通过肃清边境战争和三次援越作战等治理边疆危机的战争实践，冯子材带领出一支精神面貌和战斗力迥异于昔日的广西边军。其中最出色的将领和士兵，特别是他的嫡系部队常胜营可以说是他亲手训练出来的，只有他才真正了解各支军队的优劣，并在作战中能够灵活地部署和调配这些队伍，从而最大限度地发挥他们的作战积极性和战斗力。这也是只在短期间掌握和指挥广西边军的徐延旭、黄桂兰、赵沃所不可比拟的。
从1850年投入军营起，30余年的行伍生涯和20余年的高级将领的经历，使冯子材掌握了许多军事技能，特别是经过指挥大部队作战的镇江防御战和广西追剿战，使冯子材积累了丰富的防御与进攻的军事艺术。在防御战中的积极防御和进攻战中的分兵合击等战略战术及调和各种不同派系的混合军队的能力、熟练使用裁营增饷、悬赏鼓励等方法来振作士气军心等，冯子材已经运用到炉火纯青的地步，从而保证由他指挥的战斗的胜利。这也是缺乏指挥大部队作战经验的徐延旭、黄桂兰、赵沃所不可比拟的。
多次亲自率兵援越追剿，使得冯子材得以熟悉越南北圻的地理形势，对作战中可能利用的地利条件心中有数，无论是部署防御战还是追击战，都可以根据将要遇到的地理形势来合理安排兵力和攻防，从而克敌制胜。这也是缺乏援越作战经历的徐延旭、黄桂兰、赵沃所不可比拟的。
因此，无论从哪方面来说，冯子材都是担任即将到来的抗法战争主帅，保卫广西边疆的最佳人选。可是，清政府却误信清流派言官和淮系特别是张佩纶不负责任的谗言，在对法决战的关键时刻撤换冯子材，从而酿成北宁之战的大败，不能不是严重的失策。
在冯子材辞官后不到半年，就发生了中法北宁之战，光绪十年二月十一日，两个旅团的法军约12000人（其中约4000人为后勤人员和随军长夫）开始向由两万广西边军筹防两年的北宁城进发。一路势如破竹地攻破广西边军的前沿阵地，十五日打到北宁城下，黄桂兰、赵沃等慌忙率军出城迎战，留守城内的越南军队却趁机举白旗投降法军。结果作战不到一天，北宁失守，广西边军大败溃逃，丧师辱国。此战，中方伤亡官弁20余人，勇丁1000余人；而据法方报告，法军仅以阵亡26人，重伤3人，轻伤20名的微小代价，就赢得了这场战争。战后，中国被迫与法国签订《中法天津条约》，承认法国对越南的殖民统治，中国的国际地位和声望遭到一次重挫。
当然，如果实事求是地说，鉴于冯子材在指挥镇南关一谅山大捷中战胜一个旅团的法军尚且要花费那么大的力气，因此，我们不能断言，如果由他来指挥北宁之战也会取得像镇南关谅山一谅山大捷那样辉煌的胜利。但是，起码可以避免出现如下现象：
虽然这时冯子材也曾“称病乞休”，但作为一个对国家和人民负责任的军人，他不会像徐延旭、赵沃那样在承担抗法重任的决战前夕“称病乞休”，也不会像黄桂兰因遭到排挤，就放弃指挥战斗的责任，整天沉溺在妓女的温柔乡中，从而造成战局不可控制的后果。
从冯子材在镇江和镇南关防御战所采取的积极防御战术来看，他不会像黄桂兰、赵沃在北宁之战中采取消极防御战术，即消极坐待敌攻，自己全无一点积极的应对措施，以致一旦前方败报传来，临时慌了手脚，只好狼狈溃逃。而是会随时注意法军的动静，并派出小部队先期骚扰和攻击法军，阻滞法军的行动。而在主阵地北宁城虽然不会有镇江城那么好的地形，但起码也会像修建镇南关长墙那样建起稳固的阵地，可以抵抗法军的长期进攻。
冯子材严于律己，他不会像黄桂兰那样在决战前夕仍玩妓女，也不需要像赵沃那样在将帅中玩弄诡计，从而涣散了军心。因此，即使在某些局部战斗或阵地会不可避免地出现闪失，但全军和全局不会像北宁之役那样，在一天之内全线崩溃。冯子材仍会指挥军队进行有效的节节抵抗，固守待援，以扭转战局。
总之，如由冯子材来守北宁，当日的惨痛结局就不会发生。国危思良将，北宁战败的消息传来，清政府上下才想起，如果是继续由冯子材主持抗法战争，结果会不会不同呢？于是朝廷上下掀起一股要求重新起用冯子材的热潮。
其实对于清政府在决战前夕摒弃冯子材而不用，许多朝臣都觉得可惜，首先为冯子材打抱不平的是他的广东老乡。于是在冯子材刚回到钦州家中不久，光绪九年十一月，广东南海人、国子监司业潘衍桐就上奏《请饬冯子材办理高廉等处乡团片》，要求起用冯子材：广东省城屯有重兵，惟高、廉、雷、琼一带，为法夷由越南窥伺粤东必经之路，守备尚觉空虚。臣见前任广西提督冯子材，戎略夙娴，精力尚健，闻与西抚徐延旭意见龃龉，引疾告归。但该提督素有战功，且籍隶钦州，沿海情形最为谙悉，或统旧部，或募新团，号召不难立应，可否敕下彭玉麟与该提督商办高、廉、雷、琼等郡乡团，以资策应，于边防实有裨益。当天，清政府有旨给两广总督张树声：冯子材前因患病，开缺回籍，现在已否病痊，精力何如，着令其办理高、廉、雷、琼等处乡团是否相宜，著张树声酌度情形奏明办理。十二月初六日，山西巡抚张之洞条陈战守事宜，针对法军扬言侵犯广东一事而有防粤一策，其中也建议将好勇敢斗的粤民组成乡团配合兵勇作战：“可否特命彭玉麟、吴大徵督办广东团练，而择粤绅之有才望者佐之”。清政府纳奏，命广东督抚妥议具奏。光绪十年正月二十八日，彭玉麟、张树声等复奏称：“以精练之营勇为正兵，以各乡之联团为援应，未必竟不足恃。”准备选择有才望的粤绅募练乡团，在谈及主持广东西路高、廉、雷、琼各属团练人选时，就提到冯子材的名字：“兹查冯子材乞病开缺，昨甫交卸回钦州本籍，来函尚述病状。臣已与抚臣共备函牍，嘱其在籍为之倡率。该提督天性忠勇，治军多年，闾左皆其旧部，当可资其指麾，以收众志成城之效。……谅该提督等保卫桑梓，谊无可辞。”二月十四日，因有法军欲犯琼州的流言，二人又奏称：添募水陆勇营筹防廉、琼，“与奏派办理西路团练冯子材等联络布防，遥作声势”。奏上后，清政府批复：“西路团练并令冯子材实力办理，俾壮声援。”这个广东西路高、廉、雷、琼各属，除了包括今天的阳江、茂名、湛江等粤西各市外，还包括了今天广西的北海、钦州、防城港三市及海南一省，总面积约8万平方公里，范围相当广阔。
这是保卫家乡桑梓的大事，冯子材当然不能推托。然而，当冯子材真正着手督办团练时，却发现由于自己有职无权，因而指挥不灵。他在七月十三日曾有函给广东当局谈及此事：自奉派起团以来，迄今虽已数月，无如各该州县有催罔应。现计禀报成团尚未挑拣者虽有九州县，而此九州县内又仅有钦州一团，经子材督挑五百名，近已练有成效，然亦仅可守备本境，其余十六州县均尚未据禀前来。子材以告病在籍人员，思欲亲身往催，奈经费别无所出，不过具备文行而已。但是，这件事却成为冯子材能够重新得到起用的契机。这说明，当国家有事时，朝廷还是想到冯子材这个老将的。《冯子材传》则称他已作好抗法的准备：“然自出任团督，早已密切派知兵员弁深入越地，侦法虚实，以备法兵犯境时作人民自卫之计。”
清军在北宁战败后，光绪十年二月十九日，户科掌印给事中邓承修奏请重新起用冯子材，协助张树声统率淮军出驻南宁一带，督办广西后路：“前广西提督冯子材莅粤西十余年，功勋宿著，熟悉边情，徒与徐延旭龃龉，遂甘废弃。可否饬令该员招募旧部，随同张树声协理后路防务。该员志行侃直，必能竭忠荩虑，无负厚恩。”邓承修（1841—1892），字伯讷，一字铁香，归善（今广东惠阳淡水）人。同治十二年授浙江道监察御史，光绪二年为河南道监察御史，转掌云南道监察御史。在位时以大胆谏言，弹劾不避权贵见称，有“铁面御史”之名，著有《语冰阁奏疏》。可能是他的这份奏折打动了清政府，遂于廿九日有旨，赋予冯子材比协助张树声督办广西后路更为重要的任务：“冯子材边情较熟，著传知该提督速赴关外，接统黄桂兰所部，认真整顿，力筹战守，毋稍迟延。”张树声在复顺天府尹周家楣函中也提到：“越事糜烂至此，……比以统军之任，一起冯萃亭于原籍……仰见宵旰之劳。”要冯子材“力筹战守”，这就不是督办后路，而是督办前敌了。当时，黄桂兰是广西提督，让冯子材去接统黄桂兰所部，就包含有让冯子材重新接任广西提督的意思。
但是，当张树声在三月初将此旨传知冯子材时，却遭到冯子材于十七日的复函婉拒：“惟前提督去年因病告假开缺，回籍调理，现在病体未痊，乘马足软，剿办难以支持。兹经西省徐抚院才高智广，新任黄军门韬略勇谋，两员能以办理。该法匪既众，兵勇单薄，势难取胜，恳请转奏添兵加饷，照楚军粮饷章程，祈为知会徐、黄两员，督兵进剿法匪，定必一战成功，以省靡费。”函中所说的徐抚院即徐延旭，黄军门即黄桂兰，这两个人都是冯子材的对头，要对北宁战败负主要责任，冯子材函中表面上客气地吹嘘他们两人的文韬武略，“定必一战成功”，骨子里却暗藏着对挖空心思排斥他而荐举徐黄的张树声等人辛辣的讽刺。
国难当头，前敌需人，何以冯子材却拒绝接统边军，抗御敌寇呢？原来，这时冯子材还未知道清政府将会如何处置徐延旭、黄桂兰乃至张树声等对头，如果他贸然复出接统广西边军，而徐延旭仍任广西巡抚、张树声仍任两广总督的话，则冯子材仍会受到他们的指挥节制，很容易遭到他们在各方面的掣肘和陷害，达到公报私仇的目的。此外，可能也有冯子材与清政府存在隔阂有关，他的思想一时未能转过弯来。所以，在局势尚未明朗之前，他称病拒绝，淡对名利，乃是明智之举，这可能是刘坤一的陷害教聪明他了罢。
冯子材的预测并非毫无道理，因为这时淮系和张佩纶对他仍充满敌意，怕他因此能够重新出任广西提督，从而使淮系控制广西军权的图谋破产，因故千方百计进行阻挠。李鸿章知道清政府准备重新起用冯子材的决定后，于三月初二日去函继任广西巡抚的潘鼎新称：“廷旨起用冯萃鸾，年已七旬，前在镇江仅能守，嗣往越南剿土匪有声，然非法人敌也。”张树声对冯子材则仍是宿怨未解，他在传旨冯子材接统广西边军的同时，于三月初五日去电李鸿章诋毁冯子材称：“奉旨起冯萃亭接统其（指黄桂兰）军，昨致总署函，言冯未必出，出亦无益。”李鸿章于当天复电，表示赞同：“鄙见亦谓冯不胜任”。原先极力弹劾冯子材的张佩纶则不但不为自己的鲁莽误国行为而自责愧疚，反而在此时连连致函李鸿章，要李鸿章出面设法阻挠冯子材复出：“冯萃亭乃铁香所荐，鄙不谓然，此应由公荐淮将助之，用东人为抚而将为淮，用淮人为抚而将为粤，不但兵杂而将亦杂矣，内已气馁，无求逞之理。”“粤西提督急须出群之材，若公书缓至，属之大树（指冯子材），文武不和，又蹈徐、黄覆辙矣！至盼至盼。”东汉时的开国元勋冯异被称为“大树将军”，后世常将冯姓将军称为“大树将军”。张佩纶致函李鸿章，就用“大树”来暗指冯子材。这些函电集中地反映了淮系高层和清流派蔑视冯子材的阴暗心理和排挤态度。如果此时冯子材遵旨接统广西边军，还不知会受到这些冤家对头的何等刁难呢？《清史稿.冯子材传》称：此时冯子材“闻树声贤，诣广州，”就不是事实了。因为冯子材深受张树声的排挤，素知其为人，何以会认为“树声贤”呢？不过，此事虽不行，却成了冯子材复出的先声。
由于北宁之败丧师辱国，影响严重，不久，清政府就一一惩处对北宁战败有罪诸人：首当其冲是徐延旭。二月十九日有旨：将徐延旭“先行摘去顶戴，革职留任”。二十九日加重了惩处：“传旨将徐延旭革职拿问，派员解交刑部治罪，广西巡抚著潘鼎新署理。”徐延旭在五月从广西解送京城，十一月初六日押抵刑部，十二月初八日由军机大臣等奉旨会审。开始，徐延旭还想推卸责任，呈递亲供为自己辩解。但在会审官员的质询下，终于承认了自己的罪责：“伊才庸识暗，致失机宜，辜负天恩，万死莫赎，只求皇上从重治罪。”十二日得旨：“已革广西巡抚徐延旭，督办广西关外防务，始终株守谅山，迁延不进，所统各军毫无纪律，又复任用非人，相率溃败。律以失误军机，尚复何词以解？徐延旭均著照所拟斩监候，秋后处决。”
接着是黄桂兰、赵沃。三月十二日有旨：“黄桂兰等不能实力堵御，罪无可辞，著王德榜传旨，将黄桂兰、赵沃革职拿问，派员解京，交刑部治罪。”预感罪责难逃的黄桂兰于十五日半夜服毒，左右救之以汤，黄桂兰拒曰：“吾岂可再活人世哉！”延至十六日午刻卒。但赵沃却未“派员解京，交刑部治罪。”
六月底七月初，潘鼎新分别拟定北宁败将处分的意见奏上，其中拟请将应该“派员解京，交刑部治罪”的已革道员赵沃，请旨改为发往黑龙江充当苦差效力赎罪。清政府七月二十四日批复，严厉指责潘鼎新所拟各人的惩处太轻：“酌拟惩办失事员弁，殊多轻纵。军政首在赏罚严明，何得轻率瞻徇？着传旨申饬！”并加重对各人的惩处，其中，所拟发往黑龙江充当苦差之已革道员赵沃，著改为斩监候，秋后处决，即解交刑部监禁。
光绪十二年十一月有旨：将均判斩监候的徐延旭、赵沃，均著加恩免予勾决，著发往新疆效力赎罪。据说，徐延旭“未出都，病卒”。作为淮系和清流派排挤冯子材的棋子，徐延旭付出了身败名裂，死于非命的代价！赵沃则押往了新疆，在那里，他得到了时任新疆巡抚的湘军宿将刘锦棠的照应，光绪十三年九月被派管理屯田事务。《追述战胜法兰西始末》称徐延旭与黄桂兰一起畏罪自戕，只有赵沃解至京师，发往军台效力，就不符合事实了。
北宁之战的大败，说明以恭亲王奕訢为首的军机处已不能正确预测中法矛盾及其演变，从而掌控局势；而用徐延旭与黄桂兰取代冯子材指挥前敌战事，更是用人不当，贻误国事。如果继续由这样的军机处来指挥对法交涉，后果不堪设想。三月初八日，国子监祭酒盛昱上奏，要求追究举荐徐延旭的张佩纶等言官和重用徐延旭等人的军机处的责任，慈禧太后借此指责军机处“因循失职”。十三日，有旨革除以恭亲王奕訢为首的全体军机大臣的职务：恭亲王奕訢、大学士宝鋆入直最久，责备宜严，姑念一系多病，一系老年，兹特录其前劳，全其末路。奕訢著加恩仍留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾；宝鋆著原品休致。协办大学士、吏部尚书李鸿藻，内廷当差有年，只为囿于才识，遂至办事竭蹶；兵部尚书景廉，只能循分供职，经济非其所长，均著开去一切差使，降二级调用。工部尚书翁同和，甫值枢廷，适当多事，惟既别无建白，亦有应得之咎，著加恩革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走，以示区别。同年十二月，在定议徐延旭等人的罪名和处分时，同旨还提及奕訢等军机大臣的责任：“前军机大臣恭亲王、宝鋆、李鸿藻、景廉，于带兵大员未能详慎遴选，辄行请旨擢用，实属味于知人，业于本年三月间降旨惩儆，所有应得处分，著加恩宽免。”恭亲王奕訢为首的军机处错用徐延旭，却排挤冯子材，最终落得个全体被革职的悲剧结果，从而改变了晚清的政治格局，代价不谓不大！
在北宁战败之始，老于官场的张树声知道自己对此脱不了干系，所以早在二月二十九日奏报战败情形时就自请处分：“臣职任兼圻，无能补助百一，相应请旨将臣一并交部严加议处，以为疆臣不职者戒。”三月十七日，刚刚履新的清政府批复得比较委婉：“张树声职任兼圻，咎有应得，究属鞭长莫及，加恩著改为交部议处。”然而，张树声知道事情不会这样简单就可结束，因而又在三月二十五日上奏请开去两广总督缺，以专治军事：由臣将所部抽带赴西，出扎关外，亲当一路，必与潘鼎新共矢同仇，力固残局。但清政府却分两步进行此事，四月初四日有旨：“张树声著传旨申饬”。四月二十八日又降旨加重惩处：张树声著开两广总督之缺，仍督所部办理广东防务，两广总督著张之洞署理。闰五月，又借口张树声按事不实，改为革职留任。九月，原已重病在身的张树声死于广州。一代名臣，只因排挤冯子材的一念之差，遂致晚节不保，悲哉！张之洞，字孝达，号香涛、香岩，晚年自号抱冰，直隶南皮人。同治二年一甲三名进士，后历任翰林院编修、教习、侍读、侍讲学士及内阁学士等职。其间，为清流派重要成员，与张佩纶等人一起，放言高论，纠弹时政，后出任山西巡抚，擢两广总督。表面上张之洞是因张树声的倒台而开始飞黄腾达，其根子却在张树声排挤冯子材的失误上。
后来，清政府还惩处其他与荐举徐延旭等有牵连的官员。光绪十年十二月有旨：涂宗瀛前经荐举徐延旭，系于属员内遴才保奏，厥咎尚轻，着交部察议。张之洞保奏徐延旭兼资文武，实属失当，惟该督于简任两广后，征兵筹饷，颇着勤劳，着从宽交部察议。陈宝琛、张佩纶力举唐炯、徐延旭堪任军事，请饬分统滇越各军，出境防剿，卒至偾事，贻误非轻。前湖广总督涂宗瀛、两广总督张之洞，均著照部议降一级留任。前内阁学士陈宝琛著照部议降五级调用。排挤冯子材最有力的打手张佩纶开始时虽遭言官弹劾，但获慈禧太后的袒护，不但不受处分，还被命为会办福建海疆事宜，出京以避言官。但在马尾馈事后，圣恩尽失，最后被数罪并罚：“张佩纶前因滥保徐延旭等降旨革职，左宗棠等所请交部议处，殊觉情重罚轻，著从重发往军台效力赎罪。”从此被逐出他曾大显身手的晚清政治舞台，潦倒而终。但包庇徐延旭的刘长佑、包庇赵沃的刘坤一以及参与排斥冯子材的军机章京钱应溥却未被波及。
当这些冤家对头大部遭到惩处之后，冯子材对复出抵御外侮一事才逐渐活跃起来。但因此迁延，而前敌的广西提督一职却不能空着，于是清政府先后任命淮将唐仁廉、湘将王德榜署理广西提督，但他们可能不愿趟这趟浑水，都婉辞不就。极力参与排斥冯子材的广西巡抚潘鼎新为便于由淮系控制广西的军权，不顾清政府的初议，置冯子材于不理，极力推荐他从湖南带赴广西作战的部下苏元春署理广西提督，不过还未实授，这是否是在虚席以待冯子材呢？
光绪十年闰五月，广西边军与法军在越南的观音桥发生冲突，法军遂借机重开战衅。法军从海路派出军舰胁逼台湾、福建、广东，陆路又有进犯滇、桂之意。广西前敌告急，却缺乏得力的主将，清政府频频下旨抽调各省得力将帅前往赴援广西，其中就有广东的重臣宿将如彭玉麟、张树声等。新任两广总督张之洞则因有法军企图侵扰海南岛的传言，守土有责，却不愿他们前往，要留下他们帮助办理和加强广东防务，因而曾多方推托。但广东毕竟不是前敌，对于毗邻的广西严重的战事一将不遣、一兵不出赴援也不是办法，为了敷衍搪塞清政府，张之洞想到起用冯子材代表广东前往赴援的办法。当时清政府认为：“广东钦州与越南广安、海阳等省毗邻，海、广两省壤接谅山。”因而在六月十八日指示两广当局：为了“牵制敌势，广东能否出奇兵，由钦、廉小路前进（越南广安、海阳）？”张之洞遂于六月廿一日有函探问冯子材还能否领兵出征；“法人弃信背盟，逞兵要挟，索款甚钜，数至千万有奇；美国排解居间，悍然罔听。然已夺踞雞笼炮台，近又纠其兵船麇聚闽海。粤为闽邻，防务日亟；万一始终決裂，战局纷纭，必须有后路攻袭之师，庶几敌人有所顾忌，不致尽起陆兵肆扰各口。钦州民团，自得宏才指麾，谅已日形精整。
鄙意拟请阁下速将团练密加部勒，营哨官分别派定；一遇事机紧迫，即将精健练勇酌带二、三营配给军火，取径疾趋，袭彼广安、海防，广张声势，多设疑兵，以为牵制之计。惟钦州练丁是否善战？军械能否御敌？至少约须几营？道路共有几程？或宜沿海、或宜踰山转运，是否无阻？就地能否因粮？后路消息能否不致隔绝？彼处居民能否结为内应？广安、海防敌人陆兵几营？炮船几艘？均望切实筹度，绘画简明地图，飞速见示！能行，则大可建此奇功；不能行，则亦不必徒为壮论。阁下威略老成，熟习沿边地理；专赖良谋，无任翘切！特此手书密布。”从其所称要冯子材“将精练健勇酌带二三营”出征的说法来看，这个昔日曾参与力荐徐延旭以排挤冯子材的张之洞不但在敷衍清政府，而且对冯子材也是成见未消，因而对于冯子材的军事才能和作用还没有充分的真正认识，而把冯子材看成是一个只能率“二三营”作战的偏裨之将。
这时，冯子材因对头已去，没有了复出抵御外敌的思想顾虑，也想为抗敌御侮，保卫边疆贡献自己的力量，就对复出一事不再托病推辞，而是变得态度积极起来。他于七月十三日复函张之洞，认为张之洞要他率数营练勇进军越南的主张难以执行：各州县练勇只可用作声援，不能使之越境御敌，兹欲袭广安牵制法夷，此等团勇实不可恃，况以数营练勇前往袭取，设法夷一闻警信，既不得志于闽，必然迁怒于粤，立起大队反戈而回，此数营不独非其所敌，且虑乘势轶入，则廉郡海口反受其累。因此，冯子材建议：“为今之计，与其暗袭牵制，侥幸于目前，何如挞伐大张，以杜欲壑。”并自告奋勇，请缨出征，执行清政府以前下达给他的任务：“子材所患之疾已逾八九，如蒙我大公祖垂爱，任以军旅，即请奏明，将现在关外尚未遣散之粤勇一并调到谅山、海阳交界之宣安州，并由子材就近募勇，连关外粤军共足一万五千人，均交子材统带调遣，应需粮饷概照楚军章程给发，所有广安、海阳两夷省均请大公祖责成子材以克复之，并请将应用枪炮及子药在于折内声明，由天津、上海、苏州各机器局划明分制，及军装等项飞解来钦，俾得迅速进剿……既可寒贼胆，又足以固藩封，且使法夷不敢再窥两粤、滇南边境，一劳永逸，似为全策。”
由于这时中法还在谈判，局势相对和缓，张之洞这时提出要冯子材复出可能还只是个试探性动作，并未真正赏识冯子材的军事才能，反而认为冯子材的要求是大言轻敌，要求过奢，而且超出他的权力范围，难以办到：“惟需三十营之多，大举南征，实非粤省之力所能。”暂时把事情搁置下来，只让冯子材继续带领团练，协助东兴的防军布防。九月初二日，张之洞向清政府报告广东防务时，就提到冯子材带领团练帮助官军防守钦州边防的情况：“钦州则参将莫善喜与奏办团练之前广西提督冯子材任之，营于东兴街。七月底，突来教民数百，屯聚北海，调团练往，始行散去。又有法船五艘，由越境岳山港登岸，至芒街，号召教民，散给衣械，法酋复径逼我军营垒，熟窥而去，法船半月始行。”
八月，中法谈判破裂，战衅重起，广西边军与法军在船头、郎甲交战，遭到败挫。战后，潘鼎新以兵少饷乏为由频频向清政府告急，并强烈请求广东出偏师以援助广西边军。张之洞这才最终决定由已经没有实际职务的冯子材招募新军，代表广东方面前往，以搪塞各方面催促广东出兵的要求。九月廿二日，他电询潘鼎新：“欲嘱冯军门子材募十营，由钦州经上思州援越境，出那阳，规广安。冯虽老，闻未衰；旧部多，成军易；由钦往，到越速；在越久，水土习；用土人，补遣便。将才难得，节取用之，惟此举是否有益？”从“冯虽老”三字可窥见张之洞此时对冯子材的消极看法。
大概征得了潘鼎新的同意，十月初七日，张之洞以答复冯子材七月十三日的来函为名致函给他。函中首先赞誉冯子材请缨出征的壮举：“前奉台函，欲亲率劲旅进图广安、海阳两省，展诵之余，欣佩无似！执事公忠体国，以灭寇恢疆为己任，躬履瘴乡，不辞艰险，求之往古，如伏波之踞鞍，李劫之请行，何以加兹！”然后提出：兹拟请麾下以十营出关，取道龙州，直指那阳，进规广安。务祈速募精选，于文到二十日内即行部署启程，以操胜算。饷械即到，必不逾期，军火极力筹办，约计抬枪五百杆、士乃打枪一千枝、大吉枪三千枝、劈山炮及后膛洋炮数尊、连响洋枪约有百件。督办广东军务彭玉麟的幕僚、时兼广东营务处提调的胡传钊，则根据广东当局的意思，致函廉州知府黄杰筹备萃军出征事宜：法人背约启衅，既凌越藩，复侵闽海，正宜亟派劲旅，前赴越南协剿，以振国威。现经督帅谋划急越缓闽之策，仰副庙谟，奏派冯军门统领萃字全军，相机进取，并委阁下办理萃军营务处。良以冯军门忠勇素著，宿望轶群，此去铜柱再扶，定为伏波之继。惟据鞍虽称矍铄，抒策亦赖赞襄，故为慎选乃僚，相县为理，以冀肤功克奏，指挥裕如。务请速商，剋日成军，出关大举，是为至要。刻奉帅饬，由运庫拨解饷银五万两，另札饬存钦州州庫，听候冯军门陆续提用。冯军门旧部不乏惯战得力之人，其子弟在营想皆驯谨，不致多事。因帅意期望冯军门立功甚篤，乃一切关怀，特祈阁下随时体察情形，密禀帅座，俾释廑系。
《冯子材传》称：“子材遂奉速募萃军十八营率赴关外，接统黄桂兰所部之命，桂兰即继子材任广西提督援越屡溃之将也。”并不符合事实，因为黄桂兰早就在三月十五日自杀而死了。至于冯子材在三月间曾有旨令其接统黄桂兰所部，但被他婉拒后，已再无后命，他此次出征只是奉广东当局的派遣而去，与朝廷并无关系。
与冯子材同时奉派援桂的广东将领还有张树声部下淮将、广西右江镇总兵王孝祺。十月十一日，张之洞与彭玉麟联衔电奏清政府：“今由广东出军两枝赴越协剿，派在籍前广西提督冯子材募十营，由钦赴龙出关，攻广安一路，以图海防；派本任广西右江镇王孝棋统粤省抽出防营八营，由梧赴龙出关，攻船头一路，以助苏提。”王孝祺，安徽合肥人。早年投入淮军，隶张树声麾下，在镇压太平军和捻军过程中，积功至记名提督、赐勇号博奇巴图鲁、赐头品秩。光绪六年，被张树声奏调到广东，历署潮州镇、碣石镇总兵。光绪九年，实授广西右江镇总兵。张之洞曾评价他：“威重不浮，谋勇素著，曾官广西，情形亦熟，若率军协剿，必能得力。”部下有骁将潘瀛、张春发等。但后来邓承修勘界时，与左州知州徐炳文谈及王孝祺时，徐炳文对他的评价却不高：王孝祺，最劣，军所过，无不滋扰。自粤东到浔郡，勇多即溃叛。过左州，驻蒲圩，掳掠奸淫，刃伤生员一人，经地方禀讦有案。南关之役，碌碌因人成事，实无寸功。
在广东两将中，冯子材的地位比王孝祺高，王孝祺每月仅领公费银400两，冯子材则多至600两。在与潘鼎新的关系上，王孝祺是下级，须“听西抚院潘节制”，而冯子材遇事则只“与西抚院潘商酌办理”，地位相当平等，只不过还没有正式的职衔罢了。张之洞等这样安排，其中有一个原因。早在光绪十年闰五月初七日，清政府准备调前浙江提督黄少春带营赴广西关外，就有旨：“令黄少春酌带江南五营，驰赴广西，与该抚会办军务。”当时，清政府设置这种指挥某一军事行动的临时差使分为三种：督办，相当我们今天所说的总指挥；帮办，相当于副总指挥；还有一种是介于二者之间的会办，地位较帮办高，但又较督办稍低，一般是由有相当高的政治地位，却没有全局实权的官员担任，相当于今天所说的政委，如北宁战后张佩纶等言官会办各省海防、冯子材死前与岑春煊会办广西事务等等。黄少春是湘军左宗棠手下的大将，曾任浙江提督，地位比一般署理提督及实缺总兵高，但却是退职人员，已无实权。会办虽然在具体战事上需要尊重督办的意见，但互相之间没有严格的上下级隶属关系，在具体问题上，督办也要尊重会办的意见。是一种由实际职务及权力不及督办重要，在军中的威望却与督办相差无几，以致有指挥战事的极大作用的职务，但黄少春最后没能到广西。而冯子材与黄少春同是退职实缺提督，地位相同，既然清政府能任命黄少春为会办，冯子材自然也应该是这个职务。所以，张之洞在派冯子材赴援广西之初，就指示他遇事只“与西抚院商酌办理”，其实就示意着他到广西前敌的身份相当于是会办。这其中除了尊崇冯子材曾当过实缺提督的地位外，是否也有示意清政府安排冯子材这样职务的意思。《清史稿.冯子材传》称：“适张之洞至，礼事之，请总前敌师干，卫粤、桂。”其实，张之洞派冯子材赴广西只是“与西抚院商酌办理”的客军，并无“总前敌师干，卫粤、桂”之事。
但是，冯子材对于这种安排并不满意。因为他从督办镇江军务时起，20余年来一直是独当一面的方面大员，麾下指挥过数万军队，现在却只让他统带10营5000人，无法发挥重要作用，等于将他贬为一个无足轻重的偏裨之将，那就不是重用他了。于是，冯子材向张之洞和彭玉麟提出两点不同意见：一是嫌兵少。在接奉率军10营出征的指示后，“冯萃亭军门致雪帅书，意甚不满”，力陈出疆征讨，兵力须厚，“至少亦须二十营”。张之洞无法，只得答应他再增募八营，于十一月十四日复函称：“十营为数略少，以饷绌故，兹复竭力图维，勉筹八营之饷，以厚军力；九千之精锐，胜之十万横磨矣。”二是嫌械少，尤其是缺少军中利器新式大炮。冯军增募8营后，张之洞拨给的军械计抬枪增至八百杆，广东向外国订购的毛瑟枪中拨给一千杆。张之洞拨给冯军的抬枪、大吉枪，实际上就是土造的火药枪；士乃打、云只等则是西洋后膛枪中的早期产品，已是淘汰过时的东西。编修曾广钧曾有奏谈及清军装备情况，其中把后膛枪分为三等，而云者士得列为乙等，“极界一千二百码，药力亦弱”。“其乙枪既有瑕疵，宜暂令未练之绿营及云、贵、川、陕、甘肃、湖南等练军用之，亦俟弹尽再议更换。若各海口义民富商欲结渔团或团练陆军，助国家保地方，亦可以此假之。”《追述战胜法兰西始末》指出：“此次开战，敌之枪弹锐利，每多射击及我。讵我兵所用之士乃打、云睹士，此等枪均旧式，弹力皆不及敌。”可见，张之洞用这些武器来装备萃军，实际上是把它看成是团练一样。张之洞并根据冯子材的要求，于十二月初四日电奏清政府：“冯子材大队仓猝出关，有枪无炮，不能攻坚及远。粤无行仗炮，张前督带来的有限，除王孝祺带赴越外，余已分发难收回。金陵局制各炮利行队，拟请敕南洋借拨三十尊，他洋炮亦可，速运粤发冯军。”清政府纳奏，初六日旨令南洋大臣曾国荃移缓就急速照数运粤。根据这道旨意，张之洞于初七日去函知会冯子材：“抬枪头次解去八百杆，云只一百杆，殆未到齐也。四人抬炮打造已属无及，其他精械尽力拨解，勿以缺乏为念。”
其实，张之洞的说法是过分乐观了，因为迟到此时再从数千里外的南京调运枪炮到广西，已不能赶及战事了。冯子材只得自己设法解决，办法有二：一是练大刀队。据《冯子材传》载：“子材军入桂，人心稍定，惟火器旧械仅得荷哈开士洋枪及抬枪、大吉枪三种，以之敌毛瑟、开花之枪必无胜算，非恃短刃肉搏不为功。子材乃赶铸大刀八百柄，编壮士大刀队，阅日练习有成。”还有以前创制用陶瓶装火药，在瓶嘴以香炭引爆的土炸弹“先锋煲”。而这些东西更不是正规军作战时使用的武器，只是聊胜于无而已。二是根据张之洞的指示：“军火不足，先借（广东）拨（给）刘（永福）、唐（景崧）械济急。”为此，冯子材曾截留广东拨解给刘永福、唐景崧的部分枪械，但数量也有限，因为张之洞拨给刘永福的枪械仅“后门枪两千枝、士乃得一千，适遇南关告警，为桂军截留。”但这三千枝枪也并非全部落入冯子材军中，张之洞曾电奏清政府：“刘无精械，洞解济颇多，或桂截，或冯截，或未到。”因此，冯军仅得部分而已。所以，冯军枪械的欠缺还是很多的。《追述战胜法兰西始末》记称：羊城运到枪械过少，每营只领得士乃打即锁头枪及云者士即十三响共二百五十枝，余均前膛、火药、大吉枪及抬枪。这里所说的每营，可能指的是前募10营，而不包括后募8营在内。特别是张之洞指出的：“冯军止有枪，并无炮，”这就严重地影响了萃军的战斗力。以致张之洞在十一月廿九日向清政府电奏冯、王两军的情形时，对冯军的战斗力作了很低的评价：“王军老营械足，举动素稳；冯军新集械缺，剽悍轻敌。大约王军宜锐进，冯军宜缓发。”说穿了，在张之洞眼看来，士卒新集，器械窳劣的萃军根本不是法军的对手，冯军驰援广西边关其实就是一个充数陪衬的角色，并不是真的希望冯子材带兵上阵作战，冲锋陷阵，而是应该远离前敌担任幕后指挥的职务，参与运筹决策。但张之洞的这种想法，也为后来清政府贬低冯子材及淮系继续排挤冯子材提供了口实。
《追述战胜法兰西始末》则记载冯子材先是婉拒后允复出的经过称：是时，广西关外用兵，广东边海戒严，朝廷特命彭玉麟为钦差大臣督办广东防务。国子监司业潘衍桐奏请，谕旨派先君督办广东西路团练。十月秋，钦差大臣彭玉麟、两广总督张树声、广东巡抚倪文蔚咨抄二月二十九日上谕：昨据李鸿章电奏，法兵已攻取太原，华兵死伤甚众，又有拟索兵费之说，法人猖獗至此，实堪发指。粤西防军布置经年，乃一遇敌，不能固守，以致北宁、太原相继被陷，徐延旭屡次奏报一味粉饰，近接其二月初一日折奏，尚称北宁可以无虞，实属昏愦已极，本日已谕令潘鼎新速赴广西筹办一切。刻下黄桂兰，赵沃等军退扎何处？着张树声查明具奏。冯子材于广西边外情形较熟悉，着张树声传知该提督，速即驰赴镇南关外，接统黄桂兰所部各营，认真整顿，力筹战守，毋稍延迟。
先君复文略曰：仰奉谕旨，本应速整出关，惟自去年因病开缺回籍调理，现在疝病未愈，乘马足软，难以支持，请代奏云云。时张树声奉旨开缺，旋即病故。朝廷特简山西巡抚张之洞升授两广总督。彭、张、倪诸公论知先君忠义愤发，当兹外人迫压，岂有坐视偷安之理，想必以为事权不一，借病托词。密派某委员微服来钦，徒步至白水塘吾宅前后，以观风水为名，侦查先君起居。时正晚造登场，先君牵牛田畔督工收获。某委员故意以地理与众人议论，先君于形家之学阅历多年，聆其所论理气峦头尚非大谬，因与攀谈。某委员渐及法人侵占安南，逞兵要挟，关外军事失利之事。先君答谓事权不一，最为兵家所忌，太原、北宁各处之沦陷，皆因将领太多，号令不专，督师者既不知兵，复自畏葸所致也。
某委员去后不久，张之洞即以书来，请率钦廉团勇疾趋广安、海防，广张声势，多设疑兵，以为牵制法人之计。先君复函略谓，团勇祗可自卫乡里，佐军所不及，岂能远出长征？饷械不全，何以冲锋破敌？况敌焰方张，关外各军既形委靡，即能暗袭广安，于事亦无裨益。必得主力军大张挞伐，方足以挫敌锋。子材年将耄耋，体质就疲，本不欲出而问世，惟念迭膺专阃，身与国家同休戚。法虏跳梁，普天同愤，倘蒙朝廷假以事权，又何敢以孱躯是惜，坐视我国藩属任彼异族凌夷，云云。彭、张知团练难恃，奏派先君召旧部出关，协剿法夷。十月十六日，委员赍到咨文、关防、饷械，限二十天内募足壮勇五千，拔队起行，赶赴镇南关会剿。这部分记载十分混乱，如说“十月秋，钦差大臣彭玉麟、两广总督张树声、广东巡抚倪文蔚咨抄二月二十九日上谕”一段就不通，十月秋何以还咨抄二月二十九日的上谕呢？而冯子材与张之洞来往对答的书函则已非原文。
《冯子材传》则记称：“子材姻家宿将杨青山以子材耆年当强敌，趋欲阻行，子材正色责其失言而去。”
然而，不管别人如何评价以及将会面临何种困难，老将冯子材仍抓住这个杀敌报国的机会，斗志昂扬地着手募军出征了。
冯子材募军的方法是先选用旧日的得力将领如副将冯兆金、游击杨瑞山等为督带，再由各督带挑选官卑职小、年富力强者任各营的管带哨弁。《追述战胜法兰西始末》记称：“先君任用将弁法，以官阶既高之员，虽未拥厚积，亦已称小康，不免有室家之顾念。其能捐弃生命，冲锋陷阵，百不厌一。除统领、督带为一军之主，不得不任用品秩稍崇者，分挈纲领，其余营官、哨弁，则必遴选官卑职小、年富力强辈充之。职卑者升官心切，非舍命杀敌无以超尘出众；年富力强者心雄胆壮，勇往直前，不甘落后，是以每战克敌，常操胜算，本皆得力于职小年壮辈耳。”
招兵方法则有二：一是将已组织的团练改编成军；二是札委各营哨员弁到钦州属下各县乡树旗招兵，旗上大书：“国家有难，应募者速来！”以爱国热情发动兄弟、叔侄、亲戚、乡邻投军。由于冯子材在当地威信很高，得到民众的信任，也由于当年跟随冯子材从军的退伍老兵很多，在他们的影响下，很快就形成一股投军报国的热潮。仅用15天时间，就在钦州招募萃军10营。
冯子材将先募的10营编成中、左、右三军。中军辖左右两营，左营由他的三子同知冯相荣管带，右营由他的五子同知冯相华管带。左右两军各辖中、前、左、右4营，右军督带为副将冯兆金并兼统中营，左营由守备冯骅管带，右营由千总陶烈武管带，前营由守备陈之瑞管带。左军督带为参将梁振基兼统中营，左营由把总黄万桂管带，右营管带千把陈江志，前营管带不详；又将后募8营编为前后两军，各辖中、前、左、右4营，前军督带为游击杨瑞山并兼统中营，左营由都司刘积璠管带，右营由知县刘汝奇管带，前营管带不详。后军督带为都司麦风标并兼统中营，右营由都司冯绍珠管带，左营由把总梁有才管带，前营由千总陈荣坤管带。（在都启模书中关于各营官姓名，还记有守备黄秀玲名，不知是否其中。）每营分为中、前、左、右、后5哨。张之洞并派委署廉州府知府黄杰为萃军营务处，对于冯子材有函指调的一些官佐，也饬有司札委正佐三四员前赴钦州，以资差遣，其中有知县蔡简梁、守备陈才业二员。冯子材自己也选用一些文员随军，如补用道都启模以及黄辅成等，同往前敌策划赞襄。
十一月初一日，冯子材亲率先募10营誓师出征。临行前先行辞祖之祭，即训示家人：“万一军有不利，百粤非复我有，亟率我眷属奉香火驰归江南祖籍，永为中国民，免奴外族也。”显然，此时冯子材已抱定以死报国，马革裹尸的悲壮心愿。
《追述战胜法兰西始末》记载其出征情形称：先君遵即召集旧部，遴选将弁，分投招募。十一月初一日祭纛起程，行抵广西上思州，接准督抚会咨，添募壮勇四千，共成萃军十八营。羊城运到枪械过少，每营只领得士乃打即锁头枪及云者士即十三响共二百五十枝，余均前膛、火药、大急枪及抬枪。先君以火器既钝，且不敷用，焉能克敌制胜？乃专差飞召上年练大刀先锋煲队，插配各营，编为五军。委游击杨瑞山督带前军三营，参将梁振基督带左军三营；副将冯兆金督带右军三营；都司麦凤标督带后军三营。余中军三营，别留卫队一营，委把总杨树勋管带，左右二营，以先兄同知相荣同知相华带之。每营分为中、前、左、右后五哨，什勇五百名，另长佚一百八十名。每逢拔队之先，派员预往沿途熬煮粥饭，以待大队士兵打尖得以充饥，故于沿途买卖均无纠纷。每日宿营，先经管带勘踏地势，规定距离，各哨官长方依规定地方，督率各兵佚一面向外开挖水沟，一面向内筑土墙，撑搭帐棚，然后造饭食宿。翌日五更饱餐后，拆收帐棚，列队点名，始起程。十二月初五日，全军驰抵龙州，广东所派之总兵王孝祺勤军八营，亦同援到。这里所谓的“每军三营”，5军才15营，与所知萃军18营不符，显然有误。
萃军纪律严明，沿途张贴告示，严禁官兵扰民。如在龙州有告示：“各路大军，露营住宿，禁入民村，禁住民房。全体官兵，严禁夜出，白天入街，须持手令。如违令者，军法不赦，一律严处，斩首示众。”在凭祥又有告示：“拦路抢劫者斩，强奸妇女者斩，偷牛偷猪者斩，拐带人口者斩。”《冯宫保事绩纪实》则记称：“于是年十一月初一日，自钦州本籍起程。及抵广西之上思州，探闻丑党颇多，西省官军不能前进，仅固守谅山一带。而越之北圻各省，已为法人所得，且有客教各匪为之引导、出力，区区数千之士，恐难即望成功，与其相持不决，坐糜饷项，何如大加勇力，迅扫逆氛，至于未练之兵，不惟不知军法，且各项洋枪并未用过，亦难期其得力，必须稍加训练，庶几略识准绳，拟暂扎上思州，将勇操演，并俟能否加勇，再行核办。遂将此意电达执政，旋蒙加勇八营，分为前后两军，共计五军。虽有一十八营，但后八营之勇，必须另自招募，随派员弁分投往招。”
抵达龙州的萃军，由于前后两军“募军未足，装械未齐”，影响了大军的行程，因而没能参预中法谅山之战。《追述战胜法兰西始末》记载其在龙州时维持军纪情形称：“（时从前敌）败兵溃后，或抢米，或劫财，强占民房。先君亲督差官四路巡查，适有某军某队官，硬取铺门及棉被，正在扭争，并口称：我爵爷（指杨玉科）死得好苦，我成了无主之人，我这队官也不抢板，今借用你的，租东西算不了事，我自有管辖，你冯老头管不了。先君见其恃顽不守军法，回顾差官喝声杀掉去，刀光过处头即落地。经此一举，诸军散兵不敢恃势强行，人民妇女始敢归家。”
就在萃军急忙招募成军赶赴前敌之际，前敌战事发生了巨大的变化。光绪十年十月底，广西边军在越南的纸作社小胜法军。十一月中旬，法军在板峒大败援越湘军王德榜部。十二月，两个旅团的法军约8000人向广西边军的重要据点谅山进军，于二十一日在谷松大败苏元春等部。二十八日，法军集中兵力，向固守谅山外围威坡由潘鼎新亲自指挥的清军主力发动猛攻，清军大败，放弃谅山而逃。光绪十一年正月初一日，被援越桂军败耗震惊了的冯子材率军匆忙赶到镇南关，准备参加保卫祖国南大门的战斗，但他的满腔热情却被潘鼎新的冷漠抑制住了。《冯宫保事绩纪实》记称：十二月初五日，驰抵龙州。是月内，讵桂军与法接战，迄未得手，先后共七日，左右两军八营经广西巡抚部院潘咨调十一次，该弁勇等每每行至中途，非另饬赴他处，即系飞令往阻，以致八营疲于奔命，未能一战。公素顾大局，准咨即调，从未稍有踌躇。岂知桂军自谷松为法所败，遂由山庄、威坡节节退避，以致弃谅山，失南关，奔入内地，不怪自己之无能，反揑奏萃朗两军赴援不力。所幸朝廷明见万里，仅申饬朗军数语，而于萃军并无一言及之。是月内，公在龙州接据探报，谅山不守，倘贼长驱直入，则龙州以下不可问矣！其时后募八营尚未成军，无从调遣。十一年正月初一日，公立带中军左营及差弁人等，驰赴南关截贼来路，沿途拦回溃勇不下数千，均饬速回原营住扎，毋庸畏惧，我大队随后即到。溃勇闻之，心意略定，始行归伍。及公抵关，面晤潘帅妥筹战守。潘帅云：此间不须客队，且有杨爵镇一军，尽可固守。萃勇原系东军，请速回顾东路。公遂驰赴派站，正拟调度各营由派站走洞朴，出那阳、牛墟，以分贼势。俾桂军仍旧出关，互相援应，尚可以雪桂军溃败之耻。是月十一日，派站军次接准督部堂张电开，遵奉上谕，冯著帮办广西关外军务，钦此。同日接准潘帅飞文，催请速赴南关应援。十二日，公复由派站旋师，十四日驰抵凭祥土州，始知杨爵镇玉科已于初九日阵亡，法人追入关内，焚毁南关，退扎文渊一带，距关仅六七里。公不得已，分派部下九营扼扎板山大路，以当贼冲。一面飞檄后八营将弁，赶紧成军，速领军械，以备调遣。《追述战胜法兰西始末》记载：“十一年正月初一日，先君驰抵南关，晤潘鼎新会商战守，鼎新云此间不须客军，有杨玉科一军尽可固守。萃军系东军，请速回顾东路。先君谓战局如斯紧急，理无弃目前战事，回顾东路之理。”
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