不磊落的“高尚者”
历代的党争，基本上都是士大夫之间因为政见不同或有私人恩怨而展开的，而明代则不同，明代的党争，从一开始就带有意气之争的色彩，而且，到了后来，士大夫越来越不光明磊落，他们往往打着正义的旗号，而私下却上下其手，不是使用阴谋诡计，就是勾结宦官清除异己。
明朝是中国历史上最后的一个汉族皇朝，明朝士大夫的表现对明朝的历史影响很大。虽然明朝灭亡的原因有腐败的一方面，但窃以为明亡的主因是宦官专权和士大夫的门户党同伐异之争。而这两方面的原因都和士大夫有关，可以这么认为：明朝的士风堕落最终葬送了明朝。
屡败屡战的士大夫
明太祖驱逐蒙古人，建立明朝后，在中央、府、州、县设立学府，教授儒生《四书》《五经》等。这些学校为明朝培养了一大批人才。士大夫们受的正统忠、孝、礼、智、信的教育使他们自然以国事为己任。明初的士风主要体现在两件事上，一个是明太祖因为不满孟子的言论，要把孟子在孔庙的配享地位取消，结果大臣们以死相谏，冷血的明太祖也只能让步。不敢取消孟子的配享地位。第二件事就是靖难之役，建文逊国，永乐夺位，方孝孺等文官拒不接受永乐，结果自杀、被杀的人甚多。方孝儒甚至十族被屠。方虽无治国经世之才，但他的忠心可嘉，气节让人佩服。
仁宣时期，出现了三杨这样的名臣，虽然三杨都不是以死进谏之人，但辅佐皇帝治国也发挥了应有的作用。成为一时之名臣。宣德年间，宣宗在皇宫内开设内书堂，开始教小宦官读书识字。为以后宦官专权打下了基础。王振在这个时候入宫，因为王是读书人出身，显然要比那些粗通文墨的小宦官强很多。而且王当过学官，官场的那一套也比较吃得开。王受到宣宗的重用，成为皇太子（英宗）的老师。
正统元年（1436年），王振被任命为司礼太监不久，一天，他对杨士奇和杨荣说：“朝廷事久公等，公等皆高年，倦矣。”这意思就是要杨士奇和杨荣“倦勤”退休。
杨士奇说：“老臣尽瘁报国，死而后已。”杨荣却顺着王振的意思说：“吾辈衰残，无以效力，当择后生可任者报圣恩而已。”王振听了杨荣的话很高兴地走了。杨士奇责怪杨荣失言。杨荣说：“彼厌吾辈矣，一旦内出中出片纸，令某人入阁，且奈何？及此时进一二贤者，同心协力，尚可为也。”
杨士奇也同意杨荣的意见，不久就荐曹鼎、陈盾等入阁。杨士奇和杨荣都是四朝元老，是当时的首辅，在朝廷威望极高，刚任司礼太监不久的王振，竟然提出要他们“倦勤”。而杨士奇，杨荣怕拂逆王振的意志而遭罢黜，只好赶紧推荐一些正直官员入阁。
等到了太皇太后张太后去世，三杨等老的老，死的死，王振更加为所欲为，实现了他的专权统治。朝臣们甚至见了王都要行跪拜之礼。
虽然“土木之变”时王振被杀。英宗也只当了22年皇帝。但宦官专权却并没有结束，而是愈演愈烈。英宗的儿子宪宗即位后又重用汪直，宪宗在锦衣卫和东厂之外，又成立一个特务机构——西厂，由汪直负责。汪直利用西厂，凭个人好恶，兴大狱，制造冤案。激起了士大夫们的强烈反对。大学士商恪上奏拒理力争，项忠等人也弹劾汪直，明宪宗虽然恼火商的奏章，但最后还是取消了西厂。可是宪宗也并不是真心取消西厂。不久，又重开西厂，商恪因此致仕，一批正直的大臣也去职。汪直得势后，朝臣王越、陈钺依附汪直。二人充当了汪直的爪牙。
在正统到成化这段时间，虽然有王振、曹吉祥、汪直的专权，但明朝的士大夫群体对太监们的擅权还是坚决抗争的，除有个别败类投靠宦官，绝大多数士大夫还是耻与宦官搭上关系的。
宪宗死，即位的是他的儿子，明朝中兴之主明孝宗。孝宗是明朝最后一位比较有作为的皇帝，任用贤能，礼敬群臣。在他18年皇帝任期内，没有廷仗，没有文字狱（即使在公认的明君仁宣二帝时，也做不到这点），对朝臣们不名而呼之为先生。明代士大夫的地位在孝宗时最高。马文升、刘大夏、刘健、谢迁、李东阳都是弘治名臣，而刘、谢更与三杨齐名。有明贤宰辅，自三杨外，前有彭、商，后称刘、谢。
被批掉背梁骨的精英
但士大夫的地位随着孝宗的去世而急转直下了。孝宗的独子武宗即位。15岁的正德皇帝生性爱玩，信用原来东宫的旧人刘瑾、谷大用、马永成、张永等八人，这八人实际上是他玩伴。刘、谢、李三人见武宗宠信奸佞，将孝宗时的善政“变易殆尽”。于是多次上表要求武宗停止玩乐，专心朝政。但武宗只是答应而不实行。
刘、谢等朝臣于是和司礼太监王岳联合准备让皇帝杀掉刘瑾等人。迫于士大夫们的巨大压力，武宗同意将八党南京安置。但刘、谢等并不满足，准备在第二天采取进一步行动。这件事被一心想向上爬的焦芳告密刘瑾。刘瑾立即找到武宗，跪着哭诉说王岳等人要制他们于死地。武宗听了他们添油加醋的话，非常愤怒，命刘瑾掌司礼监，马永成掌东厂，谷大用掌西厂。又将王岳充军南京，第二天又准刘、谢致仕。后来刘瑾又将刘、谢等53人列为奸党，士大夫在与太监们的斗争彻底失败。
这个向刘瑾告密的焦芳后来成为《明史》阉党传第一人。刘瑾专权后，因为有人写匿名信状告刘瑾不法，刘瑾大怒，矫诏让朝臣们跪在奉天门下，其嚣张可见一斑。具有讽刺意味的是，最后刘的失势，还是因为杨一清通过八党另一人张永影响武宗，才将刘法办。是因为太监内部的矛盾才除掉了刘。
终明一世，士人和阉人的斗争都是士人失败，主要原因就是太监们得到了皇帝的支持。而在正德年间，士大夫中出现了阉党，说明明朝的士风开始堕落了。
明代阉宦之祸酷矣，然非诸党人附丽之，羽翼之，张其势而助之攻，虐焰不若是其烈也。中叶以前，士大夫知重名节，虽以王振、汪直之横，党羽未盛。至刘瑾窃权，焦芳以阁臣首与之比，于是列卿争先献媚，而司礼之权居内阁上。
荒淫玩乐的武宗死了，因为武宗无子，孝宗又没有别的儿子。给士大夫们出了个大难题。只好让武宗的堂弟，兴献王之子朱厚骢承继大宝。但随着世宗的即位，又出现了一个新问题。就是后来大礼议，大礼议之争持续了20多年，拉开了明朝党争的序幕。在明世宗之前，小宗继承皇位最后都要入继大宗。所以杨廷和等大臣们要求世宗称孝宗为皇考，兴献王为皇叔考时，在封建伦理上是合理又合法的，但对明世宗来说，确实有些不合人情。况且朱厚骢又是一个爱面子的人。世宗刚刚即位，皇位还不稳，只好和杨廷和等达成妥协，称孝宗为考，兴献帝，兴献后为本生父母。杨廷和也因此被世宗批准致仕。
嘉靖三年（1524年），礼议派（都是些低级别，想出人头地的官员）桂萼、张璁支持世宗要求将本生父母的本生去掉。这回大臣们不干了。200多位大臣跪在左顺门要求世宗收回成命。世宗两次派太监传旨让大臣们回去。但大臣们要求皇帝收回成命，才肯离去。世宗大怒，下令将要君的大臣们下狱。并且对其中的部分官员施以廷杖。
廷杖打断了士大夫的脊梁，也使大礼议顺利通过。兴献帝先是被上尊号为皇考恭穆孝皇帝，不复言本生。又尊孝宗为皇伯考。开始兴献帝未入太庙，嘉靖十七年（1538年）又尊为睿宗，祔于太庙。后人说，明季士大夫以受廷杖为光荣，此说如属实，对皇帝和士大夫们来说都是悲哀的，以受廷杖为荣，岂非有沽名之嫌啊。也可以说是病态社会的病态心理。世宗和议礼派取得胜利后，继续打击反对派。一批反对派的官员们都被解职，代之以议礼派的官员。大礼议的影响很大，后来的李福达案，本是铁证如山，但世宗就认为是反对议礼派陷害议礼派的郭勋，命桂萼，张璁重审，桂、张借机打击异己，翻案成功，将处理此案的官员杀的杀，戍边的戍边。
本来世宗朝是明中叶以后唯一没有宦官为乱的时期，但世宗的刚愎性格使大臣们吃了不少苦头。世宗最恨言官。有明一代，虐杀大臣最多，其中尤以太祖、成祖、世宗和崇祯最多。世宗朝首辅更迭频繁，阁臣为争夺首辅之位，也互相倾轧，而世宗也有意识地对大臣们采取了拉一派打一派的做法。夏言排挤张璁，严嵩逐走夏言，徐阶挤走严嵩，大臣们钩心斗角愈演愈烈，但不管谁当首辅都要媚上，讨得世宗的欢心。明世宗喜欢修道，所以总要士大夫们写些青词（就是祭祀用的）。夏、严、徐三人都是善于写青词，被人戏称为青词宰相。嘉靖的45年皇帝生涯结束了。隆庆一上台，就开始给世宗枉杀的大臣们平反，隆庆时期，实际上还是延续嘉靖朝的首辅之争，隆庆在位6年，徐阶、高拱、李春芳各当了两年首辅。
明朝士大夫和宦官的分野在正德年间已经不甚明显，但了天启年间，士人和阉人已成同流合污之势。
明朝自正统以后，因为皇帝多为庸碌，长期依靠的是文官集团的积极运转，但经过天启年间的阉党之乱，留给崇祯的是一个无能、贪污、迂愚、空谈、怕死腐败的文官集团，可以说晚明的士大夫阶层的堕落虽非全部，但实属整体性堕落。虽然有个别的为国为民的书生，但也于事无补。
李自成进北京后，为明朝殉国而死的大臣只有21人，对比靖难之变那场朱明家族内部的权力斗争，尚有800多人为建文帝而死。21对800，相差是何等之大。大多数明臣是先降农民军，再排队去降清，随后南明那几个小朝廷，也因为内部争权夺利，相继被清所灭。
东林党：正义的堡垒
从历史上看，东林党并不是一个政治团体，更不是一个“党”，所谓东林党实际上是政敌把它诬为“朋党”之后的一种称呼。历代朝廷大臣权贵，凡是要攻击政见不同者，往往攻击为“朋党”，由此引起党争，酿成党祸的事情是很多的：东汉的党锢之祸，唐代的牛、李之争，北宋的新旧两党，以及此处要说的明代东林党争，都是比较重大的党争党祸。
东林党与阉党的较量
东林党人因东林书院而得名。万历三十二年（1604年），顾宪成等修复宋代讲学的东林书院，与高攀龙、钱一本等讲学其中。顾宪成、高攀龙等在书院讲学的八人，被称为“东林八君子”。
东林讲学之际，正值明末社会矛盾日趋激化之时。东林人士为匡正时弊，讽议朝政，评论官吏，既有鲜明的学术思想见解，又有积极的政治主张。他们要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时社会的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的强烈反对。
两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的党争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为东林党而加以无端攻击诋毁。这就是东林党的来历。
明末党争中，东林党的主要对手是齐、楚、浙党。双方从争国本开始，以三案（梃击案、红丸案、移宫案）为余波，相持不下。
天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星、礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人的支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察等大权全都被东林掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量，《明史》记述此时：“东林势盛，众正盈朝。”按理说，这是他们治理国政的最佳时机。然而此时，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到了不可调和的地步。
“阉党”是以魏忠贤为核心人物的宦官集团。熹宗不喜欢管理朝政，只喜欢木工，经常沉溺于此，毫不厌倦，而魏忠贤总是等熹宗做木工的时候故意拿出一大堆奏章出来让熹宗批阅，而熹宗这时总是不耐烦地让魏忠贤去处理。
时间长了，朝中大小事务都要先请示魏忠贤，魏忠贤也就执掌了朝政大权，被东林排斥的齐、楚、浙诸党争相依附形成了强大的力量。魏忠贤排斥异己，收罗爪牙，建立了遍布各地的特务网络。只要说了魏忠贤坏话，就很容易招致杀身之祸。朝中巴结魏忠贤的人也越来越多，魏忠贤也被人称为“九千岁”。
作为一个宫内的宦官，魏忠贤完全清楚自己的处境：并非前朝大臣没有任何功绩，只是凭着自己对皇帝的谄媚才获得一人之下万人之上的地位，所以要巩固自己的权威，就一定要利用御史，让他们成为自己的爪牙。
当时，许多朝臣和魏忠贤结交，有的不惜屈膝求荣，甘愿成为他的义子。但当时朝野颇具盛名的东林党人却丝毫不买他的账，还连连上表要求皇帝处治他。东林党人周宗建上疏给天启皇帝，指出魏忠贤的不忠不贤。这道上疏长达千余字，全篇挥洒淋漓、字字充满正气，尤其是指斥魏忠贤弄权误国的那句“千人所指，一丁不识”，让所有阅读过这篇奏折的人都深为震撼，连魏忠贤本人见到这句话都大惊失色，出了一身的冷汗。
这道上疏，标志着东林党人与魏忠贤的对抗从一般的朝野议论发展到政治上的水火不容。魏忠贤当然不甘示弱，他一面布下爪牙暗中监视东林党人，一面通过自己在宫内的关系向皇帝告状，说大臣们藐视朝廷，借指责他魏忠贤来影射天启皇帝昏庸无道。
天启皇帝朱由校本人性格比较懦弱，而且懒散不喜处理朝政，加上他对国家情况的一无所知，所以他很轻易就相信自己身边的亲信，把政务基本都交给他们处理。他的乳母客氏与魏忠贤早有勾结，他们合力阻塞皇帝的视听。皇帝对外界的了解，基本都是他们和他们的手下所作的汇报，让皇帝也失去了判断是非的能力。尽管如此，天启皇帝听说那么多大臣反对一个宦官，虽然不知道整件事情的来龙去脉，还是觉得很奇怪，也没有马上作出任何处理，只是象征性地将上疏的周宗建罚俸三个月，想以此平息事端。
但是东林党人没有就此罢手，而是希望皇帝能够彻底查办魏忠贤。于是，左副都御史（御史机构的副长官）杨涟也上奏章揭发魏忠贤的罪行。他在奏章中陈说厉害，指出了魏忠贤的二十四条主要罪状，有理有据，不容置疑。在他上奏之后，东林党人纷纷上疏给皇帝要求惩办巨奸魏忠贤，短短数日之中，就有一百多道上疏。
魏忠贤得知东林党人上疏的消息，十分恼怒，他收买了刺客去刺杀杨涟，但杨涟临危不惧，令刺客为之感动，毅然放弃了杀害杨涟的任务。于是，魏忠贤只好再次在皇帝面前搬弄是非，请求天启皇帝为他做主。
被虐杀的正义
魏忠贤及其党羽给东林党人安上了一个结党营私藐视朝廷的罪名，而且也言之凿凿。皇帝被他们蒙蔽已久，对魏忠贤也是百般安抚，于是下令将三百余位东林党人或免官，或夺回封号，或禁锢终生，剥夺了他们参政议政的权力。之所以没有将他们就地正法，是因为皇帝觉得杨涟等人还算忠臣，而且也听到过一些杨涟等人的事迹，不想草菅人命，加上天启皇帝天生懦弱，怕真的有阴司地狱的报应，所以对杀头的事情能免则免。
天启四年（1624年），被贬官的东林党人杨涟和左光斗离开京城准备回乡。谁知魏忠贤又设下一道奸计，他借熊廷弼事件，想查处东林党人贪污受贿的证据再制造罪名。可是结果令魏忠贤大为失望，杨、左二人离开京城时，行李物品甚少，也没有什么值钱的家当，简直和普通的游人差不多。但魏忠贤岂能善罢甘休，命令手下将已经回乡的左光斗、杨涟、周朝瑞、袁化中、顾大章、魏大中等人逮捕，押解到京城审讯。
这些东林党人被送到北镇抚司审问。北镇抚司向来以酷刑逼供著称，这次接到了魏忠贤的指令，更是对杨涟等人大刑逼供，要求他们供认出自己贪赃枉法收受巨额贿赂的罪行，并责令他们在限期之内交出赃款赃物。这些人都以清廉为世人所称赞，贪污受贿的事情原本就是捏造，但公堂之上是不容争辩的，如果不承认自己有罪，就要严刑拷打，如果承认自己确实贪赃枉法，就要交出一大笔所谓的赃款，也是他们根本交不出的。这几个人就在北镇抚司经受了多日的折磨，审讯中，周朝瑞、袁化中、顾大章几人被棍棒活活打死。
看到奸佞当道、贤良受诬的事实，杨涟悲愤不已，在公堂上对同时被逼供的家人说：“你们回家之后，告诉我的孩子们，不要读书，读书是对谁都没有用处的！”但这番气话救不了他们，东林党人要求释放他们的上疏也被魏忠贤扣下，皇帝并不知晓。
于是杨涟和左光斗、魏大中私下商量：“照现在的情形，如果我们不承认他们所问的罪状，肯定会被打死，那样我们的冤屈也永远不能昭雪了，我们不如先招供，以此作为权宜之计，等到离开这里，将案子交给法司定罪的时候，我们再行翻供，并在公堂上说出魏忠贤对我们严刑逼供、残害忠良、打死我们同僚的事情，法司有我们的好友，一定不会冤枉我们的。”
杨涟的想法，如果是在政治清明的时代，一定是行得通的，因为按照明朝的律法，审讯得出的结果最后都要交给法司定罪发落。而且，他作为御史机构的副长官，对国家的办事程序严格遵守，相信像他们这样二品大员的案子皇帝不会不过问的。左光斗和魏大中听了杨涟的建议，也觉得可行，然后三个人就分别招供了自己“贪污受贿”的罪行。
但是，魏忠贤不会给他们任何的机会翻供。他们招认之后，就要求他们马上交出赃款，可是这三个清廉如水的大臣根本没有那么多钱，于是魏忠贤就指使审讯者严刑逼问三人究竟把赃款藏在哪里或者用到何处了。三人越是说不出，动用的大刑就越残酷，这时他们才知道自己已经没有生还的机会，便傲然领死。
最终，他们被公堂上的棍棒打死，死状惨不忍睹。杨涟死后，用刑者还怕他装死，又用铁钉贯穿了他的耳朵，用沙袋压在他身上，三天之后才上报说杨涟拒不交赃而受刑死去，当时他的尸体已经溃烂流出脓血了。魏大中则在死后六天才从牢中拖出尸体，遗体已经腐烂，蛆虫遍布全身。
魏忠贤用这样残忍的行为向东林党人示威，但东林党并未退缩，而是更猛烈地抨击朝政、揭露他的丑行。他便继续搬弄是非，令天启皇帝相信那些东林党人依旧在攻击皇帝，便拆毁了江南的多处书院，杀害了大批的东林党人。
东林党人的悲剧在于，他们认为士大夫的天职就是惩恶扬善，大臣的天职就是辅助君王“亲贤臣，远小人”，但是丝毫没有想到作为朝中的大臣，他们如果和皇帝所宠信的宦官作对，就难以保全自己的身份，甚至生命。党争，哪怕是自己站在正确的立场上，也需要付出代价，有时候是身家性命。
天启六年（1626年），魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升七人，史称“后七君子”。东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。
曾经掌握朝政的东林党，在短短四年后就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，主要是由于他们在掌握政权的时候坐失良机。作为当权的群体力量，他们没有尽快拿出一套行之有效的治国方案，又对阉党丧失警惕，提出了一个“笼络群阉”的错误政策，姑息养奸，试图劝告魏忠贤不要干政，这显然是没有用处的。
面对着日益强大的阉党，他们不用武力做后盾，在阉党步步进逼的时候，一味息事宁人，妥协退让。所以很快丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭，成为千古冤案。
明崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团。同时昭雪平反东林党人冤案。并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久袁崇焕被捕治罪，东林党人又被迫退出内阁。
从表面上来看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，保证了当权者的权位，是统治者的胜利，但是这对王朝而言与其说是凯歌不如说是挽歌。像东林党人这样不惜一己安危，用自己的信念和道义来扶持王朝，挽救世道，最后却被他们所信任和效忠的统治者所屠杀。一个封建王朝到了靠屠杀忠臣以维持一时的所谓“稳定”时，这个王朝的末日也就来临了。
谁消磨了明朝的元气
很多人认为，明朝的灭亡，在于崇祯杀掉了袁崇焕。不过，只要仔细分析，就可以看出，在明末的党争中，袁崇焕杀掉毛文龙，也是大损明代元气的不智之举。
边防重臣毛文龙
毛文龙，浙江杭州人，年轻时穷困潦倒，学麻衣相术，摆测字摊，替人看相谋生。后来，他浪迹江湖，来到山海关外边塞，度过二十多年行伍生涯；天启元年（1621年）被友人引荐给辽东巡抚千化贞，成为标下游击。
后金攻陷辽阳，他从海道遁回，乘虚占据鸭绿江边的镇江堡，升任副总兵。镇江堡被后金攻陷后，他率部撤往鸭绿江口近海的皮岛，随后晋升为总兵。
皮岛也称东江，东西十五里，南北十里，与鸭绿江口的獐子岛、鹿岛构成三足鼎立之势，地理位置居于辽东、朝鲜、山东登莱二州的中间，号称孔道。
在后金窥视辽东的形势下，这个地区对于明朝是极具战略价值的。毛文龙登岛后，披荆斩棘，筹备器用，召集流民，通行商贾，南货绸布，北货参貂，挂号抽税，不过几年皮岛就称为东江雄镇。
毛文龙军势大增，拥兵十余万，并趁努尔哈赤专注用兵于西线之时，不停地由东线侵袭辽东半岛，先后收复了宣川、定州、龙川、铁山、满浦、三山等十余座城池，使后金的东线受到了巨大的压力，后方无法得到安稳，很多后金大臣都认为“毛文龙之患当速灭耳！文龙一日不灭，则奸叛一日不息，良民一日不宁。”由此可见，东江毛文龙已成为了满金的“腹心之大患”。
天启三年（1623年），毛文龙与部下计议：辽东要地唯金州（即金州卫，今金县）南通旅顺口，北至三年坝，西通广宁，东可收复大地。如果占据此城，陆路可以遏制后金骑兵，水路可以前往登州运粮。使率部将张盘等攻下金州，命张盘驻守金州，自己仍退回皮岛，互为犄角之势。由于此战告捷，朝廷晋升毛文龙为左都督挂将军印，赐尚方剑，确认并扩大他发镇皮岛的事权。
当时朝廷上下都以为毛文龙在海外有牵制努尔哈赤军队的功劳，从《明熹宗实录》可以看到，兵部的估价是：毛文龙灭奴（按：指努尔哈赤）不足，牵奴则有余：工科给事中杨所修的估价更为具体：东方自逆奴狂逞以来，唯一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘掖间撩动而牵制之，奴未出老巢则不时攻掠，以阻其来；奴离窥关则乘机捣袭，以断其后。因此天启皇帝在谕旨中多次称赞他：“多方牵制，使奴狼狈而不敢两顾。”
毛文龙以明朝封疆大吏的身份，在皇太极继位后与之多次联系，相约和好，以维持边界安定。由于他的这种独特地位与作用，崇祯皇帝即位后，继承先帝对他的优容方针。然而朝廷中也有一些大臣以为毛文龙拥兵跋扈，千方百计对他加以掣肘。毛文龙对于自己势处孤立，动遭掣肘，向皇帝表示不满。
崇祯皇帝对他劝慰有加：毛文龙本以义勇简任东江，数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩！
后来，袁崇焕受到重用，而毛文龙也在不知不觉中被冤杀。
忠臣的良将的党争
袁崇焕与毛文龙素有积怨，这是尽人皆知之事，就连后金也了解得一清二楚，《清史稿·太宗本纪》中便说道：“崇焕素弗善毛文龙”。自崇祯起用袁崇焕为蓟辽督帅，毛文龙的处境便日益艰难。
明末的党争是空前惨烈的，言官的攻讧更是无处不在，很不幸的是，毛文龙一开始就站错了地方，他与阉党靠得太近了，后来为报王化贞的知遇之恩一再上疏说项，更招清流所忌。那些言官对毛文龙的弹劾更是从没间断过。他们的一个主要论据，就是说毛文龙浪费了很多的军饷。
毛文龙真的糜饷无数吗？袁崇焕杀毛之时就说道：“每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩”，真是欲加之罪，何患无辞。
谁也不相信毛文龙有十多万军队，那些苦寒的海岛哪里会有那么多士卒？包括袁在内几乎所有的官员都不相信，可是事实恰恰相反，毛文龙一点也没吹牛，他真的有那么多的士兵。
毛文龙的东江军大多数都是从河东难民改编，虽然数量庞大，但真正可战之兵只得四五万，其余的都是些屯田军，说白了就是穿着军衣的农民，没有半分战斗力可言。这些屯田军主要分布在朝鲜，如义州、安州、黄州等地耕种朝鲜划出的军田。
对于收容这十几万难民，毛文龙也是迫不得已之事，这些辽东百姓不愿做后金的奴隶离开故土，又身无长物，若不收留他们，恐怕大部分都得饿死异国。把他们编入军队，他们就能耕种朝鲜人划出来的军田，就能有口饭吃。难道那些宁可流离失所也不愿做奴才的大明百姓不值得救济吗？
亲自巡视过东江军力的给事中王梦尹和编修姜曰广，也说东江有兵十六万。可以肯定地说，姜曰广是很清楚这其中的缘故的，毛文龙是不可能有那么多士兵的，但为了那些可怜的难民，十六万是最低的数字了！十六万军队，每年一百二十万两军饷，这已经是很低的了，实际上最后能到毛文龙之手的只得四十万。跟袁崇焕那四百八十万两相比，真是天差地别，没人相信毛真的有那么多军队，再加上朝廷常常拖欠军饷文龙亦常催饷，“朝臣多疑而厌之”。
为了彻底查清楚东江有多少兵，崇祯元年（1628年）四月初四，崇祯派内臣黄中色至东江核查兵数，单单皮岛一地，“逐名点查壮实堪战者三万六千余名”，“云从、铁山、昌城、满浦、獐鹿、长山、石城、广鹿、旅顺诸地，”“各地精壮兵丁者合计十五万余”。可后来袁崇焕死活不肯相信，坚持按二万八千人的编制发军饷，十多万士卒，二万八千人的军饷，你叫东江怎么活？最为讽刺的是，后来袁杀毛之后自己清点东江士卒，也承认东江兵远不止二万八。
户部以为毛文龙虚冒军饷，派员前往核实，意欲裁减军饷。毛文龙上疏皇上，认为这是把皮岛一地兵员作为他辖境诸岛兵员总数，太昧良心。崇祯皇帝也不同意户部这种做法，在给毛文龙的批复中说，毛文龙辖境，辽民避难，屯聚海岛，荷锄是民，受甲即兵，不能与内地一概而论。他鼓励毛文龙乘机奋勇，著有显效，准得以糜饷为借口。
显然，皇帝不赞成以糜费军饷的口实对毛文龙进行钳制，而主张对远在海外孤军奋战的毛文龙采取特殊政策，不妨在军饷方面稍许宽松一点，以激励其奋勇报国之心。何况，毛文龙为了应付皮岛等岛屿以及金州驻军的开支，除了朝廷固定军饷外，还从经商收入中每月拿出白银十万两尽充军饷。因此崇祯皇帝所说“准得以糜饷为借口”是言之有理的。但是，新任督师蓟辽兼登莱天津军务袁崇焕却不如此看问题。
袁崇焕以钦差大臣出镇行边督师，毛文龙毫无疑问在他的节制之下。在离京前，他与内阁辅臣钱龙锡谈到平定辽东事宜时，并不把收复失地摆在首要地位，而是明确主张“先从东江做起”，集中精力对付毛文龙，所采取的基本态度又是非常冷酷的：可用则用之，不可用则杀之。
作为钦差督师的下马威，首先在经济来源上卡住毛文龙，迫使他就范。在这种背景下，他中严海禁：不许登州一船出海，凡运往东江（皮岛）的物资装备，一概由宁远近海的觉华岛（今菊花岛）经由旅顺口转运至东江；而先前由天津所运的粮料，也改由觉华岛起运，必须经督师衙门挂号方许出海。
这一举措不仅控制了毛文龙粮饷装备的供给渠道，而且切断了他海上贸易的命脉，无疑给毛文龙致命一击。崇祯元年（1628年）十月，朝廷欠东江军饷达四十四万之多，后来虽有部分粮饷解至，但仍欠军饷二十万两。到了崇祯二年（1629年）三月，军饷转至宁远转发，军粮每年应“津运十万，所至止满六七万，余俱报以飘没。”军粮只得七成，军饷更没一两解至！士卒“士皆菜色，马匹甲胃器械全无！”
《明史记事本末》有这么一句话：“朝廷大臣视东江为赘疣，屡断饷道！”真是闻者惊心，这个大臣到底是谁？再加之登州禁海，交通贸易往来断绝，东江军士悲愤地说：这是拦喉切我一刀！“拦喉切我一刀”，道出了毛文龙对袁崇焕的看法。崇祯皇帝对此没有表态，他有他的难处。毫无疑问，他是信任毛文龙的，他甚至连毛的天子剑也没有收回。因为他任命袁崇焕为督师时，已经授予他尚方宝剑，可以全权处置蓟辽及登莱天津一切事宜，当然包括东江在内。
在崇祯眼中，毛文龙是一只牵制袁崇焕的棋子，二者的矛盾肯定是有的。毛文龙见皇上没有表态，再上一疏，倾诉他孤撑海外的苦衷：责臣虚冒军饷，是朝臣终于未明，而使臣心终于不白。并非臣冒领军饷贪图金钱，只不过力图恢复辽土。臣一介末弁，孤处天涯，曲直生死唯命是从，岂敢哓哓取憎？实在是文臣误臣，而非臣误国。毛文龙似乎已经预感到将要发生的祸变，所以对皇上慨乎言之：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私愤，操戈矛于同室——这是他对袁崇焕此番督师的总体评价。
“将江山而快私愤，操戈矛于同室”，看来并非耸人听闻之词，因为毛文龙讲此话时已经离死期不远。事实就是如此。令人费解的是，袁崇焕受命督师辽东，为何不调动一切力量一致对外，而要同室操戈呢？崇祯皇帝只好充当和事佬，因为他已经承诺只要袁崇焕实现“五年复辽”的大计，一切可以便宜从事，朝廷不加掣肘，所以他只得淡淡地答复毛文龙：军中一切事宜，当从长商榷。
这位皇帝无论如何没有料到，时隔不久毛文龙就身首异处，再也无法“从长商榷”了！
党争式谋杀：毛文龙之死
袁崇焕杀毛文龙是有计划有预谋的，他在杀毛之后报告说：“自去年十二月，臣安排已定，文龙有生无死矣！”可见袁崇焕要杀毛文龙早已成为定局。他先前所说“可用则用之，不可用则杀之”，前半句不过是一个幌子。“入其军斩其帅，如古人作手”才是袁崇焕所追求的。进士出身的袁崇焕毕竟比行伍出身的毛文龙工于心计，而且督师的官衔和权力也使他处于主动地位，精心策划了一个圈套，让毛文龙来钻。
为了麻痹毛文龙，他一边凑发十万两军饷，以缓解毛文龙的怨气；一边以面授方略，商议东西夹击的军事计划为名，邀请毛文龙离开皮岛赶赴三岔、旅顺间。据日后袁崇焕自己在《蓟辽督师袁崇焕题本》中声称：“凡此，皆愚之也，（毛）文龙果堕彀中。”对大明忠心耿耿的毛文龙，至死都没有识破督师大人算计他的圈套，还特地赶到宁远去参见袁督师，表示对于顶头上司的礼节。
袁崇焕为何不在宁远自己的地盘将毛文龙擒杀？那是考虑到毛的部下不能亲眼目睹，恐怕激成事变而负隅顽抗，残局反而不好收拾。他决定深入海岛，到穴中擒虎，便与毛文龙约定，在双岛再次会晤，兼带检阅东江官兵。
崇祯二年（1629年）五月二十九日，袁崇焕抵达距旅顺口陆路十八里水路四十里的双岛，次日毛文龙从皮岛赶来，双方拜会与回拜，礼尚往来，丝毫看不出有何异常。
六月初三日，袁崇焕弃舟登上双岛检阅军队，毛文龙率东江将官列队欢迎。次日，毛文龙设宴为督师大人接风。席间，两人密谈至晚间，袁督师要毛帅交出兵权告老还乡，毛帅则反唇相讥，大有此地舍我其谁的意思。
六月五日，袁崇焕在双岛召集毛部将士，犒赏随毛前来的三千五百人。毛文龙进入袁崇焕营帐面谢，袁崇焕要将官们也进来，逐个询问姓名，不料都说姓毛，毛文龙在一旁解释：俱是敝户小孙。
袁崇焕说：“你们那里都姓毛，是出于不得已。这样好汉人人可用，我宁远前线将官有许多俸禄，士兵有许多粮饷，仍然不能温饱，你们海外辛苦，俸禄不足以养家糊口，情实酸痛。你们受本部院一拜。为国家出力，自后不愁无饷。”
这一席话既有同情又有煽惑，不加掩饰地流露了要收拾毛文龙，整编其军队的意思。眼看时机成熟，袁崇焕便单刀直入向毛文龙兴师问罪：本部院与你谈了三日，只道你回头是迟也不迟。那晓得你狼子野心，总是一片欺诳，到底目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂容得你！
不容毛文龙申辩，袁崇焕立即当众宣布毛文龙十二条当斩之罪：一、九年以来兵马钱粮不受经略巡抚管核；二、全无战功，却报首功；三、刚愎撒泼，无人臣礼；四、侵盗边海钱粮；五、自开马市，私通外夷；六、亵朝廷名器，树自己爪牙；七、劫赃无算，躬为盗贼；八、好色诲淫；九、拘锢难民，草菅民命；十、交结近侍；十一、掩败为功；十二、开镇八年，不能复辽东寸土。
即使袁崇焕所说全是事实，这十二条中也只有二三条够得上称为罪状，其余各条大多为官场和军队的通病，并非毛文龙所独有，如果以此定“当斩之罪”，那么当斩的官僚、将领多得很，何必非斩毛文龙不可？
况且，毛文龙毕竟有牵制后金军队的功劳，这是令毛文龙和旁观者难以心服口服的，然而此时已经没有讨价还价的余地了。袁崇焕说完十二条罪状之后，面向京城方向请命：“缚文龙，去冠裳！”
一向桀骛不逊的毛文龙岂肯在自己的地盘就范。袁崇焕申斥道：你道本部院是个书生，本部院是朝廷一个首将。尔欺君罔上，冒兵克饷，屠戮辽民，残破高丽，扰登莱，尔罪岂不应死？接着向在场的毛部将士大声说：今日杀了毛文龙，本部院不能恢复全辽以还朝廷，愿试尚方（剑）以偿尔命。毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀？若我屈杀文龙，尔等就来杀我。
其实他早已命随行的参将布置停当，毛部将士已无反抗的可能。众将官相视失色，叩头哀告。毛文龙以为处死他是皇上的旨意，只得求饶：文龙自知死罪，只求恩赦。袁崇焕毫不松口：你不知国法久了，若不杀你，东江一块国土非皇上所有。说罢，朝西叩头请旨：臣今诛文龙，以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。结果，袁崇焕靠着崇祯皇帝所赐的尚方宝剑，把毛文龙“先斩后奏”了。
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