复越南国（长庆）府城一座，捣平大小逆巢十余处，杀贼三百余名。拿获逆首赵雄才，讯据供称系越南长庆府人，世居舍村，为匪多年，现与邓建新合伙滋扰不讳，当即枭示。”五月初五日，又击溃邓建新股，“北宁、谅山饷道已通，缘夷兵懦弱，未能截击，致令邓建新等败匪得向太原边界逃窜。”战后，冯子材奏报清政府，认为“此次出关援剿，未及旬日即能捣穴擒渠，兼为越南疏通饷道，固由士卒用命，将帅和衷，亦资劳允才等协力图功，用收效速。”因而将投降的“劳允才更名劳树勋，赏给五品军功顶戴，梁志新更名为梁有才、王成宋更名为王秀章，均赏给六品军功顶戴。降众酌挑精锐编立两营，即派该军功劳树勋等管带，以备攻剿。”其中的劳树勋、梁有才后来成为了冯子材身边的亲信将领，参加中法战争立下功勋。
这时的敌情也有变化：其中黄崇英、阮四、邓志雄、苏帼汉等股因各种原因，均未蠢动。于是冯子材只剿邓建新等股，“邓建新于长庆府城受创后，遁往太原边境安世县之香洧社，与匪目周仲汶、钟三满等合为一伙，潜约前踞太原苏街之阮四、陆之平等座聚一处，匪众约计四千余人，贼巢背山面河，深溪旋绕，寨前右左据庙为闸，夷兵力不能制，禀请援剿。又另股匪目陈四、何三、吴二等，先被我军击败，遁窜平嘉总地方，负隅自固。”援越桂军追剿邓建新花了很大力气，从五月下旬直到六月下旬，足足作战了一个月，才攻下其老巢香洧，但仍被邓建新、周仲汶等率带残党约千人逃往太原。
七月初六日，援越桂军又歼灭了来援助邓建新的曾亚治死后改由王大统领的一股。冯子材在奏报时称：“曾亚治在越南滋扰多年，其党素称凶悍，今该匪首为乡民炮毙，贼目王大等复与邓建新勾结应援，一旦全股被歼，实足以快人心而寒贼胆。”从七月十五日起，援越桂军继续围困曾亚治的余股曾亚日于上林夷社，战至七月二十六日始将其全部歼灭。后来入村搜查，复获真匪百余，“刘玉成窥度该匪实系稔恶积猾，拒绝投诚，我军如进剿赖安，难保彼不更图狡逞。否则，乘间脱走情事，俱在意中，非芟绝根株，恐滋后患。讯明后密传口号，立将股匪无分首从，悉正典刑。”并乘胜扫荡其他余股。《冯宫保事绩纪实》则记称：拨派既定，分道进攻，捣平坑黄、和乐、香洧、怜彬等大小贼巢数十处，阵擒贼象一匹。进围青篓、上林时，贼首王大、曾亚日等悉力固守，以待外援。我军侦知贼必添党，遂筑长墙，并挖深壕，各路隘口加兵防范。及援贼至，分兵迎敌，立大破之。巢贼计穷，诈为出降，意欲乘机脱走。我军知其诡计，一面允其所请，一面埋伏兵勇。贼果倾巢而出，将至营边，号炮齐响，四路杀出，贼苍黄奔窜，擒斩一千余名，漏网无几，军威大震。又克复从化、大慈、文朗、买市各府州县贼巢，阵斩贼目马二、邓世昌等，收复银山、波赖等处。
在作战的过程中，冯子材曾向越南政府反映越军协同作战不力。越南史书记载越王为此训诫越南大臣称：嗣德二十四年（同治十年）秋八月，“帝因冯帅咨言边事，谓我兵截剿不力。谕军次臣曰：朕见奏报则匪党中多有本国汉、土、侬、蛮伙从，未必全是清地股匪。地方平日不能绥抚，临事又不能宣示朝廷德意，遂使蚊聚成雷，更贻许多艰着。至如清弁会剿，黄佐炎、陈廷肃等不欲邀来，只恐劳费亏体，应由自办。乃延廻引日，无一处了。视师黎峻陛辞之日，曾谓整励痛剿一二阵，使他震慑，方便说抚。乃抵次来兹，不见有何施措。尔二臣朕所委责谓何？近观冯帅、葩道台公文内，叙贼一被剿，随意奔突，未见我兵拦头截击，虽有智者，亦难以善其后。是则次臣不肯力办，致此贻笑取侮，朕甚为当事者羞之！尔二臣筹拟如何可以济国事，安民生，各具折递，候朕采择施行，责以成效。”
对于远在二千多里以外的黄崇英等股是由援越桂军追剿还是由越南政府自己剿办，在这个问题上，冯子材可能与新任广西巡抚刘长佑的意见不同。作为军人，冯子材当然希望不折不扣地执行清政府的指示，特别是要把这次援越作战的主要目标黄崇英一股消灭，只要有足够的兵力和军饷，就可毕其功于一役，而一劳永逸。“因欲及时搜募，更图大举，一芟群丑，以靖远藩”。“诚不若悉众出关，为一劳永逸之计”。但这样一来，战线就会拖得很长，军费开支就会很大，更不用说动用军队的数量了。而作为广西巡抚的刘长佑，考虑的问题可能就多了点，他看到入越广西反清武装各股旋剿旋起，并不认为真的能毕其功于一役，而一劳永逸，因此仍主张前任苏凤文、李福泰所提出过的意见，即只剿近边的，而留边远的让越南政府自办。当然，其中可能也夹杂了不愿让冯子材过多立功，而给入桂湘军留点事做的意思。为此，他曾两次去函冯子材，苦口婆心地讨论这些问题，强调继续深入追剿所面临的困难。
同治十年的信称：“前月二十四，祗承大咨，迟至旬逡巡未报，良以兹事体大，愚虑短浅，徘徊两可，未审所从。窃维麾下肃清海、太，即拟班师，商留刘镇待换防，盖出权宜，诚非得已。
今诵来谕，以为悬军久戍，精锐坐销，终岁事防，劳费正等，因欲及时搜募，更图大举，一芟群丑，以靖远藩。斯诚伏波据鞍之雄，定远绥边之略，卓识闳议，足以开豁茅塞，激发壮心。
然揆诸管蠡，犹有不能不鳃鳃过计者。夫以粤西贫国，筹饷至难，援兵出关，后先三载，东邻协饷近已告殚，此间度支亦形竭蹶，如令骤议增募至四十营，悉索靡供，转虞哗溃。况大军深入，匪众败奔，就令穷追，安能尽殄，有一兔脱，将复鸱张，更使越人援为口实。又疲师于外，内备终虚，窃发滋繁，所宜深虑。且前经会奏，曾发八难，朝议夕更，实恐圣明垂诘，无以置辞，诸多未安，不能不告。又昨准制军咨录越南国王原文，内有万不得已，请留兵驻防太原，以便下国一意进剿，其语意似不若从前之坚执。
鄙意仍请麾下查照前旨，分饬关外诸将，迅催南兵替防，以次撤回。一面简汰疲弱，修整边墙，藉节饷需而固封守。如虑镇安、归顺沿边一带密迩夷苗，又有黄逆盘踞其间，大军备多力分，莫资防剿，拟于腹地酌拨七八营，遴员督带前往，用助边防，兼资援剿。
至此次迭经谘酌，往复淹时，若再候还云，恐劳宸注，拟谨就现商办法，具折会陈，所有远近边防究应如何部署，尚乞飞赐卓夺，见复施行。”
同治十一年的信称：“敬复者：正月人日祗奉钧函，识远虑周，可胜钦佩。念我军进止与麾下商之熟矣，以防为剿，定议年余，而驻太之师未即入关者，无非仰体朝廷德意，不忍膜视外藩耳。来函以逆首黄崇英等纠党益众，南官阮文祥等诣营乞师，关外诸营势多牵制，关内众勇更虑虚糜。诚不若悉众出关，为一劳永逸之计。弟智虑短浅，奉书戄然，商诸同寅，并有难色，是以奉复稍迟。而管见所及，有不能不为麾下缕陈者。
一粤西用兵二十余年，民物凋残，至斯已极。只以伏莽未净，边警时闻，因而调勇集团，几无宁日，抽厘捐饷，群起怨咨，似宜及时内修，稍为休息之计。彼南夷之颠危，诚为可念，而吾粤之耗悴，尤觉可虞也。
一粤西各标、协、营，兵未复额，塘汛多虚，饷无全银，操防久弛。以至抢匪肆起，劫案频闻，于此而欲悉复旧制，以专责成，非将边腹现存营勇酌量裁减，其势必有所不能。
一太辖十营早应入关，初因南兵接戍无期，奏准缓撤。继闻各勇水土不服，议为量移，为彼国谋，正不能不为我军谋也。来函谓关外并无善地，与其婴病坐困，不若陷阵冲锋，勇敢有加，令人神壮。第念贼情狡猾，为麾下所深知，若竟望风远逃，既难悉众以穷其所往，犹须驻军以待其复来。而且收复之地，节节留防，前事已可概见。俟至欲归不得，欲战不能，恐亦不无坐生疾病之时矣。
一太原为北宁门户，我军一撤，贼且随至，迭次奏催南兵接防，意盖为此。即昨函商定期移营，亦非示以必撤，令其速自为谋也。今南官犹托洞以留我，而贼众或多方以挠我，如来函所虑则是。不戍太原诚为可虞，久戍太原亦难深恃。诚不若移扎近关一带，遇有缓急，关内之师尚可随时策应，藉为南兵声援。即令水土之恶无异太原，而距关非遥，进退之间，较为便捷矣。
一现在镇、太二郡虽未与贼为邻，而镇属距贼巢不过百余里，太属亦时有贼党出没其间，似此情形，防剿原未可偏癈。来函以夷匪迹同流寇，志在鲸吞，将有防不胜防，剿不胜剿之患。果尔，则莫若仍遵奏案，及时整饬边防，一面选练精兵择要扼扎，一旦有警，则如麾下此次派队出关，截贼波赖，往来莫测，操纵自如，于彼国不为无功，而我师不至劳敝，其法甚为得之。
一此次覃道带勇分出太、镇，原因关禁久弛，贼党勾结可虞，而大军又有酌量裁汰之议，一时或难兼顾，奏奉谕旨饬令帮同布防。是覃道此行，无论其能否知兵，未便委以进剿之任。而覃道以外，无论文武，能独树一帜，奋远谋以收速效，此时亦难其人。若数月之后，边防既固，众议亦谐，必欲大举出关，则非麾下莫克肩此重任，亦非麾下莫克竟此全功。
一现在兵力较厚，原可以剿为防，来函以防与剿劳费正等，且一意设防，不复议剿，则前功尽弃，而后患无穷，自是至当不易之论。顾防与剿二者皆有日久必敝之道，而防之敝补救犹易，剿之敝收束颇难。如麾下前次提师出关，荡除群丑，劳勋之盛、中外震惊。然未及一年，仍烦部署，再更寒暑，凯撤犹稽，由是以观一劳永逸之说，亦未必真有把握也。
一现在南路新旧各勇，月需饷银约四五万两，全恃各卡厘金与东省协饷凑解接济，乃上年厘金短征至数万两，东省协款仅准拨解银一万两，似此情形，即照原议以防为剿，已觉竭蹶未遑，而犹勤师远举，以收岁月难计之效，可不卜而知其鲜济矣。
然越南在外藩最为恭顺，与两粤又为近邻，诚如来函，岂可概从膜视。计惟有合两省之力，更宽以数载之期，庶势集而功易成，不致老师糜饷矣！此皆拘滞之见，知无当于机宜，或重违乎盛意。乃内自揣量，且广为咨询，议难强同，事宜速断，弟与麾下来自军营，无畏难之心，有知难之候，是不辞烦数，转质高明，有无可采之言，尚祈速赐裁示。”
光绪元年（1875），刘长佑致函两广总督英翰谈与冯子材矛盾的情形称：“咸丰年间，昊逆凌云倡乱南、太地方，几同割据。至同治初年，调兵进剿，吴逆旋伏冥诛，其子吴亚终拥众滋扰如故。节经官军痛剿，乘间窜出越南，各匪翕然附从，势殊猖獗，于是冯提督有统兵援剿之举。八年，亚终就戮，余匪分别剿抚，仅黄逆崇英牵党窜踞河阳，粤军久役力疲，旋即凯撤。只因降众不愿随同入关，越南复不善于驾驭，乃相率为贼，其势复张，于是冯提督又有统兵援助之举。
至于十年秋间，佑由东省调抚粤西，访闻关外有兵贼不分之谣，越南上下不无违言。因议粤军久役关外之非便，莫若缘边列戍，以防为剿，藉省劳费，而固本根；先后奏陈，均蒙俞允。时粤军半驻太原、北宁各省，代守城社，冯提督以越南无兵接防，恐我去贼来，前功可惜为言。因奏请裁撤十营，仍留十营，改归刘镇统带，由北太移札高、谅，距关较近，可以防助兼施。而犹虑裁撤之勇，复聚为贼，仍由内地调拨十营，奏派覃道统带，分驻边郡，以资镇压。并酌拨经费，修补关隘，为固圉计。
中间与冯提督辩论防剿利弊，已不啻笔秃唇焦矣。”
经过这样的一番商量后，广西当局于同治十年九月初，向清政府提出援越作战的整体构思：即只追剿近边的，而对于远在二千多里以外的黄崇英等股，则让越南政府自己处理，并将冯子材同治九年向越南政府提出的“八难”稍加修改后向清政府奏上：欲一劳永逸，则宜直捣河阳；念空内远攻，又当绸缪吾圉。何则？河阳距关二千余里，穷兵讨捕，约有数难：丛林险阻，洪潦纵横，骑步相持，进退失便，难一也。水土恶劣，雾露毒淫，疾疫弃捐，十常七八，难二也。空垒大举，边无留屯，逐尘追师，乏援继奔，难三也。千里馈粮，樵苏后衅，旷日烦费，饷运不给，难四也。丑类众多，夷兵积弱，至则走险，还则为寇，难五也。兽铤不顾，虽困犹斗，一有挫失，损重亵威，难六也。雉窜穷岨，非滇则苗，兵连不休，殚糜岁月，难七也。黔边日警，腹地空虚，宿兵不毛，坐自罢敝，难八也。
夫以圣主大一统之义，宏无外之仁，而臣等发难多方，转觉意存膜视。第内度诸已，力非有余；外度诸彼，劳亦无益。前署抚臣李福泰请俟规复高平、牧马，即扼要防守，遥为声援，路远之宣光等处，应由该国自行办理，所奏似不为无见。臣等今拟督饬在事将领，芟荡海阳、太原，俟苏帼汉等伏诛，边隅粗定，即旋师列守卫冲要，申严关禁，以尊国体以固藩篱。其河阳、兴化，距边较远，仍遵奉前旨，传知该国自行攻剿，如此则可分助越之众，协剿黔苗，抽出关之营，先清土莽。不因徼外之寇，而弛境内之防，不图难竟之功，以弭示形之患，强本轻末，务出万全。
同治十年十月二十一日，清政府批准了这个方案：“越南匪首苏帼汉等，虽声称投诚，仍复心怀反侧，自应乘其穷蹙，悉力歼除，以绝后患。着刘长佑、冯子材督饬派出各军，迅将海阳、太原一带匪众悉数扫荡，匪首苏帼汉等务须设法擒获，毋任漏网。其河扬、兴化等处，距边较远，自不宜穷兵深入，转致边圉空虚，该抚等当传知该国王自行攻剿，毋稍漠视。”
方针既定，冯子材就部署追剿苏帼汉，命总兵刘玉成、参将陈朝纲、千总杨瑞山三路进攻苏帼汉的巢穴旧街。九月二十四日发起进攻，二十九日将其擒获。后来奏报清政府称：逆首苏帼汉股匪麇聚广安，经瑞麟、刘长佑等各派官军协同围剿，先将旧街贼剿攻克，乘胜追杀，直抵海宁。苏逆携其养子亚邓暨悍匪数人，突奔东兴，为官军戈获，东路渐清。
《冯宫保事绩纪实》则记载了关于这次作战的一些戏剧性细节称：派军东剿，攻破旧街贼巢，报到龙州。公料贼首苏帼汉等必走东兴，图窜海上，飞檄杨（瑞山）统领率带所部立字及功、勋两营，勒限三日，不分雨夜，驰抵芒街，截贼去路。倘误时刻，贼得逸走，即将该统领首级斩献辕门。杨统领奉札，即与功、勋两营连夜拔队。讵行数十里，忽遇大雨倾盆，各将士衣履尽湿，且腹中多有饥饿，众欲觅村暂歇，以烘衣服而便炊饭，俟天稍晴霁，然后起程。杨统领不允，且曰：“既奉严札，而汝辈逗留，倘有差池，汝辈固属无恙，安能保我首领乎？须速趱行，勿误乃事。”众谓：“如此大雨，已不易行，况衣湿腹饥，亦难用力，今数百里外，纵大帅神算，谅贼此时断未即到，如有干犯罪令之处，佥愿同罪。”正议间，雨较前更盛，杨统领无奈，只得同赴村中，催令各营赶紧造饭、烘衣，不得藉延。是夜竟至四更，雨犹未止，众亦惧干军令，于是冒雨宵征，及抵芒街，询问市人，始知贼过已经一日，被钦州文武诱之过河，就缚而去。杨统领等十分追悔，怒怨众人。转回龙州，赴辕领罪。公愤逆首兔脱，欲将该统领等立正典刑，以昭炯戒。各将弁苦求，遂各予以重杖。
战事刚刚结束，同治十年十一月初二十三日，清政府有旨指示广西边军，除了继续搜捕苏帼汉在逃的养子亚邓等人外，“西路谅、北二山股匪，并着刘长佑等饬令刘玉成等军认真会剿，迅殄逆氛，将此由四百里各谕令知之。”这个任务也很快就完成了：先是，越南匪首阮四等滋扰太原，连陷从化府等城，经冯子材调派官军分路堵剿，歼擒悍匪邓仕昌、马二、陈汝景等多名。十月初五日，各营逼攻从化府城，都司蔡简宸等斩关杀入，该逆四百余人悉数聚歼。初六日，将从化府城克复。买市之贼，经游击李扬才等前后夹击。该匪穷蹙夜遁，迭克银山、波赖匪巢。越南匪徒自官军攻克从化、买市后，分股屯踞磊沥等处，经冯子材派队分剿，次第收复，并将逆首何三等拿获正法，匪党悉数歼除。
《冯宫保事绩纪实》则记载了关于这次作战的一些细节称：时越之东路，虽以肃清，然尚有贼目陈九、大范三、大小张三，各拥众数百，分投潜匿。欲俟官军退后，死灰复燃，公命购线擒之，悉就诛戮。遂饬各军转战西北，夺取楼上、新知关障，击破琼山、武崖巢穴，杀贼数百名，生擒贼目钟三满、罗十八，攻克通州、通化府两城，进取清韵、诸香、福贞、郎云、垒沥各庸社，并生擒伪军师谢素廷正法。跟追败匪，贼窜入三星贼岩，官军围之。公复派办理营务处同知陈以谟，执持大令，飞骑前往，督饬诸将，务将此股丑类悉数歼除，不留余孽。陈丛亟驰抵军前，会商统领营官等，立将该岩捣破，生擒匪首何三，贼目宁福兴、黄裕胜等就营正法，斩首三百余级，削平全股。并规复苏街、东园、斯立、风熏、义佐、白马、左良等处匪巢，捣破左鸾贼薮，歼杀悍党七八百人，追抵白苗地方，海阳、太原各省一律肃清。
援越桂军将肃清越南海阳、太原各省的捷报传到北京后，同治十一年三月初一日有旨，指示广西当局从越南撤军回国，保守边境：“海阳、太原肃清，刘长佑等现将各营调回，扼要防守。即着妥为布置，慎固封守，以靖疆圉。山宣、兴化余匪，已知照越南自行攻剿，遇有缓急，仍当遥为声援，以示体恤藩服之意，未可以距边较远，概从膜视。太辖沿边一带，夷匪不时出没，刘玉成等所部暂留太辖，扼守各隘。即着饬令该员等认真防范，务臻周密，约束兵勇，毋许滋扰地方，俟越南接戍兵到，即撤回。”
临行前，冯子材致函越南政府告知上述安排，越南史书记称：嗣德二十五年（同治十一年）夏五月，冯子材书言：现下遵谕回师，而北圻未宁帖，业饬刘玉成统带六营，仍留太原、谅山，分行住截，俟我国戍接到乃撤还。特令复书，以酬好意。
以后，广西边军遇到越南政府请援，都照“只援剿近边”的原则办理。越南史书记称：嗣德二十六年（同治十二年）秋八月，太原上游匪党肆扰，谅平护抚梁归正经禀与清统领刘玉成派办。嗣该统领来文，叙冯提札饬：止于高谅境内剿截，不许前进。该抚臣以事奏闻，帝批示曰：由阮威善禀与刘玉成，即派数营迅往太速剿早清，然后回住，可亦据定谅平无匪言之，惟太紧急，不应膜视，勿听他自便是可。寻接统领李扬才会叙，调英字、勇字、立字各营，立亲率常胜军营迅赴高平，分别调遣。该抚臣具咨兵部进呈，准由该抚臣遵前批示办理。
通过清剿吴亚终及其余部的作战，虽然未能一个不剩，但也把最大的几股打垮，招降数以万计的胁从人员，基本解决了原来活跃在广西边境绵延20多年的反清武装，消除了一个祸患。在后来发生中法战争时，无论广西边军的胜负如何，广西边境都没有发生反清武装骚扰或配合法军打击中国军队的事情，也为冯子材指挥取得镇南关—谅山大捷创造了条件。
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