对于南京大屠杀这样的重大人类惨案，加强历史研究是厘清历史事实、深挖历史根源的有效手段，也是人类文明得以在反思中进步的重要支撑。
从事历史研究的人大体都知道，记忆是对过去的重构，记忆是可以传承的。我曾经在自己的博客中这样写道：“父辈的记忆可以代代相传，为了永不忘却的纪念。我在参与记忆传承的工作实践中，才深知这其中的含意与特色，真切地感悟了这项工作的紧迫与责任。”
这些年来，遇难同胞纪念馆从建立学术机构着手，有效地开展了一系列学术活动，团结越来越多的专家学者投入到南京大屠杀历史研究之中，使得该领域从起初的零散研究发展到了目前的全方位展开，成果颇丰。
中国学术界对于南京大屠杀史的研究，大体是从20世纪80年代初才真正开始的。其原因主要有两点：一是1979年党的十一届三中全会召开后，全国各界开始拨乱反正，清除“左”的影响，政治思想开放，学术研究开始走上正常发展的道路。此前，早在1960年，南京大学历史系日本史小组师生曾在高兴祖教授的带领下，对南京大屠杀事件进行调查研究，并于1962年写成书稿《日本帝国主义在南京的大屠杀》，但由于受到“左”倾思想的影响，该研究此后一直中断，直到1979年这部书稿才编印供学校内部交流。
二是1982年日本发生教科书事件，日本右翼势力不断美化侵略和否认南京大屠杀，引起中国人民的强烈不满。1983年，在民众强烈呼吁下，南京市决定筹建遇难同胞纪念馆，以此为契机，南京市组织部分专家学者成立课题组，开始收集史料，研究南京大屠杀历史。
遇难同胞纪念馆建馆伊始，便把建馆、立碑、编史三件大事一起抓。在为南京大屠杀遇难同胞建造一座纪念馆，以及在15处遇难同胞遇难地或丛葬地遗址建立纪念碑的同时，组织一批专家学者，开始编辑并公开出版两本史料书籍，即《侵华日军南京大屠杀史料》和《侵华日军南京大屠杀史稿》，填补了建国后南京大屠杀专史研究的空白。
一、首建专门学术研究机构
在历史研究中，史料的搜集整理分析是一个十分重要的过程。历史发展本身丰富多样，历史当事人由于所处时空不同、个人价值观不同和个人知识背景不同，对同一事件的表述、判断往往大相径庭，因此，对历史事件的解读必须充分掌握和运用各种不同史料。但是，由于反映南京大屠杀的核心资料在战争结束前夕绝大多数都被日方所销毁，战争结束后由于冷战等因素的影响，也未能及时进行广泛深入的社会调查，这些因素为历史真相的研究带来了相当困难。因此，建立专门的学术研究机构，对于搜集、挖掘、研究南京大屠杀历史具有非常重要的意义。
1995年，由遇难同胞纪念馆发起并且邀请中国第二历史档案馆、中国社会科学院近代史所、黑龙江省社会科学院、江苏省社会科学院、南京大学、复旦大学、上海师范大学、南京档案馆等学术研究机构的一批专家参与其中，在国内率先成立了第一个南京大屠杀历史研究的学术机构—侵华日军南京大屠杀史研究会，对南京大屠杀进行专史研究。在该会成立仪式上，推举南京大学历史系教授高兴祖为会长，我为常务副会长法人代表，江苏省社会科学院历史研究所研究员孙宅巍、中国第二历史档案馆副馆长段东升、南京市档案局副局长杨宗仁为副会长，本馆原副馆长段月萍为秘书长。
2008年，侵华日军南京大屠杀史研究会被评为全国先进学会侵华日军南京大屠杀史研究会建立后，开展了一系列国际性的学术研讨会、交流会、座谈会等，团结了一批国内外的学者队伍，共同致力于南京大屠杀史的学术研究。在推进南京大屠杀史资料征集、学术研究与交流、纪念活动等方面做了大量卓有成效的工作，取得了诸多成绩。极大地丰富了南京大屠杀史研究成果，确立了该专题史研究在整个日军侵华暴行史和中国抗战史研究领域的独特地位和深远影响。
2008年，该研究会被全国大中城市社科联工作会议主席团评为“全国先进学会”，并且连续15年被南京市社科联评为“先进学会”。2014年3月25日下午，南京市民政局第三批社会组织评估结果授牌仪式在南京市社科联举行，侵华日军南京大屠杀史研究会被评为国家4A级社会组织。
2000年5月31日，侵华日军南京大屠杀史研究会日本教科书问题研究分会正式宣告成立，国内外50名研究日本历史问题的专家学者被该会聘为首批特约研究员。分会的主要工作任务是深入进行日本历史教科书问题的专题研究，如“日本历史教科书问题的根源和社会基础”、“日本历年来在历史教科书中对南京大屠杀、慰安妇、731细菌战等问题的表述与删改”、“日本右翼势力、极端民族主义分子、新国家主义分子与修改教科书的关系”、“日本政府对教科书问题所采取的立场、方法及其对策”、“日本侵华70年暴行史研究”、“日本与德国承担战争责任之比较性研究”等等，用历史事实揭露日本右翼势力通过篡改教科书否定历史、毒害青少年的图谋，维护历史的真相，维护国家的利益和民族的尊严。
2011年4月28日，我担任侵华日军南京大屠杀史研究会会长，这个由我提议创办，并一直由本人担任法人代表的国内第一个南京大屠杀史研究学术机构，在调换了几任会长后，由我本人担纲负责，领衔开展其学术研究，不禁暗暗下定决心，团结更多的专家学者，把南京大屠杀史研究推向更深的范畴。
2012年，侵华日军南京大屠杀史研究会口述史分会成立，聘请南京医科大学医政学院院长、国内研究抗战损失第一人孟国祥教授为会长，江苏省委党校李继峰教授和南京炮兵学院费仲兴教授为副会长。在成立仪式上，该口述史分会公布了侵华日军南京大屠杀幸存者口述史调查首批受访人员名单。
幸存者是见证侵华日军南京大屠杀历史的“活人证”。但随着时间推移，近年来不少人相继去世，目前在世的已不足200人，平均年龄也超过80岁。
抢救口述历史的难度很大，因此抢救性保存“活人证”的口述证据，让研究者们感到越来越迫切。此前遇难同胞纪念馆已留有幸存者录音、录像、手印、铜板路脚印，出版了幸存者证言、证词各种书籍，对150多份历史证人证言进行了司法公证。
由于南京大屠杀幸存者的人数现在越来越少了，所以抢救工作可以说非常紧迫，该口述史分会成立之后，将专门组织专家团队按照国际上口述史的规范和标准，对幸存者的口述资料进行抢救性整理，确保口述史调查的高质量。
遇难同胞纪念馆和侵华日军南京大屠杀史研究会口述史分会，还与美国南加州大学进行国际合作，双方订立了合作意向书，联合调查南京大屠杀幸存者口述史，并于2013年12月13日在该大学网站上公布了夏淑琴等13名幸存者的证言资料。
2014年9月底至10月初，双方再度在南京合作，调查17位南京大屠杀幸存者口述史资料，在2014年12月13日国家公祭日当天，美国南加州大学网站将公布30份南京大屠杀幸存者史料。
学术研究机构再添新军。2013年，中国日本史学会侵华史专业委员会挂靠在遇难同胞纪念馆，并且成功召开了第四次海峡两岸学术研讨会暨日本侵华史专委会第一次年会；2014年9月，又在盐城新四军纪念馆召开“日军侵华暴行与中日关系学术研讨会暨中国日本史学会日本侵华史专业委员会第二届年会”，史学研究的范围进一步拓展，由南京大屠杀史学研究发展到对整个侵华日军暴行史研究，研究的队伍和有关专家学者也进一步扩大至全国部分高校、研究院（所）、博物（纪念）馆。
二、召开首次国际学术研讨会
1997年8月14日至16日，侵华日军南京大屠杀史研究会和遇难同胞纪念馆，共同组织了第一次南京大屠杀史国际学术研讨会，来自中国、日本、韩国、德国、美国等140多名专家，提交了60多篇论文，进行了专门史学术研讨和交流。与会代表参观了遇难同胞纪念馆，考察了草鞋峡、鱼雷营、东郊丛葬地等南京大屠杀遗址。会后由安徽大学出版社出版了一本资料集，形成了南京大屠杀史学术研究的第一批成果。
1997年8月14日至16日，在南京状元楼酒店举办首届“侵华日军南京大屠杀史国际学术研讨会”，来自美、德、日等140多名中外学者与会。
此后，遇难同胞纪念馆和侵华日军南京大屠杀史研究会，每四年召开一次侵华日军南京大屠杀史国际学术研讨会，中国、美国、日本、加拿大等国内外广大专家学者都相聚南京，围绕南京大屠杀史的专题，发表研究论文，交流研究成果，进一步扩大了南京大屠杀史在世界更大范围的影响。特别是与日本、韩国的相关历史研究专家，就一些重要历史达成了共识，形成了共同的历史认知。
南京大屠杀史学术研讨会形成了多方面的成果，推动了南京大屠杀史的国际学术研究，让世人更多地了解这段不幸历史，使南京大屠杀事件成为全人类共同的记忆，促进世界和平，避免重蹈历史覆辙。
近年来，通过包括学术界在内的海内外人士的共同努力，国际上关注南京大屠杀历史的人士不断增多，但与纳粹屠杀犹太人等惨案相比，国际社会对南京大屠杀的了解和研究还远远不够。遇难同胞纪念馆愿为国际学术界提供各种方便，为推动南京大屠杀史研究共同作出不懈地努力。
遇难同胞纪念馆学术研究捷报频传，仅仅2013年，其《和平文化研究》课题荣获江苏省社科应用研究精品工程优秀成果一等奖，《中国在二战中的作用与日本的战争责任》在南京市社科系统征文比赛中获一等奖，《南京大屠杀研究与文献》系列丛书第28、29卷—《侵华日军南京大屠杀日本报刊影印集》（上、下册）荣获南京市第十一届哲学社会科学优秀成果二等奖，《日本侵华史研究》杂志在2013年南京市社科系统学会会刊评审活动中荣获特别奖，侵华日军南京大屠杀史研究会在2013年度南京市社科系统学会达标创先活动中再次被评为先进学会。
随着史学研究的深入，大批南京大屠杀历史研究书籍面世，包括史料搜集、相关专题研究等。由侵华日军南京大屠杀史研究会主持编辑的南京大屠杀史研究与文献系列丛书已经出版了35册，其他各类研究南京大屠杀的书籍共出版了100多本，为深入研究南京大屠杀史打下了坚实的基础。
通过近百位专家学者为期三年的不断探讨，被国家新闻出版总署评为“十二五”重点出版图书的《南京大屠杀辞典》，目前已经初见眉目，共分为上、中、下三册，编辑完成8000多个词条，200多万字的篇幅，今年12月在南京出版社正式出版上卷—大屠杀前，明年全部出版问世。
三、引发大学校园研究热潮
高校是科研重地，荟萃了史学研究的人才。在遇难同胞纪念馆和侵华日军南京大屠杀史研究会的带动下，南京大屠杀史的研究逐步得到社会的关注，引发了大学校园研究热潮。
1998年12月，南京师范大学成立了南京大屠杀研究中心这一专门研究机构。该中心成立以后，发表、出版、翻译了多部大屠杀史学术著作、研究成果，与侵华日军南京大屠杀史研究会共同主办“纪念魏特琳逝世60周年暨南京大屠杀国际学术研讨会”。
2006年4月，南京大学依托教育部人文社会科学重点研究基地中华民国史研究中心，成立了侵华日军南京大屠杀史研究所，该所由江苏省委宣传部、南京市委宣传部和南京大学共建。
从20世纪60年代起，南京大学就开始进行南京大屠杀史的研究。从2000年开始，著名民国史专家张宪文教授组织了100多位民间学者，搜集到民间存留的大量抗战双方和第三方国家的真实资料。在张宪文教授领导下，南京地区学者通力合作，编辑完成了72卷、4200余万字的《南京大屠杀史料集》，以大量一手的档案资料，全面反映了南京大屠杀历史的全貌，在海内外产生了巨大的影响。南京大学南京大屠杀史研究所的成立，致力于大屠杀史专门研究人才的培养，招收博士生和硕士生。
除南京地区的学者外，武汉、上海、北京等地的大学和研究院所也有部分学者积极参与了这一课题的研究。如武汉华中师范大学章开沅教授利用在美国耶鲁大学访学的机会，搜集了南京大屠杀期间留在南京的美国传教士的书信日记，并根据这些资料发表了系列研究成果。上海社会科学院程兆奇研究员则针对日本“虚构派”否认南京大屠杀的言论发表了一系列论著。
2001年5月12日至14日，南京师范大学南京大屠杀研究中心与侵华日军南京大屠杀史研究会共同举办“纪念魏特琳逝世60周年暨南京大屠杀国际学术研讨会”。
由于学术界的日益重视、专门研究机构的成立和相关课题研究经费的支撑，南京大屠杀史学的研究日益深入。
值得指出的是，近10年来，“拒绝遗忘”、搜集和还原“历史记忆”成为学界和民间的显学，过去仅仅作为南京大屠杀历史事件的真实性物证、供学界研究的档案进一步被推广向民间，上升至国家民族乃至整个人类的整体记忆，这是大势所趋。
四、支持日本学者们的正义行动
日本国内围绕南京大屠杀真实性的争论始于70年代初，到了80年代，随着日本历史教科书问题的激化，南京大屠杀很快成为社会各界争论的焦点。根据研究南京大屠杀的立场，日本国内将研究大屠杀史的学者分成三派，将能够客观、公正地研究南京大屠杀的成员称为“肯定派”或“大屠杀派”；将矢口否认南京大屠杀事实的成员称作“虚构派”或“虚幻派”；还有居于两者之间的“中间派”或“过小损失派”，认为发生过南京大屠杀，但造成死难的人数没有那么多，日军暴行没有那么严重，其实这也属于另一种形式的“否定派”。
持肯定南京大屠杀观点的学者（“大屠杀派”）大多数具有历史学专业的背景，理性和学术性较强。1984年，以洞富雄、藤原彰等人为首成立了日本“南京事件调查研究会”，成员有江口圭一、吉田裕、笠原十九司、本多胜一、井上久士、小野贤二等一批日本高校的进步学者。尽管洞富雄、藤原彰、江口圭一等学者近几年已相继去世，但至今该会每年仍定期举办多次研讨活动，持续不断地整理出版史料和学术专著，成果丰硕。
遇难同胞纪念馆建立前后，一直支持日本学者的正义行动，并一直与他们保持着密切地联系和合作。在建馆之初，当建馆立碑的江东门遗址发现南京大屠杀遇难同胞遗骸时，就与日本“南京事件调查研究会”取得联系，洞富雄、藤原彰、吉田裕、笠原十九司、本多胜一、井上久士、小野贤二等日本专家和学者来到现场调查察看，并采访了李秀英、夏淑琴、唐光谱、刘永兴等一批南京大屠杀幸存者。此后的30年左右的时间内，遇难同胞纪念馆又多次邀请他们来南京参加国际学术研讨会，参观新发现的“万人坑”遗址，参加12月13日的悼念仪式和国际和平集会等。
日本南京事件调查研究会的洞富雄（左）与吉田裕在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆内参观考察日本“南京事件调查研究会”的主要成果表现在以下几个方面：其一，搜集整理出版了一批珍贵史料，为南京大屠杀史研究奠定了坚实的基础。“肯定派”所整理出版的史料来源主要有四个渠道：一是日军战斗详报、联队战史和日军官兵的日记与书信等，由于战争后日本政府烧毁了许多作战部队的核心资料，因此，“肯定派”搜集出版的这部分资料显得十分珍贵。二是东京审判的有关资料。三是翻译出版的中国方面史料，主要是有关尸体掩埋、新闻报道、南京审判等方面的档案文书。四是翻译出版的西方文献和档案资料，如拉贝日记、魏特琳日记和德国外交部档案等。
另外，也有学者前往中国访问南京大屠杀幸存者，出版有关幸存者战争体验的调查报告。
其二，研究成果扎实，针对性强。20多年来，“肯定派”成员团结在日本“南京事件调查研究会”周围，开展了很多研讨活动，并对“虚构派”许多谎言进行了针对性的批驳。如由日本“南京事件调查研究会”编辑出版的《南京大屠杀否定派的13个谎言》一书，选择“虚构派”13个典型谬论进行了有力回击。藤原彰针对“否定派”所谓南京大屠杀是东京审判制造、肯定南京大屠杀是自虐行为进行批驳。吉田裕针对战时日本并不知道南京大屠杀、国际法与屠杀战俘正当性问题进行驳斥。笠原十九司针对当时世界有无报道南京大屠杀、屠杀行为与中国抗日搅乱工作队、南京战前人口20万说和大屠杀相关照片的真实性进行据理力争。井上久士则针对战争期间中国方面没有提及南京大屠杀、埋尸记录的真实性进行揭露。本多胜一围绕“百人斩”进行公开报道。小野贤二围绕山田支队有无释放战俘等，以无可辩驳的事实进行了十分深入的批驳，沉重打击了“虚构派”的嚣张气焰。另外，日本“南京事件调查研究会成员”大多数都参加了“百人斩”诉讼案、李秀英和夏淑琴名誉诉讼案，并出庭作证，通过法律手段击败了“虚构派”的攻击，维护了历史的尊严。
其三，学术研究视野超前。最近几年来，日本“南京事件调查研究会”成员在进一步进行史料搜集、大屠杀事实研究的同时，重点开始从历史教育、社会记忆、跨文化研究、国际对话等多视角研究南京大屠杀事件。如笠原十九司的《南京事件与日本人》、《日本文学作品关于南京虐杀的记忆》，笠原十九司、吉田裕合编《现代历史学与南京事件》等。这些研究基本上超脱了“虚构派”的纠缠，无疑从思想文明的视角，打开了寻找中日共同历史认识的新途径。
目前，导致中日两国在南京大屠杀认识对立的原因还有很多，在中日两国的这场关于南京大屠杀历史问题的较量中，日本正义学者的力量不可或缺，他们超越了国家与民族的狭隘立场，能够正视本国的战争罪行，与中国学者一起，通过历史教训的学习与研究，来治愈克服中日两国间的历史创伤，推进了中日友好关系，以及全人类的进步与和平。
史学界有句名言：“历史没有垃圾箱。”个人在生活中可以把不如意的东西当成垃圾扔掉，人类每一段历史不论多么不愉快却都不能抛弃。客观地回顾以往的历史恩怨，以史为镜启迪今人，才有利于促进国家间保持正常关系。
现代化在很大程度上便是理性化，处理国际关系时要体现出理性，恰恰要注重研究历史。看待现在的中日关系同样要回顾过去的恩恩怨怨，才能使人保持清醒冷静头脑，并以符合现代思维的态度处理好对外关系。
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