20世纪30年代初，傅斯年在阐述自己的史学思想的时候，提出了一个十分显明的但也很容易被人误解的纲领性口号——“历史学只是史料学”。后来他又用“史学便是史料学”，“史学本是史料学”表述这个口号。把史料学提到了与史学对等的地位上，这在中国史学史上是前无古人的。正因为如此，后来便有人称以史语所为代表的学术派别为“史料学派”，傅斯年也由此赢得了史料学派“旗手”和“舵手”的大名。研究傅斯年的史学思想，首先须对他的“史学只是史料学”的思想进行必要的分析和说明。
（一）中西史学思想的融汇
19至20世纪之交，随着社会矛盾、民族危机的加深和西方学术理论的舶来，中国史学领域中酝酿着一场史无前例的变革，传统史学走到了末路，一种用新观点、新方法研究、解释中国社会历史的新史学成长起来。新史学的主流，是由梁启超、王国维等人所倡导的实证史学。在20世纪最初的一二十年里，梁启超先后发表了《中国史叙论》、《新史学》等著作，痛陈传统史学的弊端，揭示倡扬新史学的精义。梁氏认为史学的功能在于“存真”，在晚年的著作中他提出建立“客观史学”的主张；在材料的运用上，他十分看重“文字记录以外”的史料。这是中国近代实证史学的嚆矢。中国近代实证史学的奠基者是另一位学精识绝的史学大师王国维。王氏具有深厚的考据学功底，又接受了西方近代的学术理论。尤其膺服西人“知识论上之实证论”，在治学方法上，提出了文物与文献互相释证的“二重证据法”。这就从学术理论和治学路径上为中国近代实证史学规定了方向。
傅斯年在北大读书时，梁启超的论著已印行多种，王国维用甲金文字解释文献、考证古史的文章也陆续发表。但作为国文门的学生，他关注的不是史学，而是文学，乃至哲学。就连王国维发表于1917年的《殷周制度论》、《殷卜辞中所见先公先王考》及《续考》等备受后人推重的论著，他似乎也没有留意。在当时，对他的学术思想取向产生巨大动荡力的是中国近代实证史学的另一位重要人物胡适。从学术理论的层面来看，胡适一生最重视的是“科学的方法”。他的“科学的方法”的精髓，一是历史演进的观点，二是审定材料的手段。他在20世纪20年代初提出了用“科学方法”整理国故、研究古学的几个原则：
第一，用历史的眼光来扩大国学的研究范围。第二，用系统的整理来部勒国学研究的资料。第三，用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释。
傅斯年的史学思想受胡适的影响是世人皆知的，他自己曾说，在北大读书时，对他“影响最多”的是胡适。所以，尽管后来胡适把傅斯年称作是自己“最好的诤友和保护人”，但傅斯年对这位仅比自己年长5岁的同辈人却“总自称学生”，执弟子礼甚恭。应该说，无论在知识取向上，还是在治学方法上，胡适均堪称是傅斯年的启蒙导师。
在“五四”新文化运动中，傅斯年接受了西方舶来的政治、伦理思想，表现出强烈的反传统的叛逆倾向，但是由于自幼受到系统的中国学术思想的教育，加上北大国学大师们的浸润诱掖，传统考据学仍旧受到他的青睐。他盛赞清代朴学是客观的、归纳的、经验的、怀疑的学问，“很有点科学的意味，用的都是科学的方法”，认为有些学问，“非借朴学家的方法和精神做不可”。他重视史料整理，认定中国的人类学、考古学、社会学、语言学等材料十分丰富，在世界上“占个重要的部分”。
傅斯年的学术思想在中华学术的沃土上萌生、成长，受到西方学术思想的雨露浸润而发展壮大。在留学德国的几年里，他对比较语言学产生了浓厚兴趣，同时也接受了曾垄断欧洲史坛的历史语言考据学派的观点。历史语言考据学派又称实证主义学派，其创始人是德国著名史学家朗克，所以又被称为朗克学派。朗克认为，一切历史著作都是不可靠的，要明白历史的真相，只有穷本溯源，研究原始资料。他主张从语言文字入手，追寻史料的来源，鉴别史料的真伪；认为当事人或目击者提供的证据是最珍贵的，档案、古物一类的原始资料，乃是历史的瑰宝。治史者要持“不偏不倚”的态度，让史料本身来说话，只有这样，历史学才能变成科学。朗克学派的观点与中国的乾嘉考据学的治史宗旨、方法有许多相通之处。
经过长期的求索，傅斯年终于找到了西方学术与中国传统学术的联结点，求得了西方学术对中国传统学术的认同。于是，他决心将西方的学术理论移植于中华传统学术的沃土中，建设中国新的史料考据学。据在史语所工作过的学者说，傅斯年刚从欧洲回国时，曾宣称要建设中国的朗克学派。后来有人讽讥傅斯年的史学理论是拾朗克学派的牙慧，也有人说以傅斯年为代表的史料学派是“兰克（按：即朗克）学派在中国的分支”。这样的断语确当与否姑且不论，傅斯年的学术思想深受朗克学派的影响则是显而易见、无可置疑的。
中国是一个历史悠久的国家，历代遗留的史料十分丰富。古代学者虽然在史料鉴别、整理方面作出了很大成绩，但是他们的研究活动基本上局限于文献学的范围之内，而将文献之外的史料，如档案、简牍、金石刻辞、古器物、古建筑、雕塑、民俗、方物等等视为无用之物，摒于史料范畴之外。近代以来，虽然有的学者注重研究、利用新资料，但是由于政府不重视开发保护，学者个人无力收藏保存，随着交通的发达和现代工业文明的兴起，有些新资料流出域外，有些则遭到破坏，渐次毁灭。在这样的情况下，傅斯年抱着抢救中国学术资料的目的，提出“历史学只是史料学”的口号，动员组织一批优秀学者，建立起学术机构，对中国现存的各种学术资料进行广泛的搜求和系统的整理。可以说，傅斯年的“历史学只是史料学”的思想，是时代的产物，是中西史学思想交汇的产物。
（二）“史学的工作是整理史料”
傅斯年自1927年在中山大学《中国文学史》课堂上讲授“史料略论”，到1928年发表《历史语言研究所工作之旨趣》，再到三四十年代在北京大学讲述《史学方法导论》，发表《〈史料与史学〉发刊词》等文章，一再强调史学就是史料学。有的学者并未认真全面研究傅斯年对这个命题所作的分析和论述，只是望文生义，认定他把史学和史料学简单地等同起来，认为他的史学思想如同这个口号的字面意义那样简单、片面。其实，当你读过傅斯年的有关史学问题的全部论著，并对此作一番认真思考之后，就会发现，他的史学思想不是一两句口号所能包含得了的，这个简短的口号只是一个标识，它下面蕴涵着极其丰富的史学思想和深刻精到的史学见解。
在评析傅斯年“史学只是史料学”的思想内涵时，有几个问题是需要说明的。
第一，“史学的对象是史料”，这是“史学只是史料学”的第一要义，是傅斯年对于“史料”与“史学”关系的最基本的理解。他说：
史学的对象是史料，不是文词，不是伦理，不是神学，并且不是社会学。
历史这个东西，不是抽象、不是空谈……历史的对象是史料。离开史料，也许可以成为很好的哲学与文学，究其实与历史无关。
傅斯年之所以把“史学”的对象看作是“史料”，与他对于史学的定位有直接关系。他提出“以自然科学看待语言历史之学”，要把历史学建设成与“各自然科学同列之事业”，就是说，要把历史学变成科学。但是，一般意义上的历史学包括历史哲学、历史评论、史书编纂等等，在这些分支学科中，无法使用或无法全部使用科学的方法，照傅斯年看来，它们都不能成为科学，因此应该将它们从科学的史学中排斥分离出去。这样一来，他所说的史学，就不再是一般意义上的史学，而是狭义的史学了。
“史学只是史料学”的思想首先将史论和历史哲学从史学中排斥出去。他在《历史语言研究所工作之旨趣》中说“发挥历史哲学和语言的泛想”“不是研究的工作”。在《闲谈历史教科书》中说“以简单公式概括古今史实，那么就是史论，而不是史学”。在这里，他非常明确地将历史哲学、史论与史学区分了开来。
否认社会历史的发展过程具有规律性、必然性，认定“史学非求结论之学问”，追求“只求证，不言疏”的治学方法，将历史哲学和史论看作是空发议论的学问，这是傅斯年将历史哲学和史论从史学中排斥出去的主要原因。早在留学归国之前，他就已明确表示“我看历史上的事，甚不可遇事为他求一个理性的因。因为许多事实的产生，但有一个“历史的积因’，不必有一个理性的因”。他在得意之作《性命古训辨证》中也说：“历史无定例，天演非一途。故论史宜乎不可必，不可固也。”在《闲谈历史教科书》中他仍然重申：“历史上件件事都是单体的，本无所谓则与例”，历史上没有过两件完全相同的事，所以“归纳说是说不来的，因果是谈不定的。”在他看来，人们只能认识历史上的某些具体事物、研究历史上的某些具体现象，如果硬要取得一种规律性的认识，那必然是加入了个人的主观因素，必然失去客观性和科学性，这与他心目中的“科学的历史学”便格格不入了。所以他要将那些研究普遍规律、探求历史必然性的历史哲学和史论逐出科学史学的领域之外。
傅斯年把著史排除在史学之外，也是出于同样的原因。他说“著史每多多少少带点古世中世的意味，且每取伦理家的手段，作文章家的本事”。就是说，写作历史的时候，往往会像古人那样带有一些政治的功利，掺杂一些伦理观念，加入一些“传统的‘仁义礼智’和其他的主观”因素，在进行文字表述时，又不可避免地进行艺术加工，于是必然缺乏客观性、科学性，也就不是科学的历史学了。
应该指出的是，尽管傅斯年把著史排除在史学之外，但他并不反对著史。他认为著史必须从搜集处理史料入手，建立在科学的史料学的基础之上。他对司马迁推崇备至，是因为司马迁《史记》写有八书，资料大为扩展，“整齐异说”，对史料进行了抉择。他对《资治通鉴》大加赞赏，是因为司马光等人“遍阅旧史，旁采小说”，“能利用无限的史料，考定旧记”。而后代的学者不去扩充史料、鉴别史料，只取“伦理家的手段，作文章家的本事”，照着《史记》的旧公式，写作纪、表、书、传，这样的史书是没有价值的。傅斯年重视史书的写作，他本人写过《东北史纲》，曾计划写作明史，也曾著文谈怎样写作历史教科书。他也不反对使用艺术的手法写史，他提出写作文学史要“发乎考证，止乎欣感；以语学始，以‘波涛动荡’终”。他主张写作历史教科书要说明社会的、文化的发展阶段，启发人们的爱国心和民族意识，要增强可读性，引入“故事”、“传记”的艺术手法。总之，写作历史书应该以史料的搜求鉴别为起点和基础，但决不能简单地堆砌史料、排比史料。从傅斯年的许多论著中可以看出，他对著史的重要性深有认识，没有因为提高史料学的地位而贬低著史的意义和价值，没有把史料学看作是史学的唯一门类和全部内涵。
傅斯年在北京大学讲授《史学方法导论》时，曾将“史的观念”、“著史”、“史学”三者作了明确的区分；在《历史语言研究所工作之旨趣》一文中，也首先强调说“历史学不是著史”。显然傅斯年所说的“史学”乃是专指历史研究，不包括历史哲学、历史评论，也不包括史书的写作。所以，“史学只是史料学”这句话本意是说，历史学的任务只是整理与研究史料，因此它就是史料学。
将历史哲学、史论和史书写作全都排除于史学之外，那么“史学”这个概念中就只剩下了可以使用科学方法的史料处置学，于是他便顺理成章地作出“史学只是史料学”的结论。
第二，“扩张研究的材料”，这是“史学只是史料学”的第二要义，是傅斯年对史料与史学关系的又一理解。他在《史学方法导论》中说：
史料的发现，足以促成史学之进步，而史学之进步，最赖史料之增加。
他强调史料的扩充是史学进步的最重要的因素，《历史语言研究所工作之旨趣》中把扩张研究的材料作为学术进步的三个条件之一，就是基于此认识而提出的。他说，从司马迁到司马光，中国的史学之所以不断进步，那是因为他们能够使用各种各样的材料，“地方上求材料，刻文上抄材料，档库中出材料，传说中辨材料”。后来中国的史学所以不再进步，则是由于史料没有扩充的缘故，而今放着许多文物档案资料不加搜集整理，任其失散毁灭，却纷纷侈谈整理国故、保存国粹，这是无助于史学进步的。要扩充史料，关键在于突破文献记载的樊篱，利用自然科学提供的工具，“整理一切可逢着的史料”。他提出了一个令一般学者闻之翘舌而不能下的口号：
我们不是读书的人，我们只是上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西。
傅斯年强调全面搜集各种各样的材料，特别是搜集新材料。他指出，近代以来西方学术所以发展，是因为他们不仅仅依靠文献的记载，而是“动手动脚找新材料，随时扩大旧范围”。中国的史学要想进步，也必须在这方面寻求出路。他说：
我们要能得到前人所得不到的史料，然后可以超越前人；我们要能使用新材料于遗传材料上，然后可以超越同见这些材料的同时人。
新材料的发现与应用，实是史学进步的最要条件。
傅斯年提出了搜集史料的两个原则，一是“全”，二是“新”，这也是历史语言研究所史料搜集工作的信条。
第三，“史学的工作是整理史料”，这是“史学只是史料学”的又一要义，是傅斯年对于“史料”与“史学”关系的基本限定。他在《史学方法导论》中说：
史学的工作是整理史料，不是作艺术的建设，不是做疏通的事业，不是去扶持或推倒这个运动，或那个主义。
因为傅斯年认定史学的对象是史料，所以他必然作出“史学的工作是整理史料”的结论来。怎样整理史料呢？傅斯年强调要有客观的态度和实事求是的精神。他说：
使用史料第一要注意的事，是我们但要问某种史料给我们多少知识，这知识有多少可信，一件史料的价值便以这一层为断，此外不可把我们的主观价值论放进去。
又说：
我们反对疏通，我们只是要把史料整理好，则事实自然很明显了。一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。两件事实之间，隔着一大段，把他们联络起来的一切涉想，自然有些也是多多少少可以容许的，但推论是危险的事，以假设可能为当然是不诚信的事，所以我们存而不补，这是我们对于材料的态度；我们证而不疏，这是我们处置材料的手段。材料之内使他发现无遗，材料之外一点也不越过去说。
他的“照着材料出货”、“客观地处理实在问题”的主张，无论当时还是今天，都是治史料学者应该恪守的一项重要原则。
有人把傅斯年的“史学只是史料学”的思想说得一无是处，视之为旧史学的余毒，这是有失公允的。其实，傅斯年的史学思想是时代的产物，是史学发展的结果，无论是从理论上，还是从实践上来看，它在中国现代史学史上都有着重要的地位。
首先，傅斯年“史学只是史料学”的思想，纠正了中国传统史学之重视史书编纂，忽视史料搜集整理的偏向。他指出，中国史学界自古就有广泛搜求史料，精心鉴别史料，力图再现历史真实的优良传统。司马迁作《史记》，司马光写《资治通鉴》，清代考据学家们对史料的考订，都是这种优良传统的结晶。但是也有些史学家，不去采集史料，专门对于前人提供的第一手材料进行雕饰、润色和加工，然后撰写成史书，这就不是“客观的史学”。元朝、清朝政府“最忌真史学”的发达，以致采集整理新史料的优良传统日渐衰竭，编纂史书的风气日益昌炽，时至今日，不知多少人在那里“照着司马子长的旧公式，去写纪表书传”，搞“化石的史学”，也不知有多少人在那里“修元史修清史”，做官样文章。这样下去，真正的历史学是不会发达起来的。他提出，只有“由主观的哲学及伦理价值论变作客观的史料学”，“由人文的手段，变作如生物学、地质学一般的事业”，中国的史学才会进步，才有可能赶上世界史学发展的潮流。
傅斯年着力扭转史学界那种用个人主观意识曲解史实，依照伦理观念斫饰历史，按照政治需要写作帝王将相家谱、教科书的封建主义史学观点，使史学向着“存真”、“求实”的方向发展。由是观之，他的思想取向是正确的，有进步意义的。至于说用这种立意偏颇的口号去纠正旧的史学观念，难免有矫枉过正之失，容易走向另一个极端，这恐怕是他所始料不及的。
其次，傅斯年号召人们“扩张研究的材料”，“随时扩大旧范围”，拓宽了史学研究的领域，开创了史学研究的新局面。在“史学只是史料学”的旗帜下，傅斯年对历史学的外治作了狭义的界定，但同时也把历史学特别是史料学的内容作了充分的开拓。凡古往今来人们生活的一切遗存，不论是物质的还是观念的遗留，统统被当做史料看待：地下埋藏的古文字、古器物，地上遗存的庙宇建筑、石刻雕塑，文化史方面的民俗传说、观念信仰，民族学方面的各族语言文字，文献学方面的群经旧籍方志自不必说，凡档案、笔记、小说、戏曲、诗文、宗教典籍等等一切文字记录，全部纳入了史料的范围。这使人们对史料的意蕴有了新的认识，对历史研究的观念大为扩展，摆脱了千百年来由文献到文献的书蠹式的研究方式，开辟了一个个崭新的史学领域。他将上述理论贯彻到实践中去，邀请全国许多著名的学问家，组成历史语言研究所，在许多新的史学领域中进行了开创性的工作。安阳殷墟的考古发掘、清内阁大库档案的整理、民族学语言学方面的实地调查等等，所有这些成就，都是在傅斯年的扩张史料的史学思想指导下取得的。
再次，有人单从“史学只是史料学”这个简短的结论着眼，说傅斯年鼓吹史料至上，妨害了马克思主义史学理论的发展，扭偏了中国史学发展的方向。这种看法是不全面的。实际上，傅斯年的史学思想和马克思主义历史观虽然有相互矛盾的一面，但也有相互一致的方面。马克思主义史学理论比历史上任何一种史学理论都更加强调史料的重要性，更加重视使用直接的、原始的、可靠的和最大量的史料。它不仅不排斥史料学的发展，而且正是建立在近代史料学的基础之上的。在20世纪初中国史料学不甚发达的情况下，马克思主义史学在中国的发展受到一定的局限，当时人们只是一般地介绍历史唯物主义原理，一旦拿这个原理说明中国历史，解决社会历史问题，便遇到了很大的困难，其中主要的问题是史料不足。所以马克思主义史学家们没有忽视史料学的工作，而是把史料与理论放到了同等重要的位置上。他们动手搜集整理史料，也注意接受、使用现代史料学派、新考据学派的研究成果。如果我们不存偏见的话，应该承认，以傅斯年为首的现代史料学派是中国史学发展史上必然出现的学术派别，他们在史料搜集整理方面的卓有成效的工作，加速了史学科学化的进程，为马克思主义史学的健康发展作了资料方面的准备。
（三）理论局限
历史哲学、史论、史书写作和史料学是历史学的几个有机组成部分，它们之间有不可分割的联系。傅斯年硬是把前三者从史学中分离出去，把它们和史料学对立起来，这就不可避免地走入一个理论的误区，并导致他的史学理论与史学实践之间出现矛盾。
傅斯年将历史哲学、史观、史论看作是“空论”、“简单公式”、“主观价值论”，进而否定其在史学领域中的地位及其学科价值。事实上，无论哪一种学问都无法脱离作为世界观、方法论的哲学思想的指导，这是不以人们的好恶为取舍，不以人们的意志为转移的。傅斯年对历史哲学、史论取否定或存而不论的态度，但是在他的学术言论和论文著作中，处处反映出他的历史哲学思想和史学观点。他否认历史发展的规律性，认定史料学是科学而将史学的其他分支均排除在科学之外，这本身就是一种历史哲学、一种历史观念。翻开他的史学论著看看，谈论史观、发表史论的文字比比皆是。比如他在《历史语言研究所工作之旨趣》中说司马迁写作历史的“若干观念比十九世纪的大名家还近代些”，说欧阳修的《五代史》、朱熹的《通鉴纲目》“代表中世古世的思想”，提出反对“国故”这个“观念”，如此等等，无异是在发表历史哲学和史学评论的演说。在《闲谈历史教科书》中，他提出中小学开设历史课的意义是增进学生对于“人类”及“人性”的了解，“借历史说明生命界最近一段的进化论”；“借历史事件做榜样，启发爱国心，民族向上心，民族不屈性”，说明“文化演进之阶段”。所有这些，都是属于历史哲学、历史评论、史学评论方面的问题。
傅斯年把史料学作为历史研究的重要对象和逻辑起点，这是无可非议的，但是他把史料学的地位提高到不合适的高度上，认为历史学科里唯一可以称得上科学的是史料学，历史学的功夫全要看处理史料的能力如何，于是在史学研究中不可避免地出现重史料轻理论、重考据轻思辩的倾向。在这种学术思想的指导下，史学家们仍承袭清人的治史风气，专门在个别的、具体的问题上下功夫，不能够全面地、历史地看待社会的发展，不能够写出贯通古今的历史著作。而且在研究具体的史学问题时，也往往不能置之于整个历史发展的进程或特定的历史环境中加以考察，以至陷入繁冗琐细的考证中，难以发现历史事物、现象的内在的、本质的特征及其联系。
“要科学的东方学之正统在中国”
（一）走出疑古的误区
“五四”时期，傅斯年治学的路向是用近代科学的观点、方法研究中国学术，从而寻绎某些“有系统的”、有规律的东西。他说：
把我国已往的学术，政治，社会等等做材料，研究出些有系统的事物来，不特有益于中国学问界，或者有补于“世界的”科学。
他强调说，“国故是材料不是主义”，“研究国故必须用科学的主义和方法”。他反对在训释古籍时只罗列材料而无心得，说“凡谈故训，当以条理为先，发明为要，并不贵乎罗列群书，多所抄写”，“大凡著述之业，有得则识之，无得则缺之，不烦广抄多写，成其博异。”他批评谢无量的《中国大文学史》只是一部“材料书”，“里面通是抄写的，不曾丝毫消化得来。”可见当时他对于学术的定位是，以“科学的主义”作指导，使用“科学的方法”，研究分析各种材料，从而发现某些“系统”的事物，找出某种规律。
基于这样的指导思想，他在“五四”时期很少作具体、微观的研究，大都是宏观的通论。或比较东方西方之差异，或纵论古往今来之变迁。他在《中国历史分期之研究》一文中提出，凡以时间变迁为基本线索的学科，在研究过程中皆应“分期别世，以御繁纷”，“察其递变之迹，然后得其概括。”他提出“以种族之变迁升降为分期之标准”，在每一具体的历史时期中，又分别以“政治变迁”、“风俗改易”、“种族代替”为标准划分作若干历史阶段。他讨论文学革命的有关问题时，同样把文学的发展演进作了阶段的划分。他虽然对王国维的政治态度予以激烈的抨击，但对他的《宋元戏曲史》一书仍大加赞扬，原因在于这部书不仅取材富瞻，更可贵的是它“条贯秩然，能深寻曲剧进步变迁之阶级”。
1920年到达欧洲以后，傅斯年的治学方向发生了大转变。他认为在北大预科和文科国文门学习6年是误入歧途，说自己“受国文的累已经不浅”，一成“文人”，“便脱离了这个真的世界而入一梦的世界”，甚至把“性情都变了些”。当时他对于文学已不感兴趣，甚至认为中国文学的教育和熏陶把自己引入了治学的误区。他到伦敦大学后，选择心理学作为主攻方向，并打算“以此终身”。他曾在笔记本上写道“不要唐吉诃德主义”、“不要哈姆雷特主义”、“不要中了（小说家）哈代的毒”。他在极力告诫自己，要摆脱文人富于空想的积习，不要进入“梦的世界”。从根本上否认了自己在中国史学方面的造诣和成绩，就连原来最感兴趣的哲学，在他心目中的地位也发生了变化。
1923年夏入德国柏林大学以后，他的治学方向发生了第二次大转变。这个时期，他对自己苦心钻研的实验心理学乃至集体心理学的功能及价值产生了怀疑，进而对于哲学的学科性质的认知也发生了根本的变化，他不再把哲学看作是“比饭碗还要紧”的世界观，也不把它看作是指导其他学科的普通的方法论，而是看作世界上个别民族所独有的、固守系统而不求实用的“玄学”。于是出国前拟定的由学习自然科学进而攻读哲学的计划也最终付之东流了。大约在德国留学的后期，他治学的兴奋点已明显地转到了语言学方面。他修习梵文、藏文、缅甸文和语言学、语音学等方面的课程，大量阅读这方面的书籍。他似已选择了语言学作为主攻的方向。
就在这个时候，顾颉刚疑古史的论著传到了德国。傅斯年读后一赞三叹，推崇备至，他写信给顾，说顾提出的“层累地造成的中国古史”是“史学的中央题目”，“是一切经传子家的总锁钥，一部中国古代方术史的真线索，一个周汉思想的摄镜，一个古史学的新大成。”傅斯年对顾的称誉，一方面说明了他们之间友谊的真挚，但另一方面或者说更重要的方面是“疑古”之说唤起了他对自己当年史学见解的回味。
1918年初，在《新潮》的创刊号上，傅斯年发表了评论梁玉绳《〈史记〉志疑》的文章，其中提到了疑古的问题：
今国人之通病，在乎信所不当信，此书独能疑所不当疑。无论所疑诸端，条理毕张，即此敢于疑古之精神，已可作范后昆矣。
在他看来，真正的学术是以怀疑作为出发点建立起来的，“可知学术之用，始于疑而终于信，不疑无以见信。”大胆的怀疑对学术很有好处，“与其过而信之，毋宁过而疑之。”当时，这样的学术见解是仅见的。所以有人把傅斯年称作“疑古的先锋”，并认为傅斯年提出的疑古史的某些主张，不仅比起顾颉刚来早得多，甚至连胡适都有“抄袭傅斯年的嫌疑”。
傅斯年和顾颉刚于1916年一起入北京大学文科读书，后来又一起住进了西斋十二号宿舍，他们一起听胡适的《中国哲学史课程》，且常出入其门探讨学问，在政治思想和学术观念上深受胡适影响。傅斯年创办《新潮》杂志，顾颉刚参与其中。1919年傅斯年赴欧洲留学，顾颉刚则于1920年北大毕业后留校任教。当年傅斯年给顾颉刚写信的时候，常用“我的颉刚”这样十分亲昵的称呼。而顾颉刚也曾用“埙篪相应”说明他与傅斯年在大学时代的友谊，而且在写给傅斯年的信中说“我在师友中，最敬爱的是你”。后来顾颉刚在钱玄同、胡适的鼓励下，努力探索，大胆地怀疑古史，提出了“层累地造成的中国古史”的理论，轰动了学术界。但是他并没有忘记远在异国他乡的好友傅斯年。他常写信给傅，讨论古史方面的问题。
傅斯年读过顾颉刚的疑古史的文章后，他既为顾的史学成就大唱赞歌，又庆幸自己因“不弄史学”而免于像别人一样“非拜倒不可”，他只是以“光武故人”的心境欣赏顾的学问和成就。后来，大概是受了顾颉刚学术成就的刺动，他对史学重新产生了浓厚的兴趣，决心在史学领域有所作为。从《与顾颉刚论古史书》那篇傅写给顾的长信中似乎可以看出，起初傅斯年只是想写几句祝贺的话给顾，以示对老朋友的鼓励。可是他下笔以后，觉得有许多话要说，而且有许多话难于一下子说明白。据顾颉刚说，这封信自1924年1月写起，一直写到1926年10月30日傅斯年乘船回到香港为止还没有写完。一封信写了将近3年的时间还没完成，很有些耐人寻味，个中原因也颇复杂。不过最根本的原因是傅斯年的思想变了，他意识到疑古是一个误区，其致命的缺点就是“以不知为不有”，“据不充分之材料，作逾分的断定”。他决心走出这个误区，重建中国的新史学。
在欧洲留学的后期，傅斯年修习了《方法论》之类的课程，注重阅读西方史学名著和史学理论方面的书籍，比较系统地接受了以朗克为代表的历史语言考据学派的学术观点和方法。从他留学后期到回国途中所作的手记来看，他对于其他学科不再关注，只是对中国史学的路向及史学研究中的具体问题作了认真的思考，这说明他已经最终完成了自己学术研究目标的定位。
1926年底，傅斯年受聘任广州中山大学文科学长兼文学、史学两系主任。他认为，要把中山大学史学系办好，必须聘请一些如顾颉刚那样的有学问、有研究能力的学者。此前顾颉刚在厦门大学与鲁迅、潘家洵结怨，处境十分窘迫。1927年初鲁迅来广州中山大学任教，听说傅斯年要请顾颉刚来，乃极力反对。傅斯年执意请顾前来，4月底，鲁迅愤然离去。顾颉刚来到了中山大学历史学系任教，协助傅斯年创办语言历史研究所。孰料刚刚过了半年时间，两个人的亲密关系就出现了裂痕。至1928年春，二人矛盾激化，终于产生公开冲突，始而言语不合，继而破口相骂，虽经多人调和劝解，终无补于事，至隔阂愈来愈深。不久，顾颉刚离开广州，赴北平燕京大学任教，顾、傅二人“十五年之交谊臻于破灭”。此后二人虽未产生直接冲突，但当日亲密友谊已无法恢复。
傅斯年和顾颉刚之所以发生矛盾和冲突，是因为二人的志向、性格和工作作风存在很大的差异：顾是一位纯粹的学者，而傅是学者兼思想家、政治家；顾温文尔雅，待人谦和，然性格坚韧，追求执著，办事认真且极有章法，是典型的学者气质，而傅坦率直爽，大气磅礴，仗义执言，敢作敢为，有人说他“霸道”，有人送给他“傅大炮”的绰号，他所具备的是政治家的大气豪爽的性格。但是二人的冲突还有更深层次的原因，那就是他们的治学观念有了根本的的差异。
傅斯年从欧洲归国前夕，顾颉刚寄论文给他请求指正。傅斯年在回信中除对一些具体问题发表了不同的见解外，对顾氏辨古史时的治学态度和使用的方法也委婉地提出了批评。他提醒顾颉刚“应该充量用尚存的材料”，而若干材料缺的地方，即让它“缺着”，“切不可从这不足的材料中抽结论”，“不勉强补苴罅漏”。同时对顾颉刚提出这样的忠告：
找出证据来者，可断其有，不曾找出证据来者，亦不能断其为无”。
这实际上是在提醒顾颉刚应在搜集整理史料上下功夫，十分委婉地批评他过多地使用了默证的方法。时过不久，他便在中山大学的讲堂上对学生讲道：
以不知为不有，是谈史学者极大的罪恶。
这样的不指名的批评，显然是对顾颉刚为首的疑古学派而发的。在傅斯年看来，顾氏“层累地造成的古史说”的根本缺陷是材料不足而强作定论，己所不知者便断定其为虚无。后来他在笔记本上写了一则名为《戏论》的寓言性文章(草稿，未发表)，用嘲笑讽讥的手法，从史学方法论的角度揭示了疑古学派的谬误。
《戏论》说：有一个生活于民国33世纪的名叫“理必有”的人，“好为系统之疑古，曾做《古史续辨》十大册”。“理必有”认为民国初年的学人故意编造一些人名，以迷惑后人。根据“理必有”的“研究”，孙文、黄兴实无其人，孙文乃《西游记》中孙行者的人间化、当时化，黄兴也不过是根据“黄龙见”一类的迷信而编造的人名。“此等议论盛行一时，若干代人都惊奇他是一位精辟的思想家”。如果从尧舜时代算起的话，顾颉刚不正是33个世纪之后的人么。显然，这里的“好为系统之疑古”的“理必有”，就是“处处求符合理性”“凡事为他求一个理性的因”的顾颉刚。在傅斯年看来，顾之怀疑尧舜，正与“理必有”怀疑孙文、黄兴相同，都是由那种默证的方法造就的幻觉。接着，《戏论》使用疑古派的论证方法，与其灵魂人物钱玄同开了个玩笑说：民国初年实无钱玄同其人，因为玄是最道士气的，而钱正与玄相反，充满着铜臭味，“姑名为玄同，以张其虚；姓之曰钱，以表其实。世无有虚过于玄而实过于钱者，以此相反之词为名，实系一小小迷阵。”故此可作结论说，钱玄同“实一非有先生、亡是公子”。
傅斯年在《戏论》中告诉人们这样一个道理：如果按照疑古派的推理方法，三千年以后的人不仅要否认孙中山、黄兴的存在，就连疑古学派的主帅钱玄同也视其为虚构之人了。用这样的方法研究历史，真正是“极大的罪恶”，是历史学的悲剧了。后来，他仍时常发为议论，力戒同仁不可使用疑古派的理论和方法：
古文者，劫灰中之烬余也，若干轮廓有时可以推知，然其不可知者亦多矣。以不知为不有，以或然为必然，既违逻辑之戒律，又蔽事实之概观，诚不可以为术也。今日固当据可知者尽力推至逻辑所容许之极度，然若以或然为必然则陷矣。
在傅斯年看来，疑古学派的根本缺陷是把自己不知道、不能证实的史事看作是子虚乌有，从而使历史学脱离科学的轨迹，成为一门主观的学问。有鉴于此，他提出了建立科学的史学、使历史学成为与自然科学同列之学科的主张。
(二)建立“科学的东方学”
傅斯年之所以没有加入到疑古学派的营垒中去，而树起科学历史学的旗帜，与他早年的生活环境、学术经历有很大的关系。
“五四”运动前后，在中国的青年学子中兴起了“科学热”。这股“科学热”形成了两大潮流，一是渴望学习西方自然科学知识，把欧美诸国先进的科学技术引进到中国来，以改变中国贫穷落后、受人欺凌的局面。二是渴望学到西方的学术理论和方法，用来治中国传统的学问，破除陈旧学风，振兴中华学术。傅斯年作为北京大学的高材生、《新潮》的创办者、“五四”运动的健将，曾为这股潮流推波助澜，而这股潮流也给了他治学的动力，规范了他的学术方向。
在“五四”新文化运动中，他虽然充当过疑古史的急先锋，但似乎并不以这种“破坏”性的工作为归宿，而对“建设”性的工作更有兴致。他说：
长期的破坏，不见建设的事业，要渐渐失去信用的。若把长期的破坏的精神，留几分用在建设上，成绩总比长期破坏多。
他曾在《新潮》杂志上每期刊登几篇纯粹介绍自然科学知识的文章，后经鲁迅劝说而取消，但对于“用科学方法”整理国故，其兴致仍高得很。他认为清代学者治学问的方法是科学的，但更重要的是学习西方的科学知识、方法，用它来治中国传统的学问，否则将一无是处，毫无结果。在科学热的推动下，他怀着渴求西方科学知识、科学方法的心情，踏上了西进留学的道路。在长达7个年头的留学生涯中，他曾致力于学习西方的自然科学知识，但是用西方科学方法治中国传统学问的思想始终萦绕在他的心头。他写信给胡适，说“整理国故也是现在很重要的事情”，“可以化成一种不磨灭的大事业”。虽然他的学术兴趣发生了几次转移，但他对科学知识、科学方法的追求却始终没有发生过动摇。他的用科学方法治中国史学的思想也由此奠定了初基。
傅斯年在英德留学时，西欧史学界对于历史是科学还是艺术的论争已经历了上百年，这时仍是众说纷纭，不得结果。在过去的一个世纪里，认定历史是科学的人很多，除了马克思、恩格斯创立了唯物史观，将历史置于科学基础之上外，许多资产阶级学者也认定历史演进有规律可循，历史可以成为科学；抑或认为历史发展没有规律，但是可以用科学的方法对它进行研究，因此历史学可以成为科学。19世纪至20世纪之交，历史是科学的说法更是风靡一时。英国史学家、剑桥学派的代表人物比瑞（J.B.Bury）便断然宣布，“历史是科学，不多也不少！”否定历史是科学的理论也没有销声匿迹，他们认为人类历史的演进没有如同自然界演变一样的定律，没有定律就不是科学。还有的史学家转换了论证的角度，避开了关于历史客体之有没有规律的讨论，而从史学的主体方面予以界说，认为史学家研究史料、发现真理的过程是科学的，但他们要用语言文字把真理表达出来，必然取艺术的形式。因而他们的结论是：历史是科学，又是艺术。傅斯年虽然没有直接参加这场讨论，也没有就此发表过什么评论，但是在他的史学著作和言论中，却经常提起或论述这场论争中的某些根本性问题。他的建设科学的历史学的思想，亦直接导源于这场论争。当然，在这个问题上他并不注重理论的辩解——他常把这种理论上的探究称为“空论”而痛加批评——而是努力付诸学术实践。
从欧洲留学归来不久，傅斯年就公开表明自己的观点，说要“以自然科学看待语言历史之学”，要把历史学建设成“与自然科学同列之事业”。后来在《历史语言研究所工作之旨趣》中更明确提出要进行“科学的研究”，把历史学语言学“建设得和生物学地质学等同样”，使之成为“客观的史学”、“科学的东方学”。从字面上看，科学的史学、科学的东方学意义十分明确，无须繁言。但事实上，傅斯年往往对它们作不同常规的解释，赋予其特定的含义，于是这几句话所蕴含的史学思想就变得扑朔迷离了。
傅斯年在谈论中国古代学术史时，对史学这个概念的使用比较宽泛，他把史书写作、历史观点、历史研究都归于史学的范畴。但当他讨论近代学术时，则将史学的使用范围作了严格的限定。把史书写作、史观、历史哲学统统排除在史学之外，把史料学当作史学的唯一对象。那么他所说的科学的史学，也就是科学的史料学，换句话说，便是在历史诸学科中，只有史料学才是科学。
傅斯年所说的“科学”的内涵是什么？为什么只有史料学才是科学？如前文所说，傅斯年不承认历史的发展具有规律性，他说：
历史本是一个破罐子，缺边掉底，折把残嘴，果真由我们一齐整齐了，便有我们的主观分数加进去了。
既然史事的留存是残缺不全的，我们就无法获得一个规律性的、整体性的认识，只能认识历史上个别的、具体的事物，研究局部的历史现象。如果硬要取得一般性总体性的认识，硬要研究出一个普遍性的规律，那就不可避免地加入一些主观因素，而有违历史真实。他还用自然科学与社会科学的差异论证其观点。他说，数学、物理学可以拿“大原则”概括同类的事，这个办法用在生物学、地质学中就困难了，在历史学中更不能应用。我们所说的历史学的科学性，是指对历史客观过程及其规律性的认识，傅斯年既然不承认历史的发展具有规律性，那么他所说的科学是指什么？
傅斯年在中山大学创办语言历史研究所时说：“语言历史学也正和其它的自然科学同手段，所差只是一个分工。”后来他又说：现代的历史学研究，须使用“各种科学的方法”，地质学、地理学、考古学、生物学、气象学、天文学等，都为历史学提供了研究的工具。很明显，傅斯年所说的科学的历史学，只不过是用科学方法研究的历史学，更准确地说是用科学方法研究的史料学。说到底，历史学，即史料学的科学性，只在于它的研究方法的科学性，在于能用科学的手段，去研究直接的史料，去搜集和使用新材料。
傅斯年所说的科学方法包括两个方面，一是史料比较的方法，“以科学的比较手段，去处理不同的记载”。二是自然科学的方法，“利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料”。至于史料学之外的其他历史学科，那是配不上“科学”二字的。他强调史书的写作必须建立在科学的史料学基础上，必须做到使用史料准确无误，即便如此，著史也不是科学的事业，因为著史必定有学术之外的其他目的，不可避免地受某些政治、哲学、伦理观念的影响，有“传统的或自造的‘仁义理智’和其他的主观”加入进去。在语言的表述中，也难免修饰雕斫，使用艺术的表现手法。所有这些，都是与科学不相干，甚至是相悖的。既然在写作史书时无法排除非科学因素，所以它就不能成为科学。至于历史哲学、史论那些距离史料学较远、理论性比较强的学科，无法施用“科学手段”，更不能成为科学的学科。
傅斯年虽然打起科学史学的旗帜，高倡建设科学的东方学口号，但他并不反对“科学”之外的其他史学工作，也不反对著史时使用“科学”之外的手法。早在“五四”时期，他就曾专门著文，指出不应把文学史写成“材料书”，写成文学资料长编。主张把材料加以“消化”，“用文学史的作法”，写成一部著作。什么是“文学史的作法”？后来他在中山大学讲授《中国古代文学史》时作了具体的说明：
写文学史应当无异于写音乐史或绘画史者。所要写的题目是艺术，艺术不是一件可以略去感情的东西，而写一种史，总应该有一个客观的设施做根基，所用的材料可靠，所谈的人和物有个客观的真实，然后可得真知识，把感情寄托在真知识上，然后是有着落的感情……宋人谈古代，每每于事实未彰之先，即动感情，这是不可以的；若十足的汉学家，把事实排比一下就算了事，也不是对付文学的手段，因为文学毕竟是艺术……希望诸君能发乎考证，止乎欣感，以语学始，以“波涛动荡”终。
在这里，他把史料考证和史书写作的关系讲得很明白：史料考证为文学史提供资料，立下客观的根基；有了客观的根基，便可激发感情，运用艺术手法，以达到“波涛动荡”的目的。二者互相联系，不可或缺。文学史是这样，那么一般的史书可否如此？傅斯年说，文学史是“通史之一枝”，“要求只是一般史学的要求，方法只是一般史料的方法”。这就是说，上述写作文学史的原则，也适用于一般通史的写作。
傅斯年曾专门著文谈历史教科书的写法，说“编历史教科书，大体上等于修史，才学识三难皆在此需要，决不是随便的事”。他提出了编历史教科书的基本原则和方法，其中不少与艺术手法有涉而与“科学方法”相悖。他说历史教科书应该有很强的可读性，应尽量使之生动，“增加兴味”，“应该把‘故事’、‘传记’的艺术作用，酌情引到教科书的正文中。”又说“教科书本身应当是一部有形体、有神采、能激发人、能锻炼人的书。”要编写这样的“活的教科书”，就必须“将散碎的事件，连贯起来”，“将民族中伟大人物的性格行事选几件形容出来。”所有这些，都离不开艺术的手法。
总的说来，傅斯年认为社会历史诸学科中，只有史料学可以完全使用科学的方法，可以称得上科学。所谓科学的史学，“史学只是史料学”等命题的提出，皆以此为立论的基点。他认为史书的写作，虽然能够以客观的历史知识、真实的史料为基础，但在叙述的过程中一定要使用艺术的手法。其余如史论、历史哲学等，不能使用科学的方法进行研究，所以它们都不是史学研究的对象、不能成为科学。
傅斯年认为史料学可以成为科学，而著史离不开艺术，这与欧洲史学家所谓历史是科学又是艺术的说法是不同的。后者认为，摆在历史学家面前的任务是双重性的工作，他们为探究某一史实，搜集整理史料，努力发现寻求历史的真相，这是科学的工作。当他们把历史的真相用语言文字进行叙述的时候，便加入了个人的主观意念，这种工作则是艺术的，是非科学的。据此他们作出结论：历史既是科学，又是艺术。他们看到了历史客体与历史主体之间的差别和对立，但是将这些差别和对立绝对化，否认二者之间的统一性，否认人的主观意识能够正确地反映客观史实。从认识论和方法论上看是机械的、形而上学的。傅斯年的观点与此不同，他不否认历史主体与历史客体之间的统一性，认为只要“客观地处理实在问题”，“客观地处理历史学和语言学的题目”，就可以得到“客观的知识”，就可以辨明历史事实，决不会因为人们的语言表述使之成为主观的、非科学的东西。但史料学之外的历史学科，史论、历史哲学和著史等，由于研究对象和表述方法不同，主观的、非科学的因素加入在所难免。它们不能成为科学，并非由历史的主体、客体的差异产生，而是由其学科的内容特点所致。傅斯年的科学历史学思想在“历史是科学还是艺术”之争的大环境中产生，明显地受到这场论争的影响，但他不以西方史学理论为雷池，而是继承中国的史学传统，根据中国的学术现状，提出了用科学的方法搜集整理史料的思想，从这个角度讲，他的史学思想是有价值的，尽管其中存在着不少的缺陷。
第一次世界大战以后，不少人目睹先进的科学技术之用于战争给人类带来的巨大创伤和灾难，对于科学的功用和发展前景感到困惑、失望。在中国，梁启超等一班人也作出了科学破产的“预言”。所以“五四”时期青年学子中兴起“科学热”的同时，也出现了一股反科学思想的逆流。用科学的方法从事学术研究，尤其是从事社会科学诸学科的研究，更受到守旧派学者的非难。在这样的情况下，傅斯年不仅鼓吹用科学的方法治中国的学问，而且最先树起“科学的东方学”旗帜，建立专门研究机构，组织起大批一流学者，展开了用科学方法研究中国学问的实践活动：发掘古文化遗址，整理档案史料，研究古人类体质，进行各种各样的实地调查，如此等等，从这个角度审视，他的学术思想，他所从事的学术事业，代表着进步的史学潮流，廓清了反科学思想的迷雾，为中国现代新史学的健康发展开辟了道路。
傅斯年注重接受西方史学理论，但不盲从、不照搬；注重继承发扬中国史学的优良传统，也能够摒弃其糟粕。他主张用先进的学术方法改造中国的旧史学，号召史学家们从文献堆里走出来，走向社会，走向民间，广泛搜求新史料，用科学的方法处理新史料，解决新问题，建立中国科学的史料考据学。他在学术理论上是个通人，他提倡考据，但不拘泥于考据，鼓吹以自然科学方法治史，但也不排斥其他方法；否认史事有则有例，但主张把社会发展分作若干时期，认定进化论适用于人类社会，认为文化的演进有阶段性，号召“把发生学引入文学史来”。在新考据学家中，他的才、学、识皆堪称一流。有人称他为“科学派”的领袖，或称他为“史料学派”的旗手兼舵手，是不过分的。
当然我们也应该指出，尽管傅斯年提出“要科学的东方学之正统在中国”的口号，以建立科学的历史学为己任，但是由于他否认社会历史发展具有规律性，因此他所要建立的“东方学”、历史学并不是真正的科学，他所从事的史学工作也没有能够成为科学的事业。退一步说，他提倡的科学的历史学，充其量只能说是使用科学方法从事研究的史料学。而且他所使用的科学方法，并不具有普遍、广泛的意义。他没有广泛地接受和利用当时历史学家们提出和使用的科学的历史研究方法，对于已经广泛传播的马克思主义的史学理论、方法更持反对、排斥的态度，因而傅斯年并没有建立起真正的“科学的东方学”，即便是他一生苦心经营的史料学，也没有能够成为真正科学的事业。
（三）汇集“各种科学的方法”
早在《新潮》社时期，傅斯年就已开始了对于治学方法的探求。从他在《新潮》的“故书新评”专栏里发表的讨论读书入门途径的文字和介绍西方逻辑学著作的三篇书评来看，他明显地受到了胡适重视逻辑、讲求方法的治学风格的影响。有时他甚至直接引述阐释胡适的理论观点，乃至被后人讥为“拾胡氏的牙慧”。但是由于二人学习经历、思想渊源不尽相同，所以他们宣传、使用的史学方法的具体内容也存有较大差异。傅斯年没有追步胡适侈谈“大胆地假设，小心地求证”，而是根据史料学的存真、求实的原则，提出了自己的治史方法。他在1927年写作的《中国古代文学史讲义》、次年发表的《历史语言研究所工作之旨趣》和30年代初任教于北京大学时讲述的《史学方法导沦》中，对史学方法作过专门的讨论，在其他的史学论著中，亦时有论及。归纳起来说，他所提倡和使用的史学方法主要有以下几种：
１.“以科学的比较为手段，去处理不同的记载”
用比较的方法处理史料、研究史事，在我国有着悠久的历史。战国晚期的学问家常用比较的方法说明各学派的优劣异同；司马迁作《史记》，用比较的方法选择史料、考究史事、评论人物；后代的学者在校订文献、评论史事、处理史料时都经常使用历史比较的方法。至清代考据学兴起，这种方法蔚为大观。不过近代以前的学者只是简单地、孤立地对个别历史现象或历史资料进行对比，没有从广泛的、普遍联系的方面认识和使用这种方法，更没有升华到理论的高度。
20世纪初，这种方法在新考据学家手中得到充分的发展，王国维提出“二重证据法”，“将地下纸上，打成一片”。陈寅恪提出用古诗文证史的方法（又称文史互证法），开辟出比较方法的新天地。胡适也曾明确地提出研究古学要“博采参考比较的资料”、“用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释”。他们提出了比较方法的概念并将其提到方法论的高度上来认识，但都没有对这种方法进行系统的阐释和论证。傅斯年继承中国历史比较研究的优良传统，借鉴西方比较文学、比较语言学的理论和方法，对于用比较方法治史料学的理论进行了全面的总结和系统的说明，同时将比较方法应用于其他史学领域，提出了不少有价值的见解。
傅斯年认为，比较的方法是处理史料的最根本的、最重要的方法：“史学的方法是以科学的比较为手段，去处理不同的记载”，“史料学便是比较方法之应用”。他强调说：
假如有人问我处理史料的方法，我们要回答说：第一是比较不同的史料，第二是比较不同的史料，第三还是比较不同的史料。
为什么要使用比较的方法呢？他说：
历史事件虽然只有一次，但一个事件既不尽止有一个记载，所以这个事件在几种情形下，可以比较而得其近真；好几件事情又每每有相关联的地方，更可以比较而得其头绪。
比较同一历史事件的不同记载，可以去伪存真；比较相关联的几件史事，可以理清其相互关系。他将史料学的比较方法归纳为八对性质不同的史料的对勘互证：
（1）直接史料对间接史料。所谓直接史料是指未经中间人修改、省略或转写的史料；而经过中间人修改、省略或转写的材料则是间接史料。直接史料是最可信的，间接史料则往往经过了后人的更改和增删。间接史料的讹误、不足、错乱，要靠直接史料去更正、弥补、整齐。直接史料固然重要，但间接史料的作用也不可忽视，因为直接史料有时是孤立的、零散的，必须靠间接史料“做个预备，做个轮廓，做个界落”。我们如果不先对间接史料下些功夫，有些直接史料的内容和意义就难以把握。傅斯年特别强调搜集运用新史料，但他并不忽视旧史料的学术价值。他说：
必于旧史史料有功夫，然后可以运用新史料；必于新史料有了解，然后可以纠正旧史料。新史料之发现与应用，实是史学进步的重要条件；然而单持新史料，而与遗传者接不上气，亦每每是枉然。
新旧史料各有长短，二者“相互为用”，才能收到好的效果。
（2）官家的记载对民间的记载。大体说来，官书的记载关于年月、官职、地理等，“有簿可查有籍可录者”，常比私家的记载确实；而私家记载对一件事的来龙去脉及其内幕，能披露一些官书不能说或不敢说的东西。“官家的记载时而失之讳”，“私家的记载时而失之诬”，兼取二者之长而补其短，便可得到确实的史料。
（3）本国的记载对外国的记载。外国人之记他国的史事，多有讹传误记，但却“无所用其讳”，“比民间更民间”，能记下“本国每每忽略最习见同时却是最要紧的事”。研究边疆民族史，不可不注意外国的记载，研究中外关系史，不利用别国的史料更无从着手。
（4）近人的记载对远人的记载。除去特殊的情况之外，近人的记载比起远人的记载来，其史料价值总是要大些。
（5）不经意的记载对经意的记载。“记载时特别经意，固可使这记载格外信实，亦可使这记载格外不实。”不经意的记载常是乱七八糟，但有时却可保存些原始的材料。
（6）本事对旁涉。一般说来，本事是最重要的，旁涉似乎没大关系。但有时旁涉能“露马脚”，使我们觉得事实并非如本事所说。他特别强调说：
史学家应该最忌孤证，因为某个孤证若是来源有问题，岂不是全套议论都入了东洋大海呢？所以就旁涉中取孤证每每弄出“亡是公子”、“非有先生”来。然若旁涉中的证据不止一件，或者多了，也有很确切的事实发现了。
历史上的事直接可以证明的较少，这就需要考证。考证是要严肃谨慎的。“聪明的考证”结论未必正确，而“笨伯的考证”更是一无是处。
（7）直说对隐喻。凡事不便直说，但作者又很想说，便常用隐喻以暗示后人。而后人有时“神经过敏”，想得太多；或古人故作“迷阵”、“恶作剧”以欺后人，这是“史学中最危险的地域”。他特别强调对待隐喻要慎之又慎，不可轻易拿来解释历史：
我们生在百千年后，要体会百千年前的曲喻，只可以玩弄聪明，却不可以补苴信史也。
（8）口说的史料对著文的史料。人们历来重视文字的记载，而忽视口说的材料，这是不应该的。其实有些文字的材料如笔记小说等系靠口说的材料写成的，性质与口说实无根本差异。口说的材料自有其缺陷，但也不可视为无用之物。口说的材料往往把年代、世系、地域弄得乱七八糟，但也有一些“精要的史事为之保留”，汉族典籍中所传的蒙古族源流就是一个明显的例证。
与王国维、陈寅恪等人相比，傅斯年的史料比较方法的内容范围广泛很多，理论上也细密完备得多了。他将上述理论贯彻到治史的实践中去，写出了一些颇有价值的学术论著。他将金文、甲骨文与历史文献的记载比勘互证，用以研究先秦史、古代思想史，用私家的记载与官书正史结合研究明朝历史，其成就均为史学界所称许。
虽然傅斯年只是把比较的方法看作是处理史料的方法，但是在一般史事的研究中，他也自觉不自觉地使用这样的方法。他的学术论著中最常见的是中外历史的比较。如把中国古代史学与欧洲同时代的史学相比较，说明中国古代史学的发达及近代史学落后的表现及原因。把司马迁“整齐殊国纪年”、制作诸侯及六国年表，与西方古代史学作比较，指出我们中国人习惯于阅读有详细纪年的史书，所以并不感到纪年是了不起的功劳，如果一查希腊年代学未经近代人整理之前的状态，或眼下印度史书年代之混乱，然后就知道司马迁写表，实乃史学思想极大成熟的表现。他说司马迁创作八书，“睹史学之大全，人文之大体”，在欧洲，直到19世纪才有这样的史学家。又说《通鉴考异》是中国最早的评述别择史料的一部书，从中可以看出史学方法的成熟，“在西洋则这方法的成熟后了好几百年，到十七八世纪，这方法才算有自觉地完成了”。他认为近代欧洲史学家专在搜求新史料上下功夫，所以用力小而成绩大；中国的史学家却只是照着《史记》的旧格式修元史修清史，做官样文章，这只能是“化石的史学”。此外他还对中西社会问题、教育制度、语言学、哲学等作过比较。从这些比较中可以看出，他既反对妄自尊大、“保存国故”、“保存国粹”，排斥西方文化，又反对对所谓“全盘西化”，认为“全盘西化”在理论上站不住脚，从实践上看也是行不通的。另外，他对中国历史上的各种社会现象、人物事件、思想学术也常进行相互比较，如先秦诸子思想的比较，清代学者治学方法的比较，民族学方面的比较等等，其中不乏真知灼见。
他提倡和使用的比较方法有很大缺陷。其一，科学的比较方法不否认微观考察的必要性，但更重视从宏观上考察历史，强调通过重大历史事件、人物、现象的比较，作出一种具有广泛适用性的结论，说明具有普遍意义的社会历史问题。傅斯年的比较方法大体上只限于史料学领域，只是对某些历史资料、具体问题进行比勘互证，作一些孤立的对比，这是微观考察的方法。这种微观考察方法虽然是必要的，但与宏观考察方法相比，还处于较低的层次上。其二，科学的比较方法是历史研究的一种手段、一个环节，通过历史现象、事物之间的对比，找出其相同处、不同处，发现其共同性与特殊性，最终达到认识事物发展的一般规律与特殊规律的目的。傅斯年把比较作为研究的全过程和终极目的，他只是寻求事物之间表面上的同异，不去探求其内部联系，不去寻求规律性的认识。所以他的历史比较，还只是些简单的、表层的比较，基本上停留在传统比较方法的水平上。另外，由于认识能力及所处时代的局限，傅斯年有时忽略比较的条件和范围，对于用来比较的事物作了片面的理解，得出了不恰当的结论。尽管如此，我们仍应肯定，傅斯年的史学比较方法是对我国传统比较方法的继承和发展，是对20世纪初兴起的史料比较方法的系统总结，在史料学方法论方面作出了突出的贡献。对于我国现代比较史学理论的发展具有促进作用。
2.“以语言学之立点，解决哲学史之问题”
在《历史语言研究所工作之旨趣》中，傅斯年对于语言和思想的关系作了一个基本的界定。他说：“本来语言即是思想，一个民族的语言即是这民族精神上的富有，所以语言学总是一个大题目。”在这个时期写成的《中国古代文学史讲义》中，他首先对于“把思想当做内体，把语言当做外用，以为思想是质，语言是具”的观点提出异议。接着提出了语言支配文学的观点：“总而言之，文学是根据语言的，不是根据思想的，至多是牵涉及于思想的。”在稍后写成的《战国子家叙论》中说，古往今来以哲学著名的民族有一共同的特点，就是由于异族的侵入或征服，使某民族的文化忽然极度提高了，但其语言之原形犹在，而“语言又是和思想分不开的”，于是“繁丰的抽象思想，不知不觉的受他的语言的支配，而一经自己感觉到这一层，遂为若干特殊语言的形质作玄学的解释了。”于是他作出结论：“哲学乃语言之副产品。”基于这样的认识，他在《性命古训辨证》中提出了从语言学入手治思想史的观点。他说：
思想不能离语言，故思想必为语言所支配。一思想之来源与演变，固受甚多人文事件之影响，亦甚受语法之影响。思想愈抽象者，此情形愈明显。性命之谈，古代之抽象思想也，吾故以此一题为此方法之试验焉。
由训释文字入手，探究文章的义理，是中国传统的治学方法。早在战国秦汉时期，公羊、谷梁派传《春秋》。便讲求“微言大义”、“以一字定褒贬”，从一字一词中寻绎出深奥的意义、道理来。古文学家注重训诂，亦通过对字词的训释说明义理。这样的传统一代代沿袭下来，到清代，乾嘉学者明确提出“由声音文字以求训诂，由训诂以求义理”的治学方法，也就是“由字通辞，由辞通道”的言语文字考据方法。当时以及后来的许多学问大家皆深通古音韵、古文字之学，以此作为治史的基点。但是由于古代学者缺乏历史发展的观点，他们不能够从语言文字的变化入手，解决思想史上的大问题。因此这种方法始终处于低级的阶段，没有达到成熟的程度。在欧洲，语言学的研究起步较晚，但由于近代比较语言学、实验语音学兴起，对历史研究产生了重大影响。在德国和法国，很多研究柏拉图和亚里士多德的学者，都使用了语言文字的考据方法。
傅斯年自幼接受中国的传统教育，熟读群经旧籍，通晓语言文字之学。在“五四”新文化运动中，他虽然激烈地抨击章太炎关于语言文字的研究方法，但是中国传统的治学方法在他心中已根深蒂固，难以动摇。他认定语言文字是治文史类学问的“基本功”，是读书入门的途径；认定文字学是清代学者的“第一大发明”，并打算研究“中国语言学的起源演变”过程。在欧洲留学期间，他又认真学习了西方的比较语言学、语音学，以至当时颇有名气的学者刘半农写成语音学著作《四声实验录》后，还专门请他写了一篇洋洋数千言的序文。后来他到广州中山大学创办语言历史研究所时，尚且将“语言”置于“历史”之前，此亦足见其对语言学之重视。中央研究院历史语言研究所成立后，“语言”虽改置于“历史”之后，但语言学的研究仍是该所的重要学术工作。傅斯年个人主要致力于历史学研究，没有直接参加过语言学调查和语音学研究，但他对语言学的兴趣却一直没有衰减。与他共事多年的李济曾说过这样一段话：
假如说他有所爱憎，为他所偏爱的就是“科学的语言学”。这一点倒是很显然的；他在中山大学初办研究所时，把语言放在历史前面，那时他的中心信仰大概如毛先生(按：指毛子水)所说的，以“语言文字为读一切书的门径”……讲历史，归根总要讲到思想史，原始的材料就是语言。这一中心观点不但解释了历史与语言的研究为什么分不开，由此也可以看出，蕴藏在他的内心最深密处为他最关切的学术问题，实是中国民族文化的原始阶段及其形成的主动力量。
《性命古训辨证》是傅斯年的力作，也是他的得意之作，１９４７年中央研究院举行第一届院士选举时，他提交了这部著作并自作介绍与评价说：
此书虽若小题而牵连其多，其上卷统计先秦西汉一切有关性命之字义，其结论见第十章。本章中提出一主要之问题，即汉字在上古可能随语法异其音读也。以语言学之立点，解决哲学史之问题，是为本卷之特点，在中国尚为首创。其中泛论儒墨诸家之言性与天道，引起不少哲学史上之新问题，富于刺激性。其地理及进化的观点，自为不易之论。其下卷乃将宋学之位置重新估定。
在这本书的上卷中，傅斯年搜集卜辞、金文中有关性、命二字的资料一万余条，通过比较，说明其原训及字义演变，从而对先秦时期的哲学、伦理观念进行疏理，进而讨论其发展演变过程，涉及到思想史上的许多问题。他认为“思想非静止之物”，故研究思想史方面的问题，一定要持历史演进之观点；思想乃由语言所支配，故治思想史须从语言入手，用语言学的观点察其本源，用历史的观点求其变化，二者参互并用，不可或缺，不可偏废。他批评二程、朱熹到戴震、阮元，都把古代儒家的思想看作是永恒不变的真理，不去分析其演变，只倡言“求其是”，把一个“是”字看作是绝对的东西，永久的准绳。他们虽然懂得从语言学入手解决思想史方面的问题，但由于缺乏历史观点，仍不能得出正确的结论。
傅斯年继承中国古代学者“以辞通理”的优良传统，借鉴西方语言考据学的方法，输入发展演变的观点，辅之以历史比较的方法，创立了由语言学入手治思想史的新方法，对中国古代思想史的研究作出了重要的贡献。
语言是思维的外壳，文字是语言的符号，思想意识的变化必然引起语言文字的变化；反之，语言文字的变化，能够反映出思想意识变化的端绪来。所以从语言学的观点入手进行考查，可以解决思想史上的许多重要问题。但是傅斯年对语言与思想关系的理解是片面的、有偏差的，他断言“哲学是语言的副产品”，认为“思想必为语言所支配”，“甚受语法之影响”，而忽视经济、政治、社会诸方面因素对思想的支配作用，所以他的研究不可能十分深入，尤其无法揭示决定思想发展演变的深层原因。
3.“利用自然科学供给我们的一切工具”
在北大读书时，傅斯年就已认识到自然科学发展对于社会科学进步起着重要推动作用。他在《新潮》第一卷第四号上发表《清代学问的门径书几种》一文，将周、宋、清三个朝代学问的差异及其成因作了分析，说晚周的学问之所以有成就，是因为它有两种原动力，“第一是历史，第二是粗浅的自然科学”。唐朝学者没有在科学上研究出粗浅的条理来，宋代学者无从取材，只好以佛道为学问的动力，因而宋代的学问不成系统，只能产生一些“如风如影”的观念，“东一堆西一堆的零碎话”。清代学问是宋明心性之学的反动，清人做学问的方法“很有科学的味道”，可他们没将这些方法用在“窥探自然界”上，只是用来整理古物，其方法与西洋人的相似，结果却大不相同。傅斯年的上述说法并不完全正确，但他指出自然科学的发展对于社会科学影响甚大，在当时提出这种见解的并不多见。傅斯年自称早年是个“科学迷”，认为自然科学的方法具有普遍的意义，可以用来治其他的学问。在留学欧洲期间，他努力研习自然科学的许多课程，渴望学习更多自然科学知识，同时嗜读通论科学方法的书籍。主要是想掌握西方自然科学的知识和方法，为研究人文诸学科打好基础，并拿它来治中国传统的学问。
史语所建立伊始，傅斯年就提出了该所研究工作的三条宗旨，其中一条就是“扩张研究的工具”。怎样“扩张研究的工具”？他讲了许多道理，举了不少例子。就历史学方面来说，他主要讲如何利用自然科学知识和方法的问题。他说：
利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料，所以近代史学所达到的范域，自地质学以至目下新闻纸，而史学外的达尔文论，正是历史方法的大成。
接着他又作了更加详细的说明：
现代的历史学研究，已经成了一个各种科学的方法之汇集。地质、地理、考古、生物、气象、天文等学，无一不供给研究历史问题者之工具。顾亭林研究历史事迹时自己观察地形，这意思虽然至好，但如果他能有我们现在可以向西洋人借来的一切自然科学的工具，成就岂不更卓越呢？若干历史学的问题非有自然科学之资助无从下手，无从解决。
这里所说的“利用自然科学之工具”研究历史，包含有两层意思：
其一，将自然科学的知识直接运用于史学研究，解决历史问题。他举例说，我们要想知道《春秋》经是不是终于“获麟”，《左传》的后一段是不是刘歆伪作，可以算一算哀公十四年关于日食的记载是不是对的。如不对，自然是伪作；如对了，就说明和“获麟”之前的文字同出史书所记。再如要搞考古发掘，没有经过科学训练的人一铲子挖下去，不知要毁坏多少古物，而经过科学训练的人搞挖掘，不仅能得到古器物，而且可以得知入土的时代，这常常比器物本身更有价值。他颇有感慨地说：“古史学在现在之需要测量本领及地质气象常识，并不少于航海家。”
其二，将自然科学知识和方法引入史学领域，加以改造，使之成为史学方法。比如达尔文的进化论本来是生物学的方法，用于史学领域后，便成了“历史方法之大成”。统计学的方法本是一种数学的方法，引入史学领域后，便成为历史研究的方法。1925年至1926年傅斯年在柏林大学所做的数学笔记中，记有不少关于统计和或然率方面的问题，他说“统计的观点，尤可节约我的文人习气，少排荡于两极端”。又说或然率的观念“在近代物理学尤表显威力，几将决定论取而代之。这个观念，在一般思想上有极要的施用”。他归国前夕写信给顾颉刚，对于如何使用统计方法的问题进行了讨论。他盛赞丁文江“去试着用统计方法于各种事物上，包括着人文科学，这实在是件好事”。他同时强调说，用统计方法研究历史很有必要，但须十分“仔细”。他说：
研究历史要时时存着统计的观念，因为历史事实都是聚象事实（massfacts）。然而直接用起统计方法来，可须小心着，因为历史上所存的数目多是不大适用的。
他在中山大学任教时，曾写过一部《统计方法导论》的讲义，讲义的“叙语”中有“统计学与统计学方法”、“众体事实”、“统计学方法应用之范围”、“皮耳森之科学论”等题目。他在北京大学讲《史学方法导论》时，其中也有一节讲“统计方法与史学”。可惜这两种讲义仅存篇目，具体内容已不得而知。他也曾将这种方法用于史学研究，在《性命古训辨证》一书中，他对甲金文字中的“性”、“命”二字作了全面统计，由此分析其思想内涵且作了如下说明：“本文对甲骨文字的统计虽不甚完备，然诸家著录之甲骨又多杂具各时代，皆非所谓‘选择标样’，故在统计学的意义上，此一‘非选择的标样’之代表性更大。”可见他使用统计方法是十分慎重的。
应该说，傅斯年只是提出了用自然科学知识方法治历史学的口号，理论上还没有形成方法论体系，实践上也没有很大的建树。但是，早在上世纪二三十年代，他就认识到社会、自然各学科在研究方法上互相影响、互相渗透，提出自然科学的发展将推动人文学科的进步，号召人们利用自然科学的知识、方法治历史学，其远见卓识令人称许，其首倡之功不应抹杀。
考论古籍，纵论百家
1918年至1919年，傅斯年先后在《新青年》、《新潮》上发表学术论文及书评多篇，对于文学、哲学、史学方面的许多问题提出了自己的见解，显露出他对学术问题的浓厚兴趣和破除陈旧观念、标立新学说的才力和锐气。赴欧留学的7年中，他深愧学问浮浅、持论褊狭，乃决计广涉博览，探求治学方法，细察学问渊薮，务求学问坚实而后发为议论。此期间他除给刘半农的《四声实验录》写过一篇序言外，基本上没有对学术问题发表过什么见解。自1926年归国前后到1940年患高血压病之前的１５年间，是他学术研究的黄金时代。他在《中山大学语言历史研究所周刊》、《中央研究院历史语言研究所集刊》等刊物上陆续发表了《与顾颉刚论古史书》、《大东小东说》、《周颂说》、《论所谓五等爵》、《周东封与殷遗民》等研究先秦历史的论文；出版了《东北史纲》、《性命古训辨证》两部学术专著。在商周史、古代民族史、先秦诸子、古代思想史、学术史、古文献及古代文学史方面作了广泛深入的研究。此期间他执教于中山大学、北京大学，写有《中国古代文学史》、《史学方法导论》、《史记研究》、《诗经讲义稿》、《战国子家叙论》等讲义，发表了许多有价值的学术见解。抗日战争爆发后，他怀着“书生报国”的一腔热情，发表了大量政论性文章，反对妥协，力主抗战，分析形势，鼓舞士气。他领导史语所辗转迁徙，且频繁地出席国防参议会、国民参政会。抗日战争胜利后，他先是主持北京大学的复原，翌年赴美养疴，归国后又操持史语所迁台之事，更无时间研究学术。1949年初东渡任台湾大学校长，其工作之繁剧较前尤甚。所以，40年代初至1950年病逝这10年中，他除发表政治评论、学校教育方面的文章外，只偶尔于序跋题签、信函往来中论及史学问题。所以研究傅斯年20年代中期至30年代的学术论文著作讲义等，其学术成就便可一览无余。
（一）新见迭出：民族史与中国古史研究
１.史前文明多元说
1928年，史语所考古组在山东章丘龙山镇发现城子崖文化遗址，1930年、1931年进行了两次发掘，1934年出版发掘报告《城子崖》，傅斯年在为发掘报告所作的序言中提出了史前文明多元说。他说：
中国的史前文化本不是一面的，而是多面互相混合反映以成立在这个文化的富土上的，海边及其邻近地域有一种固有文化，这文化正是组成周秦时代中国文化之一大分子。
在傅斯年看来，中国古代文化呈多元性，中华民族文明史就是这种多元文化交汇混合的历史；中国上古时期存有甚多族类，中华民族是由众多族类融合成为一体的。尽管他的这种多元说长期没有被学界采纳甚至遭到批判，但随着田野考古的发展，他的论断愈来愈被考古资料所证实，近些年中国古代文明起源于多个中心，差不多已经成为考古学界的共识。
2.夷夏东西说
“五四”运动之前，胡适在北大讲授中国哲学史课，他一反前人成说，不讲三皇五帝，开头便从东周讲起，而且提出东周以前无信史的理论。嗣后顾颉刚阐扬胡氏的观点，辩论古史，创立“层累地造成的古史说”，以疑古史而蜚声于中外。傅斯年膺服胡适的才学和勇气，也曾一度称赞顾的疑古史的成绩。但是当他悟出疑古学派的缺失后，则力本“照着材料出货”的原则，致力于建设古史。论及夏朝的历史，他赞同顾颉刚的说法，认为古代典籍中关于禹的描绘多不可信，但他断言禹和夏朝绝非子虚乌有。他以为禹是夏后氏的“宗神”，是中国的一种“创世传说”，从殷墟发掘的遗物来看，商代的文化已不是原始文化，“其前必有甚广甚久之背景”，即以文字而论更是如此，所以决不可因为如今尚未发现夏朝的遗物遗文而否定其历史的存在。他认为，殷文化与夏文化有一脉相承的关系，由殷文化之兴盛可推知夏文化亦当有所发达。
傅斯年认为，在中国历史上，东汉以后经常因国家分裂、异族入侵而发生南北之间的政治对立。在东汉以前，长江流域经济不发达，我们先民们的政治、组织活动，大约以河、济、淮流域为囿。就此区域之地理形势来看，仅有东西之分，而无南北之隔。所以三代及三代以前，经常发生东西抗争。具体言之，则是东系之夷商与西系之夏周的抗争。而抗争之结果是“夷夏交胜”。傅斯年就此立论，对先秦民族史进行了深入的研究。
古代文献于周称周人，于殷称殷人，独于夏称“夏后氏”，“氏”是族类，“后”是王号，他据此推断夏由许多部落组成，夏族乃这些部落的“盟长”。他排比古代文献中的记载，认为夏人活动的区域是晋南、豫西到陕南一带。而广大的东部地区居住着族类甚多的夷人（《论语》中有“九夷”之称）。整个夏代的历史，可以考知者，全是夷、夏斗争的历史，其中有“三段大事”：开头是益、启之争，结果夏胜而夷败；而后是羿与少康之争，夷、夏混战几代，夏终于占了上风；最后是汤、桀之争，汤所率领的东方夷人最终推翻了夏族人的政权。夏代的夷、夏之争十分剧烈，也十分明显，只是被“春秋战国的大一统哲学家”给抹煞或曲解了。
傅斯年的《夷夏东西说》发表后，当即引起学界的关注，徐炳旭对豫西夏文化进行调查，王献堂对山东古国史进行研究，都认为夷夏东西说可为定论。随着考古资料的不断丰富和研究的逐步深入，傅斯年的说法似有进一步被证实的趋势，诚如邹衡先生所言：
当前考古学界已公认东方特别是山东的考古文化基本上属于东夷系统的文化，在考古学上印证了“夷夏东西说”。
目前，仍有人对“夷夏东西说”持有异议，应该说，夷夏文化之东西差异是十分明显的，但这种差异并不是绝对的，这两个文化系统中都有明显的南北之别，也是不容忽视的问题。
傅斯年根据历史文献的记载对古代的东夷、戎狄等部族进行研究，提出过不少有价值的见解。
他认为，古籍中所说的太皞、少皞之族均属夷人。太皞之族分布于淮水、济水之间，西至陈，东到鲁，北临济水，现在河南东部、山东西南部的广大地区，都属他们的活动区域。远古时候，他们在物质生活、礼乐文化方面已相当发达。
少皞之族分布的地区大体与太皞氏相同。其活动中心在今曲阜一带。太、少二字，金文中写作大、小，所谓大、小，可按区域、人数来分，如大月氏、小月氏；亦可按先后顺序来分，如太康、少康。太皞、少皞既处同一区域，则当以先后为别，即太皞在前，少皞在后。太皞一族，后世生活于泰山南隅，有风姓小国三四个便是。而少皞一族种姓繁衍，有嬴、己、偃、允四著姓，或居于陈、鲁一带，或迁居西土。嬴姓之国分布尤广，其可考者有东方之奄，淮夷之徐，西方之秦、赵、梁（《左传·僖公十七年》：“梁嬴过期”），中原之葛（《左传·僖公十七年》有“葛嬴”），东南之江、黄。
他认为秦、赵之祖先皆为夷人。商代向西开拓疆土，嬴姓夷人遂在商人的旗帜下入于西戎，时间既久，遂同于当地土著之人。《史记·秦本纪》有嬴氏西封之记载，此乃司马迁据《秦记》写成，与少皞氏的其他传说相合，大致是可信的。傅斯年对《左传》、《世本》、《史记》、《左传杜注》、《潜夫沦》中所载之嬴姓方国进行统计，指明其分布于今山东东南部、河南东部到江苏北部一带。商代夷人与王室的关系密切，为政权的支柱。周人谈起纣王，住往称其为纣夷，纣亡国时，夷人飞廉、恶来皆为之死；商亡后，东方的奄地夷人奋力抗周，皆其明证。商代之奄为东方嬴姓大国，鲁于其地建国，嬴姓乃退保淮水。等到周人势力稍衰，又起来反抗，西伐济、河，终为周人边患。另外分布于今安徽北部、湖北东部、河南东南部的偃姓方国也属于淮夷中之一部，入春秋后，其地为楚人兼并。后来西迁的夷人后裔转而兴盛，建立起秦、赵等国。
戎、狄最初是方国名，后来才成为一种泛称。徐中舒曾著文说古籍中常有殷戎、戎殷之称，乃殷为戎人之证。傅斯年同意他的看法，说殷人亦自称其来自“有娀”。《诗经·商颂》有“有娀方将，帝立子生商”的诗句，《左传》中有“小戎子生夷吾”之说，证明戎族中有以子为姓者，殷宗室来自有戎氏无须怀疑。大约到了西周，戎之称渐泛，除所谓姜戎、大戎、小戎外，又有西戎，说明戎不是专指西方民族，再往后戎才成为西方民族的称谓。狄最初也是部落方国名，本作易，不从犬，活动于易水流域，后来成为北方民族的泛称。
傅斯年认为，楚人的祖先与夷人关系至为密切。他据《国语》、《左传》、《史记》的有关记载推定，楚为祝融氏的后裔。祝融氏在上古为一强盛部族，分布在西起今之洛阳，东濒大海，南抵淮水，北至河济的广大区域内，西北的一支达到河东汾水流域，西南的一部活动在今湖北省汉水中游。夏、商兴起以前，黄河流域必以祝融诸姓最为强大。祝融诸姓在中原地区过着林隰的生活，后来大概由于中原地区气候渐趋干燥，林木大量砍伐，迫使其南迁。当然，中原地区兴起强大的夏、商、周王朝，也是祝融氏南迁的重要原因。祝融诸姓中的“黎”部落等继续留居中原地区，后来他们被称为黎民，再往后黎民便成为社会下层人的代名词了。
傅斯年据《周书·作洛解》等篇分析，周公东征时，曾及于东夷，“征熊姓盈族十有七国”，而熊姓便是楚人的祖先。殷周之际，熊姓在东南曾加入夷人的队伍，帮助殷人抗周。从文献的记载来看，楚人与殷人的关系很密切。主要表现为：宗法之制同，王位传袭，“恒在少者”；官名有同者，殷阿衡称伊尹，楚之执政者则称令尹；乐舞相同，如万舞所分布的区域便在商和楚地；楚人屈原《离骚》中所用典故殷事甚多，周事反少。此皆可证明楚与殷关系甚为密切而与周则较疏远。西周时，楚人大受压迫，但仍努力抗争。熊渠时楚之疆土有所开拓，熊通时继续发展。从楚武王以后，又与中原诸侯争夺“南国”，势力益发强大起来。
3.商族起源于东北说
古人以为商是起源于西方之民族。司马迁《史记·六国年表序》中说，商起于亳，而亳乃西方之地；《封禅书》又说秦地有“亳社”；《秦本记》说宁公三年，秦“与亳战，亳王奔戎”。其后东汉徐广附会此意，说“京兆有亳亭”。郑玄等认为亳在华山之阳，而许慎《说文解字》说亳即“京兆杜陵”。后人据此认定商乃起源于西方之民族。至清代，孙星衍、胡天游、郝懿行、金鹗等皆对此提出异议，后来王国维著《说商》、《说亳》，指出《史记》中之亳乃后起之西亳，而商初之亳在东方，商是起源于东方的民族。1930年徐中舒著文说商族初起于环渤海之地区，而后由东向西发展。约与此同时，傅斯年提出并论证了商族起源于东北之说。
“九一八”事变以前，傅斯年着手写作《民族与古代中国史》一部著作，其中有二章写成于1931年春，后来以《夷夏东西说》为题目发表在《庆祝蔡元培先生六十五岁论文集》（《国立中央研究院历史语言研究所集刊外编》第一种，1933年1月）上。在这篇文章中，他提出了“商代发迹于东北，渤海与古兖州是其建业之地”的说法。他从5个方面论证了自己的观点。
（1）《诗经·商颂》有“天命玄鸟，降而生商”的故事，传说商的始祖契以卵生而创业（此传说亦见于《史记·殷本纪》）。后代的神话与此同类者全是东北地区之民族及淮夷各族。他列举了《论衡》、《魏书·高句丽传》、《高丽好大王碑》、朝鲜王氏朝金富轼撰《三国史记·高句丽纪》、《朝鲜旧三国史·东明王本纪》、《清太祖实录》等书中的有关资料，说明此类传说在东北各族中甚为普遍且长期流传。另外淮夷分布的地区也有相同的传说。由此可见，商族和东北各族在文化上曾有“深切接触与混合”。
（2）《诗经·商颂》曰“殷宅土茫茫”，殷土在何处？经过一番考证，他认为古时殷、衣、韦、韋阝、卫、沇、兖，或声同而转借，或为一字之异体，是皆同出一源，其地望在河济之间的兖州（古卫地，非今之兖州）。从这里可以看出商族由东北南迁之踪迹。
（3）《诗经·商颂》有“相土烈烈，海外有截”句。对于“景员维河”的殷人来说，最近的海当为渤海，最近的、最有可能的“海外”便是辽东半岛或朝鲜北境。由此可见殷人的根据地必离渤海不远。殷亡后，箕子远奔朝鲜，退保辽水之外，朝鲜若不是早在其统治区域内，他怎么可能以亡国之余烬，远建海邦？箕子退保朝鲜与后世金、元退居东北、漠北一样，都是在中原失利后退回到其初起的地区去。
傅斯年说，以上三条史料出自《诗经》，是最早、最可信的史料。这些史料已明明告诉我们，殷人的祖先起自东北。以下两事尚可补证此结论。
（4）根据王国维的考证，殷人的先王王恒、王亥、上甲微皆曾与有易氏发生关系。王恒曾被有易氏掳去作牧夫（或曰被有易氏之君杀死）。屈原《天问》、《山海经》、《竹书纪年》中皆有与此事相涉之记载。殷人既然数世与有易氏争斗，必与有易氏为近邻。有易氏以地名为氏，居住在易水流域，则殷人必居于今河北之中部或南部矣。
（5）《山海经》中虽有许多神怪传说，但《大荒经》所记地望，并不紊乱。对《大荒经》中有关“帝俊”的记载进行统计梳理，可知帝俊的踪迹及他的宗族，“独占东北方最重要之位置”。甲骨文中有帝俊，殷人称其为高祖。此亦可证明殷人的祖先生活于东北地区。
傅斯年对于殷都“亳”之地望进行考证，认为“亳”“实一迁徙之名”，而薄姑、博、薄等古地名皆可能是亳之音转，这些地名的地理分布，全在济水两岸。由此可推断殷人是从东北经由渤海岸至山东，然后逆济水向西发展的。
有关商族起源之地点，目前学术界尚有争议。除极少数学者仍持商起源于西方的观点外，绝大多数学者认为商是起源自东方的民族。但商起源于东方之何地？则又有渤海沿岸说、山东半岛说、河北北部说及东北说。尽管傅斯年提出的商起源于东北地区乃是一家之言，但他首先创立此说并提出了不少有价值的论据，故对商族起源的研究有重要的意义。近年不少学者将辽西红山文化与殷商考古文化进行比较，认为二者存在某些内在的联系，从而使殷先人起源于东北之说有了坚实的考古学基础。
4.周族起源与商周关系
1930年，傅斯年在《历史语言研究所集刊》第二本第一分发表《姜原》一文，对于姜之世系、族系、地望等问题进行研究。他根据《诗经》、《左传》、《国语》等古籍上的有关记载，证明姜乃四岳之后，分布于今河南西部地区（今山东境内之齐，乃周初姜姓族长太公望受封之地，与其初居之地无关），乃戎姓之部落。其中有些族姓于周初受封，列为诸侯国；有些族姓进化较慢，仍称“西戎”。古代姜、羌本是一字，《后汉书·西羌传》说“西羌之本出自三苗，姜姓之别也。”这是符合历史事实的。姬姓之周与姜姓方国部落始终保持着密切的关系，周之兴有姜姓部落的族长太公望为辅佐；西周之亡因姜姓方国之申侯发难所致，足以说明姜姓之国在西周政治中所起的作用。从《诗经·大雅·生民》之“厥初生民，时维姜嫄”，《鲁颂·閟宫》“赫赫姜嫄，其德不回”等诗句来看，姬姓的周族人用的是姜姓的神话，由此亦可推知“姬周当是姜姓的一个支族，或者是一更大之族之两支”。
关于姬、姜同出自戎族之说，傅斯年早在1926年自德归国前写给顾颉刚的那封长信中就已提到。他说：
周之号称出于后稷，一如匈奴之号称出于夏。与其信周之先世曾窜于戎狄之间，毋宁谓周之先世本出于戎狄之间。姬姜容或是一支之两系，特一在西，一在东耳。
1935年傅斯年为董作宾的《新获卜辞写本后记》写了一篇洋洋数万言的跋语，在这里他再度申述周族出自西戎的说法。他说，从甲骨文的有关内容来看，《史记》对殷先世的记载是大体可信的，周晚于殷，那么《史记》对周先世的记载当更为可信。司马迁说周人的始祖弃是姜嫄所生，从《诗经》看，周人也自称其祖先出自姜嫄，而且《史记》、《诗经》所记周先世的地名人名，多是单音字，可推知周先人是说印度支那语的人，与姜姓同为羌族中的一支。
周人何以能够灭商？傅斯年认为儒家经典中所谓纣王残忍暴虐、周先人文化进步且有良德，故周终灭商的说法全靠不住。他说：
世传纣恶，每每是纣之善。纣能以爱亡其国，以多力亡其国，以多好亡其国，诚哉一位戏剧上之英雄，虽siegfried何足道哉。我想殷周之际事可作一出戏，纣是一大英雄，而民疲不能尽为所用，纣想一削“列圣耻”，讨自亶父以下的叛虏，然自己多好而纵情，其民老矣，其臣迂者如比干，鲜廉寡耻如微子，箕子则为清淡，诸侯望包藏阴谋，将欲借周自取天下，遂与周合而夹攻。纣乃以天下大英雄之本领与命运争，终于不支，自焚而成一壮烈之死。周之方面，毫无良德，父子不相容，然狠而有计算，一群的北虏自有北虏的品德。齐本想不到周能联一切西戎南蛮，牧誓一举而定王号。及齐失望，尚想武王老后会有机会，遂更交周，不料后来周公定难神速，齐未及变。周公知破他心，遂以伯禽营少昊之墟。
傅斯年自己说这不是考证古史，而是一篇“笑话”，但他又自信世传的“隆周贬纣”的故事，并不见得比这笑话更符合历史事实，“越想越觉世人贬纣之话正是颂纣之言”。读了上面的文字，我们不禁想起郭沫若对商纣王的评价来。在傅斯年的文章发表10年之后的1937年，郭沫若著《借问胡适》（后改名为《驳〈说儒〉》）一文，说纣的失败“表示着一幕英雄末路的悲剧，大有点像后来的楚霸王，欧洲的拿破仑第一。他自己失败了而自焚的一节，不足以见他的气概吗？”郭沫若的这番“英雄崇拜的感慨话”（郭自谦之辞）并不是他自己的发明，而是傅斯年言论的翻版。总之，自傅斯年以后，不少学者认为，古籍中对于纣亡周兴的原因的传述是失实的，最近几年，尚有不少人写文章，继续申述类似的观点。
傅斯年认为，周建国后分封诸侯，实行原始的“殖民地政策”，各诸侯国统治者之部族不仅人数甚少，而且文化亦较落后；而被统治的殷遗民不仅人数众多，而且文化发达程度比周人高，故民间长期保持着殷人传统的信仰和习俗。他列举了许多例证，兹举数端：
（1）“亳社”屡见于《春秋》经传，乃殷遗民祭祀之处。直到春秋时，鲁国国君尚“盟国人于亳社”，允许殷遗民保持自己的习俗信仰，这说明当政者一直奉行“启以商政，疆以周索”的政策。
（2）孟子鼓动滕文公行三年之丧，滕国的卿大夫说：“吾先君莫之行，吾宗国鲁先君亦莫之行也。”由此可知邹鲁之君不行三年之丧，三年之丧亦非周礼。可是孔子却说：“三年之丧，天下之通丧也。”前者说邹鲁之君不行三年之丧，后者却说三年之丧是天下之通丧，这到底是怎么回事？傅斯年认为，这两种说法表面上截然相反，但实际上并不矛盾。三年之丧是殷之丧礼，东方各国的殷遗民普遍实行这种丧礼，故谓之天下通丧；周族人不用此制，邹鲁之君是周族人，故言“莫之行也”。此亦可以证明殷遗民长期保持自己的旧礼俗。
（3）《论语·先进》说：“先进于礼乐，野人也；后进于礼乐，君子也。如用之，则吾从先进。”傅斯年认为诸家的训释皆不通。他说这里的“野人”是指农夫，是殷遗民；“君子”是指统治者，是周人。这句话的意思是：那些先到了开化程度的，是乡下人（殷遗民），那些后到了开化程度的，是上等人（周人），如果问我何所取用，则我是站在开化的乡下人一边的。这是殷文化高于周文化的证明。
以上的论述确当与否尚值得商榷，但傅斯年强调指出，灭商的周人起初比商人落后，周灭商不是文明取代野蛮，这一点已成为学术界公认的事实。
5.班爵制度与周初封国
傅斯年对殷周时期的班爵制度进行研究，认为《周礼》上说的“五等爵”制与《尚书》、《诗经》、金文不合，以其他史籍推论亦不可通。他依据顾栋高的《春秋大事表》，参照金文资料，对周代诸侯国之爵名、地望进行全面统计，据此分析说：称公者除王室卿士外，只有宋国；侯、伯独以姬姓为多；称子者非蛮夷戎狄即奉前代之祀者，姬姓甚少；男实乃诸侯之附庸。
傅斯年从字义入手对殷周班爵制进行分析。他说：公与兄、君、尹、昆、翁、官、哥似皆一名之分化，当时乃一泛称，不是爵名。宋国不在诸侯之列，既不可称侯，又不能称王，所以取此泛称曰宋公。侯，射侯之义，如汉代之所谓“持节”（持符节以作凭证），为王守土御乱称为侯。伯者长也，亦一泛称，不是爵制，受封于畿外的侯可以称伯，王之卿士亦有称伯者。伯与侯的不同在于，封于畿内者不称侯，而不论封于畿内、畿外者皆可称伯。“由此可知伯为泛称，侯为专号，伯为建宗有国者之通称，侯为封藩守疆者之殊爵也”。子、男意义甚明确，皆附庸隶属之意。子是对伯而言，男是对侯而言。总之，他认为公、侯、子、男，都是家族内部所用的称号，起初不指官爵，也不是指班列；侯是对武士的称谓。这两类名称都是宗法制度下的产物。在宗法制度下，“制则家族，政则戎事”，官属、邦君皆世袭，而周与封国的关系，非同宗即姻亲，非姻亲即“夷狄”，所以这些家族称谓也就成了政治称谓。到了战国，宗法之制与国家政治分为二事，当时学者不明白这一点，乃用班爵之说解释上述称谓，遂有《周礼》之“五等爵”说。
总之，他认为“五等爵”并非一回事，既无差等可言，亦无所谓班列。商周时期是否存在班爵制度？学界对此多持肯定态度，傅斯年的上述观点，仅可聊备一说。但是，《周礼》上所记的“五等爵”不符合历史实际，已成为学界之共识，为不刊之论。
关于周初的分封，傅斯年也发表了与众不同的见解。《诗经·小雅·大东》有“小东大东，杼轴其空”一句诗，郑玄笺云“小也大也，谓赋敛之多少也。小亦于东，大亦于东，言其政偏，失砥矢之道也。”傅斯年说这是“求其说不得而敷衍其辞者”。他认为大东小东是地理名称。《诗经·鲁颂·閟宫》有“奄有龟蒙，遂荒大东”句，已指明大东之所在，即泰山以南、以东的地区。而小东当指今山东、河南交界处的范县、濮阳一带，即秦汉以来的东郡。此一地理概念与周初封国之地望关系甚大。
傅斯年认为《诗》、《书》所载周之功业，乃周太王至宣王数百年经营之结果，后人误认为宣王以后的齐、鲁、燕之地就是周初的封国，这实在是不妥之甚。他对周初东方的封国作了研究，认为鲁、齐、燕初封时皆在成周东南，后来才迁至今山东、河北一带。
《史记·燕世家》说“周武王灭纣封召公子北燕”，让他管辖陕以西的地方。召公既主陕以西之地，其封国便不会在今河北省的北部。因为二地相距甚远，往来太不方便。而且武王灭纣时，东方尚未平定，根本不可能在河北地区建立燕国。金文中燕皆作郾，汉代颍川、汝南二郡（属今河南省）有郾县、召陵县，即有郾，又有召，足以证明召公初封于此。
《诗经·鲁颂·閟宫》两次提到分封鲁国之事，明明白白地告诉人们鲁曾迁徙。春秋时成周东南有鲁县(今河南省鲁山县)，鲁国初封可能就在这里。《史记》说周公危难时出奔至楚，鲁县正处后世楚国境内。周公的儿子伯禽封鲁，另一个儿子嗣周公封于王畿之外，其余的儿子封国均在鲁县东北一线上(蒋除外)。此皆说明今河南鲁山县一带是周公的初封之地。
《国语·齐语》说“齐许申吕由太姜”，可见姜姓诸国皆因与周世代通婚而受封。由《左传》看，申、吕、许皆在成周之南，即今河南省西部地区。古籍中称太公望为吕望，《尚书·顾命》中有齐侯吕伋，西周时男子不称姓，国君无氏，则此吕系封邑无疑。据此可知太公初封于吕，后迁至齐，故后世仍以吕称。吕东迁建立齐国后，吕地仍为一封国。此封国是否为太公望之后不可考知。
傅斯年论述周初封国的地望、方域时，所据资料实有过于薄弱之嫌，推测臆断处亦颇多。但他讨论此问题的立点及方法是值得重视的：后人往往以“大一统”的观念看待三代历史，以为殷、周初建时便为泱泱大国，乃至拿其兴盛时期之文化、疆域置于其初建之时，于是造成了对许多史籍、史事的误读，这是今天研究先秦史仍需注意的问题。
6.东北地区史研究
傅斯年对中国古代史研究虽然涉及到东北地区，但较为深入的进行研究是在《东北史纲》第一卷中。此书第一卷的标题是“古代之东北”，主要叙述上古至隋代以前东北地区的民族分布、民族迁徙演变、区域关系、地理沿革等。
在第一章中，他首先以民族学知识，说明古代东北人与中原人属同一种族。又依据当时考古发掘的资料，指出辽宁一带新石器时代的文化遗存，与仰韶文化“异常的合同”，从而说明上古时“东北在文化及民族上即为中国之一部”。而后根据先秦典籍、历代史书、朝鲜史籍等文献资料，勾画出东北民族由肃慎经挹娄至女真的族名演变脉络，说明古代渤海两岸本为一体。同时通过清理古代神话，比较东北各族与内地民族生活习俗的同异，说明东北部族与东夷族、商族及后来的汉族关系均甚密切。其结论是“人种的、历史的、地理的，皆足说明东北在远古即是中国之一体”。
第二章主要讨论战国秦汉时期东北各族与内地交往的情况。他首先依据《史记》等书的史料，指出燕、秦、汉政府均曾在辽东设郡进行管理，东北与内地的关系比南粤与内地的关系密切得多。而后根据扬雄《方言》中的记述，断定辽东、辽西至朝鲜，在东周秦汉时为一方言区，其方音“皆汉语之音变，并非异族名词之借用”。
第三章讨论西汉至魏晋时期内地政权在东北地区所设的郡县，编制成十分详细的“东北诸郡县沿革表”。
第四章述说两汉魏晋时期东北各族分布情况。本章上篇胪举史料，附以识语，述此时期东北之民族。所引材料，大部分出自《后汉书》、《魏书》、《魏略》、《晋书》及《北史》；所涉及的民族，有夫余、挹娄、高句骊(高句丽)、沃沮、氵岁及三韩。下篇先论述各族的地望、族类，而后述其分化、演变、部族迁徙及其与该地后起民族的关系。
第五章叙述汉晋之间有关东北地区的几件大事，分别是曹操征乌桓、公孙氏据辽东、毋丘俭平高句骊、慕容廆创业辽西。
此书仓促写就，在史料运用、史实考证及若干细节方面甚多罅漏粗疏处。出版之后，曾受到缪凤林、郑鹤声等人的激烈批评。从傅斯年手拟的一份写作计划来看，他曾打算回答缪、郑等人的批评，亦准备对《东北史纲》第一卷进行修订，终因工作繁忙而未果，尽管此书存在一些问题，但它的学术价值及政治意义皆不容简单予以否定。
7.秦汉史与明史研究
傅斯年一生治先秦史用力最多，除此之外，他对秦汉史的研究也颇有成就。他在北京大学曾开设“秦汉史”课，惜其讲义没有保存下来。他的学术论著中，讨论秦汉思想史的地方也很多，下文尚有详述，兹不赘论。1942年4月至10月间。他曾因推荐劳干的《西汉地方行政制度》一文，给吴景超写过二封长信，阐述了他对西汉政治制度的看法。他认为西汉初年分封同姓王的制度，既不同于西周的分封，而后来中国历史上也无其例。封国自置官吏，自行征收赋税，有自己的军队、法律，保持相对的独立性，因而它不是西汉政府的地方行政机构。另外在傅斯年的档案中，有一份名叫《赤符论》的文化史通论写作提纲，共列有30个题目，其中泛论3篇；旨论20篇，讨论秦汉时期的政治、社会、文化、人物等；枝论4篇，讨论文学、艺术方面的问题；辅论7篇，讨论南北朝至清代之哲学、宗教及文化等。由此看来，傅斯年对汉代历史肯定有深入的研究，有真知灼见，只是没有著之竹帛流行于世而已。
傅斯年对明史颇有兴趣，而且下了很大的功夫。虽然他发表的关于明史的论文只有《明成祖生母记疑》和《跋〈明成祖生母问题汇证〉并答朱希祖先生》两篇文章，但他在明史研究方面的素养和水平却为学界公认。在史语所保存的傅斯年档案中，有王云五、黎东方邀请他撰写明史的书信数封。黎东方的信说，如果傅斯年不答应，再找吴唅写。傅斯年在写给胡适的信中，曾表示要给明太祖写一部传，大约也是因为事务繁忙而未能如愿。后来，吴晗写作《朱元璋传》时，曾先将写作提纲寄给傅斯年请求指教。吴晗的信中还说，他最近在清华学校发表的《明教与大明帝国》一文，是“三年前在北门外草地上躲避警报时和先生(指傅斯年)的一次谈话演绎而成文”。另外，在傅斯年1939年的一个笔记本中，记有他准备编写的《明书三十志》的目录，这30篇志是：
历法志、皇统志、祖训志、地理志、京邑志、土司边塞志、氏族志、礼乐民风志、学校选举志、职官志、刑法志、兵卫志、财赋志、河渠志、商工志、儒学志、文苑志、典籍志、书画志、器用志、宦官志、党社志、释道志、朝鲜安南志(琉球附)、鞑靼西域志、乌斯藏志(喇嘛教附)、倭寇志、南洋志、西洋志、辽西志、建州志。
据郑天挺回忆说，傅斯年邀他共同写作此30篇志，拟用5年时间完成，傅斯年认为此志写成，则明史不必重修。他们当时还准备请汤用彤、陈受颐合作，后因战乱而未果。
从傅斯年档案看，他搜集了辽代帝后哀册的拓片，编过宋辽外交关系文书目录，可见他对辽史也有兴趣。他还准备写作《清太祖建号时八旗制之性质》等文章，又准备编写《民国北府纪》(民国史)。可见傅斯年的学术兴趣十分广泛，也曾拟定过一个庞大的写作计划，只是因为庶务繁忙，加上其英年早逝，所以许多研究成果没有留给后人。
傅斯年在古史研究方面的论著不算太多，但其学术成就却很大，在许多领域中做了开创性的工作。他提出史前文明多元说，破除了中国文明起源于中原地区的单元论；阐发夷夏东西说，认定夏朝处于较高的发展阶段上，将夏朝的历史置于考古学的坚实基础之上；论证商族起源，提出商族起源于东北说；论证商周关系，指出灭商的周人当时政治、经济、文化方面均较商落后。所有这些，都为后人的研究开辟了新的领域、新的道路。傅斯年曾致力于先秦民族史的研究，准备将研究成果集为《民族与中国古代社会》一书出版，但又感到此问题太复杂，须作进一步深入研究，故终于放弃出书的打算，而将有关章节以论文的形式在《历史语言研究所集刊》等刊物上发表。这些论文在先秦史研究方面至今仍有重要的地位。
在古史研究的方法上，傅斯年也作出了较大的贡献。首先，他用历史主义的观点研究中国古史，每研究一个问题，必将其置于历史发展的长河中，“原始察终”，考察其演变之迹，并注重从“物质的凭借”方面探究其产生、发展、演进的原因，他不仅从理论上提倡使用科学方法，而且在学术研究的实践中使用了许多科学的方法。其次，他突破了仅仅依靠历史文献研究古代历史的旧传统，充分利用新材料——甲骨文、金文及一切考古资料作为立论的依据。尽管当时甲骨文字的释读、研究还处于起步的阶段，考古资料的发现甚少，他使用新材料的数量也颇为有限，但从研究方法上看毕竟是一个重大的突破，具有开创性意义。另外，他将民族学、语言学、统计学等学科的理论和方法引入历史研究，作了有益的探索，尽管这样的方法的使用并不普遍，仅仅是偶尔为之，在他的整个学术研究中不占重要地位，但毕竟是一种重要的尝试，是一种创举。
毋庸讳言，傅斯年的先秦史研究存在着不少缺陷。他论述先秦史事，不拘泥于前人成说，思想敏锐，大气磅礴，时有石破天惊之语。但往细微处看，则不免给人以粗疏的感觉。如关于燕、齐、鲁诸国初封地的论证，多以汉代以后的地名为据，臆作推测；关于大东小东的论说，亦无充分之证据。关于造成此缺陷的原因，陈槃曾作过解释，他说“孟真师写文章，有时只凭记忆，当然疏忽的地方也是不可能免的。”这话没有说到关键处。应该说，这种缺陷的出现，与他豪放的性格，与他那好为宏论的文风有关系。我想对此用不着列举多少例证，仅仅是“傅大炮”的绰号，“学林霸才”的雅称(许冠山语)，已足以说明这个问题。当然我们还应该注意到，在证据不足时好作推测，这种情况在上个世纪二三十年代的许多学术著作中都不同程度地存在着，顾颉刚是这样，胡适是这样，郭沫若也是这样。当时新史料发现甚少且缺乏研究，旧史料芜杂而未作认真清理；史家要破旧论，立新说，多就大处着眼，而于细微处有所忽略，于史料缺乏处强作推论。时代造就了这样的治学作风，我们无须苛求于史家本人。
（二）性命之辨：中国古代思想史研究
傅斯年在广州中山大学任教时，写有名为《战国子家叙论》的讲义，对先秦诸子思想进行了论说。1936年写成《性命古训辨证》，对中国古代的人性论、天命观两个重要问题作了系统的论证和考察。今以此二文为主要依据，参考他的其他论著，讨论他在先秦诸子和中国古代思想史研究方面的基本观点和学术成就。
1.评论先秦诸子
（1）诸子出于职业说。乾嘉以来的今文经学家们以为孔子以前文化十分之落后，春秋战国之际文化的发达出自孔子的创造力，而诸子学说皆起于晚周。古文经学家们则认为中国文化发达甚早，周公是大圣，孔子述而不作，诸子学说皆有很长的渊源。傅斯年说，我们今天对西周的事情知道的不多，但可以断定当时的社会、人文已经有了相当的发展。他说：
西周晚年以及春秋全世，若不是有很高的人文，很细的社会组织，很奢侈的朝廷，很繁丰的训典，则直接春秋时代而生之诸子学说，如《论语》中之“人情”，《老子》中之“世故”，《墨子》之向衰败的文化奋抗，《庄子》把人世间看做无可奈何，皆都若无所附丽。
他认为春秋战国时期百家并兴、异说纷起，“只能生在一个长久发达的文化之后，周密繁丰的文化之中”。具体说来，当时出现诸子并兴局面的原因有如下几端：
第一，春秋战国时期书写工具有了很大进步。西周的文籍今可见者全是官书，春秋虽有《论语》那样的私家记录，却简括到令人专生误会的程度，可知当时书写条件很差。进入战国，洋洋大作见于各地，原因是书写工具进步了，著书立说有了“必要的物质凭借”。
第二，春秋战国之世，政治无主，传统已不能支配社会，加上世变纷繁，必然“摩擦出好些思想来”。
第三，春秋之世中原大乱，周边的诸侯国个个大启疆土，大开拓、大兼并使生产发展，国力增强，经济文化方面出现了新趋势。民族融汇加强，也使得文化富于前代。这是诸子思想产生的沃土。
第四，社会组织变化，部落式国家进而成为军戎大国。诸侯尚侈，养客之风大盛，为各种学说产生提供了条件。
《汉书·艺文志》有九派十家皆出于王官之说，胡适作《诸子不出于王官论》，力驳此说，以为诸子之出并无背景。傅斯年说胡适之论“甚公直”，但亦“不尽揣得其情”。诸子虽并非出于王官，但“诸子之出实有一个物质的凭借”。这个“物质的凭借”是什么？他说：
百家之说皆由于才智之士在一个特殊的地域当一个特殊的朝代凭借一种特殊的职业而生。
具体说来，儒家是起于鲁地，后流行于各地的“教书匠”。墨家为儒家之反动，其中一部分职业与儒者同，另一部分则各有其职业。纵横、刑法本身就是一种职业。史官这种职业可以造就一些多识前言往行、深明事故之人，所以道家之老子出于史官是自然的事。一切名家辩士，大都是诸侯所养的宾客，他们专以口辩谋生活。总之，无论是有组织的儒墨显学，还是无组织的学派，思想倾向都受其职业的支配，所以《汉书·艺文志》说诸子出于王官，“其辞虽非，其意则似无谓而有谓”。
傅斯年对诸子产生的地域背景作了分析。他说，齐地近海，可能因海路交通而接触些异人，且是西来移民之最后一层次，加上姜田两代颇有些礼贤下士的君王，所以这里文化发达，且有其特殊性。齐国贡献于晚周文化的约有5类：宗教、五行论、托名管晏的政论、齐儒学、齐文辞。鲁是周人在东方开辟的殖民地，西周亡后，“周礼尽在鲁矣”。然鲁毕竟是二等国家，其富与强难得与齐楚秦晋抗衡，于是拿诗书礼乐作法宝的儒家产生于此。而儒家弟子一出鲁国就变了样，墨子最明显。墨家为何在宋地最盛？傅斯年说，宋是文化悠久的国家，当时齐人之夸、鲁人之拘、宋人之愚，都是很有名的（如寓言中揠苗助长、守株待兔之人皆指为宋人)，宋地文化既高，其人心术质直，民风淳朴，且富有宗教性，所以墨家能以宋地为重镇。周郑在当时为一文化中心，文化比较落后的三晋因地近周郑而受其影响，出了不少学者。
傅斯年认为先秦诸子有组织系统者少，无组织系统者多。儒家为有组织之宗派，墨家组织最为严整，其余如道、法、阴阳、纵横、名辩诸家，均非有组织之宗派。其或为独行之士、个体思想家，或为求治世之术的人、诸侯的宾客。
（2）儒家与墨家、黄老学派之争。傅斯年认为儒家是先秦诸子的先驱，孔门弟子游说四方，阐扬己说，开诸子争鸣之风气。孔子的先人是殷王室后裔，其家世传旧礼，故儒学殷遗之色彩十分浓厚，但对周之政治亦充分肯定，可以说其政治以周为目标，其宗教以殷为归宿。
进入战国之后，儒家首先遇到了来自墨家的挑战。墨子早年学儒，后以不安于儒学而革命，故其学说之内容范围全与儒同，而立意却全与儒家异。儒家倡“亲亲之义”，墨者倡“尚贤”；儒家以为事皆有别而墨家主张“尚同”；儒家说爱有差等而墨家言“兼爱”；儒家区分义战与不义之战，而墨家有“非攻”之说；儒家主张厚葬而墨家力主“节葬”；儒家言天命，墨家言天志；儒家“敬鬼神而远之”，墨家确信鬼神存在；儒家持命定论而墨家有“非命”之辩。可见墨家学说立意无不与儒家对立，但是从逻辑学的角度看，这种对立仅是度的问题，在诸如尚贤、爱人、战争观、鬼神观、礼乐观方面二者亦有相通之处。总的说来，儒家“持中”而墨家走极端。儒、墨之争的结果是儒胜而墨败。
战国时期，儒家还遇到了黄老刑名一派及阴阳家的挑战，入汉以后，儒家与他们的争斗更加激烈。傅斯年说：
儒家、黄老之战在汉初极剧烈，这层《史记》有记载。汉代儒家的齐学本是杂阴阳的，汉武帝时代的儒学已是大部分糅合阴阳，如董仲舒；以后纬书出来，符命图谶出来，更向阴阳同化。所以从武帝到光武虽然号称儒学正统，不过是一个名目，骨子里头是阴阳家已篡了儒家的正统。直到东汉，儒学才渐渐向阴阳求解放。
孔子是旧文化的继承者，后来为什么会成为两汉新时代的中心人物？傅斯年说，孔子的政治思想是行霸道，“强公室杜私门”，与当时的社会相合。所以成了邹鲁地区的“大闻人”，在国际上影响很大。秦汉虽然是一个新的时代，但孔子的思想里也有与这个新时代合拍的东西，而且其学派势力大，传人多，在这方面比其他学派也有优势，所以尽管他们的某些主张与新时代相悖，但是汉朝找不到比它更合适的统治思想。儒家思想在汉代站稳了脚跟，以后不断随着时代的变化作些小变动，遂统治中国社会达二千多年。他还认为，中国社会虽然经过了战国的大动荡，但宗法制度未破除，宗法思想仍支配社会伦理，黄老申韩诸学说可用于政治，但却不能为社会伦理观念所认同，故难深入人心。而儒家思想保留宗法观念最多，易于为社会所接受。
（3）老庄学派及其演变。清人汪中认为《史记·老子韩非列传》中之老子实为三人：著五千言者为史儋，孔子问礼者为老聃，家居苦县者为老莱子。傅斯年同意汪中说，认为《老子》的作者是战国人太史儋。《老子》一书的内容大约可分两方面，一是道术，二是权谋。这两方面其实是一回事，道术是权谋的扩充，权谋是道术的应用。老子生当战国之乱世，通晓往古史事，洞彻事故人生，所以其书中“全无主观之论，皆成深刻之言”。《韩非子》一书中《解老》、《喻老》两篇所解释的，正是老子的本旨。
他认为今本《庄子》乃向秀、郭象所编定，其分为内、外、杂三部分全凭主观，既无逻辑标准，也无前人遗说为据。若以《天下》篇衡量，则《逍遥游》、《秋水》等篇最接近庄子的本旨。是则外篇、杂篇反比内篇更能反映庄子的思想。在傅斯年之前，学界普遍认为《庄子》的内篇反映了庄子的思想，而外篇乃其后学所作。近些年有的学者深入研究《庄子》一书，所得结论正与傅斯年的观点相向。
傅斯年认为，汉初的黄老之学并没有大变老子的要旨，即以阴谋运筹帷幄之中，以权谋术数决胜千里之外，史称汉文帝好黄老刑名，今观其行事，持大体、不扰民、尚节俭、除浮华，以无用为用（对功臣），以柔弱胜刚强（对诸侯王），这并非庸人多厚福，乃帷帐中之深谋也。所以尽管贾谊少年气盛，侈言高论，但文帝终不为其所动。辕固生说《老子》“此家人言耳”，亦可见汉初人认为老子乃处世之论。此后黄老之学中渐杂神仙方士之说。
神仙方术本起于燕齐海滨，因其影响力小，故求比附显学以自重。秦始皇坑术士而扶苏谏曰“诸生皆诵法孔子，今上重法绳之，臣恐天下不安”，把坑术士说成坑儒生，则当时术士自附于儒家可知。文景之世，黄老成为显学，于是神仙方士又附于黄老，《淮南子》一书已显露出这种趋势。神仙方术与道家合流是时代的产物，不是道家思想本身演化的结果。汉武帝尊崇儒学，阴阳五行之说随之大盛，黄老之学式微。但其在民间仍旧流传，当政者亦未能完全抛弃此学说，如宣帝就鄙薄儒术而尚黄老刑名之学。这时阴阳学说已磅礴于世，道家便向它靠拢，用它作为阐扬己说的载体，这与汉初的黄老之学便大异旨趣了。
汉魏之际，儒学停滞，老氏之学复兴。傅斯年强调指出，魏晋时期的“老”是“庄老”，既不同于战国的老学，也不同于汉初的黄老。黄老乃治国之具，庄老乃玄谈之资。有关《老子》和《庄子》的区别，《庄子·天下篇》讲得很清楚。《老子》世事洞明，主张以权术御众；《庄子》人情练达，流露出无可奈何的感情，主张糊里糊涂，以不了而了之。魏晋时人大都像看破红尘样子，与世俯仰，这与《庄子》的思想相一致。干宝《晋纪总论》说“学者以庄老为宗而绌六经”，不言“老庄”而言“庄老”，甚得时代之要旨。魏晋人取《老子》以释《庄子》，这样老子之学的经世之意被掩没了。至于说晋人葛洪的神仙之术，北魏寇谦之的符录之术，离老子学说就更远了。
傅斯年对于先秦诸子中的其他学派，如儒家的孟荀二派、墨家、道家的庄子学派、阴阳家、齐晋的政论家、稷下学派、杂家等等也都作过一些分析研究，篇幅所限，不再详述。
2.《性命古训辨证》
在《性命古训辨证》一书中，傅斯年对中国古代之天命观、人性论进行缕述分析，进而深入探讨中国思想史中的许多重要问题。
在这部书的上卷中，他将周代金文、《尚书·周诰》、《诗经》、《左传》、《国语》、《孟子》、《荀子》、《吕氏春秋》中的生、性、令、命四字进行了全面统计、排比，而后分析研究，所作结论是：
独立之性字先秦遗文所无，先秦遗文中皆用生字为之。至于生字之含义，在金文及《诗》、《书》中，并无后人所谓性之一义，而皆属于生之本义。后人所谓性者，其字义自《论治》始有之，然犹去生之本意为近。至《孟子》，此一义始充分发展。令之一字自古有之，不知其朔。命之一字，作始于西周中叶，盛用于西周晚期，与令字仅为一文之异形。其“天命”一义虽肇端甚早，然天命之命与王命之命在字义上亦无分别。
此书上卷重在解释性、命二字的字义及其演变，一般不涉及思想方面的问题。中卷主要讨论周初至战国时期的天道、人性观念，其中尤以儒家各派与墨家为重点。
傅斯年认为，远古时代人们以自然、自然力或祖先为崇拜对象，并没有产生抽象的皇天观念。经过了“甚多政治的、社会的、思想的变化”以后，才由宗神演进为上帝，由不相干的群神演进为皇天的系统。在中国上古社会，每个部落都有其特殊的宗神，部落间的混合，导致宗神的混合。后来大一统的思想发展起来，便形成了普遍的混合。他对孙海波《甲骨文编》中的“帝”字进行统计，计得61例，其中单称“帝”者26例，用作动词意义与“禘”同者（甲骨文中帝与禘为一字，祭帝之礼为禘，禘之对象曰帝）17例、用为先王名号者6例，意义不详者14例，称上帝者1例。据此统计看，不著名号之帝出现次数最多，从占卜内容看，此乃上天之主宰。其余先王或图腾前冠以帝字者，乃次等之帝即所谓配天、郊祀者。看来殷人最初只有单称的帝，后来先王等也冠以帝字。为了将天帝与祖先之帝加以区别，乃在单称的上天之帝前面加上一个“上”字曰“上帝”。后来周人继承殷商文化，把殷人的上帝置于其宗神之上。经过这番转移，上帝便成为一普遍的观念，“无偏无常”、“其命无常”，完全失去了宗神性。他概括西周初年统治阶级中的天道观念说：
此时此辈人之天道观，仍在宗教的范畴内，徒以人事知识之开展，故以极显著的理论色彩笼罩之，以为天人相应，上下一理，求天必先求己，欲知天命所归，必先知人心所归……此说有一必然之附旨，既天命无常是也。惟天命之无常，故人事之必修。此一天人论可称曰“畏天威重人事之天命无常论”。
傅斯年说，当西周全盛时，王庭中有这样一种人，他们上承夏商文化之传统，下启文化转变、思想发展之端绪，在王迹赫赫时，他们不过为王朝典守文献、增助文华，等到王纲不振时，这些人的地位便渐渐提高了。宗周既灭，他们散往各国，得到发挥才智的场所，于是异说纷出。东周的天命论，便是他们讨论的大题目。大体说来，当时出现了五种不同的天命论：
（1）命定论，以为天命固定，不可改易，此观念源于民间。
（2）命正论，以为天眷无常，天根据人的行为善恶以降福祸，这是周人的正统思想。
（3）俟命论，承认天福善祸恶，但认为天有时亦不按此原则行事，此说流露出非宗教的道德思想趋向。
（4）命运论，此说自命定论出而更有理性色彩，它源于民间迷信，至邹衍创立五德终始之论，乃形成复杂的系统。
（5）非命论，此论自命正论出，而更变本加厉，墨家持此说。
傅斯年明确指出，西周与战国是两个完全不同的时代，介于二者之间的春秋时期是一个转变的时期，一个充满矛盾的时代。在这个时期，旧观念尚未完全破除，新思想已在萌生之中，对于天人关系的看法也是如此。
春秋时期的社会变动在孔子思想中有明显反映，他谈性命与天道，都表现出过渡的、转变的色彩。他一方面继承了传统的天命现，认为天有意志，命定论的意味很浓；另一方面又有了命正论的成分，认为人的善恶是天行祸福的依据。此二者调和的结果是走向俟命论，即所谓尽人事而听天命。孔子谈天道，总是在若隐若显之间，持模棱两可的态度。
孔子的人性论中也充满着矛盾，孔子以前的人以为人生来就因族类、等级不同而其性亦不同，到了孟子则提出人生来皆具善性，圣人善于扩充善性，后来才与常人有异。孔子介于二者之间，一方面说人生来性相近，因习染而相远；另一方面又说人有上智下愚之分，有生而知之与学而知之之差别。
孔子言中庸之道，持中间立场，墨子沿着与其相反的方向走向极端。儒者于鬼神疑信参半，时而表现出不信的姿态，墨子则坚信鬼神存在，弃儒家的天道自然论而向全神论迈进。但墨子是一位革新的宗教家，他把天人格化、道德化，将人的道德理智全纳入宗教范畴，对儒家的命正论、俟命论提出严厉批评，以为朝代兴亡、人之祸福皆由人的行为造成，非天所预定。傅斯年说，墨子虽为士大夫中人，但其教徒中甚多工匠及下层民众，这与儒家之阶级属性显然不同。但傅斯年不承认阶级的差别将导致思想观念的差异，不能由此揭示儒、墨立论相悖的深层的原因。
傅斯年说，大凡以宗教为本的思想家皆侈言天而少谈人性，墨子是其代表。务求脱去宗教色彩的思想家，则极力避开天而另立“大本”，最适合作大本的莫过于人了，孟子则如此。孟子从反墨学的立场出发阐扬儒学，比孔子更近于泛神沦和自然神论，更少宗教色彩。他在性格、言谈、逻辑方面皆非孔子正传，立意常与《论语》悖。他喜谈人性，首创性善说，认为仁义礼智皆是生来就有的禀赋，扩充之则为善，否则，为外物所累则为恶。他强调内心修养，不重力学，与孔子的人性说、教育论是不同的。孟子也谈命、天命，但他说的天命含有义、利的意义。他有时将性、命二字连贯使用，视天命与人性为一事，“谓性中有命，命中有性，犹言天道人道一也，内外之辩妄也”。其思想是泛神论的、半自然论的、人本主义的。他用人道解天道，使得儒家思想前进了一大步，人本主义形成了。
荀子持性恶说，认为人之生也本恶，其所以至善者，人为之功也。这就等于说，历代圣贤皆学问而得，力行所致，如从其本性自然发展，则只能归于恶而无法达到善。这种理论虽难自圆其说，但从逻辑方面看远在孟子性善说之上，与孔子的人性说较为接近。尤其是由此引发的力学论，更与孟子相违而得孔子正传。在天道观方面，荀子超越孔、孟故域，另辟新径，走尽泛神论之路，达到无神论境界。他评价荀子之学是“一面直返孔子之旧，一面援法而入以成儒家之新”。
他总结儒家天道观念发展演变的过程说：
早年儒家者，于天道半信半疑者也，已入纯伦理学之异域，犹不肯舍其宗教之外壳者也。孔子信天较笃，其论事则不脱人间之世，盖其心中之天道已渐如后世所谓“象”者，非谆谆然之天命也。孟子更罕言天，然其决意扫尽一切功用主义，舍利害生死之系念，一以是非为正而毫无犹疑，尤可见其宗教的涵养，彼或不自知，而事实如此。自孟子至于荀子，中经半世纪，其时适为各派方术家备极发展之世。儒家之外，如老子庄周，后世强合为一，称之曰道家者。其天道论之发展乃在自然论之道路上疾行剧趋。老子宗天曰自然，庄子更归天于茫茫冥冥。荀子后起，不免感之而变，激之而厉，于是荀子之天道论大异于早年儒家矣。
先秦儒家思想比较单纯，傅斯年认为，不管是荀子援法入儒，还是孟子阐扬心学，都不是杂学。后来阴阳家借儒学以自重，秦始皇坑儒，儒学也不得不附阴阳学以求生存。所以到了汉初，儒学已成为杂于阴阳的儒学。《易丒系辞》《中庸》皆此学说的代表作。这种杂儒学的天道论没有继承先秦儒学的正统，而主要是吸收了“民间信仰传自远古而未经古儒家之净化者”，其宗教意识转而浓厚。
傅斯年说，先秦儒家谈性、命皆分别言之，命指天命，即所谓吉凶福祸者；性指人之禀赋，即所谓善恶质材者。孟子虽将二字相连使用，但并没有作为一个名词。将性命作为一个名词，始见于汉人著述如《乐记》、《中庸》中，而这里所谓性命，意义与先秦的性字同，而不含天命的意思。汉儒人性说的特点为善恶二元论。最先发挥这种观点的是《春秋繁露》，其说多出自《荀子》，兼取《告子》，或邻于《孟子》。董仲舒以人副天数为立论之本：天具阴阳，故人性必兼善恶，由阴阳家的天道二元论推演出人性二元论。此后，许慎、郑玄、《白虎通义》及种种纬书皆据此发挥，于是此说成为汉代四百年间人性论的正统。
汉代的通人硕儒对性二元论亦有异议，刘向的性情相应说，杨雄的善恶混说，王充的性三品说，荀悦的性情相应兼三品说，对此正统人性说皆提出批评，他们都想返回到孟荀性论分途之前，而以孔子品差的性论为依据取代汉代的性二元论。
他指出自晚周至魏晋，人性论的发展经历了三个阶段。晚周为分驰时代，性善性恶之辩由此产生；西汉至东汉初年为综合时代，百家合流，异说杂糅，性二元论最盛行；东汉至魏晋为净化时代，人智复明，拘说迂论渐以廓清，性三品说渐渐取代了性二元论。
张政烺读过《性命古训辨证》书稿后，赞叹道：“数千年儒学精蕴所在，竟使原委条贯，豁然大白于今日，诚快事哉！”劳干曾说这部著作“对于中国哲学思想史是一部很重要的典籍”。赵纪彬也说此书：“穷究天人之际，通论思想之变，溥薄渊源，精义时出，实有美不胜收之慨。”
傅斯年讨论思想史上的问题，十分重视其“物质的凭借”，认为思想意识皆有物质的条件为依托。从此观点出发解释思想史上的现象，立论坚实，析辨深刻。如论战国诸子并兴的原因，从书写工具进步、政治无主、民族融合、社会组织变化等几方面论述；分析诸子思想，强调地域、时代、职业三个因素，立论平实，言之有据。他研究古代思想史，抓住天命观、人性论两个核心问题，认定春秋战国为天命观的转变时期，将当时的天命观分作五个类型；认定战国为人性论的发端时期，对后代人性论的发展演变缕述析论，其见解甚高远，分析颇透辟，今天看来，他的许多论断仍为不刊之论。
在研究思想史的过程中，傅斯年充分地使用了他一生所极力倡导的治学方法。首先，他尝试使用了“以语言学之立点，解决思想史之问题”的方法，对此前文已有详述。其次，他成功地运用了历史比较的方法，他比较儒、墨两家的思想，指出墨子早年学儒，故其讨论问题的内容范畴、逻辑起点皆与儒同；但其既然背离儒家自立门户，则刻意与儒家唱反调：儒家“持中”，墨家则走向极端。这样理解儒、墨之争极富新意，亦极为深刻。他比较孔、孟、荀三人，认为在人性论上，荀子接近孔子，孟子走向歧途，汉代儒家多为荀子的传人。如今越来越多的学者接受了这种观点。再次，他“用历史的观点”探究“历来之变”，用历史演进的观点考察思想意识变化的轨辙。不管是研究某一个学派，还是研究某一种思想观点，都十分注重考察它们的来龙去脉，或讨论其发展阶段，或考察其演进之迹。他强调从特定的时代研究发展变化的原因，从各种思想相互影响中求变化的动力，所以他对古代思想流派的论断一般比较公允，比较符合历史实际，对各派思想实质的认识也比较深刻。
（三）考论经史古籍
傅斯年注重搜集新材料，也十分注重研究传统的材料即历史典籍。先秦秦汉时期的典籍问题甚多，流传过程中之脱漏讹错、后学改窜且不说，仅是某些书籍的作者、成书年代问题，已足令学者们伤尽脑筋。因为一旦把年代搞错，则研究结果之价值将大打折扣。故先秦秦汉古籍之年代考证，向来为治史者所普遍重视，傅斯年自然不会例外。他在大学里曾专门开设过古籍研究类课程，传世的讲义有《〈诗经〉讲义稿》和《〈史记〉研究》两种。在《历史语言研究所集刊》上也发表过几篇研究古籍的文章，其余学术论著中也时常论及某些古籍的内容、价值、篇式、作者、成书年代等问题。今择其重要者评述如下。
1.尚书
傅斯年认为，《尚书》的各篇不仅时代不同，而且东周时不同地区所流传的《尚书》内容可能也不尽相同，所以流传至今的《尚书》28篇不能当做一个系统来看。他把这28篇分作7类：
（1）周诰类，包括《大诰》、《康诰》、《酒诰》、《梓材》、《召诰》、《洛诰》、《多士》、《无逸》、《君奭》、《多方》、《立政》、《顾命》、《文侯之命》共13篇。其文辞佶屈聱牙，文法语法皆为一贯，是为“一部《尚书》之精华，最为信史材料”。这13篇凡可解释、可句读的文字，皆文辞炳朗，有雍容的态度，有对仗的文辞，有时还有韵，并不使人感到晦涩难解。凡今日不可解、不能句读处，与其归咎于当时文辞拙陋、土话太多，不如说是因为文字经隶篆之变而致误，经多次传写而生讹，或因当初章句家无识而错简。这13篇中除《文侯之命》外，其余12篇都是武王到康王时代写成的(《无逸》有后人润色的痕迹)。《文侯之命》的文体词义皆与其他篇不同，可能是抄录战国时出土的或古代流传下来的彝器铭文而成。这类诰书或由王室、诸侯国册府中保存下来，或铸在青铜器上流传于世，或作为贵族教育的教材而传播。诰书有了这样的“物质凭借”，故得以流传后世。
（2）鲁书类，包括《金縢》、《费誓》两篇。《金縢》当是后人根据前代流传下来的故事及语句拼凑而成。这两篇文辞近于周诰而无深义，价值自然不能与周诰相比。
（3）宋书商书类，包括《盘庚》、《高宗彤日》、《西伯勘黎》、《微子》四篇。前二篇文辞比周诰易解，故成书时间比周诰晚，但又不类春秋的文辞，大概是宋人根据传训写成的典书。后二篇是宋人追忆其先人功业及族属而归入档案的文字。
（4）外国书，包括《吕刑》、《秦誓》两篇。《吕刑》开头有“惟吕命王”四字，周代彝器中有吕王之器数件，则此吕王者即是吕国之君，“命”字可能传写有误，当是吕王的谥号，则此篇乃吕王之诰。文中发号施令者绝无王者气象，俨然一部落族长，可见与成周无关。《秦誓》并非秦穆公崤之战败后自责之诏，古人大概亦不知出自哪位君主之口，而硬加在一位知名的君主头上。不过就文辞而论，此篇乃《尚书》中上乘的作品。
（5）三代誓辞，包括《甘誓》、《汤誓》、《牧誓》三篇。大概到了春秋中叶，禅代、征伐两种政治思想已形成一个系统，这三篇就是凭借这种思想而产生的文章。
（6）《禹贡》、《洪范》两篇。前者以九州观念为纲，后者以五行观念为领，均系后世“托古拓今”之作，大体可断定为东周的东西。九州观念的产生不会晚于西周，但这并不能说《禹贡》是西周的书；有人说《禹贡》中地名有仅见于汉代者，因而疑其成书甚晚。这也讲不通，因为仅见于汉代的地名不一定就是汉代才出现的。说此篇成于战国也无确凿的证据，说它成书于东周是不会有问题的。
（7）虞夏书，包括《尧典》、《皋陶谟》两篇。此二篇陈“禅让”思想，乃战国学者谈论的大问题，故为晚出之书。
傅斯年论述了《尚书》各篇的成书年代、核心思想、史料价值等，应该说他的研究还很不深入，某些具体结论尚待商榷或有明显错误，但从总体上看，他对此书各篇的年代分析大体不错，对其思想价值的认识也每每有精辟独到之处，对我们研究《尚书》、运用其中的史料仍有一定的参考价值。
2.《诗经》
关于《诗经》产生的年代，傅斯年认为雅、颂有不少西周的诗，其中无韵的颂产生得最早，但颂不全是西周的诗，有些产生较晚。大体说“诗三百之时代一部分在西周之下半，一部分在春秋之初期中期。”
关于《诗经》的分类及各类名称的来源，傅斯年作了如下考证：《诗经》原来都是以地域分类的。“风”原非一部类的名称。风起初泛指歌词，诵之则曰讽，风、讽本为一字，并无讽刺之意，到春秋战国时有人把一种含有寓意的诗乃至辞章称作风，于是将讽刺的观念引入以解诗。约到战国末，人们将含有讽刺意义的诗归为一类而命名曰“风”了。“雅”汉儒皆训为正，此乃引申之义，其本意为“夏”，夏即指中国，所谓大雅、小雅，均是以地域将《诗经》分类的。“颂”可训为容，其诗为舞诗。
《诗经》的雅、颂中主要内容有两个，一是颂美文武，二是称道南国。西周历数百年，而诗篇的年代分布为什么这样不均匀？为什么南国的分量那样重？傅斯年认为，西周亡后，王室保存的诗散佚，流传到今天的诗一部分来自鲁，这是颂美文武的诗；另一部分来自南国，也就是称道南国的那些诗。西周之初开辟了成周以南、江汉以北的地区，由王室直接管辖，当时人称此地为南国。分封诸侯之后，由召公管辖的地区叫召南。后来这里的文化逐渐发达，且有地方特色。西周之末，王室所存之诗遭兵燹，南国未经战争，保存下来的较多。鲁乃周文化的东方大本营，南国亡于楚，“周礼尽在鲁矣”，故鲁地保存的诗书最多。到汉初，传诗书的大都是齐鲁之士。
傅斯年认为，大雅、小雅中那些耀武扬威的诗，分别产生于宣王、厉王、夷王时，《毛诗序》之所以把这些诗都加到宣王的头上，是因为太看重诗的流传次序了。其实今日所见诗之次序是绝不可靠的。小雅中一切歌乐、祝福之诗，都被后人看作是刺幽王的诗，也是这个缘故。此外他对大雅的类别，大小雅的同异，雅与风在文体上的差别也作了简要的考证与说明。
世有诗三百篇为孔子删定之说，傅斯年认为这是“汉儒造作之论”。因为“诗三百”一词，《论语》中数见，如果孔子把三千篇诗删为三百篇，他不会把“诗三百”这个名词用得这么现成。从孟子开始，诗超越了孔子的“小学教育”而进入了儒家的政治哲学。战国秦汉之际，这部“绝美的文学书成了一部庞大的伦理学”。汉代又有人把它当作谏书，这虽然引出了诗义解释上的许多谬说，但对《诗经》的流传却很有益处。后来齐、鲁、韩三家诗亡佚，是因其政治哲学味太重。毛诗素朴，与古文经相互发明，故借其势得以伸张。东汉大儒舍家学而就通学，不满三家诗之孤陋寡闻而取毛诗。六朝到唐，学人讲诗无多可取之处，宋代古文学复兴，人们大胆去想，产生了许多新观点。朱熹拿《诗经》的本意解诗，于是以前的一切美化附会之说扫地以尽，诗的文学作用复显露出来。由于时代所限，“他走着最是的路，偏又不敢尽量的走去”。清代学者对《诗经》的贡献，一是古韵，二是训诂。自陈第、顾炎武建立系统的古韵学后，各家继起，发明甚多。训诂方面，戴、段、二王虽不专治诗，但在《毛诗》训解上贡献甚大，还有一些专治诗的二流学者也很有成绩。不过清人所得新材料不多，旧材料又太紊乱，因而在许多问题上聚讼纷纭，得不出结论。而且对于诗的作用的认识过于泥古，反不及宋人。他认为研究《诗经》的正确态度应该是：
一、欣赏他的文辞；二、拿他当一堆极有价值的历史材料去整理；三、拿他当一部极有价值的古代言语学材料书。
他提出研究《诗经》的原则是：在《诗经》本文中求诗义，不管经书所载还是近儒之说，皆须以本文衡量，与本文合者从之，不合者舍之；声音、训诂、语词、名物之学乃经学的根基，须继承前人的研究成果而继续提高。
3.《礼记》
在《中国古代史讲义》中，傅斯年对《礼记》的部分篇章进行了研究。他认为《檀弓》是《礼记》中最早之篇，“里面找不到一点秦汉的痕迹来”。它大约成书于孔门七十子之后、荀子之前，其中保存有战国儒家的可贵史料。《曲礼》中的材料大部分是先秦的，或者在春秋战国之交，其史料价值甚大，但有的地方混入了秦汉间方士的言论。
《礼记》中成于汉代的篇章甚多，如《王制》中的制度与《孟子》、《周礼》均不同，且十分刻板，纯属一种政治的理想，故不可能产生于战国，而与汉初儒家的思想大体相合，当如东汉卢植所说为文帝时博士所作。《礼记》中的《月令》是汉初儒术与阴阳合揉的一个好例证。《文王世子》是汉代的作品，可能是太子或诸侯王之师傅所作。《礼运》由几个不同的小节拼凑而成，好几处有反复、颠倒的痕迹，且杂有黄老、刑名之旨，不是纯粹儒家的话，乃汉初儒道两种思想的混合物。《学记》乃汉初儒者论教育及学习方法的作品，从中可以看出儒者的生活状态。《乐记》是汉儒集合战国、汉初儒者论乐之文贯串起来写成的。《解经》、《哀公问》、《仲尼燕居》、《孔子闲居》几篇与《荀子》有相证处，很可能是汉初儒者“述而兼作之言”。《儒行》篇中言儒服儒冠受之自然而不敢指斥那些毁笑儒服的人，恐怕是汉初儒者感到苦痛而自解之词，哀公就是指刘邦。
他认为《中庸》、《大学》的成书年代不会太早。《中庸》由三个部分组成：第一部分从“仲尼曰，君子中庸，小人反中庸”到“子曰：父母其顺矣乎”，这段话里面的“中庸”是“两端之中，庸常之道”，反映了“中间阶级的世家人生观”。它不谈怪异，大谈人的修养；不谈大题目，而论家庭间的事，显然产生于鲁国细密的文化环境中，不是汉儒那种大发议论的手笔。传说子思作《中庸》，从这部分内容来看，是很有可能的。第二部分从“子曰：鬼神之为德，其盛矣乎”起至“明乎郊社之礼，禘尝之义，治国其如示诸掌乎”止，与第一部分毫无相干，乃自他篇孱入者无疑。第三部分自“哀公问政”以下至篇末，再加上《中庸》开头的一大段，这纯粹是汉儒的东西，这里讲的“中庸”已不是“两端之中，庸常之道”，而是“中和”了。他认为西汉人的文章和晚周人的文章是截然不同的，如果一篇文章的时代属周还是属汉不好确定，那么可以用下列四条标准衡量：
(一)就事说话的是晚周，做起文来的是西汉的。(二)对当时问题而言的是晚周，空谈主义的是西汉的。(三)思想成一贯，然并不为系统的铺排的，是晚周的；为系统的铺排的，是西汉。(四)凡是一篇文章或一部书，读了不能够想出他的时代的背景，就是说，发的议论是抽象的，对于时代是独立的，是西汉……汉朝也有就事论事的著作家，而晚周却没有凭空思之为方术者。
《大学》讲平天下，不谈列国纷争等事，只说理财，且又以财为末，大骂聚敛之臣。以理财为天下要务，必在天下一统之后，可见《大学》之作，不会早于秦始皇。秦在东周时被东方诸侯视为夷狄，《大学》却引《秦誓》，亦可见其非战国人所作（《尚书》中有《秦誓》大概是因为伏生为秦博士的缘故）。《大学》大骂聚敛之臣，说明其非产生于汉初，因为汉初兵革纷扰，无聚敛之臣，文景时亦无此等人，到汉武帝时才大用聚敛之臣。如果《大学》是据时立论的话，那么它应当产生于武帝用孔仅、桑弘羊之后，轮台下诏之前。
傅斯年说，文籍上起初并没有《大戴礼》、《小戴礼》之分，直到东汉马融、郑玄才将其分开。小戴所传49篇即今之《礼记》，而大戴所传85篇约亡于汉魏之际，它是什么样子今已不可考知。今天见到的《大戴礼》内容十分驳杂，其与《荀子》、《小戴礼》、《汉书·贾谊传》、《孔子家语》中的某些内容相合，大概是魏晋时《礼记》盛行之后，想自立门户的人将史书、子家、杂记抄缀而成。但是这部书中保存了许多珍贵的材料，我们不能轻视它的史料价值。他还认为，与《礼记》关系最密切的子家不是孟子，而是荀子，研究《礼记》是不能不参考《荀子》的。
4.《易》与《春秋》
傅斯年认为《易》和孔子没关系，和儒家也没关系。《论语》只有一处提到《易》：“加我数年五十以学易可以无过矣。”这里的“易”字《鲁论》里作“亦”字。据此看来，《论语》里对《易》只字未提。孔子喜《易》，韦编三绝之说最早见于《史记》，不可信。《孟子》、《荀子》也都不引《周易》。《易》为卜筮之书，孔子连祈祷都不肯，更不要说卜筮了。《史记·儒林列传》叙说孔子与《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》的关系，并没说到《周易》。《易》本齐地阴阳家之学，与儒家学说本不相干，到了战国晚年，儒生术士合流，《易》才与儒家攀上了亲。至于《易》之十翼，乃是汉人所作，连司马迁都没提到它，可见不会太早。傅斯年所作的结论是：“儒家受了阴阳化，而五经之外有《易》，阴阳家受了儒化，《易》有文言系辞。”
他认为孔子与《春秋》的关系不易说清，既不好肯定说《春秋》乃孔子所作，也不好说《春秋》与孔子没有关系。不过，“孔子订《春秋》，不见得不是事实”。即使《春秋》未经孔子之手，恐怕也是孔子以后不久产生的，其思想渊源来自孔子。所以有人说孔子作《春秋》，或说孔子的后学作《春秋》，这在道理上是没有分别的。他说：
我觉得《春秋》是否孔子所作是小题，《春秋》传说的思想是否为孔子的思想是大题。由前一题，无可取证。由后一题，大近情理。我觉得孔子以抓到当年时代的总题目而成列国的声名，并不是靠什么“六艺”。
他认为《公羊传》的思想与《论语》相合，是在春秋末年社会背景下产生的，不会是战国，尤其不会是汉朝。由于写成定本较晚，所以孱入不少汉代的东西。至于《左传》，“决不是一时所生，谅也不是刘歆一手而造”。他提出了这样的设定：西汉初年流传着一部《国语》，又名《左氏春秋》，而传《春秋》的公羊家不能说明这部书的由来，人们感到不满意，于是就产生了一种联想，以为《春秋》与《国语》有关系，这种观念一产生，就打动了不少人。汉武帝时，公羊学成了国学，其势愈盛，反动力就愈大，愈有人为《国语》造新解。到了刘歆，终于成就了《左氏传》的巨观。当然古文经学不是刘歆一手之力，在此以前必定有一个很长的渊源。拿《左传》与《国语》比较，可以看出它们在文字上有分别，在体裁上也有分别，而且在内容上也有相矛盾的地方。当年《左传》的作者把《国语》大部拿来做材料，又加上了好些别的材料或自造的材料，写成了这部书。
5.《史记》
傅斯年十分重视对于《史记》的研究，在他看来凡治古史者都必须认真研读《史记》，所以他在大学任教时，专门为学生开设了《〈史记〉研究》一门课程。研究《史记》具有什么样的意义呢？他说：①《史记》是读古书治古学的门径。②《史记》研究可以为治古书之训练。将《史记》与经传子集参校，是一项很有意义的工作。③司马迁有大综合力，整齐异说，又有独到的见解，文词星历，综于一人，这是很值得后人学习的。④可以学得不少历史知识。
同时他又指出，《史记》不是一部容易研究的书。其说有三：①司马迁生前没将《史记》写成定本，后来很多人补作，又有人删改，至今成为古籍中最紊乱的一部书。②司马迁所引用的书，如今几乎都有问题，只有互校互订，才能寻出些端绪来。③整理《史记》需要许多专门知识，要用新观点、新方法，靠个人之力是无法完成的，必须集合一批学者，分工合作。
傅斯年认为，司马迁对于中国古代史学的贡献有三点：第一，“整齐殊国纪年”。此虽有《春秋》为其前驱，但彼不过是一国之史。古时列国并立，纪年全不统一，司马迁写成《十二诸侯年表》、《六国年表》，此乃史学方面的“绝大创作”。在西方，古史之年代学直到近代才发展起来。第二，写作八书，将文化史纳入史书之中，“斯睹史学之全，人文之大体矣”。在欧洲直到19世纪才有了这样的史学家。以上两个方面，“皆使吾人感觉子长创作力之大，及其对于史学观念之真(重年代学括文化史)，希腊罗马史家断然不到如此境界”。第三，“疑疑亦信”，对于古代史事，不雅驯者不取，说法不同又难作抉择者则异说并存，这种求实求真的精神值得后人学习。
傅斯年特别强调说，司马迁不是一位古史家，他采用《诗》《书》，并无心得，记五帝三代之事，但求折衷于六艺，“因仍师说，不求断制”，在这方面尚不如谯周的《古史考》。入春秋之后，其记事则较丰，及战国更详，至汉代而烂然成其大观。其所记汉事与记秦以前之事判若两书。记秦以前事“疏略抵牾”，记汉代事则“文直事核”。记汉事也是愈往后愈见其别择与文采。八书乃《史记》最伟大处，所记也大多为汉事。他在实地调查的基础上写史，这已是近代的著史方法了。
傅斯年一生喊得最响亮的口号是使用新工具搜求新史料，这是他领导的历史语言研究所工作的宗旨。但是傅斯年绝不忽视对于旧材料的搜求与整理，绝不贬低旧材料的作用和价值。
他指出，在搜求利用新材料之前，首先必须对旧材料进行一番清理，廓清对旧材料的误识；当时可资利用的新材料还比较少，人们进行学术研究主要还是依靠旧材料，即便我们发现了大量的新材料，旧材料也仍具有无可替代的价值。基于这样的认识，傅斯年十分注重对群经旧籍的研究和整理。要准确无误地使用古籍中的材料，首要的问题是判定其成书年代、来源，纠正前人的偏见、误释，重新审定其史料价值。这是傅斯年研究古籍的目的与归宿。他在这方面的许多论题、结论，均具有重要的学术价值，他研究古籍的方法，对于我们来说也有一定的借鉴意义。
当然我们也应该看到，他一生专注于古代政治、思想史的研究，对于古籍研究用力较少，也不甚深入，有时采用推理、臆测的方法论定古籍的年代和价值。如前文所说，他研究古代史事有时用推断代替严密的论证，在研究思想史时，也时常离开史料的实证，大段大段地发为宏论。与他《历史语言研究所工作之旨趣》中的史学观点对照，便不难发现，尽管他为史语所的研究工作制定了“存而不补，证而不疏”、“照着材料出货”的原则，但是他在进行研究的时候，却没有恪守这个原则，甚至经常背离这个原则。傅斯年是史料学派的旗手，但不是整理、研究史料的专门家。
与同时代的著名学者相比，傅斯年一生的学术著作的数量是较少的。于是乎有人为他英年早逝，没有把全部学问留给后人而深感惋惜，有人抱怨他过多地从事行政工作，影响了著书立说，也有人尤其是后来的学者认为他并没有多高的学术水平，没有多大的学术贡献。但是，衡量一个人学术水平的高低、学术贡献的大小，不应单纯以著作的数量多少作判断。诚如许冠山所说：“既令长达两百页的《性命古训辨证》不算‘巨著’，仅仅是《历史语言研究所工作之旨趣》一文，和准此而推行的现代研究事业，已足够令他名垂青史了。”邓广铭也作过类似的评价，说：“我们不能用著作多少来衡量一个人在学术上的贡献。即如傅先生(按：指傅斯年)关于中国古代史的文章，几乎每一篇都有其特殊的贡献，都具有开创性的意见和里程碑的意义。”
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