爱国、救国是傅斯年一生思想的主流，无论是从事学术研究，从事教育还是从事社会政治活动，基本目的都是为实现其救国、强国的志愿。正如其侄傅乐成所说：“孟真先生具有强烈的民族意识和国家观念，报纸上曾说他是狂热的爱国者，他的这种狂热，随时见之于言论行动。他所遗留的作品与函件中，这类资料可以说俯拾皆是。”总体来说，傅斯年一生都生活在社会动荡、政治混乱、文化多元的社会中，在对社会现象、人物、事件等一切的评价中，傅斯年的价值判断和评价标准始终以民族和国家的根本利益为基础。他所从事的事业和社会活动也都以此为坐标，有益者积极努力，无益者坚持抵制和批判。“九·一八”事变以后，民族危机日益严重，傅斯年开始走出书斋，投身社会，为抗日救国或从事舆论呼吁，或进行思想文化的阐释和宣传，或利用各种场合和舞台讨奸御寇，的确为维护民族和国家的最高利益做出了积极努力。
（一）撰写《东北史纲》
1931年“九一八”事变爆发，日本帝国主义要变中国为其殖民地的狼子野心昭然若揭，民族危亡迫在眉睫。这激起了有良知的中国知识分子对国家民族的责任心。“国家兴亡，匹夫有责”的古训激励着他们，他们都思索同一个问题：民族危难，自己怎么办？富有爱国激情的傅斯年更是心潮难平，思绪万千。
事变发生时，傅斯年正在北京，担任中央研究院历史语言所所长兼任北京大学历史系教授。事变发生后，北京大学召集教授、学者讨论时势。座谈会上，傅斯年拍案而起，即席慷慨陈词，提出了“书生何以报国”的问题，让大家讨论。这既是爱国知识分子面对民族危亡发自内心的呼吁，也是对那些处于困惑与探索中的知识分子提出的发其深思、催其解答的重大社会课题。这个问题一提出，立即引起了知识分子阶层的广泛思考，并做出了不同的回答：有些书生投笔从戎，奔赴抗日前线去与日寇厮杀，抛头颅、洒热血于疆场；更多的是利用自己的口和笔，奔走呼号以唤起民众，口诛笔伐以讨寇刺奸，在全国形成了抗日救国的另一条战线。傅斯年是奋斗在这一条战线上的一名勇士。
日寇进攻中国的隆隆炮声，震醒了中国的知识阶层和广大民众，却吓坏了当政的国民党政府。它采取了不抵抗政策，把军队撤回关内，让日寇轻易地占领了东北地区。为了蒙骗人民群众，国民党政府一面发布《告全国军民书》，要求国人镇静忍耐，一面将事变的经过诉诸国联，希望国联主持公道，出面制止日寇，给予所谓的“合理”解决。当时国联对各国并没有实质的约束力，它始终被西方几个大国所操纵，只代表着列强的利益，充当当时帝国主义国家推行侵略政策、维护殖民统治的工具。国民党政府寄望于国联这一外交政策，除了说明它的软弱无能外，不可能有实际效果。国联会议听了中国代表施肇基的报告，经理事会讨论后，授权大会主席西班牙外长勒乐向中日两国发出不分是非曲直的通牒，劝告中日避免事态扩大，由两国协商撤兵。
日本政府对国联的通牒虚与委蛇，我行我素，一方面制造舆论，宣扬“满蒙在历史上非支那领土”，试图为其侵略寻求合法依据；一方面整军备战，准备扩大侵略。国民党政府继续要求国联进行干涉，组织国际调查团调查日本侵华的真相。1932年1月，国联答应中国政府的请求，决定组织以英国李顿爵士为首，法、意、德等国派员参加的调查团，到中国和日本进行调查。
傅斯年深刻意识到，“九一八”事变，日本迅速占领中国东北地区，将是中国最严重的国难，“也是近百年中东亚史上最大的转关”，关系中华民族的存亡。作为具有强烈民族意识的知识分子，他既痛愤又忧虑。在致友人的信中，充分表达了当时的心情：“弟自辽事起后，多日不能安眠，深悔择此职业，无以报国。近所中拟编关于东北史事一二小册子，勉求心之所安耳。惟丁此国难，废业则罪过更大，只是心沉静不下，苦不可言。”这不仅真实反映了傅斯年当时的心情，也为他撰写《东北史纲》的动机做了说明。
为驳斥日本所谓中国东北地区历史上不是中国领土的谬论，增进国人对东北历史与现状的了解，提高广大民众的向心力和凝聚力，傅斯年联络历史学者方壮猷、徐中舒、萧一山、蒋廷黻等，准备编写一部东北地方通史。计划分五卷：（一）古代之东北（傅斯年）；（二）隋至元末之东北（方壮猷）；（三）明清之东北（徐中舒）；（四）清代东北之官制及移民（萧一山）；（五）东北之外交（蒋廷黻）。傅斯年满怀激情，日夜奋战，迅笔疾书，在很短的时间内写成了第一卷，命名为《东北史纲》，书中用大量不容置辩的历史事实和原始资料，证明东北地区自古就是中国的领土，与日本没有任何关系。傅斯年在《东北纲史》的卷首引语中，阐述了其写作的原因和目的，充分反映了他当时的思想观念。他说：
中国之有东北问题数十年矣。欧战以前，日俄角逐，而我为鱼肉。俄国革命以后，在北京成立中俄协定，俄事变一面目，而日人之侵暴愈张。所谓“大陆政策”，“满蒙生命线”者，皆向我施其露骨的进攻之口号，而国人之酣梦如故也。民国二十年九月十八日，遂有沈阳之变，吾国愈求诉之于公道及世界公论，暴邻之凶焰愈无忌，战嫩江，取锦州，李义山诗所谓“太息先朝玄菟郡，积骸伏莽阵云深”之景象，扩充至数万方里之国土……国人不尽无耻之人，中国即非必亡之国！然而前途之斗争无限，知识之需要实殷，持东北事以问国人，每多不知其蕴，岂仅斯文之寡陋，亦大有系于国事者焉。吾等明知东北史事所关系于现局者远不逮经济、政治之什一，然吾等皆仅有兴会于史学之人，亦但求尽其所能而已。
很明显，傅斯年等人之所以赶写《东北史纲》，一方面是为了揭露敌人，反驳其谬论，以正视听；一方面是为了对国人进行历史和国情教育，让人民了解东北地区的历史与现状。傅斯年在论述社会现实时也强调：“日本近以‘满蒙在历史上非支那领土’一种妄说鼓吹当世，此等‘指鹿为马’之言，本不值一辨，然日人竟以此为其向东北侵略之一理由，亦不得不辨。”
傅斯年在援引了根据国际公法领土确定方式以后强调指出：“东北之为中国，其意义正如日月经天者尔！历史之谈，本不相干。然而即就历史以论，渤海三面皆是中土文化发祥地，辽东一带，永为中国之郡县，白山黑水永为中国之藩封，永乐奠定东北，直括今俄领东海滨阿穆尔省，满洲本大明之臣仆，原在职贡之域，亦即属国之人，就此二三千年之历史看，东北之为中国，与江苏或福建之为中国又无二致也。”
为了更具说服力，傅斯年采取“以子之矛陷子之盾”的方法，在《东北史纲》中引用了一些日本学者对东北问题的实事求是的论述。傅斯年明确指出：“日本学人近于东北史地之致力，颇有功绩，今亦引其吾人得见而可信者，借以循是非不以国界为限之义，且以见日本治历史者，如公实立言，亦只能将东北史作为中国学之一部研究之，亦不能不承认东北史为中国史事之一部，其地或为中国郡县，或为中国藩封，且东北在历史上永远与日本找不出关系也。史学家如不能名白以黑，指鹿为马，则亦不能谓东北在历史上不是中国矣！”傅斯年在《东北史纲》中广征博引，用大量原始记载和各种史料，证明东北一直是中国的领土。李顿调查团到中国后，傅斯年又让李济将《东北史纲》的主要部分译成英文，交给李顿调查团，作为证明东北地区是中国领土的证据，用史实驳斥了日本政府的谬论和狡辩。
李顿调查团经过对东北历史的了解和对现状的调查，向国联写出了报告书。该报告虽然对日本的侵略行为有所偏袒，但也明确指出东三省“为中国之一部，此为中国及各国共认之事实”。日本在中国东北谋取“非常权力”和“特殊地位之观念”，限制中国主权的行使，是导致中日冲突的根源。报告书公布以后，世界舆论开始倾向中国，纷纷谴责日本帝国主义，要求国联以报告书为基础，解决中日问题。国联做出这种裁判，《东北史纲》提供的证据究竟起了多大作用，我们不好估量，但报告书中明确表述东三省是中国的领土这一内容足以证明，《东北史纲》为此提供的大量证据之功用是不可抹杀的。傅斯年撰写《东北史纲》是他“书生报国”思想观念的一次尝试和具体实践。
傅斯年撰写《东北史纲》的主要动机和目的是要说明东北地区自古以来就是中国的领土。一来是向国际舆论说明此问题的无可争议性，他让李济将其中要点译成英文提供给李顿调查团，就是提供东北自古以来就是中国领土的确凿证据。事实证明，这方面的目的达到了。二来是用历史事实教育国人。东北是中国神圣不可分割的领土，东北三千万民众是我们的骨肉同胞，许多缺乏历史知识的国人对此并没有清楚的了解，“持东北事以问国人，每多不知其蕴，岂仅斯文之寡陋，亦大有系于国事者焉。”从这个意义上说，《东北史纲》是具有宣传意义的科普读物，不完全是考据性的学术研究专著。
《东北史纲》大概是1931年10月下旬动笔，1932年1月完稿，全书约10万字，其内容是远古到隋以前，是书用考古学、古人类学、生物学和历史学的理论方法，采用各种史志典籍方面的记载，论证了东北地区的民族、地理等方面的演变。由于时间比较仓促，细微末节等方面存在一些错误，出版后曾遭到一些人的批评，对此，傅斯年的学生陈槃曾进行评论，他说：“东北事变，大局震荡，孟真师忧心如焚，百忙中而有《东北史纲》之作。这部用民族学、语言学的眼光和旧籍的史地知识，来证明东北原本是我们中国的郡县，我们的文化、种族，和这一块地方有着不可分离的关系。这种史学方法和史识，是最现代的、科学的。但书出版以后，颇受人批评。其实这书的间架轮廓，非高手不能辨。批评的人从细微末节着眼，当然不无话可说。但是能批评的人，都不一定就能搭起这样的间架，描画出这样的轮廓。‘前修未密，后出转精’，凿荒开山的工作是创造的、艰难的，后人跟着来做补苴罅漏的工作是容易的。”陈槃的评价强调了傅斯年撰写《东北史纲》的动机，也说明了这项工作具开创性功能，对批评者的批评进行了客观评论。若批评者忽视傅斯年撰写此书的政治动机和社会功用，只从学术上和使用资料方面寻其差错，其中有些问题并不值得辨析。
(二)舆论干政
“九一八”事变后，日本迅速占领了中国东北地区。占领东北地区只是日本全面侵华的一个步骤。东三省的炮火还没有完全停息，日军又开始向我华北地区渗透和入侵。对此，国民党政府仍然采取妥协、退让政策，民族危机不断加深。严重的国难，对国人尤其是生活在北方的知识分子是一个极大的震撼。傅斯年曾明确表示：“‘九一八’是我们有生以来最严重的国难”。为此，他在相当长的一段时间内心情沉重，寝食难安，苦思书生何以报国，为挽救民族危亡贡献心力。当时，与傅斯年具有相同心情的有一大批人。所以，当傅斯年在北京大学同教授、学者讨论时事时提出“书生何以报国”的问题，能够引起广泛的共鸣。另据蒋廷黻回忆，“九一八”事变发生后，北京教育界的朋友都受了很大刺激，经常在一起聚会，讨论国难时期知识分子能尽的责任问题。其中有一次，在与胡适、丁文江、翁文灏、陶孟和、任鸿隽夫妇、张奚若等聚餐时，他提出办一个刊物，讨论并提出中国所面对的问题。起初，胡适、陶孟和因为曾办过刊物，深知其困难而表示反对。过了一段时间，蒋廷黻再次提出，终获大家同意，经过商讨，决定所办刊物名称为《独立评论》，由胡适总其事，蒋廷黻和丁文江协助编务，傅斯年、任鸿隽、陈衡哲、翁文灏等为社员，负责撰写稿件。傅斯年是最积极的参与者，他代替胡适向北平市政府办理了《独立评论》的登记手续，并手书“情愿具结作保并声明负具体之一切责任”的字据。经过数月的积极筹备，《独立评论》于1932年5月22日正式出版了第一期。胡适在第一期发表的文章中，叙述了办刊的动机和宗旨，他说：“大火已经烧起来了，国难已临头了。我们平时梦想的‘学术救国’、‘科技救国’、‘文艺复兴’等等工作，眼看见都要被毁灭了……《独立评论》是我们几个朋友在那无可奈何的局势里认为还可以为国家尽一点点力的一件工作。当时北平城里和清华园的一些朋友常常在我家里或在欧美同学会里聚会，常常讨论国家和世界的形势，就有人发起要办一个刊物来说说一般人不肯说或不敢说的老实话。”胡适关于《独立评论》宗旨的说明，阐述了他们办刊物的根本目的，是为抗日救国创建一个舆论阵地，应该说这个目的达到了。据统计：《独立评论》1932年5月创刊，出版了244期，共刊载各种文章1317篇，在该刊撰稿10篇以上的约23位，傅斯年是其中之一，发表文章20多篇，所以说傅斯年是《独立评论》刊物的骨干分子。他不仅撰写的文章多，而且议论深刻，抗日救国、讨奸御寇的立场和态度严正。蒋廷黻在回忆录中评论说：“《独立评论》同寅中，最值得一提的是傅斯年。他也和其他人一样，为《独立评论》花了许多时间撰稿。他有丰富的历史知识。一旦他撰写一篇稿子，就好象是集合了四千年的历史经验似的。他把文章重要内容摘出来登在前面，此举成为出版界的创举。令许多朋友吃惊的是他的文章不仅能引起读者知识上的共鸣，而且也能引起他们心灵上的共鸣，能够引发最深的情感，也能使某些人感到莫大的嫌恶。”傅斯年撰写的文章为什么能引发人们最深的情感？又为什么能使某些人感到莫大的嫌恶？究竟引起了哪些人的嫌恶呢？分析一下他所发表文章的内容就可明了。
从1932年到1938年，傅斯年以《独立评论》为主要阵地，发表了数十万字的时论文章，并撰写《中国民族革命史》部分书稿，较为系统地阐述了他的民族思想和抗日救国的主张。其论著的主要内容可以分为三类：一，中华民族是不可战胜的；二，日寇最后必然失败；三，反对和抨击各种形式的妥协与分裂。这里就傅斯年论著所表现出的思想观念略加论述。
（1）中华民族是不可战胜的。傅斯年在其论著中多次论述民族问题，阐述了他对民族尤其对中华民族形成的内涵、特质等问题的认识。他是信奉孙中山先生的民族思想，认为民族和国家在中国是统一的，但两者平时有不同的含义。民族与国家简单的分别在于：民族由天然力造成，国家用武力造成。中国的政治历史证明，中国人所说王道是顺乎自然，换一句话说，自然力便是王道，用王道造成的团体，便是民族；武力就是霸道，用霸道造成的团体，便是国家。民族形成的因素主要有五个：血统，生活，语言，宗教，风俗习惯。据此五因素来认识中国的民族状况，中国当时四万万人，掺杂的少数民族不过一千万，所以，四万万中国人，可以说完全是汉人，同一血统，同一语言文字，同一宗教，同一风俗习惯，完全是一个民族，即中华民族。傅斯年对中华民族的涵义进行了引申，他说：中华民族，中华民国之国民皆属之。这就是傅斯年对中华民族的定义，他进行解释：中华民国之国民约有四万五千万，其中汉人至少占四万四千万，非汉族之中华民国国民不足一千万，蒙、藏、满、回只可谓中华民族之分民族。都是同一疆域中不分彼此的兄弟。
中国民族是在历史长河中逐步融合而成的。在发展过程中，中华民族形成了自己的特性。这种特性主要表现在四个方面：
一、中国民族者，不以侵略人为是，而亦不甘侵略之民族也。夫在中国之盛世，固曾南征北伐，拓地千里，然历代儒者无不以为非是，虽世上稀有之英雄，如秦皇、汉武者，在欧洲必为万世崇拜之人，在中国转为千年指摘之的。故秦汉而后，拓地者稀，仅有盛唐初明之而见耳。以如此众多之民族，如此广漠之疆土，竟肯安居于大海之内，朔漠之南，不谓为酷好和平不可也。即汉武、唐文之北向挞伐，亦是抵御的、反攻的战争，非过自我先之侵略战争也。然而好和平与甘侵略非一事；和平固我先民之所好，侵凌则非我先民之所甘。汉室初建，匈奴百般欺凌之，历高后、文、景三代，尽量忍受；及乎孝武，遂张挞伐；迄于孝宣，单于稽颡 。于是大怨雪矣。光武中兴，匈奴又利用沿边败类以寇中国，光武收其降人，曾灭其侵我者，可谓恩威并施者矣。李唐初建，称臣突厥，及太宗即位，数年之中，即使之臣服。北宋亡于女真，南宋乃连兵蒙古以灭之于蔡州；南宋亡于蒙古，及元顺帝，四方民兵蜂起以复宋为口号。凡此皆不甘侵凌之例也。
二、中国民族者，虽亦偶为人灭其国，欲永不能为人灭其民族意识，纵经数百年，一旦得环境之适宜，必起而解脱羁绊也。元至顺帝初，灭金数百余年矣。其灭宋，八十年矣。中原之地，汉人失其政权者二百余年矣，然而汉人永不忘此。及元政一衰，淮土之兵蜂起，湖广之变频作。元卒以亡，中国卒以再兴。满清至光宣时，明亡二百五十年矣，中国士大夫阶级，久为满人所用，且尝助之以灭太平天国矣。及欧风西渐，清造屡辱，而革命思想立即深入于各阶级中，尤以少年为甚。于是顾亭林、王船山、吕晚村诸先生所诏示后人者，涣然流行，速于置垂而传命，此其所谓“野火烧不尽，春风吹又生”者耶？诚乎此，则知中国民族乃永不甘于灭亡之民族也。
三、中国民族者，永不忘其失地者也。晋室南逃，亦曾苟安于建康矣。然而北伐之念无世无之。豪群借此以为争夺政权之术，而世上清议亦以为能光复故物者即有获取大宝之资格。桓氏、刘氏，皆深解此窍者也。唐之亡也，经五代之乱而失燕云十六州于契丹，北宋于此念念不忘，卒以谋之不周而取大祸，然亦可证其不忘失地矣。南宋右文偃武，世称不竟。然京邑之复，永不忘于心，只以高宗、秦桧为心术不正，坐失机会，而其后更再三为权误国。又如隋、唐之图高丽，儒生每谓其得不偿失，不知高丽本是辽东玄菟、乐浪、高句骊数郡所治，在汉久列版图之内，其民亦为编户之民，隋、唐之国，乃收复失地也，明之于安南亦然，是中国人永不忘其失地也（今日朝鲜、越南，各有其语言，与昔不同，中国人应助其独立，无人欲再郡县之也）。
四、中国民族，虽有时以政治紊乱故，极呈虚弱之象，然一旦政治有方，领率得人，可由极弱变为极强。举例言之，唐之初建，中国不可谓强，然太宗之世遂统一戎夏。明之初建，起于民间，非经制之兵，久练之旅，其骑兵独非蒙古之比。然一旦据有北平，即能制胜于漠南，东开辽沈，至于海滨。迄于成祖，安南置布政使，努儿干置都司（努儿干在今混同江入海处），虽汉唐之盛，何以加焉。此独兴国之事也，请再言其衰世。晋南渡之后，内乱频仍，衰弱极矣，然一有桓温领导，亦可跃马河洛；苻坚南侵，晋之不能当至也，然有谢安为之布置，乃大败之。及刘裕挺出，集残兵以成劲旅，北向无敌矣。宋之初渡江也，无兵可用，而湖广之地盗贼不可制，然久战后武力渐胜，逆亮遂不能渡江矣。其后在孟珙时为尤强，北宋自太宗以后所无也。其亡也，亡于奸臣误国耳，非无可用之兵也。然则中国本非真弱者也，有时不幸以政治之紊乱而弱耳，然其强而有力之潜伏性自在也。一旦得其领率之人，纳民于轨物，教兵以义战，可由极弱突变为极强，汉、唐、明之兴，皆如此也。
识此四义，以瞻望将来，则我民族人，但能同心协成，竭力自奋，将来之光明，必有不减于汉唐盛者也。
傅斯年在论述中国民族的特点时，特别强调中华民族爱好和平，与世界各民族、国家友好相处，不喜欢侵略别人，同时亦不甘受别的国家与民族侵略和欺侮。中华民族历史悠久，虽然有时或因为分裂，或因为政治紊乱而遭受异族的侵侮，但其民族特性是不甘落后的，“一旦得其领率之人，纳民于轨物，教兵以义战，可由极弱突变为极强。”也就是说，中华民族是一个历史悠久而成熟的民族，不可能被灭亡、被长期欺侮。傅斯年试图以总结中华民族的特性，唤醒民众，树立起抗日救国必胜的信心。
傅斯年在关于中华民族特性的论著中，还曾专门论述中华民族的整体性。他认为中华民族在历史的长河中，逐步形成不容分割的一体性，民族的一体性不仅是自然的、地理的概念，而且凝聚成社会统一的观念意识。他曾以“中华民族是整个的”作为一个命题立论，从历史的发展，人们的思想观念和社会现实状况几个方面进行了论述。他说：
“中华民族是整个的！”这一句话怎么讲呢？原来二千几百年以前，中国各地有些不同的民族，说些多少不同的方言，据有高下不齐之文化。经过殷周两代的严格政治之约束，东周数百年中经济与人文之发展，大一统思想之深入人心，在公元前221年，政治统一了。又凭政治的力量，“书同文，车同轨，行同轮”。自从秦汉之盛时算起，到现在二千多年，虽有时候因为外夷之侵入，南北分裂，也有时因为奸雄之割据，列国并立，然而这都是人力强的事实，都是违背物理的事实。一旦有适当的领袖，立时合为一家。北起朔漠，南至琼崖、交趾，西起流沙，东至鸡林、玄菟，这是天然赐给我们中华民族的田园。我们中华民族，说一种话，写一种字，据同一的文化，行同一伦理，俨然是一个家族。也有凭附在这个民族上的少数民族，但我们中华民族自古有一种美德，便是无歧视小民族的偏见，而有四海一家之风度。即如汉武帝，正在打击匈奴用气力的时候，便用一个匈奴俘虏做顾命大臣；在昭帝时，金日石单和霍光同辅朝政。到了现在，我们对前朝之旗籍毫无歧视，汉满之旧恨，随清朝之亡而消灭。这是何等超越平凡的胸襟！所以世界上的民族，我们最大；世界上的历史，我们最长。这不是偶然，是当然。“中华民族是整个的”一句话，是历史的事实，更是现在的事实。
有时不幸，中华民族在政治上分裂了，或裂于外族，或裂于自身。在这时候，人民感觉无限痛苦，所渴望者，只是天下一统。未统一时，梦想一统；既一统时，庆幸一统；一统受迫害时，便表示无限的愤慨。文人如此，老百姓亦复如此。居心不如此者，便是社会上之捣乱分子，视之为败类，名之曰寇贼，有力则正之以典刑，无力则加之以消极的抵抗。
傅斯年论证中华民族的一体性，主要以民族长期积淀的普遍的社会意识观念为基点。中华民族长期以来形成了强烈的凝聚力与亲和意识，中华民族的成员整体上反对分裂，尤其反对人为的分裂，他们对于任何时候制造分裂的人都仇视。人类是不断进步的，社会是发展的，历史发展到今天，中华民族的凝聚力更加强烈。傅斯年在叙述辛亥革命后民族的普遍意识时认为，辛亥革命后，由于袁世凯及其北洋系祸乱中国，中国暂时陷于分裂，但在孙中山的领导和号召下，民国又归于统一。他对当时的社会民族状况叙述说：中国经辛亥年的革命，由帝制进为共和，一统的江山俨然不改。只可惜政治上不得领袖，被袁世凯遗留下冤孽恶魔。北廷则打进打出速度赛过五季，四方则率土分崩，复杂超于十国。中山先生执大义以励国民，国民赴之，如水之就下。民国十五六年以来，以北方军阀之恶贯满盈，全国居然统一……然而在如此情势之下，仍然统一，在如此施政之下，全国之善良国民，仍然拥护中央政府者，岂不因为中华民族本是一体，前者以临时的阻力，偶呈极不自然的分裂现象，一朝水到渠成，谁能御之？所以这些年来，我们老百姓的第一愿望是统一，第一要求是统一，最大的恐惧是不统一，最大的怨恨是对于破坏统一者。
值得说明的是，傅斯年民族思想的表述不是从学术研究的角度，而是从社会现实的视角。日本已开始发动侵华战争，要变中国为它的殖民地，中华民族整个为它的亡国奴，中华民族正经受着生死存亡的考验，如何面对这种社会现实，作为一位具有真诚爱国心和强烈民族意识的知识分子，傅斯年自然是要努力唤醒民族意识，团结一心，为维护民族独立而进行坚决的斗争。因此，傅斯年的民族思想具有强烈的现实性，不能完全从学术的角度进行评论。
（2） 日本发动全面侵华战争必然失败。日本侵略者占领东北地区以后，迅速策划向关内渗入和扩张，企图占领华北，然后进一步全面侵华，灭亡中国，变中国为它的殖民地。面对日本侵略的不断扩大，国内各界反映不一，主要表现三种倾向：一是日本帝国主义灭亡中国已是既定国策，任何形式的妥协投降只能加快日本全面侵华的步伐，只有揭露日本的侵略野心，使全国民众放弃幻想，坚决抵抗，才是正确的对策；二是寻求妥协的方法，制止和延缓日本的扩张和侵略，使中国有较长时间调整战略，做些抵抗的准备工作。三是妥协投降。傅斯年是第一种倾向的代表。他认为中日必然要进行全面战争，任何妥协都不能满足日本侵略者的贪欲，只有全面抵抗才能挽救国家的危亡。他在《日寇与热河平津》、《“九·一八”一年了》等一系列文章和具体行动中表现了这种思想观点。1932年8月14日，傅斯年在《独立评论》第十三号上发表《日寇与热河平津》一文，分析了当时的形势，明确指出：“日寇必定要进攻华北，中日必然要进行全面战争”。他分析其原因说：“第一，中日间问题决无和平解决之望，而在今日希望与日本和平解决者，直是做梦。……若要中日和平，非日本人能满意不可，而日本军阀之满意，其最大限度是中华民国取消其独立，而为所谓‘大日本帝国’之顺民，其最小限度也是要：（一）承认伪满之‘独立’并奉送热河及滦东，（二）在北方弄出一个政府来，这个政府对日本能受指挥的，（三）全国不得有任何公私排倭之举，并须力助其推销倭货，以便压倒西洋各国，（四）取消爱国主义的教育。这个最小限度也还是奉送中华民国，只是手续上有简繁，时日上有迟速而已。……日本军人的行动，及其外交口号，既已如此明明白白表示对中国取宰割的政策，中国人还要做‘和平解决’的甜梦吗？第二，倭人必不放松热河，而平津是必不能免的。”傅斯年深刻地揭露了日本军政当局在华北所推行一系列政策的实质，对当时日本政府的剖析可谓入木三分。在此文中，傅斯年对中国的现状和前途也进行了分析，他说：
以今日中国上下一切社会之腐败，不经一番彻底的缔造，是没有办法的。中国人之力量，在三四万万农民的潜力，而不在大城市的统治者及领袖，中国的命运，在死里求生，不在贪生而就死。历史告诉我们，中华不是个可以灭亡的民族；事实告诉我们，倭人不是一个能成大器的国家。今日之局，正是小鬼不自量力，代司杀之天公以自伤其身耳。反正疯狗咬混蛋，是无不可的。我们一旦被咬得不混沌了，然后是中华民族的复兴。
傅斯年这篇文章对日寇的目的、政策的分析及预言之正确为后来的历史所证明。他对幻想以妥协、退让换取和平的所谓聪明人给予的批评，虽是善意的，但当时仍不能为这些人接受。因为这些人还在迷信日本的表面态度，他们和日寇、汉奸一样也嫌恶甚至憎恨傅斯年。
傅斯年的其他文章也从不同方面论述了抗日救国、反对妥协投降的这一基本主题，在当时起到了动员和激励人民、揭露和抨击日本侵略者的作用。
1932年10月，日军入关，威胁平津。平津的一些文人发起设北平为“文化城”的运动，幻想将北平变成中立区，以妥协逃避日寇的炮火。这是极不切合实际的。因为就日寇方面而言，它的侵略野心决定了它不会允许北平以此状况存在；就中国方面而言，这种消极软弱的举措，有损于民族尊严和国格、人格。傅斯年当时就坚决反对，他对首先倡导此事的马衡等人进行了劝告，但无结果。当时北平是文人会聚之地，傅斯年领导的中央研究院历史语言研究所仍在北平，于是他代表史语所同事写信给中央研究院院长蔡元培、总干事杨杏佛，申明自己的严正立场。他在信中说：
北大马叔平先生赴京，运动什么北平设为“文化城”。此事初发起时，斯年即表示不赞成。盖沈阳设治安会于日军入城以后，北平的“学者”欲划北平为中立区于日军压境之先；而为此事图谋者，偏偏正是平日最反对外国人者，斯年实为中国读书人惭愧也。今马君南去，难免谓赞助者多人，故斯年有向院声明的必要。此事研究所同人绝未与之有任何之关系，特以环境关系，未便在此明白宣言反对，私下劝告，他们皆不听也。
傅斯年除向院方声明外，还公开发表文章，对马衡等人进行劝告和委婉的批评。他说：
至于北平，有些斯文先生们，以所谓文化事业及国宝为虑。然而国宝也者，在太平盛世果然是宝，在这年头儿，直是石呆子的扇子，乱时能拿着走，仿佛像“抱祭器而去之”，固然很好，有管理国宝之责任者，固也应早准备，若不得不蒙损失，则亦只好付之无可奈何，比起东北失地来，真不值得什么。好在这些国宝皆是人造的，我们总要给我们的子孙留下一个更为世界贡献文化的凭借，这即是国民的人格。
傅斯年对主张文化城运动的文人的批评虽是善意的，但却清楚地表明了他的态度，在艰苦卓绝的民族斗争中，他视人格、国格比国宝更重要。傅斯年对日本的认识与当时的部分文人相比更为深刻，他坚决抵抗日寇，没有任何侥幸和妥协心理。
傅斯年以《独立评论》作为舆论阵地，不断发表对时局的评论。但同仁们学识、立场、观点不完全相同，他们对许多问题的认识存在着差异，由此经常发生一些矛盾。傅斯年在大是大非面前，尤其在抗日救国、反对妥协投降这个根本问题上是立场坚定、旗帜鲜明的。一旦遇到不利于坚决抗日的言论，他必然进行坚决的反对，甚至对平时比较尊敬的胡适也不肯让步。日军入关，占领热河，威胁平津时，国民党政府妥协求和。1933年5月，熊斌受蒋介石、何应钦之命，与日寇谈判，准备承认日本占领东三省、热河，同时，把察北、冀东的许多权益出卖给日本人。当时，胡适虽然也认识到了日本帝国主义的侵略野心，但他认为中国没有能力抵抗，因此主张对日妥协，延缓战争爆发的时间，以便中国在人力、物力方面做准备，他和丁文江都持这种观点。傅斯年则认为，任何妥协只能是中国蒙受损失，助长日本侵略者的气焰，加速战争的爆发。只有唤起民众，进行坚决的抵抗，才是挽救民族危亡的最好办法，所以在反对日军侵略的态度上与胡适存在分歧。对此，胡适也承认。他说：“当时我们几个常负编辑责任的人——在君和我，蒋廷黻、傅孟真——都把这个态度看作我们的宗教一样。我们的主张并不一致，常常有激烈的辩争。例如对日本的问题，孟真是反对我的，在君是赞成我的……”在对日态度方面，傅斯年与胡适的分歧导致了一场大的风波。
对国民党政府对日谈判，出卖华北的大量权益，寻求对日妥协，换取暂时的和平，傅斯年坚决反对，而胡适却站在国民党政府的立场上，支持对日妥协。他在《独立评论》上发表了《保全华北的重要》，主张对日妥协，华北停战。文章说：“我个人认为是为国家减轻损失，我不信失地绝对不能收复，但我深信此时单靠中国的兵力不能收复失地……如果此时的停战办法可以保全平、津与华北，这就是为国家减轻了一桩绝对的损失，是我们应该原谅的。”很显然，胡适的言论与傅斯年的主张是对立的。傅斯年看到胡适的文章后十分生气，当即给胡适写了一封信，要求退出《独立评论》社。胡适在日记中记述此事说：“孟真为了我最近的文字（《保全华北》）大生气，写了一封信来，说他要脱离《独立评论》。但他希望主张的不同不至于影响到私交。其实他当时不曾见我的原文，只见了日本新联社发出的摘要，其中有一段话是原文所没有的，又是最容易使人生气的！（说：‘中日亲善不至于被冯玉祥破坏了的！！’）今天孟真说的，他见了我的原文，他的气平多了。”其实，在胡适发表文章到胡适日记之间的半个月中，丁文江曾出面做了劝解工作。据傅乐成回忆，傅斯年看了胡适的文章后大怒：“要求退出独立评论社……最后由丁在君先生写一长信给他，加以劝解，他才打消退社的意思。丁先生的长信，他始终保存着……”经过丁文江从中调解，傅斯年与胡适又进行了一次长谈，经过沟通，傅斯年与胡适和好如初。胡适在日记中记述说：“此次与孟真长谈的结果，他的误会全消了。”傅斯年与胡适的矛盾和冲突不是个人意见之争，也不是误会，主要是对当时民族矛盾的认识和应对策略的差异引起的。
以“九一八”事变为起点，日寇的一系列举措显示了灭亡中国的野心，中华民族已处于生死存亡的关头，救亡图存成为中国人面临最为迫切的课题，怎样实现救亡图存？依靠什么力量实现救亡图存？这些问题，傅斯年都经过认真的思考、研究和探索。他最后得出结论：中华民族只有团结振作，发愤图强才能转危为安，由弱变强。他撰写文章动员民众，提高人民抗日必胜的信心。在许多文章中他反复宣扬，只要人民奋起抗日，中国人民一定能取得最后胜利。他在1932年《独立评论》十八号上发表的《“九·一八”一年了！》一文中，分析了“九一八”事变一年来的变化和形势，指出了政府软弱、上层苟安等令人失望的现象。不过他认为往更深一层看，中国还是有希望的，这种希望来自人民，来自任何力量都难以泯灭的民族精神。他说：“中华民族自有其潜藏的大力量，三千年的历史告诉我们，中华民族是灭不了的，而且没有天造草昧之形势，民族是复兴不来的。”他认为，从深层认识，这次民族危机正是民族复兴的机会和条件。为了提高人民抗战必胜的信心，他又对中国的历史和现实进行了分析和总结。他说：“中国人之所以能长久存立者，因其是世界上最耐劳苦的民族，能生存在他人不能生存的环境中，能在半生存的状态中进展文化。”
傅斯年从中国人民的智慧、文化素质等方面论述了其优点和长处，最后强调说：“我们若以民族的希望为宗教的信仰，以自身之勤勉工作各尽其职业为这信仰之行事，则大难当前，尽可处之泰然，民族再造，将贡一份助力。宋明的道学先生尚能以四书五经养其浩然之气，我们不能以近代知识养我们的浩然之气吗？我们的知识不使我们有失望之余地，我们的环境不许我们有懒惰的权力。”一句话，必须使整个中华民族振作起来，自己拯救自己。
日本对中国的入侵吓坏了国民党政府，却激怒了中国劳动人民和爱国官兵。他们在各种场合，以不同的方式抗击日寇的入侵，给日寇侵略者以沉重打击，从而激发了更广大的人民群众的抗日信心和决心，使一些忧心国事的知识分子看到了中国的希望所在。日本占领东北地区后，东北各地民众自动组成义勇军，在极其艰苦的条件下抗击日本侵略者。日寇在东北建立“满洲国”傀儡政府后，义勇军更加活跃。这些都表现了中国人民不甘屈服的精神。民众的抗日代表了真正的民族精神，傅斯年对此也大为赞赏，视此为抗日救国的基础力量、民族的希望，他在抨击满洲傀儡政权的同时，对民众的抗日行动进行了充分的肯定和高度赞扬。他说：“据日本报纸所载，吉林的义勇军以扩大的举动纪念日伪的这幕丑剧（这是中国报纸不敢登的，想必有命令之者），而我们外交当局的态度如此！到底中国的希望当在民众的身上求之！”傅斯年对国民党政府的妥协投降政策不满，认识到民众是抗日救国的主力，这是他思想的可贵之处。
（3） 攘外必先内部团结。傅斯年在“九一八”事变以后发表的一系列论著表明了一种新的思想倾向：即日本侵略者妄图灭亡中国，把中国变成它的殖民地，这是日本的既定国策，但是日本能否实现此野心，其根本原因不在日本，而在于我们中国。如何对待？他认为，要想不亡国灭种，必须全国人民团结起来，在统一的中央政府领导下，万众一心，共同奋斗，不怕任何形式的牺牲，加快发展国民经济和科学技术，与日本做长期的殊死的斗争。他曾不止一次强调：“中国的命运，在死里求生，不在贪生而就死。”怎样死里逃生，避免亡国灭种的惨祸，傅斯年特别强调了几点。一是确立政治的重心，他对此解释说：中国现在所处的危机，“国难”二字不足以尽之，国难是一个国家虽不常有而总当有过的事情。中国现在的危机却是有史以来的最大危机。从内说，是文化的崩溃，社会的分裂；从外说，是若干倍危险于1914年的局面。何以说现在是社会与文化的崩溃呢？有史以来，一国立国之本，最大者有三事，一、政治重心，二、国民经济，三、技术程度。中国现在政治没有有力而稳定的重心，国民经济整个分崩，而技术程度不及世界潮流者数百年。傅斯年在这里强调的是，“九一八”事变后，中国面临的是“有史以来的最大危机”，其表现之一是“中国现在政治没有有力而稳定的重心。”傅斯年在《“九·一八”一年了！》一文中再次强调：“今日之患，在乎没有重心，一有政治重心，中国是能有大组织的。……所没有办法者，只是政治，而政治之所以没有办法是没有政治的重心。只要这一层能以一种方式演出来，无论是国民党或其他乃至于一种能拿得起政治来的统治阶级，一切事情都可望进步。”傅斯年所强调的政治重心是什么，联系他其他的论著可以看出，是指能够团结、领导全国民众抗日救国的中央政府。傅斯年认为，在当时，国民党政权名义上是国家的中央政权，实际上却内争不断，无法担负起领导全国民众的责任，全国人民对此非常失望。傅斯年对此叙述说：第一失望是在如此严重的国难之下，统治中国者自身竟弄不出一个办法来。国民党在民国十六年以来，以历史的领袖人格的品质的关系，在表面的成功之下，自身破裂其组织，以至于建国固谈不到，而碰到空前的困难，国民革命军打到山海关的时候，真是朱洪武打跑胡元以来中国民族的第一个好机会，国民党领袖人物如有知识与人品，中国又何至出数十万万的资财，数万的性命，以供其“家争”。“家争”的结果，国民党所存之革命性尚存几何，及国民党是否站在人民的立场上，天下共知。其最残酷的滑稽事，如冯玉祥“势逼处此”的走了“叛逆”之一途，而打出去的奉系被请进来做党国柱石！“九一八”事件一出，我们以为大家总要革面洗心，人尽其能，共赴国难，当时未尝不引“敌国外患所以安国”之谈以自慰。然而不然！起初是和会的一阵文章，党国领袖人物曾表示其“诚意”于天下，其继是仓皇辞庙，移驾东周，及南北军阀对沪战反应之百分冷淡，最近是以所谓抵抗计划引其来的汪精卫辞职。到了今天，不特抵抗的工作不曾办，并如此这般的一个政府也亦弄到不上不下，若有若无了。今天若想广州不做撤退的文章，南京肯做积极的工作，汉口不谋局面的开展，北平有个振作的精神，恐怕没有多人相信罢？这样的渔阳鼙鼓惊不破北平的羽衣曲、引不出汉口的轮台诏，振不起广州的勤王意气，碎不了南京的六朝风度，则中华民国更有何希望呢？国民党政权内部勾心斗角，党争不断，削弱了自身的力量，丧失了全国民众的领导地位，要改变当时的局面，国民党政权必须自身改革，深自策励，担负起领导全国人民抗日的责任，成为领导人民抗日救国的重心。傅斯年对此阐述说：“国民党以历年的‘家争’，中国人民出了一个死亡数十万、财产丧失数十万万的代价，而国民党自身之损失，亦不在少处。丧失它的信用，堕落它的领袖，紊乱它的组织。国民党今日之站得住者，不是它自身充分的有站得住的力量，乃是其他结合没有站得起来的力量。这不是国民党应该自喜，而是国民党应该自警的。我们至今犹同情国民党的人，尤其盼望国民党领袖认清这个危机，而深自策？！备邓鼓暌蠊竦痴忧孔陨斫ㄉ瑁肥党晌沃匦摹４痈邓鼓甓怨竦痴ǖ呐揽梢钥闯觯钦驹谧杂芍饕宓牧⒊∩媳泶锲涠韵质闭ǖ钠谕？
傅斯年论著中第二种倾向是向社会各界呼吁，为了团结一心，共同抗日，应拥护政府，维持现时中央政府对全国的统治，以便统率全国民众对日斗争。1932年，上海“一·二八”抗战后，中国与日本签订《上海停战协定》，监察院以汪精卫在停战协定上签字未经立法院批准为由对其提出弹劾，傅斯年认为这是国民党政府内部争权夺利的政潮。他指出：“此事经过之最应使人不满意者，是它颇有掀动政潮的形迹，而监察权之行使，若有了政治作用，是极其不幸的事。”“监察权用作政争，必不能收监察之效，必致乱政之实，而以今日检察院之地位论，若不从最大处着想，势必流成政争，至少也要被人借作政争的。”他最后从大敌当前、应团结御辱的高度告诫监察院说：“今日之局，恐怕已经谈不到好政府坏政府的问题了，政府一倒，我们实在想不起更能生产一个政府，然而此时外忧内患，断断不许无政府的。明朝的谏官把明朝吵得无政府，希望今之谏官不要弄得现在无政府。现在亡国的条件几乎应有尽有，比起明朝亡国的局势来，都是变本加厉的，所以大可不必再添给事中哗众的一出戏！”也许傅斯年已经意识到，国民党政权内部的政事有可能导致政府倒台，在全国形成群龙无首的状态，给日本侵略者造成可乘之机。他在6月12日的《独立评论》中发表《监察院与汪精卫》一文对国民党政权发出警告后，紧接着在6月19日又专门写了《中国现在要有政府》一文，系统阐述了在中国有史以来最严重的危机面前，中国必须有一个统一、能负责任的政府。他分析了当时国内外的严峻形势后说：“照这样形势，虽有一个最好的政府，中国未必不亡；若根本没有了政府，必成亡种之亡。人家正以其经济的政治的军备的一切最有组织之能力对付我，我若全然表示出原形质的状态出来，焉有生路？所以好政府固是我们所希望，而没有了政府乃是万万了不得的。最可怕者，是中国此时大有没有政府的可能，因为在此时中国形势之下，能组织政府的花样是很少的。”可是，傅斯年也明了，当时国民党政权内部已陷入四分五裂的局面，各派系之间明争暗斗十分激烈。汪精卫任行政院长后，以蒋介石为首的各嫡系不断找机会进行攻击，试图夺回权力，政潮随时可能发生。傅斯年针对这种局面，警告国民党政府当局说：“在如此的一个局面之下，所以我以为一有政潮，便有无政府之危险，而今日之局，岂是容许中国无政府的？即是法国式的‘内阁危机’也是要不得的。一切不愿亡种灭国的人，幸勿此时兴风作浪，这不是可以苟且为之的！”
从傅斯年一系列的论著可以看出他的主张，为了应对日本侵略造成的危机，必须先稳定、协调内部，其中最主要的是保持相对稳定的中央政权，建立起全国的政治重心。但是从中也看出，他深知国民党政府的统治基础是薄弱的，它长期以来一味对外妥协投降，对内残酷镇压，已遭到人民的坚决反对，如果不改弦更张，领导人民抗日救国，很难保持领导全国的地位。傅斯年的主体思想强调中国不能没有统一政府，要求全国各派政治势力放弃内争，拥戴国民党政府，团结御敌。同时又希望国民党政府放弃对日妥协投降的政策，完善其内部统治机制，取得人民的支持，真正成为领导人民抗日的核心。从“九一八”事变到“七七”事变，傅斯年所从事的政治活动都体现了这种思想。
（4） 抨击分裂势力和亲日派。傅斯年1934年2月在《独立评论》发表《“不懂得日本的情形”！？》，文中陈述国内状况说：“东北有个‘受命于天’的新帝国，华北有个‘亲善和平’的新政权，蒙古向外归化，西域对内分崩。”而这仅仅是“九一八”事变两年多后的情况。他沉痛地陈述说：“上海的萧条依然，闸北至吴淞的炮痕犹在，东北及热河在日本手中更牢固，十九路军已完全成个历史的名词了。想这两个整年中，国民的人格立场到个什么田地了？政府的对外态度到个什么主义了？真是要掉泪也不知道是为谁掉的！”言下之意，中国领土沦丧，民族危机严重，其中重要原因是中国政府外交失败，部分人的人品立场卑劣造成的。的确，国家内部的纷争，亲日派的妥协退让，奸人的认贼作父、为虎作伥，当政者的一味求和妥协，国家政府机构的腐败不堪，这一切，都使具有强烈民族责任心的傅斯年悲愤和忧伤。在这种思想背景下，傅斯年的论著中有许多反对国内各种分裂势力和对日妥协的言论，有时将言论付诸实践。从某种意义上说，反对和批判国内对日妥协和地方实力派分裂行为是傅斯年爱国民族思想的一项重要内容。
1934年，日本侵略者为便于统治我国东北地区，对付国际舆论，决定建立一个傀儡组织。他们看中了清王朝废帝溥仪，1931年11月将其挟持到东北，1932年成立了伪满洲国，建都长春；1934年3月，将满洲国改称为满洲帝国，溥仪由执政正式改称皇帝。日本导演的这一幕丑剧，遭到中国人民的坚决反对，许多正直之士对此予以声讨和谴责，而国民党政府慑于日本侵略者淫威，只发表了一个通告，没敢采取任何实质性的制裁措施。傅斯年义愤填膺，于3月11日在《独立评论》第九十一号上发表了《溥逆窃号与外交态度》时事评论，怒斥“这事之关于溥仪及从党者，本不值得一论，因为溥仪小子无论称号是‘执政’，是‘皇帝’，是‘可汗’，是‘溥王’，他和他的从党总是‘给奴才做奴才的奴才’！他做的事自为他的主人负责任，这事之关于倭寇者，也与以往的行径无分别，反正他们撕碎一切公约，破坏一切文明的原则，而求逞其暴力，这一段丑剧也不过是这大行动中之一步”。“所可怪者，是我们政府对此事竟如此胆怯，发一个无益而有损的谈话便算完事”。国家有人卖国求荣成为汉奸，政府对这种敌对势力竟连句像样的指斥话都不敢说，这不能不使正直之士伤感和愤恨。
1935年，日寇继续对华北地区进行渗透，以各种方式挑衅，制造借口，准备扩大侵略。国民党政府对严重的局势束手无策，一味地妥协求和。一些亲日派更是与日本政府的舆论相呼应，掩盖事实，鼓吹“中日亲善”、“经济提携”，干尽投降卖国的勾当。对亲日派的这些言行，傅斯年出于知识分子的良心，展开了无情的揭露，并对国民党当局进行了批评和劝告。1935年3月，他写了《中日亲善？？！！》一文，文章一开始就对所谓的“中日亲善”进行了讽刺：“最近两个月真是‘中日亲善’论最走运的时代。也许这个理论与行为在将来更时髦，更成国事，更不得了，本未可知，不过在现在走运到这个田地，已够使人忧心如剪的了。仿佛这番热闹恰是为纪念‘一·二八’的第三周年！这真是历史上的最残酷的幽默。”日本蚕食鲸吞中国领土，把中国变成它的殖民地，让中国人成为它的奴隶，这个罪恶的阴谋已经实施，占领了中国东北三省，又开始实施占领华北的阴谋。日寇旨在灭亡中国，这在当时，已是司马昭之心了。但是，为掩盖其侵略行径，它却打起了“中日亲善”，“共存共荣”的旗号。已为日寇鱼肉的中国人，尤其是当政者，却无视这残酷的现实，有的人竟与日本侵略者相呼应，也鼓吹“中日亲善”，百般向日本侵略者献媚求和，这实在是既无耻，又滑稽，中国的正直之士为此而痛心疾首。所以傅斯年称之为“历史上的最残酷的幽默”。傅斯年并没有把笔锋止于讽刺，而是进而义正辞严地阐明了中国应对日本所采取的立场和态度。他最后正告中国的当政者：
“一失足成千古恨”，正是此日中国外交路径之警告，当国之高贤与外交之当局都不便以十年来对付国内情事之态度应之临之。……果真今日我国为日本所提携，提之于股上，携之于胯下，以后只能照此一路步步入地狱，想转身是再也不能的。所以随便应付的态度，敷衍客气的姿态，忘其所以之心理，应机则变的希望，在此处是用不着的，一用则贻国家以莫大之害。
事实证明，傅斯年的预料和正告是正确的。中日亲善舆论的迷雾很快被残酷的现实所打破。在傅斯年发表此文后不久，日本侵略者便策划并制造了“察东事件”和“张北事件”，强迫中国政府签订了一系列屈辱性条约，其中最主要的是《何梅协定》和《秦土协定》。这两个条约使中国丧失了河北、察哈尔等省的大部分主权，华北地区成为日寇军队和特务严密控制的地区。中国的民族灾难日益加深。日寇在华北攫取了许多特权后，更加肆行无忌，放任日本浪人、特务到处为非作歹，诱使汉奸和亲日分子为他们服务。他们疯狂推行所谓“华北五省自治”，搜罗社会上的残渣余孽组织傀儡政府。也有一些国民党政府的官员，不仅自己对日寇妥协，唯命是从，而且反过来压制抗日舆论，打击抗日志士。由于傅斯年坚持抗日主张，不断发表激烈的反日言论，抨击妥协投降的行为，因而深为日寇和亲日分子所嫉恨。傅斯年依然故我，泰然处之，虽身处危境，但毫不畏惧。
日寇和一些汉奸在鼓吹华北自治的同时，还利用各种方式在中国内部挑拨离间，如挑拨地域间的关系，宣扬什么国民政府轻视北方人，用南方人统治北方人等等，目的是制造矛盾，为华北五省自治寻找借口与理由，以便把北方分裂出去，实行分而治之，用心可谓险恶。傅斯年所写的《北方人民与国难》，就是针对这种阴谋而发的评论。他在文中用大量事实说明全国一体，不分南北，并着重指出：北方人民地处民族斗争的最前线，更应该顾大体，反对各种破坏民族团结、制造祖国分裂的阴谋。他强调，在复杂严峻的局势下，北方人民特别应注意如下几点：
一、我们的处境已是站在全国家全民族最前线上的奋斗者，我们的中心要长存，我们的志气要永在。
二、我们只有在整个的国家民族中才能谋生存，我们一分裂便是俎上的鱼肉！
三、这时候，在此间空气中掩护着攻击政府，至少也是没出息。责备政府的话要到南京去说。“兄弟阋于墙，外御其侮。”
四、这时候，这环境，说话不留意，极易为人利用，所以要小心，要顾大体。应知“自治”之说，现在做来，徒得“外治”之结果，此皆天下共知。难道亡国是“自决”的归宿？别有用心者，不足与谈。看不清楚者，要想一想。
在当时气候和环境下，傅斯年敢于发表这样的言论，足见他置个人利害于不顾，代表了中华民族的正气，表现了一个知识分子忠于国家和民族的赤子之情。
1936年，国民党政权内部各派系之间的矛盾也开始激化。6月，两广实力派陈济棠、李宗仁、白崇禧以反对蒋介石对日妥协为名，要求国民党政府公开举起抗日旗帜，并自行率军北上抗日。实际上，他们心存和蒋介石争权夺利的意图，史称“两广事变”。在此以前，两广实力派为了反对以蒋介石、汪精卫为首的南京政府，派代表北上联络阎锡山、宋哲元、韩复榘等地方实力派，支持北方实力派联合，成立统一组织。当时，宋哲元、韩复榘等人也酝酿策划组织联合机构以自保。日本侵略者更是积极活动，鼓动和策划“华北五省自治”，支持地方实力派联合反对南京政府，以便实现其分裂中国，逐一吞并的阴谋。应该说，西南实力派与北方实力派所进行的联合反蒋，与日本所策划的阴谋具有本质的不同，但如果得以实现，后果是相同的，有利于日本侵略者对中国分期占领，最后灭亡中国。对这种严峻的形势，生活在北方的学者认识是清楚的。傅斯年在1936年7月5日的《独立评论》发表了《北局危言》，针对宋哲元、韩复榘发表的关于当时国内局势的通电，提出了自己对当时国家复杂而严峻的局势的认识，呼吁宋、韩等人认清形势，不要做亲者恨仇者快的蠢事。傅斯年在文中系统分析了北方复杂的形势和爱国人士应坚持的立场。
文章引用宋哲元、韩复榘通电后天津《益世报》发表的新闻。该新闻说：“万一马电之呼吁无效，内战终不能免时，为应付内外双方起见，将由宋韩两氏首倡，并联合华北各省区共同组织一华北保安机关，实行严守中立，保境安民。”傅斯年认为，宋哲元、韩复榘的通电将北方局势推到了“悲惨关头”，形成了“危殆局面”，他从几个方面分析了宋韩诸人的立场和行为的错误。他说：
第一，我们要知道，所谓西南两机关全是不法的组织，全是私人把持地盘的借口，在这时局下有这样组织，是为国家添无穷不幸的，为外国增无穷方便的。这样组织，所表现者是国家之分裂，所运用者是大局之不安，所增加者是民族之危机。这样组织，一之为甚，岂可以再？有者当改，何况新添？且就冀北岭南之形势论，在两广以地势上之不接近敌人，如此“窃号自娱”，尚可敷衍一时。在冀北则不啻前敌，一旦自断其后路，就执政者个人之利害言，诚亦不堪设想，何况国家？
第二，就国家民族言，若此时渤海诸省有不奉中央委令之新组织发生，实是一个空前的浩劫，势将一发不可收拾。盖假如这样一办，国人看起来是去年冬天所谓“自治运动”之复起，是前敌对本干的分裂，是人心之大打击，是国体的大迫害。非敌人的外国看起来，是中国政体之大崩溃，是中国大局之总瓦解，是外人势力侵入之大决口，是中国人不成人形之的确证据。敌人看起来，可就真正高兴极了，可以畅说中国不是一个国家，是一个地名了！可以纵心压迫了，因为当政者已没有了后路了。这真是求之不得，梦想而得的了。
第三，就此时渤海诸省执政者自身的利害言，此时只有依赖中央才可以自存，若形成一种近似独立的形态，必在不久的将来中全盘棋子输到敌人手里去。这道理是非常明显的，以国家的力量对付此日之危局犹虞不济，何况一隅？以整个的组织策应此地之困难犹觉不可，何况一方？且此时冀兖当局犹可推大事到中央身上，彼时又有何说？所以这道理本是很明白的，中央一断，外邻便紧，既失后联，即陷前敌。无论在何种考量之中，何种口号之下，凡有特殊组织起来，在意义上无殊于“冀东”之傀儡，在结果上尤必迅速的演成同彼一致的状态。这是毫无可疑的，这是很明显的。
傅斯年当时发表了数十篇关于社会政治和民族问题的政论，此篇较为系统深刻，它反映出傅斯年对国民党中央政权、地方实力派和日本侵略势力三种关系的明确认识。日本侵略势力是中华民族的共同敌人，任何地方实力派的存在都于国家、民族不利，而只于日本帝国主义有利。地方实力派任何形式的分裂、独立行为都不利于团结御侮，都会给国家、民族带来严重后果。
当时，一些失意的官僚、政客和地方实力派的幕僚往来奔走，周旋于各种势力之间，他们向地方实力派献策，要北方地方实力派建立自治组织，与日本侵略者和国民党中央政府都保持联系，“骑墙于南京东京之间”。傅斯年在文中对此进行了驳斥，他说：
此时此地有一种不负责任的邪说流传，说是最好骑墙于南京东京之间，庶几乎可以自存。这真是发昏的话，做梦的话！我知道此间的忠义军人必痛恨这样话，我尤知道深明大义如韩宋诸氏者一闻这话必斥邪说。然对一般无知者犹不可不破此说之虚妄。执此说者固不为国家及大局设想，一以个人利害耸动听闻。然试问在此等局面之下，虽欲骑墙，如何骑得下去？以此时欧洲的局面论，小国尚不能自存，必附大国以存，何况一国之一地方？果真骑墙，连一个月也骑不下去，便要向外倒下去，或一跌致命了！骑墙即等于独立，独立等于自亡。
一人或一团体之现在立场，可就其经历推断之。现在我们对北方危局犹有庆幸者，即因冀鲁二省之当局过去之历史使人安心之故。一则长城战中之英雄，国人共戴，一则对外不屈之大将，举世共闻。然而所最可虑者，此间地方宵小太多，失意政客军人太多，自负聪明的妄人太多，汉奸太多！他们浸润之诉是极可怕的，他们卖弄聪明的策略是极危险的。再加上号称抗敌实际通敌的西南汉奸们派人到此招摇，于是社会上群疑并起。深愿渤海诸省的当局彻底看穿这些败类的居心叵测，彻底明白他们的设计自陷，将他们工屏斥得远远的，或把他们正刑定罪。这是安定北局之一要着。
鉴于西南地方实力派的旗号是反对蒋介石对内专制，对外妥协，傅斯年在文中特别强调专制是国内政治问题，而自治实际是分裂，分裂将导致亡国，北方的军政首脑要认清形势。他对此分析说：“在这时候，个人恩怨是谈不到的，政治的细目是不暇论的。我个人也是深虑中国政治之无出路的。尤其痛恨浮薄少年模仿意德之邪说。然而权衡轻重，绾北局之安危者应该知道，与其亡国于异类，毋宁亡政于独裁，与其作弘光朝的左良玉，毋宁作大宋朝的吴越钱氏，与其作宋亡国时徘徊旁观的淮上诸将，毋宁作晋南渡时奉持正号的西凉世家。这道理本明显，何况趋势也并不尽如此不幸。殷汝耕本无兵柄，一身投降，不过为黄郛之羞，这也是‘锦上添花’，不足为黄氏增色。至于军人，亡国后之末路是不可思议的，因为军队是有力量的，不能苟全；军人是有地位的，不能幸免。”
傅斯年针对当时各方面微妙的关系和严峻的形势，明确提出了自己的立场和观点，他说：“归结说来，就国家民族的立场论，就北方的安危论，就北方执政者之自身利害论，此时只有奉持中央，才有办法，新组织无论在何种彩色中，何种程度上，都是绝不可有的。对于西南自当愿共和平，若真不免一战，此间应以中央之立场，决不可听西南之敌方军事教练顾问之包销人之鼓簧！这样才可以维持国家、维持地方、维持军誉、维持本人。”从中可以看出傅斯年当时所坚持的信念就是全国上下要消除各种形式的分裂，团结如一，在中央政府的统一领导下，反对日寇的侵略。
傅斯年这个时期关心和发表文章讨论的多是关内形势，其中最主要的是日本侵略中国，中日全面战争必不可免，中国处此形势该怎么办。虽然他发表的言论涉及范围较广，但主题很明确，就是各种政治势力、各阶层民众应该消除内部矛盾，“兄弟阋于墙，外御其侮”，团结起来，为挽救民族危亡而共同奋斗。
(三) 抵制日寇“华北自治”阴谋
自1935年始，日本帝国主义为扩大对中国的侵略，精心策划和制造了分裂中国华北的“华北自治运动”。企图把华北地区植于自己掌控之中，为进一步扩大侵略建立根据地。为此，日本政府和在华军、政人士纵横捭阖，诱导和强制华北地方领导人与其合作，北方爱国知识分子与国家各界人士，深感民族危机进一步加重，为抵抗和挫败日本人推行的“华北自治运动”积极努力，与国民党政府、华北地方军政机构联合互动，采取各种措施制止日本帝国主义的阴谋。现以傅斯年等人的活动为主线，将粉碎日本人“华北自治运动”的图谋作一简要论述。
日本侵略者从1935年11月开始实施所谓“华北自治”方案，11月6日，日本特务头子土肥原携带所谓“华北高度自治方案”到达天津，压迫平津卫戍司令宋哲元宣布自治；11日，日军参谋官前往保定走访河北省主席商震；12日，天津日本驻军司令官多田骏到济南访晤山东省主席韩复榘，其目的是策动韩复榘、商震参与华北五省自治。日本特务土肥原曾以最后通牒的形式告知宋哲元等人，要其11月20日宣布自治，如届时宋哲元不宣布，日本方面将自行宣布。这期间日本人不经中国政府同意，大肆逮捕中国各界人士，其中包括国民党各级官员、大学教授，甚至包括宋哲元的亲信、政训处长宣介溪。北京大学校长蒋梦麟也曾被传唤和短期扣压。日本人的威胁和肆意胡为使华北地区教育界人士深切地感受到黑云压城风雨欲来的态势。
而在此时，中国国民党第五次全国代表大会召开。宋哲元、韩复榘分别于11日、13日致电国民党第五次代表大会，要求国民党开放政权，结束训政，实施宪政，实际上是要求国民党政府分权于地方。不管他们的举措是否与日本人有关，都引起了北方广大知识分子群体的严切关注与不安。
傅斯年、胡适等人密切关注形势的发展，积极投身于抗日救国的实践，其中傅斯年更是口诛笔伐，揭露日军扩大侵略的阴谋，呼吁中国内部消除矛盾，团结御敌。更值得称道的是傅斯年不仅仅是坐而论道，而且积极奔走呼吁，亲身参加各种社会活动，联络上下，沟通内外，讨奸御寇，反对日本人推行“华北自治”的图谋，在当时产生了一定的影响。
1935年11月19日，秦德纯、萧振瀛代表宋哲元邀请北平教育界、学术界代表人士座谈，说明日本军方压迫他们宣布“华北五省自治”。参与座谈的陶希圣回忆说：“在日本浪人策动冀察自治的时期，孟真首先反抗，北大同仁群起响应。事情是这样的：孟真在萧振瀛的招待会上，悲愤的壮烈的反对华北特殊化。这一号召，震动了北平的教育界，发起了‘一二·九’的示威运动”。陶希圣的回忆说明了当时的情况，但不够详细，傅斯年在10月21日致国民党政府朱家骅等人的信中，较为详细的记述了他与胡适等人的活动。信中说：
十九日中午，宋、秦、萧约此间教育界人午餐，适之想借机发论劝之，弟甚赞成，相熟人中有不愿到者，弟等勉以必到。吃饭时，宋因赴津（据秦云避土肥原）未到，秦只说了几句话，一切由萧说。萧说甚多，大意为（1）诸君之安全已与日本人接洽好，绝对保障（以此见好于教育界也），（2）北平之为文化中心不可失坠，（3）中央无办法，地方不得已，（4）即所谓三条件（不侵土、不预政、不犯主权），其言甚滑，显然非良士也（秦之样子甚忠实）。适之先生起立发言，谓此等举动丧土误国，以二十九军之名誉决不可做。国家事至此，只有就地抵抗。吾（适之）乃廿五年之和平主义者，塘沽协定时冒天下之大不韪而赞成之，无非为缓形势，以便自己准备耳。今知日本之要求永无止境，非抵抗不可。如谓中央无命令，则“共撑”即命令也（萧云：中央来电只有“共撑”一句）。此时是人人之责任，无能推诿云云。适之先生此一演说，文情并茂极其动听，弟闻之泪下，且适之先生在此环境中作此等语，语时全无顾忌，可佩也。旋月涵说了几句，其扼要之点为紧箍咒之比喻，谓一经套上无法拿下，即是催命符矣。弟即起立以喜峰口说起，说了尚不多，乃情不自禁，一面落泪一面说，大意谓满洲国国贼之下场，独不见乎？袁金铠始参加沈阳治安维持会时，岂必以为即是卖国贼也？此时办法只有“一来便打”，别无方策。至于北平之文化中心，与吾等之身家性命，与国事相比，乃一文钱不值也，继有徐诵明、刘运筹，所说皆在此一点上。后来新任社会局长商某演说，大为当局辩护（据闻此人师大毕业，冯之秘书，黄少谷之好友，此时萧之灵魂也）。继有一中国学院宋价者起立说话，与萧某同一腔调。适之起来回答他们两人，弟亦想再说，而秦起立云，今日时已不早，诸公意见弟在理论上（此语可疑也）极端同意，且钦佩。于是散会。
从傅斯年的信中可以看出：傅斯年、胡适等人自日本人策划华北自治，就积极介入社会，除连续在《独立评论》发表文章，揭露日本人的阴谋，制造反日救国的舆论外，同时努力参与社会活动，试图影响华北地区行政领导人，坚持国家主权完整、民族独立的立场，不要与日本人和汉奸亲日派妥协，甚至合作。傅斯年在信的开始就陈述了他到北平后与胡适等人所做的工作。信中说：“弟于十八日上午到此，下午到适之先生处，见一外国记者，知‘宣布自治’事。当日下午萧振瀛已向记者发表，此若干日中，适之先生向布雷询问，有孔必入。诸人对宋、秦等人说明一失足成千古恨之境况，劝其悬崖勒马。据云张季鸾与宋等谈，知转回当非无望也。适之前一日遇查勉仲良钊，此君与西北军多所认识，劝其多所奔走，查君遂积极进行。”从信中可以看到，在会上，傅斯年、胡适向地方领导人陈述学术教育界人士反对华北自治的立场、态度是有预谋并且为此做了许多准备工作。
在日本人积极推行“华北自治运动”的过程中，傅斯年除配合国民党政府，努力制止地方军政领导人与日本人妥协、合作外，还团结学术教育界的人士积极活动，奔走呼吁，做了大量实际工作。
在日本特务土肥原逼迫宋哲元11月20日宣布“华北自治”阴谋受挫后，随于11月24日策动蓟密区兼代滦榆区行政专员殷汝耕发表宣言，在通县成立“冀东防共自治委员会”，殷汝耕在“宣言”中宣称：“自本日起，脱离中央，宣布自治，树立联省之先声，谋东亚之和平”。 殷汝耕的叛国行为实际是日本人策划“华北自治”打开的一个缺口，引起了华北各界人士的愤怒和警觉。傅斯年、胡适联合北平学术教育界领袖人物蒋梦麟、梅贻琦等人发表宣言。据胡适《华北问题》一文中记述说：“我们在北平教育界服务的人，……是反对这种破坏国家统一的阴谋的。十一月二十四日北平各大校长……和各校教员多人曾发表下列宣言：因为近来外间有伪造名义破坏国家统一的举动，我们北平教育界同人郑重的宣言：我们坚决的反对一切脱离中央或组织特殊政治机构的阴谋及举动。我们要求政府用全国的力量维持国家领土及行政的完整。”这是北京教育界人士连日聚谈，商榷发表的宣言之内容，24日，大家在银行公会聚餐时起草签署发表的宣言，傅斯年是重要发起人和联络者。签名共20余人，傅斯年签名在陆志伟之后，名列第六。
日本人在策动“华北自治”过程中，华北地方军政领导人被拉拢的重点对象是宋哲元、韩复榘、商震等人。商震时任河北省主席，11月19日，日本军方要挟宋哲元、商震接受“华北自治”计划，商震为避开日本人的纠缠，当天称病，次日，又请假7日，谢绝见客。11月24日，殷汝耕在通县成立冀东防共自治委员会，脱离中央政府，成为日军控制的傀儡政权。冀东是河北省的属地，商震如何处置此事为当时人所注目。11月27日，傅斯年致信国民党政府，其信内容主要两部分，其一是陈述了平津局势。信中说：“此间教育界除坐着不动以安人心，自发宣言见当局慷慨陈辞外，无任何事可作到也。……昨日宋言，有二原则：（1）服从中央，（2）不失主权。其词甚美，其人可信，然当时秦、萧即语记者云：中央无办法时，我们需自想办法云，此间汉奸已着手自由行动，而报上不许登吾辈之宣言，转登殷贼宣言，并散布各种吓人新闻，此系何居心。恐宋之左右多无良之人。萧不必说，即社会局人雷某亦小鬼头叵测。故前途极其危险，如何公果立即北来，纵对外无办法，对内或可暂时协力耳。总之，时间局面决不容乐观”。信中主要叙述华北地方行政状况和政治动向，对形势的变化表示忧虑。信的后半部分着重叙述与商震会见情况，信中说：“弟与枚荪、月涵今夜赴保谒商，不知可见到否，商之至友今日对弟等云，此君毛病在于地盘心太重，又猾又怯，呜乎，河北事可知矣”。信中附言说：“昨晤商，谈甚恳切，但均不出前预料，彼亦在依赖中央办法中似无决心，此间局势万分险恶，土肥坐催，左右包围，期在必成，务告当局诸公”。据记载：11月28日，商震电请宋哲元制止冀东事态发展，虽然是推脱责任，但也对冀东事件表明了态度。
1935年11月30日，蒋介石和五院院长共同制定了一套解决华北问题的方案，并任命何应钦为行政院驻北平办事长官，即日率陈仪、熊式辉、殷同等北上，与宋哲元等人共同处理华北问题。何应钦12月2日晚上到达保定。傅斯年和周炳琳受北平文化教育界推举，于12月3日由北平到保定面见何应钦，陈述平津地区政治形势，迎接何应钦北上，当天陪同何应钦到达北平。第二天（12月4日）下午，傅斯年、周炳琳与平津教育界知名人士徐诵明、梅贻琦、陆志伟等人赴居仁堂谒见何应钦，“报告华北时局经过情形，并陈述处理时局意见”。同时，再次发表宣言通电，阐述对平津时局的意见，坚决反对日本人操控的“华北自治运动”，要求各级政权组织共同努力，维护国家主权和领土完整。其中宣言强调：“近有假借民意，策动所谓华北自治运动，实行卖国阴谋”。由此正式将“华北自治”定性为卖国阴谋。宣言进一步向国人阐明：“中华民国为吾人祖先数千年披荆斩棘艰难创造之遗产，中华民族为我四万万共同血统，共同历史，共同语言文化之同胞所组成，绝对不容分裂，大义所在，责无旁贷，吾人当以全力向中央及地方当局请求立即制止此种运动以保领土，而维主权，并盼全国同胞，一致奋起，共救危亡。”傅斯年等人代表平津教育界致国民党政府的通电中再一次强调“今有假借民意，策动所谓华北自治运动，实行卖国阴谋，同人等坚决反对，并发表宣言，唤起全国同胞，一致奋起，共救危亡，务恳迅即设法制止此种运动，以保领土，而维主权，不胜迫切待命之至”。经过教育界与军政各界的共同努力，平津形成反对“华北自治”的高潮，为挫败日军推行“华北自治”阴谋打下了舆论基础，成为著名“一二·九”运动的先声。
傅斯年在此期间还利用各种场合宣传民族意识和爱国思想，以传统的忠义志节来影响地方军政领导人。他在与宋哲元等华北地方当局领导人一次座谈时曾专门以同乡的身份劝诫宋哲元，其大意是山东人在中国历史上以忠诚侠义著名，出现了许多英雄义士，从无卖国求荣的汉奸。“劝宋勿为千古罪人，使桑梓蒙羞”。明确强调山东绝非藏污纳垢之地。据说宋哲元“听后虽为之动容，但意有未惬。”宋哲元虽然当时心里不舒服，但忠言逆耳，良药苦口，宋哲元此后的实践证明，他确实没有让故乡蒙羞。
在日本军阀特务积极推行“华北自治”期间，傅斯年进一步认识到了民族危机的严重，他已经无法安心地从事学术研究，他走出书斋，积极参与社会活动，广泛联络各界人士发表宣言通电，阐明文化教育界和中国各界人士的正义立场，讨奸御寇。同时利用各种机会，对地方军政领导人进行规劝告诫，申明民族大义，表彰忠勇之气，影响他们的行为。他的行为在某种程度上代表了社会正义，反映了世道人心，在某些方面影响了中央和地方的决策，挫败了日本人“华北自治”的阴谋。
在反对日本人策划、操纵“华北自治”阴谋实施的过程中，傅斯年的言行具有一定的代表性，他不是像多数学者那样只停留在言论上，而是全身心地投入到反对日本实施“华北自治”的阴谋中。他两次南下保定，动员、劝说中央和地方军政领导人不要与日本妥协、合作；几次参加华北军政领导人的座谈会，慷慨陈词，以国家安危、民族大义相责劝，制止他们与日本、汉奸相妥协；积极与国民党中央政府进行联系，为国民党政府提供信息，建言献策，加强中央政府对华北地区的操控，阻止地方汉奸、亲日派与日本人勾结，实施“华北自治”的图谋。傅斯年积极投身社会，为粉碎“华北自治”阴谋而积极努力。认真分析傅斯年的行为，一种强烈的思想理念支配着他当时的言论和行为，这就是贡献自己的一切，挽救民族危机。傅斯年对日本侵略中国的野心及中国的前途有深刻的认识。他不止一次地告诫国人，“九·一八”是我们有生以来最严重的国难，因“九·一八”事变所引发的中国危机，“是有史以来的最大危机”，“中日间问题决无和平解决之望，而在今日希望与日本和平解决者，真是做梦”。由深刻的认识引发了两种情感，一是对日本人的仇视，他认为日本灭亡中国是既定国策，中日问题决无和平解决之望，中国只有坚决抵抗，“对倭只有一条路，即一切都无顾忌，人人当求必死”。“中国的命运，在死里求生，不在贪生而就死”。基于这种认识，他成为北方学术教育界最坚定的抗日派首领。二是傅斯年深知，中日国力悬殊，抗日救国是唯一“死里求生”的道路，从而形成了沉重的忧患意识。傅斯年在致王献唐信中陈述当时的心情说：“弟自辽事起后，多日不能安眠，深悔择此职业，无以报国，近所中拟编关于东北史事一二小册子，勉求心之所安耳。惟丁此国难，废业则罪过更大，只是心沉静不下，苦不可言。”不久在给陈寅恪的信中又说：“弟自国难起后，心绪如焚。……”说明他沉重的民族危亡意识和爱国救国激切心情。事过四年，日本不仅控制了东北地区，又开始向华北地区渗透，中国人民面临的局势更为严峻，傅斯年忧患情怀更重，以至于在秦德纯、萧振瀛举行的教育人士座谈会上两次情不自禁，潸然泪下，素有元气淋漓、大气磅礴之称的傅斯年因伤心国事不能直抒胸臆，其心其情不难想见。
基于为抗日救国而“人人当求必死”的理念，傅斯年在反对“华北自治”的活动中，一方面自己毫无顾忌，讨奸御寇，不时地揭露日寇实施“华北自治”的图谋；另一方面努力启导舆论，唤醒民众。傅斯年认为，中国要避免亡国灭种之祸，必须进行全民族的抗争。只要唤醒民众，就可以战胜日本，实现民族复兴。“中国人不是一个可以灭亡的民族”，因此，唤醒民众是自己的责任和义务，战胜敌人，实现民族复兴的希望“不在天国，不在未来，而在我们的一身之内。我们若以民族的希望为宗教的信仰，以自身之勤勉工作各尽其职为这信仰之行事，则大难当前，尽可处之泰然，民族再造，将贡一份助力。宋明的道学先生尚能以四书五经养其浩然之气，我们不能以近代知识养我们的浩然之气吗？我们的知识不使我们有失望之余地，我们的环境不许我们有懈惰的权利”！正是抗日救国，挽救民族危亡的责任促使傅斯年竭其心智全力以赴地投身于抗日救国的运动之中。
勇赴国难
（一）汉贼不两立
傅斯年的侄子傅乐成曾任台湾大学历史系教授，他在《傅孟真先生的民族思想》一文，较为系统地论述了傅斯年的民族思想。谈到傅斯年对历史人物的评论时，他曾说：“我们可以发现，他对历史人物的推崇和贬斥，主要以其人的节操如何为标准。他对具有气节的人，尤其是抵御外侮、为国捐躯的烈士，常致无上的景仰；对于汉奸二臣，则诛伐不遗余力。”实际上，研究傅斯年时，应将傅乐成的这个评论推而广之，即傅斯年无论学术研究和社会生活，评价人物与事件都以民族和国家作为坐标。对热爱祖国、具有民族意识的人和对国家、民族有益的事都给予褒奖和肯定。相反，对于汉奸贰臣、有损于国家和民族利益的事则给予贬斥和诛伐。这种评价标准一般不受其他因素干扰。
傅斯年的七世祖傅以渐，为清代开国第一科状元，是傅氏家族兴盛的奠基人，其后人与聊城多以此为荣耀。傅斯年却认为，在明清易代之际，傅以渐身为汉人，却为满族服务，于气节有亏，因此不以为荣，反以为耻。王世杰曾回忆说“有一次我问他，你的老祖先傅以渐是怎样一个人。他不回答。他知道我一定是对傅以渐在清初做大官一事心里有所不满，所以有此一问。他不回答，我也就不再往下说。不过可以看出他对其先人之不满，是由于强烈的民族意识和爱国思想。”傅斯年的侄子傅乐成对此也曾记述说傅以渐“明清易代之际，亟求功名，应科举试，并在异族政府中为官。孟真先生本于民族大义，对他极表不满。”傅斯年一生议人论事，爱憎褒贬，虽有时偏激，但民族意识强烈，有人说他“本性中包括着赤诚的爱国心和极强烈的民族意识”，的确如此，他对民族节操问题的评价，从不以亲疏、才智、学问、功业冲淡其标准，也从不搞多重标准。他不因傅以渐是其祖先而进行迴护。对其他历史人物更是如此。对于历史上抗击异族入侵和坚持民族气节的忠贞义士褒奖颂扬，对于汉奸贰臣、变节屈敌之人则贬斥。他在1939年写成的《中国民族革命史稿》中，借评价文天祥、谢枋得等人表达他的民族思想。他说：“南宋之亡，虽之于政治上不竞，而其殉国之烈者，则前古所未有也。其尤难者，则文、谢二公也。夫自死犹易，而置其妻子于死则不易；一时于义愤而死犹易，十年如一日，志事一贯，不以日月之迁移而缓其初志，不以形势全非而弛其努力，则极难矣。夫一死了事，固贤于偷生者万万，然君臣之节，民族之义，非可徒以一死了之者，故应奋斗不懈，及其万不可为，而后一死焉。文山、叠山之所为，所以照耀千古者也。自文山率勤王之师以入卫，至于身死燕市，经无穷之拙败，终不改易初志。读其指南录者，顽夫廉，懦夫有立志焉。”1944年，傅斯年的儿子8岁，为了教育儿子成才，他利用一个晚上的时间恭笔书写一个横幅，其内容是文天祥的正气歌、衣带赞，在其跋中叙述了撰写横幅的寓意：“为仁轨儿书文文山先生正气歌、衣带赞并以先生他诗补余幅。其日习数行，期以成诵。今所不解，稍长必求其解。念兹在兹，做人之道，发轨于是，立基于是。若不能看破生死，则必为生死所困，所以异于禽兽者几希矣。”傅斯年的妻子俞大綵曾记叙当时情景说：“在一个寂静的深夜，他在烛光下，伏案为儿子写了一张文文山的正气歌，那时仁轨才是一个不满八岁的孩子。”傅斯年用文天祥之诗文教育儿子，既表明他对忠义之士的尊崇，也显现出他思想意识深处的价值观和对下一代的期望。
自古以来，爱与恨、褒与贬都是相对的。爱得深才能恨得切，褒扬正义与贬斥邪恶往往是人们思想的两极，趋向一极而远离另一极，傅斯年民族思想的表现就是如此。他对忠贞义士的褒扬是出自真情，对奸邪的贬斥更是发自内心，充满义愤。明末清初文坛领袖钱谦益，学问有成，领袖一时，道德气节有亏，降清叛清反复无常，傅斯年对其十分蔑视，曾在其文集《牧斋有学集》封面题写一段话：“此老行事奇丑，斯文之耻辱，人伦之败类也。然三十载风流，数朝掌故，其书固不可删，存之益彰其丑也。”对其学术成就的肯定和对其人品的贬斥，充分显示了傅斯年民族意识的强烈和志节意识的鲜明。
有人在评论民国时期知识分子群体的状况时说：“民国以来，内忧外患，迭为起伏，而知识分子忠奸是非之混淆，较之政治经济社会各方面危机，尤为严重。哀莫大于心死，知识分子之失败，实为中国悲剧之根因。自五四以来，卑鄙无耻之言之行，每况愈下，至于今日……幸有少数坚贞自爱挺身奋斗而作中流砥柱者，中华民国之国格，中国人之人格，中国传统文化之基本精神，赖此而不堕。”文中所说少数坚贞自爱挺身奋斗而作中流砥柱者，主要是指傅斯年等一批知识分子的精英人士。内忧外患迭为起伏的时代，最严重的应该是“九一八”事变以后，日本帝国主义占领东北地区，密谋全面灭亡中国。国内中央政权几乎无法维持，分崩的潜流在蔓延；人心溃散，对日妥协，变节媚敌，就任伪职者不乏其人。傅斯年等人利用《独立评论》、《大公报》等舆论阵地，褒扬忠贞爱国，贬斥妥协投降，讨奸御寇，转移人心，维持正义，凝聚民气，为全面抗日在舆论和民心上做了许多工作。
1937年，国家形势发生了重大变化。以西安事变为转机，蒋介石及国民党政府在全国民众的呼吁声中，在国内外形势的逼迫下，逐渐走上了抗日救国的道路，全国一致抗日的局面初步形成。“七七”卢沟桥事变，揭开了中国全面抗战的序幕。全国各界人士为抗日救国奋发努力，有力者出力，有钱者出钱，心往一处想，力往一处使。知识界的许多正义之士在讨奸御寇、补阙救弊方面做出了重要贡献。
傅斯年认为：“国家抗战，义等于征兵”，视抗日救国为自己的神圣职责。抗日战争八年，他全力以赴投入抗日救国的事业。全面抗战开始不久，傅斯年被遴选为国防参议会参议员和国民参政会参政员，并继续任中央研究院历史语言研究所所长。1939年5月，北京大学恢复了文科研究所，傅斯年又兼任了所长。他一面积极参与政治，为抗日救国尽力献策，同时在极其艰苦的环境中领导学术研究，经常奔波于重庆、昆明和四川南溪县李庄等地，为挽救民族危亡和发展学术辛勤工作。他尤其在国民参政会中坚持正义、反对妥协、抨击腐败、与各种不正之风进行斗争，值得大书特书。
“七七”卢沟桥事变发生时，傅斯年正在北平。这一天下午，北平市长秦德纯邀请胡适、傅斯年、梅贻琦等到市政府，报告了北平的严峻局势，交换了应付紧张局势的意见，直到晚上10点左右才散会。11时左右便发生了著名的卢沟桥事变。事变不久，傅斯年去庐山参加了蒋介石召集的谈话会，参加者多是社会名流。7月下旬，傅斯年回到南京。8月13日，上海抗战开始，国民党政府召集各党派领袖及文化教育界名流，在南京组成了国防参议会，目的是让各界人士献策献力，团结抗日。傅斯年作为文化教育界名流被邀请参加。
8月17日，国防会议在南京召开，出席会议的有周恩来、蒋百里、胡适、傅斯年、梁漱溟、张伯苓等人，会议没有什么具体议程，主要讨论时局。由汪精卫主持，大家提出建议。参议会的宗旨主要是：政府邀各党派人士共商国是，听取意见；政府关于应付时局的计划、方案措施等交参议员参酌；政府随时将国际局势、战况及应付对策告知大家，使大家了解而支持政府。这次参议会上，与会者畅所欲言，提出了许多建议与措施。意见比较统一、要求政府立即实行的有四项：“一要调整政府机构，提高行政效率。二要发动群众。三要成立民议机关。四要肃清贪污。”大会还决定推荐胡适出使美国，蒋百里出使德国，孙科去苏联，以争取国际援助。
傅斯年当时住在南京新住宅区北平路中央文化协会，胡适从庐山参加蒋介石谈话会后也住在此处，另有北京大学南下的几位教授。胡适此时患痢疾，傅斯年除了忙于所中事务和参加参议会，还亲自照料胡适。傅斯年与胡适及北大几位教授，经常讨论时局，互通信息。傅斯年为表示自己全力报国，誓死抗日的决心，激情满怀地写下了“莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑”的诗句，用以鞭策自己，激励同志。在国防参议会前后，蒋介石召见了胡适、钱端生等人，让他们作为非正式的外交使者，去英美等国活动。之所以做此安排，是由于胡适留美多年，在美国学术文化界有一定影响。胡适则觉得此时出国，会招致非议，表示要留在南京，与南京共存亡。蒋介石让多人劝说都无效，最后经傅斯年苦劝，胡适才终于被说动，启程去了美国。
1938年4月，国民党召开了五届四中全会，大会决定“组织国民参政机关，团结全国力量，集中全国之思考与识见，以利国策之决定与推行。”全会制定和通过了《国民参政会组织条例》，指出：“国民政府在抗战期间，为集思广益，团结全国力量起见，特设国民参政会。”规定：参政会置参政员150名，由各省选任100名；曾在各重要文化团体或经济团体服务三年以上，著有信望，或努力国事，信望久著之人员中，选任50名，后来又增为100名。虽然国民参政会只是一个国家咨询机关，没有多少实际权力，但在当时情况下，可以给各界人士一个献策献力的机会和上下互通信息的渠道。各界人士可以利用这个机构议论、磋商国事，监督国家政治。因此，参政会的成立是有一定积极意义的。从1938年7月到1947年7月，国民参政会共举行了四届十三次大会。每次大会休会期间，由参政员选出15～25人组成驻会委员会。驻会委员会的职责是：“（一）听取政府各种报告。（二）促进业经成立决议案之实施，并随进考核其实施状况。（三）在不违反大会决议之范围内，得随时执行本会建议权暨调查权。”傅斯年连续四届被选为参政员，并且被选为第一届一、二、三次大会、第二届一次大会、第四届一次大会的驻会委员。他在任参政员，尤其是任驻会委员期间，对参政会的活动十分热心，积极发表政见，献计献策，为抗日救国贡献自己的力量。这个时期，他主要致力于两个方面：一是进行舆论宣传，用各种方式积极发表言论，所有公开发表的言论几乎是一个主题：抗战必胜，目的是鼓动人民的抗战热情。二是贬斥奸邪，表彰民族正义。从抗战全面爆发到胜利的8年中，傅斯年利用各种舆论工具，宣传坚持抗战就一定能取得全面胜利，驳斥各种亡国理论和妥协投降的言行。1939年连续发表的两篇文章：《地利与胜利》、《抗战两年之回顾》，就颇具代表性。傅斯年被人们称作具有军事知识的文人。《地利与胜利》就是一篇具有浓厚军事理论色彩的文章。文章从当时敌我双方的战略策略入手，详细分析了双方的优势和劣势，并着重论述了如何利用和发展自己的优势，最后打败日本侵略者。当时，日寇先后占领了南京、武汉、广东等地。由于战线拉得太长，进攻的势头明显减弱，在许多地区与中国军队呈胶着状态。傅斯年对此分析说：我们根据经验，可以判定倭贼作战的总策略是这样的：用他认为最相应的代价，换取我们最重要的交通枢纽，而且在一处呈胶滞状态时，另从侧面袭攻，或在距争夺处甚远之另一区域进攻，使得我们感觉着调动上之困难。
近两年的战争进程，使傅斯年看清了敌人的战略。他根据实际状况提出了中国应采取的战略，不计较一城一地的得失，“充分利用我们现在所据地形上的优点，迅速补救我们地形的弱点，使得我们‘腹里’成不可攻之地位，而运用我们在东南和西北的两膊，使他沿江的深入，沿海的占据，不发生任何效力。”文中傅斯年除了对此战略进行阐发外，特别强调后方基地的建设，他认为西南川、滇、黔、贵四省是中国人民抗日的后方基地，既要加快这些地区的建设，又要充分利用其人力、物力。他强调说：“尤其重要的是：在抗战期间，决不可任大多民众感觉到必要物价沸腾之苦痛。诚然，我们不是一个自给的国家，但是，四省中过半是出超的省分，粮食的产量又不少，使人民生活，尤其是劳苦大众，相当的安定，不是办不到的。”
傅斯年在文中对敌我双方战略策略的分析，从总体上来说是正确的，尤其是他强调加强后方的建设，稳定后方人民的生活更有积极意义。
傅斯年在《抗战两年之回顾》中，对抗战两年的形势进行了总结。为鼓励人们抗战的信心，在文章的开头表现了乐观的态度。他说：“这两年中，我们的同胞虽然饱受艰苦，大量死亡，但我们的民族充分表现其伟大的力量，不屈的精神。在这个表现中，看定了最后的胜利，光明的前途；以后的中国历史，要比四千年历史上，任何时代都光荣伟大。所以这次的大艰难，已是缔造将来的大光荣的基石。”
在文章中，傅斯年从战争形势、军事、教育、政治诸方面进行了客观的分析，得出的结论是：“我们一天一天的上升，日本是一天一天的下降。”“大光明的前途，正在不远。”从这篇文章可以看出，傅斯年对当时形势的分析，敌我双方的优劣及转化，前途的预测是相当深刻的。
全面抗战爆发后，傅斯年除积极参与社会工作，为抗日救国贡献才智外，仍利用各种舆论工具表彰民族正义，贬斥妥协投敌的汉奸卖国贼，维护人间正气。1938年12月，日寇进攻山东，山东省政府主席韩复榘率军队稍作抵抗便南逃，驻守聊城的鲁西行署专员范筑先，不听从韩复榘撤退的命令，率部英勇抵抗日军进攻，终因寡不敌众壮烈牺牲，是最早在抗敌前线与日军作战殉国的高级将领。傅斯年闻范筑先在故乡为抵抗日寇英勇战死之际，既景慕又自豪，写了四首诗进行褒奖和颂扬，其中两首是：“受任孤危际，抚民水火中；歃血召英俊，誓死奏虞公；郡陷廿城在，北门管钥通；方期收河朔，何意殒方戎。”“立国有大本，亮节与忠贞；三齐多义士，此道今不倾。一死泰山重，再战浊济清；英英父子业，百世堪仪刑。”显然，傅斯年称颂的主要是范筑先抵御日寇、壮烈殉国的民族精神和忠义之气。时隔不久，祖籍聊城的张自忠将军，在湖北抗日前线指挥对日作战，壮烈殉国，成为中国抗日战争乃至世界第二次反法西斯战争在前线战死的最高将领。傅斯年闻讯义愤难抑，特赋诗悼念，其诗曰：“泰山重一死，堂堂去不回，身名收马革，风日惨云雷；忠义犹生气，艰难想将才，中原谁匡济，流涕楚郢哀”。张自忠将军牺牲后，其弟张自明曾将张自忠的生平资料送给傅斯年，希望傅斯年撰文，表彰张自忠忠诚爱国的民族精神。傅斯年应允为张自忠写传记，褒扬张自忠高扬民族大义，与日军进行艰苦卓绝斗争的事迹。他与邓广铭等人讨论了撰写体例、基本观点，可惜由于环境条件不允，传记终未写出。傅斯年对范筑先、张自忠的褒扬和称颂，是对抗日救国烈士的允肯，从一个侧面反映了他个人的民族意识和爱国救国思想。
（二） 救亡图存的主张
1928年9月，傅斯年辞去中山大学教职，就任中央研究院历史语言研究所所长。10月，史语所迁至广州市东山恤孤院后街35号柏园，傅斯年从此开始领导史语所进行学术研究。1929年3月，为学术研究的便利，史语所迁至北平，6月正式定址于北海公园静心斋。在以后的两年多时间里，傅斯年领导研究人员重点对明清内阁大库档案系统整理和对安阳殷墟进行挖掘，全身心地投入到领导学术研究中。
1931年是中国的多事之秋，有人认为是天灾人祸内忧外患交相迭乘最不幸的一年。这年夏天，长江流域发生大水灾，淹没数省。天灾与人祸相连，国民党政权内部纷争剧烈，倾轧不已。蒋介石自1930年在中原大战中取胜，踌躇满志，欲大权独揽，实行独裁，遭到各派系的反对。3月20日，蒋介石因与立法院长胡汉民政见不合，将其囚禁于汤山，从而引起激烈的政争，其中最严重的是宁粤对立。胡汉民是广东人，亦是粤派政治势力的代表人物。胡氏被囚禁以后，以两广实力派为主的胡汉民派，联合各派力量与蒋介石集团进行了激烈斗争，先是胡系四位中央监委邓泽如、林森、萧佛成、古应芬发出弹劾蒋介石的通电，紧接着两派军政界人士互发通电，攻击指斥对方，遂成水火之势。此次政争愈演愈烈，直至9月，日寇发动“九一八”事变，国内政争仍在激烈进行。全国舆论因外患严重而对宁、粤双方进行抨击，双方害怕承担内争误国的罪名，遂产生妥协意向，正如当时人所评论：“直至九月十八日‘沈阳事变’发生，全国人心悲愤，一致要求团结御侮，共赴国难。至是宁、粤和平休战，始露曙光，亦外侮严重有以刺激之也。”“九一八”事变的第二天，国民党内部人士李石曾、张继、吴铁城致电粤方非常会议，要求“俯纳调停，共倡和平，临崖勒马，庶可转危为安。” 粤方随即发表通电，初步提出三个条件，即蒋介石下野、粤政府取消、以统一会议产生统一的国民政府。为促进谈判，蒋介石让陈铭枢携亲笔信，让国民党元老蔡元培、张继陪同南下，粤方汪精卫、孙科、李文范出面接待。蒋介石在信中强调：“唯愿诸同志以党为重，念危亡在即，各自反省，相见以诚，不复以昔日之龃龉为芥蒂，渡此漏舟覆巢之惨祸，无使几千年神明之胄，自我而斩；毋使亡国之惨，将为中山信徒只顾内争不恤国难之所致。”但谈判过程中各怀私意，电来信往，互相辩难，谈判进展缓慢，至10月底尚未解决。
自“九一八”事变，北方学术界深感国家危亡在即，全国应团结奋斗，在统一政府的领导下抗日救国，救亡图存。傅斯年此时走出书斋，投身社会，为抗日救国积极努力，同时关注政治，呼吁全国团结统一。他提出的两个理念曾产生重要影响，其一，中国现在要有政府；其二，中华民族是整个的。其用意相当明确，国民党政府内部政争不仅严重削弱了其统治能力，也严重影响全国抗战救亡的信心。傅斯年位卑未敢忘忧国，他致信蒋介石和胡汉民，要求他们以大局为重，迅速消除矛盾，共赴国难。致蒋介石的信中说：“值此国难，主席弘济艰难，和内抗外，国人钦感。近闻上海会议有挫折，此间学界不胜忧虑。强敌在东北权利之夺取，日在长进，统一实现倘延迟，则国家损失将更重。且国人愤怒之蕴聚，北方大局之复杂，统一如不即成功，势将一决不可收拾。且分崩之局安能信外，国际形势将无办法，幸主席速图之。”傅斯年信中没有涉及此次政争的是非及原因，只是陈述了国内的严重局势和全国上下的忧虑，言赅意深，爱国忧时之心溢于言表。致胡汉民等粤方代表的信中内容与致蒋氏的大同小异，要求统一的态度更为殷切。信中说：“闻和会有挫折，此事学界同人万分忧虑。下周日内瓦开会时，中国如尚在离析之状态，国际必不助我，从此地失国亡，人民愤怒所泄，诚有不能逆料者。先生等名总硕望，党国共钦。此次缔造和局，国人尤感大德，然和局尤要速成，不可一日延缓，幸先生等排除大难，匡济艰难，全国人心必归于持大体，祛小争者也。”就信的内容分析，傅斯年对胡汉民、汪精卫等人施加的压力更重，明确表示，若胡汉民、汪精卫不妥协，和谈不成功或久拖不决，造成外患加重，地失国亡，人民群众决不答应，胡汉民等要负丧权误国的责任。
这两封信当时是不是发出，蒋介石、胡汉民、汪精卫是否目睹，皆为未知，但却真实反映了傅斯年当时的思想与态度。从时间来说，此是傅斯年致蒋介石最早的一封信，也是傅斯年“九一八”事变后，积极参与政治的有力证明。
国民党政府政争双方经讨价还价，反复磋商，终于达成协议，分别在南京、上海、广州举行国民党第四次代表大会，最后结果是蒋介石辞职下野，林森为国民政府主席，孙科任行政院长。但在国民党内部，蒋介石、汪精卫、胡汉民三人担任中央政治会议常务委员；同时都当选为中执会常务委员。国家政府各院首长于1932年元旦就职，距胡汉民被囚禁达九个月之久，但宁、粤、沪三方合作组成的政府，不足一月就因孙科无力应付复杂局面辞职而再次解体。蒋介石与汪精卫应邀联袂入京，分负军事行政之职。
出任行政院长的汪精卫，因与蒋介石等人的新仇旧恨，时时遭到蒋氏集团的牵扯和掣肘。傅斯年与北方学人为全国团结御辱，不时发表言论，要求国民党政权内部各派系捐却前嫌，团结一致，领导全国民众图存救亡，同时对各种破坏统一和团结的言行进行批评。傅斯年在1932年发表的《监察院与汪精卫》、《中国现在要有政府》两篇文章中，除呼吁团结抗战外，对政府改革、消除内部分歧和政争坦率陈述了自己的思想观点。
1932年初，日寇进攻上海，遭到我爱国军民的坚决抵抗，史称“一·二八抗战”。后来敌我双方进行谈判，签订上海停战协定。国民政府监察院高友唐等4委员，弹劾行政院长汪精卫未经立法院批准便签字，汪精卫答辩说停战协定曾向立法院报告，同时向国民党中央执行委员会报告并征得同意。按国民政府组织法有关条款规定：“宪法未颁布以前，行政、立法、司法、监察、考试各院，各自对中国国民党中央执行委员会负责。”行政院是遵照中央执行委员会的决议而行使权力，是完全合法的。傅斯年对此评论说“此事之经过之最应使人不满意者，是它颇有掀动政潮的形迹，而监察权之行使，若有了政治作用，是极其不幸的事。”意即监察院弹劾行政院是违法的，且弹劾文书一经发出便即要求各报纸予以发表，证明弹劾具有政治目的。因为“此时正有一堆人在上海，专待机而闹；又有一般人在广州，专待机而闹，所闹皆是政争的闹……即是将上海协定作为政争工具的斗争。”傅斯年最后得出的结论是，国民党政府的根基是脆弱的，如果再有政争，很可能垮台，“政府一倒，我们实在想不起更能产生一个政府，然而此时外忧内患，断断不许无政府的。”
傅斯年在《监察院与汪精卫》一文中就事论事，对监察院弹劾汪精卫未经立法院批准便与日本签订停战协定，告诫监察院不要因此挑起新的政争，以免政府再次倒台，使中国救亡图存失去领导中心。一周后又发表了《中国现在要有政府》，对抗日救国须有统一的合法政府领导进行阐述。其核心论点是中国面临严重的内忧外患，“国难”尚不能形容其严重性，在此情况之下，须有统一合法的政府。也就是所谓最好的政府，组织领导全国人民救亡图存，中国能否不亡国亦很难断定，倘若“没有了政府，必成亡种之亡”。要求全国各界都要珍惜、维护政府，不要兴风作浪，做任何损害现政府的事，避免政府垮台，使中国陷于万劫不复之地。
（三）抗战时期的政治改革思想
傅斯年自留学归国后，对国民党政权的性质及统治方式，有了较为系统的了解。他认为，国民党政权名义上统一了中国，实际上内外一直处于混乱之中。他对此曾分析说：“国民党在民国十六年以来，以历史的及领袖人格的品质的关系，在表面的成功之下，自身破裂其组织，以至于建国固谈不到，而碰到空前的国难。国民革命军打到山海关的时候，真是朱洪武打跑胡元以来中国民族的第一个好机会。国民党的领袖人物如有知识与人品，中国又何至出数十万万的资财，数万人的性命，以供其‘家争’。‘家争的结果，国民党所存之革命性尚存几何，及国民党是否站在人民的立场上，天下共知’。”傅斯年的这番议论发表于1932年，正好是“九一八”事变发生一周年。众所周知，这时国民党政府的“家争”还没有完全结束，蒋介石和汪精卫虽联合执政，但汪精卫很快被排挤下台，各地方实力派与中央各派系互相倾轧，几年后又发生西安事变。直至“七七”事变，各派系才共赴国难团结起来，建立了以蒋介石为核心的独裁统治。可是对日作战的过程中，又暴露了许多弊端，蒋介石借抗日强化自己的独裁统治，当时社会混乱，专制必导致无治，各级政府，各种官员无法与中央保持正常联系，又没有系统的法规制度制约，结果上下一片混乱。
这时期傅斯年奔波各地，对社会混乱、失控的局面有较多的了解，便在国民参政会以提案和发表政论的形式呼吁改革，要求建立法规制度，实行法治，建立健全政治机构，实行政治机构化。他在一系列论著中表现了自己的政治改革思想。
（1） 明定各主要机构之职权，以明责任而责事功。傅斯年为国民参政会第一届驻会委员，1938年7月国民参政会第一届一次会议结束，他留在武汉，当时武汉保卫战正紧张进行，军队在武汉四周对日艰苦作战。而政府各机构聚集武汉，职权不分，责任不明，相当混乱，无法有力支持战争，更不能对政治、经济诸军政事务以合理部署。于是傅斯年联合部分驻会委员起草了一封致蒋介石的信，要求对各主要政府机构进行改革，以支持持久抗战。信中强调：“惟军事之成功，系乎政治之运用，政治若有重要之缺陷，则虽具精兵良将致命疆场，无以操胜利之左券。”他们要求蒋介石等主要领导人，总结历史经验教训，明确各机构职责，根据事功而进行赏罚进黜。傅斯年等人在信中对此进行了详细的阐述，他们说：“吾国历久之积习，每只问人而不问制度，故一事而属之数人，庶事或宗于一手。下夺上权，上侵下职，积习既久，浸成混乱。凡事之有利可图、有权可把持者，群争而众夺之；凡事之无利可图、无权可把持者，群去而众遗之；凡事之责任重大，乃至关系国家安危者，每自设法而避去之。及事之既坏，遂无以指明负责之人，而正其罪。且因此发生之磨擦，既易坐失时机，更每引起甚危险之人事纠纷。夫一手而操庶事，一事而归数人，固无人可尽其功，亦无人肯任其过，驯致上下推诿，左右争执，此在太平已可为寒心，此时尤不足以应付战局也。□□等不揣愚憨，敢请我公严明指定各事之负责人，且明定职权，其功归之，其过亦归之，既不容越权，亦不容避责。此所以增效能，振纪纲者也。”即要求各机构明定职权、责事功，根据事功进行奖罚和进黜，若此改革成功，既可以“固人心，增国力”，更可以发现和选拔人才，使抗日救国大业早日完成。
（2） 政治之机构化。所谓机构化，按傅斯年的解释就是政治上轨道，也就是政治统治法治化，政治行为规范化，克服人治和政治行为的随意性。
1938年，傅斯年联合其他参政员上书蒋介石，要求明定中央各机构职权，重责任而定事功，这是针对当时具体情况提出的，可以说是临时的、具有针对性的改革措施。而提出政治之机构化，则是根据当时政治特点提出的政治改革方向和长远目标。
傅斯年的政论文章《政治之机构化》，发表于1939年1月29日《今日评论》。把文章的论述与当时政治状况结合起来分析，可看出几个问题：一是政治背景。国民党军队在武汉保卫战中英勇抗击日军，日军参战者达40多万，死伤近20万，有生力量受到极大消耗，虽然占领了武汉，但进攻之势从此衰落，妄图速战速决，三个月内灭亡中国的梦想彻底破灭，中日战争进入战略相持阶段。中国经过近两年的战争，政治、经济等方面暴露出许多问题。这些问题中比较严重的是政治体制问题，需要进行改革。二是国民党政权政治统治的问题。国民党政权此时召开了五届五次全会，对战争中出现的问题进行检讨和总结。蒋介石在大会上进行了数次讲演，指出国民党内部存在许多重大的缺陷，其中如散漫凌乱、纪律废弛现象。他要求对国民党的弱点、缺点进行诚意批评，尽量检讨，研究改正，也就是“切实省察，确立信条”。国民党存在的腐败、散漫、凌乱，从根本上说都是政治体制本身造成的，因此必须进行思想和体制的改革。三是政治统治的指导思想变化。国民党政权的弊端许多是由实行专制、独裁造成，但蒋介石和国民党政权对此不但没有正确认识，反而努力强化独裁统治，按照五届五中全会的决议，国民政府设置国防最高委员会，统一党政军的指挥，蒋介石担任委员长，有权“对于党政军一切事务，得不依平时程序，以命令为便宜之措施。”在地方上推行新县制，城乡街镇都实行“保甲制”，每一个人都要以保甲为单位，宣誓遵守《国民抗敌公约》，“服从最高领袖蒋委员长之领导，尽心尽力，报效国家。”同时，蒋介石还扩大了“军统”和“中统”两支特务系统，充当自己的耳目和打手。蒋介石采取的一系列措施，强化了个人的独裁统治，违背了社会政治发展的趋向。为了改革政治，使政治逐步“上轨道”，傅斯年撰写了《政治之机构化》一文，较为系统地阐述了政治改革的思想。其文章内容主要涉及以下几个方面：
首先，傅斯年介绍了欧洲和中国古代政治机构化的进程。他所说的政治机构化就是“上轨道”，也可以说政治统治法治化，它是与人治、个人专制对立的政治统治方式。欧洲的政治机构化在19世纪下半叶逐步形成，对社会发展进步起了促进作用。他说：“在欧洲，近代政治之进展程序中，有一个出力不出名的大工作，是无穷的无名英雄以无穷的努力才把19世纪晚年的成绩奋斗出来的。这个大工作叫做政治之机构化。”虽然这项工作具有深远意义，19世纪下半叶以来欧洲列国政治运用发挥效能，许多是由于这方面的进步，但由于这项事业不是轰轰烈烈进行的，故而历史很少记载。傅斯年认为，十九世纪以前，欧洲的政治也是人治为主，“政治不外乎宫廷之谋计与斗争，行政不外乎人事之消长与变动”。有机构的政治是不发达的，在国家统治中个人的因素太重，造成国家兴衰迅速，“兴也勃焉，衰也忽焉”。19世纪中叶以后，英法两国逐步实现政治机构化，尤其是英国，政治和一般行政机构化实行得最好，对于促进社会、经济的发展起了重要作用。
傅斯年对中国传统的政治思想也进行了总结，他说：“在中国古代的政治学理论中，本来也有两派的争论：一派主张人治，以为‘有治人无治法’；一派主张法治，以为‘有治法而后有治人’。……凭借近代的经验看去，两种说法，实在‘相反而相成’。历史上给我们的印象是这样的：在创造和改革的时代，似乎人的分素格外显得重要，在守成的时代似乎法的分素有莫大之力量。”按照傅斯年的结论，中国关于“人治”、“法治”争论了数千年，“其实法治人治是一事不是两事：有治法然后有治人，惟治人才能用治法”。“治人治法，相互为用，缺一不可：求政治上轨道，非机构化不可。”也就是说，社会发展到现在，单纯强调人治、法治已没有意义，两者必须结合起来，使政治逐步法治化、制度化、规范化。中国的现状是否如此？傅斯年得出了否定的结论。他说：“从国民政府在南京建都以来，十年以上了，似乎尚未能把政治机构化。其所以如此，自然有其不可免的缘由，内部纠纷，至于战争，外来压迫，不得喘息，都是使建国工作受影响的。但这些事实固然是不可抹略的事实，况此事实固然可以恕谅至今政治之还不曾机构化，然而政治之还不曾机构化却也是一件不可抹略的事实，为建国起见不能不加以注意，且谋改正。”为了改革现状，傅斯年提出用五年的时间，实现中国政治机构化。但因处于在抗战中，有些工作尚不能进行，然而有许多改革是可以进行的。傅斯年总结出五个方面的改革应立即进行。这五项工作是：一，欲求政治之能机构化，不可不先把机构简单化。政治之能机构化，是要先养成这样一种普及的习惯，方才可以推行下去的，机构如果太复杂了，一般人不易养成遵守他的习惯。目下我们政府的整个组织实在过分复杂些，求其“身之使臂臂之使指”，固不可得，求其互相调节，亦不可能。且以其复杂之故，自然容易引人之跃越，因而“复杂”成了“机构化”的障碍。二，法令必须自上遵守，不能因人事上有何一种方便一时间加以忽略。如果感觉某一法令有何不好之处，自当计较他的如何更改，但在未更改前是不该拿他来迁就人事的。三，制度及法令不可常在改动中，若常在改动中，则永久不能建设政治中的秩序。至于关系国家根本及人民行事者，尤其不可常改。政治中必有了秩序，政务方才容易推行，常改动的状态中是不能出产秩序的。四，国家治，必须“贤者在位能者在职”，然后国家可以治。所以“尚贤”应当是民国立政的根本，“亲亲”却是“民国思想”之仇敌，所以有一切任贤避亲的法则与习惯是当从速建立或养成的。五，各级官员的职权必须划分，下级的人不可侵上级的权，上级的人尤不可侵下级的权。因为下侵上权，已经可以招致政务之紊乱了，而上级的人代下级办事，更容易使其僚属全部木偶化。一个机关里的事务每？渴呛芏嗟模匦胍磺兄霸本芊⒒悠渲橇Γ缓罂梢园斓煤茫渲兄副壑渥匀灰刑趵恚鞴苷咦匀灰芯龆希录度酥醇豢赡ㄉ保录度酥橇Σ豢刹皇蛊浞⒒印Ｈ舨蝗徽撸枚弥磺辛攀舳汲赡九既嘶蛴ι妫飧龌贡憬┗恕？
傅斯年强调的五点，都是直指国民党政府的弊端，除第四点外，都是国民党政府专制、独裁和人治的突出表现，是一般人不敢或不愿直接提出的。傅斯年坦诚直率提出，从另一角度表现了他的个性和理念。
抗日战争自1944年开始，总体形势越来越有利于中国，日寇必败，我们必胜的趋向已经很明显。当时的政治界、思想界已开始设计、规划抗战胜利后的前景。正如蒋介石在国民参政会第三届三次大会上的训词所说：“我们全国上下都要各尽其能，各负其责，来增进国内军事政治经济和社会的力量。在目前增强我们反攻的力量，迅速击退敌寇，争取抗战胜利；在战争结束以后，要完成我们建国的工作。”胜利在望，人们充满信心，但是暗潮纷涌，人们也满怀忧虑。正是在这次国民参政会上，中国共产党取得其他民主派别的同意，提出了“废止国民党一党专政，成立民主的联合政府”的要求，遭到国民党政府的拒绝。如何取得抗战的全面胜利，抗战胜利后如何争取光明的前途，成为当时各界人士关心的问题。傅斯年曾对当时形势有一深切的认识，他说：“借朱子一句话形容政治，政治者，‘犹逆水行舟，不进则退’。今天的局面，已到了一个逆行的漩涡，不猛进，必急退，其势且不止急退，更有不堪想者。”应该说，当时存有傅斯年这种认识的不止一人。傅斯年此间写了几篇文章，讨论当时的社会与政治，其中《现实政治》和《政治的现实》都是评论时政的，既表现了他当时的思想观念，也显示了当时政治形势的微妙和严峻。
傅斯年的《现实的政治》主要论述了政治与现实的关系，就是说用什么思想原则指导现实，用傅斯年的话来说：“现实政治是政治的方法论”。他将现实政治分为三级：认识现实；把握现实；操纵现实。每段现实都总结了几条思想原则，并对思想原则进行了阐释。
所谓认识现实，傅斯年强调四条要义：(一)客观主义而非主观主义；(二)智慧主义而非直觉主义；(三)多元主义而非一元主义；(四)实验室主义而非寺院主义。傅斯年认为，在现实生活中，主观主义、直觉主义、一元主义、寺院主义占主导地位，把事实一切扔开，完全自我发挥者何其多，而在现实中用这些思想观念指导政治“办一事坏一事”。“要矫正这个风气，只有用客观主义、智慧主义、多元主义、实验主义。这不是容易办到的……但是，自我克服主观，无论如何烦恼，是认识现实之本。”傅斯年强调认识现实，就是抛弃传统的个人专制，实行民主与法治，实事求是地认识、解决现实问题。
傅斯年在所谓把握现实方面也强调四点：即(一)集体视听；(二)集体思想；(三)不失时机；(四)不省气力。其中前两点是强调集体的力量和智慧，第三点是掌握好时机，第四点为努力或尽心尽力。其主导思想仍是尽力避免个人专制，提倡民主决策和执政。
第三个阶段是操纵现实。傅斯年强调：操纵现实也要掌握四个要义：(一)主动的而非被动的；(二)发挥的而非防范的；(三)大韬略而非小术数；(四)进取而非保守。在操纵现实方面要避免四个方面的问题：即感情主义、官僚主义、面子主义、鸵鸟主义。他总结说：“总而言之，统而言之，我们是个文字国，近代化差得太远，到处看见脱离现实的景象，到处见到现实的有力人物，到处看到八股文字，中世纪主义。”傅斯年对现实政治的论述有些零碎，缺乏严密的逻辑和系统的论述，但用意比较明确，就是努力消除现实政治中的各种弊端，克服专制、独裁、官僚主义等落后腐朽的作风和意识，逐步建立政治统治的民主化、法治化、科学化，完善统治。
傅斯年最后强调：改革现实政治，最主要的是完善政治，在内政外交方面为抗战胜利后建国打好基础。当前主要做好两方面的工作。他指出：“目前内政的最大现实，是彻底实行三民主义，尤其是民生主义，这样，政治的大发电机开动了。外交的最大现实，是强化一切大国的友谊，必须有可恃的朋友，必须无假想的敌人，必须友邦的力量我们可拿来用，这样，然后我们中国可以有个建国的机会，可以有二十年的光阴给我们培养实力。”由此可见，傅斯年呼吁对现实政治进行改革的真实用意，就是通过改革传统的专制、独裁政治，逐步实施政治民主与法治，提高执政能力，改善民众生活环境，彻底实行民主主义，为抗战胜利和胜利后建国奠定基础。从某种意义上说，他对社会政治的思考是具有远见的，也是符合社会现实的。
傅斯年曾叙述自己在抗战胜利前夕的心情说：“千岁之忧历历现于心上”。他为政治改革而思索，对抗战胜利后走上和平建国之路而孜孜以求。结合他的思想和行动，这种努力是真实的。在发表《现实政治》不久，他又写了一篇《政治的现实》，重点探讨国民党政府的政治得失和改革之途，傅斯年着重论述了国民党政权建立和巩固阶段应采取的措施。他说：“从建立革命政权之原则上看。一个革命政权的建立，显然有四个阶段是必须经过的，一、夺取政权，二、暂时稳定政权，三、发挥政权，四、基本稳定政权。在夺取时，诚必乞灵于马加维利主义，即所谓只论目的，不择手段者。武力犹是最诚实的手段，而手段不必以武力为限。然而即是在这个时候，也须要凭借响应者的力量，此即所谓‘主观客观条件具备’，否则政权是不易夺得来的。政权一经到手，自然不易稳定，必有里里外外事态的发生‘失之忽微’，‘变起肘腋’，总是免不了的，所以这个时候的做法，每易走于对内巩固阵营，对外适应环境的一条路，古今中外革命党人都是感觉灵敏的，有时竟成了‘迫害心理’(例如明太祖)。于是而有‘忠实信徒’之说，于是而阵营中人，另有一番估价。不过，这样稳定法，只可稳定一时，决不能真正稳定的。要真正稳定，必须发挥政权。这就是说，人民要什么，给他什么；人民恶什么，去他什么。做到这一步，政权然后真正稳定了，因为人民得到安慰、满足、与更多的希望了。这样演进法，在古时建个朝代，如有革命意义，也是如此。”傅斯年在文章中特别强调：一个政权要真正巩固和发展，必须代表人民的利益，满足人民的需要，取得人民的拥护。他在文章中举了两个典型的例子，一是中国古代明朝初年，朱元璋建立政权后，虽然一次次“清党”，杀了一批批功臣，但“他却尽量满足人民的欲望，革除元代的弊政，安定人民的生活，凡人民控诉官吏者，总是官吏被杀，乃至剥皮，……他把官吏看作草芥，却把人民当作腹心……他的政权也就因此安定了。”后来，他儿子与孙子争夺皇位，杀死许多人，流血三千里，但基础稳定，老百姓没有造反的。二是苏联。苏联在斯大林初期进行清党，杀了一些人，英国法国和德国都把苏联的实力估低了，德国冒冒失失地发动进攻，结果惨遭失败，“苏联有两个绝大的成就，一、民族平等，二、农民满足。这两个成就就是空前的大成就，在战争中所发挥的力量，是不可限量的。”从这两个例子，可以看出傅斯年政治思想的一个侧面，即政权必须取得人民群众的拥护和支持。傅斯年通过举例得出结论，他说：“由此说来，政权的稳定，必须经过政权的发挥；政权的发挥，即是从民所好。”傅斯年也论述了中国的现状，他指出，中国的抗日战争，充分发动了民众，是民族主义的发挥，收到了空前的效果。战争前国内的各种政治纠纷，派系斗争，因此一举而暂消，各党派和全体民众拥护国民党政权领导抗战。“于是抗战的前几年，成为国民党执政时期的最高峰。在最初两年，失城最多，折兵最多，然而博得了世界的崇敬，安定了后方的局面。这个道理至为显然，即是只有大章法方可达到大目的，其他技巧是不济事的！！假如抗战的第二、三年，开始在民权主义上大做一下，在今天决不会有如许多之批评与纠纷。若真在后方实行了‘平均地权’、‘节制资本’，则其政治的立场，尤不可动摇。所至可惜者，‘建国’口号之下，不是添了些骈枝机关，便是作了些无根的‘经济’建设。其结果也，通货膨胀，官僚膨胀，官僚主义膨胀，人们的脑筋也膨胀。”傅斯年在这里指出：国民党政权抗战后期的倒行逆施，违背了民意，虽然一再强调实行三民主义，但始终没有实施“平均地权”、“节制资本”等民生主义的措施，脱离了民众。
傅斯年在抗战后期，一再标榜自己的政治理想是民主加社会主义，延伸一下则是政治民主，经济平等，这两者是社会主义的基本内容。这是傅斯年对国民党政权呼吁进行政治改革的主要内容。但是，国民党政权不会接受傅斯年的这种改革思想。何兹全先生曾回忆当时情况说：“大约1941—1942年左右，皖南事变后，我预感到抗日战争之后，国共两党将有一场厮杀，那就是中华民族的悲剧。我给傅先生写信，提出民主统一的‘方案’，国民党实行民主，共产党接受统一。傅先生回信里有两句说：‘你说的很好，谁听你的？’现在回想起来，我心是善良的，但愚蠢不可及。傅先生的‘民主＋社会主义’，大约也已自知将成泡影了。”何兹全的回忆给我们提供了一个背景材料，傅斯年当时呼吁的政治经济改革实际是知其不可为而为之，他自知国民党政权难以接受他的主张，但他仍在不同场合，运用不同的方式奔走呼号，撰写文章，制造舆论，试图引起当政者的注意，逐步实行自己的主张。
总之，傅斯年在抗战期间要求政治、经济改革，政治实行民主化、法治化，经济平等，尤其是改革要顺从民意，满足人民的要求等思想具有进步性，是历代社会改革都应遵循的基本原则。
主持北大复员
（一）出任北京大学代理校长
1945年5月，国民党政府行政院改组，宋子文被任命为行政院院长，受命组阁，由于宋子文与蒋梦麟都是留美学生，关系比较密切，拉蒋梦麟做了行政院秘书长。按照有关规定，行政官员不能兼任大学校长，因此，1945年8月免去了蒋梦麟北京大学校长职务。国民党政府和蒋介石想让傅斯年出任北京大学校长，并让教育部长朱家骅劝告傅斯年就任。傅斯年没有答应，并于8月17日致书蒋介石，坚持不肯担任北京大学校长之职，理由是自己身体不好，难以膺此重任；再者，北大是自己的母校，论资历、威望不如胡适，所以推荐胡适担任。他在信中说：“日昨朱部长骝先先生，以尊命见示，谓蒋梦麟先生之北京大学校长出缺，即以斯年承乏。骝先先生勉之再三，云出于钧裁，强为其难。······惟斯年赋质愚憨，自知不能负荷世务，三十年来，读书述作之志，迄不可改。徒以国家艰难，未敢自逸，故时作谬论。今日月重光，正幸得遂初志，若忽然办事，必累钧座知人之明。兼以斯年患恶性血压高，于兹五年，危险逐年迫切，医生告诫，谓如再不听，必生事故。······抑有进者，北京大学之教授全体及一切有关之人，皆盼胡适之先生为校长，为日有年矣。适之先生经师人师，士林所宗，在国内既负盛名，在英美则声誉之隆，尤为前所未有。今如以为北京大学校长，不特校内仰感俯顺舆情之美；即全国教育界，亦必以为清时佳话而欢欣；在我盟邦，更感兴奋，将以为政府选贤任能者如此，乃中国政府走上新方向之证明；所谓一举而数得者也。”由于傅斯年陈述的理由充足，国民党政府答应了他的要求，决定任命胡适为北京大学校长。因为胡适在美国未归，在胡适归国以前，任命傅斯年为北京大学代理校长，并聘为西南联大常务委员。
1945年10月中旬，傅斯年到昆明就任西南联大常务委员职务，又回到教育界。可是当时到西南联大任职，正可谓受命于危难之时，奉命于动乱之际，所面临的内外形势都相当艰难。其主要表现在以下几个方面：
其一，国内局势混乱。1945年8月，日军投降，国民党政府到各地接受日军占领区，许多接收大员在接收中贪赃枉法，大饱私囊，把大批物资据为己有，并且对民族资本也进行没收，致使敌占区人民怨声载道，造成了全国的政治经济混乱，接收变成劫收。国民党政府在接收的同时，却命令共产党领导的八路军、新四军原地驻防不动，遭到八路军和新四军的抵制和反对，国共领导的军队开始在各地摩擦。两党虽进行了和平谈判，签订了所谓的《双十协定》，但是国民党政府并没有诚意，积极调兵遣将，准备消灭共产党，内战已有不可避免之势，傅斯年了解国民党上层内幕，深知国家将再度陷入混乱。
其二，抗战结束，原来迁往内地的各大学校将迁回原地，傅斯年面临的最迫切的任务是将西南联大分开，将北京大学迁回北平。怎样将北京大学脱离联大，脱离后北京大学的师生员工数千人，再加上仪器设备，要从昆明运回北平，两地相距数千里，在当时情况下将北大迁回谈何容易。
其三，由于抗战结束，西南联大师生人心思归，已显不稳之势。他们为顺利迁返北平，极力主张医治战争创伤，和平建国，安定社会，反对内战，而云南地方当局忠实执行国民党的内战政策，因此，西南联大学生与云南地方当局的矛盾正开始逐步激化。如何处理师生的不满情绪和学校内部的不稳定因素，是傅斯年面临的一个难题。
其四，北平沦陷八年，各方面遭到日寇的严重破坏。更为严重的是，日寇占领北平，纠集部分汉奸文人和未来得及南撤的北大个别教师，在北大旧址上重建了所谓北京大学，对中国学生进行奴化教育，傅斯年等北大师生不承认，称之伪北大。如何收回北京大学旧址，尤其是如何处置伪北大的数千名师生，也将是一个十分棘手的问题。
傅斯年在此时出任北京大学代理校长，必须要解决这一系列难题。1945年11月，他飞赴北平，为北大复原进行筹备，并对伪北大学生进行安置，正当他在北平克服一系列难题，想把北大从联大中分出并迁往北平时，西南联大发生了震惊中外的“一二·一”惨案，傅斯年只得放弃一切，奔赴昆明，处理因惨案而引发的学生运动。
（二）处理“一二·一”事件
抗战胜利后，国共两党进行了重庆谈判。但是国民党并无和谈的诚意，只是借和谈应付舆论，争取时间调兵遣将，然后以武力将中国共产党及其武装消灭掉，重新对全国实行专制统治，重庆谈判期间人们便感到战云密布。刚从抗战苦海中爬出来的民众又要一下子被推进内战的深渊。所以全国范围内反内战的情绪十分高涨。11月19日，重庆各界反对内战联合会成立。昆明学生积极酝酿以实际行动响应。
1945年11月15日，西南联大、云南大学、中法大学和英语专科学校四校学生自治会发起，在云南大学致公堂举行反内战时事演讲会，结果遭到云南省地方当局的禁止。于是，四校自治会决定改在西南联大图书馆前的民主草坪上举行，邀请了钱端生、伍启元、费孝通、潘大逵、杨西孟等五位教授发表演说，到会各大中学师生及社会人士六千多人。时事讲演会的主要内容为迅速制止内战，成立联合国民政府，进行和平建国。但是这次演讲会遭到地方当局派遣特务与军队的骚扰破坏，国民党昆明防守司令部派第五军邱清泉部包围会场，向会场上空鸣枪威胁，切断会场电线，百余名特务冲进会场捣乱，他们冒充“老百姓”强行登台讲话，制造现场混乱，妄图通过这些手段破坏大会。但大会顶住了这些破坏坚持进行。最后大会在《我们反对这个》的反内战歌声中通过四大学学生团体建议，即：发表反对内战宣言；呼吁美国人民和政府，反对美军参加中国内战的提案。本来这只是一个一般性的集会，爱国的学生因不满国民党政府的内战政策，企图通过以和平、合法的上书方式表达学生们的反内战呼声，争取国内和平的爱国行动，决无危害政府之意。只是云南地方政府草木皆兵，处置失当，使局势一步步走到不可收拾的地步。
大会结束后，外面国民党军队依然如临大敌，实行戒严，封锁路口不准行人通行。学生的爱国热情换来的却是冰冷的警棍，这极大地刺伤了学生的自尊心。一时间群情激愤，学生纷纷连夜签名罢课。仅联大校本部拥护罢课者就达700多人。第二天早晨昆明国民党中央通讯社又发表了一篇题为《西郊匪警，黑夜枪声》的颠倒黑白的报道：
［中央社讯］本市西门外白泥坡附近，昨晚7时许，发生匪警，当地驻军据报后，即赶往捉捕，匪徒竟一面鸣枪，一面向黑暗中逃窜而散。
学生们看到这条消息，愤怒的情绪顿时像火山一样爆发出来。“西门外”正是昨晚开会的西南联大，“7时许”正是昨晚开会的时间，学生在校园内举行正当的集会，竟被诬蔑为“匪警”，几千名学生被诬蔑为“匪徒”。学生们忍无可忍了，为抗议国民党反动派的暴行和中央社的造谣诬蔑，联大学生率先罢课，云南大学、中法大学、昆华工校、昆华农校等十八所大中学校学生，也相继罢课。到29日，罢课学校达34所。昆明学联组成了昆明市大中学校罢课联合委员会（“罢联”），选举联大、云大、中法大学、昆华女中、云大附中五校代表为罢联常委，发出《昆明市大中学生为反对内战及抗议武装干涉集会告全国同胞书》（即“罢课宣言”），鲜明地表达了昆明学生的政治主张和要求：立即停止内战；美国政府立即撤退驻华美军；组织民主的联合政府；切实保障人民的言论、集会、结社、游行、人身自由；抗议武装干涉集会的暴行，追究射击联大事件的责任，要求中央社改正诬蔑联大的谣言，并公开道歉。
色厉内荏的地方政府本以为恐吓一下便能使学生们服服帖帖，没想到事与愿违，乱子越闹越大。27日，李宗黄、关麟征召集昆明市大中学校校长开会，责令各校交出“思想有问题”的学生名单，限于28日无条件复课。反动当局还组织了“反罢课委员会”，破坏学生民主运动。时势发展证明，地方当局实施的这一切都是徒劳的，学生们的爱国热情早已化成漫天的怒火，炽热的蔓延开了。骑虎难下的地方当局恼羞成怒，使出他们惯用的手段，对手无寸铁的学生准备武装镇压。云南代省长李宗黄等人发布命令，采取“以组织对组织，以宣传对宣传，以行动对行动”的手段，准备镇压学潮。
12月1日上午8时，李宗黄向集中在国民党云南省党部的党徒训话，要他们效忠党国，“以流血对流血”。这伙党徒随即和军官总队、三青团省团部的暴徒会合，分头冲进西南联大、云南大学进行武装捣乱，和学生发生冲突。上午10点，他们闯进云大校门，撕掉壁报和标语，打烂岗警棚和桌椅，打伤学生多人。佩带“军官总队”符号的军人百余人闯进联大校内，以木棒石块殴打学生与校警。学生们奋起反抗，这批人随即用手枪及手榴弹等武器打死联大学生李鲁连、潘琰(女)和昆华工校学生荀继中、南青中学教师于再4人，重伤25人，轻伤者30余人，联大教授也有多人遭到殴辱。这就是震惊中外的昆明“一二·一”惨案。
“一二·一”惨案当天，云南大学的教职员工就发表了《敬告各界书》，12月2日，中国民主同盟云南省支部发言人发表了对“一二·一”惨案的抗议。表达了对国民党当局暴行的愤慨和对学生运动的同情和支持，要求严惩凶手，保障人民权利。同天，西南联大教授举行会议，全体教授决议向国民党军政当局提出严重抗议，宣布罢教，要求惩凶。昆明3万多师生立即掀起更大规模的反内战、争民主运动。在继续坚持罢课的同时，每天出动100多个宣传队到街头、工厂和郊区农村宣传。从12月2日起，昆明为四烈士举行公祭。全国各地学生纷纷举行集会游行，声援昆明学生的正义斗争。一时间，昆明局势异常紧张。
当时西南联大尚未解体，校务工作由傅斯年、张伯苓、梅贻琦三人组成的常务委员会主持。惨案发生时，三人都不在昆明。蒋介石为了尽快平息学潮，不得不将关麟征“停职议处”，请云南省新任主席卢汉出面处理此事，并电令联大常委、北大代理校长傅斯年去西南联大主持工作，协助地方当局解决由“一二·一”惨案引起的学生总罢课.。
12月4日，傅斯年乘飞机到达昆明，一下飞机便急着接见学生代表，详细了解学生的死伤情况。听了学生们的报告后，傅斯年气愤填膺，当即表示：关麟征杀死了我的学生，直如杀死了我自己的儿女……我一定要同他算账！他一方面怒斥地方当局的暴行，一方面频繁的与有关负责人接触，商讨积极的解决办法。
12月9日，云南省新任主席卢汉与四个学校的学生代表谈判，傅斯年参加了这个谈判。学生对《中央日报》歪曲事实把“一二·一”惨案说成是当地军警为追捕、镇压土匪而采取的军事行动一事，要求向学生公开道歉。卢汉态度暧昧，未给予正面答复。傅斯年建议用澄清事实的方式进行驳斥。于是，由梅贻琦和熊庆来校长举行记者招待会，报告了学生的具体活动和地方当局镇压的真相，《中央日报》等报纸照登，变相地澄清了原先《中央日报》的污蔑之词，暂时安抚了学生的情绪。
然而对此次惨案，当局始终没有给师生一个明确、公正的答复，事件进一步升级，学生运动继续发展。双方剑拔弩张，激烈冲突，大有一触即发之势。地方当局一方面向校方施加压力，限令学生立即复课，一方面策划更大规模的镇压。蒋介石在《告昆明教育界书》中既劝说又恐吓地说：“目前一切问题必须以恢复课业为前提，以正常手续为解决，否则政府纵如何爱护青年，亦不能放弃教育安定秩序之职责。”卢汉也对学生发出最后通牒，限令学生停止一切校外活动，于17日复课，如不遵守，“决遵钧示为最后之处置，刻已准备待命。”
在这种局势下，傅斯年为避免不必要的损失，更多的流血事件发生，积极动员学生复课。15日，梅贻琦与常委会全体召集学生代表在办事处谈话，正式宣布了校方的决定。梅并且说明了学校规定17日全体复课的理由，和届时不复课可能招致的严重后果。接着傅斯年等依次发言，强调学生不仅应顾及到为死难学生伸冤，而且也应为学校前途着想的道理。然而，学生自治会召开代表大会讨论后，仍表示拒绝。果然，17日上午梅贻琦与傅斯年巡视学校时发现，教师们均已到校各就各位，而学生还是没有上课的。17日下午三时校方召集诸教授茶话，梅贻琦报告了近几日调处交涉的经过，明确提出，他和傅斯年对学潮事均已感觉无能为力，解决无望，打算引退让贤。随即教授们开会，一致挽留，并决定次日上午由各系主任联合召集学生代表进行劝告，下午再分由各系教授向本系学生进行劝告。如仍不能有结果，则实行“总辞职”，以此向学生施压。
18日，事情逐渐出现转机，主要是国民党政府开始作出一些让步。蒋介石明令学生复课的最后期限可缓至20日，届时有未复课学生对他们的处罚也不再那么严厉，只是开除了事。注意到蒋介石的态度变化，教育部长朱家骅明显地意识到危机正在过去。他马上将蒋令转发到昆明地方政府及傅斯年等人手里，特地告诫傅斯年以及卢汉等，强调对“如何与何时执行”蒋令，务必“妥慎办理”。言外之意，即使限期已到，也要留有余地，不可仓促行事，以免再次造成流血事件，无法收场。因此，他明确要求联大和云大两校当局：“再尽最大之努力，恺切劝导学生即日复课，以重学业，以副期望。”
19日，在有傅斯年和梅贻琦出席的教授会上，通过了再度以书面形式劝告学生的决议，同时推冯友兰等为代表，面见卢汉，请取消禁止自由集会之前令，卢汉随后痛快允诺，部分满足了学生们的要求。政府方面有了一点让步，学生方面也明显地开始发生了分化。从20日开始，联大除师范学院外，学生陆续复课了。
从整个过程来看，傅斯年明显偏袒国民党政府，处理学潮中争取使大事化小，小事化了。傅斯年反对学生罢课，并不等于说傅斯年就站在了学生的对立面上，充当了国民党走狗的角色。傅斯年对学生们的这一正义行动是给予极大的支持和同情的，傅斯年从不怀疑学生们的爱国心，他所反对的只是学生们的方法。动辄罢课，学业损失太大，对大学和国家学术文化发展不利。况且对共产党有着很深成见的傅斯年，自始至终认为这次学潮是共产党煽动起来的，学生只不过是共产党手里利用的工具。所以在处理学潮中，他尽量安抚学生们的情绪，满足他们的要求，采取各种方法使学生们尽快复课，使学生们从“党派斗争”的漩涡中摆脱出来。当然他的这种认识是错误的。尽管傅斯年在处理学潮中不能尽如人意，但从使学生避免国民党当局再次镇压，遭受更大的流血牺牲这个角度上来说，傅斯年的上述做法是有爱护学生、保护学生用意的。
（三）坚拒文化汉奸
傅斯年任北京大学代理校长，其间最重要的工作就是将西南联大分开，并将北京大学迁回北京。傅斯年虽然任北大代理校长只有一年，但这一年多的时间对傅斯年来说，是不平静的。他为北京大学复原和整顿，呕心沥血、艰苦备尝，付出巨大的劳动，从某种意义上说，这一年是他对教育，尤其是北京大学做出卓越贡献的一年。
傅斯年这个时期对北大的贡献主要分三个方面。一是将北京大学从云南迁回北京，完成北京大学复员；二是扩大北京大学规模。北京大学原来只有文理法三个学院，复员后又扩增了工农医三个学院。三是坚决拒绝接受伪北京大学教职人员，保持北京大学纯洁。傅斯年在北京大学代理校长卸任时，颇为自豪地说：“我这几个月负北京大学的责任，实在一无贡献，所做都是些杂务的事，只有一条颇自负的，便是‘分别泾渭’，为北京大学保持一个干净的记录。为这事，我曾对人说：‘要命有命，更改这办法决不可能。’所以如此正是为北大将来的学风着想。”从某种意义上说，他当时最费心力，最感棘手的是拒绝接受伪北京大学教职人员，处理此事也最凸显他的民族意识和爱国情操，他所标榜的“汉贼不两立”观念此时表现得最为突出，与汉奸文人的斗争十分坚决。现就此问题进行客观论述。
1937年底，日寇占领北平后，收罗了一些汉奸文人，利用原北京大学的校舍和某些图书设备，成立伪“国立北京大学”，下设文理法工农医六个学院，汤尔和、钱稻荪、鲍鉴清等先后任“总监督”和“校长”。日伪设立所谓“北京大学”的目的是对中国青年进行奴化教育，这在日伪制定的教育方针中有充分显示。1938年5月，日寇控制下的所谓北平临时政府教育部制定的教育方针主要有两条：①根绝党化及排外容共等思想；②依据东亚民族集团的精神，发扬中国传统的美德，以完成新中国的使命。很明显，这是配合日军侵略所实施的奴化教育。伪北京大学于1937年建立，到1945年日军投降，一直是日伪在北京进行奴化教育和文化侵略的主要机构，也是汉奸文人相对集中的地方。
1945年9月，重庆善后教育会议不久，为北京大学复原之事，傅斯年派郑天挺去北平进行筹备。郑由于路上耽误，直到11月才到北京。10月，傅斯年又派陈雪屏去北平接收北京大学校产，为学校复原作准备。北上途中，陈雪屏接到教育部的命令，接受北京日伪各校学生，办理北平临时大学补习班。傅斯年在重庆发表声明，保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北京大学的教职员。但学生经过甄别和补习，可以接受。陈雪屏、郑天挺先后到了北京，教育部又任命陈雪屏为北平临时大学补习班主任，各学校先由补习班接管。陈雪屏根据教育部命令，将北平12所伪大专院校学生编成8个分班，基本仍在各校上课，由于北上人手有限，聘用了一些伪教员讲课。为便于管理，伪北大六个学院的学生，每个学院编成一个班，故补习班1—6班都是伪北大的学生，第7分班是伪北师大的学生，第8分班是伪北京艺专等校的学生。陈雪屏兼第一班主任，郑天挺任总务长兼第2班主任。
北平的伪教人员，尤其是在补习班任教的伪教人员，听说傅斯年在重庆发表声明，坚决不录用他们，便开始四处活动，并联合起来向北平行营主任李宗仁请愿。李宗仁虽没有答应他们的请求，但对他们持同情态度，这使伪职人员气焰更加嚣张，他们认为傅斯年是他们留北大任教的最大障碍，于是把矛头对准了傅斯年。1945年11月7日，他们以容庚领衔发表了致傅斯年的公开信，在信中对自己降日的汉奸行为多方辩护，申述了他们在日寇占领北平时留下的原因和理由。其中述其原因说：“日寇必败，无劳跋涉，一也。喜整理而绌玄想，舍书本不能写作，二也。二十年来搜集之书籍彝器，世所希有，未忍舍弃，三也。‘不曰坚乎，磨而不磷；不曰白乎，涅而不缁。’素性倔强，将以一试余之坚白，四也。”谈到出任伪教员的理由时说：“沦陷区之人民，势不能尽室以内迁；政府军队，仓皇撤退，亦未与人民以内迁之机会。荼毒蹂躏，被日寇之害为独深；大旱云霓，望政府之来为独切。我有子女，待教于人；人有子女，亦待教于我。则出而任教，余之责也。策日寇之必败，鼓励学生以胜利终属于我者，亦余之责也。”“坚苦卓绝，极人世悲惨之境，果何为乎？固知吾国之不亡，教育之不当停顿，故忍受而无悔也。汉奸乎，汉忠乎，事实俱在，非巧言所能蒙蔽者。”更为可恶的是，他们威胁傅斯年说：“天下汹汹不安，是非难定。公等所以为伪为逆者，安知不复有伪公逆公者乎？”气焰相当嚣张。容庚字希白，广东东莞人，从青年起，致力金文、甲骨文研究，曾就读于北京大学研究所国学门。1929年，历史语言研究所迁至北平，傅斯年聘容庚为所外特约研究员，继续从事金文研究，并派所内成员何承宠、瞿润缗、孙海波协助其研究。此间，傅斯年与容庚交往颇多。1937年全面抗战开始，燕京大学南迁成都，容庚留在北平，伪北京大学建立，容庚曾任教其中，堕落为伪教人员。所以他在致傅斯年信中特别叙述两人关系：“公尝自负为‘喑呜叱咤，千人皆废’之西楚霸王。庚辱知交十余年，未尝不冀公能变化气质，为豁达大度，‘善于将将’之汉高祖。”从公开信可以看出，容庚等人软硬兼施，试图让傅斯年收回成命，向伪教职人员妥协。有记载说：容庚这期间还专门去重庆面见傅斯年进行游说，“抗战胜利后，在敌伪所办的‘伪北大’任事的容庚来重庆活动，拜访傅斯年，傅拍案大骂：‘你这民族败类，无耻汉奸快滚，不用见我！’第二天，《新民报》登载此事，标题是‘傅孟真拍案大骂文化汉奸，声震屋瓦’。后来，容又拜访了他，要谢罪改过，傅才接见了他。”此事真相如何，尚难定论，但最终容庚没有留在北京大学，去了南方一所大学任教，直至去世。
与此同时，周作人也曾致信傅斯年，要求傅斯年接受伪教职人员。周作人与傅斯年有师生关系。1917年9月，周作人被聘为北京大学文科教授，为文科国学门开设罗马文学史与欧洲文学史。傅斯年当时正是国学门学生，听过周作人的课，两人都曾积极参加新文化运动。1919年，傅斯年、罗家伦等人组织新潮社，出版《新潮》杂志，周作人曾为《新潮》杂志写稿，并曾参加新潮社，与傅斯年先后任《新潮》杂志主编。应该说两人曾有较多的交往。傅斯年10月份在重庆发表声明坚决不接受伪北京大学教职人员后，周作人曾致信傅斯年，为自己和汉奸文人辩解。曾目睹周作人致傅斯年信件的邓广铭回忆说：“由周作人、容庚领头纠集了一些人，也写了一些公开信，对傅先生的不用从伪人员的主张大肆攻击。他们还把这一公开信专函抄寄傅先生，署名的却没有容庚以下诸人，只是周作人一个人。我当时也正从北碚到重庆看望傅先生，傅先生立即把此信转与我看，并要我代他写一回信给周。我看了周的来件后，觉得非常奇怪：他对自己置身汉奸群丑之间达八年之久，在信中并无丝毫忏悔和自怨自艾的表示，而竟然理直气壮地对傅先生无理取闹，甚至向傅先生发狂言说，你今日以我为伪，安知今后不有人以你为伪等等，实在是无耻之尤。傅先生当即痛斥他说，今后即使真有以我为‘伪’的，那也是属于国内党派斗争的问题，却决不会说我作汉奸；而你周作人之为大汉奸，却是已经刻在耻辱柱上，永世无法改变了。对于写回信给周作人一事，我却表示无力承担，因为不在沦陷区，对周作人做汉奸期内背叛国家民族的具体罪行，我都不甚了然，无法加以揭露和声讨。”周作人不久因汉奸罪被国民党政府逮捕，审讯期间，胡适、蒋梦麟都出具证明，为周作人开脱，傅斯年激于民族大义，不仅没有袒护周作人，还致信胡适，反对他为周作人开脱，可见傅斯年对汉奸文人的仇恨和民族立场的坚定。
1945年11月中旬，傅斯年到达北平，陈雪屏等人到机场迎接。傅斯年走下飞机第一句话，就是问陈雪屏与伪大学的教师有无交往，陈雪屏回答在必要的场合有过接触。傅斯年听后十分不满，强调说：“‘汉贼不两立’，连握手都不应该。”陈雪屏解释了自己的难处，说接收的学生多，北上的教师太少，根本忙不过来，只好录用了伪校一些教授。傅斯年仍然坚持，伪校教职员要一概摒弃，坚决不录用。
1945年11月28日，傅斯年对《大公报》记者发表谈话，再次强调：“北京大学将来复校时，决不延聘任何伪北大之教职员。”他对此解释说：“伪校之教职员均系伪组织之公职人员，应属附逆之列，将来不可担任教职。至于伪北大之学生，应以其学业为重，现已开始补习，俟补习期满，教育部发给证书后，可以转入北京大学各系科相当年级，学校将予以收容。闻伪北大参加补习学生共四千余人。”傅斯年在北平期间，看到陈雪屏等人把十几所伪专科以上的学生都集中起来进行补习，所用主要是伪教职人员，很是不满，在给夫人的信中说，陈雪屏把此事办糟了。再加上经常有伪职人员运用各种手段给他施加压力，傅斯年对此态度严正，毫不妥协。12月初，他接受《世界日报》采访，发表谈话仍坚持原来立场，记者称他对伪北大教职员“好像抱有一种义愤填膺、不共戴天的愤怒”，是一位“爱国狂热”的人士。傅斯年在谈话中首先发表了四点声明，申述了不接受伪教人员的理由和决心。他说：“一、专科以上学校，必须要在礼义廉耻四字上，做一个不折不扣的榜样，给学生们、下一代的青年们看看！北大原先是请全体教员内迁的，事实上除开周作人等一二人外，没有内迁的少数教员也转入辅仁、燕京任教。伪北大创办人钱稻荪，则原来就不是北大的教授。所以现在伪北大的教授，与北大根本毫无关系。二、朱部长（骝先）向我说过，伪北大教员绝无全体由补习班聘请任教之事，而系按照陆军总部征调敌伪人员服务办法，征调其中一部服务，不发聘书，与北大亦无关系。三、北大有绝对自由，不聘请任何伪校伪组织之人任教。四、在大的观点上说，如本校前任校长蒋梦麟先生，明春返国的胡适校长，北大教授团体及渝昆两地同学会，和我的意见是完全一致的。无论现在和将来，北大都不容伪校组织的人插足其间。”
傅斯年在声明中强调决不录用伪北大教职员，不是出于个人恩怨，而是要保持北京大学纯正的校风。他认为：教师是教育人的，为人师表，更应该先正己再正人，为学生作志节的表率。他承认由于长期战乱，高校缺乏师资，但不能因此而放弃最基本的原则。他申述说：“人才缺乏是事实，从别的方面考虑征用未尝不可，但学校是陶冶培植后一代青年的地方，必须要能首先正是非，辨忠奸。否则下一代的青年不知所取，今天负教育责任的人，岂不都成了国家的罪人？”傅斯年最后表明自己的态度说：“我的职务是叫我想尽一切的办法让北大保持一个干干净净的身子。”并特别强调：“这些话就是打死我也是要说的！”表示了自己态度的坚决和严正。对于青年学生，傅斯年则是另一种态度。他认为青年是无辜的，在日寇侵略中国时，他们都还是十多岁的孩子，应该受教育，日伪政府对他们进行奴化教育，他们是迫不得已的。为了争取和改造他们，傅斯年主张经过补习班学习，允许他们按志愿入北京大学学习。他在声明中强调指出：“青年何辜，现在二十岁的大学生，抗战爆发时还不过是十二岁的孩子，我是主张善为待之，予以就学便利。”他在11月份去北平时，陈雪屏、郑天挺向他汇报了接受北京伪大专学校补习班情况，建议将补习班1—6班学生补习完并入北京大学。傅斯年亲自进行考察后答应了此事，并报告了胡适和国民党教育部，得到认可，于是北平数千名学生得到了继续学习的机会。
傅斯年在1946年1月给夫人的信中，曾谈到他在北大复原中遇到的困难，和他坚决不录用伪教人员的原因。他说：“北京大学可以说两头着火，昆明情形已如上述，究竟如何自联大脱离，大费事，正想中。而北平方面，又为陈雪屏等弄得很糟。陈雪屏办了补习班，大妥协。大批伪教职员进来。这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”傅斯年认为，陈雪屏在北平办补习班时，录用了大批伪教人员，做得不对，因为补习班学生经过补习都并入北大，而参与补习的伪教职员一概加以摒弃，这些人将因此而失业，他们自然不甘心，要千方百计纠缠。事实也确实如此，傅斯年虽一再严正声明，这些伪教人员仍多方活动，希图继续留用，保持在北大的教席。虽然此事给傅斯年工作增添了许多困难，但他态度坚决，毫不妥协。
1946年4月初，傅斯年去北平筹备北京大学复原。为了保持北京大学的纯洁，杜绝伪教职人员进入，傅斯年采取了三个方面的措施。
其一，抓紧筹备复原，不使以北京大学名义办的补习班长期延续，以免伪北大教职人员进入北大成为既成事实。傅斯年4月5日在致汤用彤的信中，详细谈了自己的想法，说：“日下形势，清华、南开实可羡慕他们有决定他们走不走的自由，北大则无之。假如弟在清华，弟将主张只在北平开一年级，其余缓一年，以便观望（明年未必好，观望即是好的安心丸）。但北大情形不如此。北平有几千学生，假如北大不去，他们必要求挂起北大（至少分校）的牌子来。日下政府尚未民主，而威权已一落千丈，是会答应的（去年李宗仁便要答应）。伪校教员又必因北大继续开班而留下，则那时无论用何名意开班（本年暑假），他们必会（摆）架子，而要求正式聘请，继续任用……地方政府以及教育部是会答应的（骝先到北平妥协了一下，归来实有惭德，以后还不错），而地方政权（李）甚不帮忙。骝先将离教部，来者对此事必更妥协无疑也。共产党一面责备政府偏袒汉奸，一面责备政府甄审伪教员，故教育部让步，‘社会’上不会制裁。然则，我们如不于暑假在北平升旗，北平必出来‘北大’，也许客气些，叫北京大学分班，或更客气些，叫北平临时大学（无补习班三字），然必有‘北’、‘大’二字，必简称北大，从此据我们的房子，用我们的仪器，而以正统自居。即使明年我们能再去，亦将托庇于他。于是北大以伪教授主身，尚堪问乎？此乃必然之演变，决非弟想入非（非）之谈也，但陈雪屏的组织，如不于六、七月间断然结束，而延长之，必反客为主。学生必不容‘补习班’三字之存在，其教员（绝大多数是伪教员）必要求为正式教授，所以北大之存亡系于今夏之搬与不搬。清华、南开皆无此困难，可以自由选择，我们无此自由的。”傅斯年为实现北京大学在暑假后于北平正始开学，到北平多方工作，落实校舍、仪器、设备等，终于9月份正式开学，实现了预期目标。
其二，寻求有关方面的支持。傅斯年到北平后先后致信教育部、北平行营主任李宗仁、北平主要驻军第十一战区司令长官孙连仲、北平市政府市长熊斌，要求在学校使用土地、房舍、资金、校产等方面给予帮助和支持。这期间蒋介石曾去北平视察，傅斯年陪同时特邀其同游文丞相（天祥）祠，并在祠中正殿的“万古纲常”匾额下合影并通过报刊向外公布，表明蒋介石支持他傅斯年“正是非，辨忠奸”，维护民族气节，坚决不接受伪教职人员的正义举措。
其三，向司法机关控告著名的文化汉奸，请求给予惩治，用以警告伪教人员。傅斯年为了清除伪教人员的纠缠和请托，选择伪北大校长鲍鉴清等文化汉奸为靶子，警告其他伪教人员。鲍鉴清等人是日伪时著名的文化汉奸，附敌有据，日本投降后被国民党政府逮捕，但河北高等法院却判决鲍无罪释放。傅斯年收集鲍鉴清等人罪证，向河北高等法院提出控告，要求重新审理，对其他文化汉奸也要从严治罪。又亲自写信给国民党政府司法部长谢冠生，提供证据，要求对鲍鉴清等人依法惩治，以正国纪，打击奸伪气焰。信中说：
冠生先生部长左右：
关于北平汉奸惩治事件，有三件事不获已上陈，敬乞台察。
一、报载伪北京大学校长鲍鉴清在河北高院判决无罪，至堪骇异。查鲍逆神通广大，早经保释，今复判决无罪，实留学术界莫大之隐患。该逆在伪职任内，勾结日寇，在伪校遍布日本顾问及特务，以实行奴化政策，何得无罪？何得无罪？北平情形特殊，汉奸势力不小。此案仍待最高法院复判，拟请大部依据成例，提来首都复审，以正事非，而申国纪。否则，“无罪”之例一开，后患不堪设想矣。除呈最高法院外，谨此奉陈。
二、巨奸王荫泰正在苏高审判，该逆逢迎日寇意旨，挤走其前任而代之，变本加厉，即以献物资为约。在其任内，剥削华北民食，使人吃“混合面”。更大搜五金，故宫铜缸、历史博物馆古炮，皆被搜罗，献出凡数百万斤。故王逆揖唐、王逆克敏之罪恶，尚不足以比之。拟请大部特予注意，尽法惩治，以伸华北人民之愤。
三、文化汉奸钱逆稻荪，在北平有特殊势力，似可一并调京审讯。
以上各事，关系国法人纪，故敢负责上陈，敬乞采纳，至荷！”
傅斯年这些举动，主要是打击奸伪气焰，伸张学术界正气，也是对伪教人员所谓附敌不得已而为之，非但无罪，而且有功论的变相驳斥。傅斯年用此方式申明立场，在某种程度上也避免了一些伪教人员四处活动，打破他们企图在北大谋一席位的幻想。当时，北平报纸曾评论说，傅斯年对伪教人员抱有一种“不共戴天的愤怒”，虽近似玩笑，但可说明傅斯年在此问题上的严正立场。
傅斯年之所以坚决不录用伪教人员，既与他教育思想有关，也是他志节人格的外在表现。
其一，就教育角度而言，几乎每一个教育家都明了，教育的目的主要二：一是思想品德教育；二是知识的传授。中国对人的要求也总是德才兼备，品学兼优，并且总把德才并称，把德放在才之上。历史事实也无数次证明，社会生活中，人的品德比才能更重要。有德少才，尚不至于为大奸大恶；有才无德，则对社会危害极大。这是人们更加重视品德的基本原因。但品德教育不是空泛的，不同阶级有不同标准，不同历史时期有着不同的实际内容。中国抗日战争时期，是中华民族生死存亡的时期，中国一旦失败，将亡国灭种，沦为奴隶。因此，在这个时期判断人们品德的最基本标准，便是立场和气节。为挽救民族危亡而斗争的人们自然受到人们的赞扬，而任何卖国附敌的人，必为人民所不齿。傅斯年在这个时期对民族气节看得特别重，从某种意义上说，民族观念是他判断当时人的基本标准，尤其是在教育文化界。正因为如此，他极力反对伪教职人员进入北京大学。他曾反复强调：不接受伪教人员观点十分明确，学校是教育人的地方，这些人大节有亏，不配从事教育事业，正如他在声明中所说：学校首先要正是非，明忠奸，否则下一代青年将不知所守，我们今天负教育责任的人，都将成为历史的罪人。由此可以看出，傅斯年坚决不录用伪教人员，并非他思想偏激或一时义愤，而是他爱国民族思想的体现。
其二，就社会现象而论，傅斯年必须如此。自从抗日战争开始，甚至从“九一八”事变开始，日本长期控制北方，烧杀掳掠，无所不为，中国人民受尽了欺凌，更有些汉奸，为虎作伥，对日寇百般奉迎，大者出卖中国的领土和主权，小者借日人势力为害地方，更有文化汉奸，美化敌人，丑化自己的同胞，进行奴化教育。这些汉奸的行为，代表了中国文化中最丑陋的一部分，严重损害了中国人的形象和民族自尊心。抗战中，他们与日寇一起杀人放火，无恶不作，甚至比日军还要凶狠无耻，办了许多日寇想办而办不到的事，激起了中国人民极大的愤怒。现在中国人民经过八年的浴血奋战，忍受了无数的苦痛，承担了巨大的牺牲，终于取得了全面胜利，中国人民对汉奸的仇恨并不亚于对日寇的仇恨，因此，在全国抗战胜利后，惩治汉奸便成为民众的公意。文化教育界最注重民族气节的独立自尊，像北大这样的全国最高学府，更不应藏垢纳污，容纳汉奸文人。反之，如果用了伪教人员，会给学校带来许多消极影响，败坏学校风气。从当时社会现实出发，为北京大学的前途着想，傅斯年此举完全是必要的。
北京大学复原和复原后经过傅斯年等人规划、调整，成为一个师资雄厚、门类齐全、院系规范的综合性大学。在这期间，傅斯年花费了很大力气，倾注了大量心血，实现了他为胡适打平天下的设想。胡适于1946年5月回国，9月正式就任北京大学校长，傅斯年与胡适进行了交接。
9月20日，北京大学教职员为傅斯年举行卸任代理校长的茶话会，胡适亲自主持。胡适对傅斯年一年来为北大复原所做的各方面努力进行了高度评价和赞扬，许多教授相继致词，对傅斯年在抗战最艰苦时期力谋恢复和主持北大文科研究所，复原时多方设法聘请一批知名教授，争取到大批校产和数倍于前的校舍，进行了赞扬和感谢。傅斯年在答词中谦虚地说，过去为北大办理成功之事，百分之七十为机会，百分之三十为努力；所谓百分之三十为努力，亦为教授不辞万里归来之结果。不论怎么说，傅斯年对北大是有贡献的，并且这种贡献得到了北大教职员工的承认。
1950年12月17日，傅斯年去世前三天，在台湾举行庆祝北京大学建校52周年纪念会，傅斯年到会并发表演说，在谈到他所熟悉的几位北京大学校长时进行了一番评论，他说：蒋梦麟先生学问不如蔡孑民先生，办事却比蔡先生高明；我自己的学问比不上胡适之先生，但办事却比胡先生高明。最后笑着批评蔡、胡两位先生说：“这两位先生的办事，真不敢恭维。” 正好蒋梦麟也出席了这次庆祝会，傅斯年演讲完后，蒋梦麟笑着对傅斯年说：“孟真你这话对极了。所以他们两位是北大的功臣，我们两个人不过是北大的功狗。”功臣也好，功狗也罢，这四个人都是北大历史上有影响的人物，至于功过是非自有历史评说。
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